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예규·판례
완전자회사 간 무증자 흡수합병에 따라...
심판청구
완전자회사 간 무증자 흡수합병에 따라 소멸된 피합병법인 주식의 장부가액을 완전모회사인 청구법인의 손금으로 보아야 한다는 청구주장의 당부
조심-2025-중-3593생산일자 2026.09.03.
AI 요약
요지
무증자합병을 하게 되는 경우 합병신주의 교부가 일어나지 아니하고 피합병법인의 주식은 신주로 대체됨이 없이 소멸하므로 모회사의 입장에서 합병구주에 해당하는 장부가액만큼 순자산 감소가 발생하여 손익이 확정되는 것으로 볼 수 있고, 따라서 합병구주의 가액(피합병법인 주식의 취득가액)은 「법인세법」 제19조의 손금에 해당하는 것으로 보임
상세내용

이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 밀폐용기 및 주방 생활용품의 제조·유통을 주요 사업으로 영위하는 법인으로, 1978년 경 설립되어 2003년부터 현재의 상호를 사용 중이다.

나. 청구법인의 완전자회사인 베트남 소재 A(현 B, 이하 “합병자회사”라 한다)는 청구법인의 또다른 완전자회사인 B(이하 “피합병자회사”라 한다)를 2019.5.20. 흡수합병(이하 “쟁점합병”이라 한다)하였는데, 쟁점합병은 합병자회사가 신주를 발행하지 않는 무증자합병으로, 합병으로 발행된 주식이나 지급된 현금은 존재하지 아니하였다.

다. 청구법인은 당초에는 소멸된 피합병자회사의 세무상 장부가액 OOO원을 합병자회사 주식의 장부가액에 가산하여 2019사업연도 법인세 신고를 하였으나, 2025.3.24. 무증자합병으로 소멸된 피합병자회사의 세무상 장부가액 OOO원의 손금산입 및 법인세 OOO원 환급을 구하는 경정청구를 하였다.

라. 처분청은 완전자회사 간 무증자합병에 따라 소멸된 피합병자회사 주식의 세무상 장부가액은 손금산입 대상이 아닌 것으로 판단하여 2025.5.22. 청구법인의 경정청구를 거부하였다.

마. 청구법인은 이에 불복하여 2025.8.18. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 무증자합병시 합병으로 취득한 주식의 취득가액 산정과 관련하여 「법인세법」 제41조 및 같은 법 시행령 제72조 제5항 제1호의3(이하 “쟁점규정”이라 한다)을 적용할 수 없으므로, 피합병자회사 주식의 세무상 장부가액을 합병으로 취득한 신주의 취득가액이라고 볼 근거가 존재하지 아니하다.

(가) 쟁점규정은 투자법인이 합병으로 취득한 신주의 취득원가와 관련하여 피합병자회사 주식의 장부가액에 의제배당금액과 특수관계인으로부터 자본거래로 분여받은 이익을 더한 금액에서 합병대가 중 금전이나 그 밖의 재산가액의 합계액을 뺀 규정으로 산정한다.

(나) 이와 같이 쟁점규정은 합병에 따라 새로이 취득하는 자산(주식)이 있는 경우를 전제하고 있으나, 무증자 합병은 합병신주가 발행되지 아니하는바, 쟁점규정의 전제에서 벗어난다.

(다) 대법원은 ‘문언의 가능한 의미’를 기준으로 법령을 해석하는데, 그 한계를 벗어나는 해석은 유추해석으로 보아 원칙적으로 허용하지 아니하고(대법원 OOO 판결 등), 특히 세법을 해석하는 경우 확장해석이나 유추해석은 조세공평주의에 반하는 결과를 초래하는바, 허용되어서는 아니된다는 입장(대법원 OOO 판결)이다.

(라) 그러므로 무증자합병의 경우 법인이 합병으로 취득한 주식이 존재하지 아니하기 때문에 쟁점규정에 따라 투자법인이 소유한 피합병자회사 주식의 세무상 장부가액을 합병으로 취득한 신주의 취득가액이라고 볼 「법인세법」상 근거는 존재하지 아니하고, 무증자합병에 해당하는 쟁점합병에도 적용할 수 없다.

