① 쟁점건축물은 개별 연구동(E1∼E8동)과는 별도의 건축물로 건축된 것으로서 청구법인들은 이를 회의실, 갤러리, 다목적홀, 컨벤션공간 및 VIP 의전 등의 용도로 사용하고 있으므로 이는 그 자체로서 「지방세특례제한법 시행령」제29조 각호에 따른 산업용 건축물등에 해당한다고 보기는 어려운 점, 다만, 쟁점면적 중 지상 4층의 융복합연구실(공용면적 포함)의 경우, 청구법인들이 융복합업무의 수행을 위한 연구ㆍ개발 등의 목적으로 공동으로 사용하고 있는 것으로 보일 뿐만 아니라, 조세심판관회의에 출석한 청구법인들과 처분청 사이에 이에 대하여는 이견이 없었으므로 쟁점면적 중 융복합연구실(공용면적 포함) 부분에 한정하여 쟁점감면규정에 따라 취득세 등을 감면하는 것이 타당하다고 판단됨.② 쟁점면적 중 지상 4층의 융복합연구실(공용면적 포함)의 경우, 청구법인들이 융복합엄부 등의 수행을 위해 이를 공동으로 사용하고 있는 것으로 보이는 이상 청구법인들이 이를 직접 사용하는 부동산으로 보는 것이 타당하다 할 것이므로 쟁점감면규정에 따라 취득세 등을 감면하는 것이 타당하다고 판단됨.

이유

1. 처분개요 가. 청구법인들은 2012.12.8. 서울주택도시공사와 서울특별시 강서구 OOO산업지구 내 산업시설용지 OOO.OOO(134,189㎡, 이하 “이 건 토지”라 한다)에 대한 분양계약을 체결하였고, 2015.12.18. 아래 ＜표1＞과 같이 이를 취득한 후, 「지방세특례제한법」(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것, 이하 같다) 제78조 제4항 및 그 개정 부칙 제25조(이하 “쟁점감면규정”이라 한다)에 따라 처분청으로부터 취득세 등을 감면(100%) 받았다. ＜표1＞ 청구법인들의 이 건 토지 취득 내역 OOO 나. 청구법인들은 2017.10.31. 이 건 토지 중 OOO에 OOO 연구동, 공동실험센터 및 아래 ＜표2＞의 건축물 41,113.74㎡(이하 “쟁점건축물”이라 한다)를 신축하여 임시사용승인을 받아 이를 취득한 후, 연구동과 공동실험센터에 대하여는 쟁점감면규정에 따른 산업용 건축물의 취득으로 보아 취득세 등을 감면받고, 쟁점건축물 중 어린이집(1ㆍ2층)에 대하여는 「지방세특례제한법」 제19조 와 「지방세특례제한법」제177조의2 (최소납부세제)를 적용하여 취득세의 100분의 85 감면, 나머지 부분에 대하여는 「지방세특례제한법」제47조의2 에 따라 녹색건축 인증을 받은 건축물에 대한 감면(10%)을 각각 적용하여 산출한 취득세 등을 2017.12.21. 아래 ＜표3＞과 같이 신고ㆍ납부하였다. ＜표2＞ 쟁점건축물 취득 내역 OOO ＜표3＞ 쟁점건축물에 대한 취득세 등 신고ㆍ납부 내역 OOO 다. 청구법인들은 이 건 토지 중 쟁점건축물의 부속토지에 해당하는 부분이 「지방세특례제한법」제78조 제5항의 추징사유에 해당하는 것으로 보아 2017.12.21. 이 건 토지 취득 및 이 건 토지의 지목변경에 대한 취득세 등을 아래 ＜표4＞와 같이 수정신고ㆍ납부하였다. ＜표4＞ 이 건 토지 등에 대한 취득세 등 수정신고ㆍ납부 내역 OOO 라. 그 후, 청구법인들은 이 건 토지에 대한 정산금을 서울주택도시공사에게 추가로 납부한 후, 2022.12.7. 그 정산금을 이 건 토지의 취득세 과세표준에 가산하여 아래 ＜표5＞와 같이 취득세 등을 수정신고·납부하였다. ＜표5＞ 이 건 토지 정산금에 대한 취득세 등 수정신고.납부 내역 OOO 마. 