이유
1. 사실 및 처분개요 청구인은 88.2.16 경상남도 OO시 OO동 OOOOO 대지 3,298.9㎡〔이하 “쟁점공장용지”라 한다〕를 취득하고 88.7.15 동 지상에 공장건물 1,324.8㎡〔이하 “쟁점(1)공장”이라 한다〕를 신축하여 OO공업사라는 상호로 중장비부품제조업을 영위하여 오다가 위 공장용지 지상에 90.9.24 공장(창고)건물 812㎡〔이하 “쟁점(2)공장”이라 한다〕를 증축하여 이를 가동하여 오던중, 93.1.30 같은 OO시 OO동 OOOO 공장용지 3,221.8㎡〔이하 “신공장용지”라 한다〕를 취득하고 95.4.26 공장건물 3동 2,120.73㎡〔이하 “신공장”이라 한다〕를 준공하기 전인 95.3.16 청구외 OO산업에 위 쟁점공장용지 및 공장전체를 양도하고, 5년이상 가동한 공장의 이전에 대한 양도소득세 감면등의 규정를 적용하여 96.5.31 양도소득세 과세이연신청을 하였다. 이에 대하여 처분청은 쟁점(2)공장은 5년이상 가동하지 아니한 공장에 해당한다 하여 쟁점(2)공장과 그 부수토지를 안분(1,253.6㎡)하여 과세이연대상에서 제외하고 기준시가에 의하여 양도차익을 계산하여 97.9.1 청구인에게 95년귀속 양도소득세 231,757,350원을 결정고지 하였다. 청구인은 이에 불복, 97.9.29 이의신청과 97.12.23 심사청구를 거쳐 98.4.9 이 건 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인 주장 및 국세청장 의견 가. 청구인 주장 (1) 청구인은 88.2.16 쟁점공장용지를 취득하고 88.7.15 쟁점(1)공장을 신축하여 중장비부품(굴삭기 부품등) 제조업(OO중공업주식회사에 납품)을 운영하면서 원재료·반제품·완제품 등을 야적하는 과정에서 이의 부식(녹)을 방지할 목적으로 창고로 90.9.24 쟁점(2)공장을 증축하여 위 제품등을 보관한 창고로 사용하였으며, 근래의 건설중장비 업종의 불황으로 인하여 베아링부품제조업으로 업종변경을 하기로 하였으나, 기존의 쟁점공장은 베아링부품을 제조하기에는 용도가 적합하지 않아 부득이 다른 장소로 사업장을 이전하기로 하고 93.1.30 OO시 OO동(OOOO단지) OOOO OOOOO 소재의 신공장용지 3,221.8㎡를 매입하여 95.4.26 신공장 2,120.73㎡을 준공하였고, 종전 공장인 쟁점공장을 95.3.16 청구외 OOO(OO산업주식회사 운영)에게 양도하고 과세이연을 신청하였다. (2) 처분청이 가동한지 5년미만(약4년5개월사용)이 된 쟁점(2)공장 812㎡와 그 부속토지(안분계산) 1,253.607㎡에 대하여 과세이연 대상에서 제외한데 대하여 쟁점(2)공장의 경우 5년이상 가동한 쟁점(1)공장의 부속건물로 원자재·제품등의 보관창고로 이용되었고, 쟁점(1)공장의 공장부지는 공장입지기준면적 범위내에 있었으므로 쟁점(1), (2)공장 전체에 대하여 과세이연하여야 하며, 추가적으로 쟁점(2)공장(창고)을 신축하지 아니하였을 경우 공장건물과 부속토지 전체가 과세이연대상임에도 기존공장이 협소하여 부득이 공장(창고)을 신축하였다 하여 과세이연을 배제함은 부당하고, (3) 만일, 쟁점(2)공장이 양도일 현재 5년이상 가동하지 아니하였다 하여 과세이연 할 수 없다면, 쟁점(1)공장건물 및 공장부지전체는 과세이연하여야 하고 쟁점(2)공장의 건물에 대하여만 과세하여야 하되, 그 양도차익의 결정에 있어서는 청구인이 과세적부심사청구 과정에서 실지거래가액을 확인할 수 있는 증빙서류를 제출한 바 있으므로 확인된 실지거래가액에 의하여 양도소득세를 과세하여야 한다. 나. 국세청장 의견 1. 