(2) 「법인세법」은 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실이나 비용을 손금으로 정의하는데, 완전자회사 간 무증자합병을 하게되면 모회사의 입장에서 합병구주의 장부가액만큼 순자산감소가 발생하므로, 이는 손금의 정의에 부합하는 거래이다.

(3) 완전자회사 간 무증자합병 시 피합병자회사가 완전 자본잠식인 경우에 한하여 모회사의 손금으로 인정하는 기획재정부 유권해석은 타당하지 아니하고, 완전자회사 간 무증자합병 시 피합병자회사의 자본잠식여부와 무관하게 피합병자회사 주식의 취득가액만큼 모회사의 손금으로 산입하는 것이 타당하다.

(가) 당초 기획재정부 예규인 ‘기획재정부 법인세제과-344, 2022.8.29.’는 “결손누적으로 자본이 전액 잠식된 자회사(피합병자회사)가 다른 자회사에 무증자합병됨에 따라 모회사가 보유한 피합병자회사 주식이 전부 소멸된 경우 모회사는 합병등기일이 속하는 사업연도에 손금 산입하는 것이 타당하다”고 하였고,

국세청 예규인 ‘사전-2020-법령해석법인-0170, 2020.3.30.’은 “내국법인의 완전자회사 간 무증자합병 시 합병 전 완전모회사인 내국법인이 피합병자회사 주식의 평가와 관련하여 손금불산입한 금액은 완전모회사의 각 사업연도 소득금액 계산 시 해당 금액을 손금산입하는 것”이라고 하였다.

(나) 그러나, 2024.1.4. 생성된 기획재정부 유권해석(‘기획재정부 법인세제과-12, 2024.1.4.’)은 무증자합병 시 피합병자회사가 완전 자본잠식된 경우에만 피합병자회사의 주식 장부가액을 모회사가 손비 처리할 수 있는 것으로 해석하였다.

이는 무증자합병으로 피합병자회사 주식의 소멸이 확정되었음에도 피합병자회사의 순자산이 조금이라도 남아있다면 피합병자회사 주식을 손비처리할 수 없는 것으로 판단한 것이다.

(다) 이러한 해석에 따르면 무증자합병으로 인해 피합병자회사 주식이 소멸하여 모회사의 손익이 확정되었음에도 피합병자회사의 재무상황에 따라 손익의 확정시점이 달라지는바, 「법인세법」 제40조의 권리의무확정주의에 위배되고, 법률에서 규율하는 바에 대한 예외를 별도의 법률 규정 없이 유권해석 등을 통해 정하는 것은 과세요건 법정주의와 과세요건 명확주의에도 위배된다.

(라) 또한, 기획재정부의 해석은 피합병자회사 주식이 소멸되었다는 것을 인정하면서도 이를 다시 합병자회사 주식에 가산하도록 하는 것인바,「법인세법」 제42조가 법인 자산과 부채의 임의적 평가를 인정하지 않는 것에도 배치되는 해석이다.

(4) 합병자회사와 피합병자회사의 무증자합병 거래는 피합병자회사 주식이 합병으로 인해 감자되는 것인바, 그 실질이 무상감자 또는 무상소각과 유사하고, 기획재정부와 국세청은 무상감자한 주식가액을 손금에 산입한다고 해석한다.

(가) 국세청 ‘사전-2017-법령해석법인-0666, 2018.3.16.’은 투자주식의 전부가 무상감자되는 경우 그 장부가액을 손금에 산입하는 것으로 해석하였다.

(나) 기획재정부 예규(‘재법인-87, 2004.2.5.’)는 투자주식의 전부가 무상감자된 후 피투자법인에 대한 채권이 출자전환됨에 따라 주주의 지위가 계속 유지되는 경우에도 무상감자한 주식의 가액을 손금에 산입하는 것으로 해석한 바 있다.