청구법인들은 쟁점건축물 41,113.74㎡ 중 어린이집(지상 1ㆍ2층 4,958.03㎡)과 위탁운영시설(지하 1층 1,702.86㎡)을 제외한 면적[지상 3∼7층 34,452.85㎡ 및 그 부속토지(이하 “쟁점면적”이라 한다)]은 산업단지 내 산업용 건축물의 부대시설에 해당하므로 쟁점감면규정에 따라 산업단지 감면을 적용하여야 한다는 취지로 기 신고ㆍ납부(토지, 지목변경, 건축물 및 정산금 해당 부분)한 취득세 등의 환급을 구하며 2022.12.21. 처분청에 경정청구 하였으나, 처분청은 2023.2.14. 청구법인들의 경정청구를 거부하였다. 바. 청구법인들은 이에 불복하여 2023.5.12. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 쟁점건축물 내 쟁점면적은 공장용 건축물의 부대시설으로 구성되어 있으며 관계법령에서 산업용 건축물의 부대시설에 대한 정의가 없으므로 법적취지를 고려할 때 공장용 건축물의 부대시설 규정을 준용해야 하고, 쟁점면적은 지식산업, 정보통신산업을 영위하는 산업용 건축물을 지원하기 위한 부대시설에 해당하므로 쟁점감면규정에 따라 취득세 등을 감면하여야 한다. (가) 재정경제부는 2004.3.19. 경제장관간담회를 통해 서비스업종에 대해서 제조업과의 차별을 없애기 위한 방안을 추진한다고 공표한 후, 2005.1.5. 구 「지방세법」 제276조 의 공장용 건축물을 산업용 건축물로 개정하여 제조업과 동일한 수준으로 서비스업에 대해 세제혜택을 확대하였으며, 이는 서비스업종에 대한 지원을 통해서 고용창출을 증대시키고, 제조업에서 나아가 새로운 성장 동력으로서의 서비스 산업을 발전시켜 경제 활성화에 기여하기 위함이었다. ＜표6＞ 구 「지방세법」개정 내용(청구법인 정리)

구 「지방세법」(2005.1.5., 법률 제7332호로 개정되기 전의 것)	구 「지방세법」(2005.1.5., 법률 제7332호로 개정된 것)
제276조 【산업단지 등에 대한 감면】 ① 산업입지 및 개발에 관한 법률에 의하여 지정된 산업단지와 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률에 의한 유치지역 및 산업기술단지지원에 관한 특례법에 의하여 조성된 산업기술단지 안에서 공장용 건축물ㆍ연구시설 및 시험생산용 건축물 (이하 이 조에서 “공장용 건축물등”이라 한다) 을 신축하거나 증축하고자 하는 자 (공장용 부동산을 중소기업자에게 임대하고자 하는 자를 포함한다) 가 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 그 부동산에 대한 재산세와 종합토지세는 당해 납세의무가 최초로 성립되는 날부터 각각 5년간 100분의 50을 경감 ( 수도권정비계획법 제2조 제1호의 규정에 의한 수도권외의 지역에 소재하는 산업단지의 경우에는 면제) 한다.	제276조 【산업단지 등에 대한 감면】 ① 산업입지 및 개발에 관한 법률에 의하여 지정된 산업단지와 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률에 의한 유치지역 및 산업기술단지지원에 관한 특례법에 의하여 조성된 산업기술단지 안에서 산업용 건축물ㆍ연구시설 및 시험생산용 건축물로서 대통령령이 정하는 건축물 (이하 이 조에서 “산업용 건축물등”이라 한다) 을 신축하거나 증축하고자 하는 자 (공장용 부동산을 중소기업자에게 임대하고자 하는 자를 포함한다) 가 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 그 부동산에 대한 재산세는 당해 납세의무가 최초로 성립되는 날부터 각각 5년간 100분의 50을 경감 ( 수도권정비계획법 제2조 제1호의 규정에 의한 수도권외의 지역에 소재하는 산업단지의 경우에는 면제) 한다.

