이유
1. 처분개요 가. 청구법인은 2005년 6월 설립하여 부동산 개발 및 임대업을 영위하고 있는 회사로, 2017.1.23. 청구법인의 완전 모회사인 a 유한회사(이하 “피합병법인”이라 한다)를 흡수.합병하였고, 동 합병은 「법인세법」 제44조 제3항에 따른 적격합병에 해당하여 청구법인은 합병등기일 현재 피합병법인의 이월결손금 OOO원(이하 “쟁점결손금”이라 한다)을 승계하였다. 나. 청구법인은 위 합병 이후 각 사업연도의 법인세 계산 시 미환류소득 산정을 위한 법인소득금액 산출 시 차감하는 결손금을 ‘피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위’에서 「법인세법」 제13조 제1항에 따른 과세표준 계산 시 공제한 결손금으로 한정하여 2018~2021사업연도 미환류소득에 대한 법인세를 신고하였다가, 2022.4.26. 기업소득 산출 시 차감하는 결손금을 피합병법인의 해당 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후 각 사업연도 과세표준을 계산할 때 공제하지 않은 결손금을 차감·재계산하여 2018~2021사업연도에 과다 납부한 법인세를 환급하여 달라는 경정청구를 하였고, 이에 처분청은 2022.6.3. 경정청구를 인용하여 아래 ＜표1＞과 같이 2018~2021사업연도 법인세 합계 OOO원(환급가산금 OOO원 포함)을 환급하였다. ＜표1＞ 2018~2021사업연도 법인세 환급결정내용 (단위 : 원) 다. 국세청장(감사관)은 2022.9.19.~2022.9.30. 기간 동안 처분청에 대한 업무감사를 실시하여 청구법인의 당초 경정청구 내용에 오류(미환류소득 계산 시 차감한 이월결손금을 이후 사업연도에 재차 차감할 수 없음에도 재차 차감하여 경정청구)가 있다고 보아 처분청에 청구법인이 환급받은 법인세를 다시 부과하도록 시정지시를 하였고, 이에 처분청은 2023.5.8. 청구법인에게 2018~2021사업연도 법인세 합계 OOO원(납부지연가산세 OOO원 포함)을 각 경정ㆍ고지하였다. 라. 청구법인은 이에 불복하여 2023.7.13. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 미환류소득 계산 시 최초 차감한 이월결손금을 이후 사업연도에도 재차 차감할 수 있다. (가) 「법인세법」은 각 사업연도 소득에서 공제하는 이월결손금을 “각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제되지 아니한 금액”으로 하여 이월결손금의 재차 공제를 방지하는 명시적인 규정을 두고 있는 반면, 미환류소득 계산 방법을 규정하고 있는 「조세특례제한법 시행령」(이하 “조특법 시행령”이라 한다)에서는 당기 사업연도 소득에서 해당 사업연도에 “공제할 수 있는 결손금”을 차감하여 미환류소득을 계산하도록 규정하고 있을 뿐 전기 미환류소득에서 차감한 결손금의 재차 차감을 배제하는 명시적인 규정을 두고 있지 않다. (나) 또한 과세표준 계산 시 공제되는 결손금( 「법인세법」 제13조 제1항 제1호)과 미환류소득 금액 계산 시 차감 항목으로서의 결손금( 조특법 시행령 제100조의32 제4항 제2호)은 서로 구분되는 것인바, 처분청 의견과 같이 「법인세법」상 결손금 공제 방법을 미환류소득 금액 계산 시 ‘차감’에도 준용할 수는 없다. 조특법 시행령 제100조의32 제4항 제2호 라목은 기업소득에서 차감할 항목의 하나로서 결손금을 나열하면서 「법인세법」 제13조 제1항 제1호를 참조하고 있는데, 「법인세법」 제13조 제1항 제1호는 ‘법 제14조 제3항의 이월결손금’이라 하여 공제대상 이월결손금을 규정하고 있을 뿐 결손금의 공제 방법이나 재차 차감 여부까지 규정하고 있지는 않다. 즉, 미환류소득 금액 계산 시 「법인세법」 제13조 제1항 제1호 외 부분 혹은 「법인세법」이 다른 조문에서 규정하고 있는 결손금의 공제 방법( 「법인세법」 제14조 제3항에서 각 사업연도의 소득 계산 시 공제되는 결손금을 ‘각 사업연도의 개시일 전 발생한 각 사업연도의 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제되지 아니한 금액’으로 규정) 등을 고려할 수 없는 것이다. (다) 또한 2022.2.15. 