(5) 피합병자회사가 무증자합병으로 소멸되어 이연된 과세소득이 실현되었다고 보는 이상 모회사의 피합병자회사 주식가액 또한 무증자합병으로 실현되었다고 봄이 타당하다.

(가) ‘기획재정부 법인세제과-130, 2021.3.4.’는 연결모법인이 연결자법인(B법인) 주식을 다른 연결자법인(C법인)에게 양도하여 발생한 양도손실을 해당 사업연도에 손금산입하지 않고 이연한 상황에서 두 법인(B·C법인)이 무증자합병하여 B법인 주식이 소각되는 경우, 합병시점에 이연된 양도손실을 환입하도록 해석하였다.

(나) 한편, 국세청 ‘서면-2015-법령해석법인-2397, 2016.4.6.’은 연결자법인(A)이 주식의 전부를 소유한 다른 연결자법인(B)의 주식을 연결모법인에 전부 양도하고 양도차익을 과세이연한 상황에서 연결자법인(B)과 다른 연결자법인(C)의 합병이 이루어졌고, 그 합병이 무증자합병이 아닌 경우 「법인세법 시행령」 제120조의18 제2항의 사유에 해당하지 아니하는 것으로 해석하였다.

(다) 국세청 ‘서면-2015-법령해석법인-2397, 2016.4.6.’은 양도손익이연자산(연결자법인 B의 주식)이 합병으로 소멸되더라도 주주인 연결모법인 입장에서 연결자법인(B)의 세무상 장부가액은 소멸되는 것이 아니라 「법인세법 시행령」 제72조 제2항 제5호에 의해 합병존속법인(C)의 신주가액이 되므로 양도손익이연자산이 멸실되지 아니하였다고 판단한 것이다.

(라) 「법인세법 시행령」 제120조의18 제2항은 연결납세를 적용하는 법인 간 내부거래에 대해 내부거래 손익이 실현되어 확정되는 시점에 환입하도록 규정하는바, 기획재정부와 국세청은 연결자회사 간 무증자합병 거래를 감가상각, 재양도 등과 같이 내부거래 손익이 확정되는 거래로 판단한 것으로 보인다.

(마) 그러므로 무증자합병 거래는 일반적인 합병거래와 달리 과세이연된 소득이 실현되거나 확정된 사건에 해당하고, 과세이연된 소득은 피합병자회사 주식에 부수된 소득으로, 피합병자회사 주식의 소멸과 별개로 판단할 수 없다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 완전자회사 간 무증자합병 시 소멸되는 피합병자회사 주식의 세무상 장부가액이 손금에 해당한다고 주장하나, 이는 타당하지 않다.

(가) 합병이란 2개 이상의 회사가 「상법」에 따라 청산절차를 거치지 않고 하나의 회사가 되는 것을 의미하는데, 합병 후 존속회사는 소멸회사의 권리의무를 승계하게 되므로 회계상으로는 합병당사자들 간 순자산을 합치는 과정이라고 할 수 있다.

(나) 합병의 정의를 완전자회사 간 합병과 관련하여 검토하면, 모회사가 지분 전체를 보유한 완전자회사 간 합병에서는 소멸회사의 순자산 등 권리의무가 존속회사로 이전되는바, 모회사 입장에서 합병으로 인한 보유지분 가치에 변동이 발생하지 아니한다.

즉, 소멸회사 지분가치만큼 모회사의 보유지분 가치가 줄어들지만, 그만큼 존속회사 지분가치가 상승하는바, 모회사 입장에서 지분 손실은 전혀 발생하지 아니한다.

(다) 쟁점합병의 경우 합병으로 소멸된 피합병자회사의 순자산 가치만큼 합병자회사의 순자산 가치가 증가하여 청구법인의 경제적 손실은 발생하지 아니한바, 「법인세법」 제19조에 따른 손금의 정의에 부합하지 않다.

(2) 청구법인이 제시한 「법인세법」 제41조 및 같은 법 시행령 제72조는 이 건과 무관하다.

