주 문

OOO세무서장이 2016.8.18. 청구법인에게 한 2012～2014사업연도 법인세 합계 OOO원)의 부과처분은,

(1) 청구법인의 성과급 관리규정이 제정(2012.2.8.)되기 전인 2011년～2012년 1월 기간 동안 대표이사 및 임원(총 7명)에게 지급한 상여금 합계 OOO원 중 직원들에게 지급한 상여금의 평균지급률을 초과하지 아니하는 부분은 손금에 산입하고,

(2) 성과급 관리규정이 제정된 후인 2012년 2월～2013년 기간 동안 대표이사 및 임원에게 지급한 상여금의 합계 OOO원)을 손금에 산입하며,

(3) 청구법인이 2014.11.13. 주식회사 OOO로부터 OOO기술에 대해 「조세특례제한법」 제12조 제2항에 따른 기술취득 등에 대한 과세특례를 적용하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

이 유

1. 처분개요

가. 청구법인은 2000.4.12.부터 이미지센서 및 카메라모듈의 개발, 제조 및 공급업을 영위하고 있다.

나. OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2016.1.21.～2016.4.16. 기간 동안 청구법인에 대한 법인세통합조사를 실시한 결과,

청구법인이 2012.2.8. 성과급 지급규정을 제정하기 전인 2011년～2012년 1월 기간 동안 대표이사 및 임원들(총 7명)에게 지급한 상여금 합계 OOO원, 이하 “쟁점①상여금”이라 한다)을 손금불산입하고,

성과급 지급규정이 제정된 이후인 2012년 2월～2013년 기간 동안 대표이사 및 임원들에게 지급한 상여금 합계 OOO원) 중 직원의 성과상여금에 대한 최고 지급률(2012년 상반기는 월 기본급의 350%, 2012년 하반기는 400%, 2013년은 600%)을 초과하는 금액인 OOO원이고, 이하 “쟁점②상여금”이라 하며, 쟁점①상여금과 함께 “쟁점상여금”이라 한다)을 구체적인 성과급 산출근거가 없어 손금불산입하며,

한편, 청구법인이 2014.11.13. 주식회사 OOO(이하 “청구외법인”이라 한다)로부터 6개의 특허 등록 및 출원 중인 기술과 11개의 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)]에 취득하고, 「조세특례제한법」 제12조 제2항에 따른 기술취득 등에 대한 과세특례를 적용하여 2014사업연도 법인세 신고시 OOO원) × 7%]의 세액공제를 적용받은 것은 (쟁점기술이 함께 취득한 특허권과 서로 유사하여) 중복특례에 해당하는 것으로 보아 이를 부인하는 내용의 과세자료를 처분청에 통보하였다.

다. 처분청은 이에 따라 아래 <표1>과 같이 쟁점상여금을 대표이사 및 임원들에 대한 상여로 처분하고 손금불산입하며, 쟁점금액에 대하여 한 세액공제 OOO원)을 각 경정․고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2016.11.11. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

 (1) 쟁점상여금은 손금산입 대상이다.

 청구법인은 이미지센서를 연구개발 및 생산하는 OOO 전문업체(반도체 제조 공정 중 설계와 개발을 전문화한 회사)로 2000년 4월에 설립되어 2005년 12월에 OOO에 상장하였으나, 2009년 5월 영업실적부진으로 상장폐지되었다.

 그 후 OOO방식의 이미지센서를 개발하여 보안용 및 자동차 카메라 시장에서 성공적인 경영성과를 달성하였고 2015년 5월 코스닥에 상장하였다.

 청구법인은 설립이래로 임직원에 대한 상여금 및 성과상여금을 지급하지 못하였으나, 2010년부터 실적이 좋아짐에 따라 과거에 삭감한 급여 및 임직원의 노고에 대한 보상과 동기부여를 위해 성과평가를 통하여 2011년부터 아래 <표2>와 같이 상여금 및 성과상여금을 지급하였다.

  (가) 청구법인의 임직원에 대한 인사고과 및 급여제도는 설립연도부터 유사한 시스템으로 운영되어 왔고, 성과급 규정은 2012.2.8. 시행되어 왔던 제도를 토대로 이를 문서화한 것이며, 성과급 관리규정이 제정되기 이전에도 묵시적인 성과평가 기준에 따라 2011년 성과급이 지급되었다.

  조사청은 2012.2.8. 성과급 관리규정이 제정되기 전에는 주주총회를 통해 임원의 보수한도만을 정하고 있을 뿐 임원상여금에 대한 구체적이고 객관적인 지급기준, 산출방법 및 시기 등을 정하고 있지 않은 것으로 보아 청구법인이 지급한 쟁점①상여금 전액을 손금불산입 하였으나, 청구법인은 설립년도(2000년)에 인사고과규정(A-09)을 마련하여 임직원에 대하여 능력고과와 업적고과를 실시하였고, 인사위원회규정(A-08)을 마련하여 임원 및 부서팀장이 평가한 능력고과와 업적고과를 기준으로 대표이사를 위원장으로 한 위원회를 개최하여 직전 연도에 계획한 기업전체 OOO) 달성률을 기초로 부서단위 및 개인별 OOO 달성률을 가감하여 임직원 개인별 상여금에 대한 지급률을 결정하였다.