대통령령 제32413호로 개정된 조특법 시행령 제100조의32 제4항 제2호에서 당초 “공제한 결손금”에서 “공제할 수 있는 결손금”으로 개정되었고, 개정세법 해설에 따르면 이는 ‘기업소득 환류여력 반영 및 납세편의 제고’를 위한 것인데, 처분청 또한 인정한 바와 같이 누적된 이월결손금이 남아있는 기업을 아직 환류 여력이 없는 기업으로 본다면, 이에 대해 이월결손금의 재차 차감을 허용하지 않아 미환류세액을 발생시키는 것은 오히려 위 개정취지에 어긋나는 것으로 볼 수 있다. (2) 피합병법인으로부터 승계한 결손금을 이후 사업연도에 중복하여 차감할 수 없다고 하더라도, 최초 공제하는 2017사업연도의 미환류소득에 대한 법인세 산정 시 이월결손금이 공제되었다면 2018사업연도의 환급은 당연히 유지되어야 한다. (가) 2017사업연도에 피합병법인으로부터 승계한 이월결손금을 차감하여 2017사업연도의 미환류소득이 OOO원에서 OOO원으로 감소되었고 이를 이월하였다면 2018사업연도 과세대상 소득은 OOO원이 되어야 한다. 2018사업연도에 이월결손금 재차 차감이 불가능하다면 2018사업연도의 미환류소득 및 차기환류적립금은 당초 신고된 OOO원이 되는 것이지 처분청이 계산한 바와 같이 자의적인 방법으로 과세대상 미환류소득을 OOO원으로 계산할 수는 없다. (나) 처분청은 위 계산이 적정함을 근거로 조세심판원의 선결정례(조심 2021서5928, 2022.5.26.)를 들고 있는데, 해당 건은 청구법인의 사례와 사실관계가 엄연히 다르다. 해당 선결정례에서는 세무조사 적출 결과에 따라 증액된 2019사업연도의 미환류소득 금액을 차기환류적립금으로 적립하는 경정청구가 불가능하다는 것이 그 취지이고, 청구법인의 경우 증액된 미환류소득에 대해서 차기환류적립을 해달라는 경정청구를 한 바가 없다. 위 선결정례의 쟁점사항은 증액된 소득에 대해 소급하여 차기환류적립금으로 적립하는 것이 가능한지 여부에 대한 것으로서, 청구법인은 증액된 소득에 대한 차기환류적립금을 추가로 적립하고자 하는 경정청구를 신청한 바가 없으므로 동 선결정례를 근거로 청구법인의 2018사업연도 차기환류적립금을 당초 신고된 차기환류적립금이 아닌 경정청구 인용 이후의 차기환류적립금을 한도로 적립하여야 한다는 처분청 의견은 사실관계 및 취지를 오인한 것이다. (3) 처분청이 당초 청구법인의 경정청구를 적법한 경정청구로 받아들여 미환류소득에 대한 법인세액을 환급하였다가 이를 과다환급으로 보아 본세 및 납부지연가산세를 부과한 처분과 관련하여, 납부지연가산세 부과처분은 부당하다. (가) 「국세기본법」 제48조 에서는 가산세를 감면하는 사유에 대해 “납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우” 가산세를 부과하지 않는 것으로 규정하고 있다. 청구법인은 당초 2018~2021사업연도 법인세 신고 시 법인세 신고ㆍ납부기한 내에 적법하게 신고ㆍ납부의무를 이행하였고, 이후 청구법인은 피합병법인으로부터 승계한 쟁점결손금을 미환류소득 계산 시 차감할 수 있는 것으로 보아 경정청구를 제기하였으며, 처분청이 이를 인용하여 법인세를 환급하였다가 국세청 내부 감사결과에 따라 환급세액을 추징한 것으로서, 청구법인의 미납행위에 대한 귀책사유가 존재하지 아니하므로 「국세기본법」 제48조 제1항 제2호에서 규정하고 있는 “납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우”에 해당한다. (나) 조세심판원도 세법상 신고ㆍ납부 등 의무의 이행을 당사자에게 기대할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 세법상 가산세를 부과할 수 없는 것으로서, 법인세를 적법하게 신고ㆍ납부하고 경정청구를 제기하여 환급받은 법인세를 감사원의 감사결과에 따라 추징된 경우, 청구법인에게는 미납행위에 대한 귀책사유가 없고 처분청이 납부지연가산세를 부과한 처분은 잘못이라고 판단한 바(조심 2009서2689, 2010.9.30.) 있다. 나. 처분청 의견 (1) 미환류소득 과세에 대한 입법 취지 및 목적, 형평성 등을 고려할 때 피합병법인의 이월결손금을 계속하여 차감하는 것은 불합리하다. (가) 법인세는 원칙적으로 사업연도 독립의 원칙에 의하여 당해 사업연도 소득에 대하여 과세되는 것이지만 결손금이 있는 법인의 경우 자본유지를 못하는 실정임에도 불구하고 무리한 조세부담을 하게 되는 결과를 초래하게 되어 기업자본의 유지 및 계속기업으로서의 기업자원의 조성을 위하여 일정한 기간 내에 발생한 결손금은 그 후 사업연도 소득금액에서 공제할 수 있도록 하고 있고, 차후 사업연도의 소득에서 공제한 이월결손금은 소멸되어 그 이후 사업연도에서 공제받을 수 없고, 공제한 결손금만큼 납부할 세액을 감소시킨다. (나) 미환류소득에 대한 법인세 산정에 있어서도 법인의 소득을 근간으로 과세하고 있으므로 이월결손금 공제제도의 개념을 벗어나 임의적으로 미환류소득 계산 시 매번 결손금을 중복하여 차감할 수 없는 것이며, 미환류소득 계산 시 이월결손금을 차감하여 과세하고자 하는 소득을 산정하고 있는바 당해 사업연도 미환류소득에서 차감한 이월결손금은 이후 사업연도 미환류소득 계산 시에 ‘공제 가능한 결손금’에서 제외시키거나 배제하는 것이 합리적이다. (다) 기획재정부는 2022.2.15. 