주 문

  OOO세무서장이 2017.3.7. 청구법인에게 한 2012년 귀속 원천징수분 배당소득세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

이 유

 1. 처분개요

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

 (1) ｢조세특례제한법｣ 제68조 제4항에 따라 농업소득에서 발생한 배당소득에 대하여 소득세가 면제되는바, 쟁점법인은 종자를 연구․개발․생산하여 판매하는 농업회사법인이고, 쟁점법인이 종자를 농민들에게 판매하여 얻은 소득은 작물재배업 중 종자 및 묘목생산업을 영위하여 얻은 소득에 해당하므로, 쟁점법인의 배당소득 지급시 청구법인에게 원천징수의무가 없다.

 (2) 설령, 쟁점법인의 소득이 농업소득이 아닌 도․소매업을 영위함에 따른 소득에 해당한다고 하더라도, 쟁점법인의 소득을 ｢조세특례제한법｣상 농업소득으로 볼 수 있는지 여부는 세법해석의 의의가 있는 경우에 해당하므로 가산세를 면제하여야 한다.

나. 처분청 의견

 (1) 쟁점법인은 판매용 종자를 재배하기 위한 농지를 소유하거나 임차한 사실이 없고, 계약재배를 통해 농가에서 재배한 종자를 수매하여 판매하고 있을 뿐 자기의 계산과 책임으로 작물을 재배한 사실이 없으므로, 쟁점법인의 주주들은 ｢조세특례제한법｣ 제68조 제4조의 배당소득세 감면대상에 해당하지 않는다.

 (2) 쟁점법인의 경우 해외위탁 채종비율이 매년 96～98%에 이르고 있어 농업을 기업화·규모화하였으므로, 쟁점법인의 소득을 농업소득으로 보는 것은 국내 농업의 생산성을 향상시키고자 하는 ｢조세특례제한법｣ 제68조의 입법 취지에 맞지 않는다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

 ① 쟁점법인의 주주가 받은 배당소득이 ｢조세특례제한법｣ 제68조 제4항에 따른 감면소득에 해당하지 아니함에도 불구하고 청구법인이 원천징수의무를 이행하지 아니한 것으로 보아 청구법인에게 원천징수분 배당소득세를 과세한 처분의 당부

 ② 청구법인에게 가산세를 감면할 정당한 사유가 있는지 여부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

 (1) 처분청의 심리자료 및 청구법인의 항변서 등에는 다음과 같은 사실이 나타난다.

  (가) 조사청이 조사한 내용에 의하면, 쟁점법인은 주로 국내연구소에서 연구개발⋅생산(일부 국외 소재의 현지법인으로부터 매입)한 원종의 대부분을 채종농가 등에게 무상으로 제공하고, 나머지를 다른 업체에게 유상으로 판매한 소득을 사용료소득으로 인식하면서 부가가치세를 납부하고 있다.

 또한, 2014사업연도(2013.10.1.～2014.9.30.)의 종자 거래흐름 및 매입․매출액 내역을 보면, 계약에 따른 채종으로 국내(농가가 생산한 수확물의 수매액 OOO원) 및 국외[현지법인OOO 또는 종자생산업체 등OOO으로부터 수입한 금액 OOO원(95%)]에서 매입한 OOO를 가공․포장하여 국내(OOO원) 및 국외(현지법인에게 OOO원, 종자업체등에게 OOO원)에 매출(합계 OOO원)하였고, 관련된 소득에 대하여 2010년 농업회사법인으로 전환한 후인 2011사업연도부터 2015사업연도까지 법인세가 면제되는 것으로 하여 법인세 신고를 하였으며, 2015사업연도(2014.10.1.～2015.9.30.)의 경우 전체 매출액 중 종자(고추, 무, 배추 등)의 매출액 비중이 대부분(95%)인 것으로 나타난다.

  (나) 쟁점법인의 2014사업연도 사업보고서에 의하면, 아래 <표1>과 같이 상품종자의 원재료인 OOO가 유일한 원재료인 것으로 나타난다.

  (다) 한국표준산업분류의 총설 중 ‘산업분류의 적용원칙’에는 수수료 또는 계약에 의하여 활동을 수행하는 단위의 경우 자기의 계정 및 책임 하에서 생산하는 단위와 동일한 항목에 분류되어야 하고, 자기가 직접 실질적인 생산활동을 하지 아니하고 다른 계약업자에게 의뢰하여 재화 또는 서비스를 자기계정으로 생산하도록 하여 이를 자기의 명의 및 책임 하에서 판매하는 단위의 경우 해당 재화 또는 서비스를 직접 생산하는 단위와 동일한 산업으로 분류(제조업의 경우에는 그 제품의 고안에 중요한 역할을 하고 자기계정으로 재료를 제공하여야 함)하는 것으로 규정되어 있다.