쟁점(1)에 대하여 쟁점(1)공장은 조세감면규제법 제71조 제1항 및 같은법시행령 제68조 제1항에 의하여 양도소득세 과세이연 대상임에는 다툼이 없으나, 신축한지 5년이내인 쟁점(2)공장건물을 함께 양도하였으므로 처분청에서는 쟁점(2)공장건물과 위 토지 3,298.9㎡중 쟁점(2)공장건물이 차지하는 비율로 안분계산한 부수토지(1,253.6㎡)에 대하여 과세이연을 배제하고 이 건 양도소득세를 부과한데 반하여, 청구인은 쟁점(2)공장은 제조시설을 갖춘 별도의 공장건물이 아니라 원재료·제품등을 보관하는 창고용도의 건물이고, 이 경우 쟁점(1)공장의 부속설비로 봄이 타당하므로 쟁점(1)공장과 그 입지기준면적 범위내인 위 토지 전체(3,298.9㎡)는 5년이상 가동한 공장의 양도로서 양도소득세 과세이연 대상이라고 주장하고 있는 바, 이를 살펴보면, 조세감면규제법 제71조 에서 규정하는 “5년이상 계속하여 가동한 공장”이라 함은 영리를 목적으로 물품의 제조시설, 제품의 가공시설, 수선시설, 인쇄시설 등을 갖춘 건축물(구축물 포함)과 그 부수토지로서 관계법령에 의하여 공장으로 등록되고 5년이상 가동한 공장을 말하는 것으로서, 신축한지 5년이내의 공장 및 부속건물(창고 등)은 이에 포함하지 아니하며, 공장에 부수되는 토지는 전체토지의 면적에 양도일 현재의 공장과 그 부속건물의 연면적이 전체건물의 연면적에서 차지하는 비율을 곱하여 계산하는 것(같은 뜻, 재일46014-2409, 97.10.10)이므로 쟁점(2)공장과 위 전체토지중 쟁점(2)공장의 연면적이 차지하는 비율로 안분계산한 쟁점(2)공장의 부수토지에 대하여 과세이연 적용을 배제한 처분청의 처분은 달리 잘못이 없어 보인다. 2. 쟁점(2)에 대하여 청구인은 97.8.13 과세적부심사청구시 실지거래가액을 확인할 수 있는 매매계약서등을 첨부하여 제출하였으므로 실지거래가액에 의한 과세를 주장하고 있으나, 위 과세적부심사청구서는 실지거래가액에 의한 과세를 주장한 것이 아니라 과세이연 적용범위에 대한 청구로서 과세이연 적용금액을 계산하기 위한 매매계약서를 첨부한 것에 불과하여 이를 실지거래가액에 의한 신고로 보기 어려운 반면에 96.5.31 이 건 양도소득세 과세이연신청서 제출시 기준시가에 의하여 양도차익을 신고한 사실이 확인되므로 당초의 신고가 세법에 정한 바에 의한 적법한 신고인 이상 당초 신고한 양도차익 계산방법인 기준시가에 의하여 이 건 양도소득세를 결정한 처분은 달리 잘못이 없다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 (1) 5년이상 가동한 쟁점(1)공장과 쟁점공장용지내에 신축한지 5년이내인 쟁점(2)공장(창고)을 함께 양도한 경우, 위 쟁점(2)공장을 포함하여 모두 과세이연대상에 포함시킬 수 있는지 여부 (2) 과세이연 신청시 기준시가에 의하여 신고하면서 매매계약서등 실지거래가액을 증빙할 수 있는 자료를 제출하고, 과세적부심사청구시에도 위와 같은 증빙을 제출한 경우 양도차익을 실지거래가액에 의하여 결정할 수 있는지 여부 나. 쟁점(1)에 대하여 (1) 관련법령 조세감면규제법 제71조 제1항에는 「내국인이 5년이상 계속하여 가동한 공장(구공장)을 새로운 공장(신공장)으로 이전하기 위하여 토지등을 양도하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 다음 각호의 방법중 하나를 선택하여 세액을 감면받거나 과세이연을 받을 수 있다. 1. 당해 토지등을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여 대통령령이 정하는 바에 따라 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면하는 방법 2. 