주 문

1. 피고가 2006. 3. 2. 원고에 대하여 한 2004년 귀속분 양도소득세 975,629,500원의 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청구취지

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위 등

가. 원고는 성남시 ○○구 ○○동 ○○○-1 전 4,400㎡ 및 같은 동 ○○○-12 대 251㎡(원래 모토지는 같은 동 ○○○-1 전 4,663㎡이었으나, 그 중 12㎡가 2001. 7. 6. 같은 동 ○○○-11로 분할되면서 같은 동 ○○○-1 전 4,651㎡로 되었다가, 다시 2001. 12. 18.의 분할 및 일부 지목변경으로 위 각 토지로 되었다)의 2필지 토지 합계 4,651㎡ 중 각 4,411.35/4,633지분(이하 ’이 사건 토지’라 한다)의 소유자였는데, 이 사건 토지 등이 성남판교택지개발사업지구에 편입되면서 이 사건 토지에 대하여 성남시가 2004. 10. 19. 중앙토지수용위원회의 수용재결을 거쳐 2004. 12. 7. 등기부상의 소유 명의자인 원고를 피공탁자로 하여 그에 따른 손실보상금 3,988,817,203원을 공탁한 후 2004. 12. 21. 이 사건 토지에 관하여 위 토지수용을 원인으로 하는 소유권이전등기를 마쳤다.

나. 피고는 2006. 3. 2. 원고에게 이 사건 토지의 위 소유권이전등기일을 양도시기로, 위 손실보상금을 양도가액으로 보아 이 사건 토지의 양도에 따른 2004년도 귀속양도 소득세로 신고 및 납부불성실 가산세 150,572,839원을 포함한 합계 975,629,500원을 결정, 고지하는 이 사건 처분을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제6호증, 을 제1, 9호증의 각 기재, 변론 전체의 취지 2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

(1) 원고의 주장

이 사건 토지는 원래 원고가 1999. 7. 9. 소외 ○○기업 주식회사(이하 ’○○기업‘이라 한다)에게 매도하기로 하는 매매계약을 체결하였으나 농지인 관계로 ○○기업 명의로 소유권이전등기를 하지 못한 채 가등기만 하여 둔 토지인데, 원고와 ○○기업 사이의 2000. 8. 11.자 잔대금지급 등에 관한 합의약정에 따라 ○○기업이 2001. 12. 24. 매매잔대금을 모두 지급하면서 매매예약완결권을 행사한 후 원고를 상대로 한 소 유권이전등기소송에서 승소판결을 받았음에도 이 사건 토지가 택지개발지구에 포함되어 수용되면서 등기부상 명의자인 원고 앞으로 수용보상금이 공탁되었는바, 결국 이 사건 토지의 수용 당시 실질적 소유자는 ○○기업으로서 원고가 2001. 12. 24. ○○기업에게 이 사건 토지를 양도하였다고 볼 수 있음은 변론으로 하고, 원고가 2004. 12. 21. 성남시에 이 사건 토지를 양도하였음을 전제로 이 사건 토지의 수용보상금을 양도 가액으로 하여 양도소득세를 산정, 부과한 이 사건 처분은 부적법하다.

(2) 피고의 주장

원고와 ○○기업 사이에 1999. 7. 9. 이 사건 토지에 관한 매매계약이 체결된 후 2000. 8. 11. 다시 매매잔대금지급 등에 관한 합의약정에 따라 대금을 모두 지급하였다고 하더라도 ○○기업이 이 사건 토지에 대한 소유권이전등기를 받지 못한 상태에 서 ① ○○기업이 2004. 11. 27. 원고에게 25억 원을 반환하는 조건으로 당초 매매계약을 합의 해제하였을 뿐만 아니라 ② ○○기업은 이 사건 토지에 대한 농지취득자격 증명을 받지 못하였으므로 1999. 7. 9.자 매매계약은 무효라고 할 것인바, 이 사건 토지가 원고로부터 성남시에 양도된 것으로 보고 한 이 사건 처분은 적법하다.

