주 문

1. 제1심 판결 중 아래와 같이 취소를 명하는 부분에 해당하는 원고 패소 부분을 취소한다. 피고가 2007. 6. 14. 원고에 대하여 한 2003년도 귀속 원천징수 근로소득세의 과세 표준 0000원 및 결정세액 000원에 대한 경정청구 거부처분 중 과세표준 000원 및 결정세액 000원을 초과하는 부분을 취소한다.

2. 원고가 한 나머지 항소를 기각한다.

3. 소송총비용 중 30%는 원고가，70%는 피고가 각 부담한다.

청구취지 및 항소취지

제1심 판결을 취소한다. 피고가 2007. 6. 14. 원고에 대하여 한 2003년도 귀속 원천 수 근로소득세의 과세표준 000원 및 결정세액 000원에 대한 경정청구 거부처분을 취소한다.

이 유

1. 제1심 판결 인용 부분

이 법원의 판결 이유 중 11. 처분의 경위， 2. 처분의 적법 여부 가. 원고의 주장， 나. 관계 법령’ 부분은 제1심 판결 제2쪽 아래에서 2째 줄 ”과세표준과 세액“을 ”과세표준 000원과 결정세액(기납부세액 차감 이전 금액) 000원”으로， 마지막 줄 “000원”을 “000원”으로 고치는 것 말고는 제1심 판결 해당 부분과 같다. 행정소송법 제8조 제2항， 민사소송법 제420조 본문에 따라 해당 부분을 인용한다.

2. 판단

가. 경정청구기간 경과 여부에 관한 판단

1) 구 국세기본법(2006. 12. 30. 법률 제8139호로 개정되기 전의 것， 이하 같다) 제45조의2 제4항 제l호， 제l항의 규정에 의하면， 원천징수의무자가 근로소득만 있는 자 등(이하 ’근로소득자 등‘이라 한다)에 대하여 소득세법 제137조 등의 규정에 의한 연말 정산에 의하여 소득세를 납부하고 같은 법 제164조의 규정에 의하여 지급조서를 제출기한 내에 제출한 경우 그 원천징수의무자 또는 근로소득자 등은 원천징수영수증에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 납부하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때에는 연말정산세액의 납부기한 경과 후 3년 이내에 원천징수영수증에 기재된 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다. 한편 구 소득세법 (2006. 12. 30. 법률 제8144호로 개정되기 전의 것， 이하 같다) 제128조 제1항 본문은 ”원천징수의무자는 원천징수한 소득세를 그 징수일이 속하는 달의 다음달 10일까지 납부하여야 한다“고 규정하고，제137조 제l항은 근로소득의 연말정산과 관련하여 ”주된 근무지의 원천징수의무자가 당해 연도의 다음 연도 l월분의 근로소득을 지급하는 때에 는 이를 받는 자의 당해 연도의 근로소득금액에서 그 근로소득자가 제140조의 규정에 의하여 신고한 내용에 따라 종합소득공제를 한 후 이를 종합소득과세표준으로 하여 종 합소득산출세액을 계산하고 세액공제를 한 후 당해 연도에 이미 원천징수하여 납부한 소득세를 공제하고 그 차액을 원천징수한다“고 규정하며， 제164조 제l항은 ”소득세 납세의무가 있는 개인에게 근로소득에 해당하는 소득금액을 지급하는 자는 지급조서를 그 지급일이 속하는 연도의 다음연도 2월 말일까지 제출하여야 한다11고 규정하고 있다. 그리고 구 소득세법 제20조 제l항 제1호 다.목은 근로소득의 하나로 ’법인세법에 의하여 상여로 처분된 금액l을 규정하고 있고 구 소득세법 시행령(2008. 2. 22. 대통령 령 제20618호로 개정되기 전의 것，이하 같다) 제192조 제2항은 11법인세법에 의하여 상여 등으로 처분된 금액은 법인 등이 소득금액변통통지서를 받은 날에 지급한 것으로 본다“고 규정하고 있다. 구 국세기본법 제45조의2 제4항 제1호의 문언내용 및 입법취지， 연말정산이 있은 후에 법인세법에 의하여 상여로 처분된 금액에 대하여 소득금액변동통지를 받은 법인은 그에 따른 소득세를 원천징수하여 소득금액변동통지서를 받은 날의 다음달 10일까지 납부하여야 하는데 이를 위해서는 다시 연말정산을 하여야 하고 그 지급조서도 제출하여야 하는 점， 이러한 연말정산과 지급조서의 제출도 구 소득세법 제137조 소정의 연말정산이나 제164조 소정의 지급조서 제출의 범위에 포함된다고 봄이 타당한 점 등을 종합하여 보면， 연말정산이 있은 후에 법인세법에 의하여 상여로 처분된 금액에 대하 여 소득금액변동통지를 받은 법인이 납부기한 내에 다시 연말정산을 거쳐 그에 따른 소득세를 원천징수하여 납부하고 지급조서를 제출한 경우 그에 대한 구 국세기본법 제 45조의2 제4항 제l호 소정의 경정청구기간은 소득금액변동통지에 따른 소득세의 납부 기한(소득금액변동통지서를 받은 날이 속하는 달의 다음달 10일)의 다음날부터 기산된다.

