이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 1996.7.11. 전기통신업 등을 영위할 목적으로 설립된 법인으로, 2014.12.31. 청구법인 31.1%, 주식회사 OOO 31.1%, 주식회사 OOO 23.3%, 주식회사 OOO 7.8%, 주식회사 OOO 6.7%의 지분(합계 100%)으로 OOO콘소시엄을 구성하여 OOO가 시행하는 OOO 일반산업단지 시행사업 내 부지인 서울특별시 강서구 OOO 외 8필지 42,526㎡를 취득(분양)하였고, 2015.6.30. 연결녹지 300㎡를 추가 취득함에 따라 청구법인이 소유하는 토지의 면적은 13,316㎡(이하 “청구법인 소유토지”라 한다)가 되었다.

나. 서울특별시 강서구청장(이하 “강서구청장”이라 한다)은 2016년도 및 2017년도 재산세 과세기준일 현재(6.1.) 청구법인 소유토지 전체(100%)에 대하여 ‘연구개발업’ 용도의 건축물 사용 예정 부속토지로 보아 「지방세특례제한법」(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제78조 제4항 다목에 따라 재산세의 50%를 감면하였고, 이에 처분청은

「종합부동산세법」 제6조

제1항에 따라 재산세의 감면규정을 준용하여 청구법인에게 종합부동산세를 결정.고지하였다.

다. 이후 강서구청장은 2019년 1월 청구법인 소유토지의 47.06%에 해당하는 6,266.5㎡만을 ‘연구개발업’ 용도의 건축물 부속토지로 사용한다고 보고, ‘전기통신업’으로 사용된 건축물에 해당하는 부속토지의 면적(청구법인 소유토지의 48.71%로 이하 “쟁점토지”라 한다)을 감면대상에서 제외하여 청구법인에게 재산세를 추가 고지한 후 처분청에 종합부동산세 수시세액 조정자료를 통보하였다.

라. 이에 따라 처분청은 2020.11.30. 청구법인에게 2016년 귀속 종합부동산세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원, 2017년 귀속 종합부동산세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원(2016년 귀속분과 2017년 귀속분을 합하여 이하 “이 건 종합부동산세”라 한다)을 각 경정.고지하였다.

마. 청구법인은 이에 불복하여 2021.2.22. 이의신청을 거쳐 2021.8.11. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 ‘전기통신업’ 용도로 사용하고 있는 청구법인 소유 부동산(쟁점토지 포함)이

「지방세특례제한법」 제78조

제4항에 따른 감면에 해당하는지 여부에 대하여 2020.6.18. 서울특별시장을 거쳐 행정안전부장관에게 질의하였고, 행정안전부장관은 2020.11.5. 서울특별시장에게 “산업단지에 입주한 건축물 중 OOO 일반산업단지 내에서 정보통신 전문분야의 지식을 활용하여 4G/5G 이동통신 액세스 기술 등 첨단기술과 제품을 개발하고 관련 이동통신서비스를 제공하는 등의 이동통신분야 전기통신업 용도로 사용하는 부분은 지방세 감면대상인 산업용 건축물 등에 해당된다고 판단된다”고 회신(지방세특례제도과-2634)하였으며 서울특별시장은 위 질의회신 내용을 2020.11.10. 청구법인에게 송부하였다.

따라서 ‘전기통신업’ 용도로 사용 중인 쟁점토지에 대하여 종합부동산세 감면대상(50%)으로 보아야 함에도 처분청이 쟁점토지를 감면대상에서 제외하여 청구법인에게 종합부동산세를 부과한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구법인은 행정안전부 장관의 질의회신(지방세특례제도과-2634, 2020.11.5.)에 따라 전기.통신 산업용 건축물 사용 예정인 쟁점토지에 대해 지방세 감면이 적용되므로 종합부동산세 역시 감면하여 환급하여야 한다고 주장하나, 강서구청장은 쟁점토지의 취득세 환급을 구하는 청구법인의 경정청구를 거부하였고 이에 대하여 서울특별시장은 청구법인의 이의신청에 대해 기각결정을 하였으며,

「종합부동산세법」 제6조

제1항은 「지방세특례제한법」의 경감 규정을 준용하고 있으므로 종합부동산세의 기초가 되는 선행 조세인 재산세가 감면되지 않는 이상 후행 조세인 종합부동산세에 대하여 감면하기는 어렵다.

