이유
1. 원처분개요

가. 청구인이 소유하고 있던 서울특별시 강남구 OO동 OOOOOO번지외 5필지 전·답 1,266㎡(이하 “쟁점①토지”라 한다)와 동소 O OOOO외 1필지 임야 1,964㎡(이하 “쟁점②토지”라 한다)가 서울수서택지개발사업지구에 편입되어 1990.8.27 토지수용이 되면서 1990.11.6 서울특별시로 소유권이전등기가 경료된 사실이 있다.

나. 쟁점토지 수용과정 및 보상금지급 과정을 살펴보면,

서울특별시가 쟁점토지를 포함한 서울수서택지개발사업지구로 편입되는 토지등의 수용을 위하여 1990.7.2자 OO토지수용위원회의 수용재결을 하였으나 청구인은 수용재결된 보상금에 불복하여 이의신청을 하였고, 이에 서울특별시는 1990.8.27자로 쟁점토지를 수용하면서 당해 보상금을 당일 공탁한 후 1990.11.6자로 쟁점토지의 소유권이전등기를 경료하였음이 확인되고, 그 후 청구인이 기신청한 보상금불복 이의신청에 대하여 1991.6.24자로 OO토지수용위원회가 증액지급하기로 결정하여 청구인이 증액보상금을 1991.8.23 수령하였음이 관련서류에 의하여 확인된다.

다. 처분청은 쟁점토지 수용과 관련하여 쟁점②토지는 토지수용일(보상금공탁일)인 1990.8.27을 양도일로 보고, 쟁점①토지는 소유권이전등기접수일인 1990.11.6을 양도일로 보아 양도차익을 산정하고, 양도소득세는

조세감면규제법 제57조

(공공사업용 토지등에 대한 양도소득세등 감면) 제1항 제2호에 의하여 면제하면서 1995.1.27 청구인에게 1990년도분 방위세 25,110,710원을 과세하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 1995.3.14 심사청구를 거쳐 1995.6.9 심판청구를 하였다.

2. 청구인 주장

쟁점토지 양도당시 적용되던 예규에 의한 양도일은 보상금공탁일로 되어 있었으므로 처분청이 업무에 태만하지 않고 즉시 처리하였다면 당연히 공탁일이 양도일로 되어 당시 국세청 기준시가를 적용하였을텐데, 양도일로부터 5년이 다되어 처리하면서 1994.5.6 개정된 예규에 의거하여 소유권이전등기접수일을 양도일로 보아 1990.9.1 시행된 공시지가를 적용함으로써 납세자에게 불리하게 과세를 한다는 것은 세법상 소급과세금지원칙을 위배한 처분으로서 종전의 예규를 믿은 납세자의 신뢰를 배반한 부당한 처분이므로 쟁점①토지의 양도일을 양도당시 적용되던 예규에 의거하여 보상금공탁일로 보아야 한다.

3. 국세청장 의견

소득세법시행령 제53조

제1항 제2호에서 “대금을 청산하기 전에 소유권이전등기를 한 경우에는 등기접수일을 양도시기로 보도록” 규정하고 있고, 국세청의 일반적인 과세기준도 “토지수용시 보상금액에 불만이 있어 불복하여 이의신청 또는 행정소송으로 변동된 토지보상금을 수령한 경우에는 변동보상금 확정일과 등기접수일중 빠른 날이 양도시기가 되는 것(재일46300-1231, 1994.5.6)이라고 규정하고 있는 바, 처분청이 이 건에 대하여 쟁점토지의 등기접수일을 양도일로 보아 과세한 처분은 정당하다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점①토지의 소유권이전등기접수일을 양도일로 보아 과세한 처분은 소급과세금지의 원칙에 위배된다는 주장의 당부

나. 관련법령

(1)

국세기본법 제18조

(세법해석의 기준, 소급과세의 금지) 제2항에서 「국세를 납부할 의무가 성립한 소득·수익·재산·행위 또는 거래에 대하여는 그 성립후의 새로운 세법에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다」고 규정하면서, 제3항에서는 「세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산을 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다」고 규정하고 있다.

(2) 한편

소득세법 제27조

에서 “양도 또는 취득의 시기”를 규정하고 있고,

같은법 시행령 제53조

제1항 본문에서 「법 제27조에 규정에는 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해자산의 대금을 청산한 날로 한다」고 규정하면서, 제2호에 「대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일」을 규정하고 있다.

