주 문

1. OOO세무서장이 2013.11.13. 청구법인에게 아래 <표1>과 같이 한 2008년 제2기부터 2012년 제1기까지의 부가가치세 합계 OOO원, 2008사업연도부터 2012사업연도까지의 법인세 합계 OOO원, 2008년 제3기 과세기간부터 2011년 제4기 과세기간까지의 교육세 합계 OOO원, 2010사업연도부터 2012사업연도 법인세(원천) 합계OOO원의 부과처분은 신용보증기금 등으로부터 수령한 대위변제금이 이자, 원금순으로 충당된 것으로 경정함에 따라 발생하는 대위변제 후 잔여채권 증가금액에 대하여 해당 채권의 대손상각일이 속하는 각 사업연도에 손금산입하고, 청구법인이 OOO의 화해중재판정 결정에 따라 2011년도 중에 미국 신용카드회사 OOO Inc. 주식을 매각(3차 주식매각, 950,354주)하고 OOO 주식회사로부터 분배받은 금액은 2011사업연도의 익금으로 하고,「농업협동조합법」에 의하여 설립된 조합 및 자회사의 판매점이 청구법인 발행의 상품권을 판매대금으로 결제받고 청구법인에게 대금을 청구하면서 지급한 상품권수수료는 부가가치세 과세대상에서 제외하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다.

2. 나머지 심판청구는 기각한다.

이 유

1. 처분개요

가. 청구법인은 1961년 8월 단위농협･농업인 등이 설립한 비영리법인으로서 신용사업 및 공제사업, 농･축산물 유통사업 등 수익사업과 회원들에 대한 교육･지원사업 등 비수익사업을 영위하다가 2012년 3월 신용사업 및 공제사업은 농협금융지주와 자회사 OOO으로, 경제사업부는 농협경제지주로 물적 분할하였다.

나. OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2013.5.27.부터 2013.10.23.까지 청구법인에 대한 법인제세통합조사를 실시한 결과,

  (1) 공제사업분야에서 회원조합에 배분하고 영업비용으로 반영한 OOO원으로 이하 “쟁점재공제이익수수료”라 한다)을 이익잉여금의 처분으로 보아 각 사업연도별로 손금불산입하고,

  (2) 2008사업연도부터 2012사업연도 중에 채무자가 대출금을 변제하지 못하는 경우 청구법인이 채무자의 대출금과 이자를 신용보증기관으로부터 변제받으면서 원금을 먼저 변제받은 것으로 처리한 OOO원(이하 “쟁점대위변제금”이라 한다)에 대하여 수익을 과소 계상한 것으로 보아 해당 사업연도마다 익금산입하였으며,

  (3) 2009년 3월경부터 2011년 9월경까지 특정 회원조합에게 설치해준 공과금수납기(이하 “쟁점공과금수납기”라 한다)에 대한 금융리스료 OOO원(이하 “쟁점금융리스료”라 한다)을 손금처리한 것에 대하여 접대비로 보아 한도초과액을 손금불산입하였고,

  (4) 2008사업연도부터 2012사업연도까지 대출이자와 연체이자를 포기하거나 감면한 OOO원(이하 “쟁점감면액”이라 한다)을 접대비로 보아 한도 초과액을 각 사업연도별로 손금불산입하였으며,

  (5) 신용 신시스템과 IFRS시스템(이하 “쟁점시스템”이라 한다) 구축에 직접 투입된 청구법인의 개발전담직원의 인건비를 당기비용으로 처리한 OOO원(이하 “쟁점인건비”라 한다)에 대하여 무형자산을 즉시 상각한 것으로 보아 각 사업연도별 한도초과액을 손금불산입하였고,

  (6) OOO의 화해중재판정 결정에 따라 미국 신용카드회사 OOO Inc.(이하 "OOO“라 한다) 주식 매각대금을 OOO 주식회사(이하 “OOO”라 한다)로부터 분배받은 금액 중 2011사업연도에 지급받아 익금으로 산입한 OOO원(이하 “쟁점배분금액”이라 한다)을 2010사업연도에 익금산입하였으며,

  (7) 외국 선주사인 OOO에게 선수금환급보증계약에 따라 지급한 OOO원(이하 “쟁점지급액”이라 한다)에 대하여 위약금 성격의 지연이자로서 국외 선주사의 국내원천소득에 해당한다 하여 기타소득 원천징수를 누락한 것으로 보았고,

  (8) 2010.1.1.부터 2012.2.28.까지 기업어음(ABCP, 이하 “쟁점기업어음”이라 한다) 할인액 중 만기 시 기업어음 액면금액 상당액을 지급하면서 원천징수하지 아니한 OOO원(이하 “쟁점할인액”이라 한다)에 대해 원천징수 대상으로 보았으며,

  (9) 청구법인이 발행한 OOO 상품권”을 판매대금으로 결제 받은「농업협동조합법」(이하 “농협법”이라 한다)에 의하여 설립된 조합 및 자회사의 판매점(이하 “판매점”이라 한다)이 청구법인에게 대금을 청구하면 수수료(상품권 가액의 1.85%)를 뺀 금액을 지급한 것에 대하여 상품권 발행･판매와 관련하여 판매점으로부터 받은 수수료 OOO원(이하 “쟁점상품권수수료”라 한다)를 부가가치세 과세대상으로 보아 관련 과세자료 등을 처분청에 통보하였다.

다. 처분청은 이에 따라 2013.11.13. 청구법인에게 2008사업연도부터 2012사업연도까지 법인세 OOO원, 2008년 제2기부터 2012년 제1기까지 부가가치세 OOO원, 2008년 제3기부터 2011년 제4기까지 교육세 OOO원, 2010사업연도부터 2012사업연도까지 법인세(원천) OOO원 합계 OOO원을 경정․고지하였다.

<표1> 처분청의 과세내역

(단위 : 원)

라. 청구법인은 이에 불복하여 2014.1.29. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

  (1) 쟁점① 관련

   (가) 쟁점재공제이익수수료는 관련 규정에 따라 지급의무 및 지급금액이 결정되는 비용으로서 미지급시 부채로 계상할 항목이지 잉여금에 해당하지 아니한다.

   1)쟁점재공제이익수수료는 공제계약의 인수를 장려하기 위한 목적의 수수료로서, 농협 공제사업의 소관부처인 농림축산식품부가 제정한 「농업협동조합 공제사업 감독기준」(이하 “공제사업 감독기준”이라 한다) 및 「농업협동조합 공제규정」(이하 “공제규정”이라 한다)이 지급 의무를 부여하고 금액까지 결정한 비용인바, 청구법인의 공제사업 전반을 규정하고 감독하는 공제사업 감독기준은 보험업자의 보험사업 전반을 규정하고 있는 「보험업 감독규정」과 동일한 지위에 있는 규정으로서 쟁점재공제이익수수료는 공제사업 감독기준에 따라 지급의무가 발생하고, 그 구체적인 내용 및 금액이 확정되는 것이므로 회원조합에 대한 잉여금의 처분으로 취급할 수 없으며, 법률에 의하여 지급의무가 확정되어 미지급시 부채로 계상될 항목이므로 잉여금에 해당되지 아니한다.

   2) 처분청은 청구법인의 이사회가 어떠한 결의(처분)를 하기 전에는 재공제이익수수료율 및 그 금액이 결정되지 않는 등 쟁점재공제이익수수료율이 청구법인의 이사회 결의 또는 결산총회를 통하여 결정된다고 주장하나, 쟁점재공제이익수수료율은 오로지 감독기준에 의해서만 결정되며 이를 수정하기 위해서는 감독기준을 수정하는 것 외에는 다른 방법이 없고, 쟁점재공제이익수수료율 및 그 금액을 결정하는 변수 중 이사회가 결정을 하는 요소는 없으며, 오로지 이미 정해진 감독기준에 의해서만 비율 및 금액이 결정될 뿐이므로 지급금액의 결정에 있어 이사회나 주주총회가 결정을 할 수 있는 요소는 없다.

 (나) 쟁점재공제이익수수료는 재보험 수수료와 본질적으로 동일한 성격의 비용으로서 통상적으로도 인정되는 비용이다.

    1) 재공제와 재보험은 본질적으로 동일한 성격의 것으로서(국심 2000서2569, 2001.5.9.) 일반적인 재보험과 쟁점 재공제의 재보험료(재공제료)를 구성하는 요소가 완전히 동일하지 않다고 하여 재보험이익수수료와 재공제이익수수료의 본질이 다른 것으로 볼 수 없다. 재보험이익수수료란 원수보험자인 재보험계약자가 재보험자에게 납부한 보험료 중에서 재보험자가 얻은 이익의 일부를 재보험계약자에게 환급해 주는 금액을 말하는 것으로서 같은 방식으로 결정되는 재공제이익수수료 역시 손금에 산입되어야 한다.

    2) 일반적으로 보험료는 사업비, 이자율(투자손익), 위험율(보험손익)의 요소로 구성되어 있는 바, 위험율 요소만 재보험하는 사례가 더 많다고 하여 위험율 요소에서 발생한 이익만 재보험이익수수료이고 이자율 요소에서 발생한 이익을 원수보험자에게 환급해 주는 것은 재보험이익수수료가 아니라는 주장은 아무런 합리성이 없다.

    3) 재보험사가 자산운용수익을 원수보험사에게 이익수수료로 환급하지 않는 것은 재보험사 고유자산의 운용수익이기 때문이며, OOO 역시 고유자산의 운용수익(자본계정손익)은 재공제이익수수료 대상이 아니다. 오로지 회원조합에서 납부 받은 재공제료 운용수익 중 일부만이 재공제이익수수료 대상이 되는 것인 바, 사전에 정해진 바에 따라 결정되는 재공제이익수수료는 재보험이익수수료와 마찬가지로 손금에 산입이 되어야 한다.

    4) 쟁점재공제이익수수료가 재보험과 다른 성격인 경우 한국표준산업분류상 산업분류를 특정할 수 없는 바, 수익사업이 아닌 고유목적사업에 해당하므로 손금에 산입해야한다.

  (다) 쟁점재공제이익수수료는 정당한 사업관련 비용으로서 잉여금에 해당하지 아니한다.

    1) 공제사업 감독기준이 규정하고 있는 ‘공제 사업자’는 재공제 사업자인 청구법인과 원수공제 사업자인 조합을 모두 포함하는 개념이고, 경영성과지분은 위 공제 사업자인 중앙회와 회원조합 모두에게 귀속되는 지분을 의미하며, 경영성과지분 중 조합에 귀속될 금액을 결정하는 기준이 쟁점재공제이익수수료 규정이다. 즉, 청구법인에 그 전체가 귀속되는 경영성과지분 중 일부를 조합에 임의로 처분한 것이 아니라, 전체 경영성과지분 중 청구법인 몫과 회원조합 몫을 구분하는 규정이 재공제이익수수료 관련 규정이다.

    2)특히, 공제사업 감독기준 제57조 제2호에서 "제1호의 경영성과지분은 법인세비용의 납부재원, 고유목적사업회계로의 이체에 한하여 사용한다"고 규정하였다는 점에서도 공제사업 감독기준이 규정하고 있는 경영성과지분이란 청구법인에 귀속될 이익뿐만 아니라 회원조합에 귀속될 이익의 합을 의미한다는 점이 입증된다.

       즉, 청구법인은 청구법인의 경영성과지분을 법인세를 납부하거나 고유목적사업회계로 이체하여 사용하고 있고 회원조합은 회원조합 자신의 경영성과지분(재공제이익수수료)을 자신의 법인세를 납부하거나 고유목적사업회계로 이체하여 사용하고 있다. 만약, 처분청의 주장대로라면 청구법인이 경영성과지분을 법인세비용의 납부재원 및 고유목적사업회계로 사용하지 않고 임의로 재공제이익수수료의 지급에 사용하여 왔다는 것이므로, 이는 결국 청구법인이 공제사업 감독기준을 위배해 오고 있었다는 의미이고, 농림축산식품부가 제재하였어야 할 사항인바, 실제로 이와 관련된 관련 농림축산식품부의 지적은 지금까지 한번도 없었다는 점에서 처분청의 주장이 근거가 없다.

    3)이와 관련하여 처분청은 회원조합이 단순한 판매대리점에 해당하므로 경영성과지분이 귀속될 수 없다는 의견이나, 회원조합이 공제사업(보험사업)에 있어 단순한 공제대리점이 아닌 공제사업자라는 점은 관련 법령(농협법 제57조), 법원 판례(서울중앙지방법원 1995.10.17. 선고 94가단 186027 판결), 심판원 결정례(국심 2000서2569, 2001.5.9.) 등을 통해 여러 차례 확인된 내용이므로 위와 같은 주장은 근거가 없다. 비록, 처분청은 청구법인의 2012년 분할 이후 회원조합이 OOO 또는 OOO의 대리점이 된 것을 위 주장의 근거로 제시하고 있으나, 2011.3.31.부로 OOO 시스템을 개편하도록 규정한 농협법에서 회원조합의 공제사업 관련 역할 및 권한, 기능 등을 새로이 규정하여 OOO 및 OOO의 대리점이 된 것일 뿐이고, 무엇보다 회원조합이 시스템 개편 전에도 대리점이었다면 그와 같은 규정이 새로 삽입될 필요성이 없는 것이다.

    4) 처분청은 재공제이익수수료를 이용고배당과 유사하다는 의견이나, 이용고배당은 협동조합의 고유한 배당의 한 형태로서 확정된 이익을 결산총회의 결의를 통해 임의로 처분하는 것이기 때문에 손금불산입되는 것이고, 그와 달리 임의성이 전혀 없고 법령에 따라 결정되는 재공제이익수수료는 청구법인이 협동조합이라는 점과 상관없이 지급되는 것이기 때문에 이용고 배당과 동일하다고 볼 근거가 없다.

    5) 처분청은 재공제이익수수료가 필수적인 취급수수료에 해당하지 않으므로 손금산입할 수 없다는 취지로 주장하나, 건전한 공제계약 체결을 유도하기 위한 목적의 재공제이익수수료는 공제사업 수익 및 이익 증가에 기여하는 합목적적인 비용항목이다. 또한,「법인세법」 제19조는 사업관련성 및 통상성을 손금요건으로 규정하고 있을 뿐이며 지출(지급)의 필수성을 손금요건으로 들고 있지 않으므로 이는 손금에 대한 개념에 맞지 아니한다.

(2) 쟁점② 관련

 (가) (주위적 청구) 신용보증기관이 발급한 보증서는 청구법인의 대출에 있어 대출조건의 하나로 되는 것으로서 보증약관의 보증채무의 범위에 관한 조항은 보증채무의 범위에 관하여 규정하는 것일 뿐만 아니라 보증채무이행금의 충당방법까지도 정한 것으로 보아야 하므로 신용보증기관과 체결한 신용보증약관의 규정은「법인세법 시행규칙」제56조에서 정한 ‘차입금과 이자의 변제에 관한 특별한 약정’이 있는 경우에 해당하는 점(서울고등법원 2014.9.2. 선고 2013누51550 판결, 같은 뜻), 은행이 채무자에게 불리하지 않은 범위 내에서 행한 변제충당순서는 정당한 것이고, 채무자에게 유리하게 결정된 대출약정서나 은행여신거래기본약관 규정은 은행이 신용보증기금 등으로부터 대위변제 받은 경우에도 적용되어야 하며, 심판례(조심2008중2293, 2009.11.6.)는 변제충당에 관한 양 당사자의 변제충당에 관한 합의가 확인되지 아니하여 두 채권 중 지연이자율이 더 높은 보증채무 대위변제 채권을 우선 변제받은 것으로 보는 것이 채무자에게 변제이익이 더 크므로 타당하다고 판시한 점, 신용보증약관, 보증채무이행요령 등에서 보증채무의 범위는 원금, 정상이자 및 비용의 전부 또는 일부일 뿐, 지연이자는 보증의 범위에서 제외되어 있고 또한, 보증기관이 자신의 보증채무를 변제한 것을 두고 주채무자의 지연이자를 변제한 것으로 볼 수 없다. 신용보증기금 등에는 "지연이자(손해배상금)"에 대한 보증채무 자체가 존재하지 않는 것이므로 신용보증기금 등이 변제한 가액을 "지연이자"의 변제로 볼 여지가 없다. 따라서 보증기관이 채무자의 지연이자를 먼저 상환한 것이라는 전제에서 행한 본건 과세는 거래의 경제적 실질을 잘못 파악한 점 등에 비추어 신용보증기금 등의 신용보증기관이 청구법인과 금전소비대차계약을 체결한 채무자의 주채무 중 일부를 대위변제한 경우, 대위변제는 채무자와 청구법인 사이에 체결된 금전소비대차계약과 동일하게 원금, 이자의 순서로 변제된 것으로 보아야 한다.

   (나) (예비적 청구) 청구법인은 대손상각 대상 채권에 대하여 금융기관채권 대손인정업무 시행세칙(이하 “시행세칙”이라 한다)에 따라 금융감독원장으로부터 대손금으로 승인 받고 이를 해당 사업연도 소득금액 계산 시 손금에 산입하고 있는바, 처분청의 주장과 같이 이자, 원금 순으로 채권에 충당하여야 한다고 하더라도, 청구법인은 기존에 대손 승인 신청 시 대위변제 금액을 원금에 먼저 충당한 이후 잔여 원금만을 기재하여 대손인정을 신청하였으나, 만일 대위변제 금액을 이자에 먼저 충당하였다면 그만큼 대손인정 원금 금액을 더 많이 신청하였을 것이며, 당연히 그만큼 더 대손금 상각을 승인 받게 되었을 것이므로 대위변제 후 잔여채권에 대하여 대손 승인을 이미 받은 경우 이 건 과세처분에 따라 익금에 가산한 금액 역시 해당 채권의 대손 승인일의 손금으로 인정되어야 하는 점, 만약, 당초 대위변제시 발생한 세무상채권(유보)에 대한 손금 추인이 반영되지 않는다면, 이자수익에 대하여 과세되면서 대손금 계산시 손금을 인정받지 못하여 실질적인 수익 없이 과세되는 불합리한 결과가 초래되는 점, 금융감독기관은 해당 채권 전체에 대하여 이미 대손금으로 보도록 승인하였기 때문에 세무상 익금가산액이 발생하였다고 해서 동 익금가산액에 대해서만 다시 추가적으로 대손 승인을 신청할 수는 없고, 이로 인해 동 익금가산액은 세법 상 정하여진 금융감독원 승인에 의한 손금 산입 조정을 영구적으로 할 수 없게 되는 점, 법인의 영업활동에서 발생하는 외상매출금 등의 채권 중 사실상 회수가 불가능한 채권은 그 자산성을 상실하여 법인의 장부에서 제각하게 되며 이는 법인의 순자산을 감소시키는 손비로 인정하는 것이 법인세법상 대손금의 취지이므로 이 사건 과세에 따른 유보(세무상 채권가액) 또한 금융감독원장의 대손상각 승인과 동시에 손금산입하는 것이 타당한 점 등에 비추어 처분청의 주장과 같이 이자부터 충당하여 원금 채권 잔액이 증가한다고 하더라도(세무상 유보 증가) 해당 채권에 대한 대손이 결정되었다면 유보가 추인되어야 한다.

(3) 쟁점③ 관련

 (가) 쟁점금융리스료는 고유목적사업비로서 손금산입대상이다.

   청구법인이 회원조합에 대하여 공과금수납기를 설치해주는 것은, 회원조합과 그 조합원인 농업인들의 생활개선에 기여하기 위한 것으로서 청구법인의 정관이 고유목적사업으로 정하고 있는 "생활개선을 위한 정보망의 구축사업"(정관 제5조 제1항 제1호 라목) 및 「법인세법 시행령」 제56조 제5항, 제2조 제1항에 정한 고유목적 사업에 해당하므로, 쟁점공과금수납기의 쟁점금융리스료는 청구법인의 고유목적사업비로서 당연히 손금산입되어야 한다.