(나) 하지만, 산업용 건축물에 대해 「지방세법」에서는 공장ㆍ지식산업ㆍ문화산업ㆍ정보통신산업ㆍ자원비축시설용 건축물과 이와 직접 관련된 교육ㆍ연구ㆍ정보처리ㆍ유통시설용 건축물이라 규정하였을 뿐, 지방세 관계법령 , 「산업입지법」 및 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」에서는 산업용의 건축물 및 부대시설의 범위를 규정하고 있지 않으며, 공장 및 공장의 부대시설에 대해서만 규정하고 있으며, 공장의 부대시설에 대해 「산업입지법」 및 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」에서는 시행규칙 제2조에서 사무실, 시험연구시설, 식당, 휴게실, 제품전시장 등을 부대시설 범위로 규정하고 있다. (다) 한편, 대법원(2012.11.29. 선고 2012두17179 판결)에서는 구 「지방세법」제276조 제1항에서 산업용 건축물과 공장용 건축물을 혼용하여 사용하고 있는 경우 위 규정의 입법취지와 개정연혁, 그 본문과 단서의 관계 등에 비추어 이 사건 괄호규정의 ‘공장용 부동산’은 그 본문규정의 ‘산업용 건축물’과 달리 보기 어렵다고 판단하였으며, 산업용 건축물과 관련하여 행정안전부는 「지방세특례제한법」제78조 제4항 제2호에서 산업용 건축물과 공장용 건축물이 혼용되고 있음을 인정하고 2021.12.28. 법률 제18656호로 「지방세특례제한법」을 개정하면서 공장용 건축물을 삭제하고, 산업용 건축물로 통일하였는바, 즉, 과거 산업용 건축물의 도입배경(제조업과의 차별을 없애고 동일한 세제 혜택 제공)을 고려하여 대법원 및 행정안전부도 공장용 건축물과 산업용 건축물을 동일하게 해석하고 있으므로 산업용 건축물의 부대시설의 범주는 공장용 건축물의 부대시설의 정의를 준용해야 한다. (라) 또한, 청구법인들의 쟁점면적은 여러 법인의 시너지를 위한 융복합 프로젝트 사무실 및 연구원의 교육, 회의 등을 위한 강당, 공용회의실과 연구원의 복지를 위한 직원복지시설로 구성되어 있어 산업용 건축물의 부대시설 기능으로 사용되고 있다. 예를 들어, 융복합 사무실에서는 AR(증강현실)/VR(가상현실)의 연구를 위해 C 주식회사가 AR글라스를 개발하고, AR글라스에 필요한 디스플레이를 B 주식회사가, 빛을 굴절시켜 홀로그램을 만들어내는 회절도광판 기술을 주식회사 A이 제공하고, 이러한 AR글라스에 필요한 컨텐츠를 지원하기 위한 카메라 모듈을 E 주식회사가 개발하여 융복합시너지를 추구하고 있다. 쟁점면적의 강당 및 공용회의실에서는 개발미팅, 연구회의, 학회, 세미나, 기술교류 등 각 계열사의 연구원들의 시너지가 발생할 수 있는 연구목적의 회의들이 계속하여 진행되고 있으며 대표적인 사례는 아래 ＜표7＞과 같다. ＜표7＞ 쟁점면적의 회의실 등 사용내용(청구법인 정리) OOO (2) 청구법인들은 쟁점면적을 쟁점감면규정의 입법취지(산업용 건축물을 신ㆍ증축하여 국가 산업의 경쟁력 확보)를 위해 대부분을 지식 및 정보통신산업 등의 용도로 직접 사용하고 있다. (가) 처분청은 지분소유권자인 청구법인들이 쟁점면적을 공동으로 사용하고 있으므로 부동산의 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 직접 사용하는 경우로 보기 어렵다고 주장하나, 조세심판원에서는 지분소유자 중 한명이 노인복지시설의 대표자가 아니므로 취득세 감면을 취소하고 추징된 건에 대해서 지분소유자들이 실질적으로 함께 운영하고 있기 때문에 공동명의로 취득한 건축물을 노인복지시설에 직접사용하고 있다고 보아 처분청의 추징이 잘못되었다(조심 2021지2672, 2022.10.4.)고 판단하였고, 지분소유자 중 한명이 어린이집의 운영자가 아니므로 취득세 감면을 취소하고 추징하였으나, 지분소유자가 공동으로 보육시설을 운영하고 있다고 보아 직접 사용하고 있다(조심 2015지863, 2016.5.19.)고 판단하였는바, 청구법인들과 같이 지분소유자가 공동으로 감면 목적에 맞게 쟁점면적을 사용하는 경우에는 직접 사용으로 보는 것이 타당하다 할 것이다. (나) 또한, 처분청은 몇몇 대회활동을 근거로 쟁점면적을 청구법인들이 직접 사용하는 것으로 보기 어렵다고 주장하나, 조세심판원에서는 주중에 학교용으로 사용하고 주말에 외부인에게 개방하고 실비성격의 수수료를 받은 건에 대해서 주중에 학교용으로 사용한 사실과 수취한 액수 학교용 부동산에 대한 재산세 감면 취지 등을 감안하여 해당 부동산을 직접 사용한 것으로 보아야 한다(조심 2021지857, 2022.7.19.)