이유
1. 처분 개요
청구인은 서울특별시 서초구 OO동 OOOO 대지 670.8㎡의 3분의1지분(이하 “쟁점토지”라 한다)을 ’83.11.26 취득하여 ’94.10.17 주택조합(이하 “쟁점주택조합”이라 한다)에 양도하고, ’94.10.30 자산양도차익예정신고 및 자진납부를 이행하였다가, 그 후 주택조합도 등록된 주택건설사업자에 해당된다는 대법원 판결을 근거로 ’96.9.2 관할세무서장에게 양도소득세 감면신청 및 경정청구를 하였는바, 이에대해 처분청은 ’97.3.31 국민주택 건설용지감면 규정을 적용하여 일부 환급결정을 하였다가, ’97.9.1 자로 다시 감면배제 결정을 하여 양도소득세 41,586,380원을 고지하였다.
청구인은 이에 불복하여 ’98.1.15 심사청구를 거쳐 ’98.5.7 심판청구를 제기하였다.
2. 청구주장 및 국세청장 의견
가. 청구주장
’94.10.22 양도소득세 신고 당시에는 ‘주택조합을 주택등록업자로 보지아니한다’는 국세청의 유권해석(재산 01254-3556, ’89.9.25)이 있어 감면신청을 하지 않았으나 ‘주택조합도 주택건설등록업자와 동일한 지위를 갖는다’는 대법원판결(95누 9419, ’95.11.28)이 있은 후인 ’96.9.2 감면신청서를 제출하였는바, 법령규정상 면제요건이 충족되는 경우에는 세액면제하는 것이라는 예규(재일01254-2434, ’92.9.25)와 심판결정례(국심88서876, ’88.10.3)가 있고 ’96 세법개정시 대부분의 조세감면에 대하여 신청감면제도를 협조의무로 전환한 점등으로 보아 감면 적용하는 것이 적법하다.
나. 국세청장 의견
구 조세감면규제법(’94.12.31 법률 제4806호로 개정되기전의 것) 제66조 제1항 및 제4항, 같은 법 시행령 제63조 제9항의 각 규정의 입법취지가 국민주택의 건설에 필요한 토지를 원활하게 공급하여 국민주택의 건설을 촉진하고 지원하려는 데에 있기는 하나, ’94.12.31 개정된
조세감면규제법 시행령 제63조
제9항 단서에서 과세표준확정신고기간 내에 세액감면신청서 등을 제출하지 못한 경우에는 과세표준신고기한으로부터 1년이 되는 날 또는 과세표준 및 세액의 결정일 이내에 이를 체출할 수 있다고 규정하고 있고, 시행령 부칙 제5조에서는 「이 영 중 양도소득세 또는 특별부가세에 관한 개정규정은 이 영 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용한다」고 규정하고 있으므로 ’94.9.9 양도하여 ’95.5.31까지 세액감면신청서를 제출하지 아니하고 ’96.8.6에서야 세액감면신청서를 제출한 본 건은 이 경우에는 위 개정규정이 적용될 여지가 없으므로 법소정의 기간내에 양도소득세 감면신청서를 제출하지 아니한 본 건의 경우 동 감면세액을 배제하여 양도소득세를 경정결정한 처분은 정당하다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁 점
국민주택건설용지에 대한 감면규정을 적용함에 있어 감면신청기한이 경과한 이후에 세액감면신청을 하였을 경우 감면이 가능한 지의 여부를 가리는데 있다.
나. 관련법령
조세감면규제법(’94.12.31개정전의 것) 제66조【국민주택건설용지 등에 대한 양도소득세 등의 감면】제1항에서 「내국인이 다음 각호의 1에 해당하는 건설용지로 토지(대통령령이 정하는 토지를 제외한다)를 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 30(양도일부터 소급하여 5년 이전에 취득한 토지를 양도하는 경우에는 100분의 50)에 상당하는 세액을 감면한다.
1.