대통령령 제32413호로 조특법 시행령 개정 당시 그 개정 이유를 “기업소득의 환류 여력 반영”으로 표명하였고, 청구법인은 누적된 이월결손금이 남아있는 기업에 대해 이월결손금의 재차 차감을 허용하지 않아 미환류세액을 발생시키는 것은 오히려 상기 개정 취지에 어긋나는 것으로 볼 수 있다고 하였으나, 이월결손금 중복차감으로 미환류소득에 대한 법인세 감소 효과를 이후 매 사업연도마다 계속하여 누릴 수 있다면 일정기간 전체소득은 동일하나 소득이 매년 일정한 법인이 결손금이 누적된 법인보다 조세부담에 있어 불리하게 되어 합리적 이유 없이 흑자법인과 결손법인을 달리 취급함으로써 조세평등주의에 위배되는 결과가 초래되므로 이월결손금을 계속하여 차감하는 것은 불합리하다. (2) 처분청은 2017사업연도 미환류소득에 대한 법인세 계산 시 피합병법인으로부터 승계한 결손금을 차감하여 미환류소득에 대한 법인세를 계산하였으므로 2018사업연도 미환류소득에 대한 법인세 부과처분이 부당하다는 청구주장을 받아들일 수 없다. 「조세특례제한법」 제100조의32 제5항에서 “해당 사업연도 미환류소득의 전부 또는 일부를 다음 2개 사업연도의 투자, 임금 등으로 환류하기 위한 금액(차기환류적립금)으로 적립하여 해당 사업연도의 미환류소득에서 차기환류적립금을 공제할 수 있다”라고 규정하고 있고, 관련 예규 및 심판례에서는 “경정 등으로 인하여 직전 사업연도의 미환류소득이 증가한 경우 다음 사업연도의 초과환류액(이월된 차기환류적립금을 차감한 후의 금액) 한도 내에서 그 증가한 미환류소득을 차기환류적립금으로 추가 적립하기 위하여 경정청구를 할 수 있으며(국세청 기준-2021-법령해석법인-0104, 2021.6.28.), 다음 사업연도에 초과환류가 발생하지 않은 경우에는 소급하여 차기환류적립금으로 설정(적립)할 수 없다(조심 2021서5928, 2022.5.26.)”라고 회신 및 결정한 바 있다. 위 법령 및 예규 등을 종합하면 사후적으로 증가한 미환류소득을 소급하여 추가로 차기환류적립금으로 적립(설정)할 수 없는 것이나, 예외적으로 다음 사업연도에 초과환류가 발생한 경우 경정청구 등을 통해 초과환류액(이월된 차기환류적립금을 차감한 후의 금액) 한도 내에서 그 증가한 미환류소득을 차기환류적립금으로 추가 적립할 수 있는 것인데, 청구법인은 해당 사항이 없다. (3) 「국세기본법」 제47조 에서 “가산세는 세법에서 규정한 의무를 위반한 자에게 부과하는 것”으로 규정하고, 같은 법 제47조의3 제1항은 “법정신고기한까지 납부할 세액을 신고하여야 할 세액보다 적게 신고한 경우”에 과소신고가산세를 부과하도록 규정하고 있으며, 같은 법 제47조의4 제1항은 납부지연가산세의 과세요건을 “법정납부기한까지 납부하여야 할 세액보다 적게 납부”한 경우로 규정하고 있다. 청구법인은 법정신고·납부기한을 기준으로 세법상 신고·납부할 세액보다 적게 신고·납부한 세액이 없어 2018∼2021사업연도 과소신고가산세가 부과되지 않은 것이나, 납부지연가산세는 납부기한 내에 납부한 자와의 형평을 고려하여 미납부한 세액에 가산하는 지연 이자 성격을 가지고 있어 미납부한 기간 동안 실질적으로 받은 금융혜택 상당액을 국가에 납부하도록 하는 의미도 가지고 있으므로, 처분청이 2018~2021사업연도의 법인세 경정청구에 대한 환급결정일 이후 기간에 대해서 납부지연가산세를 부과한 처분은 정당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 ① 미환류소득에 대한 법인세 계산 시 피합병법인으로부터 승계한 쟁점이월결손금을 합병 이후 사업연도에 매년 차감할 수 있는지 여부 ② 쟁점이월결손금을 합병 이후 매년 차감하는 것이 불가능하더라도, 최초 1회 사업연도의 미환류소득 계산 시에는 차감되어야 한다는 청구주장의 당부 ③ 청구법인에게 납부지연가산세를 감면할 정당한 사유가 있는지 여부 나. 관련 법령 (1) 조세특례제한법 제100조의32(투자ㆍ상생협력 촉진을 위한 과세특례) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 내국법인이 제2항 제1호 가목부터 다목까지의 규정에 따른 투자, 임금 등으로 환류하지 아니한 소득이 있는 경우에는 같은 항에 따른 미환류소득(제5항에 따른 차기환류적립금과 제7항에 따라 이월된 초과환류액을 공제한 금액을 말한다)에 100분의 20을 곱하여 산출한 세액을 미환류소득에 대한 법인세로 하여 「법인세법」 제13조 에 따른 과세표준에 같은 법 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 1. 