고 하였으며, 청구법인들은 교육부, 비영리법인의 학회 활동을 위해서 무상으로 해당 공간을 제공한 적은 있으나, 그 횟수가 극히 미미할 뿐만 아니라 OOO산업단지 입주계약서 제3조의 조건을 지키기 위해서 해당 공간을 유료로 대관하거나 임대를 주는 등의 수익목적으로 사용한 사실이 없으므로 쟁점면적을 산업단지의 감면 규정의 취지에 맞게 사용하면서 자원 활용의 효율성 측면에서 정부기관 및 비영리법인의 협조요청에 따라 장소를 제공한 것에 불과하므로 청구법인들이 쟁점면적을 직접 사용하고 있는 것으로 보아야 한다. 나. 처분청 의견 (1) 산업용 건축물 등의 범위는 공장 및 지식산업용 건축물과 이와 직접 관련된 교육·연구 시설에 해당하여야 하나, 쟁점면적은 주로 VIP 접객시설, 회의 또는 행사시설, 후생복지시설 등으로 사용하고 있으므로 이를 쟁점감면규정에 따른 산업용 건축물로 인정할 수는 없다. (가) 쟁점감면규정에서 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지에서 산업용 건축물등을 건축하려는 자가 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제한다고 규정하고 있고, 위 조항에서 산업용 건축물 등이란 같은 법 시행령 제29조 제1항 본문에서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 건축물을 말한다고 규정하면서 제3호에서 「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제2조에 따른 공장·지식산업·문화산업·정보통신산업·자원비축시설용 건축물과 이와 직접 관련된 교육·연구·정보처리·유통시설용 건축물을 산업용 건축물 등의 범위에 포함하고 있다. (나) 쟁점감면규정 등에서 ‘연구용 건축물’에 관하여 명확히 규정하고 있지는 아니하지만, 기업부설연구소를 관장하는 규정인 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령」제2조 제6호에서 “연구시설”을 연구개발 활동을 위하여 배타적으로 사용하는 독립된 연구공간과 연구개발활동에 직접 사용하는 연구 기자재 및 부대시설로 규정하고 있고, 같은 조 제7호 내지 제9호 규정에서는 연구인력의 겸직을 제한하고 있는데 연구 행정·지원 사무와 같은 간접적 성격의 업무를 수행하는 연구관리직원의 겸직까지도 제한하고 있는 점 등에 비추어 연구시설은 연구개발활동에 전용되어야 함을 알 수 있다. (다) 또한, 같은 법 시행규칙에서 ‘부대시설’이란 기업부설연구기관 등의 연구개발활동을 위하여 제작한 구축물과 연구전담요원 등이 전용으로 사용하는 회의실, 기숙사 등 연구개발활동에 필요한 편의시설로서 기업부설연구기관 등의 주소지에 있을 것으로 규정하고 있어 감면대상이 되는 연구용 건축물은 ‘연구개발활동에 직접 사용하는 부대시설’로 한정하여 해석하는 것이 합리적이라 할 것인바, 쟁점면적은 울타리 등으로 경계구분이 없고 OOO 전체가 사용하고 있으므로 산업용 건축물의 부대시설이라고 보기는 어렵다. (2) 쟁점면적은 청구법인들이 지분으로 공동 취득하였으나, 그 지분이 없는 계열사들도 쟁점면적을 사용하고 있으며 OOO의 각종 문화행사 개최 등 산업용 건축물과 관련이 없는 용도(본점 사용 등)에 사용되고 있으므로 이를 직접 사용이라고 볼 수는 없다. (가) 「지방세특례제한법」제2조 제1항 제8호에서는 “직접 사용”이란 부동산의 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 규정하고 있고, 같은 법 제78조 제5항에서는 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우 감면된 취득세를 추징한다고 규정하고 있다. (나) 대법원에서도 기업부설연구소와는 그 설치시기, 주소 등을 달리하고 이 건 사업장 전체의 운용을 위해 별도로 취득·설치된 이 건 부동산은 가사 기업부설연구소의 운영에 이바지하거나 연구소의 효용을 부수적으로 증가시켜주는 측면이 있다고 하더라도 이를 기업부설연구소 건물 내에 있는 전용부분의 이용에 필수적인 공용부분과 동일하게 볼 수는 없고, 기업부설연구소에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 확대해석할 수 없다(대법원 2023.3.16. 