   실제로 사업내용이 사실상 동일한 OOO(이하 OOO이라 한다)에 대한 사례에서 대법원도 수협이 지역조합에 현금자동인출기 코너 설치를 지원한 것을 ‘회원과 그 조합원의 사업 및 생활개선을 위한 정보망의 구축사업으로서 고유목적사업’ 이라고 판단하였는바(대법원 2013.11.28. 선고 2013두12645 판결), OOO의 현금자동인출기와 청구법인의 공과금수납기는 회원과 그 조합원의 생활개선을 위한 정보망의 구축사업을 위한 것이라는 점에서 공통점이 있으므로 이를 고유목적사업을 위한 지출로 인정해 주어야 한다.

   처분청은 청구법인의 공과금수납기와 OOO의 현금자동인출기는 서로 다르므로 본건에 참고하기 어렵다는 의견이나, 청구법인의 공과금수납기와 수협의 현금자동인출기에 어떠한 근본적인 차이점이 있어서 하나는 고유목적사업으로 인정을 받고 하나는 접대비로 간주되어야 하는지에 대하여 근거를 제시하지 못하고 있다.

 (나) 쟁점공과금수납기의 리스가 고유목적사업에 속하지 않는다고 하더라도, 해당 리스료는 수익창출에 직결되는 비용이므로 손금산입 대상이다.

   공과금수납기 설치는 지방세수납대행계약상 의무이고, 지방자치단체가 금고계약의 상대방을 선정하는 배점기준에서 지방세 수납실적이 5%, 지역사회 기여도가 5%, 점포수가 5%이므로, 청구법인이 지방자치단체의 금고계약 당사자로 선정되기 위해서는 각 지역의 조합에 공과금수납기를 설치하는 것이 불가피하며, 실제로도 공과금수납기 설치에 따라 청구법인이 다수 지방자치단체의 금고계약 당사자로 선정될 수 있었는바, 청구법인이 각종 지방자치단체의 금고은행으로 선정되는데 필수적인 사항으로서 청구법인의 수익창출에 직결되는 비용이므로 해당 리스료를 손금산입한 것은 정당하다.

 처분청은 공과금수납기 설치로 인하여 회원조합들이 경제적, 실질적인 이익을 얻으므로 쟁점 리스료를 접대비로 보아야 한다는 의견이나, 조합의 공과금수납기로 수납된 지방세 세입금은 실제로 지역조합으로부터 청구법인에 송금되므로 청구법인은 그 예수금으로 상당한 운용수익을 얻을 수 있는바, 구체적으로 예수금에 대하여는 2.14%(평균 운용이익 4.39%-지급이자 2.25%)의 이익이 발생하게 되므로 지방세 세입금 약 OOO원을 기준으로 약 OOO원의 이익이 발생된 것으로 추정되는 반면, 회원조합들은 금고계약의 체결 및 공과금수납기의 설치로 인하여 얻는 이익이 매우 미미한 수준에 불과하므로, 청구법인이 회원조합에 대하여 공과금 수납기를 설치해 준 것을 접대비로 볼 수 없다.

   (다) 청구법인이 쟁점금융리스료를 부담한 것은 접대비의 본질적 특징으로서 거래관계를 원활하게 한다는 목적이 없다.

   청구법인과 지역조합과의 관계는 일반적인 거래관계가 아니라, 청구법인이 지역조합을 지도하는 관계이므로, 지역조합에 공과금수납기를 설치하더라도 접대비의 본질적 목적인 상호 거래관계를 원활하게 하는 효과가 있다고 보기 어려운 이상, 청구법인이 쟁점금융리스료를 부담하는 것은 접대비의 본질적 특징인 거래관계를 원활하게 한다는 목적이 아니므로 처분청의 과세처분은 취소되어야 한다.

  (4) 쟁점④ 관련

 (가) 명확한 내부규정 및 절차에 따라 연체이자의 일부 또는 전부를 감면한 것은 접대비에 해당하지 않는다.

    1) 청구법인은 채권관리에 대한 내부규정을 마련하여 이자의 상환이 불가능해진 연체 채무자에 대하여 명확한 내부규정 및 절차에 따라 이자의 일부 또는 전부를 감면하고 있는바, 이는 동종 은행업계에서 일반화된 상관행에 기한 채권관리의 목적에서 행해진 것이다.

    2) 특히, 청구법인의 이자감면 대상 고객들(대부분 연체자)은 더 이상 청구법인의 고객이 될 가능성이 거의 없는 대상으로서 접대, 향응의 목적이 있을 수 없다.

   (나) 이자수익의 인식시기가 도래하지 않은 이자채권을 면제한 것이므로 접대비로 대체될 세무상 자산이 성립되지 않았다.

    1) 청구법인은 금융기관이므로 현금주의에 따라 이자수익을 인식하는바(법인세법 시행령 제70조 제1항, 대법원 2001두7961판결), 감면대상 이자를 수령하거나 장부에 수익으로 계상한 적이 없는 이상 수익의 인식시기가 도래한 바 없어 이자수익이 성립하지 않았으므로 이자채권을 포기하였다는 접대비 간주의 전제가 성립하지 않는다.

    2) 청구법인은 금융기관이므로 현금 수령이 없는 본건 이자는 장부에 수익으로 계상하지 않은 이상, 세무상의 이자채권이 성립하지 않고, 은행업 관련 회계처리 원칙을 살펴보더라도 본건 미수이자는 이자수익으로 처리할 수 없으며, 유사한 사례에 대하여 조세심판원은 금융보험업을 영위하는 청구법인의 이자소득 귀속사업연도는 실제로 수입되는 날로 보도록 규정하고 있으므로 쟁점연체이자에 대한 채권이 성립․확정되었다고 보기 어렵고, 따라서 이를 면제한 것은 접대비에 해당하지 않는다고 결정(조심 2014서394, 2015.11.16.)한 사실이 있다.

  (5) 쟁점⑤ 관련

 (가) 시스템 개발팀 임직원들의 인건비는 연구활동을 위해 지출된 당기 비용항목이다.

   청구법인의 쟁점시스템 개발과정에 투입된 쟁점인건비는 경상적인 연구활동에 따라 지출된 비용으로서 기업회계기준(기업회계기준서 제3호 문단 37~40)은 “새로운 지식을 얻고자 하는 활동, 연구결과 또는 기타 지식을 탐색, 평가, 최종 선택 및 응용하는 활동을 위한 비용”은 연구단계의 지출로서 무형자산으로 인식할 수 없고 발생기간의 비용으로 인식하는 것으로 규정하고 있으며, 쟁점인건비는 외부 공급업자가 제공한 장치 및 시스템에 대한 대체안을 제안, 평가하는 활동이 대부분의 비중을 차지하고 있으므로, 대부분 기업회계기준 상 연구단계에서 발생한 비용으로서 당연히 당기 비용으로 분류될 항목이다.

   (나) 개발비의 비용 회계처리 여부는 납세자가 선택에 따라 결정하는 것으로 납세자가 당기비용으로 회계처리한 개발비를 처분청이 자산으로 재인식할 수 없다.

    1) 법인세법 기본통칙은 “법인이 당해 개발비로 계상하지 아니한 금액은 그 지급이 확정된 사업연도의 손금에 산입한다”고 하여 개발비를 당기비용으로 처리할 것인지 자산으로 처리할 것인지는 납세자가 스스로 판단한다는 점을 분명히 규정하고 있고(법인세법 기본통칙 23-26…9, 2003.5.10.), 종전 국세청 예규 또한 개발비 자산으로 회계처리한 경우에 한하여 세무상으로도 개발비 자산에 해당한다는 입장이므로(법인46012-186, 2003.03.18., 서이46012-10601, 2003.03.25., 서면2팀-494, 2004.03.19. 등), 청구법인이 쟁점인건비를 결산상 무형자산(개발비)으로 처리하지 아니한 이상, 법인세법상 개발비 계상 요건 중 법인세법 시행령 제24조 제1항 제2호 바목 후단의 요건을 충족하지 못하였으므로 자산으로 처리할 수 없다.

    2) 이와 관련하여 처분청은 청구법인의 회계처리가 기업회계기준에 반하는 것이므로 법인세법 시행령의 요건과 상관없이 개발비가 된다는 취지로 회계처리의 오류를 주장하나, 본건 지출을 자산으로 계상하지 않고 비용처리한 것은 기업회계기준 상으로도 적법한 것이고, 청구법인의 회계 감사인 역시 본건 지출 전체에 대하여 적법절차에 따라 연구개발비 비용 성격의 지출이라고 결론 내린 것이며, IFRS를 도입한 대부분의 법인은 내부직원 인건비를 대부분 당기 비용화하였는바, 과세관청이 아무런 근거 없이 청구법인의 회계처리가 오류라고 주장하고「법인세법 시행령」제24조 제1항 제2호 바목의 요건을 무시하고 과세하는 것은 근거가 없다.

(6) 쟁점⑥ 관련

 (가) 처분청이 2010년 익금으로 결정한 주식매각대금 분배금은 2010년말 현재 익금의 귀속시기가 도래하지 않았다.

    1) OOO는 2010년 2회, 2011년 1회, 총 3회에 걸쳐 외국법인인 OOO가 발행한 주식을 매각하고 그 매각대금을 OOO의 회원은행 중 하나인 청구법인에 배분하였는바, 익금의 확정주의 원칙상 소득을 받을 것으로 예상되는 사실관계의 확정뿐만 아니라 받을 소득의 금액까지도 확정이 되어야 비로소 익금 귀속시기가 도래하는 것이고, 소득을 받을 것으로 충분히 예상된다는 상황만으로 법인세법상 소득이 확정된 것으로 보아 과세할 수 없으므로 2011년 3차분 OOO 주식 950,354주의 매각대금 중 청구법인이 수령한 OOO원의 익금 귀속시기는 OOO가 OOO 주식을 매각하고 청구법인이 이를 실제로 분배받은 2011사업연도로 보아야지 매각이 일어나지도 않은 2010사업연도로 본 이 건 처분은 위법, 부당하다.

    2) 청구법인의 소득으로 인식되는 가액은 OOO가 USD로 표시된 OOO 주식을 매각한 후 환율을 반영하여 결정된 원화기준 전체 매각대금에서 이와 관련하여 발생한 법인제세를 공제한 금액에 당초의 각 회원사의 기여도 및 지분율 곱하여 결정되는 것인바, 이를 산정하기 위해서는 주식을 매각하는 날의 주당 매각단가 및 원화 환율, 분배비율 등이 결정되어야 하는데 청구법인으로서는 2010년말 현재 OOO 주식이 2011년에 얼마에 매각될지, 매각시 환율이 얼마일지, OOO가 처분한 대금에 부과되는 법인세액 등이 어떻게 결정될지 등을 도저히 예상할 수 없었고, 2010년 1차 매각 시의 매각대가 및 환율을 토대로 수익을 인식하여야 한다는 처분청의 의견은 아무 근거가 없다.

   (나) 2010년말 시점에 OOO 주식의 소유권자가 청구법인이라는 처분청의 의견은 아무런 근거가 없다.

   처분청은 2010년말 시점에서 OOO 주식의 소유권자는 실질적으로 2011년에 매각대금을 분배받기로 한 각 회원사라고 주장하나, 처분청이 제시한 사전답변(법규법인 2010-0346, 2011.1.13.)을 보면 OOO가 OOO주식을 취득할 때와 처분할 때 각각 익금과 손금을 인식하여야 한다고 해석하고 있는바, 이는 해당 주식의 소유자가 청구법인이 아닌 OOO임을 확인해 주는 것이므로 본건 과세처분과 모순이고, 만약 OOO가 OOO 주식의 소유자가 아니라면 OOO 주식을 취득하고 처분할 때 OOO는 손익을 인식하여서는 않되며, 2010년말 시점에서 해당 주식의 법적, 경제적 실질 소유자는 청구법인이 아닌 OOO라는 것이 분명하므로 처분청의 의견은 이유 없다.

  (7) 쟁점⑦ 관련

 (가) 외국선주사와 청구법인의 계약은 손해담보계약이다.

   청구법인과 외국선주사 간의 선박건조 선수금 환급보증계약은 OOO 관련 계약서 중 OOO라는 문언에서 보는 바와 같이, ① 외국선주사가 선박을 인도받지 못하고 ② 국내 조선사가 선수금을 환급하지 못한 경우, 청구법인이 해외 선주가 반환받아야 하는 금원을 지급하도록 “보증”하는 내용으로서 국제무역, 국제도급 등 국제거래에서 주로 활용되는 민법상 손해담보계약임을 알 수 있는바, 민법상 손해담보계약을 체결한 경우에는 담보자가 채무자와 독립적으로 채권자에 대하여 그 전보책임을 지게 되는 것(대법원 1994.12.9.선고 93다43873판결)인데, 청구법인이 외국선주사에 지급한 금액은 청구법인이 외국선주사의 손해라는 지급요건이 발생하자 자신의 독자적인 금원 지급의무에 따라 지급한 것이므로 여기에 채권관계의 당사자들 사이에서 일방이 계약위반 내지 채무불이행을 할 경우에 그 당사자가 상대방에게 지급하기로 하는 민법상 위약금이나 채무자가 채무의 내용에 좇은 이행을 하지 아니한 때에 채권자가 청구하는 배상금이 포함되어 있는 것으로 해석할 수 없으므로 처분청이 이를 원천징수 대상 기타소득인 법인세법 제93조 제10호 나목의 위약금이나 배상금으로 전제하여 한 징수처분은 위법, 부당한 처분에 해당한다.

   (나) 외국선주사에 지급된 금액은 실제 손해에 비해 매우 미미한 금액으로서 현실적인 손해를 전보하기 위하여 지급된 금액이다.

   설령, 청구법인을 민법상 보증계약의 채무자로 보아 청구법인이 지급한 금액이 위약금이나 배상금의 성격으로서 외국선주사에게 지급된 것이라 가정하더라도, 법인세법상 국내에서 지급하는 위약금이나 배상금으로서 재산권에 관한 계약의 위약 또는 해약으로 인하여 지급받는 손해배상으로서 그 명목여하에 불구하고 본래의 계약내용이 되는 지급자체에 대한 손해를 넘어 배상받는 금전 또는 기타 물품의 가액을 외국법인의 국내원천소득으로 보고 있고(「법인세법」제93조 제10호 나목, 같은 법 시행령 제132조 제10항), 대법원도 본래 계약의 내용이 되는 지급 자체에 대한 손해를 넘는 가액이 아니라 현실적인 손해를 전보하기 위하여 지급된 손해배상금이 기타소득에 해당할 수 없다는 취지로 판시하고 있으며(대법원 2004.4.9. 선고 2002두3942 판결), 본 사안에서 외국선주사에게 있어 “손해”란 국내 조선사로부터 선박을 인도받지 못하게 된 경우의 재산상태와 국내 조선사로부터 선박을 계약대로 인도받은 경우의 재산상태의 차액을 의미하는 것인데, 청구법인이 외국선주사에 지급한 금원은 외국선주사가 배를 인도받지 못함으로써 실제 발생한 손해에 비하여 매우 미미한 수준으로서 본래 계약의 내용이 되는 지급 자체에 대한 손해를 넘는 가액이 아니라 현실적인 손해를 전보하기 위하여 지급된 것으로 보아야 하고, 계약서에도 청구법인이 지급하는 가액이 외국선주사가 입은 손해의 범위 내라는 점이 명시되어 있으므로 청구법인이 외국선주사에게 지급한 금액은「법인세법 시행령」제132조 제10항의 “지급 자체에 대한 손해를 넘어 배상받는 금전”에 해당하지 않는다.

  (8) 쟁점⑧ 관련

 (가) 청구법인은 기업어음 이자의 원천징수에 관한 위임 및 대리의 계약을 체결하거나 약정을 한 적이 없다.

    1) 「법인세법」상 이자소득 관련 원천징수의무자는 내국법인에게 소득세법상 이자소득금액을 지급하는 자(「법인세법」제73조 제1항)이고, 이자소득금액을 실제 지급하는 자와 명의상 지급자가 다른 경우에는 자금을 실제로 사용․운용하여 이자를 실질적으로 지급하는 자가 된다.

    2) 「법인세법」제73조 제4항에 따르면 본래의 원천징수의무자를 대리하거나 원천징수의무자로부터 위임을 받은 경우 그 대리인 또는 위임받은 자가 수권 또는 위임받은 범위 안에서 원천징수의무자가 되고,「법인세법」제73조 제5항은 금융기관이 내국법인이 발행한 어음이나 채무증서를 인수ㆍ매매ㆍ중개 또는 대리하는 경우에 금융회사 등과 그 내국법인간에 원천징수의무에 대한 대리 또는 위임의 관계가 있는 것으로 의제하고 있는바, 청구법인과 같은 은행들은 어음 또는 수표(이하 “어음”이라 한다) 발행법인과 당좌거래계약 등을 체결하고 어음 발행법인이 발행한 어음이「어음법」에 따라 적법하게 지급제시된 경우 그 액면금을 지급할 의무만을 부담하는 것이며, 그 지급과 관련한 원천징수에 관한 사항은 당좌거래계정약관 어디에도 명시되어 있지 않는 등 어음 발행법인과의 사이에서 당좌거래계정약관 어음 지급이자의 원천징수에 관한 위임 및 대리의 계약을 체결하거나 약정을 한 적이 없으므로 위「법인세법」 규정에 따른 어떠한 원천징수의무를 부담하지 않는다.

    3) 나아가 청구법인은 어음 제시자가 어음을 언제, 얼마에 취득하였는지, 지급액 중 원금이 얼마이고 이자가 얼마인지 확인할 수 있는 권한․의무가 없어 원천적으로 원천징수가 불가능한 바, 청구법인과 같은 은행들이 어음 발행인과 당좌거래계약 등을 체결하였다는 사정만으로 원천징수의무를 부담한다고 볼 수 없다.

    4) 은행이 당좌계약에 따라 당좌계좌에서 어음금을 지급하는 것을 유가증권인 어음 관련 대리행위로 보는 것은 지나치게 형식적인 해석으로서, 가령 A기업이 B기업으로 송금을 은행에 의뢰한 상황에서 송금대상에 이자가 포함된 경우라면 해당 은행이 이를 파악해서 원천징수하여야 한다는 억지논리이므로 근거가 없다.

 (나) 처분청은 가산세 대상 미이행 원천징수액을 입증하지 못하였다.

   청구법인이 원천징수의무자라 하더라도 청구법인에게 원천징수 미이행 가산세를 부과하려면, 처분청은 ① 각 어음 소지자의 어음 취득시기, ② 지급은행이 어음금을 지급하기 이전에 어음소지인으로부터 어음을 제시받은 은행에서 원천징수가 이루어졌는지 여부, ③ 관련 이자소득에 대한 소득자의 선 법인세 또는 소득세 납부 여부 등을 조사하여 청구법인이 미이행한 원천징수액의 크기를 결정․입증하여야 할 책임이 있는바, 이 건 처분시 처분청이 청구법인의 원천징수 미이행 금액으로 포함시킨 내역에는 어음을 제시받은 은행이 어음 매입시 이미 어음 소유자에게 이자소득 원천징수를 이행한 사례들이 있음에도 불구하고 이러한 사정들이 고려되지 아니하였으므로 위법․ 부당하다.

  (9) 쟁점⑨ 관련

  용역의 공급이 없으므로 부가가치세 과세는 부당하다.