나. 관련법령

구 소득세법 제95조 (양도소득금액)

구 소득세법 제96조 (양도가액)

구 소득세법 제97조 (양도소득의 필요경비계산)

구 소득세법 제98조 (양도 또는 취득의 시기)

구 소득세법 시행령 제162조 (양도 또는 취득의 시기)

다. 인정사실

(1) ○○기업은 1999. 7. 9. 이 사건 토지를 비롯한 성남시 ○○동 소재 부동산을 사업부지로 매입하여 주택건설 사업을 추진할 목적으로 우선 원고로부터 분할 전의 이 사건 토지 중 ○○동 ○○○-1 전 4,663㎡ 중 4,400㎡(이하 그대로 ’이 사건 토지’라 한다)를 18억 400만원에 매수하기로 하는 내용의 매매계약(이하 ’이 사건 매매계약’이라 한다)을 체결하였다.

(2) ○○기업은 이 사건 매매계약 체결 후 1999. 10. 1.까지 계약금과 중도금 중 일부로 합계 14억 원을 지급하였으나 이 사건 토지가 농지인 관계로 바로 소유권이전 등기를 하기 어렵게 되자 피고의 협력 아래 형질변경절차를 거쳐 그 용도를 택지로 변경한 후 소유권이전등기를 마칠 계획으로 우선 1999. 8. 27. 이 사건 토지에 관하여 이 사건 매매계약에 기한 소유권이전청구권보전을 위한 가등기(다만 등기부상에는 1999. 8. 26.자 대물반환예약을 원인으로 하는 담보가등기로 등기되었고, 이하 ’이 사건 가등기’라 한다)를 마쳐 둔 상태에서 이 사건 토지를 인도받아 사용하기로 하면서 당시 함께 매수한 이 사건 토지 지상의 2층 주택 등 건물에 관하여만 1999. 8. 10. ○○기업 앞으로 소유권이전등기를 경료하였다.

(3) 그 후 ○○기업은 2000. 8. 11. 원고와 사이에 원고 및 ○○산업 주식회사가 주식회사 ○○로부터 5억 원을 차용하면서 담보로 제공한 원고 소유의 다른 부동산에 설정된 근저당권의 실행 및 이 사건 토지의 소유권이전과 관련한 합의(이하 ’이 사건 합의’라 한다)를 하였는데, 그 합의서의 주요내용은 다음과 같다.

① 원고는 ○○로부터 ○○산업이 5억 원을 대여받으면서 담보로 제공한 부동산에 설정된 근저당권과 관련하여 근저당권자인 ○○에서 대여채권의 회수를 위해 행사하는 근저당권 및 ○○기업이 원고 소유의 이 사건 토지의 소유권이전에 대한 이의제기 또는 기타 이와 관련한 어떠한 요구도 하지 않는 조건으로, 원고로부터 6억 원을 수령하기로 한다. 다만 지급시기는 2000. 8. 12.과 2000. 9. 30. 2차에 걸쳐 각 3억 원씩 지급하기로 한다(제1항).

② 원고는 ○○기업과 1999. 7. 9. 기체결한 이 사건 토지에 대한 매매계약과 관련하여 위 토지가 ○○기업 소유로 소유권이전등기가 완료될 때까지 ○○기업이 요청하는 제반절차에 전적으로 응해야 하고, 이에 필요한 제반서류 일체를 ○○기업이 요구하는 대로 반드시 제공하여야 하며, 위 토지의 공유자인 구자민의 공유지분 분할에 대한 동의를 받아야 한다(제2항).

③ 원고는 이 사건 토지 등에 대한 사용, 수익, 처분에 관한 권리를 ○○기업 또는 ○○기업이 지정하는 자에게 양도하고 이 합의서 체결과 동시에 이 사건 토지 등에 관한 등기권리증을 ○○기업에게 제공하기로 한다(제3항).

④ 원고는 위 제2항 등에 대한 소유권이전과 관련한 양도소득세 등 제세공과금을 부담하기로 한다(제4항).

(4) ○○기업은 이 사건 합의서 제1항에 따라 원고에게 주식회사 ○한은행에 개설된 ○○기업 명의의 예금계화(계좌번호 생략)로 2000. 8. 12. 3억 원, 2000. 11. 15.부터 2001. 12. 24. 사이에 13회로 분할하여 합계 3억 원 등 총합계 6억 원을 모두 지급한 후 최종 지급일인 2001. 12. 24. 원고에 대하여 이 사건 매매계약에 따른 매매예약완결의 의사표시를 하였고, 이 사건 합의서 제4항에 따라 원고 명의로 부과된 이 사건 토지 등에 관하여 부과된 2000년도 내지 2002년분의 종합토지세를 각 납부하였다.