선고 2022두66088 판결, 같은 뜻임)고 판시하고 있다. (다) 쟁점면적은 글로벌 라운지, 비전홀, 컨버전스홀 등 회의실과 전시실 등의 용도로 사용되고 있으며, 교육부와 주식회사 OOO주최로 이중 언어 말하기대회, 고용노동부의 청년도약 프로젝트, OOO콘퍼런스, OOO어워드 행사, OOO화장품학회 추계학술대회, 국토교통부의 대중교통 국제정책포럼, 라이프이즈굿 어워드 컨퍼런스, OOO기간 동안에는 컨버전스 홀이 대형 영화관으로 변신하는 등 OOO 차원의 다양한 문화 행사장소로 사용되고 있는 점, 쟁점면적은 그 공동 지분이 없는 OOO계열사 등도 행사 등을 위해 사용하고 있을 뿐만 아니라 각종 행사 등에 불특정 다수인이 참가하고 이를 홍보하기 위한 용도로 사용하고 있는 점, 산업용 건축물과 관련 없는 본점 등의 용도에 이용되고 있는 점 등에 비추어 청구법인들이 쟁점면적을 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 처분청이 청구법인들의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁 점 (1) 일반산업단지의 산업용 건축물과 함께 공동시설로 건축된 쟁점면적을 산업용 건축물로 볼 수 있는지 여부 (2) 청구법인들이 지분으로 취득하여 공동으로 사용하고 있는 쟁점면적을 직접 사용하는 부동산으로 볼 수 있는지 여부 나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인들과 처분청이 제출한 자료에 따르면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 서울특별시장은 2008.12.30. OOO도시개발구역 중 일부에 대하여 아래 ＜표8＞과 같이 OOO산업단지로 지정.고시(서울특별시고시 제2008-498호)한 후, 2011.10.27. 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」제33조의 규정에 의거 OOO산업단지 관리기본계획을 고시(서울특별시고시 제2011-323호)하였으며, 이 건 토지는 OOO산업단지 내 산업시설구역에 소재하고 있는 것으로 나타난다. ＜표8＞ 서울특별시 고시 제2008-498호(일부 발췌) OOO (나) 서울특별시장은 2011.12.29. ‘OOO구역 도시개발사업 1지구, 2지구 실시계획변경인가 고시’를 통해 아래와 같이 연구개발업 등을 OOO일반산업단지 입주업종으로 지정ㆍ고시하였다(서울특별시 고시 제2011-418호). ＜ 서울특별시 고시 제2011-418호(일부 발췌) ＞ OOO (다) 청구법인들은 2012.12.13. 서울특별시장과 이 건 토지에 대하여 OOO산업단지 입주계약을 체결하여 2015.12.18. 서울특별시 강서구 OOO산업지구 내 산업시설용지(OOOㆍOOO)인 이 건 토지(134,189㎡)를 위 ＜표1＞과 같이 취득하였다. (라) 이 건 토지의 토지이용계획은 아래 ＜표9＞와 같다. ＜표9＞ 이 건 토지 토지이용계획 OOO (마) 청구법인들은 2014.8.19. 이 건 토지 중 OOO에 교육연구시설(연구소) 신축을 위한 건축허가를 받고 2014.10.14. 건축공사에 착공하여 2017.10.31. 처분청으로부터 임시사용승인을 받고(건축기획과-23961), 2020.7.22. 사용승인을 받은 사실이 일반건축물대장 및 사용승인서 등에 의하여 확인된다. (바) OOO는 크게 1차 부지와 2차 부지로 나뉘어져 있고, 1차 부지 서측(OOO)은 C, 동측은 C, A, B, E, F, D(OOO) 등 6개 법인이 공동 소유하고 있고, 2차 부지는 H, I, J, A(D22, D25) 등 4개 법인이 소유하고 있으며, 쟁점면적이 있는 쟁점건축물은 1차 부지 동측에 위치한 10개동 중 하나이다. (사) 청구법인들의 공통시설인 쟁점건축물은 C(52.72%), A(19.42%), B(7.82%), E(10.12%), F(4.83%) 및 D(5.09%) 6개 법인이 공동 소유하고 있다. (아) 일반건축물대장 및 처분청이 제출한 의견서 등에 의한 쟁점건축물(ISC)의 건축물현황과 처분청이 확인한 사용현황 등은 아래 ＜표10＞과 같다. ＜표10＞ 쟁점건축물(41,113.74㎡) 및 사용현황 OOO (자) 청구법인들은 쟁점건축물 중 쟁점면적에 대하여 토지, 토지의 지목변경, 건축물 신축 및 정산금 등에 대하여 취득세 등을 (수정)신고ㆍ납부한 후, 쟁점면적에 대해 쟁점감면규정에 따라 취득세 등을 감면하여 달라며 2022.12.21. 처분청에 경정청구를 하였으나, 처분청은 2023.2.14. 청구법인들의 경정청구를 거부하였다. ＜표11＞ 청구법인들의 취득세 등 감면 요구 내역 OOO (차) 처분청은 2023.5.22. 