2) 이 사건에 관하여 보면， 원고는 2006. 3. 16.경 피고로부터 외주운송비와 관련하 여 2003 사업연도 귀속 종합소득세에 대한 소득금액변동통지를 받은 데 이어 그에 따른 납부기한 내인 2006. 4. 10. 피고에게 2003 사업연도 귀속 종합소득세에 대한 수정 신고 및 납부를 하였고，이후 그로부터 3년 이내인 2007. 4. 2. 경정청구를 하였다(다툼 없는 사실). 그렇다면 원고의 경정청구는 구 국세기본법 제45조의2 제1항에서 정한 경정청구기간 내에 한 것으로서 적법하다. 이와 다른 전제에 선 피고 주장은 받아들일 수 없다.

나. 이 사건 처분의 적법 여부에 관한 판단

1) 구 국세기본법 제80조 위반 여부

① 원고가 2006. 3. 16. 피고로부터 소득금액변동통지를 받은 후， 2006. 4. 10. 피 고에 대하여 2003 사업연도 귀속 원천정수 근로소득세 000원을 신고하고， 2006. 5. 18. 국세심판원에 위 소득처분에 대하여 심판청구를 하였는데， 국세심판원(청구번호 국심 2006서2019호)은 2006. 10. 16. 112003 사업연도 귀속 가공경비 중 이 사건 가공경비는 가공경비의 상대계정이 현금이 수반되지 않는 가공부채로 계상하였는데， 이는 장부상으로는 사외로 유출된 것으로 볼 수 없으므로， 위 금액이 실제로 사외 로 유출되었는지 재조사를 하라”는 심판결정을 한 사실，② 그 후 피고는 이 사건 가 콩경비에 대하여 재조사를 실시한 후，이 사건 가공경비가 사외유출되었다는 이유로， 2006. 11. 2. 원고에 대하여 이 사건 가공경비를 원고 대표자의 상여에서 제외하지 아니하고 이 사건 가공경비에 관하여는 위 1의 가.항 기재와 동일한 내용의 소득금액변동통지(2003 사업연도 귀속 소득처분 중 일부 실제 경비로 인정된 금원인 합계 000원만을 차감하였다)를 한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나， 갑 제2， 3호 증， 을 제8， 10， 12호증(각 가지번호 포함， 이하 같다)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 이를 인정할 수 있다. 위 인정사실에 의하면， 피고가 위 심판결정에 따라 이 사건 가공경비에 관하여 재조사를 하고 이에 따라 2006. 11. 2. 원고에 대하여 이미 소득금액변동통지를 한 이상，원고가 이전의 자신의 주장에 따라 경정청구를 하였다고 하더라도，피고로서는 위 심 판결정의 취지에 따른 조치를 모두 이행하였다고 봄이 타당하다. 따라서 이 사건 처분 이 위 심판결정의 기속력에 반하여 이루어진 것이라고 볼 수 없으므로， 이 부분 원고 주장은 받아들일 수 없다.