   (가) 부가가치세가 과세되기 위해서는 용역의 공급이라는 거래가 있어야 하므로(「부가가치세법」 제1조) 아무런 거래 없이 단순히 금전이 수수되었다는 이유만으로 부가가치세의 과세대상에 포함되는 것은 아닌바, 처분청도 신용카드단말기이용자가 부가통신사업자 대리점으로부터 재화나 용역의 공급 없이 받는 대가(부가가치세과-1774, 2009.12.7.)나 집합건물의 자치관리단이 받는 관리비(재소비46015-90, 2000.2.28.), 부가통신업자가 투자자에게 부여하는 회선사업권과 해지시 공제하는 환매수수료(서삼46015-11238, 2003.8.1.) 등 용역의 공급이 없는 금전수수에 대한 과세는 부적법하다는 입장이므로 아무런 용역의 공급 없이 징수한 본 건 상품권 수수료는 부가가치세 과세대상으로 볼 수 없다.

   (나) 처분청은 청구법인이 판매점에 대하여 이 건 상품권에 관한 대행용역을 공급하였음을 전제로 하여 과세가 적법하다는 의견이나, 청구법인은 판매점에 대하여 이 건 상품권에 관한 대행용역을 제공한 사실이 없고, 실제로 이 건 상품권의 발행권자는 오직 청구법인에 한정되며, 청구법인에 소속된 판매점은 상품권의 발행권한을 직접 보유하거나 청구법인에 상품권 발행 및 판매 등을 위탁할 수 있는 법적 지위에 있지 아니하고, 청구법인과의 사이에 상품권 관련 용역공급에 대한 어떠한 계약상 또는 법률상의 원인도 존재하지 않으므로 이 건 상품권 수수료는 어떠한 용역의 공급에 대한 대가가 아니라 용역의 공급과는 아무런 관계없이 지급된 일종의 사례금에 해당한다.

나. 처분청 의견

  (1) 쟁점① 관련

   (가) 청구법인은 OOO공제사업의 실질적인 역할을 수행하는 공제사업자이고, 회원조합은 대리점역할을 수행하는 것에 불과하다.

    1) 회원조합은 보험사의 핵심적인 업무인 상품개발･자산운용 등 보험사의 실질적인 업무는 전혀 수행하고 있지 아니하고, 공제약관대출 금리는 회원조합이 아닌 청구법인이 결정하고 있으며, 재원은 청구법인으로부터 차입하여 계약자에게 지급하고 있음이 회원조합의 손익계산서에서 확인되고, 회원조합은 계약자가 공제약관대출을 신청하면 청구법인으로부터 자금을 차입하여 대출을 실행하고 있음이 회원조합의 잔액시산표에서 확인되며, 계약자는 청구법인이 개발한 공제상품을 회원조합 영업점을 경유해서 계약한 것에 불과하고, 이는 일반적인 보험대리점이 보험사의 보험상품을 판매하는 경우와 크게 다르지 않는 등 회원조합은 경제적 실질 측면에서 대리점 역할을 수행하고 있는 것에 불과하다.

   (나) 쟁점재공제이익수수료는 재보험 수수료와 본질적으로 다르다.

    1) 청구법인의 공제사업은 수십년 전에 체결한 ‘재공제인수에 관한 기본 계약서’에서 공제상품 판매·인수·관리 등 모든 업무를 청구법인이 정한 방법대로 처리하도록 규정하고 있는 반면, 일반적인 보험회사의 재보험은 상품별 각 개발단계에서 재보험 여부, 재보험율, 재보험조건(재보험이익수수료 등) 등을 검토하여 정하고, 손해보험은 보험사고로 인한 보험금지급 확률이 더 크기 때문에 생명보험보다는 손해보험사에 재보험이 더욱 중요한 역할을 차지하고 있는 반면, 생명공제 판매가 90% 이상을 차지하는 청구법인의 공제사업 규모로 볼 때 일반적인 보험회사의 재보험과 청구법인의 공제사업이 동일한 것으로 볼 수 없다.

    2) 통상 재보험사는 자산운용수익을 제외한 이익 대부분을 원수보험사에게 재보험이익수수료 형태로 환급하여 주고, 재보험료를 수취하여 자산운용을 통한 투자손익은 재보험사 자신의 수익으로 계상하고 있으나, 청구법인은 재보험사와 달리 자산운용수익을 포함한 이익 중 일부를 재공제이익수수료로 산출하고 있으며, 설령 재보험사와 동일한 방식으로 재공제이익수수료를 계산한다 하더라도 청구법인이 회원조합에게 지급할 수 있는 재공제이익수수료는 발생하지 않는다.

   (다) 청구법인은 쟁점재공제이익수수료의 지급이 실질적으로 잉여금 처분에 해당함에도 영업비용으로 계상하였다.

    1) 2005.6.30. 공제사업 감독기준 제정시 계약자 배당준비금 적립방식이 변경(전액 → 일부)되어 경영성과지분이 최초 발생함에 따라, 청구법인은 2005년 9월 잉여금을 회원조합에 지급하기 위해 외부기관에 연구용역을 의뢰, “재공제이익수수료 환급제도 도입 방안”을 직접 마련하여 2005년 12월 공제사업감독기준 및 공제규정을 개정하였는바, 공제사업 감독기준 및 공제규정 개정은 쟁점재공제이익수수료 지급을 위한 명목상 수단에 불과하고, 재공제이익수수료 제도의 도입과 잉여금 처분은 사실상 청구법인이 결정한 것이며, 2006년 제3차 이사회 의사록 내용과 같이 “경영체로서의 역할 확대 차원”에서 과거에는 없었던 재공제이익수수료 제도를 도입하여 회원조합에게 공제사업에서 발생한 이익금 중 일부를 지급한 것이다.

    2) 회원조합·중앙회 영업점 등에서 공제계약 체결 후 공제금이 청구법인에게 유입되면, 책임준비금을 적립하고 유입자금에 따른 운용수익은 청구법인이 향유하고, 배당전잉여금은 투자손익에서 대부분 결정되며, 투자손익은 청구법인에게 귀속되므로 경영성과지분은 청구법인 본인의 이익이다. 따라서, 청구법인의 공제사업 경영성과지분과 관련하여 자산운용수익 등 투자손익은 회원조합에 귀속될 여지가 없고, 청구법인에게 귀속되는 이익이므로 경영성과지분은 청구법인에게 귀속된다.

    3) 통상 결산보고서에 재공제이익수수료 및 이용고배당을 정하여 이사회에 상정하면, 이사회는 이를 가결하고 대의원회에서 동 결산보고서를 확정 후 회계연도 종료일 기준 3월 이내에 회원조합에 지급하는바, 쟁점재공제이익수수료는 이용고배당이 청구법인의 구매·판매·신용사업 등 사업이용분량에 따라 회원조합에 배당금을 지급하는 것과 유사하게, 공제사업에서 발생한 잉여금을 주주인 회원조합에게 처분한 것으로서 청구법인은 공제사업에서 발생한 본인의 이익 중 일부를 재공제이익수수료이라는 명칭을 사용하여 처분하면서 이용고배당과 같이 잉여금으로 분류하지 않고 영업비용으로 계상하였다.

    4) 일반적인 보험회사의 재보험수수료 개념으로 설명한 판매수수료는 사전에 정해진 상품별 판매수수료율에 따라 지급하고 있고, 이는 청구법인이 공제사업을 시작한 이후 현재까지 계속되고 있는 비용이며, 판매수수료 이외에 공제사업 실적이 우수한 회원조합 및 소속직원에 대해서는 포상금 등 추진장려비까지 추가로 지급하였으나, 쟁점재공제이익수수료는 2005년 이전까지 40년 넘게 지급한 사실이 없다가 과거에는 없었던 경영성과지분이 발생하자, 이 중 일부를 결산 결과에 따라 사후적으로 지급을 결정하여 지급한 것이다.

    5) 공제사업 감독기준 제57조 제2호에서 “제1호의 경영성과지분은 법인세비용의 납부재원, 고유목적사업회계로의 이체에 한하여 사용한다.”라고 규정되어 있으나, 공제사업에서 발생한 경영성과지분은 청구법인의 전체 잉여금 중 일부를 구성하여 청구법인이 회원조합에게 지급하는 출자배당의 재원으로 사용되고 있으며, 경영성과지분이 출자배당 등 잉여금 처분으로 사용되는 것은 당연하기 때문에 감독기준에 별도로 규정할 필요가 없는 것이다. 또한, 회원조합은 청구법인으로부터의 쟁점재공제이익수수료 수취와 관련하여 해당금액을 전년도말 미수금으로 계상하지 않고, 출자배당·이용고배당과 같이 실제로 잉여금 처분에 따른 배당금을 수취하는 경우 수익으로 계상하고 있으며, 청구법인의 공제사업이 2012년 3월 OOO으로 분할되면서 청구법인이 회원조합에 어떠한 대가를 지급하는 사실이 없는 등 쟁점재공제이익수수료는 확정된 채권이 아니고, 기존 청구법인의 출자배당 및 이용고배당과 같이 잉여금을 처분한 것이다.

    6) 2005년 재공제이익수수료 제도 도입에 따른 실적을 분석하면, 신계약금액 증가율은 재공제이익수수료 제도를 도입한 2005년 이전에도 최소 마이너스 성장에서 최대 99% 증가하고 있었고, 2005년 이후 신계약금액 증가율은 연도별로 큰 편차를 보이고 있으며, 손해율의 경우에도 2005년 이전에 최소 46.5%에서 최대 134.2%에 이르고 있으나, 2005년 이후 손해율은 오히려 2000년도 손해율보다 높은 수준이며, 손해율에 큰 영향을 미치는 고위험건은 청구법인의 보험분사 심사부서에서 직접 심사 및 지급처리를 하는 등 재공제이익수수료 제도 도입이 매출증대나 손해율 개선으로 연결되었다고 보기는 어려운바, 일반적으로 신계약 증가 및 손해율은 경기상황·영업정책·리스크관리 등 다양한 요인에 기인하고 있는 등 청구법인의 공제사업은 재보험과 본질적으로 다르고, 쟁점재공제이익수수료 또한 재보험이익수수료와 본질적으로 같지 않으며, 「법인세법」 제19조 제2항과 관련하여 지출의 경위와 목적·형태·효과 등을 종합적으로 고려하여 보아도 일반적으로 용인되는 통상적인 비용이라고 보기 어렵다.

  (2) 쟁점② 관련

   (가) (주위적 청구) 차입금과 이자에 대한 변제금액의 충당순서는 ①당사자 사이에 ②충당의 순서에 관한 특별한 약정이 없는 경우 이자를 먼저 변제한 것으로 보아야 하는바, 청구법인이 신용보증기관으로부터 지급받은 이 건 대위변제금원의 지급원인은 주채무자와 신용보증기관 사이에 체결한 신용보증계약으로 상기와 같이 대위변제의 근원이 되는 신용보증계약은 차입금과 이자의 충당 순서에 관한 특별한 약정을 규정하고 있지 아니한 점, 청구법인은 보증계약에 따른 이익 수취자에 불과하여 「법인세법」 등에 규정하고 있는 양 당사자에 해당하지 아니하는 점(대법원 2011.4.28. 선고 2010다106337 판결 참조) 등에 비추어 청구법인은 당사자 간에 차입금과 이자의 변제에 관한 특별한 약정이 없이 차입금과 이자에 해당하는 금액을 일부만 변제받았으므로 이자를 먼저 변제받은 것으로 보아 이를 익금산입함이 적법․타당하다.

   한편, 청구법인은 보증계약의 부종성 등을 이유로 충당 순서 변경에 관한 특별한 약정이 있는 것으로 주장하고 있으나, 보증채무의 부종성이란 “보증채무 이행시점에 보증계약에 따라 정하는 보증채무는 주채무를 한도로 하는 것”으로, 보증계약에 기한 보증채무는 보증채무의 이행일 이전에 발생한 보증채무의 범위에 한정하며 보증채무자가 이행한 시점에 해소되는 것인 바, 보증채무 이행일 이후인 미래시점에 주채무자에게 발생할 이자를 고려하여 보증채무가 과중하다는 것은 부당하게 법리를 해석한 주장인 점, 묵시적인 약정 또는 합의가 있기 위하여는 당사자의 일반적인 지정에 대하여 상대방이 지체 없이 이의를 제기하지 아니하여야 하는 바,(대법원 2009.6.11. 선고 2009다12399판결 등 다수판결 참조) 대위변제금원의 수취자인 청구법인은 지급자인 신용보증기관에 대하여 아무런 의사를 표시하지 않은 채 지급받은 급부를 자체 회계상에 원금에 충당한 사실만으로는 원금부터 변제하기로 한 묵시적인 합의가 존재한 것으로 볼 수 없는 점 등에 비추어 처분청의 과세처분은 정당하다.

   (나) (예비적 청구) 「법인세법」제19조의2 제1항 및 같은 법 시행령 제19조의2 제1항 제12호 가목, 제3항 제2호에서는 ① 금융회사 등의 채권은 금융감독원장으로부터 대손금으로 승인을 받고, ② 손금으로 계상된 경우에 한하여 금융회사 등의 채권의 ‘금액’을 손금에 산입할 수 있도록 규정하고 있고, 판례 역시 대손이 발생하여 회계상 처리한 경우에 한하여 손금으로 산입할 수 있다고 판시하고 있는바(대법원 1992.1.21. 선고 91누1684 판결, 대법원 2003.12.11. 선고 2002두7227 판결 등 참조), 이자부터 충당하여 원금채권 잔액이 증가한 부분에 대하여 금융감독원장으로부터 대손승인을 받은 사실이 없고, 이에 대하여 회계상 손금으로 계상한 사실도 없어 「법인세법」상 대손금의 손금산입 요건을 갖추지 못한 점, 금융기관이 대손인정을 받고자 할 경우 대손인정 신청서 양식에 의하여 금융감독원장에게 대손인정을 신청하도록 규정하고 있는바, 전체 채권 중 일부금액을 특정하여 대손승인 받을 경우에는 나머지 금액에 대하여는 대손승인의 효력이 미치지 아니하고, 청구법인은 임의적으로 신용보증기관으로부터 변제받은 부분을 원금에 먼저 충당된 것으로 하였는바, 결국 청구법인의 귀책사유에 의하여 손금으로 인정되지 않은 것에 불과한 점, 이자부터 충당하여 원금채권 잔액이 증가한 부분에 대하여 대손승인을 받지 못하였다고 하더라도 신고조정에 의한 손금산입이 가능하므로 경정청구를 통한 구제가 가능한 점, 청구법인의 주장대로 쟁점금액에 대한 손금산입이 인정될 경우, 금융기관들이 회계상 계상하지 아니한 채 채권의 극히 일부금액만을 대손금으로 승인받고, 채권의 전체를 손금산입으로 인정받기 위한 시도가 속출하는 등 법인세법의 규정체계 전반에 혼란을 가중시킬 것으로 우려되는 점 등에 비추어 처분청의 과세처분은 정당하다.

  (3) 쟁점③ 관련

   (가) 회원조합에 공과금 수납기를 무상으로 제공한 것은 사실상 고유목적사업을 위한 것이 아니다.

   청구법인이 작성한 조합 공과금수납기 무상공급 계획(안)은 조합원에게 공과금 납부편익을 제공하기 위해 쟁점공과금수납기를 무상공급한 것으로 되어있고, 제16차 임시이사회에서 회원조합에 무상공급을 약속하여 시행한 것으로 되어 있으나 제16차 임시이사회 의사록에 쟁점공과금수납기 무상공급과 관련된 내용은 없는 점으로 보아 청구법인은 회원조합과의 관계를 돈독하게 하기위해 지원한 것으로 밖에 볼 수 없으며, 무상공급 계획(안)의 예산조치 및 쟁점금융리스료 지급회의서를 보면 매년 소요예산을 사업계획에 반영하여 예산배정을 받아 집행처리하는데, 예산편성은 신용회계 판매관리비로 되어 있고, 실제 지출결의도 신용회계의 판매관리비로 처리하여 청구법인은 수익사업회계로 예산편성하고 지출하고 있으며, 세무회계처리 사전검토 내부문서를 보면 “손금 및 접대비 해당여부는 연도말 세무조정시 검토 반영”으로 적시되어 청구법인은 수익사업으로 파악하였다.

   수협의 현금자동인출기 설치비용 무이자 지원사업은 주5일 근무제 전면실시에 따른 고객 등의 금융편의를 제공하고, 영세한 회원조합의 재정부담을 완화시켜주기 위해 행해진 것으로 고유목적사업인 지도사업(비수익사업부문)의 예산부족으로 상호금융사업에서 보조성격의 설치자금을 무이자로 대여한 것이나, 청구법인은 쟁점공과금수납기를 회원조합에 무상공급하려는 계획단계 및 시행중 세무회계 검토단계에서도 고유목적사업으로 보고 시행하지 않았으며, 지역별․조합원수․지역사정 등을 감안하여 지원대상을 확정하는 등 전체 회원조합과의 관계를 원활하게 하기 위해 여러 사항을 감안하여 쟁점공과금수납기를 지원한 것으로 보인다.

   (나) 쟁점공과금수납기 설치로 금고사업에 약간의 도움을 받았다고 해서 수익창출에 직결되는 비용으로 보기 어렵다.

   2008년 9월에 작성된 청구법인의 조합 공과금수납기 무상공급 계획(안)의 목적을 보면 지방자치단체 금고은행 선정과 관련된 내용이 없으므로 회원조합 공과금수납기 무상공급 계획과 지방자치단체 금고사업은 전혀 별개의 사업이고, 지방자치단체 금고지정 평가항목 및 배점기준(100점 기준)상 쟁점공과금수납기 설치와 관련된 항목 및 배점은 지방세입금 수납처리능력 5점, 지방세입금 납부편의 증진방안 5점으로 지방자치단체 금고선정에 결정적인 요인이라고 보기 어렵고, 지방자치단체 금고지정 현황을 제시하지 아니하여 1차～3차에 걸친 쟁점공과금수납기 설치 회원조합․사무소 현황과 비교할 수 없어서 지방자치단체 금고선정에 얼마나 기여했는지 알 수 없으며, 이러한 기여로 얻은 수익에 대한 구체적인 근거자료를 제시하지 아니하였다.

   회원조합을 대신하여 청구법인이 쟁점공과금수납기를 설치해 주었고 일정한 리스기간 이후 소유권이 회원조합에 귀속되므로 공과금 수납기 설치비용 절감효과 및 자산(공과금수납기)을 수증받게 되고, 고객에 서비스 및 편리성을 제공하여 회원조합의 이미지 개선효과 등의 간접적 이익을 얻게 된다.

   (다) 쟁점공과금수납기 무상지원은 독립된 법인체인 청구법인과 회원조합의 일반적인 거래관계에서 공동의 이익을 위한 것이므로 법인세법상 접대비 판단기준에 부합한다.

   쟁점금융리스료 대납은 법인격을 가지고 있는 법인들 간의 일반적인 거래관계에서 발생한 거래로서 청구법인과 회원조합 간의 일반적인 거래관계에서 공동의 이익 증진 및 발전을 위하여 지원해 준 것으로 볼 수 있고, 회원조합과 공동의 이익을 위하여 것이므로 사업관련성이 있으며, 모든 회원조합에 쟁점공과금수납기를 무상지원한 것이 아니라 공과금 수납기 미보유 회원조합(2,179개)에만 지원하였으므로 접대비 판단기준에 부합한다.

  (4) 쟁점④ 관련

   (가) 본 건 이자 감면은 특정고객에게만 접대비를 지출한 것에 해당한다.

    1) 청구법인은 대출금의 조기회수 등을 위한 목적으로 채무자와의 약정을 통하여 이자 채권 등을 감면하여 주고 있는바, 이는 실질적으로 채무자로부터 현금을 수취한 후 다시 채무자에게 동 금액을 지급하는 것과 동일하여 특정 고객에게만 접대비를 지출한 것에 해당하므로 그와 같이 채권의 일부 또는 전부를 포기하는 경우에도 대손금으로 보지 아니하고 기부금 또는 접대비로 보아야 하는 이상 본건 과세처분은 적법, 타당하다.