쟁점건축물에 대한 현지 출장 조사를 통해 아래와 같은 사실을 확인한 사실이 처분청의 출장결과보고서(세무1과-8494) 등에 의하여 확인된다. ＜표12＞ 처분청의 쟁점건축물 출장조사 결과 OOO (카) 처분청은 언론보도 등을 참고하여 청구법인들이 쟁점면적을 아래 ＜표13＞과 같이 사용하고 있다며 관련 자료를 제출하였다. ＜표13＞ 쟁점면적 사용 내역(처분청 정리) OOO (타) 청구법인들이 이 건 토지 OOO에 2017.10.31. 신축한 쟁점건축물, 연구동 및 공동실험센터 중 연구동 및 공동실험센터에 대하여는 쟁점감면규정에 따라 취득세 등을 감면받았으며, 이들 연구동 및 공동실험센터가 쟁점감면규정에 의한 산업용 건축물등에 해당하는 것에 대하여는 처분청과 청구법인들 사이에 다툼이 없다. (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저, 쟁점(1)에 대하여 살펴본다. (가) 「지방세특례제한법」(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것) 제78조 제4항 및 그 개정 부칙 제25조에서는 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지에서 산업용 건축물등을 건축하려는 자가 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제한다고 규정하고 있고, 「지방세특례제한법 시행령」제29조 제3호에서 산업용 건축물등의 범위에 “「산업입지 및 개발에 관한 법률」제2조에 따른 공장·지식산업·문화산업·정보통신산업·자원비축시설용 건축물과 이와 직접 관련된 교육·연구·정보처리·유통시설용 건축물”을 규정하고 있다. (나) 살피건대, 쟁점감면규정에 따라 취득세가 감면되는 산업용 건축물등이란 「지방세특례제한법」제29조 각호에 열거된 요건을 충족하는 건축물이어야 할 것인바, 쟁점건축물은 개별 연구동과는 별도의 건축물로 건축된 것으로서 청구법인들은 이를 회의실, 갤러리, 다목적홀, 컨벤션공간 및 VIP 의전 등의 용도로 사용하고 있으므로 이는 그 자체로서 「지방세특례제한법 시행령」제29조 각호에 따른 산업용 건축물등에 해당한다고 보기는 어려운 점, 처분청의 쟁점건축물에 대한 출장 보고서 및 현장 사진 등에 의하더라도, 쟁점건축물의 지상 3～7층에 소재한 쟁점면적은 청구법인들의 지식산업 등 연구개발업 등을 지원하기 위한 부대시설이 아닌 회의장, 다목적홀, VIP 의전 등을 주목적으로 하여 사용하고 있는 사실이 확인되는 점 등에 비추어 쟁점면적은 쟁점감면규정에 따라 취득세 등이 감면되는 산업용 건축물에 해당하는 것으로 보기는 어렵다고 판단된다. 다만, 쟁점면적 중 지상 4층의 융복합연구실(공용면적 포함)의 경우, 청구법인들이 융복합업무의 수행을 위한 연구ㆍ개발 등의 목적으로 공동으로 사용하고 있는 것으로 보일 뿐만 아니라, 조세심판관회의에 출석한 청구법인들과 처분청 사이에 이에 대하여는 이견이 없었으므로 쟁점면적 중 융복합연구실(공용면적 포함) 부분에 한정하여 쟁점감면규정에 따라 취득세 등을 감면하는 것이 타당하다고 판단된다. (3) 위 (2)에서 살펴본 바와 같이, 쟁점면적 중 지상 4층의 융복합연구실(공용면적 포함)을 제외한 나머지 부분은 쟁점감면규정에 따라 취득세가 감면되는 산업용 건축물등으로 볼 수 없다 할 것이므로 융복합연구실(공용면적 포함)에 한정하여 쟁점(2)에 대하여 살피건대, 「지방세특례제한법」제2조 제8호에서 “직접 사용”이란 부동산의 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다고 규정하고 있는바, 쟁점면적 중 지상 4층의 융복합연구실(공용면적 포함)의 경우, 청구법인들이 융복합업무 등의 수행을 위해 이를 공동으로 사용하고 있는 것으로 보이는 이상 청구법인들이 이를 직접 사용하는 부동산으로 보는 것이 타당하다 할 것이므로 쟁점감면규정에 따라 취득세 등을 감면하는 것이 타당하다고 판단된다. 4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「지방세기본법」 제96조 제7항과 「국세기본법」 제80조의2 , 제65조 제1항 제2호.제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령 (1) 지방세특례제한법 (2014.12.31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것) 제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 8. “직접 사용”이란 부동산의 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다. 