당해 토지등의 양도에 대하여 대통령령이 정하는 바에 따라 과세이연을 하는 방법」으로 규정하고 있고, 같은법시행령 제68조 제1항에는 「법 제71조의 규정에 의하여 세액을 감면받거나 과세이연을 받을 수 있는 경우는 다음 각호의 1에 해당하는 경우로 한다. 1. 공장을 이전하여 사업을 개시한 날부터 2년이내에 구공장을 양도하는 경우 2. 구공장을 양도한 날부터 1년이내에 신공장을 취득하여 사업을 개시하는 경우 3. 구공장을 양도한 날부터 3년이내에 신공장을 준공하여 사업을 개시하는 경우」로 규정하고 있으며, 같은조 제2항에서는 「법 제71조 제1항의 규정에 의한 세액의 감면 또는 과세이연의 적용방법등에 관하여는 제30조 제2항 내지 제4항의 규정을 준용한다. (단서생략)」라고 규정하고 있다. (2) 사실관계 및 판단 (가) 일건의 과세기록을 살펴보면, 청구인은 중장비부품(굴삭기부품등)을 제조하여 청구외 OO중공업(주)에 납품하던 자로서, 88.2.16 쟁점공장용지를 취득하고 88.7.15 쟁점(1)공장을 신축, 가동해 오다가 위 쟁점공장용지내에 다시 90.9.24 쟁점(2)공장을 신축하여 약 4년5개월간 가동하던중 새로운 업종(베아링부품제조)으로 변경할 목적으로 6년이상 가동한 쟁점(1)공장과 함께 95.3.16 일괄 양도하고 95.4.26 신공장을 준공·이전한 후 96.5.31 쟁점공장을 5년이상 가동한 공장으로 보아 감면을 포기하는 대신 과세이연을 신청한 사실이 확인된다. (나) 처분청은 쟁점(1)공장은 5년이상 가동한 공장으로 보아 전시한 법령에 의하여 과세이연대상에 해당하나, 쟁점(2)공장에 대하여는 약4년5개월간 가동하여 5년이상 가동하지 아니하였다는 이유로 과세이연대상에서 제외한데 대하여, 청구인은 쟁점(2)공장의 경우 5년이상 가동한 쟁점(1)공장의 부지내에 있는 부속건물로서 원자재·제품등을 보관한 창고로 사용되었고, 쟁점(1)공장부지는 공장입지기준면적 범위내에 있으므로 쟁점(1), (2)공장 전체가 과세이연대상이며, 특히 추가적으로 쟁점(2)공장(창고)을 신축하지 아니하였을 경우 쟁점(1)공장건물과 쟁점공장용지 전체가 과세이연대상임에도 기존공장이 협소하여 부득이 공장(창고)을 신축하였다 하여 과세이연대상에서 배제하는 것은 부당하다는 주장인 바, 이를 살펴보면, 첫째, 쟁점(2)공장은 기존의 쟁점(1)공장과 함께 동일한 지번으로 한울타리내에 있는 공장으로 신축시부터 생산라인을 설치하지 아니하고 청구인이 생산한 중장비부품 및 그 원자재를 보관한 순수한 창고로 사용한 사실을 처분청의 조사공무원이 조사, 복명하고 이에 대하여 청구인과 처분청사이에 다툼이 없으며, 둘째, 쟁점(2)공장은 쟁점(1)공장에서 생산한 제품과 그 제품의 원자재 및 재료를 보관하는 창고로 사용한 사실을 쟁점공장의 양수인인 청구외 OO산업 대표 OOO도 확인하고 있으며, 셋째, 쟁점(2)공장은 쟁점(1)공장의 창고로서 약4년5개월 사용하다가 청구인이 업종전환을 하기 위하여 종전의 쟁점(1)공장과 함께 양도한 것으로 이는 부동산의 투기목적이 아닌 주공장인 쟁점(1)공장의 편의를 도모하기 위하여 신축한 것으로 보이고, 특히 제품(철구조물)의 특성상 이를 야적(청구주장 : 창고신축 전에는 야적)할 경우 부식(녹)이 우려되어 이를 방지할 목적으로 창고가 필요하였던 것으로 기능상 쟁점(1)공장의 종된 건물로 판단된다. 또한, 신공장의 취득가액을 보면, 처분청이 이 건 과세시 작성한 검토조서에 의하면 신공장의 취득가액을 804,648,720원으로 본데 대하여 청구인은 신공장신축에 따른 취득대금이 1,014,176,377원이라고 주장하고 신공장용지 분양계약서, 공사도급계약서, 세금계산서, 건설가계정 및 건물계정장부, 건물등기부등본 및 기타증빙을 제시하고 있는 바 이를 살펴보면, - 아 래 - (단위 : 원)