따라서 처분청이 청구법인에게 이 건 종합부동산세를 부과한 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

전기통신업으로 사용되는 쟁점토지가

「지방세특례제한법」 제78조

에 따른 산업용 건축물등을 건축하려는 자가 취득하는 부동산에 해당하므로 종합부동산세 감면대상이라는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 종합부동산세법

제6조(비과세 등) ① 「지방세특례제한법」 또는 「조세특례제한법」에 의한 재산세의 비과세ㆍ과세면제 또는 경감에 관한 규정(이하 “재산세의 감면규정”이라 한다)은 종합부동산세를 부과하는 경우에 준용한다.

제17조(결정과 경정) ④ 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제2항 및 제3항에 따른 경정 및 재경정 사유가

「지방세법」 제115조

제2항에 따른 재산세의 세액변경 또는 수시부과사유에 해당되는 때에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 종합부동산세의 과세표준과 세액을 경정 또는 재경정하여야 한다.

(2) 지방세기본법

제50조(경정 등의 청구) ② 과세표준 신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 지방세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 90일 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 제7장에 따른 심판청구, 「감사원법」에 따른 심사청구에 대한 결정이나 소송의 판결(판결과 동일한 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때

(3) 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것)

제78조(산업단지 등에 대한 감면) ④ 제1호 각 목의 지역(이하 “산업단지등”이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 감면한다.

1. 대상 지역

가. 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지

2. 감면 내용

가. 산업용 건축물등을 건축하려는 자[공장용 건축물(

「건축법」 제2조

제1항 제2호에 따른 건축물을 말한다)을 건축하여 중소기업자에게 임대하려는 자를 포함한다]가 취득하는 부동산에 대해서는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제한다.

다. 가목의 부동산에 대한 해당 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 재산세의 100분의 50을 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 면제)한다.

(4) 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것)

제78조(산업단지 등에 대한 감면) ④ 제1항에 따른 사업시행자 외의 자가 제1호 각 목의 지역(이하 “산업단지등”이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다.

1. 대상 지역

가. 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지

2. 경감 내용

가. 산업용 건축물등을 건축하려는 자[공장용 건축물(

「건축법」 제2조

제1항 제2호에 따른 건축물을 말한다)을 건축하여 중소기업자에게 임대하려는 자를 포함한다]가 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을 2016년 12월 31일까지 경감한다.

다. 가목의 부동산에 대해서는 해당 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 재산세의 100분의 35를 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 100분의 75를 경감)한다.

부칙

제1조(시행일) 이 법은 2015년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제126조 제2항부터 제4항까지 및 제7항, 제127조 제2항부터 제4항까지, 제128조 제1항 및 제173조의 개정규정은 2015년 7월 1일부터 시행하고, 제67조 제2항의 개정규정은 2016년 1월 1일부터 시행한다.

제25조(산업단지 입주기업 등에 대한 경감세율 특례) 제78조 제1항에 따른 사업시행자와 2015년 12월 31일까지 분양계약을 체결하고 제78조 제4항 제1호의 대상지역에서 산업용 건축물등을 건축［공장용 건축물(

「건축법」 제2조

제1항 제2호에 따른 건축물을 말한다)을 건축하여 중소기업자에게 임대하려는 자를 포함한다］ 또는 대수선 하려는 자가 제78조 제4항에 따라 취득하는 부동산에 대해서는 이 법 개정 법률에도 불구하고 2017년 12월 31일까지 종전의 법률을 적용한다.

(5) 지방세법

제114조(과세기준일) 재산세의 과세기준일은 매년 6월 1일로 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 아래와 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구법인은 ‘서울특별시 용산구 OOO’를 본점 소재지로 하고, ‘전기통신사업’, ‘인터넷멀티미디어방송사업 등의 방송통신융합서비스’ 등을 목적으로 하여 1996.7.11. 설립되었다.

(나) 서울특별시장은 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 아래와 같이 2008.12.30. OOO 일반산업단지 실시계획을 승인OOO하였다.