제58조(벤처기업 등에 대한 과세특례) ③ 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제17조의2 에 따라 지정된 신기술창업집적지역에서 산업용 건축물ㆍ연구시설 및 시험생산용 건축물로서 대통령령으로 정하는 건축물(이하 "산업용 건축물등"이라 한다)을 신축하거나 증축하려는 자(공장용 부동산을 중소기업자에게 임대하려는 자를 포함한다)가 취득하는 부동산에 대하여는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제하고, 그 부동산에 대한 재산세의 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 재산세의 100분의 50을 경감한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다. 1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우 제78조(산업단지 등에 대한 감면) ④ 제1호 각 목의 지역(이하 "산업단지등"이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 감면한다. 1. 대상 지역 가. 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지 나. 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」에 따른 유치지역 다. 「산업기술단지 지원에 관한 특례법」에 따라 조성된 산업기술단지 2. 감면 내용 가. 산업용 건축물등을 건축하려는 자[공장용 건축물( 「건축법」 제2조 제1항 제2호에 따른 건축물을 말한다)을 건축하여 중소기업자에게 임대하려는 자를 포함한다]가 취득하는 부동산에 대해서는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제한다. 나. 산업단지등에서 산업용 건축물등을 대수선하여 취득하는 부동산에 대해서는 2014년 12월 31일까지 취득세의 100분의 50을 경감한다. 다. 가목의 부동산에 대한 해당 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 재산세의 100분의 50을 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 면제)한다. ⑤ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다. 1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각(해당 산업단지관리기관 또는 산업기술단지관리기관이 환매하는 경우는 제외한다)·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우 ⑥ 제2항 및 제4항에 따른 공장의 업종 및 그 규모, 감면 등의 적용기준은 행정자치부령으로 정한다. (2) 지방세특례제한법 (2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것) 제78조(산업단지 등에 대한 감면) ④ 제1호 각 목의 지역(이하 "산업단지등"이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다. 1. 대상 지역 가. 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지 나. 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」에 따른 유치지역 다. 「산업기술단지 지원에 관한 특례법」에 따라 조성된 산업기술단지 2. 경감 내용 가. 산업용 건축물등을 건축하려는 자[공장용 건축물( 「건축법」 제2조 제1항 제2호에 따른 건축물을 말한다)을 건축하여 중소기업자에게 임대하려는 자를 포함한다]가 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을 2016년 12월 31일까지 경감한다. 나. 산업단지등에서 산업용 건축물등을 대수선하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 25를 2016년 12월 31일까지 경감한다. 다. 