  (라) OOO에게 이 건 과세처분이 종자업체 전체로 확대될 경우 종자산업의 육성을 통한 종자주권의 확보, 농업의 신성장동력 육성 등을 하려는 정책의 기조 및 종자산업의 기반이 흔들릴 우려가 있다고 보아 농업회사법인인 종자업체의 종자생산활동이 ｢조세특례제한법｣ 제68조 제1항에 따른 작물재배업에 해당되는지 여부를 질의하였고, OOO은 2017.8.25. 시행한 회신(법인세과-1014)에서 농업회사법인이 원원종을 개발․재배하여 원종을 생산한 후 이를 국내․외에 위탁하여 채종한 OOO를 가공하여 생산한 상품종자를 판매함으로써 얻은 소득은 ｢조세특례제한법｣ 제68조에 따른 농업소득에 해당하는 것으로 해석하였다.

 (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여,

  (가) 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다.

 처분청은 쟁점법인이 국외 현지법인 및 국외 종자생산업체에게 원종을 무상제공하여 대량생산된 OOO를 매입한 후 이를 가공‧판매하여 발생한 소득은 쟁점법인이 자신의 계산과 책임하에 OOO를 생산한 것으로 볼 수 없어 작물재배업에서 발생한 소득에 해당하지 아니하므로 이를 원천으로 한 쟁점법인의 소득이 ｢조세특례제한법｣ 제68조에 의해 소득세가 면제되는 배당소득에 해당하지 아니한다는 의견이다.

 그러나, 쟁점법인과 채종농가 등 간에 체결된 계약서 등에 의하면, 채종농가 등이 하는 OOO의 생산활동이 쟁점법인의 지도․감독에 의하여 이루어지고 쟁점법인이 채종농가 등에게 OOO의 생산비용과 더불어 원종(OOO 생산의 원재료에 해당)의 불량 등으로 생산중단시 발생한 비용, 채종농가 등의 귀책이 없이 발생(검역에 따른 발병 등)한 하자있는 OOO의 수매대가 등을 부담한 것 등으로 볼 때, 쟁점법인의 책임과 계산으로 OOO를 생산한 것이 아니라고 단정할 수 없는 점, 쟁점법인이 국외에 소재한 농가, 현지법인, 종자생산업체 등으로 하여금 생산하도록 한 OOO를 수입한 것은 OOO의 재배에 필요한 농지 입지의 특성(넓은 면적, 다른 품종과의 교잡방지를 위한 2km 이상의 격리, 원종의 유출방지, 장마의 회피 등 기후, 다량의 수확 등)상 국내에서 수급에 필요한 OOO를 확보할 만큼의 해당 농지가 부족하여 불가피한 것으로 보이는 점, 쟁점법인이 채종농가 등에 제공한 원종은 오랜 기간(유전자원의 수집․개발에 2～7년, 원원종․원종의 생산에 3년) 동안 연구개발․생산된 것(OOO의 생산기간은 6개월)임을 볼 때 그 활동이 OOO의 생산 및 상품종자의 생산․판매와 더불어 일련의 종자생산활동을 구성하고, 이는 한국표준산업분류에서 규정한 작물재배업(종자를 재배․생산하는 산업활동, 분류기호 : 0112)에 해당하는 것으로 보이는 점 등에 비추어 볼 때, 농업회사법인인 쟁점법인이 원원종을 연구개발․재배하여 원종을 생산한 후 계약에 따라 이를 국내외의 채종농가 등에게 제공하여 생산하도록 한 OOO를 매입․가공하여 생산한 상품종자를 판매함으로써 얻은 소득은 ｢조세특례제한법｣ 제68조에 따른 농업소득에 해당하고, 그에 따라 이를 원천으로 지급한 배당금은 소득세가 면제되는 배당소득에 해당하는 것으로 판단된다.

  (나) 다음으로, 쟁점②는 쟁점①의 청구주장이 받아들여져 심리의 실익이 없으므로 그 심리를 생략한다.

4. 결론

  이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령

 (1) 조세특례제한법(2013.1.1. 법률 제11614호로 일부개정되기 전의 것)

 제2조(정의) ③ 이 법에서 사용되는 업종의 분류는 이 법에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 「통계법」 제22조에 따라 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 따른다. 다만, 한국표준산업분류가 변경되어 이 법에 따른 조세특례를 적용받지 못하게 되는 업종에 대해서는 한국표준산업분류가 변경된 과세연도와 그 다음 과세연도까지는 변경 전의 한국표준산업분류에 따른 업종에 따라 조세특례를 적용한다.

 제68조(농업회사법인에 대한 법인세의 면제 등) ① 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」에 따른 농업회사법인(이하 "농업회사법인"이라 한다)에 대해서는 2012년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 농업소득에 대한 법인세를 면제하고 농업소득 외의 소득 중 대통령령으로 정하는 소득에 대한 법인세를 제6조 제1항을 준용하여 감면한다.