＜서울특별시 고시 OOO(일부 발췌)＞

산업단지의 명칭

OOO 일반산업단지

사업시행자의 성명

서울특별시 OOO 사장

산업단지의 목적

및 개요

서울의 경쟁력 회복과 세계도시로 도약을 위하여 R＆D 및 신기술산업의 인큐베이터로서 차세대 성장동결 산업 육성에 목적이 있음

사업시행지역의

위치 및 면적

ㆍ위치 : 서울특별시 OOO 답 일원

ㆍ면적 : 1,112,515㎡

사업시행기간

2007년∼2012년

(다) 서울특별시장은 2011.12.29. ‘OOO구역 도시개발사업 1지구, 2지구 실시계획변경인가 고시’를 통해 아래와 같이 ‘전기통신업’을 OOO 일반산업단지 입주업종으로 지정OOO하였다.

(라) 청구법인은 2013.10.31. 서울특별시와 OOO 일반산업단지 입주계약을 체결한 후 2014.12.31.과 2015.6.30. 시설용지와 연결녹지를 취득하여 2017.11.24. 그 지상에 지하 2층, 지상 9층 규모의 건축물(㈜OOO사옥)을 신축.취득하였다.

＜청구법인 소유 부동산의 용도별 이용 현황＞

업종

(면적비율)

사업부

업무 설명(용도)

전기통신업

(57.8%)

※ 쟁점토지가

포함된 부분

Future ＆ Converged (FC)

5G 신규 서비스 개발

Network (NW)

네트워크 운영 및 품질관리 등

Personal Solution (PS)

모바일 관련 서비스 제공

Chief Human resource Office (CHO)

전기통신설비 구축 지원 등

기업

기업에게 네트워크 관련 서비스 제공

홈/미디어

초고속인터넷, 인터넷전화 서비스 제공

연구개발업

(39.22%)

Future ＆ Converged (FC)

기술 개발

Network (NW)

네트워크 개발

Personal Solution (PS)

모바일서비스기술 개발

기타

(2.98%)

Network (NW)

기획/인사

Chief Human resource Office (CHO)

부동산 전략관리, 안전관리

(마) 청구법인은 ‘전기통신업’ 용도로 사용하고 있는 청구법인 소유 부동산이

「지방세특례제한법」 제78조

제4항에 따른 감면에 해당하는지 여부에 대하여 2020.6.18. 서울특별시장을 거쳐 행정안전부장관에게 질의하였고 행정안전부장관은 2020.11.5. 서울특별시장에게 아래와 같은 취지로 회신(지방세특례제도과-2634)하였다.

＜행정안전부의 질의회신 내용(발췌)＞

1. 서울특별시 세제과-9839(2020.7.3.)호와 관련입니다.

2. 질의요지

산업단지에 입주한 건축물 중 정보통신 분야의 전문지식을 활용하여 4G/5G 이동통신 엑세스 기술 등 첨단기술과 제품을 개발하고 관련 이동통신서비스를 제공하는 등의 이동통신분야 전기통신업 용도 부분이 지방세 감면대상인 산업용건축물 등에 해당하는 지식산업 시설용 건축물에 포함되는지 여부

3. 회신내용

가. (전략)

- 「산업입지 및 개발에 관한 법률(이하 ‘산입법’이라 함)」제2조 제2호에서 “지식산업”이란 컴퓨터소프트웨어개발업ㆍ연구개발업ㆍ엔지니어링서비스업 등 전문 분야의 지식을 기반으로 하여 창의적 정신활동에 의하여 고부가가치의 지식서비스를 창출하는 데에 이바지할 수 있는 산업을 말한다고 정의하고 있으나 그 세부업종을 구체적으로 위임하는 규정은 없습니다.

나. (생략)

다. (전략)

- 위 규정을 종합하여 보면, 귀 법인이 산업단지 내에서 정보통신 분야의 전문지식을 활용하여 4G/5G 이동통신 엑세스 기술 등 첨단기술과 제품을 개발하고 관련 이동통신서비스를 제공하는 등의 전기통신업은 기술집약도가 높고 기술혁신속도가 빠른 첨단기술과 제품을 개발하는 등 산업구조 고도화에 대한 기여효과가 큰 고부가가치를 창출하는 지식기반산업으로 지식산업에 포함된다고 할 것입니다.