각 사업연도 종료일 현재 대통령령으로 정하는 자기자본이 500억원을 초과하는 법인. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인은 제외한다. 가. 대통령령으로 정하는 중소기업 나. 대통령령으로 정하는 비영리법인 다. 제104조의31 제1항 및 「법인세법」 제51조의2 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인 2. 각 사업연도 종료일 현재 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제14조 제1항에 따른 상호출자제한기업집단에 속하는 법인 ② 제1항 각 호에 따른 내국법인은 다음 각 호의 방법 중 어느 하나를 선택하여 산정한 금액(산정한 금액이 양수인 경우에는 "미환류소득"이라 하고, 산정한 금액이 음수인 경우에는 음의 부호를 뗀 금액을 "초과환류액"이라 한다. 이하 이 조에서 같다)을 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월( 「법인세법」 제76조의17 에 따라 법인세의 과세표준과 세액을 신고하는 경우에는 각 연결사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 4개월) 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다. 1. 해당 사업연도(2022년 12월 31일이 속하는 사업연도까지를 말한다)의 소득 중 대통령령으로 정하는 소득(이하 이 조에서 "기업소득"이라 한다)에 100분의 60부터 100분의 80까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 비율을 곱하여 산출한 금액에서 다음 각 목의 금액의 합계액을 공제하는 방법 가. 기계장치 등 대통령령으로 정하는 자산에 대한 투자 합계액 나. 대통령령으로 정하는 상시근로자(이하 이 조에서 "상시근로자"라 한다)의 해당 사업연도 임금증가금액으로서 다음 구분에 따른 금액이 있는 경우 그 금액을 합한 금액 1) 상시근로자의 해당 사업연도 임금이 증가한 경우 가) 해당 사업연도의 상시근로자 수가 직전 사업연도의 상시근로자 수보다 증가하지 아니한 경우 : 상시근로자 임금증가금액 나) 해당 사업연도의 상시근로자 수가 직전 사업연도의 상시근로자 수보다 증가한 경우 : 기존 상시근로자 임금증가금액에 100분의 150을 곱한 금액과 신규 상시근로자 임금증가금액에 100분의 200을 곱한 금액을 합한 금액 2) 해당 사업연도에 대통령령으로 정하는 청년정규직근로자(이하 이 조에서 "청년정규직근로자"라 한다) 수가 직전 사업연도의 청년정규직근로자 수보다 증가한 경우 : 해당 사업연도의 청년정규직근로자에 대한 임금증가금액 3) 해당 사업연도에 근로기간 및 근로형태 등 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 정규직 전환 근로자(이하 이 조에서 "정규직 전환 근로자"라 한다)가 있는 경우 : 정규직 전환 근로자(청년정규직근로자는 제외한다)에 대한 임금증가금액 다. 「대·중소기업 상생협력 촉진에 관한 법률」 제2조 제3호에 따른 상생협력을 위하여 지출하는 금액 등 대통령령으로 정하는 금액에 100분의 300을 곱한 금액 2. 기업소득에 100분의 10부터 100분의 20까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 비율을 곱하여 산출한 금액에서 제1호 각 목(가목에 따른 자산에 대한 투자 합계액은 제외한다)의 합계액을 공제하는 방법 ③ 제1항 각 호에 따른 내국법인이 제2항 각 호의 방법 중 어느 하나를 선택하여 신고한 경우 해당 사업연도의 개시일부터 대통령령으로 정하는 기간까지는 그 선택한 방법을 계속 적용하여야 한다. ④ 제1항 각 호에 따른 내국법인이 제2항에 따라 신고를 하지 아니한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 제2항 각 호의 방법 중 어느 하나를 선택하여 신고한 것으로 보고 제3항을 적용한다. ⑤ 제1항 각 호에 따른 내국법인(제4항이 적용되는 법인은 제외한다)은 제2항에 따른 해당 사업연도 미환류소득의 전부 또는 일부를 다음 사업연도의 투자, 임금 등으로 환류하기 위한 금액(이하 이 조에서 "차기환류적립금"이라 