주 문

상고를 기각한다.

상고비용은 피고가 부담한다.

이 유

상고이유를 판단한다.

구 조세특례제한법(2008. 12. 29. 법률 제9276호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제69조 제1항은 농지소재지에 거주하는 자가 8년 이상 직접 경작한 농지의 양도로 발생 하는 소득에 대하여는 양도소득세를 면제하되, 당해 농지가 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 에 의한 주거지역 ․ 상업지역 및 공업지역(이하 ’주거지역 등’이라 한다)에 편입되거나 도시개발법 그 밖의 법률에 의하여 환지처분 전의 농지 외의 토지로 환지 예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역 등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령이 정하는 소득에 한하여 양도소득세를 면제하도록 규정하고, 그 위임에 의한 구 조세특례제한법 시행령(2008. 12. 31. 대통령령 제21214호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제66조 제7항은 위에서 말하는 ’대통령령이 정하는 소득’을 산정하는 산식으로 ’소득세법 제95조 제1항의 양도소득금액(이하 ’양도소득금액’이라 한다) x (주거지역 등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가) / (양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)’ (이하 ’이 사건 산식’이라 한다)라고 규정하고 있다.

한편, 구 소득세법(2006. 12. 30. 법률 제8144호로 개정되기 전의 것) 제99조 제1항은 ’제96조 제2항, 제97조 제1항 제1호 가목 단서, 제100조 및 제114조 제5항의 규정에 의한 기준시가는 다음 각 호에서 정하는 바에 의한다’고 규정하면서, 그 제1호 가목에서 ’토지’에 관하여는 ’ 「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한 개별공시지가’를 규정하고 있으며, 소득세법 시행령 제164조 제3항은 ’법 제99조 제1항 제1호 가목의 규정을 적용함에 있어서 새로운 기준시가가 고시되기 전에 취득 또는 양도하는 경우에는 직전의 기준시가에 의한다’고 규정하고 있다.

위 각 법령규정의 내용을 바탕으로, 이 사건 산식은 전체 양도소득금액을 ’취득시부터 양도시까지의 기준시가 상승분’ 중 ’취득시부터 주거지역 등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날(이하 ’편입시’라 한다)까지의 기준시가 상승분’이 차지하는 비율로 안분하여 양도소득세 면제대상인 취득시부터 편입시까지의 양도소득금액을 추산하는 것이므로 그 타당성을 높이기 위해서는 취득시와 양도시 및 편입시의 각 기준시가는 그 각 시점이 속하는 연도의 개별공시지가를 적용하는 것이 바람직한 점, 소득세법 시행령 제164조 제3항은 취득시 또는 양도시에 그 연도의 개별공시지가가 고시되지 않은 경우 부득이 그 직전연도의 개별공시지가를 적용하도록 한 예외적 규정이므로 편입 시에는 그 연도의 개별공시지가가 고시되지 않았더라도 사후엔 그 연도의 개별공시지가를 알 수 있다면 위 규정을 유추적용하거나 확대적용할 것이 아닌 점, 구 조세특례 제한법 제69조 제1항 단서는 자경농지에 대한 양도소득세의 감면을 제한하는 규정이므로 엄격하게 해석 ․ 적용할 필요가 있는 점 등을 고려하면, 이 사건 산식에서의 ’편입시의 기준시가’는 편입시가 속한 연도의 개별공시지가를 적용하는 것이 타당하고, 편입시에 그 연도의 개별공시지가가 고시되지 아니하였다는 이유로 그 직전연도의 개별공시지가를 적용할 것은 아니다.

원심이 위와 같은 취지에서 이 사건 산식 중 ’주거지역 등에 편입된 날의 기준시가’에 관하여는 소득세법 시행령 제164조 제3항이 적용되지 않으므로 그 판시 농지의 ’주거지역 등에 편입된 날의 기준시가’는 2005. 1. 1. 기준 개별공시지가로 보아야 한다는 이유로, 이와 달리 위 기준시가를 2004. 1. 1. 기준 개별공시지가로 본 이 사건 처분이 위법하다고 판단한 조치는 정당하고, 거기에 상고이유에서 주장하는 바와 같은 구 조세특례제한법 시행령 제66조 제7항의 산식에 관한 법리오해 등의 위법이 없다.

그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자가 부담하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.