라. (전략)

- 위 규정을 종합하여 보면, 토지에 산업단지를 설정하고 개발하여 산업발전을 촉진하는 것에 목적을 두고 있는 산입법에서 4G/5G 등 이동통신분야 전기통신업을 산업시설용지 입주기업으로 허용하고 있고 이에 터잡아 서울특별시도 ○○일반산업단지 입주업종으로 고시하고 있을 뿐만 아니라, 산업의 집적 및 공장설립을 지원하고 산업입지 및 산업단지를 관리하는 것에 목적을 두고 있는 산집법에서도 4G/5G 등 이동통신분야 전기통신업이 지식산업 등을 운영하려는 산업단지 입주기업체의 범위에 포함되고 있음을 알 수 있는바, 오로지 산입법 제2조 제4호에 따른 「정보통신산업진흥법」제2조 제2호에서 전기통신업 등을 정보통신산업에서 제외하고 있다는 이유만으로 4G/5G 등 이동통신분야 전기통신업을 산업용건축물등의 범위에 제외된다고 함은 그 입주를 허용하는 산입법 취지와 그 입주기업체의 범위에 포함하고 있는 산집법의 취지와도 불부합하다고 할 것이다.

마. 따라서, 귀문 산업단지 내에서 정보통신 전문분야의 지식을 활용하여 4G/5G 이동통신 엑세스 기술 등의 이동통신분야 전기통신업 용도 부분은 지방세 감면대상인 산업용 건축물 등에 해당된다고 판단됩니다.

바. 다만, 이는 질의 당시 사실관계를 바탕으로 판단한 해석으로서 추가 사실확인 등 변동이 있을 시는 당해 과세권자가 면밀한 조사를 통해 결정할 사안입니다. 끝.

(바) 청구법인은 쟁점토지가 포함된 청구법인 소유 부동산 중 전체 57.8%에 해당하는 면적(전기통신업으로 사용하는 면적)이

「지방세특례제한법」 제78조

제4항이 정한 지식산업용 또는 정보통신산업용 건축물을 취득하기 위한 토지 및 신축하여 취득한 산업용 건축물 등에 해당한다고 보아 기신고ㆍ납부한 취득세 중 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 2021.1.11. 제기하였으나 처분청은 2021.3.3. 이를 거부하였다.

(사) 이에 청구법인은 2021.4.15. 이의신청을 거쳐 2021.8.26. 심판청구를 제기하였고 조세심판원은 청구주장을 받아들여 인용 결정OOO하였는데 그 결정 내용은 아래와 같다.

서울특별시장은 2011.12.29. ‘OOO구역 도시개발사업 1지구, 2지구 실시계획변경인가 고시OOO’를 통해 ‘전기통신업’을 OOO 일반산업단지 입주업종으로 지정한 점, 청구법인은 기간통신사업과 부가통신사업 등 전기통신공사업을 주목적으로 하고 있고 OOO 일반산업단지에 소재한 청구법인 소유 부동산에서 5G 신규 서비스 개발, 네트워크 운영 및 품질관리, 모바일 관련 서비스 제공, 전기통신설비 구축 지원, 네트워크 관련 서비스 제공, 초고속인터넷, 인터넷전화 서비스 제공 등 ‘전기통신업’을 영위하고 있는 점, 청구법인이 자신의 소유 부동산에서 영위하는 ‘전기통신업’은 「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제2조 제2호에 따른 전문 분야의 지식을 기반으로 하여 창의적 정신활동에 의하여 고부가가치의 지식서비스를 창출하는 데에 이바지할 수 있는 지식산업에 부합하는 것으로 보이는 점, 산업의 집적을 활성화하고 공장의 원활한 설립을 지원하고자 제정된 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」에서 청구법인이 자신의 소유 부동산에서 영위하는 4G/5G, IOT 등 고부가가치 통신서비스 등을 제공하는 ‘전기통신업’을 첨단기술과 산업의 범위에 「산업발전법」에서 ‘전기통신업’을 지식서비스산업의 범위에 각 포함하고 있는 점 등에 비추어 청구법인이 ‘전기통신업’을 영위할 목적으로 취득한 청구법인 소유 부동산은 쟁점감면규정( 「지방세특례제한법」제78조 제4항)에 따라 취득세가 면제되는 산업용 건축물인 ‘지식산업’에 해당하는 것으로 보는 것이 타당할 것이므로 처분청이 청구법인 소유 부동산을 감면 대상인 산업용 건축물 등에 해당하지 아니한 것으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