    2) 이자 감면의 객관적으로 정당한 사유, 즉 채무자의 상태가 확정적으로 채무 불이행 상태가 있는 때에는 정당한 감면으로 인정받을 수 있을 것이나, 그와 같이 객관적으로 정당한 사유는 채무자의 상태가 확정적으로 채무 불이행 상태, 즉 개인회생 인가, 파산 등에 이르렀을 때에 한정되는 것인데, 청구법인의 대출금액에 대한 이자 중 임의포기 하거나 감면한 대상자는 채무자의 개인회생 인가 및 파산 등의 객관적으로 정당한 사유가 발생한 것이 아니므로, 본건 과세처분은 적법, 타당하다.

    3) 청구법인은 청구법인의 내부결재 과정을 통하여 이자감면이 이루어졌기 때문에 정당한 감면이라고 주장하나, 그렇다 하더라도 채무자의 재산조사표 등을 작성하여 향후 상환불능 등이 예상되면 채권의 조기회수를 위해서 이자감면을 승인하고 있는 실정이어서 이는 확정적으로 채무자가 상환불능 상태에 이르렀다고 볼 수 없다.

    4) 한편, 청구법인은 고객과의 관계 개선의 목적이 있었다면 상식적으로 건전하고 우량한 고객의 이자를 면제해 주었을 것이지 본건과 같이 이자면제 등을 통해 관계의 개선을 시도하지 않는다고 주장하나, 이미 청구법인은 건전하고 우량한 고객을 유치하기 위해서 대출이자율을 우대해주는 방법으로 영업을 하고 있는 이상, 이자 감면의 정당성을 다투고 있는 본건과 전혀 관련이 없다.

   (나) 청구법인의 이자채권은 기간의 경과에 따라 권리가 확정된 것이다.

    1) 청구법인은 아직 감면 대상이 된 이자를 수령한 적이 없기 때문에 당연히 이자 수익의 인식시기가 도래하지 않은 것이고, 따라서 아직 발생하지도 않은 이자수익의 면제는 접대비가 될 수 없다고 주장하나, 청구법인의 이자채권은 이자를 산정하기로 한 기간이 경과되면 채무자에게 이자를 청구할 수 있는 권리가 성숙, 확정 되는 것이고, 금융기관이 현금주의 적용으로 인해 익금으로 계상하지 아니한 미수이자를 정당한 사유 없이 포기한 경우에는 그 포기한 금액을 채권의 포기가 확정된 사업연도의 익금에 산입함과 동시에 동 금액을 접대비 또는 기부금으로 보아 시부인 계산하는 것이므로(법인46012-802, 2000.3.28.), 현금주의에 따라 이자수익의 인식시기가 아직 도래하지 않았고 이자수익도 발생하지도 않아 접대비로 볼 수 없다는 청구법인의 주장은 이유가 없다.

  (5) 쟁점⑤ 관련

   (가) 청구법인은 자산인 개발비로 회계처리하여야 할 비용을 당기 비용으로 인식한 것이다.

   청구법인이 쟁점인건비를 사용하여 개발한 쟁점시스템은 외부 SI업체와 청구법인의 전담인력이 공동으로 개발한 것인데, 청구법인이 외부업체에 제공한 외주비용은 자산으로 인식하여 5년간 감가상각하는 것으로 처리하였음에도 불구하고 전담직원 인건비는 자체 인건비로 다르게 처리하였는바, 이는 같은 것을 다르게 처리한 불합리한 비용인식이므로 쟁점인건비도 자산으로 인식하여 즉시상각의제한 처분청의 본건 과세처분은 적법하다.

    1) 기업회계기준서 제3호 용어의 정의상 쟁점시스템 개발착수는 개발에 해당되는 활동에 해당한다.

       기업회계기준서 용어의 정의에서 (다)“연구”는 새로운 과학적 또는 기술적 지식을 얻기 위해 수행하는 독창적이고 계획적인 탐구활동을 말하고 (라)“개발”은 상업적인 생산 또는 사용 전에 연구결과나 관련 지식을 새롭거나 현저히 개량된 재료, 장치, 제품, 공정, 시스템 및 용역의 생산을 위한 계획이나 설계에 적용하는 활동이라고 규정하고 있고, 청구법인은 2006.8월 및 2009.12월 구체적인 시스템 구축 추진(안)을 만들어 시스템 개발을 위한 계획이나 설계에 적용하는 활동을 시작하였으므로 시스템 개발시점은 개발단계에 해당한다.

       기업회계기준서 제3호 문단41에서 개발단계에서 발생한 지출은 조건충족시 무형자산으로 인식하도록 규정되어 있으므로 개발단계에서 외부공급업자가 제공한 장치 및 시스템에 대한 대체안을 제안, 평가하는 활동을 하는 내부직원 인건비는 개발비 자산으로 계상해야 한다.

    2) 쟁점시스템 개발시점은 기업회계기준서 제3호 문단41에서 규정한 조건을 모두 충족하고 있어 개발단계에 해당한다.

       청구법인은 시스템을 사용하기 위해 개발하고 있고(기업의 의도), 시스템 개발이 가능한 외주업체를 선정하여 계약을 체결하여 개발에 착수하였으며(기술적 실현가능성), 완성된 무형자산을 사용할 수 있는 능력이 있으며(기업의 능력), 시스템 구축 추진(안)에서 제시한 것과 같이 양질의 종합금융서비스를 고객과 사용자에게 제공하여 사업경쟁력을 강화하기 위해 시스템을 개발하며(미래 경제적 효익 창출), 추진(안)에 보면 개발조직,구축 소요예산 및 예산조치를 편성(기술적, 금전적 자원 확보가능성)하였고, 개발단계에서 발생한 시스템 개발비용을 신뢰성있게 측정할 수 있으므로 문단41에서 규정한 모든 조건을 충족하고,문단43 개발단계에 속하는 활동의 일반적인 예를 보면 쟁점시스템은 (라)새롭거나 개선된 재료, 장치, 제품, 공정, 시스템 및 용역 등에 대하여 최종적으로 선정된 안을 설계, 제작 및 시험하는 활동에 해당하므로 연구단계와 개발단계로 구분할 수 없는 경우에 해당하지 않고, 문단47을 보면 내부적으로 창출된 무형자산의 취득원가는 그 자산의 창출, 제조, 사용준비에 직접 관련된 지출과 합리적으로 일관성있게 배분된 간접 지출을 포함하도록 규정되었으며, 취득원가에 포함되는 항목의 예를 보면 무형자산의 창출에 직접 종사한 인원에 대한 인건비 및 연구소장 또는 연구지원실 관리직원의 인건비 등 간접비도 포함하고 있으므로 쟁점인건비는 무형자산의 취득원가에 포함되어야 한다.

       따라서 쟁점시스템 개발은 무형자산으로 인식할 수 있는 개발단계에 속하고, 무형자산으로 인식할 수는 요건을 모두 충족하며, 쟁점인건비는 무형자산 취득원가에 포함되어야 한다.

   (나) 청구법인은 쟁점인건비를 결산상 무형자산(개발비)로 처리하지 아니한 이상 법인세법 시행령 제24조 제1항 제2호 바목 후단에 따라 세무상 감가상각 대상자산으로도 처리할 수 없다고 주장하나, 법인세법이 법인이 개발비로 계상하지 아니한 금액은 그 지급이 확정된 사업연도의 손금에 산입한다고 규정한 취지는 법인이 회계기준을 적정하게 반영하여 회계처리한 것을 존중한다는 것이지 회계기준을 잘못 적용하여 회계처리한 것까지 인정하겠다는 것은 아니므로, 청구법인이 외주비용은 자산으로 인식하여 5년간 감가상각하는 것으로 처리하였음에도 전담직원의 인건비는 자체인건비로 달리 처리한 것은 비합리적인 비용인식으로서 본 건 과세처분은 정당하다.

  (6) 쟁점⑥ 관련

  청구법인은 OOO 주식의 실질적인 소유권자로서 2010년말 현재 OOO 주식의 가치를 익금으로 인식하여야 한다.

   (가) 청구법인은 OOO의 주주이자 회원사로서 소유권과 분배청구권을 동시에 가지고 있으며, 1차 매각대금 분배에 대한 OOO의 중재판결로서 배분기준이 확정되고 OOO 주식의 주가 및 환율이 공시됨으로써 배분금액이 객관적으로 측정가능하며, 그 실현가능성이 현저하게 높기 때문에 중재판결일이 속하는 사업연도에 수익을 인식하는 것이 법인세법상 수익인식기준인 권리확정주의에 부합한다.

   (나) 청구법인은 OOO 주식을 직접적으로 소유하고 있지 않고, 주식매각대금에 대한 분배청구권을 보유하고 있을 뿐이므로 소유권자의 지위에서 과세될 수 없다고 주장하나, OOO의 중재결정에서 확인된 바와 같이 청구법인은 OOO 지분 4.95%를 소유한 주주이자 회원사로서 OOO가 수증받은 OOO 주식에 대한 직접적인 소유권은 없으나, OOO의 주주 및 회원사로서의 권리가 존재하며, OOO가 OOO 주식 처분대금에 대해 배분할 것을 결정하고 주주 및 회원사들도 이를 승낙하였으므로 OOO 주식 배분금액에 대한 권리 또는 수익을 인식할 수 있는 권리가 발생하였다는 점에서 소유권과 분배청구권을 동시에 갖고 있는 것이어서 청구주장은 이유 없다.

   (다) 청구법인은 1차 매각금액 배분을 위한 중재판결 당시의 OOO주식의 주가 및 환율을 근거로 산정한 금액은 추정치에 불과하므로 해당 주식이 실제로 처분되어 배분받을 금액이 확정되어야 비로소 수익을 인식할 수 있다고 주장하나, 권리확정주의는 소득의 원인이 되는 권리의 확정시기와 소득의 실현시기와의 사이에 시간적 간격이 있는 경우에 과세상 소득이 실현된 때가 아닌 권리가 발생한 때를 기준으로 하여 그 때 소득이 있는 것으로 보아 해당연도의 소득을 산정하는 것이므로, 권리확정시점인 중재판결일과 소득의 실현시점인 주식 처분 후 배분금액 확정일 간의 시간적 간격이 있고, 주식매각금액 배분가능성은 거의 확실하며, 주식매각배분금액을 객관적으로 추정하는 것이 가능하므로 청구법인이 OOO의 결정에 승낙한 시점에 OOO 주식 배분금액에 대한 권리가 발생한 것으로 보아야 한다.

   (라) 청구법인은 2010년 말에 OOO 주식의 매각대금은 알 수 없었고, 2010년 6월의 중재판결은 1차 매각대금 분배에 관한 것으로서 3차 매각대금 분배비율은 불확실하다고 주장하나, OOO 주식의 매각대금은 확인할 수 없다 하더라도 그 주가는 항상 공시되어 왔기 때문에 권리가 확정된 시점에서의 주식가액은 객관적으로 측정할 수 있고, 중재판결로써 1차 주식매각대금의 분배기준이 확정된 이상 OOO사의 주주이자 회원사인 청구법인에 대하여 모든 사항이 동일한 경우이므로 청구주장은 이유가 없다.

  (7) 쟁점⑦ 관련

   (가) 청구법인이 외국선주사에 지급한 금원은 지연이자이다.

    1) 청구법인이 외국선주사에게 지급한 환급보증 대지급금에 포함된 지연이자는 국내 조선사가 국외 선주사로부터 수령한 본래의 선수금과 별도로 계산된 지연이자로서 법인세법 제93조 제10호 및 법인세법 시행령 제132조 제10항 등 관련 법령에서 국내원천소득으로 보도록 규정하고 있으므로 청구주장은 이유가 없다.

    2) 청구법인은 쟁점지급액이 지급 자체에 대한 손해를 넘어 배상받은 금전에 해당하지 않는다고 주장하나, 그 근거로 제시한 판례(대법원 2004.4.9. 선고 2002두3942 판결)는 원고들이 최초의 손해액이라 주장하는 금액 전체를 피고가 부인하고 원고들이 수령한 금액 모두를 기타소득으로 과세했던 사례로서 이 건과 사실관계가 다르다.

    3) 청구법인은 선수금 환급보증계약이 일반적인 보증채무가 갖는 부종성을 가지고 있지 않고 독립적인 지위에서 변제한 것이므로 쟁점지급액은 위약금에 해당하지 않는다고 주장하나, 선수금 환급보증계약 또한 지급보증계약의 일종으로서 청구법인은 외국선주사에 선수금을 대위변제하고 국내 조선사에 구상권을 행사하고 있으므로 이 건 계약은 민법상 보증계약과 차이가 없고 이를 손해담보계약으로 보더라도 주채무자와 독립하여 원리금 상환의 보증책임을 부담하는 자가 실제 이자를 지급한 경우 주채무자가 아닌 보증인에게 원천징수의무가 있는 것(대법원 2009.3.12. 선고 2006두7904 판결)이므로 청구주장은 이유가 없다.

   (나) 위약금이 아니라고 하더라도 기타소득에 해당한다.

   청구법인이 지급한 금원이 위약금이 아니라고 하더라도 계약의 법률관계와 상관없이 외국법인에 대하여 국내원천소득을 지급하는 자는 모두 원천징수의무자가 되는 것이므로 이 건 처분은 적법하다.

  (8) 쟁점⑧ 관련

   (가) 기업어음 할인액에 대한 원천징수의무자는 어음의 제시인에게 이자소득이 포함된 어음금액을 지급한 청구법인이다.

    1) 이자소득의 원천징수의무자는 이자소득을 지급하는 자이고(법인세법 제73조 제1항), 법인세법 제73조 제5항은 금융기관이 어음의 발행법인과 위임, 대리 관계가 있는 것으로 의제하여 원천징수할 것을 정하고 있으므로 쟁점 기업어음 할인액에 대한 원천징수의무자는 어음의 제시인에게 이자소득이 포함된 어음금액을 지급한 청구법인이다.

    2) 청구법인은 기업어음에 관한 당좌거래계약 등에 원천징수에 관한 업무위탁의 내용이 명시되지 않아 원천징수의무가 없다고 주장하나, 청구법인들이 제출한 “입출금이 자유로운 예금약관” 제6조 제1항에서는 “거래처에서 지급위탁받아 그 제시인에게 지급한다”라고 명시되어 있어, 청구법인은 법인세법 제73조 제5항에 따라 쟁점기업어음의 발행법인과 위임, 대리 관계에 있는 것이 분명하다.

    3) 청구법인은 지급은행으로서의 역할만 할 뿐 원천징수를 하기 위한 정보를 획득할 권한 및 의무가 없다고 주장하나, 청구법인이 원천징수에 대한 충분한 노력과 주의를 기울였다면, 어음제시자의 취득가액 및 취득시기, 기 원천징수여부, 기업어음의 할인액 등의 정보는 충분히 획득할 수 있었던 것이므로 위와 같은 주장은 이유가 없다.

   (나) 청구법인은 가산세 대상 미이행 원천징수액을 소명하지 못하였다.

   청구법인은 처분청이 어음소지자의 어음 취득시기, 기 원천징수 여부 등 미이행원천징수액에 대한 아무런 조사 없이 원천세납부불성실 가산세와 지급명세서불성실 가산세를 부과한 것은 부당하다고 주장하나, 처분청은 사전조사로 획득한 쟁점기업어음의 미이행 원천징수 내역에 대하여 3개월의 충분한 소명기회를 부여하였음에도 청구법인은 원천징수의무자가 아니라는 주장만을 반복하였을 뿐이므로 별도의 소명자료를 제출하지 아니하였다.

  (9) 쟁점⑨ 관련

청구법인이 제공한 용역이 존재하므로 부가가치세 과세는 정당하다.

   (가) 청구법인의 영업구조는 청구법인이 농촌사랑 상품권을 발행하고 소비자가 조합 및 OOO계열 판매점에서 이 상품권을 제시하여 상품을 구매하면 해당 조합 등이 청구법인의 영업점에 상품권을 제시하여 그 지급을 청구하고 청구법인이 1.85%의 상품권 수수료를 공제한 나머지를 조합 등에 지급하는 영업구조를 가지고 있는바, 가맹점 등이 상품권 발행자에게 지급하는 수수료는 상품권 발행자의 상품권 발행수익으로서「부가가치세법 시행령」제40조 제4항에 따라 부가가치세 과세대상이다.

   (나) 상품권의 발행권한이 청구법인에게 있고 판매점은 발행권한을 보유하지 않으므로 판매점이 청구법인에게 쟁점상품권 발행 및 판매 등을 위탁할 수 없는 법적 지위가 없어 청구법인과 판매점 사이에는 용역의 공급에 대한 어떠한 계약상 법률상의 원인이 존재하지 않으므로 부가가치세 과세대상 거래가 존재하지 않는다는 청구주장은 기존 행정소송에서의 청구이유와 같은바, 서울고등법원은 쟁점수수료의 성격을 부가가치세 부과대상인 상품권에 관한 대행용역의 대가로 볼 수 있으므로 과세관청의 처분이 적법하다고 판결한 바 있다.

 3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

  ① 쟁점재공제이익수수료가 사실상 잉여금의 처분을 손비로 계상한 금액에 해당하는지 여부

  ②-1(주위적 청구)쟁점대위변제금이 이자가 아닌 원금부터 충당된 것으로 볼 수 있는지 여부

  ②-2(예비적 청구)쟁점대위변제금으로 추가되는 세무상 유보채권에 대해 당초 원금채권을 금융감독원으로부터 대손 승인받은 날이 속하는 사업연도에 손금산입할 수 있는지 여부

  ③ 회원조합에 쟁점공과금 수납기를 설치해 주고 쟁점금융리스료를 대납한 것에 대하여 접대비로 보아 과세한 처분의 당부

  ④ 이자의 상환이 불가능해진 채무자들의 이자를 감면한 것이 접대비에 해당하는지 여부

  ⑤ 쟁점시스템 개발시 투입한 청구법인 임직원의 쟁점인건비가 무형자산(개발비)에 해당하는 지 여부

  ⑥ OOO 주식 매각대금과 관련한 소득의 귀속시기를 언제로 보아야 하는지

  ⑦ 청구법인과 외국 선주사 간의 계약에 의하여 대금 지급 시 원금을 초과하여 지급한 금액이 기타소득으로서 원천징수의 대상이 되는지 여부

  ⑧ 기업어음 이자소득 원천징수 대상 여부

  ⑨ 상품권 수수료의 부가가치세 과세 대상 해당 여부

나. 관련 법령 등 : <별지1> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점①에 대하여 살펴본다.

   (가) 청구법인은 직접 계약자들과 공제계약을 체결하거나 회원조합들이 계약자들과 체결한 공제계약(이하 “원수공제계약”이라 한다)을 「재공제인수에 관한 기본 계약서」에 따라 회원조합이 부담하는 공제책임의 전부를 100% 인수(재공제)하고, 투자 등에 운용하여 그 수익을 2005.6.30. 이전 까지는 계약자 배당준비금과 고유목적사업에 전입하여 오다가, 2005.6.30. 농림부가 제정 고시한「농업협동조합공제사업감독기준」에 따라 발생한 경영성과지분의 일부를 재공제이익수수료라는 명칭으로 원수공제계약자인 회원조합에게 배분한 후 영업비용으로 계상하였으나, 처분청은 청구법인이 2005사업연도부터 2011사업연도까지 공제사업에서 발생한 경영성과 중 OOO원을 회원사에 배분하고 계상한 재공제이익수수료는 공제사업의 결산 결과로 발생한 이익잉여금을 처분한 것에 해당하므로 그 금액 중 OOO원)을 손금불산입하였다.

   <표2> 재공제이익수수료(영업비용) 계상 현황

(단위 : 백만원)

   (나) 청구법인은 쟁점재공제이익수수료는 관련 규정에 따라 지급되는 정당한 사업관련 비용이라고 주장하며 제출한 자료에는 다음과 같은 내용이 나타난다.