구? 분

처분청

청구인

비? 고

일? 자

지급내역

금? 액

금? 액

94. 1.29

공장용지 취득

476,768,720

좌? 동

대지 취득

95. 2.18

95.2.18～5.22

95. 2.24

95. 4.27

95.12.13

96.10.30

건물 설계비

공장건물신축

전 기 공 사

건물 취득세

자 가 공 사

″

15,000,000

310,000,000

-

2,880,000

-

-

좌? 동

좌? 동

79,323,120

좌? 동

69,950,517

60,254,020

주공장 신축 건축비

〃

〃

〃

사무실 및 식당 건축비

96년 공장235.2㎡ 증축

합? 계

804,648,720

1,014,176,377

첫째, 위 공사대금중 전기공사대금 79,323,120원은 94.12.15 청구인이 청구외 합명회사 OOO로 하여금 신공장건물에 수전설비, 동력, 전등, 소방, 통신등을 94.12.21부터 95.2.22까지 가설하도록 공사도급계약서를 체결하고 그 공사대금으로 지급한 사실이 관련세금계산서 3매에 의하여 확인되고, 둘째, 사무실 및 식당건축대금 69,950,517원, 증축공장건축대금 60,254,020원에 대하여 보면 신공장중 주공장 1동 1,665.75㎡는 청구외 OO건설주식회사가 공사대금 310,000,000원에 시공하여 95.4.26 준공하였으나, 위 사무실 및 식당219.78㎡와 증축공장 235.20㎡는 각각 95.12.13(96.2.7등기)과 96.10.30(97.11.6등기)신축한 사실이 건축물관리대장 및 건물등기부등본에 의하여 확인되며, 위 사무실등은 청구인이 자가공사로 신축한 사실이 철근, 레미콘, 시멘트등 건축자재를 청구인이 직접 구매한 관련세금계산서에 의하여 확인되고 이의 신축공사와 관련하여 처분청에 매입세액을 공제하고 부가가치세를 신고한 사실이 부가가치세신고서 및 매입처별세금계산서합계표에 의하여 확인되는 한편, 청구인의 장부인 건설가계정(계정별원장)에 의하여도 확인된다. 위 사실을 모아 볼 때, 신공장을 위와 같이 취득한 사실이 확인되는 한편, 기존의 주공장인 쟁점(1)공장을 5년이상 가동후 양도하여 과세이연요건을 충족하고 있었으므로 부수 건물인 쟁점(2)공장도 과세이연대상에 포함된다고 보는 것이 타당하다고 할 것이며, 따라서 청구인이 쟁점(2)공장을 5년이상 가동한 사실이 없다는 이유만으로 동 공장과 쟁점공장용지를 안분한 부수토지에 대하여 과세이연대상에서 제외한 처분청의 당초처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다. 다. 쟁점(2)에 대하여 (1) 관련법령 구 소득세법 시행령 제170조 【양도소득금액의 조사결정】제4항에 의하면 「법 제23조 제4항 제1호 단서 및 법 제45조 제1항 제1호 가목 단서에서 “대통령령이 정하는 경우”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다. 1.～2. (생략) 3. 