이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2022.2.23. 광주광역시 동구 OOO(이하 “쟁점토지”라 한다)를 매매로 취득하고, 같은 날 처분청에 취득세 등 OOO원을 신고·납부하였으며, 2025.5.26. 쟁점토지 지상에 건축물(이하 “이 건 건축물”이라 한다)을 신축하여 취득하고, 같은 날 처분청에 취득세 등 OOO원을 신고·납부하였다.

나. 청구법인은 이후 쟁점토지 및 이 건 건축물이 새마을금고가 「새마을금고법」제28조 제1항 제1호의 업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 해당한다고 보아, 2025.12.5. 처분청에 「지방세특례제한법」(2023.12.29. 법률 제19862호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제87조 제2항 제1호에 따른 취득세 감면의 적용을 주장하는 경정청구를 제기하였다.

처분청은 이 건 건축물의 취득에 대하여 위 규정에 따른 취득세 감면이 가능하나, 쟁점토지의 취득에 대하여는 그 감면이 적용될 수 없다고 보아, 2026.1.22. 청구법인의 경정청구를 거부(이하 “이 건 경정청구 거부처분”이라 한다)하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2026.4.14. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 「지방세특례제한법」제87조 제2항 제1호에서 새마을금고가 「새마을금고법」제28조 제1항 제1호의 업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제한다고 규정하고 있는바, 청구법인은 「새마을금고법」에 열거된 신용사업과 그 외 사업인 임대업에 대한 실지 귀속 면적에 따라 신용사업에 귀속되는 부분에 대한 취득세를 면제받을 수 있다.

(2) 처분청은 청구법인이 정당한 사유 없이 쟁점토지의 취득일(2022.2.23.)부터 1년이 경과할 때까지 그 토지를 해당 용도로 직접 사용하지 아니하였으므로, 「지방세특례제한법」제87조 제2항 제1호에 따른 취득세 감면이 가능하다고 하더라도, 같은 법 제178조 제1항 제1호에 따른 취득세 감면분 추징 사유가 발생하여 그 감면 적용에 따른 취득세 등을 환급할 수 없다는 의견이나,

청구법인은 후술하는 바와 같이 쟁점토지를 유예기간 내 고유업무에 사용하기 위하여 지속적으로 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 그 기간을 넘긴 것에 불과하므로, 정당한 사유가 있다고 보아야 한다.

(3) 조세심판원은 ‘정당한 사유’에 법령에 의한 금지, 제한 등 그 납세자가 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론, 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함되고,

정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서는 입법 취지, 부동산의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령, 사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 납세자가 부동산을 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지의 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 하며,

유예기간 만료일까지 준공에 이르지는 못하였다 하더라도, 그 기간 내의 건축공사의 착공을 전후하여 꾸준히 일련의 건축과정을 진행하였고, 토지 취득일부터 1년이 경과한 시점에 그 지상에 건물을 준공하였지만 현재 업무에 직접 사용하고 있는 경우, 해당 법인은 유예기간 내에 부동산을 업무에 직접 사용하기 위해 진지한 노력을 다한 것으로 보아 정당한 사유를 인정할 수 있다고 판단하였다(조심 2020지1593, 2021.5.13., 참조).

(4) 청구법인은 새마을금고로서 일반 영리기업과 달리 「새마을금고법」에 따라 설립·운영되는 공공성과 공익성을 갖는 금융협동조합이므로, 본점 신축과 같은 대규모 투자 사업은 단순한 경영상 판단에 따라 신속하게 결정할 수 없고, 법령 및 내부 규정에 따라 이사회 의결, 공고, 공개경쟁입찰 등 투명성과 공정성을 확보하기 위한 공적 통제 절차를 반드시 거쳐야 한다.

이에 본점 용도인 이 건 건축물의 신축과 관련하여 내부기안 등 승인 절차, 이사회 결의, 신문 공고를 비롯하여 설계·감리 및 시공사 선정을 위한 현장설명회와 입찰 절차를 진행하였고, 특히 설계·감리 입찰은 입찰 무효로 인해 2회 실시(자격 미달 업체 1곳이 입찰에 참여하여 복수 입찰이 성사되지 못함), 시공사 입찰은 유찰로 인해 3회에 걸쳐 재실시(코로나19 이후 인플레이션 및 부동산 경기 침체) 되는 등 통상적인 경우를 초과하는 기간이 불가피하게 소요되었다.

이러한 절차는 임의로 생략하거나 단축할 수 없는 법적·제도적 요구사항에 해당하며, 또한 수차례의 입찰 재실시는 외부 환경적 요인도 크게 작용한 것이다.

(5) 나아가 이 건 건축물의 신축 공사는 지하 1층, 지상 7층 규모의 대규모 공사로서, 당초부터 공사기간이 2023년 11월부터 2025년 4월까지로 예정되어 있었고, 이는 통상적인 건축 공정에 비추어 보더라도 약 18개월 이상의 공기가 요구되는 사업으로, 쟁점토지의 취득일로부터 1년 이내에 이 건 건축물의 준공을 완료하는 것은 물리적으로도 불가능한 수준의 공사에 해당한다고 할 것이다.