2) 이 사건 가공경비가 사외유출된 것인지 여부

가) 납세의무자인 법인이 법인세의 과세표준과 세액을 신고하면서 가공의 비용을 손금에 산입하였다고 하더라도 그에 대응하는 명목상의 채무를 대차대조표상 부채로 계상해 둔 경우에는 당해 법인의 순자산에 아무런 변화가 없으므로 사외유출을 인정할 만한 다른 사정이 없는 한 그 비용 상당액이 사외로 유출된 것으로 볼 수 없다(대법원 2012. 7. 26. 선고 2010두382 판결 참조).

나) 우선 이 사건 외상매입금액 상당액이 사외유출된 것인지 본다.

원고가 2003. 8. 30. EE통상에 대한 외주운송비 및 그에 대응하는 이 사건 외상매입금액 채무와 관련하여 회계장부에 아래 표와 같은 회계처리를 한 후 2005. 4. 7. 수정신고를 한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없다. 이러한 사실관계를 앞서 본 법리에 비추어 보면， EE통운에 대한 외주운송비가 비록 가공의 비용이라고 하더라도 그에 대응하는 채무로 같은 금액 상당의 이 사건 외상매입금액 채무가 원고의 2003 사업업 도 대차대조표에 계상되어 있는 이상 사외유출을 인정할 만한 다른 사정이 없다면 이 사건 외상매입금액 상당액이 사외유출된 것으로 볼 수는 없다(피고가 내세우는 사정과 증거들만으로는 사외유출을 인정할 만한 다른 사정을 인정하기에 부족하다).

다) 다음으로 이 사건 지급어음액이 사외유출된 것인지 본다.

원고가 이 사건 지급어음액과 관련하여 아래 표 기재와 같이 회계장부에 계상한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제12호증의 기재에 의하여 인정할 수 있다. 이와 같은 회계처리 내용 등에서 보듯이， 2003. 12. 3.자 외주운송비 부분과 관련 하여 원고로서는 원고가 발행하여 HH에 빌려준 어읍금 채무를 대변에 계상한 것이므로 명목상의 채무를 계상하였다고 보기 어려운 점， 또한 원고가 이 사건 지급어음액 채무를 계상하였다면 그 상대계정으로서는 대여금채권을 계상하여야 함에도 그러지 아니한 채 가공경비인 외주운송비를 계상한 점， 또한 원고가 HH으로부터 어음금을 송금받으면서 그 상대계정을 주주 · 임원 · 종업원에 대한 차입금으로 회계처리한 점 등에 비추어 보면， 위와 같이 2003. 12. 3.자 외주운송비와 관련하여 회계처리한 시점에서 이 사건 지급어읍액 상당액이 사외로 유출되었다고 봄이 옳다. 이에 어긋나는 취지의 갑 제33호증의 기재와 당심 증인 손FF， 이GG의 일부 증언 등은 앞서 본 사정， 원고 에 대한 세무조사 경위와 내용， 원고의 회계처리 방식과 내용 등에 비추어 그대로 받아들이기 어렵고， 그 밖에 원고가 제출한 증거들만으로는 이 사건 지급어음액 상당의 채무가 애당초 변제를 예정하지 아니한 명목만의 가공 채무이어서 그 거래 상대방에게

채무를 변제할 의무가 없다거나， 결산수정분개와 같이 회수되었다는 점을 인정하기에 부족하고， 달리 이 사건 지급어음액이 사외로 유출되지 아니하였다는 점을 인정할 증거가 없다. 이 부분 원고 주장은 이유 없다.

3) 소결론

이 사건 가공경비 중 사외유출된 이 사건 지급어음액에 대하여만 대표자에 대한 상여로 소득처분하고 원고에 대하여 소득금액변동통지를 하여야 한다. 이에 따른 2003 사업연도 귀속 원고 대표자에 대한 원천징수 근로소득세의 정당한 과세표준과 결정세액은 별지 표 기재와 같다. 원고의 경정청구를 거부한 피고의 이 사건 처분은 정당한 과세표준 00원과 결정세액(기납부세액 차감 이전 금액) 000원 범위 내에서 적법하고， 이를 초과한 부분은 위법하다.

3. 결론

이 사건 처분 중 정당한 과세표준과 결정세액을 초과하는 부분은 취소되어야 한다. 제1심 판결 중 이와 같이 취소를 명하는 부분에 해당하는 원고 패소 부분을 취소한다. 원고가 한 나머지 항소를 기각한다.