1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

피고가 2008. 8. 1. 원고에게 한 2005년 1기분 부가가치세 17，605，350원, 2006년 271분 부가가치세 1，536，970원, 2005년 법인세 15，803，980원, 2006년 법인세 1，974，190원의 각 부과처분은 이를 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 원고 회사는 ① ▣▣▣교역(대표자 김○철)으로부터 받은 2005년 제1기의 매입세 금계산서 3매(이하, ’이 사건 ② 세금계산서’라고 한다) 공급가액 합계 115，000，000원에 근거하여 이를 손금산입하여 2005년 귀속 법인세 과세표준 및 세액을 신고하였고，② ZZZZZ 주식회사(대표이사 김@@)로부터 받은 2006년 제271의 매입세금계산서 2 매(이하, ’이 사건 ② 세금계산서’라고 한다) 공급가액 합계 11，250，000원에 근거하여 이 를 손금산입하여 2006년 귀속 법인세 과세표준 및 세액을 신고하였다.

나. 피고는 이 사건 각 세금계산서가 실물거래 없는 가공매입세금계산서임을 이유로 그 매입세액을 불공제하고 그 매입액을 손금불산입하여, 2008. 8. 1. 원고에게 2005년 1기분 부가가치세 17，605，350원, 2006년 2기분 부가가치세 1，536，970원, 2005년 법인 세 15，803，980원, 2006년 법인세 1，974，190원을 경정고지하였다(이하, ’이 사건 부과처분’이라고 한다).

[인정근거] 다툼이 없는 사실, 을 1호증의 1, 2, 을 2호증의 1, 2, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 부과처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

이 사건 각 세금계산서는 원고가 ▣▣▣교역 및 ZZZZZ 주식회사로부터 의류원단을 매입하여 대금을 지급한 것으로서 정상적인 세금계산서이다. 따라서, 피고가 이 사건 세금계산서가 실물거래 없는 가공의 세금계산서로 보아 부가가치세 매입세액을 불공제하고 이를 법인세의 각 사업연도 소득금액 계산시 손금불산입하여 한 이 사건 부과처분은 위법하다.

나. 관계법령

부가가치세법 제17조 (납부세액)

법인세법 제19조 (손금의 범위)

다. 인정사실

(1) 동대문세무서장은 ▣▣▣교역에 대하여 조세범처벌법 위반혐의로 세무조사를 실시한 결과, 위 회사가 2005년 제1기부터 2005년 제2기까지의 과세기간 중 실물거래 없이 허위로 271，500，000원 상당의 세금계산서를 발행한 사실을 밝혀냈고, 이에 따라 위 회사의 대표자인 김○철을 조세범처벌법위반 혐의로 고발하였다.

(2) 제천세무서장은 ZZZZZ 주식회사에 대하여 조세범처벌법 위반혐의로 세무 조사를 실시한 결과, 위 회사가 2005년 제2기부터 2006년 제2기까지의 과세기간 중 실물거래 없이 허위로 2，059，848，000원 상당의 세금계산서를 발행한 사실을 밝혀냈고, 이에 따라 위 회사의 대표이사 김@@과 실제 운영자 정○동을 조세범처벌법위반 혐의로 고발하였는데, 위 조사 당시 위 회사의 대표이사 김@@은 자신은 정○동에게 대표 이사 명의만을 빌려주었고, 위 회사가 실제로 사업을 영위하지 아니하고 실물거래 없는 세금계산서를 유통시킨 사실을 시인하였다.

(3) 원고 회사의 대표이사인 홍○표는 원고 회사 외에도 ○○디자인 주식회사의 대표이사로 되어 있는데, 위 ○○디자인 주식회사는 실물거래 없이 가공의 세금계산서를 발행하였다고 하여 위 홍○표는 조세범처벌법 위반혐의로 고발되었고, 그 범죄사실 중 에는 ▣▣▣교역과의 가공거래혐의가 포함되어 있다.

(4) 원고 회사는 ▣▣▣교역 및 ZZZZZ 주식회사로부터 이 사건 각 세금계산서를 교부받아 이를 기초로 ○○디자인 주식회사에 동일한 공급가액의 세금계산서를 발행하였다.

(5) 원고가 2002년부터 2006년까지 과세관청에 신고한 부가가치세 관련 매출 · 매입

세금계산서 합계액 내역은 다음 표와 같다.

[인정근거] 을 1 내지 10호증(이상 가지번호 포함), 변론 전체의 취지

다. 판단

일반적으로 세금부과처분취소소송에 있어서 과세요건사실에 관한 입증책임은 과세 권자에게 있다 할 것이나, 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건사실이 추정되는 사실이 밝혀지면 상대방이 문제로 된 당해 사실이 경험칙 적용의 대상적격이 되지 못하는 사정을 입증하지 않는 한 당해 과세처분을 과세요건이 흠결된 위법한 처분이라고 단정할 수는 없다 할 것인바(대법원 2002. 11. 13. 선고 2002두6392 판결 등 참조), 위 인정사실 및 원고가 이 사건 각 세금계산서와 관련한 구체적 거래내역이나 물품대금 지급에 관한 금융자료를 제출하지 아니하고 있는 점 등 이 사건 변론에 나타 난 여러 사정을 종합적으로 고려해 볼 때, 경험칙상 이 사건 각 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 작성 · 교부되었다고 넉넉히 추정할 수 있다 할 것이고, 갑 2호증의 기재는 믿기 어려우며 달리 이 사건 각 세금계산서가 실제 거래에 기한 정당한 것임을 인정할만한 자료가 없다.

따라서, 이 사건 각 세금계산서상의 공급가액은 특별한 사정이 없는 한 원고 회사 의 각 사업연도 부가가치세 매입세액으로 공제할 수 없고, 이를 각 사업연도 법인세의 과세표준 산정에 있어서 손금으로 산입될 수 없는 것이므로, 같은 취지의 이 사건 부과처분은 적법하고, 결국 원고의 주장은 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각한다.