미환류소득과 관련한 기업소득 산정시 이월결손금 재차 공제가 가능하다는 규정이 없고, 재차 공제할 경우 미환류소득에서 이월결손금이 과다공제되어 불합리하므로 이 건 처분에 잘못이 없음

이유

1.처분개요 가.청구법인은 2002.11.25. 설립되어 기술연구 및 용역 수탁업을 영위하고 있는 법인으로, 2019·2020사업연도에 대한 법인세 신고 시 「조세특례제한법」제100조의32 에 다른 미환류소득(이하 “미환류소득”이라 한다)을 계산함에 있어 관련 유권해석에 근거하여 「법인세법 시행규칙」[별지 제50호서식(갑)]을 통해 객관적으로 확인되는 해당 사업연도 초 결손금 미사용 이월잔액을 이월결손금 공제액으로 기재하여 신고·납부하였다. 나.서울지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2022.9.13.부터 2022.9.30.까지 처분청에 대한 종합감사를 실시하여, 청구법인이 미환류소득 계산 시 이월결손금으로 기 차감한 금액을 다음 사업연도에 재차 차감하여 미환류소득을 과소하게 산정하였고 이로 인해 2020·2021사업연도의 미환류소득에 대한 법인세를 과소납부하였다고 보아 미환류소득을 재계산하도록 처분청에 통보하였고, 이에 따라 처분청은 2023.2.10. 청구법인에게 2020사업연도 법인세 OOO원, 2021사업연도 법인세 OOO원을 경정·고지하였다. 다.청구법인은 이에 불복하여 2023.5.9. 심판청구를 제기하였다. 2.청구법인 주장 및 처분청 의견 가.청구법인 주장 (1)기획재정부 및 국세청은 지속적으로 유권해석을 통해 청구법인이 신고한 방법에 따라 이월결손금 공제액을 계산하도록 명확하게 회신하였다. (가)기획재정부와 국세청은 지속적으로 유권해석(기획재정부 법인세제과-312, 2016.3.30., 사전-2020-법령해석법인-1059, 2020.12.7., 기획재정부 법인세제과-374, 2021.8.19., 서면-2021-법령해석법인-0107, 2021.8.19.)을 통해 미환류소득 계산시 각 사업연도 소득에서 차감하는 결손금을 해당 사업연도의 각 사업연도의 소득에서 실제 차감된 결손금이 아니라, 해당 사업연도 개시일 전 10년 이내(개정 후 15년)에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도 과세표준 계산시 공제되지 아니한 금액으로 명시하여, 과세표준 계산 시 차감하는 이월결손금과 미환류소득 계산 시 차감하는 이월결손금의 차이를 명확화하였다. ＜관련 법령 및 유권해석＞

「조세특례제한법 시행령」제100조의 32 【투자·상생협력 촉진을 위한 과세특례】 ④ 법 제100조의32 제2항 제1호 각 목 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 소득”이란 「법인세법」제14조 에 따른 각 사업연도의 소득에 제1호의 합계액을 더한 금액에서 제2호의 합계액을 뺀 금액(그 수가 음수인 경우 영으로 본다. 이하 이 항에서 “기업소득”이라 한다)으로 한다. 2. 다음 각 목에 따른 금액의 합계액 라. 「법인세법」제13조 제1항 제1호에 따라 해당 사업연도에 공제한 결손금

유권해석시점	답변처	판단
2016.03	기획재정부	결손금 발생 후 “각 사업연도 과세표준 계산”을 할 때 공제되지 아니한 금액 →각 사업연도 초 결손금 미사용 이월잔액
2020.12	국세청
2021.08	기획재정부
2021.08	국세청

○ 기획재정부 법인세제과-312, 2016.3.30. 2. 기업의 미환류소득 계산시 각 사업연도의 소득에서 차감하는 「법인세법 시행령」제93조 제4항 제2호 라목의 “해당 사업연도에 공제한 결손금”은 「법인세법」제13조 제1호의 “각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액”임. ○ 사전-2020-법령해석법인-1059, 2020.12.7. (질의내용) o 내국법인이 「조세특례제한법」제100조의32 조에 따른 미환류소득 계산 시 각 사업연도 소득에서 차감하는 결손금의 의미 〈갑설〉 해당 사업연도의 각 사업연도의 소득에서 실제 차감된 결손금 〈을설〉 해당 사업연도 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액 (회신) 기업의 미환류소득 계산시 각 사업연도의 소득에서 차감하는 「조세특례제한법 시행령」제100조의32 제4항 제2호 라목의 “해당 사업연도에 공제한 결손금”은 「법인세법」제13조 제1항 제1호에 따른 “각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액”을 의미하는 것임. ○ 서면-2021-법령해석법인-0107, 2021.8.19. (질의내용) o 「조세특례제한법」제100조의32 의 미환류소득 계산시 차감하는 합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은 이월결손금의 의미 (1안) 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위에서 해당 사업연도에 공제한 결손금 (2안) 피합병법인의 해당 사업연도 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금(2020년 1월 1일 이후에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금은 15년)으로서 그 후의 각 사업연도 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액 (회신) 귀 서면질의의 경우, 기존 기획재정부 해석(재법인-374, 2021.8.19.)을 참고하기 바람. ◈ 기획재정부 법인세제과-374, 2021.8.19. 귀 질의의 경우 제2안(피합병법인의 해당 사업연도 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금(2020년 1월 1일 이후에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금은 15년)으로서 그 후의 각 사업연도 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액)이 타당함. ○ 기획재정부 법인세제과-374, 2021.8.19. (질의) o 「조세특례제한법」제100조의32 의 미환류소득 계산 시 차감하는 합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은 이월결손금의 의미 (제1안) 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위에서 해당 사업연도에 공제한 결손금 (제2안) 피합병법인의 해당 사업연도 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금(2020년 1월 1일 이후에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금은 15년)으로서 그 후의 각 사업연도 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액 (회신) 귀 질의의 경우 제2안(피합병법인의 해당 사업연도 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금(2020년 1월 1일 이후에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금은 15년)으로서 그 후의 각 사업연도 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액)이 타당함.

(나)위 법령과 유권해석에 따라, 청구법인은 미환류소득에 대한 법인세 계산 시 ① 각 사업연도 개시일 전 10년(15년) 이내에 개시한 사업연도에 발생한 결손금으로, ② 각 사업연도의 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액을 차감하여 일관되게 기업소득을 산정하였으며, 2022년 정기 세무조사 수검 시 2019년의 각 사업연도 소득이 변동하여 미환류소득을 재계산할 때에도 처분청에서는 회사의 미환류소득 산출 시 이월결손금 차감방식에 대해 문제를 제기하지 아니하였는데, 이러한 사실은 이 건 부과처분 전에는 조사청 역시 종전 유권해석에 따라 청구법인이 적법하게 기업소득을 산출하여 미환류소득을 신고한 것을 인정하였음을 방증하는 것이다. (2)처분청이 부과처분의 근거로 내세우는 유권해석(기획재정부 법인세제과-333, 2022.8.24., 이하 “쟁점예규”라 한다)에서 쟁점이 되는 대상인 ‘합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은 이월결손금’은 청구법인과 같은 ‘일반적인 이월결손금’과 근본적인 차이가 있어 미환류소득 계산 시 동일하게 취급할 수 없다. (가)쟁점예규는 합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은 이월결손금을 매년 미환류소득에서 차감할 수 없다고 답변하고 있으나, 이는 2021년 생성된 합병법인에 대한 미환류소득 관련 유권해석(기획재정부 법인세제과-374, 2021.8.19.)에 이어 미환류소득 계산 시 합병법인이 차감할 수 있는 피합병법인으로부터 승계받은 이월결손금의 차감방법을 구체화한 것으로서, 합병법인이 아닌 청구법인과 같은 일반법인의 이월결손금 차감방법까지 규정하는 유권해석으로 볼 수 없다.

