주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청구취지

피고가 2010. 5. 27. 원고에게 한 양도소득세 282,655,850원의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 1999. 2. 8. 인천 연수구 XX동 000-0 전 3,861㎡(이하 ’이 사건 토지’라 한다)를 취득하였다가, 2008. 4. 11. 주식회사 XX에게 40억 8,800만 원에 매도하고, 2009. 4. 15. 소유권이전등기를 마쳐주었다.

나. 한편, 인천광역시장은 도시개발법에 따라 2006. 11. 27. 인천광역시 고시 제2006-212호(이하 ’이 사건 고시’라 한다)로 이 사건 토지가 속한 인천 연수구 XX동 일원을 도시개발구역(환지방식)으로 지정하였다.

다. 원고는 2009. 5. 28. 피고에게 양도소득세 과세표준 예정신고를 하면서 이 사건 토지가 비사업용 토지가 아니라고 보고 장기보유특별공제액으로 807,588,156원을 적용 하여 양도소득세 580,063,795원을 신고 · 납부하였다.

라. 피고는 2010. 5. 27. 원고에게 이 사건 토지가 소득세법 시행령 제168조의14가 정한 ’비사업용 토지로 보지 않는 토지’에 해당하지 아니한다는 이유로 이 사건 토지를 옛 소득세법(2009. 6. 9. 법률 제9763호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제104조의3 제1항에서 정한 비사업용 토지로 보아 장기보유특별공제를 적용하지 않고 2009년 귀속 양도소득세 282,655,850원을 경정 · 고지하였다(이하 ’이 사건 처분’이라 한다).

[인정 근거] 갑 제l 내지 5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 인천광역시장이 이 사건 고시를 함에 따라 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률(이하 ’공익사업법’이라 한다) 제20조 제1항과 제22조가 규정한 사업인정 및 그 고시가 있었던 것으로 보게 되는데, 공익사업법 제75조 및 같은 법 시행 규칙 제48조에 따르면 사업인정 고시일 이후부터 농지로 이용되고 있는 토지는 농지로 보지 않아 영농보상의 대상이 되지 않는다. 또한 사업시행자는 일정 기간 안에 수확할 수 있는 농작물에 한해서만 영농 행위를 하도록 제한하였다. 따라서 이 사건 토지는 본래의 목적대로 자유롭게 사용되지 못하고 위와 같이 법령에 따라 사용이 제한되었으므로 소득세법 시행령 제168조의14 제1항 제1호에서 정한 ’법령에 따라 토지의 사용이 제한되는 토지’이다. 따라서 이 사건 토지는 비사업용 토지가 아니다.

(2) 환지방식에 따라 시행되는 도시개발구역 안의 다른 지목(대지, 임야, 잡종지 등)의 경우 도시개발구역으로 지정 · 고시된 날부터 ’법령에 따라 사용이 제한된 토지’ 로 보면서도 이 사건 토지와 같은 전 · 답에 대해서는 경작이 가능하다는 이유만으로 ’법령에 따라 사용이 제한된 토지’로 보지 않는 것은 자의적인 해석으로 엄격 해석의 원칙에 위배되고 평등 원칙에 위배된다.

(3) 소득세법 시행령 제168조의14 제3항 제3호에 따라 공익사업법 및 그 밖의 법률에 따라 협의매수 또는 수용되는 토지로서 사업인정고시일이 2006년 12월 31일 이전인 토지 또는 취득일이 사업인정고시일부터 5년 이전인 토지는 소득세법 제104조의3 제1항에서 정한 비사업용 토지로 보지 않는데, 이 사건 고시는 2006. 11. 27.에 이루어졌고, 원고는 이 사건 토지를 위 고시일로부터 5년 이전에 취득하였으므로, 이 사건 토지는 비사업용 토지가 아니다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령의 기재와 같다.

다. 판단

(1) 소득세법 제95조 제1, 2항에 따르면 양도소득금액은 양도소득의 총수입금액에 서 필요경비를 공제하고, 그 금액에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 하고, ”장기보유특별공제액”은 제94조 제1항 제1호에 따른 자산을 보유했을 때 일정 요건 아래 일정액을 공제하는 것을 말하지만, 소득세법 제104조 제1항 제2호의3부터 제2호의8 까지와 같은 항 제3호에 따른 세율을 적용받는 자산을 보유한 경우는 장기보유특별공제액을 공제할 수 없다. 그리고 소득세법 제104조의3 제1항에 따르면 제104조 제1항 제2호의7에서 말하는 ”비사업용 토지” 중에는, 당해 토지를 소유하는 기간 중 대통령령이 정하는 기간 동안 전 · 답 및 과수원(이하 ”농지”라 한다)으로서 자기가 경작하지 아니하는 농지가 포함된다. 따라서 양도소득금액을 계산할 때 자기가 경작하지 아니하는 농지는 비사업용 토지로서 장기보유특별공제를 할 수 없다.

한편 소득세법 제104조의3 제2항은 토지의 취득 후 법률의 규정으로 인한 사용의 금지 그 밖에 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다고 규정 하고 있고, 소득세법 시행령 제168조의14는 이에 따라 ’부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지’를 판정하는 기준을 정하고 있다.