주택건설촉진법 제6조
의 규정에 의하여 등록한 주택건설사업자(이하 이 조에서 “주택건설등록업자”라 한다)가 건설하는 대통령령이 정하는 규모 이하의 주택(이하 “국민주택”이라 한다)의 건설용지
2.～3. 생략」라고 규정하고 있고, 같은조 제4항에서는 대통령령이 정하는 바에 따라 주택건설등록업자 등이 감면신청을 하는 경우에 한하여 이를 적용한다라고 규정하고 있으며,
같은법 시행령 제63조
제9항에서는 법 제66조 제4항의 규정에 의하여 감면신청을 하고자 하는 주택건설등록사업자 등은 당해 토지를 양도한 날이 속하는 과세표준신고기한내에 재무부령이 정하는 세액감면신청서를 주소지 관할세무서장에게 제출하도록 규정하고 있다.
다. 사실관계 및 판단
(1) 청구인은 쟁점토지를 쟁점주택조합에 ’94.10.17 양도하고 ’94.10.30 자산양도차익예정신고와 함께 양도소득세 110,394,814원을 납부하였으며, 쟁점주택조합은
조세감면규제법 제66조
제4항에 규정하는 과세표준신고기한내에 세액감면신청을 하지 아니하고 ’96.9.2 세액감면신청을 한 사실이 관련서류에 의하여 확인되고, 청구인은 ’97.2.17 경정청구를 하였으며, 처분청은 ’97.3.31 양도소득세 42,273,063원을 환급하는 오류정정감 결정을 하였다가 ’97.9.1 당초의 감면결정을 배제하고 양도소득세 41,586,380원을 재경정고지한 사실이 있다.
(2) 청구인은 쟁점토지를 양도하고 과세표준확정신고를 할 당시까지는 주택조합을 주택건설등록업자로 보지 아니하며 감면신청을 하지 아니하였으나, 그 후 대법원 판결에 의하여 주택조합도 주택건설등록업자로 보아 주택조합에 양도한 경우에도 감면이 가능한 것으로 하였으므로 이에 근거하여 감면신청을 한 것은 정당하고, 또한 이건 결정당시에 적용되던 당해 감면규정에 의하면 결정일 이전에 감면신청을 하면 가능하도록 되어 있으므로 감면을 거부한 것은 부당하다는 주장이나,
주택조합과 관련된 대법원 판례(95누 9419, ’95.11.28외 다수)는 종전에는 주택조합을 등록된 주택건설사업자로 보지 아니하였으나 주택건설사업자와 동일한 지위를 갖는다는 취지로 해석한 것이며, 주택조합에 양도할 경우에는
조세감면규제법 제66조
에서 규정한 감면요건을 준수하지 아니하여도 감면된다는 의미는 아니라 할 것이고,
쟁점토지가 전시 조세감면규제법에 규정한 감면대상의 토지가 되려면 토지를 매입한 주택조합이 과세표준확정신고기한 내에 세액감면신청을 하여야 하나, 주택조합은 ’94.10.17 쟁점토지를 매입하고 확정신고기한이 지난 ’96.9.2에 세액감면신청을 하였으므로 적법한 감면신청이 있었다고 볼 수 없다. 한편, 감면신청기한에 있어 과세표준 및 세액의 결정일 이전까지 신청하면 할 수 있도록 한 ’94.12.31 개정된
조세감면규제법시행령 제63조
제9항의 단서 규정은 개정일 이후에 양도하는 분부터 적용하도록 하고 있으므로 이건에 대하여 당해 규정의 적용 여지도 없다고 할 것이다.
(3) 살펴보건데, 국민주택건설용지 양도에 대한 양도소득세의 면제를 받기 위하여는 반드시 그 매입자가 소정기한내에 면제신청을 하여야 하고 위 기한내에 면제신청을 하지 아니한 경우에는 양도소득세를 면제받을 수 없다 할 것인바(같은 뜻: 97서2212, ’97.12.6 외), 처분청이 쟁점토지의 양도에 대하여 소정 기한내에 감면신청을 하지 아니하였으므로 감면요건을 갖추지 아니한 것으로 보아 세액감면을 배제하고 경정결정한 당초 처분은 적법하다고 판단된다.
라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로
국세기본법 제81조
및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.