양도자가 법 제95조 또는 제100조 규정에 의한 신고시 제출한 증빙서류에 의하여 취득 및 양도당시의 실지거래가액을 확인할 수 있는 경우”라고 규정하고, 구 소득세법 시행규칙 제82조의 2 【양도소득금액의 조사결정】제4항에 의하면 “영 제170조 제4항 제3호의 규정에 의하여 실지거래가액으로 결정하는 경우에는 법 제95조의 규정에 의한 신고를 하지 아니함으로써 영 제146조의 규정에 의한 결정통지를 받은 후 법 제100조의 규정에 의한 신고기간 이전에 양도자가 소관세무서장에게 제출한 증빙서류에 의하여 취득 및 양도당시의 실지거래가액을 확인할 수 있는 경우를 포함한다.」라고 규정하고, 95.12.30 개정된 같은법 시행령(대통령령 제14860호) 제166조【양도차익의 산정】제4항 제3호에 의하면 “양도자가 양도소득세 과세표준 및 세액의 결정일 이내에 증빙서류를 갖추어 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우.”라고 규정하고, 같은법 시행령 부칙 제8조【양도소득에 관한 적용례】제2항에 의하면 “제153조 제4항, 제155조 제1항과 동조 제15항, 제164조 제11항 및 제166조의 개정규정은 이 영 시행후 양도소득금액을 결정하는 것부터 적용한다.”라고 규정하고 있다. (2) 사실관계 및 판단 (가) 처분청은 청구인이 과세적부심사청구시 실지거래가액의 진위여부를 확인할 수 있는 취득 및 양도시 매매계약서, 세금계산서, 장부원장사본 등 증빙서류를 갖추어 처분청에 제출한 사실은 확인되나, 청구인이 실지거래가액에 의한 결정을 요구한 사실이 없다는 이유로 기준시가에 의하여 양도차익을 결정하였다는 의견이고, 청구인은 쟁점(2)공장의 실지거래가액이 이 건 양도소득세 세액 결정일이내인 과세이연신청서 제출시나 과세적부심사청구시 제출한 증빙등에 의하여 확인되고 있으므로 실지거래가액에 의하여 양도차익을 결정하는 것이 적법하다는 주장이므로 먼저 이러한 경우 소득세법상 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산출할 수 있는 것인지 여부를 살펴본다. 첫째, 청구인이 1996.5.31 처분청에 제출한 과세이연신청서의 서식에는 기준시가에 의하여 양도차익을 산출하고, 위 신청서에는 실지거래가액을 확인할 수 있는 증빙(매매계약서, 장부, 세금계산서등)을 첨부하여 조세감면규제법 제71조 의 규정에 의하여 과세이연신청서를 제출한 사실을 확인할 수 있으며, 또한 청구인은 97.8.13 과세적부심사청구시 실지거래가액을 확인할 수 있는 제증빙을 처분청에 제출한 사실이 있고, 이에 대하여는 처분청과 다툼이 없는 바, 소득세법상 과세이연신청은 자산양도차익예정신고나 과세표준확정신고와는 전혀 관련이 없으므로 청구인이 과세이연신청서 서식에 기준시가에 의하여 양도차익을 산출하였다하여 이를 근거로 기준시가에 의하여 양도차익을 신고한 것으로 볼 수는 없다 할 것이다. 