○ 기획재정부 법인세제과-374, 2021.8.19. 미환류소득 계산시 차감하는 합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은 이월결손금은 피합병법인의 해당 사업연도 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액임

○ 기획재정부 법인세제과-333, 2022.8.24. 【제목】 「조세특례제한법」제100조의32 미환류소득 계산 시 차감하는 합병법인이 피합병법인으로부터 승계 받은 이월결손금을 이후 사업연도에도 계속하여 차감할 수 없음 【질의】 (사실관계) o A법인(합병법인)은 2018.8.1.을 합병등기일로 하여 B법인(피합병법인)을 흡수합병 - A법인은 합병 당시 B 법인의 이월결손금 229억원 승계했으며, 해당 이월결손금은 합병 이후 승계받은 사업에서 소득이 발생하지 않아 변동 없음. * 승계받은 이월결손금은 승계 받은 사업의 소득에서만 공제 가능(교차공제 금지) (질문요지) o 합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은 이월결손금으로서 각 사업연도 과세표준 계산시 공제되지 않은 금액을 매년 미환류소득 계산 시 계속하여 차감할 수 있는지 여부 ＜1안＞ 매년 이월결손금 공제가능 ＜2안＞ 매년 이월결손금 공제불가능 【회신】 질의의 경우 2안이 타당함.

(나)피합병법인으로부터 승계받은 이월결손금의 경우에는 관련 법령에 따라 피합병법인으로부터 승계받은 사업과 그 밖의 사업을 구분경리하여야 하고, 그 구분경리 결과 합병 이후 합병법인 전체에서는 이익이 발생하더라도, 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 이익이 나지 않는다면 피합병법인으로부터 승계받은 이월결손금을 이후 사업연도의 과세표준에서 차감할 수 없어 계속적으로 이월결손금이 잔존하게 되는 특수한 상황이 발생하게 되나, 기존 법령과 관련 유권해석에서는 미환류소득 계산 시 이와 같이 구분경리를 통해 피합병법인으로부터 승계받은 이월결손금을 공제하여야 하는 특수한 경우가 충분히 고려되지 않음에 따라, 이러한 특수한 상황에 있어 미환류소득 계산 시 차감하는 이월결손금의 범위에 대한 질의가 있었고, 기획재정부는 합병 이후 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 소득이 발생하지 않아 매년 변동되지 아니하는 피합병법인의 이월결손금에 한하여 매년 이월결손금을 공제하지 않는 것이 타당하다는 취지의 회신을 한 것이다. (다)이는 미환류소득에 대한 법인세 과세의 도입취지가 기업소득의 사내유보를 방지하고 투자, 임금증가, 배당 등을 통해 기업소득과 가계소득 간 선순환을 유도하고자 도입된 것인데, 합병법인이 승계한 피합병법인의 이월결손금은 피합병법인으로부터 승계받은 사업부문에만 관련된 결손금으로서 「법인세법」에 따른 공제제한으로 인해 피합병법인으로부터 승계받은 사업부문에서 발생하는 소득 범위에서만 공제가능하기 때문에 합병법인의 기존 나머지 사업부문에서 아무리 많은 소득과 사내유보소득이 발생한다 하더라도 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 결손이 발생하면 근본적으로 각 사업연도 소득금액에서 공제가 불가능한 결손금으로서, 피합병법인으로부터 승계받은 결손금은 특정사업부문에 한정되어 있다는 점에서 청구법인과 같은 일반법인에서 발생하는 이월결손금과는 근본적인 차이가 있다. ＜관련 법령 및 차이점＞

○ 「법인세법」제45조 【합병 시 이월결손금 등 공제 제한】② 제44조의3 제2항에 따라 합병법인이 승계한 피합병법인의 결손금은 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위에서 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제한다.

차이	피합병법인 승계 이월결손금	일반적인 이월결손금
발생원천	승계받은 사업부문에서만 발생	전체 사업부문에서 발생
향후 전체 사업에서 소득발생시 결손금 공제범위	승계받은 사업부문 소득미발생시 공제불가능한 결손금	특별한 제한 없이 법인 전체 소득에서 공제가능한 결손금

(3)일반법인에 대한 과거 기획재정부 및 국세청 해석이 여전히 유효하고, 일반법인의 결손금에 대한 유권해석이 전혀 없음에도 불구하고, 합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은 이월결손금에 대한 최근 유권해석인 쟁점예규를 합병법인이 아닌 일반법인인 청구법인의 이월결손금으로까지 확대 적용하는 것은 일반법인에 대한 기존 유권해석과 배치될 뿐만 아니라 소급과세 금지 원칙에도 위배된다. (가)처분청이 근거로 삼고 있는 합병법인과 관련한 유권해석인 쟁점예규 회신 이후에도 일반법인과 관련한 기존 기획재정부 및 국세청 유권해석이 삭제되거나 수정되지 않았고, 일반법인에 대한 새로운 유권해석이 생성되지 아니한 사실은 합병법인의 이월결손금과 일반법인의 이월결손금의 성격이 상이하다는 점이 반영된 것으로, 청구법인이 일반법인에 대한 기존 유권해석에 따라 처리한 세무처리는 적정한 것이다. 만약 쟁점예규를 청구법인과 같은 일반법인에게도 적용하려면, 유권해석에 ① 일반법인의 이월결손금 또한 매년 공제 불가능하다거나, ② 과세표준 계산 시 공제되지 않은 금액이면서 기업소득 계산 시 공제되지 아니한 금액만 공제할 수 있다는 등의 내용이 존재해야 하나, 쟁점예규는 이와 같은 내용을 포함하고 있지 아니하다. 또한, 쟁점예규가 일반법인의 결손금으로까지 확대적용되는 것이라면 합병법인이 승계받은 피합병법인의 이월결손금의 범위를 산정함에 있어 합병(승계) 시점의 피합병법인의 이월결손금이 아니라 합병 이전에 해당 이월결손금이 미환류소득 계산 시 차감되었는지 여부까지도 함께 고려하여 사용가능한 피합병법인의 승계결손금이 우선 확정되어야 하는 것이 타당함에도, 이러한 내용은 해당 유권해석에 전혀 고려되어 있지 아니하다. (나)그리고 설령 처분청 의견이 타당하다고 가정하더라도, 「국세기본법」제18조 제3항 세법해석의 기준 및 소급과세 금지 원칙에 따라 납세자의 조세부담을 가중시키는 내용의 유권해석의 경우 이미 성립된 납세의무에 대해 적용하지 않는 것이 타당한 점을 고려할 때, 쟁점예규 혹은 후속적으로 위의 내용을 구체적으로 포함한 유권해석이 추가로 생성된다 하더라도 유권해석 생성 전인 2020·2021사업연도 미환류소득에는 소급하여 적용하지 않는 것이 타당하다.

