주 문

1. 피고가 2014. 6. 9. 원고에 대하여 한 2006년 1기분 부가가치세 43,318,800원(가산

세 포함), 2006년 2기분 부가가치세 24,091,200원(가산세 포함)의 각 부과처분을 취

소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 2/3은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청 구 취 지

주문 제1항 및 피고가 2014. 6. 9. 원고에 대하여 한 2006 사업연도 법인세

162,766,110원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다는 판결.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고(원래 상호는 주식회사 **이고, 2013. 1. 23. 주식회사 씨***이지스로

상호가 변경된 후 2015. 3. 31. 주식회사 **을 흡수합병하면서 현재의 상호로 최종

변경됨)는 플랜트엔지니어링 및 도장설비업 등을 하는 회사이다.

나. 원고는 2006년도의 과세기간동안 주식회사 에프 ****(이하 ‘에프****’

라 한다)와 신****화(대표자: 박**)로부터 다음과 같이 공급가액 합계

330,000,000원인 세금계산서 7매(이하 ‘쟁점 세금계산서’라 하고, 관련 거래를 ‘쟁점 거

래’라 한다)를 수취하였다.

다. 피고는 2014. 3. 3.~같은 달 22. 원고에 대한 부가가치세 부분 조사(이하 ‘이 사

건 세무조사’라 한다)를 실시하여, 원고가 쟁점 거래와 관련하여 에프****와 신세

기자동화로부터 재화 또는 용역의 공급 없이 쟁점 세금계산서를 수취한 것을 확인하

고, 매입세액 33,000,000원을 불공제하고, 쟁점 세금계산서 수취분 공급가액

330,000,000원 및 쟁점 거래 관련 부가가치세 33,000,000원을 손금에 불산입하기로 하

였으며, 위 공급가액 330,000,000원을 원고의 대표이사 하**에 대한 상여로 소득처

분하였다.

라. 이후 피고는 쟁점 세금계산서가 허위의 세금계산서이고 그에 상응하는 지출내역

이 불명확하다는 이유로, 2014. 6. 9. 원고에 대하여 2006년 1기분 부가가치세

43,318,800원, 2006년 2기분 부가가치세 24,091,200원(각 가산세 포함, 이하 ‘이 사건

부가가치세 부과처분’이라 한다) 및 2006 사업연도 법인세 162,766,110원(가산세 포함,

이하 ‘이 사건 법인세 부과처분’이라 하고, 위 부가가치세 부과처분과 통칭시 ‘이 사건

각 처분’이라 한다)을 각 경정􎛴고지하였고, 이어 2014. 7. 8. 원고 및 하**에게 소득

세법 시행령 제192조에 따라 소득금액변동통지를 하였다.

마. 원고는 이에 불복하여 2014. 9. 5. 조세심판원에 심판청구를 하였고, 조세심판원

은 2015. 1. 19. ‘하**에 대하여 상여로 소득처분한 330,000,000원을 소득금액변동통

지 대상금액에서 제외하고 나머지 청구는 기각’하는 내용의 결정을 하였다.

【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증, 을 제1 내지 4호증(각 가지번호 포

함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

1) 원고의 주장

원고는 다음과 같은 이유로 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’로 조세를 포탈한 것이 아

니므로, 10년의 부과제척기간이 적용되지 아니하는 바, 이 사건 각 처분은 5년의 부과

제척기간이 도과한 이후에 이루어진 것으로 위법하다.

가) 이 사건 부가가치세 부과처분에 관하여: 원고가 쟁점 거래로 매입세액공제를

받는다고 하더라도 세금계산서 발급업체가 매출세액을 신고􎛴납부하였다면 국가 전체적

으로 세수의 누락이 없게 되고, 최**이 실질적 운영자인 에프****, 신****화

및 원고는 부가가치세를 포탈하기 위한 목적으로 쟁점 세금계산서를 발행􎛴수취한 것이

아니라, 주식회사 이앤****에스(이하 ‘이앤****에스’라 한다)의 대표이사 최**에게 공사수주에 대한 사례금을 주기 위한 것이었다.