둘째, 청구인은 비록 과세이연신청서상에 기준시가에 의하여 양도차익을 산출하여 기재한 바 있지만 신청서상에 실지거래가액을 확인할 수 있는 증빙(매매계약서, 장부, 세금계산서등)을 첨부한 사실에 대하여는 처분청도 다툼이 없으며 청구인이 과세적부심사청구시에도 실지거래가액을 확인할 만한 증빙서류를 제출한 사실이 있는 점등을 비추어 볼 때, 청구인이 이 건 세액결정일 이내에 실지거래가액에 의하여 양도차익을 결정할 것을 적극적으로 주장하였다고 보기는 어려운 점이 있다 할 것이나 적어도 이 건 양도소득세 과세처분당시 청구인이 처분청에 제출한 증빙서류에 의하여 쟁점공장 및 그 부수토지인 쟁점공장용지의 실지거래가액이 확인될 수 있었던 것으로 판단된다. 셋째, 위 부동산의 양도차익 결정시 적용되는 현행 소득세법시행령 제166조 제4항 제3호에서는 양도차익을 실지거래가액으로 결정할 수 있는 요건을종전(양도차익 예정신고 및 확정신고시 실지거래가액에 관한 증빙을 제출한 경우)보다 확대하여 “세액결정일까지 증빙서류를 갖추어 양도 및 취득당시의 실지거래가액을 세무서장에게 신고한 경우”로 개정하였는 바, 위 법령에서 세무서장에게 신고하는 절차나 방법 및 신고서식에 관한 명문규정을 두고 있지 아니하여 신고의 범위나 신고의 인정기준등에 관하여는 해석상 다툼이 된다 할 것이나, 종전의 위 소득세법 시행규칙 제82조의2 제4항에 의하면 실지거래가액으로 결정하는 경우에 과세표준 확정신고기한 이전에 양도자가 소관 세무서장에게 증빙서류를 제출하여 취득 및 양도당시의 실지거래가액을 확인할 수 있는 경우를 포함한다고 규정하고 있는 점이나 위 개정 소득세법 시행령 제166조 제4항 제3호가 양도차익 결정시 실지거래가액 적용을 확대하여 납세자의 편의을 도모하기 위한 취지(1995년 간추린 개정세법, 재정경제원참조)에서 종전의 실지거래가액에 대한 증빙의 제출시한(과세표준확정신고시)을 세액결정일까지로 연장한 점을 감안하여 볼 때 세액결정일까지 납세자가 실지거래가액에 관한 증빙서류를 제출한 경우에는 실지거래가액으로 양도차익을 결정할 수 있는 것으로 보는 것이 타당하다 할 것이다. 넷째, 특히 양도소득세는 신고에 의하여 확정되는 세목이 아니라 정부부과결정세목으로서 정부가 세액을 결정하여 확정시키는 세목이라는 점을 감안하여 보면, 정부는 과세처분시 관련 세법규정의 취지나 납세자의 과세형평등을 고려하여 납세자의 재산권이 부당히 침해되지 않도록 하여야 한다는 점에서 이 건의 경우와 같이 처분청은 과세당시 납세자가 제출한 증빙에 의하여 실지거래가액으로 양도차익을 결정할 수 있고, 또한 실지거래가액 적용에 의한 양도소득세가 기준시가 적용에 의한 양도소득세 보다 납세자에게 유리한 경우에는 실지거래가액을 적용하여 양도소득세를 과세하는 것이 실질과세의 원칙과 과세형평에도 적합하다 할 것이다. 따라서 이 건 양도차익을 결정함에 있어 실지거래가액 적용을 부인할 근거가 없는 것으로 판단되므로 청구인이 제시한 실지거래가액에 대한 증빙이 사실인지의 여부를 살펴본다. (나) 청구주장 실지거래가액 및 그 증빙자료를 검토하면 아래표와 같다. (단위 : 원)