② 대통령령으로 정하는 농업인이 2012년 12월 31일 이전에 농지 또는 초지를 농업회사법인(「농지법」에 따른 농업법인의 요건을 갖춘 경우만 해당한다)에 현물출자함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제한다. 이 경우 제66조 제5항부터 제8항까지의 규정을 준용한다.

③ 대통령령으로 정하는 농업인이 2012년 12월 31일 이전에 농업회사법인에 「농어업·농어촌 및 식품산업 기본법」 제3조 제1호 가목에 따른 농작물재배업·축산업 및 임업에 직접 사용되는 부동산(제2항에 따른 농지 및 초지는 제외한다)을 현물출자하는 경우에는 이월과세를 적용받을 수 있다.

④ 농업회사법인에 출자한 거주자가 2012년 12월 31일까지 받는 배당소득 중 농업소득에서 발생한 배당소득 전액에 대해서는 소득세를 면제하고, 농업소득 외의 소득 중 대통령령으로 정하는 소득에서 발생한 배당소득은 「소득세법」 제14조 제2항에 따른 종합소득과세표준에 합산하지 아니한다. 이 경우 농업소득에서 발생한 배당소득과 농업소득 외의 소득 중 대통령령으로 정하는 소득에서 발생한 배당소득의 계산은 대통령령으로 정하는 바에 따른다.

⑤ 제1항·제3항 및 제4항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 신청을 하여야 한다.

 (2) 조세특례제한법 시행령(2012.12.28. 대통령령 제24271호로 일부개정되기 전의 것)

 제65조(농업회사법인에 대한 세액 감면 등) ① 법 제68조 제1항 및 제4항에서 "대통령령으로 정하는 소득"이란 다음 각 호의 소득(이하 이 조에서 "농업소득외 소득"이라 한다)을 말한다.

1.「농어업·농어촌 및 식품산업 기본법 시행령」 제2조에 따른 축산업, 임업에서 발생한 소득

2.「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 시행령」 제19조 제1항에 따른 농업회사법인(이하 이 조에서 "농업회사법인"이라 한다)의 부대사업에서 발생한 소득

3. 농산물 유통·가공·판매 및 농작업 대행에서 발생한 소득

② 법 제68조 제4항 후단에 따라 농업소득에서 발생한 배당소득 및 농업소득외 소득에서 발생한 배당소득은 각 배당시마다 다음 각 호의 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 이 경우 각 소득금액은 배당확정일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도에 해당하는 분으로 하며, 각 소득금액이 음수인 경우 영으로 본다.

1. 농업소득에서 발생한 배당소득 : 농업회사법인으로부터 지급받은 배당소득 × 농업소득금액 / [농업소득금액 + 농업소득외 소득금액 + 농업소득외 소득을 제외한 그 밖의 농업소득외 소득금액(이하 이 조에서 "기타농업소득외 소득금액"이라 한다]

2. 농업소득외 소득에서 발생한 배당소득 : 농업회사법인으로부터 지급받은 배당소득 × 농업소득외 소득금액 / (농업소득금액 + 농업소득외 소득금액 + 기타농업소득외 소득금액)

③ 법 제68조 제1항 또는 제3항에 따라 법인세를 감면받거나 이월과세를 적용받으려는 자는 과세표준신고와 함께 기획재정부령이 정하는 세액감면신청서 및 면제세액계산서 또는 이월과세적용신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 이 경우 이월과세적용신청서는 농업회사법인과 함께 제출하여야 한다.

④ 법 제68조 제4항에 따라 배당소득에 대한 소득세를 면제받으려는 자는 해당 배당소득을 지급받는 때에 기획재정부령이 정하는 세액면제신청서를 농업회사법인에 제출하여야 한다. 이 경우 농업회사법인은 배당금을 지급한 날이 속하는 달의 다음달 말일까지 조합원이 제출한 세액면제신청서를 원천징수 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

 (3) 농어업·농어촌 및 식품산업 기본법 시행령(2013.3.23. 대통령령 제24484호로 일부개정되기 전의 것)

 제2조(농업의 범위) 「농어업·농어촌 및 식품산업 기본법」(이하 "법"이라 한다) 제3조 제1호 가목에 따른 농업은 다음 각 호와 같다.

1. 농작물재배업 : 식량작물 재배업, 채소작물 재배업, 과실작물 재배업, 화훼작물 재배업, 특용작물 재배업, 약용작물 재배업, 버섯 재배업, 양잠업 및 종자·묘목 재배업(임업용 종자·묘목 재배업은 제외한다)

2. 축산업 : 동물(수생동물은 제외한다)의 사육업·증식업·부화업 및 종축업

3. 임업 : 육림업(자연휴양림·자연수목원의 조성·관리·운영업을 포함한다), 임산물 생산·채취업 및 임업용 종자·묘목 재배업