(아) 청구법인은 취득세에 관한 조세심판원의 결정(조심 2021지3340, 2023.6.27.)이

「지방세기본법」 제50조

제2항 제1호에서 규정한 후발적 사유에 해당한다고 보아 2023.9.22. 강서구청장에게 기신고ㆍ납부한 재산세의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였고, 강서구청장은 2023.11.21. 2015년도∼2018년도 재산세는 부과제척기간이 경과되었음을 이유로 경정청구를 거부하는 한편, 2023.12.28. 2019년도∼2023년도 재산세에 대하여는 경정청구를 받아들여 환급결정하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

(가) 처분청은

「종합부동산세법」 제6조

제1항에서 “「지방세특례제한법」에 의한 재산세의 비과세ㆍ과세면제 또는 경감에 관한 규정은 종합부동산세를 부과하는 경우에 준용한다”고 규정하고 있으므로 종합부동산세의 선행 조세인 재산세가 감면되지 않는 이상 후행 조세인 종합부동산세를 감면할 수 없다는 의견이다.

(나) 그러나 청구법인이 이 건 종합부동산세 부과 처분에 대하여 심판청구를 제기(2021.8.11.)한 이후 2023.6.27. 조세심판원은 쟁점토지가 포함된 청구법인 소유 부동산에 대하여

「지방세특례제한법」 제78조

제4항이 정한 산업단지 등에 대한 취득세 감면대상에 해당한다고 보아 청구법인이 제기한 심판청구를 인용 결정(OOO 이하 “쟁점심판결정”이라 한다)하였고, 이에 청구법인은 쟁점심판결정을

「지방세기본법」 제50조

제2항 제1호에서 규정한 후발적 사유에 해당된다고 보아 기납부한 2015년분～2023년분 재산세의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였으며, 이에 대해 강서구청장은 2019년도∼2023년도 재산세에 대해 청구법인의 경정청구를 받아들여 환급한 사실이 있다.

(다) 한편 쟁점심판결정의 취지는 “서울특별시장은 2011.12.29. ‘OOO구역 도시개발사업 1지구, 2지구 실시계획변경인가 고시OOO’를 통해 ‘전기통신업’을 OOO 일반산업단지 입주업종으로 지정한 점, 청구법인은 기간통신사업과 부가통신사업 등 전기통신공사업을 주목적으로 하고 있고 OOO 일반산업단지에 소재한 청구법인 소유 부동산에서 5G 신규 서비스 개발, 네트워크 운영 및 품질관리, 모바일 관련 서비스 제공, 전기통신설비 구축 지원, 네트워크 관련 서비스 제공, 초고속인터넷, 인터넷전화 서비스 제공 등 ‘전기통신업’을 영위하고 있는 점, 청구법인이 소유 부동산에서 영위하는 ‘전기통신업’은 「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제2조 제2호에 따른 전문 분야의 지식을 기반으로 하여 창의적 정신활동에 의하여 고부가가치의 지식서비스를 창출하는 데에 이바지할 수 있는 지식산업에 부합하는 것으로 보이는 점, 산업의 집적을 활성화하고 공장의 원활한 설립을 지원하고자 제정된 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」에서 청구법인이 소유 부동산에서 영위하는 4G/5G, IOT 등 고부가가치 통신서비스 등을 제공하는 ‘전기통신업’을 첨단기술과 산업의 범위에 「산업발전법」에서 ‘전기통신업’을 지식서비스산업의 범위에 각 포함하고 있는 점 등에 비추어 청구법인이 ‘전기통신업’을 영위할 목적으로 취득한 OOO 일반산업단지 시행사업 내 청구법인 소유 부동산은

「지방세특례제한법」 제78조

제4항에 따라 취득세가 면제되는 산업용 건축물인 ‘지식산업’에 해당한다”는 것이다.

(라) 이러한 점 등을 종합하여 보면 비록 강서구청장이 부과제척기간이 경과하였다는 이유로 경정청구를 거부함에 따라 환급이 이루어지지 않았다 하더라도 2016년도 및 2017년도 재산세의 경우 2019년도∼2023년도 재산세와 마찬가지로

「지방세특례제한법」 제78조

제4항이 규정한 산업단지 등에 대한 감면 규정 적용 대상으로 봄이 타당하다 할 것이고 그렇다면

「종합부동산세법」 제6조

제1항에 따라 이 건 종합부동산세도 감면대상으로 보아야 할 것이다.

(마) 따라서, 처분청이 청구법인에게 종합부동산세 등을 부과한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로

「국세기본법」제80조의2

및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.