(가) 「법인세법 시행령」(2024.2.29. 대통령령 제34266호로 개정된 것) 제72조 제5항 제1의3호는 법인이 보유하는 자산에 대한 취득가액과 관련하여 "「법인세법」 제44조 제3항 제2호에 따른 합병으로서 합병법인으로부터 합병대가로 취득하는 주식등이 없는 경우에는 해당 피합병법인 주식등의 취득가액(주식등이 아닌 합병대가가 있는 경우에는 그 합병대가의 금액을 차감한 금액으로 한다)을 가산한 금액"으로 규정하는바, 소멸법인 주식가액을 손금에 산입할 여지가 없다.

(나) 해당 규정은 공포된 날인 2024.2.29.부터 시행되어 2019사업연도에 합병이 이루어진 이 건에 적용할 수 있는지 여부가 문제되나, 개정세법 해설 등에 따르면 해당 규정은 창설적 규정이 아닌 기존 규정의 명확화를 위한 확인적 규정인 것으로 분명히 명시되어 있는바, 이 건 적용 여부는 문제되지 아니한다.

(3) 청구법인은 무증자합병의 경우에도 피합병자회사의 완전자본잠식 여부에 따라 모회사의 손금인정 여부를 달리한다고 해석한 ‘기획재정부 법인세제과-12, 2024.1.4.’과 관련하여 「법인세법」에서 규정한 권리의무확정주의에 위배된다고 주장하나, 이는 타당하지 아니한 주장이다.

(가) 앞서[처분청 의견 (1) 참조] 언급한 바와 같이 완전자회사 간 합병의 경우 소멸법인의 순자산가액만큼 존속법인의 순자산가액이 증가하므로, 자본잠식상태가 아니라면 소멸법인의 주식은 존속법인 주식가액에 가산하는 것이 타당하다.

(나) 최근 국세청 기준자문(기준-2024-법규법인-0095, 2025.5.21.) 또한 이와 뜻을 같이 한다.

(다) 이에 더해 2024.2.29. 대통령령 제34266호로 개정된 「법인세법」 제72조의 개정으로 인해 완전자회사 간 합병 시 소멸법인이 자본잠식상태인 경우에도 모회사의 손금을 인정할 수 있을지 여부가 불투명하다.

(4) 청구법인은 이 건과 거래의 실질이 유사한 무상감자 및 무상소각의 경우 기획재정부와 국세청이 해당 주식가액을 손금 산입한 것으로 해석하였으므로 이 건에서도 피합병자회사의 장부가액을 손금 산입하여야 한다고 주장하나 이는 타당하지 아니하다.

(가) 무상감자 및 무상소각의 경우 대가없이 주식을 감소시켜 주주에 경제적 손실을 일으키는데 반해, 이 건의 경우 피합병자회사의 순자산 가치만큼 합병자회사의 순자산 가치가 증가하여 주주인 완전모회사(청구법인)에 실질적인 손실이 발생하지 아니하므로 이 건과 무상감자 및 무상소각은 거래의 실질이 유사하다고 할 수 없다.

(나) 한편, 청구법인은 이 건과 유사한 사례로 연결자법인 주식 양도로 발생한 연결모법인의 양도손실을 연결자법인의 무증자흡수합병 시점에 인식한 해석사례(사전-2017-법령해석법인-0666, 2018.3.16.) 및 연결자법인 무증자합병 시 양도손실 환입 사례(기획재정부 법인세제과-130, 2021.3.4. 등)를 제시하나,

해당 사례는 주식발행법인이 결손금 보전을 위해 실시한 것으로서 이 건과 관련하여 고려하는 것은 타당하지 아니하다고 보이고, 연결자법인 무증자합병 시 양도손실 환입 사례 역시 연결법인 간 내부거래에 따라 이연된 손익의 처리에 관한 사항으로, 이 건과 관련하여 고려할 사례가 아닌 것으로 보인다.