(2) 이 사건 토지가 소득세법 시행령 제168조의14 제1항 제1호에 해당하는지 여부

소득세법 시행령 제168조의14 제1항 제1호에 따르면, ’토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지’는 ’사용이 금지 또는 제한된 기간’ 동안 비사엽용 토지에 해당하지 아니한다. 이때 ’법령에 따라 사용이 제한된 경우’라 함은, 지목 · 용도 지구 등 법령에서 정한 목적과 범위에 맞게 토지를 이용하도록 하는 통상적인 제한의 범위를 넘어 특별히 사용을 제한하는 경우를 말한다.

이 사건 토지가 법령에 따라 사용이 제한된 토지인지 본다. 다음과 같은 사정을 종합하면 이 사건 토지는 법령에 따라 사용이 제한된 토지가 아니라고 봄이 타당하다 (원고는 이 사건 토지를 도시개발구역 안에 있는 대지 · 임야 · 잡종지 등 다른 지목의 토지와 다르게 취급한 것이 엄격 해석의 원칙 또는 평등 원칙에 위배된다고 주장하나, 도시개발구역 안의 대지 · 임야 · 잡종지에서는 도시개발법 제9조 제5항에 따라 광역시장의 허가 없이 건축물의 건축 · 공작물의 설치 · 토지의 형질 변경 · 토석의 채취 · 토지 분할 · 물건을 쌓아놓는 행위 · 죽목의 별채 및 식재 등이 행위를 할 수 없는바, 도시개발구역 안의 대지 · 임야 · 잡종지는 이 사건 토지와 달리 법령에 따라 사용이 제한된 토지이므로 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 않는다).

① 인천광역시장이 이 사건 고사를 할 때 수용 또는 사용의 대상이 되는 토지의 세부 목록을 고시하였으므로(갑 제12호증), 도시개발법 제22조 제3항에 따라 공익사업법 제20조 제1항과 제22조에 따른 사업인정 및 그 고시가 있었던 것으로 본다. 한편 도시개발법 제22조 제2항에 따르면 시행자는 토지 등의 수용 또는 사용에 관하여 이 법에 특별한 규정이 있는 경우 외에는 공익사업법을 준용한다고 규정하고 있고, 공익 사업법 제75조 및 같은 법 시행규칙 제48조에 따르면 사업인정 고시일 이후부터 농지로 이용되고 있는 토지는 영농손실 보상의 대상이 되는 농지로 보지 않는다고 규정하고 있다.

그러나 도시개발법 제9조 제6항, 옛 도시개발법 시행령(2008. 9. 18. 대통령령 제21019호로 전부 개정되기 전의 것) 제12조의2 제3항 및 옛 도시개발법 시행규칙 (2008. 9. 22. 국토해양부령 제53호로 전부 개정되기 전의 것) 제9조의2에 따르면, 도시개발구역지정 고시에도 불구하고 경작을 위한 토지의 형질변경과 비닐하우스 설치 등 농림수산물의 생산에 직접 이용되는 간이공작물의 설치하는 행위는 광역시장의 허가를 받지 아니하고 할 수 있다고 규정하고 있는바, 이에 따르면 원고가 이 사건 토지를 본래의 용도인 농지로 이용하는 데 아무런 법령상 제한이 없다(공익사업법 제75조 및 같은 법 시행규칙 제48조 규정은 단지 사업인정 고시일 이후부터 농지로 이용되고 있는 토지를 영농손실 보상의 대상에서 제외시킬 뿐이지 경작 자체를 금지하거나 제한하지는 않는다. 즉 이 규정에 따른 영농손실 보상 제외는 이 사건 토지의 사용에 대한 간접적 · 사실상의 제한일 따름이다).

② 이 사건 토지가 속한 XX1구역 도시개발사업조합의 조합장은 2007. 11. 28.

원고에게 위 조합의 제21차 대의원회 의결에 따라 2008. 7. 30. 이전에 수확할 수 있는 농작물에 한하여 영농 가능하고, 추후 농작물에 대해서는 조합에서 보상하지 않는다는 취지의 안내문을 보낸 사실이 있으나(갑 제13호증의 1), 앞서 본 바와 마찬가지로 이것 때문에 원고가 이 사건 토지에서 농작물을 경작할 수 없게 되는 것은 아니다.

따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다

(3) 이 사건 토지가 소득세법 시행령 제168조의14 제3항 제3호에 해당하는지 여부

소득세법 시행령 제168조의14 제3항 제3호에 따르면, 공익사업법 및 그 밖의 법률에 따라 협의매수 또는 수용되는 토지로서 사업인정고시일이 2006년 12월 31일 이전인 토지 또는 취득일이 사업인정고시일부터 5년 이전인 토지는 비사업용 토지로 보지 아니한다.

이 사건 토지가 2006. 11. 27. 도시개발법에 따라 도시개발구역으로 지정되었고, 원고는 이 사건 토지를 1999. 2. 8. 매수하였다가 2008. 4. 11. 주식회사 XX에게 매도하고, 2009. 4. 15. 이 사건 토지에 관한 소유권이전등기를 마쳐주었음은 앞서 본 바와 같다.

그런데 소득세법 시행령 제168조의14 제3항 제3호가 적용되기 위해서는 그 토지가 공익사업법 및 그 밖의 법률에 따라 협의매수 또는 수용되는 토지여야 하는데, 원고가 사업시행자가 아닌 주식회사 XX에게 이 사건 토지를 매도한 것은 사인 간의 매매에 불과할 뿐이어서 이 사건 토지는 공익사업법 및 그 밖의 법률에 따 라 협의매수 또는 수용되지 않았다. 따라서 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로, 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.