구분	이월결손금 공제액	근거	유권해석 생성연도
청구법인 방식	각 사업연도의 과세표준 계산 시 공제되지 아니한 금액	기획재정부 및 국세청 다수 유권해석 → 청구법인의 세무처리와 일치	2016, 2020, 2021년 (신고납부 이전)
처분청 방식	미환류소득 신고 시 이전 사업연도에 공제되지 아니한 금액	기획재정부 법인세제과-333, 2022.8.24. (피합병법인으로부터 승계받은 이월결손금 유권해석) → 청구법인 사례 아님	2022년 (신고납부 이후) → 소급과세

(4)처분청 의견과 같이 각 사업연도 과세표준 계산 시 사용가능한 이월결손금과 별도로 미환류소득 계산 시 공제가능한 이월결손금을 별도로 계산하여야 한다면 납세자가 해당 금액을 객관적이고 합리적으로 계산할 수 있어야 하나, 현재 납세자가 미환류소득 계산 시 공제가능한 이월결손금을 어떤 기준으로 산출하는지에 대해 규정하고 있는 법령 및 서식이 전혀 없을 뿐만 아니라 이를 명확하게 기술하고 있는 유권해석조차 없는 상황이다. (가)처분청 의견과 같이 각 사업연도 과세표준 계산 시 사용가능한 이월결손금과 별도로 미환류소득 계산 시 공제가능한 이월결손금 공제액을 계산하여야 한다면 당연히 납세자가 이를 객관적이고 합리적으로 계산할 수 있도록 하여야 할 것이다. 그러나 각 사업연도 과세표준 계산 시 사용가능한 이월결손금은 「법인세법 시행규칙」[별지 제50호서식(갑)]에 따라 명확히 계산 및 관리가 가능하도록 서식이 존재(현재 청구법인은 해당 서식에 따라 계산된 각 사업연도초 이월결손금 잔액을 미환류소득 계산 시 차감하고 있음)하나, 처분청 의견과 같은 방식으로 미환류소득 계산 시 과거 사업연도에 기 차감한 이월결손금을 재차 차감하지 않도록 이전 사업연도에 공제한 이월결손금 잔액을 계산·관리할 수 있는 어떤 서식도 존재하지 않는다. (나)또한, 미환류소득 신고 시 계산산식에 따르면, 기업소득, 미환류소득, (과세대상)미환류소득과 같은 여러 종류의 소득이 존재함에도, 재차 차감금액을 산정함에 있어 그 중 어떤 소득을 기준으로 해야 하는지에 대해 명확히 규정하고 있는 법령 및 유권해석조차 없다. (5)미환류소득에 대한 법인세 도입 및 개정 취지를 고려할 때 과세표준 계산 시 공제되지 않은 (누적)이월결손금을 차감하는 것이 타당하다. (가)미환류소득에 대한 법인세는 기업소득의 사내유보를 방지하고 투자, 임금증가, 배당 등을 통해 기업소득과 가계소득 간 선순환을 유도하고자 도입되었음에도 불구하고, 이미 법인세를 과세하고 남은 소득인 사내유보금에 대해 과세하는 것으로 이중과세의 논란 및 세부담 과중에 대한 논란이 계속되었다. (나)이에 2021년 12월 이 같은 논란을 고려하여 법령 개정 시 기업소득 환류여력 및 기존 국세청 및 기획재정부 유권해석들을 반영하여 기업소득 차감항목을 해당 사업연도에 공제 가능한 결손금으로 명확히 하였고, 2022년 12월 법령 개정 시 청구법인과 같은 중견기업의 세부담을 완화시키기 위해 2023사업연도부터는 상호출자제한기업집단에 속하지 않는 법인은 미환류소득에 대한 법인세를 적용하지 않는 것으로 미환류소득에 대한 법인세 적용대상 기업 범위가 축소되었다. (다)처분청의 이 건 부과처분은 합병법인에 한정하여 적용하여야 할 유권해석을 무리하게 청구법인과 같은 일반법인으로 확장하여 적용한 것으로, 이중과세 논란 등으로 인해 점차 축소되고 있는 미환류소득 세제의 개정취지를 반영하지 못할 뿐만 아니라 장기결손으로부터 힘겹게 턴어라운드에 성공한 청구법인과 같은 법인에게 또다시 조세부담을 가중하는 결과를 초래하게 되는 점 등을 고려하여야 한다.

개정발표	내용
2021.12월	개정 취지 : 기업소득 환류여력 반영 및 납세편의 제고 개정 내용 : 기업소득 차감항목 명확화 (이월결손금) 해당 사업연도에 공제가능한 결손금으로 명확화(60% 한도 미적용)
2022.12월	수정 이유 : 중견기업 등을 제외하여 세부담 완화

(6)청구법인은 2022.7.7.부터 2022.8.15.까지 2019년을 조세대상 과세기간으로 하여 서울지방국세청장으로부터 아래와 같이 정기 세무조사를 받았다. ＜이하 그림 삽입을 위한 여백＞ ＜세무조사 사전통지서＞ ㅇㅇㅇ (가)2019년의 경우 각 사업연도 소득금액 변동으로 2019년의 미환류소득이 변동되었고, 2020년의 경우 미환류소득 계산 시 차감하는 법인세액과 이월결손금 공제액의 변동으로 2020년의 미환류소득이 변동되었다. (나)처분청은 2023년 2월 청구법인이 미환류소득에 대한 법인세를 과소신고·납부하였다고 보고 이 건 법인세를 부과하였고, 청구법인은 이를 납부하였다. (다)2019사업연도에 대한 세무조사로 인해 2019사업연도의 각 사업연도 소득금액과 법인세 등이 변동됨으로 인하여 2019사업연도의 미환류소득이 변경되고 이에 대한 부과처분이 이루어졌음에도, 처분청이 2019사업연도의 미환류소득에 대해 재차 과세하는 것은 「국세기본법」에서 금지하고 있는 같은 세목 및 같은 과세기간에 대한 중복조사에 해당하는 것으로 취소되어야 한다. 나.처분청 의견 (1)미환류소득 계산 시 각 사업연도 소득에서 이월결손금을 계속해서 재차 차감할 수 없다. (가)투자·상생협력촉진 세제는 기업의 소득을 투자·임금증가 등으로 활용하도록 하여 기업소득과 가계소득 간 선순환을 유도하기 위한 것으로, 기업의 소득 중 투자, 임금증가액 등으로 사용하지 아니한 미환류소득이 있는 경우에 그에 대한 법인세를 납부하도록 하고 있다. 이때 미환류소득 산정은 각 사업연도 소득에 국세 환급이자 등을 가산하고 이월결손금 등을 차감하여 지출 가능한 금액(기업소득)을 계산하는 구조이며, 이월결손금 상당액을 기업소득에서 차감하는 이유는 이월결손금의 발생으로 환류여력이 없는 기업에게 환류소득에 대한 법인세 부담을 완화해 주기 위한 것이다. 법인세 과세표준 계산 시에도 전체적으로 결손인 법인에 대하여 법인세를 부과하는 것을 방지하고자 이월결손금 공제제도를 두고 있으나, 한 번 공제한 이월결손금은 이후 사업연도에 계속해서 재차 공제하고 있지 않는다. 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않지만, 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것은 불가피하다고 할 것이다(대법원 2008.2.15. 선고 2007두4438 판결). 살펴본 바와 같이 미환류소득 계산 시 이월결손금 공제를 도입한 것은, 이월결손금의 발생으로 환류여력이 없는 기업에게 환류소득에 대한 법인세 부담을 완화해 주기 위한 것이고, 같은 취지인 법인세 과세표준 계산 시에 재차 공제하지 않고 차감하는 이월결손금과 달리 볼 이유가 없으므로 미환류소득 계산 시 이월결손금 공제 가능 기간 동안 재차 차감이 가능하다고 볼 수는 없다. 즉, 미환류소득에서 이월결손금을 공제하도록 한 규정은 결손금의 발생으로 환류여력이 없는 기업에게 미환류소득에 대한 법인세 부담을 완화해 주기 위한 취지인데, 기존 미환류소득 계산 시 이월결손금을 전액 공제하여 환류여력이 충분한 기업에게 재차 이월결손금 공제를 허용한다면 이는 미환류소득 과세제도의 취지에 반하는 것으로서 타당하지 않다고 할 것이다. 기획재정부도 쟁점예규에서 합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은 이월결손금을 미환류소득 계산 시 각 사업연도마다 재차 차감하는 것은 불가능하다고 회신한 바 있다. (나)청구법인은 기획재정부와 국세청의 유권해석을 통해 미환류소득 법인세 산정 시 차감하는 ‘이월결손금’은 ‘각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액’임이 확인되었다고 하며 마치 이를 통해 이월결손금의 재차공제를 허용하는 것처럼 주장하나, 위 유권해석의 내용 중 재차공제를 허용한다는 해석은 어디에도 존재하지 않는다. 미환류소득 계산 시 차감하는 이월결손금에 대한 종전 유권해석(기획재정부 법인세제과-312, 2016.3.30., 사전2020법령해석법인-1059, 2020.12.7.)은 미환류소득 계산 시 각 사업연도 소득에서 차감하는 결손금이 ① 해당 사업연도의 각 사업연도의 소득에서 실제 차감된 결손금인지, ② 해당 사업연도 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액을 의미하는지에 대한 해석으로서 이월결손금 재차공제 여부에 대한 해석이 아니다. 2016.4.1. 기획재정부는 보도자료를 통하여 당기 소득이 있다 하더라도 과거에 누적된 이월결손금이 더 큰 경우는 기업소득 환류세제 적용이 되지 아니한다고 설명한 바 있는데, 청구법인이 제시한 유권해석은 청구법인처럼 각 사업연도 소득에 대한 과세표준 계산 시 이월결손금 공제한도가 적용되는 법인의 경우 한도적용에 따라 미공제한 이월결손금 잔액이 남을 수밖에 없는데도 미환류소득 계산 시 각 사업연도 소득에서 공제한 이월결손금만 차감할 경우, 이월결손금이 남아있어 환류여력이 없는데도 이월결손금 중 일부만 공제함으로써 미환류소득이 발생하게 되므로 해당 제도의 입법취지에 어긋나고 불합리한 결과를 초래하기 때문에 각 사업연도의 소득에서 실제 차감된 결손금이 아닌 각 사업연도 과세표준을 계산할 때 공제되지 아니한 금액(이월결손금 공제한도를 적용하지 않은 금액)을 공제하라는 의미인 것이다. 청구법인이 심판청구서에서 제시한 유권해석의 내용을 살펴보면, 미환류소득 계산 시 차감하는 이월결손금을 ‘ 「법인세법」제13조 제1호의 각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액’이라고 해석하고 있는바, 이는 「법인세법」제13조 제1호에 기재된 이월결손금 문구를 그대로 기재하고 있는 것임을 알 수 있다.