다. 당해 처분이 소급과세금지원칙에 위배되는지 여부

(1) 처분청이 쟁점①토지의 양도일을 소유권이전등기접수일로 보아 과세한 데 대하여 청구인은 수용된 토지의 양도일 관련 국세청 예규를 들어 소급과세금지의 원칙을 위배하였다고 주장하므로 이에 관련된 예규를 살펴본다.

(2) 1991.5.29 신설된 국세청 예규(재일 01254-1434)는 「

소득세법 제27조

및

같은법 시행령 제53조

의 규정에 의하여 자산의 양도차익계산시 적용하는 양도 및 취득시기는 원칙적으로 대금을 청산하는 날이 되는 것이며, 토지수용법 또는 기타 법률의 규정에 의한 수용의 경우로써 대금청산전에 기업자가 당해 토지등에 대한 보상금을 공탁하는 경우에는 그 공탁일이 잔금청산일이 되는 것이며, 다만 대금청산일(공탁일 포함)전에 소유권이전등기를 하는 경우에는 등기접수일이 양도 및 취득시기가 되는 것임」이라고 규정하고 있고,

1994.5.6 개정된 국세청 예규(재일 46300-1231)는 토지수용과 관련하여 「수용보상금에 대한 협의가 성립되었거나 재결보상금 및 공탁보상금을 이의없이 수령한 경우에는 그 양도시기는 재결보상금 수령일 또는 공탁일이며, 재결에 불복하여 이의신청 또는 행정소송으로 변동된 토지보상금을 수령한 경우에는 변동보상금 확정일과 소유권이전등기접수일 중 빠른 날이 양도시기임」이라고 규정하고 있다.

(3) 전시한

소득세법 시행령 제53조

본문 및 제2호의 규정에서 “양도 또는 취득의 시기는 당해자산의 대금을 청산한 날로 보되 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기를 한 경우에는 등기접수일로 한다”고 정하고 있는 바, 토지수용의 경우에 공탁된 보상금을 이의없이 수령한 경우에는 보상금 공탁일에 대금이 청산된 것으로 볼 수 있으나 공탁된 보상금에 불복을 하여 이의신청 또는 행정소송을 하여 추후 변동된 보상금을 수령한 경우에는 당초 보상금공탁일을 대금청산일로 볼 수는 없는 것이고 변동보상금 확정일을 대금청산일로 보아야 되는 것이며, 다만 변동보상금 확정일전에 소유권이전등기를 하는 경우에는 등기접수일을 양도 또는 취득시기로 보는 것이 합리적인 법해석이라 할 것이다.

청구인은 전시한 1991.5.29 신설된 국세청 예규 재일01254-1434에서 양도일을 보상금 공탁일로 규정해 놓았으므로 쟁점①토지 양도당시 적용되던 예규인 재일01254-1434에 의거, 보상금 공탁일을 양도일로 보아야지, 1994.5.6 개정된 국세청 예규 재일46300-1231에 의하여 소유권이전등기접수일을 양도일로 보는 것은 소급과세금지의 원칙에 위배된다고 주장하고 있으나

첫째, 청구인이 적용해야 한다고 주장하는 국세청 예규 재일01254-1434 규정은 “토지가 수용된 경우 보상금 공탁일을 양도일로 본다”고 규정하고 있는 바, 이 경우 보상금공탁일을 양도일로 본다는 것은 보상금을 이의없이 수령한 경우에만 해당된다고 해석하는 것이 법규정의 취지에도 적합하다 할 것이므로 청구인의 경우처럼 이의신청을 하여 변동보상금을 수령한 경우에도 당초 보상금공탁일을 양도일로 보는 것이 국세청의 확립된 관행이었다는 청구인의 주장은 자의적인 판단에 지나지 않는 것이라고 판단된다.

둘째, 국세청에서 토지수용과 관련한 예규 즉 국세청 재일01254-1434를 1994.5.6자로 국세청 재일46300-1231로 개정한 이유는 토지수용과 관련하여 이의신청으로 변동된 토지보상금을 수령한 경우에 양도일을 보다 명확하게 규정하고자 한 것이지 청구인의 주장처럼 일반적으로 납세자에게 받아들여진 세법의 해석 또는 국세행정의 관행을 바꾸었다고 할 수는 없다 할 것이므로 소급과세금지원칙에 위배된다는 청구인의 주장은 타당하지 않다 할 것이고 처분청에서 보다 명확하게 개정한 예규에 의거, 쟁점①토지의 양도일을 소유권이전등기접수일로 보아 양도차익을 산정하고 과세한 처분은 정당하다고 판단된다.

(4) 따라서 이 건 심판청구는 이유없으므로

국세기본법 제81조

및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.