    1) 잉여금 배분처리 흐름도(2008사업연도, 2013.8.7. 계리부 작성)

    2) 「농업협동조합 공제사업 감독기준」제57조 및 제57조의2에 따른 재공제이익수수료 계산구조

 가) 계약자배당준비금적립전잉여금(책임준비금 적립후 잔여액)을 유･무배당 및 자본계정운용손익으로 구분

   제이익×10% 이하

   다) 계약자 지분 = 유배당공제이익 중 경영성과지분을 제외한 잔여금액

   라) 재공제이익수수료 = (무배당 공제손익+유배당 공제손익×10%)×재공제 지분율×재공제이익 수수료율

    ① 재공제지분율 : 위험공제료, 예정사업비 및 책임준비금 각각에서 재공제가 차지하는 비율을 평균하여 산출

    ② 재공제이익 수수료율 : 기본지급률(0%～50%)에 공제사업손해율의 증감비율을 반영하여 산출

    3) OOO이 작성한 OOO 공제사업 재공제이익수수료 환급제도 도입방안(2005년 9월, 연구용역보고서)의 내용에는 아래 <표3>과 같은 내용이 나타난다.

    <표3> 이익수수료 환급제도 비교

    4)금융감독원 보도자료(보험회사의 재공제사업 운용기준 마련․시행, 2002.12.10.)에는 보험회사간 회계처리의 통일성 및 비교가능성을 제고하고, 과도한 사업비 지출 및 부실계약 인수가능성을 방지하기 위하여 회계처리 기준 등 재공제사업과 관련한 세부 운용기준을 마련․시행하였는바, 재공제사업 영위 가능회사는「보험업법」제9조에 따라 사전에 금융감독위원회로부터 재공제사업허가를 받은 보험회사, 재공제사업 회계처리는 재보험 회계처리 방식을 준용, 재공제 인수 기준은 재공제요율 및 수수료 등 유사한 보험종목의 계약조건에 준하여 합리적인 수준으로 결정, 재공제 계약과 관련하여 재공제수수료 및 재공제이익수수료 등 재보험 계약에 준한 사업비외에 신계약비 및 수금비 등 모집과 관련한 사업비 계상은 불가하다는 내용 등이 나타난다.

    5) 장기손해공제 재보험 특약서(2012.1.1. 시행)에는 청구법인과 OOO 주식회사(이하 OOO라 한다)간 체결된 재보험계약으로 청구법인이 인수한 공제계약에 대하여 특약한도내에서 재보험 출재율(운전자 20%, 상해 30%, 화재 30%)에 해당하는 보험금액을 OOO가 인수하고, OOO는 당해 연도에 출재되는 위험보험료에 대하여 다음의 방법으로 계산한 당년도 이익수수료 대상 수지차에 대하여 이익수수료율 적용표에 따라 이익수수료를 청구법인에게 지급하여야 한다는 내용 등이 나타난다.

   (다) 처분청은 쟁점재공제이익수수료는 실질적으로 잉여금의 처분에 해당한다며 제출한 증빙에는 다음과 같은 내용이 나타난다.

    1) 청구법인이 세무조사 당시 처분청에 제출한 농협보험사업의 이해자료에는 ‘회원조합은 위험보유․책임준비금 적립 등 공제사업자로서의 필수적 역할을 독자적으로 수행할 수 없었기 때문에 모든 공제계약을 중앙회에 재공제하였고, 재공제를 통해 공제계약 관련 자산과 부채는 모두 중앙회로 이전되어 중앙회가 모든 RISK․자산운용 책임을 부담하는 등 회원조합은 법률상 원수공제사업자 지위에 있었지만 이는 협동조합 조직의 특수성때문이며, 실질적인 공제사업자의 역할은 중앙회가 수행하였다’는 내용 등이 나타난다.

    2) OOO공제사업감독기준 일부 개정안(2005.12.15.)에는 공제사업 손익 중 경영성과지분에 대하여 고유목적사업회계로 이체하여 농협법 등 내․외부 규정과 공제사업 감독기준의 손익처리방법 불일치를 해소하고, 재공제에 따른 이익의 일부를 조합에 환원함으로써 공제사업 전체의 손해율 개선 및 공제사업 활성화를 도모하는 것을 주요골자로 하며, 재공제이익수수료에 대한 조항을 신설한 것으로 나타나고, 재공제이익수수료란 중앙회가 제3조 제3항의 규정에 따라 회원인 조합으로부터 재공제를 인수하여 얻게 되는 이익금의 일부를 매 공제사업 결산기에 환급해 주는 것으로 정의되어 있다.

    3) 청구법인의 2006년도 제3차 이사회 의사록(2006.2.22.)에는 농협공제사업은 사업을 시작한 이후 2004년도까지 45년 동안 수익금 전액을 계약자 배당을 위한 준비금과 공제복지사업준비금 등 배당형태로 환급해 왔었으나, 공제사업 본연의 목적인 농업인 삶의 질 향상뿐만 아니라 경영체로서의 역할확대방안을 모색하여 오던 중 금감원장과 농림부장관이 합의하여 제정․시행한 공제사업감독기준에 따라 공제사업에서 발생한 이익금 중 일부를 경영자성과지분과 재공제이익수수료로 회원조합에 환급하는 제도가 도입되었다는 내용 등이 나타난다.

    4) 재공제인수에 관한 기본계약서에는 청구법인과 회원조합간 공제인수에 대한 내용으로 재공제계약의 공제책임, 공제규정, 회원조합이 원수계약 체결시 필요한 공제약관 및 공제증권 등 모든 서식 등을 청구법인이 정한 방법으로 처리해야 하는 것으로 규정되어 있다.

   (라) 청구법인이 회원조합에 지급하는 이용고배당과 관련하여 다음과 같은 규정이 있다.

    1) 농협법제68조 제3항 제1호․제2호 및 제161조는 잉여금은 정관이 정하는 바에 따라 조합원의 사업이용실적에 대한 배당, 정관으로 정하는 비율의 한도 이내에서 납입출자액에 대한 배당의 순서대로 배당하여야 하는 것으로 규정하고 있다.

    2) 청구법인의 정관 중 관련 규정

    3) 「회원조합지도지원규정」제13조(사업이용고배당)는 회원별 사업이용고배당은 제11조의 규정에 의하여 결정된 사업이용고배당액을 회원의 사업이용량에 비례하여 산정하고, 사업이용고배당 대상사업, 사업별 배분비율 및 계산기준은 이사회가 정하는 바에 의한다고 규정하고 있다.

   (마) 처분청은 쟁점재공제이익수수료는 잉여금의 처분에 해당한다는 의견이고, 청구법인은 비용으로서 미지급부채에 해당한다는 주장인바, 잉여금, 비용 및 부채 등에 대한 관련 규정 등은 다음과 같다.

    1) 잉여금에 대하여 기업회계기준 및 「법인세법」상 별도의 내용이 나타나지 아니하고, 「상법」은 2011년 이전에는 규정되어 있지 아니하다가 유한책임회사에 대하여 2011.5.23. 법률 제10696호로 개정된「상법」제287조의37(잉여금의 분배) 제1항에서 ‘유한책임회사는 대차대조표상의 순자산액으로부터 자본금의 액을 뺀 액(이하 이 조에서 "잉여금"이라 한다)을 한도로 하여 잉여금을 분배할 수 있다.’라고 규정하였으며, 법원은 기업회계에서 잉여금이란 일정 시점에서의 자기자본(순자산)에서 자본금을 초과하는 부분을 의미하는 것으로 판시(서울행정법원 2006.10.31. 선고, 2004구합36540 판결)하였는바, 기업회계상 잉여금은 순자산가액이 자본금을 초과하는 부분으로서 자본거래에서 발생한 자본잉여금(자본준비금, 재평가적립금 등)과 영업활동 등 손익거래에서 발생된 이익에서 법인세 등을 부담하고 남은 잔액의 누적분인 이익잉여금으로 구분되고, 이익잉여금은 주주총회(또는 사원총회)의 결의(중간배당의 경우 이사회의 결의)에 의하여 상법상 이익준비금 등 법정적립금을 적립하여야 하며, 남아있는 잉여금은 임의적립금의 적립 및 현금 또는 주식으로 배당할 수 있다할 것이다.

    2) 재무회계개념체계(2003.12.4. OOO)상 부채 및 비용의 개념은 다음과 같다.

    3) 「법인세법」제19조 제1항은 손금에 대하여 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고, 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로서 「법인세법」및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 규정하고 있다.

   (바) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점재공제이익수수료가 관련 규정에 따라 지급되는 정당한 사업관련 비용이라고 주장하나, 농협보험의 이해자료(세무조사 설명자료)를 보면 회원조합은 법률상 원수공제사업자 지위에 있었지만 실질적인 공제사업자의 역할은 청구법인이 수행하였다는 내용 등이 나타나고, 청구법인과 회원조합간 재공제인수에 관한 기본계약서를 보면, 재공제계약의 공제책임, 공제규정, 회원조합이 원수계약 체결시 필요한 공제약관 및 공제증권 등 모든 서식 등을 청구법인이 정한 방법으로 처리해야하는 것으로 되어 있는 등 회원조합은 경제적 실질 측면에서 대리점 역할을 수행하고 있는 것으로 볼 수 있는 점, 쟁점재공제이익수수료는 경영성과지분(무배당공제손익+자본계정운용손익+유배당공제이익×10% 이하)에서 자본계정운용수익을 제외한 금액에 재공제 지분율 및 재공제이익 수수료율을 곱하여 산정하므로 그 원천이 경영성과지분이라 할 수 있고, 경영성과지분은 공제사업 감독기준 제57조에 따라 계약자배당준비금 적립 전 잉여금에서 계산하는바, 동 조문의 제목은 계약자배당준비금 적립 전 잉여금의 처리이고, 세무조사 당시 제시된 잉여금 배분처리 흐름도를 보면 배당전 잉여금은 자본계정손익, 유배당, 무배당, 계약자지분으로 구성되어 있는 등 경영성과지분은 잉여금으로 볼 수 있는 점, 공제사업 감독기준 개정안(농림부 장관, 2005.12.15.)을 보면, 재공제에 따른 이익의 일부를 조합에 환원함으로써 공제사업 전체의 손해율 개선 및 공제사업 활성화 도모(제57조의2 재공제이익수수료 신설) 등의 내용이 나타나고, 2006년도 제3차 이사회 의사록을 보면, 농협공제사업은 45년간 수익금 전액을 계약자 배당을 위한 준비금과 공제복지사업준비금 등 배당형태로 환급해 왔었으나, 농업인 삶의 질 향상 및 경영체로서의 역할확대를 위해 공제사업감독기준에 따라 공제사업에서 발생한 이익금 중 일부를 경영자성과지분과 재공제이익수수료로 회원조합에 환급하는 제도가 도입되었다는 내용 등이 나타나는바, 과거에는 없었던 재공제이익수수료 제도를 도입하여 회원조합에게 공제사업에서 발생한 이익금 중 일부를 지급한 것으로 볼 수 있고, 회원조합들은 청구법인에게 출자하였으므로 청구법인에게 출자한 회원조합에게 이익금 중 일부를 지급한 것으로서 실질적으로는 배당 또는 이익의 처분으로 볼 수 있는 점 등에 비추어 청구법인이 회원조합에 지급한 쟁점재공제이익수수료는「법인세법」상 일반적으로 용인되는 통상적인 비용인 손금이라기 보다는 잉여금의 처분으로 봄이 타당하다고 판단된다.

  (2) 쟁점②에 대하여 살펴본다.

   (가) 청구법인이 보증기관으로부터 대위변제받은 금액, 쟁점대위변제금의 내역 등은 아래 <표4>와 같다.

   <표4> 쟁점대위변제금 내역 등

(단위 : 원)

   (나) 대출거래 약정서에는 채무자가 청구법인에 대한 채무의 이행을 지체한 경우 아래와 같이 지연배상금을 지급하여야 하는 것으로 나타난다.

   (다) 신용보증기금이 제공하는 대출보증 등에 적용되는 신용보증약관 제18조(보증채무 이행범위) 제1항은 보증채무의 이행범위인 원금과 이자의 대위변제 범위에 대하여 아래와 같이 규정하고 있는바, 보증채무이행금의 충당순서에 대하여는 규정하고 있지 아니한 것으로 나타난다.

   (라) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저 주위적청구에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점대위변제금을 채무자와 청구법인 사이에 체결된 금전소비대차계약과 동일하게 원금, 이자의 순서로 충당하여야 한다고 주장하나, 신용보증기금약관 제18조에서는 보증기관이 청구법인에게 지급하여야 할 보증채무의 이행범위에 대하여 규정하고 있을 뿐 청구법인이 보증기관으로부터 지급받은 보증채무이행금의 충당순서에 관하여 규정하고 있지 아니하고, 은행여신거래에 대한 대출거래약정 내용이 대출계약의 당사자가 아닌 보증인에 불과한 보증기관에도 적용된다고 보기 어려운 점 등에 비추어, 쟁점대위변제금의 충당순서에 관한 특별한 약정이 없다고 보아「법인세법 시행규칙」제56조를 적용하여 법인세 및 교육세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2014구4380, 2015.2.25. 같은 뜻임).

   다음으로 예비적청구에 대하여 살피건대, 회계상 채권에 대한 대손은 인정하면서 해당 유보의 추인을 통한 대손을 부인한다면 같은 채무자의 동일한 채권에 대하여 세무상 대손금의 해당 여부를 구분해야 하는 모순이 발생하는바, 청구법인이 당초 원금, 이자순으로 충당된 것으로 계상한 쟁점대위변제금에 대하여 처분청이 이자, 원금 순으로 충당된 것으로 변경함에 따라 발생한 잔여 원금채권증가(세무상 순유보채권)분에 대해서도 동일한 기준을 적용하여야 할 것으로 보이는 점 등에 비추어 쟁점대위변제금이 원금이 아닌 이자수익부터 먼저 충당된 것으로 경정함에 따라 발생한 원금채권 증가액은 이후 사업연도에 해당 채권에 대한 금융감독원장의 대손승인을 받은 날이 속하는 각 사업연도의 손금으로 보아 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

  (3) 쟁점③에 대하여 살펴본다.

   (가) 청구법인은 <표5>와 같이 2009년 3월부터 2011년 9월까지 3차에 걸쳐 일부 회원조합에 공과금 수납기 1,864대의 설치를 지원하고, 이에 대한 2009～2011사업연도의 금융리스료 OOO원을 대납한 것으로 나타난다.

    <표5> 금융리스료 대납 내역

                     (단위 : 천원)

   (나) 조합 공과금수납기 무상공급 계획(안)은 2008년 9월 기업마케팅부에서 작성한 것으로, 그 목적은 조합원에게 공과금 납부 편익을 제공하고 조합과 본회 간 공동이익 증진과 발전을 위하여 본회에서 공과금 수납기를 조합에 무상공급(2007년 11월 제16차 임시이사회에서 공과금 수납기 조합에 무상공급 약속)하고, 대상조합은 기기 미보유 본․지소 조합(2,179개)이라는 내용 등이 나타난다.

   (다) 쟁점금융리스료 관련 지급회의서(2009년도)는 제목이 조합 공과금수납기 금융리스료 지급으로, 회계는 신용회계로, 관은 판매비와 관리비로, 항은 경비로, 목은 신용기타제비로, 세목은 신용기타세비로 작성되어 있다.

   (라) 세무ㆍ회계 사전검토서는 청구법인의 기업마케팅부에서 청구법인의 회계 및 세무팀에 의뢰한 것으로, 제목은 조합 공과금수납기 무상지원 관련 세무회계처리 합의로, 법인세는 원안합의(손금ㆍ접대비 해당여부는 연도말 세무조정시 검토반영)라는 내용 등이 나타난다.

   (마) 자치단체 금고지정 평가항목 및 배점기준에는 항목별 배점은 지역주민이용 편의성 15점(관내지점현황 및 지역주민이용 편리성 5점, 지방세입금 수납처리능력 5점, 지방세입금 납부편의 증진방안 5점), 금고업무 관리능력 15점(세입세출업무 자금관리 능력 5점, 금고관리업무 수행능력 5점, 전산시스템 보안관리 등 전산처리능력 5점), 지역사회기여 및 자치단체와 혐력사업 추진능력 10점(지역사회기여 실적 및 계획 5점, 자치단체와 협력사업 추진실적 및 계획 5점) 등으로 나타난다.

   (바) OOO 정관 제5조 제1항 제1호는 회원과 조합원의 사업 및 생활개선을 위한 정보망의 구축 사업을 청구법인의 고유목적 사업으로 열거하고 있다.

   (사) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점금융리스료가 수익창출에 직결되는 비용 등으로 손금산입대상이라고 주장하나,「법인세법」상 접대비란 법인이 사업을 위하여 지출한 비용 가운데 상대방이 사업에 관련 있는 자들이고 지출의 목적이 접대 등의 행위에 의하여 사업관계자들과의 사이에 친목을 두텁게 하여 거래관계의 원활한 진행을 도모하는 데 있는 것을 말하는 것으로 기부금, 광고선전비, 판매부대비용, 노무관리비, 회의비 등과 그 구분이 명확하지 아니하므로 그 지출목적, 지출상대방 등을 기준으로 실질내용에 따라 판단하여야 하겠다.

   이 건의 경우 청구법인이 제시한 증빙만으로는 쟁점금융리스료가 수익창출에 직접 관련된 비용인지 불분명한 점, 쟁점공과금수납기 무상지원은 독립된 법인체인 청구법인과 회원조합의 일반적인 거래관계에서 공동의 이익을 위한 것으로 보이는 점, 공과금 수납기 미보유 회원조합에만 지원한 점 등에 비추어 쟁점금융리스료 대납을 접대비로 보아 법인세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

  (4) 쟁점④에 대하여 살펴본다.

   (가) 청구법인은 2008～2012사업연도에 <표6>과 같이 박OOO 외 62명의 채무자에 대하여 이자 및 연체이자를 감면한 것으로 나타난다.

   <표6> 이자 감면 내역

(단위 : 명, 천원)

  (나) 청구법인이 부실채권 등의 특수채권 처리와 관련하여 지침서로 사용한 ‘특수채권 편입·관리’ 방법서의 제3조에 의하면 채권의 전액 회수가 불가능하다고 판단하는 연체채권 이자의 경우 ‘이자 일부 또는 전부 감면으로 채무관계자 또는 제3자로부터 원금채권(비용 포함) 이상을 회수하는 것이 채권관리상 실익이 있는 경우에는 감면처리’ 할 수 있다고 규정되어 있다.

   (다) 청구법인의 연체이자 감면 요청에 대한 검토 및 회신 서류(내부기안서류)에 의하면 청구법인이 연체이자 감면을 위하여 내부적으로 검토 및 승인을 하였으며, 채권의 조기 회수를 위하여 채무자와 약정을 통해 채권 연체이자 등을 감면한 사실이 나타나고 채무자들이 부도 확정, 파산 등 명백한 부실 채권 상태에 있지 않은 것으로 나타난다.

   (라) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 명확한 내부규정 및 절차에 따라 연체이자의 일부 또는 전부를 감면하였으므로 접대비에 해당하지 않는다고 주장하나, 청구법인이 보유하고 있는 여신 중 다른 대출자와 차별을 둘 수 있는 객관적이고도 정당한 사유(채무자의 상태가 확정적으로 채무 불이행 상태, 즉 개인회생 인가, 파산 등) 없이 일부 특정차주에 대하여만 연체이자를 감면한 것으로 나타나는 점, 회수가 불가능한 채권에 대한 연체이자 감면이라기보다는 채권의 조기회수를 위한 것이라고 보여지는 점 등에 비추어 이자의 상환이 불가능해진 채무자들의 이자를 감면한 것을 접대비로 보아 법인세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

  (5) 쟁점⑤에 대하여 살펴본다.