가목의 부동산에 대한 해당 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 재산세의 100분의 35를 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 100분의 75를 경감)한다. ⑤ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다. 1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각(해당 산업단지관리기관 또는 산업기술단지관리기관이 환매하는 경우는 제외한다)·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우 ⑦ 제2항 및 제4항에 따른 공장의 업종 및 그 규모, 감면 등의 적용기준은 행정자치부령으로 정한다. ⑧ 제1항부터 제4항에 따라 취득세를 경감하는 경우 지방자치단체의 장은 해당 지역의 재정여건 등을 고려하여 100분의 25(제4항제2호나목에 따라 취득세를 경감하는 경우에는 100분의 15)의 범위에서 조례로 정하는 율을 추가로 경감할 수 있다. 이 경우 제4조제1항 각 호 외의 부분, 같은 조 제6항 및 제7항을 적용하지 아니한다. ＜ 부 칙 ＞ (2014.12.31.법률 제12955호로 개정된 것) 제25조(산업단지 입주기업 등에 대한 경감세율 특례) 제78조 제1항에 따른 사업시행자와 2015년 12월 31일까지 분양계약을 체결하고 제78조 제4항 제1호의 대상지역에서 산업용 건축물등을 건축［공장용 건축물( 「건축법」 제2조 제1항 제2호에 따른 건축물을 말한다)을 건축하여 중소기업자에게 임대하려는 자를 포함한다］ 또는 대수선 하려는 자가 제78조 제4항에 따라 취득하는 부동산에 대해서는 이 법 개정 법률에도 불구하고 2017년 12월 31일까지 종전의 법률을 적용한다. (3) 지방세특례제한법 시행령 제29조(산업용 건축물 등의 범위) 법 제58조 제3항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 건축물"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 건축물을 말한다. 1. 「도시가스사업법」 제2조 제5호에 따른 가스공급시설용 건축물 2. 「산업기술단지 지원에 관한 특례법」에 따른 연구개발시설 및 시험생산시설용 건축물 3. 「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제2조에 따른 공장·지식산업·문화산업·정보통신산업·자원비축시설용 건축물과 이와 직접 관련된 교육·연구·정보처리·유통시설용 건축물 4. 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」제30조 제2항에 따른 관리기관이 산업단지의 관리, 입주기업체 지원 및 근로자의 후생복지를 위하여 설치하는 건축물(수익사업용으로 사용되는 부분은 제외한다) 5. 「집단에너지사업법」 제2조 제6호에 따른 공급시설용 건축물 6. 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 시행령」 제6조 제5항 제1호부터 제5호까지, 제7호 및 제8호에 해당하는 산업용 건축물 (4) 산업입지 및 개발에 관한 법률 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 2. “지식산업”이란 컴퓨터소프트웨어개발업ㆍ연구개발업ㆍ엔지니어링서비스업 등 전문 분야의 지식을 기반으로 하여 창의적 정신활동에 의하여 고부가가치의 지식서비스를 창출하는 데에 이바지할 수 있는 산업을 말한다. (5) 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령 제2조(정의) 이 영에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 6. “연구시설”이란 연구개발활동을 위하여 배타적으로 사용하는 독립된 연구공간과 연구개발활동에 직접 사용하는 연구 기자재 및 부대시설을 말한다. 7. “연구전담요원”이란 연구개발활동과 관련된 연구업무를 하면서 다른 업무를 겸하지 아니하는 사람을 말한다. (6) 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행규칙 제2조(기업부설연구소 등의 연구시설 및 연구전담요원에 대한 기준) ① 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령」(이하 “영”이라 한다) 제16조의2 제1항 각 호 외의 부분 및 같은 조 제2항에서 “과학기술정보통신부령으로 정하는 기준”이란 각각 다음 각 호의 기준을 말한다. 3. 부대시설 기업부설연구기관등의 연구개발활동을 위하여 제작한 구축물과 연구전담요원등이 전용으로 사용하는 회의실, 기숙사 등 연구개발활동에 필요한 편의시설로서 기업부설연구기관등의 주소지에 있을 것(부대시설을 두는 경우만 해당한다)