기획재정부 법인세제과-312, 2016.3.30.	「법인세법」상 이월결손금 규정 [2015.12.15. 법 제13555호]
2. 기업의 미환류소득 계산시 각 사업연도의 소득에서 차감하는 「법인세법 시행령」 제93조 제4항 제2호 라목의 “해당 사업연도에 공제한 결손금”은 「법인세법」 제13조 제1호의 “각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액”임.	제13조 【과세표준】 1. 각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액

사전-2020-법령해석법인-1059, 2020.12.07	「법인세법」상 이월결손금 규정 [2019.12.31. 법 제16833호]
기업의 미환류소득 계산시 각 사업연도의 소득에서 차감하는 「조세특례제한법 시행령」 제100조의32 제4항 제2호 라목의 “해당 사업연도에 공제한 결손금”은 「법인세법」 제13조 제1항 제1호에 따른 “각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액”을 의미하는 것임	제13조 【과세표준】 1. 제14조 제3항의 이월결손금 중 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 금액 가. 각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금일 것 제14조 【각 사업연도의 소득】 ③ 내국법인의 이월결손금은 각 사업연도의 개시일 전 발생한 각 사업연도의 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제되지 아니한 금액으로 한다.

기획재정부 법인세제과-374, 2021.08.19.	「법인세법」상 이월결손금 규정 [2020.8.18. 법 제17476호]
[회신] ○ (질의내용) 「조세특례제한법」 제100조의32 의 미환류소득 계산 시 차감하는 합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은 이월결손금의 의미 제1안 : 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위에서 해당 사업연도에 공제한 결손금 제2안 : 피합병법인의 해당 사업연도 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금(2020년 1월 1일 이후에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금은 15년)으로서 그 후의 각 사업연도 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액 ○ 귀 질의의 경우 제2안이 타당합니다. 끝.	제13조 【과세표준】 1. 제14조제3항의 이월결손금 중 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 금액 가. 각 사업연도의 개시일 전 15년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금일 것 제14조 【각 사업연도의 소득】 ③ 내국법인의 이월결손금은 각 사업연도의 개시일 전 발생한 각 사업연도의 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제되지 아니한 금액으로 한다.

즉, 위 유권해석은 미환류소득 계산 시 공제하는 이월결손금의 범위에 대해 「법인세법」상 이월결손금에 관한 규정을 기재하며 보충설명하고 있는 것으로서, ‘각 사업연도의 소득에서 과거에 누적된 결손금을 차감한 금액’을 기준으로 기업소득환류세제를 적용하라는 의미이지 이월결손금의 재차공제를 허용하는 취지의 해석이 아니다. (2)청구법인은 미환류소득 계산 시 이월결손금 재차 공제를 허용해야 하는 합리적인 이유를 제시하지 않고 있고, 청구법인 주장대로라면 각 사업연도 소득에 대한 법인세 계산 시 이월결손금을 전액 공제할 수 있는 법인과 비교할 때 형평성에 어긋난다. (가)청구법인은 기존의 유권해석에 따라 정당하게 미환류소득을 계산하였으므로 이 건 부과처분이 부당하다고 주장하고 있으나, 앞서 설명한 바와 같이 기존 유권해석은 미환류소득 계산 시 공제가능한 이월결손금의 범위에 관한 것이지, 이월결손금 재차 공제 여부와 무관한데도 청구법인이 임의로 해석하여 재차 공제를 받은 것이다. 또한, 청구법인은 기존 유권해석에 의해 미환류소득을 정당하게 계산했다고만 주장할 뿐 미환류소득 계산 시 이월결손금을 재차 공제해야 하는 취지 및 합리적인 이유에 대하여는 설명하지 않고 있다. 각 사업연도 소득에 대한 법인세 계산 시 한번 공제한 이월결손금은 다음 사업연도에 재차 공제가 불가능한데도 미환류소득 계산 시 동일한 이월결손금을 매년 공제해 줄 이유가 없고, 청구법인의 경우 2019년 미환류소득 신고 시 기존의 이월결손금 잔액을 전액 공제하여 미환류소득이 발생하였음에도, 다음연도 미환류소득 계산 시 다시 기 공제한 이월결손금을 재차 공제하는 것은 기업소득을 가계와 사회로 환류시키는 것을 목적으로 하는 해당 제도의 취지에도 맞지 않는다. (나)청구주장대로 미환류소득 계산 시 이월결손금 재차 공제가 가능할 경우, 중소기업이 아니나 각 사업연도 소득에 대한 법인세 계산 시 이월결손금이 전액 공제가 가능한 법인(예, 회생계획 또는 기업개선계획을 이행중인 법인 등)과 비교할 때 형평성에 어긋나게 된다. 1)예를 들어 청구법인과 법인세 신고내용이 동일한 A법인(일반법인, 회생계획 이행중)이 있다고 가정해 본다.

[자본금과 적립금조정명세서(갑)의 이월결손금 현황] (단위:백만원) 사업 연도 청구법인 A법인 전기이월 당기공제 잔액 전기이월 당기공제 잔액 2018 OOO OOO OOO OOO OOO OOO 2019 OOO OOO OOO OOO OOO - 2020 OOO OOO - - - - * 청구법인은 각 사업연도 소득에 대한 법인세 계산시 이월결손금 한도 적용, A법인은 회생계획 이행 중으로 이월결손금 한도 적용 없이 전액 공제가능

2)청구주장대로 미환류소득 계산 시 이월결손금 재차 공제가 가능하다고 할 경우 청구법인과 A법인의 미환류소득을 계산해 본다.