   (가) 청구법인은 2006년 새로운 시스템 구축을 위한 추진팀을 구성하여 신용 신시스템개발에 착수하였고, 신용 신시스템의 구축은 국내 SI개발업체를 선정하여 위탁개발용역방식으로 하되, 청구법인의 인력이 프로젝트에 참여하여 공동개발을 수행하는 형태로 한 것으로 나타난다.

   (나) 청구법인은 2011년부터 한국채택 국제회계기준(IFRS)의 적용이 의무화됨에 따라 신용 신시스템의 구축과 별개로, 2009년 OOO의 법무회계부 IFRS 추진단 산하 IFRS 총괄팀, IFRS 금융팀을 구성하고 IT본부 IFRS개발팀을 구성하여 2010년부터 2011년까지 회계법인과 공동으로 국제회계기준 도입 프로젝트를 수행한 것으로 나타난다.

   (다) 청구법인은 신용 신시스템 구축과 관련한 개발전담직원의 2008사업연도 인건비 OOO원을 당기비용으로, IFRS시스템 구축과 관련한 개발전담직원의 2010～2011사업연도 인건비 OOO원을 당기비용으로 계상한 것으로 나타난다.

   (라) 신용 신시스템 구축 추진(안)은 2006년 8월 OOO가 작성한 것으로, 구축기간은 2006년 11월～2008년 9월 기간 동안 23개월, 소요비용은 OOO원, 2006년 9월～2007년 5월 기간 동안 시스템 분석 및 설계, 2007년 6월～2007년 12월 기간 동안 시스템 개발, 2008년 1월～2009년 1월 기간 동안 종합테스트/본이행업무 수행, 2009.1.28. 시스템 가동계획으로 나타나고, 시스템 구축시 외부 SI개발인력과 외부 전문인력 및 OOO 전반의 업무 지식이 있는 OOO 직원을 시스템 개발 및 테스트 과정에 단계적으로 투입할 것(분석 73명, 설계 102명, 개발 139명, 테스트 139명) 등이 나타난다

   (마) 국제회계기준 도입 2단계 프로젝트 추진방안에는 국제회계기준 도입과 관련하여 IFRS시스템 구축을 2009년 9월에 시작하여 2011년 9월에 구축하고, 시범가동을 거쳐 2012년 1월에 시스템을 가동할 계획이며, 도입단계에서는 회계법인과 용역계약을 체결하고, 1단계 (2010년 1월～2011년 10월)에서는 시스템을 개발하고 테스트를 수행(22개월)하며, 2단계(2011년 11월～2012년 9월)에서는 시스템 시범가동 및 가동 후 사후검증(12개월)하며, 1단계 및 2단계에서 OOO의 직원과 회계법인, SI업체로 구성된 프로젝트 조직 구성내역 등이 나타난다.

   (바) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점시스템 개발과정에 투입된 쟁점인건비는 무형자산이 아닌 당기 비용항목이라고 주장하나, 쟁점시스템이 외부 SI업체와 청구법인의 전담인력이 공동으로 개발하였고, 외부업체에 제공한 외주비용을 자산으로 인식하여 감가상각한 점, 쟁점시스템 개발은 연구단계를 거쳐 무형자산으로 인식할 수 있는 개발단계에 속하는 것으로 보이고, 무형자산으로 인식할 수 있는 요건을 갖추고 있어 이에 대한 쟁점인건비도 무형자산의 취득원가에 포함되어야 한다는 처분청 의견이 타당한 것으로 보이는 점 등에 비추어 쟁점인건비를 개발비로 보아 이에 대한 한도초과액을 손금불산입하여 법인세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

  (6) 쟁점⑥에 대하여 살펴본다.

   (가) 청구법인은 OOO 주식회사의 지분 4.95%를 보유한 주주로서 OOO의 회원사이고 OOO는 미국 신용카드회사 OOO의 회원사인바, OOO의 기업공개에 따라 2008년 3월 관련 주식 총 6,196,929주를 수증받게 되자, 주주이자 회원사인 금융기관들에게 위 주식 처분금액을 배분하기로 하였는데, 1차 주식매각(3,481,776주)에 따른 대금 배분기준을 두고 회원사간 이견(기여도 기준 및 지분율 기준)이 있자 OOO에 2009년 5월 중재신청을 하였고, 2010년 6월 OOO의 화해중재판정에 따라 OOO 주식에 대한 금융기관별 분배비율을 확정한 것으로 나타난다.

   <표7> 비자주식 처분대금 배분기준

(단위 : %, 원)

   (나) 청구법인은 2010년부터 2011년까지 3차에 걸쳐 OOO 주식의 매각대금을 수증받았고, 그 중 2011년에 이루어진 3차 주식매각(950,354주, 35%)에 따라 배분받은 매각대금 분배금 OOO원에 대하여 해당 분배금을 실제로 수령한 2011사업연도의 익금으로 계상하여 법인세 신고를 하였다.

   (다) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 2010사업연도 중에 중재판결로j OOO 주식 매각대금에 대한 배분기준이 확정되었으므로「법인세법」상 권리확정주의에 따라 쟁점배분금액을 2010사업연도에 수익으로 인식하여야 한다고 주장하는바, OOO 주식의 매각대금 중 청구법인이 분배 받을 금액을 확정하기 위해서는 OOO가 OOO 주식을 매각하는 날의 주당 매각단가 및 원화 환율, 회원사 간 분배비율 등이 모두 확정되어야 하나, 2010사업연도에는 회원사간 분배 비율만 확정되었을 뿐 주식 매각 대금 및 환율 등이 확정되지 않았으므로 쟁점분배금의 수익 귀속시기는 OOO 주식의 3차 매각시점인 2011사업연도로 보는 것이 타당하다 할 것이다.

  (7) 쟁점⑦에 대하여 살펴본다.

   (가) 청구법인은 2008년 (주)OOO과 OOO.에 체결한 선박건조계약과 관련하여, OOO.가 OOO에 지급한 선수금 약 OOO원의 환급을 보증하는 선박건조 선수금 보증환급계약을 체결한 것으로 나타난다.

   (나) 2010년 OOO.와의 선박건조계약을 불이행하자, 청구법인은 위 보증환급계약에 따라 아래 <표3>과 같이 외국기업인 OOO에게 위 선수금에 이자 OOO원을 더하여 총 OOO원을 지급한 것으로 나타난다.

   <표8> 환금보증 대지급금 및 지연이자 현황

(단위: 백만원)

   (다) OOO 선박건조선수금 환급보증 업무규정 및 선박선수금 환급보증명세서에 의하면 국내 조선사가 국외 선주사로부터 수령한 본래의 선수금과는 별도로 계산되어 대지급된 지연이자임이 규정되어 있으며, 청구법인은 외국 선주사에 선수금을 대위변제하고 국내 조선사에 구상권을 행사할 수 있는 것으로 나타난다.

   (라) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 선수금환급보증계약은 본래 계약인 선박건조계약과 독립하여 성립할 수 없고, 국내조선사가 수취하였던 선수금을 초과하여 지급하는 쟁점지급액은 선박건조계약을 이행할 수 없는 경우 지급하는 위약금 또는 배상금으로서 본래의 손해를 넘어 배상받은 금전에 해당하여 쟁점지급액은「법인세법」 제93조 제10호 및 같은 법 시행령 제132조 제10항의 국내 원천소득에 해당(조심 2014서1517, 2014.12.19. 같은 뜻임)하므로 처분청이 청구법인에게 원천징수의무가 있다고 본 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

  (8) 쟁점⑧에 대하여 살펴본다.

   (가) 청구법인은 기업어음의 만기 직전 어음제시자가 OOO에서 기업어음 실물을 교부받아 상환일에 청구법인에 지급을 요청하는 경우 그 대금을 지급한 것으로 나타난다.

   (나) 청구법인이 2010.1.1.～2012.2.28. 기간동안 OOO에 어음대금을 지급한 건은 총 476건으로 원천징수하지 않은 기업어음 할인액은 OOO원인 것으로 나타난다.

   (다) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 「법인세법」제73조 제1항은 내국법인에게 이자소득금액을 지급하는 자를 “원천징수의무자”로 규정하고, 제5항에서 금융회사 등이 내국법인이 발행한 어음을 대리하는 경우에는 금융회사 등과 해당 내국법인간에 대리 또는 위임의 관계가 있는 것으로 보아 원천징수할 것을 정하고 있는바, 쟁점기업어음이 OOO에 예탁되지 않은 채 쟁점할인액에 대해 원천징수가 이루어지지 아니한 이 건의 경우에는 쟁점할인액을 포함하여 쟁점기업어음의 어음금을 지급하는 청구법인이 이자소득금액의 지급자로서 쟁점할인액의 원천징수의무자에 해당한다고 봄이 타당하다 할 것이다.

  (9) 쟁점⑨에 대하여 살펴본다.

   (가) 청구법인은 OOO 상품권’을 발행하여 소비자가 청구법인의 회원조합 또는 자회사의 판매점에서 물품을 구매하면서 결제한 상품권을 회원 조합 등이 청구법인의 영업점에 제시하면, 청구법인은 아래 <표9>와 같이 농촌상품권 발행수수료 1.85%를 공제하고 나머지 금원을 회원조합 등에 지급한 것으로 나타난다.

   <표9> 상품권 발행수수료 수취액

              (단위: 천원)

   (나) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 회원조합 등으로부터 받은 상품권 수수료는 회원조합 등의 매출 증대에 필요한 상품권 판매와 판매촉진을 위한 홍보 등 회원조합 등의 판매 사업운영과 관련한 지원서비스를 제공한 대가로서 부가가치세 면제대상에서 제외되는 상품권에 대한 대행용역 또는 그와 유사한 용역에 해당한다고 주장하나, 이 건 상품권 발행 등 용역은 청구법인이 농협법 제134조 제1항 제2호 가목의 농업경제사업 중 회원을 위한 판매사업의 일환으로 제공한 것으로서, 이 건 상품권이 청구법인의 명의로 발행되었을 뿐만 아니라 상품권 거래로 인한 손익이 청구법인 자신에게 귀속되며, 이와 같이 청구법인이 고유의 업무로서 농협법 제134조에 규정된 바에 따라 자신의 명의와 계산으로 이 사건 상품권 발행 등 용역을 제공한 것이라면 이는 단지 타인으로부터 위탁을 받아 그 타인을 위하여 상품권을 발행·판매하고 그에 따른 대가를 받는 관계에 불과한 대행업무와는 개념상 구별되어「부가가치세법 시행령」제33조 제4항 제1호 또는 제4호의 상품권에 관한 대행용역이나 이와 유사한 용역에 해당한다고 볼 수 없는 것으로 보이므로 쟁점상품권수수료를 부가가치세 과세대상으로 본 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

 4. 결 론

  이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 따라 주문과 같이 결정한다.

<별지1> 관련 법령 등

(1) 쟁점① 관련

 (가) 법인세법

 제19조(손금의 범위) ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비(損費)의 금액으로 한다.

 ② 제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

 ③ 「조세특례제한법」 제100조의18 제1항에 따라 배분받은 결손금은 제1항의 손금으로 본다.

 ④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 제20조(자본거래 등으로 인한 손비의 손금불산입) 다음 각 호의 손비는 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

 1. 잉여금의 처분을 손비로 계상[결산을 확정할 때 손비로 계상(計上)하는 것을 말한다. 이하 같다]한 금액. 다만, 대통령령으로 정하는 성과급은 제외한다.

 제30조(책임준비금등의 손금산입) ① 보험사업을 영위하는 내국법인이 각 사업연도에 「보험업법」 기타 법률의 규정에 의하여 책임준비금과 비상위험준비금을 손금으로 계상한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액의 범위안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다.

 ② 제1항의 규정에 의하여 손금에 산입한 책임준비금은 다음 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 익금에 산입한다.

 제31조(계약자배당준비금의 손금산입) ① 보험사업을 영위하는 내국법인이 각 사업연도에 보험계약자에게 배당하기 위하여 계약자배당준비금을 손금으로 계상한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액의 범위안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다.

 (나) 농업협동조합법

 제57조(2011.3.31. 법률 제10522호로 개정되기 전의 것) (사업) ① 지역농협은 그 목적을 달성하기 위하여 다음 각호의 사업의 전부 또는 일부를 행한다.

 4. 공제사업

 제57조(2011.3.31. 법률 제10522호로 개정된 것) (사업) ① 지역농협은 그 목적을 달성하기 위하여 다음 각 호의 사업의 전부 또는 일부를 수행한다.

 4. 삭제

 제61조 (공제규정) ① 지역농협은 제57조 제1항 제4호의 규정에 의한 공제사업을 하고자 하는 때에는 공제규정을 정하여 농림수산식품부장관의 인가를 받아야 한다. 공제규정을 변경하고자 하는 때에도 또한 같다.

 제68조 (손실의 보전과 잉여금의 배당) ① 지역농협은 매 회계연도의 결산 결과 손실금(당기손실금을 말한다)이 발생하면 미처분이월금․임의적립금․법정적립금․자본적립금․회전출자금의 순으로 보전하며, 보전 후에도 부족할 때에는 이를 다음 회계연도에 이월한다.

 ② 지역농협은 손실을 보전하고 제67조에 따른 법정적립금, 이월금 및 임의적립금을 공제한 후가 아니면 잉여금 배당을 하지 못한다.

 ③ 잉여금은 정관으로 정하는 바에 따라 다음 각 호의 순서대로 배당한다.

 1. 조합원의 사업이용실적에 대한 배당

 2. 정관으로 정하는 비율의 한도 이내에서 납입출자액에 대한 배당

 3. 준조합원의 사업이용실적에 대한 배당

 제161조 (준용규정) 제15조 제2항·제3항, 제17조, 제18조, 제20조제2항·제3항, 제21조 제4항·제5항, 제22조, 제23조, 제24조 제2항, 제25조, 제28조, 제29조 제1항, 제30조 내지 제33조, 제36조, 제37조, 제39조, 제40조, 제42조 제3항 단서 및 제4항·제5항, 제43조 제5항, 제45조제7항, 제49조(제1항 각호외의 부분 단서, 동항제11호 및 제12호를 제외한다), 제50조, 제50조의2, 제51조 제1항 내지 제3항, 제52조, 제53조, 제54조 제1항·제2항 제1호·제3항, 제55조, 제57조 제4항, 제61조, 제62조, 제63조 제1항·제3항·제4항, 제65조, 제67조 제1항·제3항·제4항, 제67조의2, 제68조 내지 제74조, 제90조 제1항 내지 제4항, 제91조 내지 제94조 및 제100조 내지 제102조의 규정은 중앙회에 관하여 이를 준용한다. (이하 생략)

 (다) 상법(2011.5.23. 법률 제10696호로 개정된 것) 제287조의37(잉여금의 분배) ① 유한책임회사는 대차대조표상의 순자산액으로부터 자본금의 액을 뺀 액(이하 이 조에서 "잉여금"이라 한다)을 한도로 하여 잉여금을 분배할 수 있다.

 ② 제1항을 위반하여 잉여금을 분배한 경우에는 유한책임회사의 채권자는 그 잉여금을 분배받은 자에 대하여 회사에 반환할 것을 청구할 수 있다.

 ③ 제2항의 청구에 관한 소는 본점소재지의 지방법원의 관할에 전속한다.

④ 잉여금은 정관에 다른 규정이 없으면 각 사원이 출자한 가액에 비례하여 분배한다.

 ⑤ 잉여금의 분배를 청구하는 방법이나 그 밖에 잉여금의 분배에 관한 사항은 정관으로 정할 수 있다.

⑥ 사원의 지분의 압류는 잉여금의 배당을 청구하는 권리에 대하여도 그 효력이 있다.

 (라) 농업협동조합 공제사업감독기준

 제2조(정의) 이 감독기준에서 사용하는 용어의 정의는 다음 각호와 같다.

 1. "공제사업"이라 함은 농업협동조합(이하 "조합"이라 한다) 또는 농업협동조합중앙회(이하 "중앙회"라 한다)가 공제계약자로부터 공제료를 받아 일정기간 내에 미리 약정한 사고의 발생에 대하여 공제금을 지급하는 사업을 말하며 생명공제·손해공제·제3공제가 있다.

 5. "공제자"라 함은 농업협동조합법에 의하여 공제사업을 영위하는 조합과 중앙회를 말한다.

 제57조(계약자배당준비금 적립 전 잉여금의 처리) 계약자 배당준비금 적립 전 잉여금의 처리에 대해서는 공제규정에서 정한다. 이 경우 농림부장관은 다음 각 호의 1을 준수 하였는지 확인한다.

 1. 매 회계연도 말에 책임준비금(직전 회계연도말 신규로 적립한 계약자배당준비금을 초과하여 발생한 계약자배당금은 제외한다)을 우선 적립한 후 잔여액(이하 “계약자배당준비금적립전잉여금”이라 한다)을 유･무배당 및 자본계정운용손익으로 구분하며, 무배당공제손익 및 자본계정운용손익은 경영성과지분으로 처리하고 유배당공제이익에 대한 경영성과지분은 100분의 10 이하로 하고 잔여지분은 계약자지분으로 처리할 수 있다.

 2. 제1호의 경영성과지분은 법인세비용의 납부재원, 고유목적사업회계로의 이체에 한하여 사용한다.

 3. 제1호의 계약자지분은 계약자배당을 위한 재원과 배당공제손실보전준비금 적립목적 외에 다른 용도로 사용하거나 적립할 수 없다.

 4. 공제자는 매 회계연도 결산기마다 제1호의 규정에 의한 처리내역을 제55조 제3항의 규정에 의한 서류에 첨부하여야 한다.

 제57조의2(재공제이익수수료) 재공제이익수수료의 환급에 대해서는 공제규정에서 정한다. 이 경우 농림수산식품부장관은 다음 각 호의 1을 준수 하였는지 여부를 확인한다.

 1. 재공제이익수수료는 무배당공제손익과 유배당공제손익에 대한 경영성과지분 합계액에서 재공제지분율과 재공제이익수수료율을 곱하여 산출한다.

 2. 제1호의 재공제지분율은 위험공제료, 예정사업비 및 책임준비금 각각에서 재공제가 차지하는 비율을 평균하여 산출한다.

 3. 제1호의 재공제이익수수료율은 기본지급률에 공제사업손해율의 증감비율을 반영하여 산출한다.

 4. 제3호의 기본지급률은 제68조의 규정에 의한 지급여력비율에 비례하여 다음과 같이 적용하되 100분의 50을 초과할 수 없다.

  가. 지급여력비율이 100% 미만인 경우 : 기본 지급률 0%

나. 지급여력비율이 100% 이상 150% 미만인 경우 : 기본 지급률 20%

다. 지급여력비율이 150% 이상 200% 미만인 경우 : 기본 지급률 30%

라. 지급여력비율이 200% 이상 250% 미만인 경우 : 기본 지급률 40%

  마. 지급여력비율이 250% 이상인 경우 : 기본 지급률 50%

 5. 제1호의 규정에 의하여 산출된 환급액이 음(陰)의 값인 경우에는 이를 영(零)으로 처리하며, 당해 회계연도 손실액은 손실이 발생한 그 회계연도 종료일로부터 3년 이내의 기간에서 재공제이익수수료 환급액 계산시 차감하여 보전한다.

 (마) 농업협동조합 공제규정

 제16조(공제계약준비금의 적립) ① 공제계약준비금은 책임준비금, 비상위험준비금 및 계약자이익배당준비금으로 구분한다.

 ② 책임준비금은 공제료적립금, 미경과공제료적립금, 지급준비금 및 계약자배당준비금으로 구분하며, 다음 각호의 규정에 의하여 적립한다.

 1～4. (생략)

 제17조(계약자이익배당준비금) ① 계약자이익배당준비금은 사업연도 말에 제16조 및 제18조의 규정에 따라 준비금을 적립한 후 이익이 발생한 경우에 이익금의 전액 또는 일정액을 총액으로 적립한다.