(5) 완전자회사 간 무증자합병 시 모법인이 보유하였던 소멸법인 주식의 세무상 장부가액을 손금산입으로 허용하는 경우, 모법인은 완전자회사 간 합병 및 재분할을 통해 손익의 귀속시기를 임의로 조절하는 부작용이 발생할 수 있으므로, 손금산입을 허용하는 것은 바람직하지 아니하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

완전자회사 간의 무증자 합병에 따라 소멸된 피합병자회사 주식의 장부상 가액을 손금산입할 수 있는지 여부

나. 관련 법령

(1) 법인세법(2018.12.24. 법률 제16008호로 개정된 것)

제19조(손금의 범위) ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용[이하 “손비”(損費)라 한다]의 금액으로 한다.

② 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

「조세특례제한법」 제100조의18 제1항에 따라 배분받은 결손금은 손금으로 본다.

④ 손비의 범위 및 구분 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제44조(합병 시 피합병법인에 대한 과세) ① 피합병법인이 합병으로 해산하는 경우에는 그 법인의 자산을 합병법인에 양도한 것으로 본다. 이 경우 그 양도에 따라 발생하는 양도손익(제1호의 가액에서 제2호의 가액을 뺀 금액을 말한다. 이하 이 조 및 제44조의3에서 같다)은 피합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입한다.

1. 피합병법인이 합병법인으로부터 받은 양도가액

2. 피합병법인의 합병등기일 현재의 자산의 장부가액 총액에서 부채의 장부가액 총액을 뺀 가액(이하 이 관에서 “순자산 장부가액”이라 한다)

② 제1항을 적용할 때 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 합병(이하 “적격합병”이라 한다)의 경우에는 제1항 제1호의 가액을 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산 장부가액으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 제2호ㆍ제3호 또는 제4호의 요건을 갖추지 못한 경우에도 적격합병으로 보아 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다.

1. 합병등기일 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인 간의 합병일 것. 다만, 다른 법인과 합병하는 것을 유일한 목적으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인의 경우는 제외한다.

2. 피합병법인의 주주등이 합병으로 인하여 받은 합병대가의 총합계액 중 합병법인의 주식등의 가액이 100분의 80 이상이거나 합병법인의 모회사(합병등기일 현재 합병법인의 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 내국법인을 말한다)의 주식등의 가액이 100분의 80 이상인 경우로서 그 주식등이 대통령령으로 정하는 바에 따라 배정되고, 대통령령으로 정하는 피합병법인의 주주등이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 주식등을 보유할 것

3. 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 계속할 것

4. 합병등기일 1개월 전 당시 피합병법인에 종사하는 대통령령으로 정하는 근로자 중 합병법인이 승계한 근로자의 비율이 100분의 80 이상이고, 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 비율을 유지할 것

③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제2항에도 불구하고 적격합병으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다.

1. 내국법인이 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 다른 법인을 합병하거나 그 다른 법인에 합병되는 경우

2. 동일한 내국법인이 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 서로 다른 법인 간에 합병하는 경우

(2) 법인세법 시행령(2019.2.12. 대통령령 제29529호로 개정된 것)

제72조(자산의 취득가액 등) ② 법 제41조 제1항 및 제2항에 따른 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

3. 합병ㆍ분할 또는 현물출자에 따라 취득한 자산의 경우 다음 각 목의 구분에 따른 금액

가. 적격합병 또는 적격분할의 경우 : 제80조의4 제1항 또는 제82조의4 제1항에 따른 장부가액

나. 그 밖의 경우 : 해당 자산의 시가

5. 합병 또는 분할(물적분할은 제외한다)에 따라 취득한 주식등 : 종전의 장부가액에 법 제16조 제1항 제5호 또는 제6호의 금액 및 제11조 제8호의 금액을 더한 금액에서 법 제16조 제2항 제1호에 따른 합병대가 또는 같은 항 제2호에 따른 분할대가 중 금전이나 그 밖의 재산가액의 합계액을 뺀 금액

⑤ 법인이 보유하는 자산에 대하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생한 경우의 취득가액은 다음과 같다.