[미환류소득 법인세 계산내용] (단위:백만원) 구분 청구법인 A법인 2018년 2019년 2020년 2018년 2019년 2020년 ① 각 사업연도소득 OOO OOO OOO OOO OOO OOO + 수입배당금 익금불산입 OOO OOO + 기부금 이월손금산입 OOO OOO - 법인세액 OOO OOO OOO - OOO OOO - 이월결손금 공제액 OOO OOO OOO OOO OOO - - 기부금 손금한도초과 OOO OOO ② 기업소득 - OOO OOO - OOO OOO ③ 과세대상소득(②×15%) - OOO OOO - OOO OOO ④ 임금증가액 OOO OOO ⑤ 미환류소득(③-④) △OOO OOO OOO △OOO OOO OOO * A법인은 2018년도 각 사업연도 소득에서 이월결손금 전액 공제가 가능하므로 2018년 법인세는 없고, 2019 및 2020년 법인세는 청구법인과 동일하다고 가정

「법인세법」에서는 중소기업에 해당하지 않더라도 회생계획을 이행 중인 법인 등에 대하여는 빠른 경영정상화를 지원하고 세부담 완화를 위해 각 사업연 소득에 대한 법인세 신고 시 이월결손금을 전액 공제가능하도록 혜택을 주고 있는데, 미환류소득 법인세 신고 시 이월결손금의 재차 공제가 가능하다면 청구법인과 같은 이월결손금 공제한도가 적용되는 법인이 A법인보다 환류여력이 더 많은데도 동일한 이월결손금에 대하여 미환류소득 계산 시 실제 이월결손금보다 더 많은 금액을 공제하게 되고 그로 인해 회생계획을 이행 중인 A법인보다 미환류소득이 적게 계산되어 오히려 A법인이 청구법인보다 미환류소득에 대한 법인세를 더 납부하는 불이익이 발생되므로 이는 형평성에 어긋나며 동 제도의 입법취지에도 어긋나는 결과를 가져온다. (3)처분청이 기획재정부의 쟁점예규를 근거로 과세한 것은 소급과세에 해당하지 않는다. (가)청구법인은 기획재정부의 새로운 유권해석은 합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은 이월결손금에 대한 내용이므로 해당 해석례를 일반법인인 청구법인에 적용하는 것이 유추 및 확장해석이라고 주장한다. 그런데 쟁점예규의 내용은 미환류소득 계산 시 동일한 이월결손금을 매년 공제가 가능한지 여부에 관한 것으로서, 이는 합병법인과 일반법인을 달리 적용할 이유가 없고, 합병법인과 다르게 일반법인만 이월결손금을 재차 공제해 줄 아무런 합리적인 이유가 없다. (나) 「국세기본법」제18조 제3항은 ‘세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다’고 규정하고 있고, 같은 법 기본통칙 18-0...2에 따르면, 새로운 세법해석이 ‘종전의 해석과 상이한 경우’에는 새로운 해석이 있는 날 이후에 납세의무가 성립하는 분부터 새로운 해석을 적용한다고 규정하고 있다. 세법의 해석이 소급하여 적용되지 않기 위해서는 기존 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후이거나, 새로운 해석이 종전의 해석과 상이한 경우이어야 하는데, 이 건의 경우 쟁점예규는 이월결손금 재차 차감 가능 여부에 관한 최초의 해석으로서 종전의 해석이 존재하지 아니하였고 청구법인이 제시한 유권해석과도 전혀 다른 내용이므로, 이와 배치되는 국세행정의 관행이 존재한다거나 이것이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 것으로 볼 수 없으므로, 위 「국세기본법」과 같은 법 기본통칙에서 금지하는 소급과세에 해당하지 않는다. (4)조사청의 감사결과로 인한 청구법인에 대한 부과처분은 중복조사에 해당하지 않는다. 조사청은 ‘국세청 및 지방세무관서 감사규정’에 따른 처분청에 대한 종합감사 실시 결과, 처분청 관할인 청구법인이 미환류소득에 대한 법인세 신고 시 이월결손금을 중복으로 공제하여 법인세를 과소신고한 사실을 확인하고 처분청에 시정조치를 요구한 것으로서, 일련의 과정에서 청구법인에게 일체의 질문조사권을 행사한 사실이 없으므로 중복조사에 해당하지 않는다. 청구법인은 2019사업연도에 대하여 세무조사를 받았으므로 해당 과세기간에 대한 부과처분은 중복조사에 해당한다고 주장하나, 조사청은 청구법인에 대하여 새로운 세무조사를 실시한 것이 아니고, 「법인세법」제66조 제2항에 따라 청구법인의 신고내용에 오류 또는 누락이 있어 부과제척기간 내에 법인세 과세표준과 세액을 경정처분한 것에 불과하므로 중복조사에 해당한다는 청구법인의 주장은 타당하지 않다. 3.심리 및 판단 가.쟁점 ① 각 사업연도의 과세표준 계산 시 공제되지 아니한 이월결손금으로서 미환류소득에 대한 법인세 계산 시 이전 사업연도에 차감한 이월결손금을 이후 사업연도에 차감할 수 있는지 여부 ② 2019사업연도의 미환류소득에 대한 법인세에 대하여 이미 세무조사를 받은 바 있기에 중복조사에 해당한다는 청구주장의 당부 나.관련 법령 (1) 법인세법(2018.12.24. 법률 제16008호로 일부개정되기 전의 것) 제13조【과세표준】내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위에서 다음 각 호에 따른 금액과 소득을 차례로 공제한 금액으로 한다. 다만, 「조세특례제한법」 제5조 제1항에 따른 중소기업과 회생계획을 이행 중인 기업 등 대통령령으로 정하는 법인을 제외한 내국법인의 경우 제1호의 금액에 대한 공제의 범위는 각 사업연도 소득의 100분의 60(2018년 1월 1일부터 2018년 12월 31일까지 개시하는 사업연도는 100분의 70을 말한다)으로 한다. 1. 각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액. 이 경우 결손금은 제14조 제2항의 결손금으로서 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정·경정되거나, 「국세기본법」제45조 에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금만 해당한다. 2. 이 법 및 다른 법률에 따른 비과세소득 3. 이 법 및 다른 법률에 따른 소득공제액 제14조【각 사업연도의 소득】① 내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하는 익금(益金)의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금(損金)의 총액을 공제한 금액으로 한다. ② 내국법인의 각 사업연도의 결손금은 그 사업연도에 속하는 손금의 총액이 그 사업연도에 속하는 익금의 총액을 초과하는 경우에 그 초과하는 금액으로 한다. 제56조【기업의 미환류소득에 대한 법인세】① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 내국법인이 제2항 제1호 가목부터 라목까지의 규정에 따른 투자, 임금 또는 배당 등으로 환류하지 아니한 소득이 있는 경우에는 같은 항에 따른 미환류소득(제5항에 따른 차기환류적립금과 제7항에 따라 이월된 초과환류액을 공제한 금액을 말한다)에 100분의 10을 곱하여 산출한 세액을 미환류소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 1. 각 사업연도 종료일 현재 대통령령으로 정하는 자기자본이 500억원을 초과하는 법인(대통령령으로 정하는 중소기업은 제외한다) 2. 각 사업연도 종료일 현재 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제14조 제1항에 따른 상호출자제한기업집단에 속하는 법인 ② 제1항 각 호에 따른 내국법인은 다음 각 호의 방법 중 어느 하나의 방법을 선택하여 산정한 금액(산정한 금액이 양수인 경우에는 “미환류소득”이라 하고, 산정한 금액이 음수인 경우에는 음의 부호를 뗀 금액을 “초과환류액”이라 한다. 이하 이 조에서 같다)을 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다. 1. 해당 사업연도(2017년 12월 31일이 속하는 사업연도까지를 말한다)의 소득 중 대통령령으로 정하는 소득(이하 이 조에서 “기업소득”이라 한다)에 100분의 60에서 100분의 80 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 비율을 곱하여 산출한 금액에서 다음 각 목의 금액의 합계액을 공제하는 방법 가. 기계장치 등 대통령령으로 정하는 자산에 대한 투자 합계액 나. 