 ② 계약자이익배당준비금은 계약자에 배당하는 경우와 결산결과 결손이 발생한 경우에 한하여 사용할 수 있다.

 제18조(비상위험준비금) ① 비상위험준비금은 매사업연도말 현재 다음 산식에 의하여 산출한 금액의 50% 이상 100% 이하의 금액을 그 사업연도 경과공제료의 50%에 달할 때까지 누적하여 적립한다. 다만, 생명공제와 장기저축성 손해공제는 적립대상에서 제외한다.

 제126조(계약자배당준비금 적립전 잉여금의 처리) ① 본회는 매 회계연도말에 책임준비금(직전 회계연도말 신규로 적립한 계약자배당준비금을 초과하여 발생한 계약자배당금은 제외한다)을 우선 적립한 후 잔여액(이하 “계약자배당준비금적립전잉여금”이라 한다)을 유․무배당 및 자본계정운용손익으로 구분하며, 무배당공제손익 및 자본계정운용손익은 경영성과지분으로 처리하고 유배당공제이익에 대한 경영성과지분은 100분의 10 이하로 하고 잔여지분은 계약자지분으로 처리한다.

 ② 제1항의 경영성과지분은 법인세비용의 납부재원, 교육지원사업특별회계로의 이체에 한하여 사용한다. (2005.12.27. 개정)

 ③ 제1항의 계약자지분은 계약자배당을 위한 재원과 배당공제손실보전준비금 적립목적 외에 다른 용도로 사용하거나 적립하지 아니한다.

 ④ 본회는 매 회계연도 결산기마다 제1호의 규정에 의한 처리내역을 제124조 제2항의 규정에 의한 첨부한다.

 제127조(손실의 보전순서) ① 제126조 제1항의 규정은 계약자배당준비금 적립전 금액이 음(陰)의 값인 경우에도 준용한다.

 ② 제1항의 계약자지분은 제128조 제2항 내지 제4항의 규정에 의하여 처리한다.

 ③ 제1항의 경영성과지분은 제135조제2항 및 제3항에 의하여 보전한 후 잔여액은 제126조 제2항의 규정을 준용한다.

 제128조(배당공제손실보전준비금 적립) ① 본회는 제126조 제1항의 규정에 의한 배당공제이익 계약자지분의 100분의 30이내에서 배당공제손실보전준비금을 적립 할 수 있다.

 ② 제1항의 규정에 의하여 적립한 배당공제손실보전준비금은 적립한 회계연도 종료일로부터 5년내의 회계연도에 배당공제계약에서 손실이 발생한 경우 우선 사용하여 손실을 보전하고, 보전후 잔액은 개별계약자에 대한 계약자배당재원으로 사용한다.

 ③ 제2항의 규정에 의하여 배당공제손실보전준비금으로 보전하고 손실이 남는 경우에는 공제복지사업준비금으로 보전하며, 그럼에도 불구하고 손실이 남는 경우에는 우선 경영성과지분으로 보전한 후, 경영성과지분으로 보전한 손실을 경영성과지분의 결손이나 배당공제계약의 이월결손으로 계리할 수 있다.

 ④ 제3항의 규정에 의한 배당공제계약의 이월결손은 이월결손이 발생한 그 사업연도 종료일부터 5년 이내에 신규로 적립되는 배당공제손실보전준비금으로 보전하거나 경영성과지분의 결손으로 계리한다.

 제135조(비상위험준비금) ① 비상위험준비금은 공제종목별(화재공제, 해상공제, 특종공제 및 보증공제의 종목으로 구분한다. 이하 이 조에서 같다)로 (별표 4)에서 정한 경과공제료의 일정비율에 도달할 때까지 매기 다음 산식에 의하여 산출된 금액의 100분의 35 이상 100분의 100 이하의 금액을 기존 적립액, 향후 손해율 추이 등을 고려하여 적립한다.

비상위험준비금 적립금액 = 공제종목별 보유공제료 × (별표 4)에서 정한 적립 기준율

 ②～④ (생략)

 제190조의2(재공제이익수수료) ① 본회는 회계연도말일에 회원으로부터 인수한 재공제계약에 의하여 발생한 이익의 일정비율을 이익수수료로 환급할 수 있다.

 ② 제1항의 이익은 무배당공제손익과 유배당공제손익에 대한 경영성과지분 합계액에서 재공제지분율을 곱하여 산출한다.

 ③ 제2항의 재공제지분율은 위험공제료, 예정사업비 및 책임준비금 각각에서 재공제가 차지하는 비율을 평균하여 산출한다.

 ④ 제1항의 일정비율은 기본지급률에 재공제사업손해율의 증감비율을 반영하여 산출한다. 이 경우 재공제사업손해율은 재공제금, 재공제환급금 및 재공제배당금비용의 합산금액을 재공제료수익으로 나눈 비율로 한다.

 ⑤ 제4항의 기본지급률은 제139조의 규정에 의한 지급여력비율에 비례하여 다음과 같이 적용한다.

 1. 지급여력비율이 100% 미만인 경우 : 기본 지급률 0%

 2. 지급여력비율이 100% 이상 150% 미만인 경우 : 기본 지급률 20%

 3. 지급여력비율이 150% 이상 200% 미만인 경우 : 기본 지급률 30%

 4. 지급여력비율이 200% 이상 250% 미만인 경우 : 기본 지급률 40%

 5. 지급여력비율이 250% 이상인 경우 : 기본 지급률 50%

 ⑥ 제5항의 지급여력비율은 회계연도말 직전 4분기 동안의 지급여력비율을 평균하여 산출한다.

 ⑦ 제4항의 재공제사업손해율은 당해 회계연도를 포함한 직전 3년간의 재공제사업손해율에서 당해 회계연도 재공제사업손해율을 차감한 율을 가감하되, 100분의 50의 범위내에서 반영한다.

 ⑧ 제1항의 규정에 의하여 산출된 환급액이 음(陰)의 값인 경우에는 이를 영(零)으로 처리하며, 당해 회계연도 손실액(음의 값)은 손실이 발생한 그 회계연도 종료일로부터 3년 이내의 기간에서 재공제이익수수료 환급액 계산시 차감하여 보전한다.

 제190조의3(회원별 환급 등) ① 본회는 당해 회계연도 종료 후 3월 이내에 회원별로 이익수수료를 계산하여 환급하여야 한다.

 ② 제1항의 규정에 의한 회원별 환급액은 제190조의2의 규정에 의하여 산출한 총액 이익수수료를 이자율차, 위험률차, 사업비차손익 각자의 점유비율로 곱하여 산출한 이원별 이익수수료에 당해 회원의 기여율을 곱하여 다음과 같이 산출한다.

회원별이익수수료 = (위험률차이익수수료 × 회원별위험공제료합계)

                   +(이자율차이익수수료×회원별책임준비금/회원별책임준비금합계)

                  +(사업비차이익수수료×회원별예정사업비/회원별예정사업비합계)

(2) 쟁점② 관련

 (가) 법인세법

 제19조의2(대손금의 손금불산입) ①내국법인이 보유하고 있는 채권 중 채무자의 파산 등 대통령령으로 정하는 사유로 회수할 수 없는 채권의 금액(이하 "대손금"이라 한다)은 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입한다.

 제73조(원천징수) ① 다음 각 호의 금액(금융보험업을 하는 법인의 수입금액을 포함하되, 대통령령으로 정하는 금융회사 등에 지급되는 소득으로서 대통령령으로 정하는 것과 법인세가 부과되지 아니하거나 면제되는 소득 등 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)을 내국법인에 지급하는 자(이하 이 조에서 “원천징수의무자”라 한다)가 그 금액을 지급하는 경우에는 지급하는 금액에 100분의 14(「소득세법」제16조 제1항 제11호의 비영업대금의 이익인 경우에는 100분의 25)의 세율을 적용하여 계산한 금액에 상당하는 법인세를 원천징수하여 그 징수일이 속하는 달의 다음 달 10일까지 납세지 관할 세무서등에 납부하여야 한다.

 1.「소득세법」제127조 제1항 제1호의 이자소득금액

 2.「소득세법」제127조 제1항 제2호의 배당소득금액[같은 법 제17조 제1항 제5호에 따른 집합투자기구로부터의 이익 중「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 투자신탁(이하 제8항에서 “투자신탁”이라 한다)의 이익만 해당한다]

 (나) 법인세법 시행령

 제19조의2(대손금의 손금불산입) ① 법 제19조의2 제1항에서 "대통령령으로 정하는 사유로 회수할 수 없는 채권"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

 1. 「상법」에 따른 소멸시효가 완성된 외상매출금 및 미수금

 2. 「어음법」에 따른 소멸시효가 완성된 어음

 3. 「수표법」에 따른 소멸시효가 완성된 수표

 4. 「민법」에 따른 소멸시효가 완성된 대여금 및 선급금

 5. 「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」에 따른 회생계획인가의 결정 또는 법원의 면책결정에 따라 회수불능으로 확정된 채권

 6. 「민사집행법」 제102조에 따라 채무자의 재산에 대한 경매가 취소된 압류채권

 7. 물품의 수출 또는 외국에서의 용역제공으로 발생한 채권으로서 외국환거래에 관한 법령에 따라 한국은행총재 또는 외국환은행의 장으로부터 채권회수의무를 면제받은 것

 8. 채무자의 파산, 강제집행, 형의 집행, 사업의 폐지, 사망, 실종 또는 행방불명으로 회수할 수 없는 채권

 9. 부도발생일부터 6개월 이상 지난 수표 또는 어음상의 채권 및 외상매출금(중소기업의 외상매출금으로서 부도발생일 이전의 것에 한정한다). 다만, 해당 법인이 채무자의 재산에 대하여 저당권을 설정하고 있는 경우는 제외한다.

 10. 「국세징수법」 제86조 제1항에 따라 납세지 관할세무서장으로부터 국세 결손처분을 받은 채무자에 대한 채권(저당권이 설정되어 있는 채권은 제외한다)

 11. 회수기일이 6개월 이상 지난 채권 중 채권가액이 20만원 이하(채무자별 채권가액의 합계액을 기준으로 한다)인 채권

 12. 제61조 제2항 각 호 외의 부분 단서에 따른 금융회사 등의 채권(같은 항 제13호에 따른 여신전문금융회사인 신기술사업금융업자의 경우에는 신기술사업자에 대한 것에 한정한다) 중 다음 각 목의 채권

  가. 금융감독원장이 기획재정부장관과 협의하여 정한 대손처리기준에 따라 금융회사 등이 금융감독원장으로부터 대손금으로 승인받은 것

  나. 금융감독원장이 가목의 기준에 해당한다고 인정하여 대손처리를 요구한 채권으로 금융회사 등이 대손금으로 계상한 것

 13. 「중소기업창업 지원법」에 따른 중소기업창업투자회사의 창업자에 대한 채권으로서 중소기업청장이 기획재정부장관과 협의하여 정한 기준에 해당한다고 인정한 것

 ③제1항 각 호의 대손금은 다음 각 호의 어느 하나의 날이 속하는 사업연도의 손금으로 한다.

 1.제1항 제1호부터 제7호까지의 규정에 해당하는 경우에는 해당 사유가 발생한 날

 2.제1호 외의 경우에는 해당 사유가 발생하여 손금으로 계상한 날

 (다) 법인세법 시행규칙

 제56조(원천징수대상 이자소득금액의 계산) 법 제73조의 규정을 적용함에 있어서 차입금과 이자의 변제에 관한 특별한 약정이 없이 차입금과 그 차입금에 대한 이자에 해당하는 금액의 일부만을 변제한 경우에는 이자를 먼저 변제한 것으로 본다. 다만, 비영업대금의 이익의 경우에는「소득세법 시행령」제51조 제7항의 규정을 준용한다.

 (라) 교육세법

 제3조(납세의무자) 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 이 법에 따라 교육세를 납부할 의무를 진다.

 1. 국내에서 금융업․보험업을 경영하는 자 중 별표에 규정하는 자(이하 “금융․보험업자”라 한다)

 제5조(과세표준과 세율) ① 교육세는 다음 각 호의 과세표준에 해당 세율을 곱하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.(단서 생략)

 (마)민법 제479조(비용, 이자, 원본에 대한 변제충당의 순서) ①채무자가 1개 또는 수개의 채무의 비용 및 이자를 지급할 경우에 변제자가 그 전부를 소멸하게 하지 못한 급여를 한 때에는 비용, 이자, 원본의 순서로 변제에 충당하여야 한다.

 ②전항의 경우에 제477조의 규정을 준용한다.

 (바) 금융기관채권대손인정업무세칙

 제3조(대손인정기준) ① 감독원장은 금융기관 채권이 은행업감독규정 제27조 제1항, 증권업감독규정 제2-4조 제1항, 보험업감독규정 제7-3조 제1항, 종합금융업감독규정 제26조 제1항, 상호저축은행업감독규정 제36조 제2항, 여신전문금융업감독규정 제9조 제2항, 신탁업감독규정 제28조 제1항의 규정(이하 "은행업감독규정 등의 규정"이라 한다)에 따라 "추정손실"로 분류된 경우 대손인정할 수 있다.

 제6조(대손인정의 신청) ① 금융기관이 이 세칙에서 정하는 바에 따라 대손인정을 받고자 하는 경우에는 <별지 제1호>에서 정하는 서식에 따라 매분기말 1월전까지 감독원장에게 대손인정을 신청하여야 한다. 다만, 금융기관의 국외지점에서 보유하고 있는 채권과 즉시 상각이 불가피한 채권에 대한 대손인정 신청은 수시로 할 수 있다.

(3) 쟁점③ 관련

 (가) 법인세법

 제3조(과세소득의 범위) ③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

 1. 제조업, 건설업, 도매업·소매업, 소비자용품수리업, 부동산·임대 및 사업서비스업 등 수익이 발생하는 사업으로서 대통령령으로 정하는 것

 2. 「소득세법」 제16조 제1항에 따른 이자소득

 3. 「소득세법」 제17조 제1항에 따른 배당소득

4. 주식·신주인수권(新株引受權) 또는 출자지분(出資持分)의 양도로 인하여 생기는 수입

 5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입

 6. 「소득세법」 제94조 제1항 제2호 및 제4호에 따른 자산의 양도로 인하여 생기는 수입

 7. 제1호부터 제6호까지의 규정 외에 대가(對價)를 얻는 계속적 행위로 인하여 생기는 수입으로서 대통령령으로 정하는 것

 제25조(접대비의 손금불산입) ⑤ 제1항부터 제3항까지의 규정에서 "접대비"란 접대비 및 교제비, 사례금, 그 밖에 어떠한 명목이든 상관없이 이와 유사한 성질의 비용으로서 법인이 업무와 관련하여 지출한 금액을 말한다.

 제29조(고유목적사업준비금의 손금산입) ① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령으로 정하는 단체만 해당한다)이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업이나 지정기부금(이하 이 조에서 "고유목적사업등"이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액의 범위에서 그 사업연도의 소득금액을 계산할 때 이를 손금에 산입한다.

1. 「소득세법」 제16조 제1항 제1호부터 제10호까지의 규정에 따른 이자소득의 금액

 2. 「소득세법」 제17조 제1항 제1호·제2호·제5호 및 제6호의 배당소득의 금액. 다만, 「상속세 및 증여세법」 제16조 또는 같은 법 제48조에 따라 상속세 과세가액 또는 증여세 과세가액에 산입되거나 증여세가 부과되는 주식등으로부터 발생한 배당소득금액은 제외한다.

 3. 특별법에 따라 설립된 비영리내국법인이 해당 법률에 따른 복지사업으로서 그 회원이나 조합원에게 대출한 융자금에서 발생한 이자금액

 4. 제1호부터 제3호까지에 규정된 것 외의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50(「공익법인의 설립·운영에 관한 법률」에 따라 설립된 법인으로서 고유목적사업등에 대한 지출액 중 100분의 50 이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인의 경우에는 100분의 80)을 곱하여 산출한 금액

 제113조(구분경리) ① 비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산·부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다.

 (나) 법인세법 시행령

제2조(수익사업의 범위) ① 「법인세법」(이하 "법"이라 한다) 제3조 제3항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류(이하 "한국표준산업분류"라 한다)에 의한 각 사업중 수익이 발생하는 것을 말한다. 다만, 다음 각 호의 사업을 제외한다.

 8. 금융 및 보험 관련서비스업중 다음 각목의 사업

  가. 「예금자보호법」에 의한 예금보험기금 및 예금보험기금채권상환기금을 통한 예금보험 및 이와 관련된 자금지원·채무정리 등 예금보험제도를 운영하는 사업

  나. 「농업협동조합의 구조개선에 관한 법률」 및 「수산업협동조합법」에 의한 상호금융예금자보호기금을 통한 예금보험 및 자금지원 등 예금보험제도를 운영하는 사업

 제56조(고유목적사업준비금의 손금산입) ① 법 제29조 제1항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 단체"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 단체를 말한다.

 1. 제36조 제1항 제1호에 해당하는 단체

 3. 법령에 의하여 설치된 기금

 4. 「주택법」 제2조 제2호에 따른 공동주택의 입주자대표회의 또는 자치관리기구

 ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 이자소득금액은 법 제29조 제1항 제1호의 금액으로 본다.

 1. 금융보험업을 영위하는 비영리내국법인이 한국표준산업분류상 금융보험업을 영위하는 법인에 일시적으로 자금을 예치함에 따라 발생하는 이자소득금액

 2. 제2조 제1항 제5호 나목에 따른 사업을 영위하는 자가 자금을 운용함에 따라 발생하는 이자소득금액

 3. 「한국주택금융공사법」에 따른 주택금융신용보증기금이 동법 제43조의8 제1항 및 제2항에 따른 보증료의 수입을 운용함에 따라 발생하는 이자소득금액

 ③ 법 제29조 제1항 제4호에서 "수익사업에서 발생한 소득"이란 해당 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액(고유목적사업준비금과 법 제24조 제2항에 따른 기부금을 손금에 산입하기 전의 소득금액을 말한다)에서 법 제29조 제1항 제1호부터 제3호까지의 규정에 따른 금액 및 법 제13조 제1호에 따른 결손금과 법 제24조 제2항에 따른 기부금을 뺀 금액을 말한다.

 ⑤ 법 제29조 제1항에서 "고유목적사업"이라 함은 당해 비영리내국법인의 법령 또는 정관에 규정된 설립목적을 직접 수행하는 사업으로서 제2조 제1항의 규정에 해당하는 수익사업외의 사업을 말한다.

 ⑥ 법 제29조 제1항부터 제4항까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 금액은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 본다.