나) 이 사건 법인세 부과처분에 관하여: 원고가 최**에게 사례금을 지급하기

위하여 쟁점 세금계산서를 발급받았을 뿐이므로 대법원의 판례(대법원 2010. 1. 28. 선

고 2007두20959 판결 등)에 의하더라도 원고의 세금미납은 부수적인 효과에 불과하여

‘조세를 포탈하기 위한 행위’가 아니라 ‘불법행위 과정에서 조세미납이 발생하는 것’에

불과하고, 에프****, 신****화는 쟁점 세금계산서와 관련하여 법인세 또는 소

득세를 탈루한 바가 없어 국가 전체적으로 볼 때 세금의 유출이 없다.

2) 피고의 주장

가) 원고는 위장거래를 하고 그와 같은 사실이 발각되지 않도록 허위 매매계약

서를 작성하고 대금을 허위로 지급하는 등 적극적으로 서류를 조작한 점, 위장거래 후

쟁점 세금계산서와 관련하여 부가가치세 매입세액 및 법인세 매출원가에 산입하여 적

극적으로 장부에 허위로 기장을 한 점, 허위의 장부를 토대로 비용이 지출되지 아니하

였음에도 부가가치세 및 법인세 신고를 한 점, 원고는 쟁점 거래와 관련하여 거래처들

에게 부가가치세만을 지급하였을 뿐 법인세는 지급하지 아니하였고, 원고는 쟁점 세금

계산서를 법인세를 포탈하기 위한 수단으로 사용한 점 등을 고려하면, 원고는 적극적

으로 관련서류를 조작하는 등의 부정행위로 조세를 포탈하였다.

나) 나아가 국세기본법은 부정한 행위의 행위유형과 관련하여 조세범처벌법을

준용하도록 하고 있으나 조세포탈죄의 구성요건 전부를 준용하도록 규정하고 있지 아

니하므로 부과제척기간과 관련하여 조세포탈의 결과를 인식할 것이 요구되는 것은 아

니므로, 국세기본법 제26조의 제1항에서 규정하고 있는 부정한 행위는 조세범처벌법

제3조 제6항에서 규정하고 있는 부정행위와 객관적인 행위의 유형 측면에서는 동일하

나 주관적 측면까지 동일하다고 해석되지 않는다. 설사 그렇지 않더라도 납세자 본인

의 행위에 의해 국세를 포탈하거나 환급􎛴공제를 받는 결과가 발생한다는 인식만 존재

하면 충분하다.

다) 따라서 원고는 적극적인 행위로 조세의 부과와 징수를 현저히 곤란하게 하

였을 뿐만 아니라 이에 관한 인식까지 존재하였으므로, 이 사건 각 처분의 부과제척기

간은 10년이 적용된다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 이 사건 부가가치세 부과처분에 관한 판단

가) 납세자가 허위의 계약서를 작성한 다음 그에 따라 교부받은 허위의 세금계

산서에 의하여 매입세액의 공제 또는 환급을 받은 경우 그러한 행위가 구 국세기본법

(2011. 12. 31. 법률 제11121호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제26조의2 제1항 제1

호가 규정한 ‘사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급·공제받은 경우’에 해

당하여 10년의 부과제척기간이 적용되기 위해서는, 납세자에게 허위의 세금계산서에

의하여 매입세액의 공제 또는 환급을 받는다는 인식 외에, 허위의 세금계산서를 발급

한 자가 그 세금계산서상의 매출세액을 제외하고 부가가치세의 과세표준 및 납부세액

을 신고·납부하거나 또는 그 세금계산서상의 매출세액 전부를 신고·납부한 후 경정청

구를 하여 이를 환급받는 등의 방법으로 그 세금계산서상의 부가가치세 납부의무를 면

탈함으로써 납세자가 그 매입세액의 공제를 받는 것이 결과적으로 국가의 조세수입 감

소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식이 있어야 한다(대법원 2014. 2. 27. 선고

2013두19516 판결 참조).

나) 원고가 실물거래 없이 2006년 1, 2기의 부가가치세 과세기간에 에프****이와 신****화로부터 공급가액 합계 330,000,000원인 쟁점 세금계산서를 수취하여

회계장부상에 기재한 사실은 앞서 본바와 같다.