(6) 결국 청구법인이 쟁점토지의 취득일부터 1년 내 준공을 하지 못한 것은, 새마을금고로서 요구되는 절차적 통제와 입찰 지연 등 외부적 요인, 그리고 공사 규모 및 공정상 필연적으로 요구되는 공사기간에 기인한 것으로서, 청구법인의 자의나 귀책에 따른 것이 아닌 객관적·불가피한 사정에 해당하므로, 이는 「지방세특례제한법」제178조 제1항 제1호에서 정한 ‘정당한 사유’에 해당함이 명백하다고 보아야 한다.

(7) 따라서 쟁점토지에 대하여 「지방세특례제한법」제87조 제2항 제1호에 따른 취득세 감면이 적용되어야 하므로, 이와 달리 판단한 이 건 경정청구 거부처분은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 내부적 의사결정 구조의 복잡성에 따른 일정 지연, 입찰 유찰 등을 ‘정당한 사유’로 인정해야 한다고 주장하나, 법인의 내부적 의사결정 과정이나 절차 준수는 해당 법인의 조직 형태 및 내부 규정에 따른 것으로서, 사업 시행 과정에서 통상적으로 수반되는 내부적 사정에 불과하고, 또한 시공사 선정 과정에서의 입찰 유찰이나 경기 변동 역시 사업자가 통상적으로 부담하여야 할 경영상 위험에 해당하므로, 이를 「지방세특례제한법」제178조 제1항 제1호에서 정한 ‘정당한 사유’로 볼 수 없다.

(2) 조세심판원도 “청구법인의 의사결정 구조가 상대적으로 복잡하다는 것은 외부에서 확인하기 어려운 내부 사정에 불과하고, 시공사 선정 과정에서 입찰 유찰이 반복된 사정이나 코로나19 등의 사유 역시 법령상 제한 등에 준하는 외부적 제한 사유로 보기 어렵다”고 결정한 바 있다(조심 2022지574, 2023.2.14., 참조).

(3) 청구법인은 2022.2.23. 쟁점토지를 취득한 이후 유예기간이 만료되기 직전인 2023.2.7.에 이르러서야 이 건 건축물의 신축을 위한 건축허가를 신청하였고, 2023.3.16. 건축허가를 통지받은 이후에도 약 8개월이 경과한 2023.11.30.에 이르러서야 착공신고를 한바, 이는 쟁점토지의 취득일로부터 약 1년 9개월이 경과한 시점이므로, 법령상 허용된 유예기간을 상당 기간 초과한 상태였다고 할 것이다.

(4) 청구법인은 또한 설계·감리 입찰은 입찰 무효로 2회 실시되었고, 시공사 입찰은 유찰로 인해 3회에 걸쳐 재실시 되었다고 주장하나, 설계·감리 입찰 공고 이후 최종 선정까지 약 4개월이 소요되었고, 이후 시공사 입찰공고에 이르기까지도 약 4개월에 가까운 기간이 경과한 것으로 확인되므로, 위와 같은 입찰 절차로 인한 소요기간을 모두 청구법인에게 유리하게 고려하여 제외하더라도, 쟁점토지의 취득일로부터 1년의 유예기간 내에 목적사업에 착수하지 못하였다는 사실에는 변함이 없다.

(5) 위와 같은 지연은 법령상 제한이나 행정청의 처분 등 외부적 장애에 따른 지연이라기보다는, 내부 의사결정 절차 및 입찰 과정 등 사업 추진 과정에서 발생한 사정에 기인한 것으로 보는 것이 타당하고, 청구법인은 해당 공사가 대규모 신축공사로서 상당한 기간이 소요될 수 있음을 쟁점토지 취득 당시 충분히 인지할 수 있었던 것으로 보이며, 목적사업 수행을 위한 정상적인 노력 의무를 다하였다고 보기도 어렵다.

(6) 따라서 처분청에서 청구법인이 쟁점토지를 정당한 사유 없이 취득일로부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 이 건 경정청구 거부처분을 한 것은 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점부동산을 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 「새마을금고법」제28조 제1항 제1호의 업무에 직접 사용하지 아니한 데 정당한 사유가 있는지 여부

나. 관련 법률 : ＜별지＞ 참조

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 청구법인은 「새마을금고법」제7조 제1항에 따라 설립된 새마을금고이다.

(나) 청구법인은 2022.2.23. 쟁점토지를 매매로 취득하고, 같은 날 처분청에 취득세 등 OOO원을 신고·납부하였으며, 2025.5.26. 본점 용도의 이 건 건축물을 신축하여 취득하고, 같은 날 처분청에 취득세 등 OOO원을 신고·납부하였다.