(5) ○○기업은 이 사건 토지 등을 인도받은 후 그에 대한 형질변경절차 등을 추진하던 중 2001. 10. 17. 이사건 토지 일대가 성남판교택지개발예정지구로 지정되어 일체의 개발행위가 중단되면서 용도변경이 어려워지고, 이 사건 토지가 수용되기에 이르자 원고를 상대로 서울중앙지방법원 2002가합80558호로 소유권이전등기청구 소송을 제기하여 2003. 10. 21. 위 법원으로부터 원고는 이 사건 토지에 관하여 ○○기업에게 이 사건 가등기에 기하여 2001. 12. 24.자 매매예약완결을 원인으로 하는 소유권이전등기절차를 이행하라는 승소판결을 받았으나, 원고는 이에 대하여 서울고등법원 2003나 75352호로 항소하였다.

(6) 그 후 원고와 ○○기업은 위 항소심이 계속 중이던 2004. 11. 27. 원고는 위 항소를 취하하고, 원고가 ○○기업에게 25억 원을 지급하는 조건으로 ○○기업은 위 1심판결에 기한 권리를 포기하고 본건 가등기를 말소하며, 원고는 2004. 12. 20.까지 위 사건에 대한 경매를 그 책임하에 취하시키고, 위 기일까지 경매를 취하시키지 못하는 경우 ○○기업은 본등기를 하여 권리를 행사하되, 이를 위하여 원고는 성남시에 대하여 2004. 11. 30.까지 이 사건 토지의 수용보상금 가운데 25억 원을 양도한다는 통지를 하고, 원고가 경매취하 및 돈을 지급하지 못하여 ○○기업이 본등기를 하는 경우 ○○기업은 보상금 수령시 보상금에서 본등기 비용 등 일체의 비용과 25억 원을 공제한 잔액을 피고에게 반환한다는 약정(이하 ’이 사건 약정’이라 한다)을 하였고, 그에 따 라 원고는 위 항소를 취하하는 한편, 2004. 11. 30. 성남시에 대하여 채권양도 통지를 하였다.

(7) 한편, ○○기업은 이 사건 토지의 수용으로 원고의 소유권이전등기의무가 이행불능으로 되었음을 전제로 그에 따른 대상청구권을 보전하기 위하여 2004. 9. 22. 성남시 및 원고를 상대로 보상금지급금지 및 수령금지 가처분결정을 받았는데, 성남시는 2004. 12. 4. 이 사건 토지의 수용으로 원고에게 지급할 보상금에 대하여 소외 신용보증기금의 채권압류 및 추심명령이 있고, ○○기업의 지급금지가처분 등이 있어 원고에 게 이를 지급할 수 없다는 이유로 피공탁자를 강○택, 근거법령을 공익사업을 위한 토 지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제40조 제2항 4호로 기재하여 이 사건 토지의 수 용보상금 3,988,817,230원을 공탁함과 동시에 공탁사유를 신고하였고, 이에 ○○기업은 2005. 2.경 위 공탁에 따라 진행된 배당절차에서 채권신고를 하였다.

[인정근거] 갑 제1 내지 26호증(가지번호 포함, 이하 같다), 을 제2 내지 9, 11, 12호 증의 각 기재, 이 법원의 ○○기업 주식회사에 대한 사실조회 결과, 변론 전체의 취지 라. 판단