그러나, 을 제1, 5, 6호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 원고는 쟁점 세

금계산서 발행업체인 에프****와 신****화에게 쟁점 세금계산서 기재 각 해당

금액을 모두 송금한 후 부가가치세액을 제외한 금액만을 돌려받은 사실, 이에 따라 에

프****와 신****화는 쟁점 세금계산서상의 매출세액 전부에 관하여 2006년

1􎛴2기분 부가가치세를 신고􎛴납부한 사실을 인정할 수 있다.

위 인정사실에 의하면, 원고는 허위의 쟁점 세금계산서를 수취한 후 매입가액으로

신고하였으므로, 원고에게는 허위의 쟁점 세금계산서에 의하여 원고의 매입세액을 환

급받는다는 인식은 있었다고 할 것이나, 원고가 쟁점 세금계산서의 가액이 위 거래업

체들에 대한 매출세액에 포함될 것을 인식하여 위 거래업체들에게 납부되어야 할 매출

세액을 보전하여 주고 그에 따라 위 거래업체들이 매출세액의 전부를 신고􎛴납부한 이

상, 원고에게 허위의 쟁점 세금계산서를 발급한 위 거래업체들이 쟁점 세금계산서상의

부가가치세 납부의무를 면탈함으로써 원고가 그 매입세액의 공제를 받는 것이 결과적

으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식까지 있었다고 보

기는 어려우므로, 이 부분 부가가치세에 대한 부과제척기간은 구 국세기본법 제26조의

2 제1항 제3호에서 정한 5년이라고 봄이 타당하고, 따라서 이 사건 부가가치세 부과처

분은 5년의 부과제척기간이 도과한 후에 이루어진 것으로 위법하다.

2) 이 사건 법인세 부과처분에 관한 판단

가) 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 소정의 ‘사기 기타 부정한 행위’라 함

은 조세범처벌법 제9조 소정의 ‘사기 기타 부정한 행위’와 동일한 의미로 조세의 포탈

을 가능하게 하는 행위로서 사회통념상 인정되는 행위, 즉 조세의 부과징수를 불능 또

는 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적인 행위를 말하는 것으로서, 어떤

다른 행위를 수반함이 없이 단순히 세법상의 신고를 하지 아니하거나 허위의 신고를

함에 그치는 것은 이에 해당하지 않는다고 할 것이나, 과세대상의 미신고나 과소신고

와 아울러 장부상의 허위기장 행위, 여러 개의 차명계좌를 반복적으로 이용하는 행위

등 적극적인 은닉의도가 나타나는 사정이 덧붙여진 경우에는 조세의 부과징수를 불능

또는 현저히 곤란하게 만드는 것으로 인정할 수 있다(대법원 2011. 3. 24. 선고 2010도

13345 판결 등 참조). 또한 조세범처벌법 제9조 소정의 범의가 있다고 함은 납세의무

를 지는 사람이 자기의 행위가 사기 기타 부정한 행위에 해당하는 것을 인식하고 그

행위로 인하여 조세포탈의 결과가 발생한다는 사실을 인식하면서 부정행위를 감행하거

나 하려고 하는 것을 의미한다(대법원 2004. 9. 24. 선고 2003도1851판결 등 참조).

나) 위 인정사실 및 앞서 든 각 증거에 의하면 알 수 있는 다음의 각 사정을 종

합하면, 원고는 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 위계

기타 부정한 적극적인 행위를 하여 법인세를 포탈하였다고 봄이 타당하고, 이 부분 법

인세에 대한 부과제척기간은 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호에서 정한 10년이

라고 할 것인바, 이 사건 법인세 부과처분은 10년의 부과제척기간이 도과하기 전에 이

루어진 것으로 적법하므로, 원고의 위 주장은 이유 없다.

① 기간과세를 하는 법인세의 경우 납세의무자는 장부상에 계상된 가액을 기준

으로 과세표준과 세액을 산정하여 신고􎛴납부할 뿐 별도로 원천 증빙서류까지 과세관청

에 제출할 의무는 없으므로, 이러한 경우 장부상 허위기장 행위나 세금계산서 허위 수

취 행위 등은 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 위계 기

타 부정한 적극적인 행위의 유력한 징표로 볼 수 있다고 할 것인데, 원고는 실물거래

없이 2006 사업연도에 에프****와 신****화로부터 공급가액 합계 330,000,000

원인 쟁점 세금계산서를 수취하여 회계장부상에 기재하였고, 이를 기초로 과소계상된

법인세를 신고􎛴납부하였다.

