주 문

1. 피고가 2011. 2. 24. 원고에 대하여 한 납부불성실가산세 000원의 부과처분 및 2011. 6. 17. 원고에 대하여 한 납부불성실가산세 000원의 부과처분을 각 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청구취지

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립된 재단법인 XX협회에 소속된 교회로서, 구 국세기본법(2007. 12. 31. 법률 제8830호로 개정되기 전의 것) 제13조 제2항의 법인으로 보는 단체로 승인받아 피고로부터 사업자등록증을 교부 받았고, 2002-2008사업연도에 발생된 이자소득에 대하여 고유목적사업준비금을 설정하여 손금산입하고 법인세를 신고하였다.

나. 피고는 원고가 재단법인 세계기독교BBBB협회에 소속되어 있는 교회인 것은 사실이나 원고 자체는 주무관청에 등록된 종교단체가 아니므로, 구 법인세법 시행령 (2010. 2. 18. 대통령령 제22035호로 개정되기 전의 것) 제56조 제1항에서 규정하고 있는 고유목적사업준비금 설정대상법인에 해당하지 않는다고 보아, 원고가 2005-2008사업연도에 손금산입한 고유목적사업준비금 설정액을 손금불산입하고 당해 사업연도에 지출한 구 조세특례제한법(2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것) 제73조 제1항의 기부금(이하 ’특례기부금’이라 한다) 및 지정기부금에 대하여는 기부금 손금산입 범위액 내에서 손금산입하여, 원고에게 2011. 2. 24. 2005사업연도 법인세 000원(신고불성 실가산세 000원 및 납부불성 실가산세 000원 포함)을, 2011. 6. 17. 2006사업연도 법인세 000원(신고불성실가산세 000원 및 납부불성실가산세 000원 포함), 2007사업 연도 법인세 000원(신고불성실가산세 000원 및 납부불성실가산세 000원 포함), 2008사업연도 법인세 000원(신고불성실가산세 000원 및 납부불성실가산세 000원 포함)을 각 경정 • 고지하였다.

다. 이에 불복한 원고는 2011. 5. 24. 2005사업연도 법인세 부과처분에 대하여, 2011. 8. 26. 2006-2008사업연도 법인세 부과처분에 대하여 각 심판청구를 제기하였고, 조세심판원은 2011. 12. 2. ’위 2011. 2. 24. 및 2011. 6. 17.자 법인세 부과처분은, 각 사업연도의 소득금액을 계산함에 있어서 2003사업연도 및 2004사업연도에 특례기부금으로 지출한 금액에 대하여 손금산입한도액의 범위 내에서 이를 손금에 산입하는 것으로 하고, 신고불성실가산세를 적용하지 아니하는 것으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다’는 결정을 하였다.

라. 피고는 위 조세심판원 결정의 취지에 따라 원고에 대한 신고불성실가산세를 모두 0원으로, 2005사업연도 납부불성실가산세를 000원으로, 2006사업연도 납부 불성실가산세를 000원으로, 2007사업연도 납부불성실가산세를 000원으로, 2008사업연도 납부불성실가산세를 000원으로 각 감액 경정하였다(위 2011. 5. 24. 및 2011. 8. 26.자 납부불성실가산세 부과처분 중 위와 같이 감액되고 남은 부 분1)을 이하 ’이 사건 처분’이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증, 을 제1호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

조세심판원 결정에서는 납부불성실가산세에 관한 판단이 빠졌으나, 원고에게 2005-2008사업연도 법인세(이하 ’이 사건 법인세’라 한다) 신고 • 납부의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있음이 인정된 이상, 신고불성실가산세뿐만 아니라 납 부불성실가산세 역시 취소되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령의 기재와 같다.

다. 판단

1) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별 세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 그 부과를 면할 수 있다(대법원 2005. 4. 15. 선고 2003두4089 판결 등 참조).

이 사건 법인세에 대한 납부불성실가산세도 납세의무자로 하여금 성실한 세액의 납부를 의무지우고 이를 확보하기 위하여 그 의무이행을 게을리하였을 때 마납세액에 대하여 민사 법정이율보다 높은 약 연11%{= 미납일수x (3/10,000)}의 이율이 적용되는 일종의 행정상의 제재이고, 이를 가산금과 같은 법정이자의 성격을 가진 것이라고 볼 수 없다.

2) 위 법리에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하여 보면 원고에게 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 봄이 타당하다.

가) 피고는 원고가 고유목적사업준비금 설정대상 법인이 아님에도 수년간 법인세 신고권장을 하면서 이에 대한 이의를 표명한 사실이 없다.

나) 원고와 같은 이자소득만 있는 비영리법인이 각 사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 신고한 구 법인세법 시행규칙(2010. 3. 31. 기획재정부령 제139호로 개정되기 전의 것) 별지 제56호 서식에는 이자소득금액, 고유목적사업준비금 손금산입액(이자 소득금액과 동일), 원천납부세액 외에는 기재할 항목이 없어 사실상 고유목적사업준비금의 설정대상 법인인지 여부가 유일한 검토항목이었는데도 피고는 이 사건 법인세 부과처분이 있기 전까지 설정액을 손금으로 인정하여 환급결정을 하였을 뿐 그 외 이의나 그에 따른 처분을 한 바 없다.

다) 특히 원고와 같은 소속 개별교회는 2002사업연도부터 고유목적사업준비금을 설정할 수 없도록 법인세법이 개정되었지만 피고는 고유목적사업준비금 설정액을 손금산입하고 원천납부세액을 환급신청한 2002-2004사업연도의 법인세 신고에 대하여 환급결정한 바 있으므로, 원고가 2005년 이후 사업연도의 법인세를 신고하면서 고유목적사업준비금 설정액을 손금산입하지 않을 것이라고 기대하는 것은 무리로 보인다.

라) 조세심판원이 원고가 고유목적사업준비금 설정액을 손금산입한 데 대한 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다는 이유로, 신고불성실가산세 부과처분은 취소해야 된다는 취지의 결정을 했는데, 납부불성실가산세 역시 신고불성실가산세와 같은 행정상 제재로서 다르게 취급해야 할 아무런 이유가 없다.

3) 따라서 원고에 대한 납부불성실가산세 부과처분 역시 위법하여 취소되어야 한다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.