주 문

1. 제1심 판결을 다음과 같이 변경한다.

피고가 2008. 7. 14. 원고에 대하여 한 2007년도 2기분 부가가치세 129,826,910원의 부과처분 중 30,146,760원을 초과하는 부분을 취소한다.

원고의 나머지 청구를 기각한다.

2. 소송비용 중 20%는 원고가, 80%는 피고가 각 부담한다.

청구취지 및 항소취지

1. 원고의 청구취지

피고가 2008. 7. 14. 원고에 대하여 한 2007년도 2기분 부가가치세 129,826,910원의 부과처분을 취소한다.

2. 피고의 항소취지

제1심 판결을 취소한다. 원고의 청구를 기각한다.

이 유

1. 제1심 판결의 인용

가. 이 법원이 이 부분에 적을 이유는 아래 나.항의 고치는 부분 외에는 제1심 판결문 이유 부분 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조에 의하여 이를 그대로 인용한다.

나. 고치는 부분

제1심 판결문 이유 중 제9쪽 제12행부터 제16행까지를 아래와 같이 고친다.

“바. 소결론

따라서, 이 사건 과세처분 중 이 사건 전세운임에 대한 부분은 적법하고 이 사건 공공보조금에 대한 부분은 위법하다. 을 제3호증의 기재와 변론 전체의 취지에 의하면, 이 사건 과세처분 중 이 사건 보조금으로 인한 세액은 99,680,150원이고, 이 사건 전세운임으로 인한 세액은 30,146,760원인 사실이 인정되므로, 이 사건 부과처분 중 30,146,760원을 초과하는 부분(이 사건 공공보조금으로 인한 세액 99,680,150원 부분)을 취소하여야 한다.”

2. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이 사건 부과처분 중 30,146,760원을 초과하는 부분의 취소를 구하는 범위 내에서 이유 있고 나머지 청구는 이유 없다. 제1심 판결은 이와 결론이 일부 달라 부당하므로, 제1심 판결을 변경하기로 하여 주문과 같이 판결한다.