대통령령으로 정하는 상시근로자(이하 이 조에서 “상시근로자”라 한다)의 해당 사업연도 임금증가금액에 다음의 계산 방법으로 산출된 금액을 합계한 금액 1) 해당 사업연도 상시근로자 수가 직전 사업연도의 상시근로자 수보다 증가한 경우에는 해당 사업연도의 상시근로자에 대한 임금증가금액에 100분의 50을 곱한 금액 2) 해당 사업연도에 대통령령으로 정하는 청년 상시 근로자(이하 이 조에서 “청년상시근로자”라 한다) 수가 직전 사업연도의 청년상시근로자 수보다 증가한 경우에는 해당 사업연도의 청년상시근로자에 대한 임금증가금액에 100분의 50을 곱한 금액 다. 대통령령으로 정하는 배당 합계액에 100분의 50을 곱한 금액 라. 「대·중소기업 상생협력 촉진에 관한 법률」제2조 제3호에 따른 상생협력을 위하여 지출하는 금액 등 대통령령으로 정하는 금액 2. 기업소득에 100분의 20에서 100분의 40 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 비율을 곱하여 산출한 금액에서 제1호 각 목(가목에 따른 자산에 대한 투자 합계액은 제외한다)의 합계액을 공제하는 방법 제66조【결정 및 경정】① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인이 제60조에 따른 신고를 하지 아니한 경우에는 그 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다. ② 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조에 따른 신고를 한 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다. 1. 신고 내용에 오류 또는 누락이 있는 경우 (2) 법인세법(2018.12.24. 법률 제16008호로 일부개정된 것) 제13조【과세표준】① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위에서 다음 각 호의 금액과 소득을 차례로 공제한 금액으로 한다. 다만, 제1호의 금액에 대한 공제는 각 사업연도 소득의 100분의 60[ 「조세특례제한법」제5조 제1항에 따른 중소기업(이하 “중소기업”이라 한다)과 회생계획을 이행 중인 기업 등 대통령령으로 정하는 법인의 경우는 100분의 100]을 한도로 한다. 1. 제14조 제3항의 이월결손금 중 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 금액 가. 각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금일 것 나. 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정·경정되거나 「국세기본법」제45조 에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금일 것 2. 이 법과 다른 법률에 따른 비과세소득 3. 이 법과 다른 법률에 따른 소득공제액 ② 제1항의 과세표준을 계산할 때 다음 각 호의 금액은 해당 사업연도의 다음 사업연도 이후로 이월하여 공제할 수 없다. 1. 해당 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제되지 아니한 비과세소득 및 소득공제액 2. 「조세특례제한법」제132조 에 따른 최저한세의 적용으로 인하여 공제되지 아니한 소득공제액 제14조【각 사업연도의 소득】① 내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하는 익금(益金)의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금(損金)의 총액을 뺀 금액으로 한다. ② 내국법인의 각 사업연도의 결손금은 그 사업연도에 속하는 손금의 총액이 그 사업연도에 속하는 익금의 총액을 초과하는 경우에 그 초과하는 금액으로 한다. ③ 내국법인의 이월결손금은 각 사업연도의 개시일 전 발생한 각 사업연도의 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제되지 아니한 금액으로 한다. 제45조【합병 시 이월결손금 등 공제 제한】① 합병법인의 합병등기일 현재 제13조 제1항 제1호에 따른 결손금은 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액[제113조 제3항 단서에 해당되어 회계를 구분하여 기록하지 아니한 경우에는 그 소득금액을 대통령령으로 정하는 자산가액 비율로 안분계산(按分計算)한 금액으로 한다. 이하 이 조에서 같다]의 범위에서는 공제하지 아니한다. ② 제44조의3 제2항에 따라 합병법인이 승계한 피합병법인의 결손금은 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위에서 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제한다. 제46조의4【분할 시 이월결손금 등 공제 제한】① 분할합병의 상대방법인의 분할등기일 현재 제13조 제1항 제1호의 결손금은 분할합병의 상대방법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 분할법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액(제113조 제4항 단서에 해당되어 회계를 구분하여 기록하지 아니한 경우에는 그 소득금액을 대통령령으로 정하는 자산가액 비율로 안분계산한 금액으로 한다. 이하 이 조에서 같다)의 범위에서는 공제하지 아니한다. ② 제46조의3 제2항에 따라 분할신설법인등이 승계한 분할법인등의 결손금은 분할법인등으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위에서 분할신설법인등의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제한다. 제56조 삭제 ＜2018.12.24.＞ (3) 조세특례제한법(2018.12.24. 법률 제16009호로 일부개정된 것) 제100조의32【투자·상생협력 촉진을 위한 과세특례】① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 내국법인이 제2항 제1호 가목부터 다목까지의 규정에 따른 투자, 임금 등으로 환류하지 아니한 소득이 있는 경우에는 같은 항에 따른 미환류소득(제5항에 따른 차기환류적립금과 제7항에 따라 이월된 초과환류액을 공제한 금액을 말한다)에 100분의 20을 곱하여 산출한 세액을 미환류소득에 대한 법인세로 하여 「법인세법」제13조 에 따른 과세표준에 같은 법 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 1. 각 사업연도 종료일 현재 대통령령으로 정하는 자기자본이 500억원을 초과하는 법인(대통령령으로 정하는 중소기업은 제외한다) 2. 각 사업연도 종료일 현재 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제14조 제1항에 따른 상호출자제한기업집단에 속하는 법인 ② 제1항 각 호에 따른 내국법인은 다음 각 호의 방법 중 어느 하나를 선택하여 산정한 금액(산정한 금액이 양수인 경우에는 “미환류소득”이라 하고, 산정한 금액이 음수인 경우에는 음의 부호를 뗀 금액을 “초과환류액”이라 한다. 이하 이 조에서 같다)을 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월( 「법인세법」제76조의17 에 따라 법인세의 과세표준과 세액을 신고하는 경우에는 각 연결사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 4개월) 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다. 1. 해당 사업연도(2020년 12월 31일이 속하는 사업연도까지를 말한다)의 소득 중 대통령령으로 정하는 소득(이하 이 조에서 “기업소득”이라 한다)에 100분의 60부터 100분의 80까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 비율을 곱하여 산출한 금액에서 다음 각 목의 금액의 합계액을 공제하는 방법(이하 각목 등 생략) 2. 기업소득에 100분의 10부터 100분의 20까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 비율을 곱하여 산출한 금액에서 제1호 각 목(가목에 따른 자산에 대한 투자 합계액은 제외한다)의 합계액을 공제하는 방법 (4) 조세특례제한법(2022.12.31. 