1. 법 제42조 제1항 각 호 및 제3항의 규정에 의한 평가가 있는 경우에는 그 평가액

2. 제31조 제2항의 규정에 의한 자본적 지출이 있는 경우에는 그 금액을 가산한 금액

3. 합병 또는 분할합병(제2항 제5호에 해당하는 경우는 제외한다)으로 받은 제11조 제8호에 따른 이익이 있는 경우에는 그 이익을 가산한 금액

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 합병자회사와 피합병자회사 모두의 지분 100%를 소유하고 있었으며(아래 <그림1> 참조), 합병자회사는 피합병자회사를 흡수합병하였으나, 법인명은 피합병자회사의 법인명으로 변경하였다.

<그림1> 청구법인과 합병자회사, 피합병자회사 간 관계

(2) 이 건 합병은 무증자합병으로, 합병 당시 피합병자회사의 회계상 장부가액 및 세무상 장부가액은 아래 <표1>과 같고, 청구법인은 합병으로 인해 소멸한 피합병자회사 주식의 장부가액을 합병자회사 주식의 장부가액에 가산하였다.

<표1> 피합병법인의 장부가액

(3) 청구법인은 피합병자회사의 세무상 장부가액 OOO원을 2019사업연도 손금에 산입하고, 2019사업연도 법인세 OOO원 환급을 구하는 경정청구를 하였는바, 이를 정리하면 아래 <표2>와 같다.

<표2> 청구법인의 경정청구내역

(4) 쟁점합병 관련 합병자회사 공시자료에 따르면 다음과 같은 내용이 확인된다.

(가) 피합병자회사의 2019.5.29. 기준 자산·부채 내역은 아래 <표3>과 같다.

<표3> 피합병자회사의 자산·부채 내역

(나) 합병자회사에 대한 주요 사항(2019.5.29. 기준)은 아래 <표4>와 같다.

<표4> 합병자회사에 대한 주요 사항

(5) 이 건 쟁점과 관련한 기획재정부 및 국세청 예규는 아래 <표5>와 같다.

<표5> 기획재정부 및 국세청 예규

(6) 청구법인의 경정청구에 대해 처분청은 “자본잠식 상태에 있지 아니한 완전자회사 간 무증자 합병에 따라 소멸된 피합병법인 주식의 세무상 장부가액은 합병법인 주식가액에 가산하는 것이며, 손금산입 대상은 아닌 것으로 판단되어 본 청구건 거부하고자 함”의 사유로 거부하였다(아래 <그림2> 참조).

<그림2> 처분청의 경정청구 처리 결과 통지

(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 사건에 대하여 살펴본다.

무증자합병으로 인하여 주식을 교부받지 못한 피합병법인의 주주가 합병법인의 주주라는 이유로 당해 피합병법인 주식가액을 합병법인 주식가액에 가산할 법령상 근거는 없어 보이므로 피합병법인 주식의 장부가액을 합병법인 주식가액에 가산하여 증액하는 것은 임의평가증에 해당하는 것으로 보이고, 이는 「법인세법」상 허용되지 아니한다고 할 것인바, 이에 대하여 처분청은 이러한 증액이 자산의 대체라는 의견이나, 합병법인의 주식 수가 변동이 없는 상황에서 그 장부가액을 증가시키는 것을 평가(임의평가증)가 아니라고 보기 어려운 점, 2024.2.29. 대통령령 제34266호로 개정된 「법인세법 시행령」 제72조 제5항에서 쟁점규정을 신설한 것은 ‘무증자합병의 경우 신주 발행이 없어 「법인세법 시행령」 제72조 제2항 제5호의 적용대상에 해당하지 아니하여 무증자합병 시 합병법인 주식의 평가를 할 근거가 없고, 피합병법인의 장부가액이 「법인세법」 제19조 손비의 일반원칙에 따라 손금으로 되는 문제가 발생함에 따라 이를 정책적 목적에서 방지하기 위해’ 합병법인 주식의 장부가액에 피합병법인 주식의 장부가액을 가산할 수 있도록 근거를 마련한 것으로 보이는 점 등에 비추어, 완전자회사 간 무증자 흡수합병에 해당하는 쟁점합병으로 인해 소멸한 피합병법인 주식의 장부가액이 모회사의 손금에 해당하지 아니하는 것으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.