한다)으로 적립하여 해당 사업연도의 미환류소득에서 차기환류적립금을 공제할 수 있다. ⑥ 직전 사업연도에 제5항에 따라 차기환류적립금을 적립한 경우 다음 계산식에 따라 계산한 금액(음수인 경우 영으로 본다)을 해당 사업연도의 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. (차기환류적립금 - 제2항에 따라 계산한 해당 사업연도의 초과환류액) × 100분의 20 ⑦ 해당 사업연도에 초과환류액(제6항에 따라 초과환류액으로 차기환류적립금을 공제한 경우에는 그 공제 후 남은 초과환류액을 말한다)이 있는 경우에는 그 초과환류액을 그 다음 2개 사업연도까지 이월하여 그 다음 2개 사업연도 동안 미환류소득에서 공제할 수 있다. ⑧ 제1항에 따른 내국법인이 제2항 제1호 가목에 따른 자산을 처분한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우에는 제2항 제1호에 따라 그 자산에 대한 투자금액의 공제로 인하여 납부하지 아니한 세액에 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자 상당액을 가산하여 납부하여야 한다. ⑨ 직전 사업연도에 종전의 「법인세법」(법률 제15222호로 개정된 것을 말한다) 제56조 제7항에 따라 발생한 초과환류액이 있는 경우에는 제2항에 따른 미환류소득에서 공제할 수 있다. ⑩ 제1항부터 제9항까지의 규정을 적용할 때 투자 합계액, 임금증가금액, 상시근로자 수 또는 청년정규직근로자 수의 계산방법 등과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 조세특례제한법 시행령(2022.2.15. 대통령령 제32413호로 개정되기 전의 것) 제100조의32(투자ㆍ상생협력 촉진을 위한 과세특례) ① 법 제100조의32 제1항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 자기자본"이란 재무상태표상의 자산의 합계액에서 부채의 합계액을 공제한 금액을 말한다. ② 법 제100조의32 제1항 제1호 가목에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 제2조에 따른 중소기업을 말하고, 법 제100조의32 제1항 제1호 나목에서 "대통령령으로 정하는 비영리법인"이란 「법인세법」 제2조 제2호에 따른 비영리내국법인을 말한다. ③ 법 제100조의32 제2항에 따라 신고를 하려는 내국법인은 「법인세법」 제60조 또는 제76조의17에 따른 과세표준 신고를 할 때 기획재정부령으로 정하는 미환류소득에 대한 법인세 신고서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. ④ 법 제100조의32 제2항 제1호 각 목 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 소득"이란 「법인세법」 제14조 에 따른 각 사업연도의 소득에 제1호의 합계액을 더한 금액에서 제2호의 합계액을 뺀 금액(그 수가 음수인 경우 영으로 본다. 이하 이 항에서 "기업소득"이라 한다)으로 한다. 다만, 「법인세법」 제2장의3에 따른 연결납세방식을 적용받는 연결법인으로서 각 연결법인의 기업소득 합계액이 3천억원을 초과하는 경우에는 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 하고, 그 밖의 법인의 경우로서 기업소득이 3천억원을 초과하는 경우에는 3천억원으로 한다. (중략) 1. 다음 각 목에 따른 금액의 합계액 가. 「법인세법」 제18조 제4호에 따른 환급금에 대한 이자 나. 「법인세법」 제18조의2 에 따른 수입배당금액 중 익금에 산입하지 아니한 금액 다. 「법인세법」 제24조 제5항에 따라 이월되어 해당 사업연도의 손금에 산입한 금액 라. 해당 사업연도에 법 제100조의32 제2항 제1호 가목을 적용받은 자산에 대한 감가상각비로서 해당 사업연도에 손금으로 산입한 금액 2. 다음 각 목에 따른 금액의 합계액 가. 해당 사업연도의 법인세액( 「법인세법」 제57조 에 따라 내국법인이 직접 납부한 외국법인세액으로서 손금에 산입하지 아니한 세액과 같은 법 제15조 제2항 제2호에 따른 외국법인세액을 포함한다), 법인세 감면액에 대한 농어촌특별세액 및 법인지방소득세액 나. 「상법」 제458조 에 따라 해당 사업연도에 의무적으로 적립하는 이익준비금 다. 법령에 따라 의무적으로 적립하는 적립금으로서 기획재정부령으로 정하는 금액 라. 