법률 제19199호로 일부개정된 것) 제100조의32【투자·상생협력 촉진을 위한 과세특례】① 각 사업연도 종료일 현재 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」제31조 제1항에 따른 상호출자제한기업집단에 속하는 내국법인이 제2항 제1호 가목부터 다목까지의 규정에 따른 투자, 임금 등으로 환류하지 아니한 소득이 있는 경우에는 같은 항에 따른 미환류소득(제5항에 따른 차기환류적립금과 제7항에 따라 이월된 초과환류액을 공제한 금액을 말한다)에 100분의 20을 곱하여 산출한 세액을 미환류소득에 대한 법인세로 하여 「법인세법」제13조 에 따른 과세표준에 같은 법 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 1. 삭제 ＜2022.12.31.＞ 가. 삭제 ＜2022.12.31.＞ 나. 삭제 ＜2022.12.31.＞ 다. 삭제 ＜2022.12.31.＞ 2. 삭제 ＜2022.12.31.＞ (5) 법인세법 시행령(2019.2.12. 대통령령 제29529호로 일부개정되기 전의 것) 제10조【결손금공제】② 법 제13조 제1호의 규정에 의한 결손금의 공제에 있어서는 먼저 발생한 사업연도의 결손금부터 순차로 공제한다. ③ 법 제13조 제1호의 규정을 적용함에 있어서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 결손금은 각 사업연도의 과세표준계산에 있어서 공제된 것으로 본다. 1. 법 제17조 제2항의 규정에 따라 충당된 결손금 2. 법 제18조 제6호에 따라 무상으로 받은 자산의 가액 및 채무의 면제 또는 소멸로 인한 부채의 감소액으로 충당된 이월결손금 3. 법 제72조 제1항의 규정에 따라 공제받은 결손금 제93조【기업의 미환류소득에 대한 법인세】① 법 제56조 제1항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 자기자본”이란 재무상태표상의 자산의 합계액에서 부채의 합계액을 공제한 금액을 말한다. ② 법 제56조 제1항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 중소기업”이란 「조세특례제한법 시행령」제2조 에 따른 기업을 말한다. ③ 법 제56조 제2항에 따라 신고를 하려는 내국법인은 법 제60조 또는 제76조의17에 따른 과세표준 신고를 할 때 기획재정부령으로 정하는 미환류소득에 대한 법인세 신고서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. ④ 법 제56조 제2항 제1호 각 목 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 소득”이란 각 사업연도의 소득에 제1호의 합계액을 더한 금액에서 제2호의 합계액을 뺀 금액(그 수가 음수인 경우 영으로 본다)으로 한다. 1. 다음 각 목에 따른 금액의 합계액 가. 법 제18조 제4호에 따른 환급금에 대한 이자 나. 법 제18조의3에 따른 수입배당금액 중 익금에 산입하지 아니한 금액 다. 법 제24조 제4항에 따라 이월되어 해당 사업연도의 손금에 산입한 금액 라. 해당 사업연도에 법 제56조 제2항 제1호 가목을 적용받은 자산에 대한 감가상각비로서 해당 사업연도에 손금으로 산입한 금액 2. 다음 각 목에 따른 금액의 합계액 가. 해당 사업연도의 법인세액(법 제57조에 따라 내국법인이 직접 납부한 외국법인세액으로서 손금에 산입하지 아니한 세액과 법 제15조 제2항 제2호에 따른 외국법인세액을 포함한다), 법인세 감면액에 대한 농어촌특별세액 및 법인지방소득세액 나. 「상법」제458조 에 따라 해당 사업연도에 의무적으로 적립하는 이익준비금 다. 법령에 따라 의무적으로 적립하는 적립금으로서 기획재정부령으로 정하는 금액 라. 법 제13조 제1호에 따라 해당 사업연도에 공제한 결손금(합병법인 등의 경우에는 법 제45조·제46조의4에 따라 계산한 금액을 말한다) 마. 해당 사업연도의 잉여금처분에 따른 상여·퇴직급여로서 손금에 산입하지 아니한 금액 바. 법 제16조 제1항 제5호에 해당하는 금액(합병대가 중 주식등으로 받은 부분만 해당한다)으로서 해당 사업연도에 익금에 산입한 금액(법 제18조의3에 따른 익금불산입을 적용하기 전의 금액을 말한다) 사. 법 제16조 제1항 제6호에 해당하는 금액(분할대가 중 주식으로 받은 부분만 해당한다)으로서 해당 사업연도에 익금에 산입한 금액(법 제18조의3에 따른 익금불산입을 적용하기 전의 금액을 말한다) 아. 법 제24조 제1항 및 제2항에 따라 기부금 손금산입 한도를 넘어 손금에 산입하지 아니한 금액 자. 법 제44조 제1항에 따른 양도손익으로서 해당 사업연도에 익금에 산입한 금액 차. 법 제46조 제1항에 따른 양도손익으로서 해당 사업연도에 익금에 산입한 금액 카. 「조세특례제한법」제9조 제1항에 따라 적립한 연구·인력개발준비금으로서 같은 조 제2항 제1호에 따라 해당 사업연도에 익금에 산입한 금액 ⑤ 법 제56조 제2항 제1호 각 목 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 비율”이란 100분의 80을 말하고, 같은 항 제2호에서 “대통령령으로 정하는 비율”이란 100분의 30을 말한다. (6) 조세특례제한법 시행령(2019.2.12. 대통령령 제29527호로 일부개정된 것) 제100조의32【투자·상생협력 촉진을 위한 과세특례】④ 법 제100조의32 제2항 제1호 각 목 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 소득”이란 「법인세법」제14조 에 따른 각 사업연도의 소득에 제1호의 합계액을 더한 금액에서 제2호의 합계액을 뺀 금액(그 수가 음수인 경우 영으로 본다. 이하 이 항에서 “기업소득”이라 한다)으로 한다. 다만, 「법인세법」제2장의3에 따른 연결납세방식을 적용받는 연결법인으로서 각 연결법인의 기업소득 합계액이 3천억원을 초과하는 경우에는 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 하고, 그 밖의 법인의 경우로서 기업소득이 3천억원을 초과하는 경우에는 3천억원으로 한다. 1. 다음 각 목에 따른 금액의 합계액(이하 각목 생략) 2. 다음 각 목에 따른 금액의 합계액 라. 「법인세법」제13조 제1항 제1호에 따라 해당 사업연도에 공제한 결손금(합병법인 등의 경우에는 같은 법 제45조 및 제46조의4에 따라 계산한 금액을 말한다) (이하 생략) (7) 조세특례제한법 시행령(2022.2.15. 대통령령 제32413호로 일부개정된 것) 제100조의32【투자·상생협력 촉진을 위한 과세특례】④ 법 제100조의32 제2항 제1호 각 목 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 소득”이란 「법인세법」제14조 에 따른 각 사업연도의 소득에 제1호의 합계액을 더한 금액에서 제2호의 합계액을 뺀 금액(그 수가 음수인 경우 영으로 본다. 이하 이 항에서 “기업소득”이라 한다)으로 한다. 다만, 「법인세법」제2장의3에 따른 연결납세방식을 적용받는 연결법인으로서 각 연결법인의 기업소득 합계액이 3천억원을 초과하는 경우에는 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 하고, 그 밖의 법인의 경우로서 기업소득이 3천억원을 초과하는 경우에는 3천억원으로 한다. 1. 다음 각 목에 따른 금액의 합계액(이하 각목 생략) 2. 다음 각 목에 따른 금액의 합계액 라. 「법인세법」제13조 제1항 제1호에 따라 해당 사업연도에 공제할 수 있는 결손금. 이 경우 같은 조 제1항 각 호 외의 부분 단서의 한도는 적용하지 않으며, 합병법인 등의 경우에는 같은 법 제45조 제1항·제2항과 제46조의4 제1항에 따른 공제제한 규정은 적용하지 않는다. (8) 국세기본법 제2조 【정의】이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 21. “세무조사”란 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 질문을 하거나 해당 장부·서류 또는 그 밖의 물건(이하 “장부등”이라 한다)을 검사·조사하거나 그 제출을 명하는 활동을 말한다. 다.사실관계 및 판단 (1)청구법인 및 처분청이 제출한 자료, 쟁점예규와 관련한 기획재정부 검토내용 등은 다음과 같다. (가)청구법인의 2019∼2021사업연도 미환류소득 산정내역 및 이에 따른 미환류소득에 대한 법인세 신고내역은 다음 ＜표1＞·＜표2＞와 같다. ＜표1＞2019∼2021 미환류소득 산정내역(청구법인 신고) (단위:원)