② 원고는 쟁점 세금계산서 상당의 금원을 현금으로 회수하여 에프****, 신

****화의 실질적 운영자인 최**에게 직접 지급하였다고 주장하나, 이 사건 세무

조사결과(을 제1호증)에 의하면, 에프****의 계좌내역상 원고가 입금액을 모두 수

표로 인출하여 그 중 대부분인 180,000,000원은 인출은행 영업점에서 즉시 대체처리

(타행송금 등)하였음이 확인되었고, 최**은 금원을 수취한 사실이 없다고 하고 있는

등 실제 리베이트 지급여부는 확인되지 아니하였다.

③ 원고는 과세전적부심사청구서(을 제4호증)에서 ‘이앤****에스의 대표이사

인 최**에 대하여 리베이트를 지급할 경우 가지급금의 문제가 발생할 수 있기에 세

금계산서의 발행을 요구하였고, 최**은 위장거래처의 세금계산서를 발행한 후 입금

하여 달라는 요청을 하였으며, 이에 따라 지급수수료를 매입으로 위장거래하였다’고 진

술하였는바, 이에 의하더라도 원고는 적극적으로 가공매입을 통하여 쟁점 세금계산서

를 수취하는 방법으로 법인세를 포탈하고, 그러한 행위로 국가의 조세수입감소가 발생

한다는 사실을 충분히 인식하였을 것으로 보인다.

④ 원고의 주장에 의하더라도 원고는 위와 같은 리베이트비용을 법인세법상 전

액 손금으로 산입되는 리베이트의 성격과 동떨어진 항목에 전액 지출한 것으로 회계장

부상에 허위로 기재하였으므로, 이는 그 자체로 장부의 허위기재에 해당한다고 할 것

이다(대법원 2015. 1. 29. 선고 2011도13730 판결 참조).

⑤ 원고가 내세우는 대법원 판례는 법인세법의 규정에 따라 대표이사 등에 대한

상여로 소득처분되는 금액은 당해 법인이 소득금액변동통지서를 받은 날에 그 소득금

액을 지급한 것으로 법률의 규정에 의하여 의제하는 것에 불과하므로, 대표이사 등이

유용․횡령한 금원을 은폐하기 위해 법인의 회계장부를 조작하는 등의 행위를 하였다

하더라도 그 시점에 곧바로 횡령금이 과세소득이 될 것이라는 인식이 있었다거나 횡령

사실의 은폐행위가 조세포탈의 결과를 가져온다는 인식이 있었다고 볼 수 없는 만큼

위와 같은 회계장부를 조작하는 등의 행위만으로는 대표이사 등에게 귀속될 상여에 대

한 소득세를 포탈하기 위한 것으로 보기 어렵다고 판단한 사안으로서 이 사건에 그대

로 원용하기에는 적절하지 아니하다.

3) 소결론

따라서 피고가 원고에 대하여 한 이 사건 부가가치세 부과처분은 부과제척기간이 도

과한 것으로 무효이고(대법원 1999. 6. 22. 선고 99두3140 판결 참조), 무효인 이 사건

부가가치세 부과처분에 대하여 무효확인을 구하는 취지로서 그 취소를 구하는 것도 허

용되므로, 원고의 주장은 이 사건 부가가치세 부과처분의 취소를 구하는 부분에 한하

여 이유 있다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 인용하고, 나머지 청구는 이

유 없으므로 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

재판장 판사 박**

판사 박**

판사 문**

[별지]

관계법령

■ 구 국세기본법(2011. 12. 31. 법률 제11124호로 개정되기 전의 것)

제26조의2(국세 부과의 제척기간)

① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세를 방지

하기 위하여 체결한 조약(이하 "조세조약"이라 한다)에 따라 상호합의 절차가 진행 중인 경우에는 「국

제조세조정에 관한 법률」 제25조에서 정하는 바에 따른다.

1. 납세자가 사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈(􈷔􈴼)하거나 환급·공제받은 경우에는 그 국

세를 부과할 수 있는 날부터 10년간

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간. 끝.