「법인세법」 제13조 제1항 제1호에 따라 해당 사업연도에 공제한 결손금(합병법인 등의 경우에는 같은 법 제45조 및 제46조의4에 따라 계산한 금액을 말한다) (3) 조세특례제한법 시행령(2022.2.15. 대통령령 제32413호로 개정된 것) 제100조의32(투자ㆍ상생협력 촉진을 위한 과세특례) ① 법 제100조의32 제1항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 자기자본"이란 재무상태표상의 자산의 합계액에서 부채의 합계액을 공제한 금액을 말한다. ② 법 제100조의32 제1항 제1호 가목에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 제2조에 따른 중소기업을 말하고, 법 제100조의32 제1항 제1호 나목에서 "대통령령으로 정하는 비영리법인"이란 「법인세법」 제2조 제2호에 따른 비영리내국법인을 말한다. ③ 법 제100조의32 제2항에 따라 신고를 하려는 내국법인은 「법인세법」 제60조 또는 제76조의17에 따른 과세표준 신고를 할 때 기획재정부령으로 정하는 미환류소득에 대한 법인세 신고서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. ④ 법 제100조의32 제2항 제1호 각 목 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 소득"이란 「법인세법」 제14조 에 따른 각 사업연도의 소득에 제1호의 합계액을 더한 금액에서 제2호의 합계액을 뺀 금액(그 수가 음수인 경우 영으로 본다. 이하 이 항에서 "기업소득"이라 한다)으로 한다. 다만, 「법인세법」 제2장의3에 따른 연결납세방식을 적용받는 연결법인으로서 각 연결법인의 기업소득 합계액이 3천억원을 초과하는 경우에는 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 하고, 그 밖의 법인의 경우로서 기업소득이 3천억원을 초과하는 경우에는 3천억원으로 한다. 1. 다음 각 목에 따른 금액의 합계액 가. 「법인세법」 제18조 제4호에 따른 환급금에 대한 이자 나. 「법인세법」 제18조의2 에 따른 수입배당금액 중 익금에 산입하지 아니한 금액 다. 「법인세법」 제24조 제5항에 따라 이월되어 해당 사업연도의 손금에 산입한 금액 라. 해당 사업연도에 법 제100조의32 제2항 제1호 가목을 적용받은 자산에 대한 감가상각비로서 해당 사업연도에 손금으로 산입한 금액 2. 다음 각 목에 따른 금액의 합계액 가. 해당 사업연도의 기획재정부령으로 정하는 법인세액( 「법인세법」 제57조 에 따라 내국법인이 직접 납부한 외국법인세액으로서 손금에 산입하지 아니한 세액과 같은 법 제15조 제2항 제2호에 따른 외국법인세액을 포함한다), 법인세 감면액에 대한 농어촌특별세액 및 기획재정부령으로 정하는 법인지방소득세액 나. 「상법」 제458조 에 따라 해당 사업연도에 의무적으로 적립하는 이익준비금 다. 법령에 따라 의무적으로 적립하는 적립금으로서 기획재정부령으로 정하는 금액 라. 「법인세법」 제13조 제1항 제1호에 따라 해당 사업연도에 공제할 수 있는 결손금. 이 경우 같은 조 제1항 각 호 외의 부분 단서의 한도는 적용하지 않으며, 합병법인 등의 경우에는 같은 법 제45조 제1항ㆍ제2항과 제46조의4 제1항에 따른 공제제한 규정은 적용하지 않는다. (4) 법인세법 제13조(과세표준) 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위에서 다음 각 호의 금액과 소득을 차례로 공제한 금액으로 한다. 다만, 제1호의 금액에 대한 공제는 각 사업연도 소득의 100분의 60[ 「조세특례제한법」 제6조 제1항에 따른 중소기업(이하 "중소기업"이라 한다)과 회생계획을 이행 중인 기업 등 대통령령으로 정하는 법인의 경우는 100분의 100]을 한도로 한다. 1. 제14조 제3항의 이월결손금 중 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 금액 가. 각 사업연도의 개시일 전 15년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금일 것 나. 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정·경정되거나 「국세기본법」 제45조 에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금일 것 2. 이 법과 다른 법률에 따른 비과세소득 3. 이 법과 다른 법률에 따른 소득공제액 제14조(각 사업연도의 소득) ③ 내국법인의 이월결손금은 각 사업연도의 개시일 전 발생한 각 사업연도의 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제되지 아니한 금액으로 한다. 