(다) 청구법인은 쟁점토지의 취득일부터 1년 이내 당해 토지를 「새마을금고법」제28조 제1항 제1호의 업무인 신용사업에 직접 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였음을 입증하는 취지로 ＜표1＞의 이 건 건축물 신축공사 관련 일정 정리표 및 ＜표2＞의 이 건 건축물 신축공사 관련 이사회 일정표를 제출하였다.

＜표1＞ 이 건 건축물의 신축공사 관련 일정 정리표(청구법인 제출)

○○○

＜표2＞ 이 건 건축물 신축공사 관련 이사회 일정표(청구법인 제출)

○○○

(라) 청구법인은 이 건 건축물의 신축 공사가 장기간의 공사를 요하는 대규모의 공사로서, 유예기간(1년) 내 완료될 수 없었음을 입증하는 취지로 ＜표3＞의 도급계약서를 제출하였다.

＜표3＞ 이 건 건축물 신축공사 관련 도급계약서(발췌)

○○○

(마) 처분청이 제출한 자료에 따르면, 청구법인은 2023.3.16. 처분청으로부터 이 건 건축물의 신축을 위한 건축허가를 받았고, 2023.12.11. 처분청에 이 건 건축물의 신축공사에 관한 착공신고를 마친 것으로 확인된다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대해 살펴본다.

(가) 「지방세특례제한법」제87조 제2항 제1호는 “새마을금고가 「새마을금고법」제28조 제1항 제1호의 업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산”에 대하여 취득세를 면제한다고 규정하고 있고, 같은 법 제178조 제1항 제1호는 “정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우” 감면된 취득세를 추징한다고 규정하고 있으며,

「새마을금고법」제28조 제1항 제1호는 회원으로부터 예탁금과 적금을 수납하고, 회원을 대상으로 자금을 대출하는 등의 “신용사업”을 새마을금고의 업무로 규정하고 있다.

(나) 「지방세특례제한법」제178조 제1항 제1호에 규정된 “정당한 사유”란 법령에 의한 금지·제한 등 그 납세자가 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서는 입법 취지, 부동산의 취득 목적에 비추어 고유목적에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령·사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 납세자가 부동산을 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지의 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것이나,

부동산 취득시에 이미 유예기간 내에 고유업무에 사용할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유가 있음을 알고 있었고, 취득 후에 당해 부동산을 고유업무에 사용하지 못한 것도 동일한 사유 때문이라면, 취득 전에 존재한 외부적 사유가 충분히 해소 가능한 것이고 실제 그 해소를 위하여 노력하여 이를 해소하였는데도 예측치 못한 전혀 다른 사유로 고유업무에 사용치 못하였다는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 외부적 사유는 당해 토지를 고유업무에 사용치 못한 정당한 사유로 보기 어렵다 할 것이다(조심 2024지2085, 2025.9.24., 같은 뜻임).

(다) 청구법인은 새마을금고의 엄격한 내부 의사결정 구조, 설계·감리 입찰의 무효, 코로나 19 이후 인플레이션 및 부동산 경기침체로 인한 시공사 입찰 유찰 등으로 쟁점토지를 유예기간 내 신용사업에 직접 사용하지 못한 것이므로, “정당한 사유”가 인정되어야 한다고 주장하나,

이와 같은 사유는 청구법인이 쟁점토지를 취득할 당시 알았거나 충분히 알 수 있었던 장애사유에 불과하여, 위 토지를 유예기간 내 해당 용도로 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 될 수 없는 점,

청구법인은 쟁점토지의 취득일(2022.2.23.)부터 유예기간인 1년이 경과한 2023.3.16. 이 건 건축물의 신축을 위한 건축허가를 받고, 2023.11.30. 착공신고를 하였으며, 2025.5.26. 이 건 건축물을 완공하여 취득한 것으로 확인되는바, 청구법인이 쟁점토지를 유예기간 내 신용사업에 직접 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였다고 보기도 어려운 점 등에 비추어, 처분청이 청구법인에게 한 이 건 경정청구 거부처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법률

(1) 지방세특례제한법(2023.12.29. 법률 제19862호로 개정되기 전의 것)

제87조(새마을금고 등에 대한 감면) ② 「새마을금고법」에 따라 설립된 새마을금고(중앙회는 제외하며, 이하 제1호 및 제2호에서 "새마을금고"라 한다)에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 각각 감면한다.

1. 새마을금고가 「새마을금고법」 제28조 제1항 제1호의 업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를, 과세기준일 현재 그 업무에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세를 각각 2023년 12월 31일까지 면제한다.

제178조(감면된 취득세의 추징) ① 부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

(2) 새마을금고법

제28조(사업의 종류 등) ① 금고는 제1조의 목적을 달성하기 위하여 다음 각 호의 사업의 전부 또는 일부를 행한다.

1. 신용사업

가. 회원으로부터 예탁금과 적금 수납

나. 회원을 대상으로 한 자금의 대출

다. 내국환(內國換)과 「외국환거래법」에 따른 외국환업무

라. 국가, 공공단체 및 금융기관의 업무 대리

마. 회원을 위한 보호예수(保護預受)

바. 어음할인

사. 상품권의 판매대행