구분		2019	2020	2021
(1)사업연도소득		OOO	OOO	OOO
가산 항목	수입배당금 익금불산입액	-	OOO	OOO
	국세환급금이자	-	-	OOO
	기부금 이월 손금산입액	OOO	-	-
	(2)소계	OOO	OOO	OOO
차감 항목	법인세등	OOO	OOO	OOO
	이월결손금 공제액	OOO	OOO	-
	(3)소계	OOO	OOO	OOO
(4)기업소득 [(1)+(2)-(3)]		OOO	OOO	OOO
(5)과세대상소득 [(4)×15%]		OOO	OOO	OOO

＜표2＞2019∼2021 미환류소득에 대한 법인세(청구법인 신고) (단위:원)

구분	2019	2020	2021
(1)미환류소득 (임금증가금액 반영)	OOO	OOO	OOO
(2)이월된 초과환류액	OOO	-	-
(3)차기환류적립금	OOO	OOO	OOO
(4)이월된 차기환류적립금	-	OOO	OOO
(5)초과환류액	-	-	-
(6)과세대상 미환류소득 [(1)-(2)-(3)+(4)-(5)]	-	OOO	OOO
(7)미환류소득에 대한 법인세 납부액[(6)×20%]	-	OOO	OOO

(나)처분청이 산정한 2019∼2021사업연도 미환류소득 및 미환류소득에 대한 법인세는 아래 ＜표3＞·＜표4＞와 같다. ＜표3＞미환류소득 산정내역(처분청 경정) (단위:원)

구분		2019	2020	2021
(1)사업연도소득		OOO	OOO	OOO
가산 항목	수입배당금 익금불산입액	-	OOO	OOO
	국세환급금이자	-	-	OOO
	기부금 이월 손금산입액	OOO	-	-
	(2)소계	OOO	OOO	OOO
차감 항목	법인세등	OOO	OOO	OOO
	이월결손금 공제액	OOO	-	-
	(3)소계	OOO	OOO	OOO
(4)기업소득 [(1)+(2)-(3)]		OOO	OOO	OOO
(5)과세대상소득 [(4)×15%]		OOO	OOO	OOO

＜표4＞2019∼2021 미환류소득에 대한 법인세(처분청 경정) (단위:원)

구분	2019	2020	2021
(1)미환류소득 (임금증가금액 반영)	OOO	OOO	OOO
(2)이월된 초과환류액	OOO	-	-
(3)차기환류적립금	OOO	OOO	OOO
(4)이월된 차기환류적립금	-	OOO	OOO
(5)초과환류액	-	-	-
(6)과세대상 미환류소득 [(1)-(2)-(3)+(4)-(5)]	-	OOO	OOO
(7)산출세액[(6)×20%]	-	OOO	OOO
(8)가산세액	-	OOO	OOO
(9)총결정세액		OOO	OOO
(10)기납부세액		OOO	OOO
(11)차감고지세액		OOO	OOO

(다)청구법인의 자본금과 적립금조정명세서(갑)상 연도별 이월결손금 잔액은 아래 ＜표5＞와 같다. ＜표5＞자본금과 적립금조정명세서(갑)상 연도별 이월결손금 잔액 (단위:원)

사업연도	전기이월액	당기발생액	당기 공제액	잔액
2018	OOO	-	OOO	OOO
2019	OOO	-	OOO	OOO
2020	OOO	-	OOO	-

*각 사업연도 소득에 대한 과세표준 계산시 이월결손금 공제한도 적용 (라)처분청은 ‘미환류소득에 대한 법인세 신고 시 한번 공제한 이월결손금은 재차 공제되어서는 안된다’고 보아 청구법인의 미환류소득에 대한 법인세 계산 시 공제되어야 할 이월결손금 내역을 재계산하였는데, 그 내역은 아래 ＜표6＞과 같다. ＜표6＞처분청이 재계산한 미환류소득에 대한 법인세 계산 시 공제되어야 할 이월결손금 내역 (단위:원)

사업연도	전기이월액	당기발생액	당기 공제액	잔액
2018	OOO	-	OOO	OOO
2019	OOO	-	OOO	-
2020	-	-	-	-

(마)2022.2.15. 대통령령 제32413호로 개정된 「조세특례제한법 시행령」제100조의32 의 개정취지 등은 아래와 같다. ㅇㅇㅇ (2)이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가)먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 미환류소득이 「조세특례제한법」제100조의32 제1항 제1호 및 같은 법 시행령 제100조의32 제4항 제2호 라목에 따라 각 사업연도의 소득금액에서 각 사업연도 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액을 공제하여 산정하는 것이므로 미환류소득에 대한 법인세와 관련한 기업소득 산정 시 이월결손금은 재차 차감(공제)이 가능하다고 주장하나, 「조세특례제한법 시행령」제100조의32 제4항 제2호 라목에 따르면 「법인세법」제13조 제1항 제1호에 따라 ‘해당 사업연도에 공제한 결손금’을 기업소득 산정 시 공제하도록 규정하고 있는 등 미환류소득에 대한 법인세와 관련한 기업소득 산정에 있어 이월결손금 재차 차감(공제)이 가능하다는 명시적인 규정은 존재하지 아니하고, 비록 2022년 해당 법령의 개정으로 미환류소득에 대한 법인세 관련 기업소득 산정 시 이월결손금 공제한도를 적용하지 아니하고, 공제대상이 되는 결손금이 ‘해당 사업연도 공제할 수 있는 결손금’으로 변경되었으나 이러한 법령의 개정으로 인해 2021사업연도 이전에 미환류소득에 대한 법인세와 관련한 기업소득 산정 시 이월결손금의 재차 차감(공제)이 가능하다고 보기는 어려운 점, 기획재정부 유권해석(기획재정부 법인세제과-312, 2016.3.30.)은 미환류소득 계산 시 이월결손금 공제한도를 적용하지 아니하도록 하는 취지로 보이는 것에 반해, 이 건은 미환류소득 계산 시 공제된 이월결손금을 이후 사업연도에 미환류소득 산정 시 재차 차감(공제)이 가능하다 주장하는 것이므로 별개 사안에 해당하여 위의 유권해석을 이 건에 그대로 원용하기는 어려워 보이는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다(조심 2023서7744, 2024.4.11. 같은 뜻임)고 판단된다. (나)다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 2019사업연도의 미환류소득에 대한 법인세에 대하여 이미 세무조사를 받은 바 있기에 이 건 처분 중 해당 부분과 관련하여 과세된 부분은 중복조사에 해당한다고 주장하나, 「국세기본법」제2조 제21호에 따르면 “세무조사란 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 질문을 하거나 해당 장부·서류 또는 그 밖의 물건을 검사·조사하거나 그 제출을 명하는 활동”이라고 규정하고 있고, 이 건 처분은 조사청이 처분청에 대한 종합감사를 실시하여 청구법인의 미환류소득에 대한 법인세 과소신고 사실을 확인한 후 처분청에 시정조치를 요구함에 따라 과세된 사안으로 조사청이나 처분청에서 청구법인에게 질문조사권을 행사하거나 장부 서류를 제출할 것을 요구한 사실이 확인되지 않는 점, 조사행위가 납세자등이 자발적으로 제출한 자료의 수령 등과 같이 단순한 사실관계의 확인이나 통상적으로 이에 수반되는 간단한 질문조사에 그치는 것이어서 납세자 등으로서도 손쉽게 응답할 수 있을 것으로 기대되거나 납세자의 영업의 자유 등에도 큰 영향이 없는 경우에는 원칙적으로 중복조사 금지의 전제가 되는 세무조사 또는 재조사가 금지되는 세무조사로 보기 어렵다 할 것(대법원 2017.3.16. 선고 2014두8360 판결, 참조)인 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다. 4.결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.