(1) 원고와 성남시 사이의 이 사건 토지의 양도 여부

(가) 구 소득세법 제88조는 "양도"라 함은 자산에 대한 등기 또는 등록에 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다고 규정하고 있고, 제98조는 자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여 대통령령에 포괄적으로 위임하였는데, 그 위임에 의한 구 소득세법 시행령 제162조는 취득시기 또는 양도시기에 관하여 원칙적으로는 대금청산일로 하되 예외적으로 대금청산일 전에 소유권이전등기가 된 경우에는 등기접수일 등을 대금청산일로 하도록 규정하고 있는바, 이러한 규정은 납세자의 자의를 배제하고 과세소득을 획일적으로 파악하여 과세의 공평을 기할 목적으로 소득세법령의 체계 내에서 여러 기준이 되는 자산의 취득시기 및 양도시기를 통일적으로 파악하고 관계 규정들을 모순 없이 해석· 적용하기 위하여 세무계산상 자산의 취득시기 및 양도시기를 의제한 규정이다(대법원 2002. 4. 12. 선고 2000두6282 판결 등 참조). 따라서 이러한 소득세법의 체계내에서는 등기 또는 등록에 관계없이 매매계약 후 대금을 모두 지급한 양수인을 실질적인 소유자로 보아야 하고, 양도소득세는 등기 또는 등록에 관계없이 원칙적으로 대금청산이 되어 그 자산이 유상으로 사실상 이전된 경우에 부과되어야 할 것이다.

(나) 위 인정사실에 의하면, 원고는 1999. 7. 9. ○○기업과 이 사건 토지에 관한 이 사건 매매계약을 체결한 후 2008. 8. 11. 그 매매대금의 조정 및 지급방법 등에 관한 이 사건 합의를 하였고, 2001. 12. 24.까지 ○○기업으로부터 이 사건 토지의 총매매대금에 해당하는 20억 원을 모두 지급받았으며, 그에 따라 ○○기업이 원고를 상대로 한 소유권이전등기소송에서 승소판결을 받은 후 항소 취하로 확정되었으므로, 이 사건 토지는 이 사건 매매계약 및 합의에 따른 대금청산이 이루어진 2001. 12. 24. ○○기업에게 사실상 양도되어 ○○기업이 이 사건 토지의 실질적 소유자로 되었다고 할 것이다. 따라서 소득세법의 체계 내에서는 이 사건 토지가 원고로부터 ○○기업에 양도되었음을 전제로 이에 대하여 양도소득세를 부과할 수 있음은 별론으로 하고, 이 사건 토지에 대한 수용보상금이 원고 앞으로 공탁된 후 등기 명의가 원고로부터 성남시 앞으로 이전되었다고하여 이 사건 토지가 원고로부터 성남시에 양도되었다고 볼 수는 없다. 결국 원고와 성남시 사이에 이 사건 토지가 양도되었음을 전제로 부과된 이 사건 처분은 부적법하다.

(2) 이 사건 매매계약의 합의해제 및 무효 여부

(가) 피고는 원고와 ○○기업 사이의 2004. 11. 27.자 이 사건 약정에 의하여 이 사건 매매계약이 합의 해제되었다고 주장하나, 위 인정사실에 의하면, 이 사건 약정은 이 사건 매매계약 및 합의가 유효함을 전제로 원고가 ○○기업에게 25억 원을 지급하는 조건으로 1심 판결에 기한 권리를 포기하기로 한 것일 뿐 이 사건 약정으로 이 사건 매매계약 자체가 소급적으로 합의 해제되었다고 보기 어려울 뿐만 아니라, 원고가 ○○기업에게 25억 원을 지급하였다고 볼 아무런 증거도 없으므로, 피고의 위 주장은 이유가 없다.

(나) 피고는 ○○기업이 이 사건 토지에 대한 농지취득자격증명을 받지 못하여 이 사건 매매계약이 무효라고 주장하나, 농지취득자격증명은 농지를 취득하는 자가 그 소유권이전등기신청시에 첨부할 서류로서 농지취득인에게 농지취득의 자격이 있다는 것을 증명하는 것일 뿐 농지취득의 원인이 되는 법률행위(매매 등)의 효력을 발생시키는 요건은 아니고, 단지 소유권이전등기를 신청하는데 필요한 첨부서류일 뿐이므로 농지취득자격증명을 받지 못하였다고 하더라도 이 사건 매매계약이 그 자체로 무효로 되는 것이 아닐 뿐만 아니라 앞서 본 바와 같이 등기 또는 등록에 관계없이 대금청산일을 자산의 양도시기로 보는 소득세법의 체계 내에서는 농지취득자격증명이 없다는 사유로 양도소득세를 부과할 수 없는 것은 아니라고 할 것이므로, 피고의 이 부분 주장도 이유가 없다.

3. 결 론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로, 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.