제44조의3(적격합병 시 합병법인에 대한 과세특례) ① 적격합병을 한 합병법인은 제44조의2에도 불구하고 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 것으로 한다. 이 경우 장부가액과 제44조의2 제1항에 따른 시가와의 차액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 자산별로 계상하여야 한다. ② 적격합병을 한 합병법인은 피합병법인의 합병등기일 현재의 제13조 제1항 제1호의 결손금과 피합병법인이 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액, 그 밖의 자산ㆍ부채 및 제59조에 따른 감면ㆍ세액공제 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 승계한다. 제45조(합병 시 이월결손금 등 공제 제한) ① 합병법인의 합병등기일 현재 제13조 제1항 제1호에 따른 결손금 중 제44조의3 제2항에 따라 합병법인이 승계한 결손금을 제외한 금액은 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액[제113조 제3항 단서에 해당되어 회계를 구분하여 기록하지 아니한 경우에는 그 소득금액을 대통령령으로 정하는 자산가액 비율로 안분계산(按分計算)한 금액으로 한다. 이하 이 조에서 같다]의 범위에서는 공제하지 아니한다. ② 제44조의3 제2항에 따라 합병법인이 승계한 피합병법인의 결손금은 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위에서 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제한다. ⑤ 제1항과 제2항에 따른 합병법인의 합병등기일 현재 결손금과 합병법인이 승계한 피합병법인의 결손금에 대한 공제는 제13조 제1항 각 호 외의 부분 단서에도 불구하고 다음 각 호의 구분에 따른 소득금액의 100분의 60(중소기업과 회생계획을 이행 중인 기업 등 대통령령으로 정하는 법인의 경우는 100분의 100)을 한도로 한다. 1. 합병법인의 합병등기일 현재 결손금의 경우 : 합병법인의 소득금액에서 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액을 차감한 금액 2. 합병법인이 승계한 피합병법인의 결손금의 경우 : 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액 (5) 국세기본법 제48조 (가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다. 1. 제6조에 따른 기한 연장 사유에 해당하는 경우 2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우 3. 그 밖에 제1호 및 제2호와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우 (6) 국세기본법 시행령 제28조 (가산세의 감면 등) ① 법 제48조 제1항 제3호에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. 1. 제10조에 따른 세법해석에 관한 질의ㆍ회신 등에 따라 신고ㆍ납부하였으나 이후 다른 과세처분을 하는 경우 다. 사실관계 및 판단 (1) 처분청과 청구법인이 제출한 법인세 경정결의서 등 심리자료를 보면, 아래와 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인은 2017년 1월 피합병법인 합병 후 2018~2021사업연도의 법인세 미환류소득 계산 시 피합병법인의 이월결손금을 반영하지 않았다가 2022.4.26. 이를 반영하여 법인세 경정청구를 하였고, 처분청은 2022.6.3. 이를 받아들여 환급결정을 하였는데, 청구법인의 당초 법인세 신고내용과 처분청의 경정내용은 아래 ＜표2＞, ＜표3＞과 같다. ＜표2＞ 당초 법인세 신고내용 (단위 : 백만원) ＜표3＞ 경정청구 후 법인세 경정내용 (단위 : 백만원) (나) 한편, 청구법인은 처분청이 이 건 2018사업연도 법인세 부과처분 시 미환류소득은 경정청구 인용 전 금액OOO으로 환원하면서, 차기환류적립금은 경정청구 인용 전 금액으로 환원OOO하지 않아 결과적으로 환원되지 않은 차기환류적립금 금액만큼 2018사업년도 법인세 OOO원을 과다 납부(OOO원과 OOO원의 차액인 OOO원의 20%)하였다고 주장하는데, 세부내용은 아래 ＜표4＞와 같다. ＜표4＞ 2018사업연도 법인세 경정내역 및 청구법인 주장 (단위 : 원) (2) 이 건 미환류소득 과세와 관련한 기획재정부 유권해석 및 감사원 심사결정례 등은 아래 ＜표5＞, ＜표6＞과 같다. ＜표5＞ 미환류소득 관련 기획재정부 유권해석 사례 등 ＜표6＞ 미환류소득 관련 감사원 심사청구 결정례(2024.1.9.) 