원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원으로 환송한다.

이 유

 상고이유를 판단한다.

 1. 구 부가가치세법(2006. 12. 30. 법률 제8142호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법’이라 한다) 제17조 제2항 제1호의2는 세금계산서에 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고, 법 제16조 제1항 제1호는 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭을 세금계산서의 필요적 기재사항의 하나로 규정하고 있으므로, 실제 공급하는 사업자와 세금계산서상의 공급자가 다른 경우에 있어서의 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당하여 그 매입세액을 공제받을 수 없다.

 한편, 화물자동차운송사업면허를 가진 운송사업자와 실질적으로 자동차를 소유하고 있는 차주 간의 계약으로 외부적으로는 자동차를 운송사업자 명의로 등록하여 운송사업자에게 귀속시키고 내부적으로는 각 차주들이 독립된 관리 및 계산으로 영업을 하면서 운송사업자에 대하여는 지입료를 지불하는 운송사업형태인 이른바 지입제에 있어, 그 지입차주가 지입된 차량을 직접 운행․관리하면서 그 명의로 화물운송계약을 체결하였다고 하더라도, 대외적으로는 그 차량의 소유자인 지입회사의 위임을 받아 운행․관리를 대행하는 지위에 있는 지입차주가 지입회사를 대리한 행위로서 그 법률효과는 지입회사에 귀속되는 것이므로(대법원 2000. 10. 13. 선고 2000다20069 판결 참조), 이 경우 거래상대방이 교부받은 지입회사 명의의 세금계산서는 공급자가 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 볼 수 없으나, 지입차주에게 지입회사를 대리할 의사가 없었고 거래상대방도 지입회사와 거래하려는 의사가 아니었다고 볼 수 있는 때에는 그 법률효과는 지입회사에 귀속되는 것이 아니므로(대법원 1993. 5. 27. 선고 93다7341 판결 참조), 이 경우 지입회사 명의의 세금계산서는 공급자가 사실과 다른 세금계산서에 해당한다.

 원심판결 이유에 의하면, 원심은 원고 회사가 1998. 6. 1. ○○사강 주식회사(이하 ‘○○사강’이라 한다)와 사이에 ○○사강의 제품을 운송하기로 하는 운송계약을 체결하고 해마다 위 계약을 갱신하여 온 사실, ○○냉동 주식회사(이하 ‘○○냉동’이라 한다) 소속 지입차주들인 양○○ 등(이하 ‘이 사건 지입차주들’이라 한다)은 원고 회사와 사이에 개별운송계약을 체결한 후 원고 회사로부터 수주받은 물량에 대한 배차계획을 세워 ○○사강의 제품을 운송한 사실, 이 사건 지입차주들은 원고 회사로부터 직접 수령한 운송료 중 일부를 ○○냉동에게 관리비, 보험료, 유류대 등의 명목으로 지급한 다음 나머지 금액을 분배하여 가져간 사실, 이 사건 지입차주들은 원고 회사로부터 부가가치세를 송금받아 ○○냉동에게 지급하였고, ○○냉동은 원고 회사에게 그 명의의 이 사건 세금계산서를 발행․교부한 사실 등을 인정한 후, 지입차주가 지입된 차량을 직접 운행․관리하면서 그 명의로 화물운송계약을 체결하였다고 하더라도 대외적으로는 지입차주가 지입회사를 대리한 행위로서 그 법률효과는 지입회사에 귀속되는 것이므로, 원고 회사와 이 사건 지입차주들 사이에 체결된 화물운송계약의 대외적 법률효과 역시 원고 회사와 ○○냉동 사이에 발생하는 것으로 보아야 한다는 이유로, 이 사건 세금계산서는 공급자가 사실과 다른 세금계산서에 해당하지 않는다고 판단하였다.

 그런데 원심이 인정한 사실관계에 덧붙여 기록에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ○○냉동은 이 사건 지입차주들에 대하여 지입회사로서의 일반적인 지시감독을 전혀 하지 아니한 점, 오히려 이 사건 지입차주들 중 1인이자 원고 회사의 감사인 양○○이 차량관리대장을 작성하는 등 이 사건 지입차주들을 관리하면서 구체적인 배차계획을 세운 후 동인들로 하여금 ○○사강의 제품을 운송하도록 한 점, 원고 회사의 대표이사 김○○은 이 사건 지입차주들이 사업자등록을 하지 아니하여 세금계산서를 교부할 수 없었기 때문에 ○○냉동 명의로 이 사건 세금계산서를 교부받았다는 내용의 확인서(을 제4호증)를 과세관청에 제출한 점, 더욱이 이 사건 세금계산서에는 이 사건 지입차주들이 아닌 양○○이 개별적으로 모집하여 운송을 의뢰한 다른 개인차주들의 운송용역도 포함되어 있는 점 등을 고려하여 보면, 이 사건 지입차주들은 지입회사인 ○○냉동을 대리할 의사가 없었고 원고 회사 또한 ○○냉동과 거래할 의사가 아니었다고 볼 여지가 있는바, 사정이 이러하다면 이 사건 화물운송계약의 법률효과가 ○○냉동에 귀속되는 것으로 단정하기는 어렵다고 할 것이다.

 그럼에도 원심은, 이 사건 지입차주들에게 ○○냉동을 대리할 의사가 없었는지, 나아가 원고 회사도 ○○냉동과 거래할 의사가 아니었다고 볼 사정이 있는지 여부에 대하여는 심리․판단하지 아니한 채, 그 판시와 같은 이유만으로 이 사건 화물운송계약의 법률효과가 ○○냉동에 귀속된다고 단정한 나머지 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당하지 아니한다고 판단하고 말았으니, 이러한 원심의 판단에는 부가가치세법상 ‘사실과 다른 세금계산서’에 관한 법리오해 등의 위법이 있다. 이 점을 지적하는 상고이유의 주장은 이유 있다.

 2. 그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리․판단하게 하기 위하여 원심법원으로 환송하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.