구?? 분

기준시가(처분청)

실가(청구인)

비?? 고

양?? 도

토?? 지

공장건물(1)

공장건물(2)

857,714,000

117,112,320

84,448,000

900,000,000

1) 토지·건물 구분없이 양도

2) 양도시 매매계약서

3) 처분청은 양도가액에 건물분부가가치세가 포함된 것으로 봄

4) 양수인의 장부가액(원장)

5) 양수인의 확인서

소?? 계

1,059,274,320

900,000,000

취?? 득

토?? 지

공장건물(1)

공장건물(2)

26,760,676

87,436,800

74,704,000

139,577,233

198,565,955

127,924,745

1) 입주(분양)계약서, 대금완납확인서, 공장부지대금정산서

2) 공사도급계약서, 장부원장

3) 장부가액, 세금계산서

소?? 계

188,901,478

466,067,933

양도 차익

873,372,842

433,932,067

(다) 우선, 쟁점공장용지 및 쟁점공장의 취득가액을 보면, 1) 청구주장 실지거래가액과 처분청의 기준시가중 가장 큰 차이가 나는 토지(쟁점공장용지)의 취득가액에 대하여 보면, 처분청은 위 토지를 당시 공부상의 지목이 답이라고 하여 그 토지등급 112등급을 적용하여 취득시 기준시가인 26,760,676원을 취득가액으로 결정하였으나, 위 토지는 청구외 OOOO공단이 조성한 실제 공장용지로 청구인과 청구외 OOOO공단이사장이 87.8.17 체결한 입주(분양)계약서에 의하면 분양가액 119,113,500원과 입주시 정산에 따른 증액된 금원 1,138,003원(증감이유 ; 당초 분양가액을 ㎡당 36,095원에서 정산시 36,452원으로 증액)을 합하여 실제 분양가액 120,251,503원과 연부납부에 의한 이자가 3,449,312원인 사실이 청구인과 청구외 OOOO공단이사장과의 사이에 체결된 공단입주계약서, 청구외 OOOO공단이사장이 교부한 대지대금완납확인원에 의하여 확인되며, 청구인은 OO공업사 장부의 토지계정과목에 쟁점공장용지대금 120,251,503원과 이전등록세외 19,325,730원을 장부에 기재하고 있으나 실제 확인되는 비용으로는 취득세 및 등록세로 총 취득원가(연부이자포함) 123,700,815원의 50/1000에 해당하는 6,185,040원을 필요경비로 인정하여 129,885,855원을 쟁점공장용지의 취득가액으로 인정하는 것이 타당한 것으로 판단된다. 2) 공장건물에 대하여는 쟁점(1)공장건물은 88.3.15 청구인과 청구외 한국건설합자회사와의 사이에 체결된 건설도급계약서에 의하면 총공급가액(공사대금)은 187,000,000원(부가가치세 17,000,000원포함)으로 체결되어 있으나, OO공업사 장부의 건설가계정에 의하면 총 공사대금 198,565,955원으로 기재되어 있고, 쟁점(1)공장의 신축과 관련 청구외 OO건설산업(주) OO레미콘사업소외 2개사가 청구인에게 건설용역을 공급하고 88.3.31부터 88.7.15 교부한 세금계산서 9매에 의하면 그 공사대금이 198,565,955원(19,856,590원별도, 매입세액공제)인 사실이 확인되며, 쟁점(2)공장의 경우는 건설도급계약서는 제시하지 못하나, 시공자인 청구외 (주)OO(사업장 주소 ; OO시 OOOOO OOOOO, 종목 ; 조립식 건물)의 대표이사 OOO이 청구인에게 건설용역을 공급하고 90.5.26부터 90.9.29까지 청구인에게 교부한 세금계산서 4매에 의하면 품목은 공사대금으로 되어 있고, 총 공급가액은 127,924,745원(부가가치세 12,792,474원은 별도)으로 확인되며, OO공업사 장부의 건설계정과목에 의하여도 쟁점(2)공장의 신축에 따른 공사대금을 위의 세금계산서 내역과 같이 지급한 사실이 확인되어 쟁점(2)공장의 취득가액이 127,924,745원이라는 청구주장이 인정된다 하겠다. 따라서, 쟁점공장용지 취득가액은 129,885,855원, 쟁점(1)공장의 취득가액 198,565,955원, 쟁점(2)공장의 취득가액 127,924,745원인 사실이 96.5.31 과세이연신청시 첨부된 실지거래가액 증빙서류에 의하여 확인된다 할 것이므로 총 취득가액은 456,376,555원인 사실이 확인된다 할 것이다. (라) 쟁점공장용지 및 쟁점공장의 양도가액을 보면, 쟁점(1), (2)공장과 그 부수토지인 쟁점공장용지를 양도함에 있어 토지와 건물을 구분하지 아니하고 총 900,000,000원에 양도한 것으로 매매계약서에 의하여 확인되는 한편, 처분청에서는 건물에 대한 부가가치세 결정시 총 매매가액 900,000,000원중 쟁점공장용지의 양도가액 607,244,669원, 건물의 양도가액 266,141,209원, 건물분 부가가치세 26,614,116원으로 하여 부가가치세를 경정한 사실이 일건의 과세기록에 의하여 확인되어 쟁점(1), (2)공장용지 및 쟁점공장의 의 실지 양도가액은 매매가액 900,000,000원중 건물분 부가가치세액 26,614,116원을 제외한 873,385,884원임이 객관적으로 확인된다 할 것이다. 따라서 이 건 신공장의 취득가액(1,014,176,377원)이 쟁점공장용지 및 쟁점공장의 양도가액(873,385,884원)을 초과하고 쟁점공장의 실지거래가액이 확인되는 경우에 해당되므로 위 확인된 실지거래가액에 의하여 양도차익을 결정하고 이를 과세이연대상에 모두 포함하는 것이 타당한 것으로 판단된다. 라. 결론 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제 81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.