주요내용 (3) 한편, 2022.2.15. 대통령령 제32413호로 조특법 시행령이 개정되면서 미환류소득 산정 시 공제하는 이월결손금 관련 부분을 개정하였는데, 세부내용은 아래 ＜표7＞과 같다. ＜표7＞ 조특법 시행령 개정 내용 (4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살펴본다. 청구법인은 미환류소득에 대한 법인세 계산 시 피합병법인으로부터 승계한 쟁점이월결손금을 이후 사업연도에 매년 차감할 수 있다고 주장한다. 그러나, 조특법 시행령 제100조의32 제4항 제2호 라목에 따르면, 기업소득 산정 시 각 사업연도의 소득에서 ‘ 「법인세법」 제13조 제1항 제1호에 따라 해당 사업연도에 공제한 결손금(합병법인 등의 경우에는 같은 법 제45조 및 제46조의4에 따라 계산한 금액을 말한다)’ 등을 빼도록 규정하고 있고, 쟁점이월결손금은 청구법인의 법인세 과세표준 계산 시 해당 사업연도의 소득에서 공제되지 아니한 결손금에 해당하며, 미환류소득에 대한 법인세와 관련한 기업소득 산정에 있어 이월결손금 재차 차감(공제)이 가능하다는 명시적인 규정이 존재하지 아니하는 점, 2022.2.15. 개정된 조특법 시행령 제100조의32 제4항 제2호에서 당초 “공제한 결손금”에서 “공제할 수 있는 결손금”으로 개정되었으나, 이는 법인세 과세표준 계산 시 적용되는 이월결손금 공제한도 규정이 기업소득 계산 시에는 적용되지 않는다는 점을 명문화한 것으로서 이월결손금의 재차 공제가 허용된다는 취지는 아닌 것으로 보이는 점 등에 비추어, 이와 다른 취지의 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살펴본다. 처분청은 경정 등으로 인하여 미환류소득이 증가한 경우 사후적으로 증가한 미환류소득을 소급하여 추가로 차기환류적립금으로 적립(설정)할 수 없고, 예외적으로 다음 사업연도에 초과환류가 발생한 경우 경정청구 등을 통해 초과환류액(이월된 차기환류적립금을 차감한 후의 금액) 한도 내에서 그 증가한 미환류소득을 차기환류적립금으로 추가 적립할 수 있으나, 청구법인은 이러한 경우에 해당하지 않아 당초 부과처분은 정당하다는 의견이다. 그러나, 청구법인은 피합병법인과 합병한 후 최초 사업연도의 법인세 신고 시 피합병법인의 이월결손금을 반영하여 미환류소득 및 차기환류적립금 등을 신고(2017사업연도)한 사실이 있고, 추가로 이후 사업연도에 대한 법인세 경정청구를 제기(2018~2021사업연도)하여 처분청으로부터 환급.결정을 받았는데, 처분청의 이 건 법인세 부과처분에 대한 경정은 당초 (경정청구에 대한)감액경정을 취소하는 경정으로 청구법인의 당초 신고 내용대로 환원하는 경정을 하면서 차기환류적립금 항목만을 (환원)경정하지 않은 것은 불합리한 점 등에 비추어, 처분청의 청구법인에 대한 이 건 2018사업연도 법인세 부과처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다. (다) 다음으로 쟁점③에 대하여 살펴본다. 「국세기본법」 제48조 제1항 제2호는 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우에는 가산세를 부과하지 않는다고 규정하고 있다. 그런데 이 건에서 처분청은 2022.6.3. 청구법인의 2018∼2021사업연도 법인세 경정청구를 받아들여 환급.결정을 하였다가, 국세청 내부의 업무감사 지적에 따라 2023.5.8. 이 건 법인세 부과처분을 통해 환급세액을 추징하면서 이 건 납부지연가산세를 부과하였다. 이와 같이 처분청이 자신의 판단에 따라 청구법인이 납부한 세금 등을 환급하였다가 감사 지적에 따라 같은 세금을 재차 부과한 사정이라면, 청구법인에게는 이 건 처분과 관련하여 법인세를 납부하지 못한 것에 대한 귀책사유가 있다고 보기 어렵다 할 것(조심 2020부2016, 2020.10.13. 같은 뜻임)이다. 따라서, 처분청은 2019~2021사업연도 법인세 부과처분 시 납부지연가산세를 부과하지 않는 것으로 하여 세액을 경정함이 타당하다고 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2 , 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.