 1. 비영리내국법인이 당해 고유목적사업의 수행에 직접 소요되는 고정자산 취득비용 및 인건비 등 필요경비로 사용하는 금액

 2. 특별법에 의하여 설립된 법인(당해 법인에 설치되어 운영되는 기금중 「국세기본법」 제13조의 규정에 의하여 법인으로 보는 단체를 포함한다)으로서 건강보험·연금관리·공제사업 및 제2조 제1항 제8호에서 규정된 사업을 영위하는 비영리내국법인이 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 법령에 의하여 기금 또는 준비금으로 적립한 금액

 3. 의료업을 영위하는 비영리내국법인(이하 이 조에서 "의료법인"이라 한다)이 의료기기 등 기획재정부령이 정하는 고정자산을 취득하기 위하여 지출하는 금액

 4. 「농업협동조합법」에 의한 농업협동조합중앙회가 법 제61조 제1항의 규정에 의하여 계상한 고유목적사업준비금을 회원에게 무상으로 대여하는 금액

 5. 「농업협동조합법」에 의한 농업협동조합중앙회가 「농업협동조합의 구조개선에 관한 법률」에 의한 상호금융예금자보호기금에 출연하는 금액

 6. 「수산업협동조합법」에 의한 수산업협동조합중앙회가 「수산업협동조합의 구조개선에 관한 법률」에 의한 상호금융예금자보호기금에 출연하는 금액

 7. 「신용협동조합법」에 의한 신용협동조합중앙회가 동법에 의한 신용협동조합예금자보호기금에 출연하는 금액

 8. 「새마을금고법」에 의한 새마을금고연합회가 동법에 의한 예금자보호준비금에 출연하는 금액

 9. 「산림조합법」에 의한 산림조합중앙회가 동법에 의한 상호금융예금자보호기금에 출연하는 금액

 ⑦ 법 제29조 제5항에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액"이란 제1호의 금액에 제2호의 율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

 1. 당해 고유목적사업준비금의 잔액을 손금에 산입한 사업연도에 그 잔액을 손금에 산입함에 따라 발생한 법인세액의 차액

 2. 손금에 산입한 사업연도의 다음 사업연도의 개시일부터 익금에 산입한 사업연도의 종료일까지의 기간에 대하여 1일 1만분의 3의 율

 ⑧ 법 제29조 제6항에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 해당 비영리 내국법인의 수익사업에서 발생한 소득에 대하여 법 또는 「조세특례제한법」에 따른 비과세·면제, 준비금의 손금산입, 소득공제 또는 세액감면(세액공제를 제외한다)을 적용받는 경우를 말한다. 다만, 고유목적사업준비금만을 적용받는 것으로 수정신고한 경우는 제외한다.

(4) 쟁점④ 관련

 (가) 법인세법

 제19조(손금의 범위) ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비(損費)의 금액으로 한다.

 ② 제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

 제25조(접대비의 손금불산입) ① 내국법인이 각 사업연도에 지출한 접대비(제2항에 해당하는 금액은 제외한다)로서 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 초과하는 금액은 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

 ⑤ 제1항부터 제3항까지의 규정에서 "접대비"란 접대비 및 교제비, 사례금, 그 밖에 어떠한 명목이든 상관없이 이와 유사한 성질의 비용으로서 법인이 업무와 관련하여 지출한 금액을 말한다.

⑥ 접대비의 범위 및 지출증명 보관 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 (나) 법인세법 시행령

 제70조(이자소득 등의 귀속사업연도) ① 법 제40조 제1항 및 제2항을 적용할 때 이자 등의 익금과 손금의 귀속사업연도는 다음 각 호에 따른다.

 1. 법인이 수입하는 이자 및 할인액 : 「소득세법 시행령」 제45조에 따른 수입시기에 해당하는 날(한국표준산업분류상 금융보험업을 영위하는 법인의 경우에는 실제로 수입된 날로 하되, 선수입이자 및 할인액은 제외한다)이 속하는 사업연도. 다만, 결산을 확정함에 있어서 이미 경과한 기간에 대응하는 이자 및 할인액(법 제73조에 따라 원천징수되는 이자 및 할인액은 제외한다)을 해당 사업연도의 수익으로 계상한 경우에는 그 계상한 사업연도의 익금으로 한다.

(5) 쟁점⑤ 관련

 (가) 법인세법

 제23조(감가상각비의 손금불산입) ① 고정자산에 대한 감가상각비는 내국법인이 각 사업연도에 손금으로 계상한 경우에만 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액(이하 이 조에서 "상각범위액"이라 한다)의 범위에서 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 이를 손금에 산입하고, 그 계상한 금액 중 상각범위액을 초과하는 부분의 금액은 손금에 산입하지 아니한다. 다만, 해당 내국법인이 법인세를 면제·감면받은 경우에는 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 감가상각비를 손금에 산입하여야 한다.

 제40조(손익의 귀속사업연도) ① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

 ② 제1항에 따른 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 (나) 법인세법 시행령

 제24조(감가상각자산의 범위) ① 법 제23조 제2항에서 “건물, 기계 및 장치, 특허권 등 대통령령이 정하는 자산”이라 함은 다음 각 호의 고정자산(제2항의 자산을 제외하며, 이하 “감가상각자산”이라 한다)을 말한다.

 2. 다음 각목의 1에 해당하는 무형고정자산

  바. 개발비 : 상업적인 생산 또는 사용 전에 재료ㆍ장치ㆍ제품ㆍ공정ㆍ시스템 또는 용역을 창출하거나 현저히 개선하기 위한 계획 또는 설계를 위하여 연구결과 또는 관련 지식을 적용하는데 발생하는 비용으로서 당해 법인이 개발비로 계상한 것(산업기술연구조합육성법에 의한 산업기술연구조합의 조합원이 동 조합에 연구개발 및 연구시설 취득 등을 위하여 지출하는 금액을 포함한다)

 제31조(즉시상각의 의제) ① 법인이 감가상각자산을 취득하기 위하여 지출한 금액과 감가상각자산에 대한 자본적 지출에 해당하는 금액을 손금으로 계상한 경우에는 이를 감가상각한 것으로 보아 상각범위액을 계산한다.

 제72조(자산의 취득가액 등) ② 법 제41조제1항 및 제2항에 따른 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

 1. 타인으로부터 매입한 자산: 매입가액에 취득세, 등록면허세, 그 밖의 부대비용을 가산한 금액[법인이 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그 밖의 구축물 등(이하 이 호에서 "건물등"이라 한다)을 함께 취득하여 토지의 가액과 건물등의 가액의 구분이 불분명한 경우 법 제52조제2항에 따른 시가에 비례하여 안분계산한다]

 2. 자기가 제조·생산·건설 기타 이에 준하는 방법에 의하여 취득한 자산：원재료비·노무비·운임·하역비·보험료·수수료·공과금(취득세와 등록세를 포함한다)·설치비 기타 부대비용의 합계액

 (다) 기업회계기준서 제3호 [무형자산]

 <연구단계>

 39. 프로젝트의 연구단계에서는 미래 경제적 효익을 창출할 무형자산이 존재한다는 것을 입증할 수 없기 때문에 연구단계에서 발생한 지출은 무형자산으로 인식할 수 없고 발생한 기간의 비용으로 인식한다.

 40. 연구단계에 속하는 활동의 일반적인 예는 다음과 같다.

  ㈎ 새로운 지식을 얻고자 하는 활동

  ㈏ 연구결과 또는 기타 지식을 탐색, 평가, 최종 선택 및 응용하는 활동

  ㈐ 재료, 장치, 제품, 공정, 시스템, 용역 등에 대한 여러 가지 대체안을 탐색하는 활동

  ㈑ 새롭거나 개선된 재료, 장치, 제품, 공정, 시스템, 용역 등에 대한 여러 가지 대체안을 제안, 설계, 평가 및 최종 선택하는 활동

 <개발단계>

 41. 개발단계에서 발생한 지출은 다음의 조건을 모두 충족하는 경우에만 무형자산으로 인식하고, 그 외의 경우에는 경상개발비의 과목으로 하여 발생한 기간의 비용으로 인식한다.

  ㈎ 무형자산을 사용 또는 판매하기 위해 그 자산을 완성시킬 수 있는 기술적 실현가능성을 제시할 수 있다.

  ㈏ 무형자산을 완성해 그것을 사용하거나 판매하려는 기업의 의도가 있다.

  ㈐ 완성된 무형자산을 사용하거나 판매할 수 있는 기업의 능력을 제시할 수 있다.

  ㈑ 무형자산이 어떻게 미래 경제적 효익을 창출할 것인가를 보여줄 수 있다. 예를 들면, 무형자산의 산출물, 그 무형자산에 대한 시장의 존재 또는 무형자산이 내부적으로 사용될 것이라면 그 유용성을 제시하여야 한다.

  ㈒ 무형자산의 개발을 완료하고 그것을 판매 또는 사용하는 데 필요한 기술적, 금전적 자원을 충분히 확보하고 있다는 사실을 제시할 수 있다.

㈓ 개발단계에서 발생한 무형자산 관련 지출을 신뢰성 있게 구분하여 측정할 수 있다.

 42. 개발단계는 연구단계보다 훨씬 더 진전되어 있는 상태이기 때문에 프로젝트의 개발단계에서는 무형자산을 식별할 수 있으며, 그 무형자산이 미래 경제적 효익을 창출할 것임을 입증할 수 있다.

 43. 개발단계에 속하는 활동의 일반적인 예는 다음과 같다.

  ㈎ 생산 전 또는 사용 전의 시작품과 모형을 설계, 제작 및 시험하는 활동

  ㈏ 새로운 기술과 관련된 공구, 금형, 주형 등을 설계하는 활동

  ㈐ 상업적 생산목적이 아닌 소규모의 시험공장을 설계, 건설 및 가동하는 활동

  ㈑ 새롭거나 개선된 재료, 장치, 제품, 공정, 시스템 및 용역 등에 대하여 최종적으로 선정된 안을 설계, 제작 및 시험하는 활동

(6) 쟁점⑥ 관련

 (가) 법인세법 제40조(손익의 귀속사업연도) ① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

 ② 제1항에 따른 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 (나) 중재법 제35조(중재판정의 효력) 중재판정은 양쪽 당사자 간에 법원의 확정판결과 동일한 효력을 가진다.

(7) 쟁점⑦ 관련

 (가) 법인세법 제93조(외국법인의 국내원천소득) 외국법인의 국내원천소득은 다음 각 호와 같이 구분한다.

 10. 제1호부터 제9호까지의 규정에 따른 소득 외의 소득으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 소득

  나. 국내에서 지급하는 위약금이나 배상금으로서 대통령령으로 정하는 소득

 (나) 법인세법 시행령 제132조(국내원천소득의 범위) ⑩ 법 제93조 제10호 나목에서 "대통령령으로 정하는 소득"이란 재산권에 관한 계약의 위약 또는 해약으로 인하여 지급받는 손해배상으로서 그 명목여하에 불구하고 본래의 계약내용이 되는 지급자체에 대한 손해를 넘어 배상받는 금전 또는 기타 물품의 가액을 말한다.

 (다) 소득세법 제21조(기타소득) ① 기타소득은 이자소득·배당소득·사업소득·근로소득·연금소득·퇴직소득 및 양도소득 외의 소득으로서 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

 10. 계약의 위약 또는 해약으로 인하여 받는 위약금과 배상금

 (라) 민법

 제390조(채무불이행과 손해배상) 채무자가 채무의 내용에 좇은 이행을 하지 아니한 때에는 채권자는 손해배상을 청구할 수 있다. 그러나 채무자의 고의나 과실 없이 이행할 수 없게 된 때에는 그러하지 아니하다.

 제428조(보증채무의 내용) ① 보증인은 주채무자가 이행하지 아니하는 채무를 이행할 의무가 있다.

 제429조(보증채무의 범위) ① 보증채무는 주채무의 이자, 위약금, 손해배상 기타 주채무에 종속한 채무를 포함한다.

 ② 보증인은 그 보증채무에 관한 위약금 기타 손해배상액을 예정할 수 있다.

(8) 쟁점⑧ 관련

 (가) 법인세법 제73조(원천징수) ① 다음 각 호의 금액(금융보험업을 하는 법인의 수입금액을 포함하되, 대통령령으로 정하는 금융회사 등에 지급되는 소득으로서 대통령령으로 정하는 것과 법인세가 부과되지 아니하거나 면제되는 소득 등 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)을 내국법인에 지급하는 자(이하 이 조에서 "원천징수의무자"라 한다)가 그 금액을 지급하는 경우에는 지급하는 금액에 100분의 14(「소득세법」 제16조 제1항 제11호의 비영업대금의 이익인 경우에는 100분의 25)의 세율을 적용하여 계산한 금액에 상당하는 법인세를 원천징수하여 그 징수일이 속하는 달의 다음 달 10일까지 납세지 관할 세무서등에 납부하여야 한다.

 1. 「소득세법」 제127조 제1항 제1호의 이자소득금액

 ④ 원천징수의무자를 대리하거나 그 위임을 받은 자의 행위는 수권(授權) 또는 위임의 범위에서 본인 또는 위임인의 행위로 보아 제1항을 적용한다.

 ⑤ 제1항에 따라 대통령령으로 정하는 금융회사 등이 내국법인(거주자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)이 발행한 어음이나 채무증서를 인수·매매·중개 또는 대리하는 경우에는 금융회사 등과 그 내국법인 간에 대리 또는 위임의 관계가 있는 것으로 보아 제1항을 적용한다.

 (나) 법인세법 시행령

 제111조(원천징수) ② 법 제73조 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 금융회사 등"이란 다음 각 호의 법인을 말한다.

 1. 제61조 제2항 제1호부터 제28호까지의 법인

 ③ 법 제73조 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 소득을 말한다.

 1. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 투자회사 및 제2항 제16호의 자본확충목적회사의 경우: 법 제73조 제1항 각 호에서 정하는 이자소득금액 및 투자신탁의 이익

 2. 그 밖의 금융회사 등의 경우: 법 제73조 제1항 각 호에서 정하는 이자소득금액 및 투자신탁의 이익 중 법 제73조 제8항에 따른 원천징수대상채권등(「전자단기사채등의 발행 및 유통에 관한 법률」에 따라 발행되는 만기 1개월 이내의 전자단기사채를 제외한다)의 이자, 할인액 및 투자신탁의 이익(이하 제4항, 제113조 및 제138조의3 제1항에서 "이자등"이라 한다)을 제외한 소득

 ⑥ 법 제73조를 적용할 때 이자소득금액의 지급시기는 「소득세법 시행령」 제190조 각호에 규정된 날로 한다. 다만, 제61조 제2항 제1호부터 제7호까지 및 제10호의 법인이 같은 법 시행령 제190조 제1호에 따른 조건의 어음을 발행하여 매출하는 경우에는 해당 어음을 할인매출하는 날에 이자등을 지급하는 것으로 보아 원천징수하고, 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 신탁업자가 운용하는 신탁재산에 귀속되는 소득금액은 「소득세법」 제155조의2에 따른 특정일에 지급하는 것으로 보아 원천징수한다.

 제113조(채권등의 보유기간이자상당액에 대한 원천징수대상금액 등) ① 법 제73조를 적용할 때 채권등의 이자등(채권등의 이자등을 지급받기 전에 매도하는 경우에는 채권등을 매도하는 경우의 이자등을 말한다)에 대한 원천징수대상소득은 내국법인이 채권등(「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 신탁업자가 운용하는 신탁재산에 귀속되는 채권등을 포함한다)을 취득하여 보유한 기간에 발생한 소득으로 한다.

 ② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 채권등을 취득하여 보유한 기간에 발생한 소득은 채권등의 액면가액 등에 제1호 각목의 기간과 제2호 각목의 이자율 등을 적용하여 계산한 금액(이하 이 조, 제114조의2 및 제138조의3에서 "보유기간이자상당액"이라 한다)으로 한다.

 1. 채권등을 보유한 기간

  가. 채권등의 이자소득금액을 지급받기 전에 매도하는 경우에는 당해 채권등을 취득한 날 또는 직전 이자소득금액의 계산기간종료일의 다음날부터 매도하는 날(매도하기 위하여 알선·중개 또는 위탁하는 경우에는 실제로 매도하는 날)까지의 기간. 다만, 취득한 날 또는 직전 이자소득금액의 계산기간종료일부터 매도하는 날 전일까지로 기간을 계산하는 약정이 있는 경우에는 그 기간으로 한다.

  나. 채권등의 이자소득금액을 지급받는 경우에는 당해 채권등을 취득한 날 또는 직전 이자소득금액의 계산기간종료일의 다음날부터 이자소득금액의 계산기간종료일까지의 기간. 다만, 취득한 날 또는 직전 이자소득금액의 계산기간종료일부터 매도하는 날 전일까지로 기간을 계산하는 약정이 있는 경우에는 그 기간으로 한다.

 제132조(국내원천소득의 범위) ⑩ 법 제93조 제10호 나목에서 "대통령령으로 정하는 소득"이란 재산권에 관한 계약의 위약 또는 해약으로 인하여 지급받는 손해배상으로서 그 명목여하에 불구하고 본래의 계약내용이 되는 지급자체에 대한 손해를 넘어 배상받는 금전 또는 기타 물품의 가액을 말한다.

 (다) 소득세법 제155조(원천징수의 배제) 제127조 제1항 각 호의 소득으로서 발생 후 지급되지 아니함으로써 소득세가 원천징수되지 아니한 소득이 종합소득에 합산되어 종합소득에 대한 소득세가 과세된 경우에 그 소득을 지급할 때에는 소득세를 원천징수하지 아니한다.

 (라) 소득세법 시행령

 제45조(이자소득의 수입시기) 이자소득의 수입시기는 다음 각 호에 따른 날로 한다.

 1. 법 제16조 제1항 제12호 및 제13호에 따른 이자와 할인액

　 약정에 따른 상환일. 다만, 기일 전에 상환하는 때에는 그 상환일

 2. 법 제46조 제1항의 규정에 의한 채권등으로서 무기명인 것의 이자와 할인액

　 그 지급을 받은 날

 3. 법 제46조 제1항의 규정에 의한 채권등으로서 기명인 것의 이자와 할인액

    약정에 의한 지급일

 제190조(이자소득 원천징수시기에 대한 특례) 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 이자소득에 대해서는 다음 각 호에 따른 날에 그 소득을 지급한 것으로 보아 소득세를 원천징수한다.

 1. 금융회사 등이 매출 또는 중개하는 어음, 「전자단기사채등의 발행 및 유통에 관한 법률」 제2조에 따른 전자단기사채등(이하 이 호에서 "전자단기사채등"이라 한다), 「은행법」 제2조에 따른 은행(「법인세법 시행령」 제61조 제2항 제2호부터 제4호까지의 규정에 따른 은행을 포함한다. 이하 이 조에서 "은행"이라 한다) 및 「상호저축은행법」에 따른 상호저축은행이 매출하는 표지어음으로서 보관통장으로 거래되는 것(은행이 매출한 표지어음의 경우에는 보관통장으로 거래되지 아니하는 것도 포함한다)의 이자와 할인액. 다만, 어음 및 전자단기사채등이 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제294조에 따른 한국예탁결제원에 발행일부터 만기일까지 계속하여 예탁된 경우에는 해당 어음 및 전자단기사채등의 이자와 할인액을 지급받는 자가 할인매출일에 원천징수하기를 선택한 경우만 해당한다.

　 할인매출하는 날

 2. 그 밖의 이자소득

 제45조 제1호부터 제5호까지, 제7호부터 제9호까지, 제9호의2 및 제10호에서 규정한 날

(9) 쟁점⑨ 관련

 (가) 부가가치세법

 제1조(과세대상) ① 부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 부과한다.

 1. 재화 또는 용역의 공급

 2. 재화의 수입

 ③ 제1항에서 용역이라 함은 재화 이외의 재산적 가치가 있는 모든 역무 및 기타 행위를 말한다.

 제7조(용역의 공급) ① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 역무를 제공하거나 재화ㆍ시설물 또는 권리를 사용하게 하는 것으로 한다.

 (나) 부가가치세법 시행령

 제33조(금융․보험용역의 범위) ④ 제1항의 규정에 불구하고 다음 각 호의 1에 해당하는 용역은 이를 금융·보험용역으로 보지 아니한다.

 1. 복권·입장권·상품권·지금형주화 또는 금지금에 관한 대행용역. 다만, 수익증권 등 금융업자의 금융상품 판매대행용역, 유가증권의 명의개서대행용역, 수납·지급대행용역 및 국가·지방자치단체의 금고대행용역은 제외한다.

 4. 제1호 및 제2호에 규정된 것과 유사한 용역 및 그 밖에 기획재정부령이 정하는 용역

 (다) 농업협동조합법

 제134조(사업) ① 중앙회는 다음 각 호의 사업의 전부 또는 일부를 수행한다.

 2. 농업경제사업

  가. 회원을 위한 구매․판매․제조․가공 등의 사업