  현재 시행되고 있는 인사노무관련 규정(A-05)에서도 동일한 인사고과제도 및 인사위원회 규정이 있고, 이를 토대로 2012.2.8. 성과급 관리규정을 제정하였는바, 성과급 규정을 제정하기 전에도 묵시적인 지급기준에 의하여 지급한 것이며, 지급률도 인사위원회를 통해 수익창출에 대한 기여도를 반영하여 결정하였고, 실제 성과급 규정이 제정되면서 임․직원의 기본 지급률과 한도액이 설정된 것 외에 상여금 지급체계는 제정 전과 동일하다.

  조세심판원의 선결정례(조심 2015서4678, 2016.2.23.)에서도 임원상여금을 임원들이 자의적으로 결정한 것이 아니라 전 임직원에게 적용된 묵시적인 지급기준에 따른 경우 그 지급액이 과다한 수준이 아니라면 통상적인 인건비의 범위로 볼 수 있다고 판단하였는바, 청구법인에서 지급한 쟁점①상여금은 능력고과 및 업적고과 평가를 실시하고 인사위원회를 통해 지급된 것이므로 자의적으로 결정된 것이 아니다.

  처분청은 묵시적인 인사고과 기준은 세법에서 정한 임원 상여금의 지급규정에 해당하지 않는다고 주장하나, 청구법인은 설립년도에 인사고과 및 인사위원회규정을 마련하였고 이에 기초하여 임직원 개인별 상여금 지급률을 결정하였는바, 청구법인의 임직원들은 매년 기업전체, 부서별 및 개인별 성과평가가 있고 이에 따라 상여금 지급여부가 결정되는 시스템이 존재한다.

  (나) 임원의 보수는 법인의 경영실적과 그 임원의 지위와 역할 등을 종합적으로 고려하여 자유롭게 정할 수 있는 것이고, 대표이사 및 임원이 청구법인의 수익창출 및 이익극대화에 공헌한 바가 크므로 2012.2.8. 제정한 성과급 관리규정에 근거하여 대표이사 및 임원에게 지급한 쟁점②상여금이 과다하다고 볼 수 없다.

  처분청은 성과급 관리규정을 제정한 후 지급한 쟁점②상여금에 대한 지급률이 구체적이지 않고, 임원의 특별한 기여에 대한 객관적인 자료를 제시한 바가 없으므로 직원의 최고 지급률을 초과하여 지급한 부분은 사실상 이익처분에 의하여 지급한 것으로 보아 손금불산입해야 한다고 주장하나, 성과급 관리규정을 살펴보면, 상여금 지급한도를 직원은 연봉의 200%, 대표이사를 제외한 임원은 연봉의 500%, 대표이사는 임원의 잔여 보수한도 범위 내에서 지급하도록 규정하고 있는바, 이는 직원과 임원의 기여도가 다르다는 것을 전제로 하여 규정한 것으로 직원의 최고 지급률을 이익처분 상여금 해당여부에 대한 기준으로 삼은 것은 임원과 직원의 기여도가 동일할 것이라는 자의적인 판단에 의한 것이다.

  조세심판원의 선결정례(조심 2013서1591, 2014.4.28.)를 보면, 사실상 이익처분이 되기 위해서는 수익창출에 대한 기여도와 비교하여 그 지급금액이 과다한지 여부가 가장 중요하다고 판단하고 있는바 청구법인 임원의 수익 및 이익창출에 대한 특별한 기여도를 아래 <표3>과 같이 주장하였으나, 처분청은 이를 검토하지 아니하고 일방적인 결정을 하였다.

  <표3>에서 살펴본 바와 같이 청구법인 대표이사의 목표시장 전환 결정에 따라 2008년 OOO원)으로 급격하게 상승하였고, 2008년 OOO원이던 영업현금흐름이 2013년 OOO원으로 급격하게 상승하는 등 각 임원들이 각자의 역할을 충실히 수행하여 청구법인의 수익창출에 특별한 기여를 하고 있다.

  청구법인이 지급한 쟁점②상여금의 비중이 매출액의 2.2%～3.2% 수준이고, 세전이익의 6.8%～13.2% 수준이며, 아래 <표4>에서 보는 바와 같이 임직원 연봉대비 성과급 지급률도 높은 편이 아니므로 청구법인 임원의 수익창출 기여도를 고려하여 볼 때 과다한 수준은 아닌 것으로 판단된다.

  조사청은 직원에 대한 지급률 대비 임원에 대한 지급률을 임의로 과다하게 결정하였다고 주장하나, 단순히 지급률만을 비교하면 차이가 크다고 할 수 있으나 임원 상여금이 과다한지 여부는 수익창출에 대한 기여도, 매출액 및 당기순이익 비율 등을 고려하여 판단하여야 하는 것이고, 청구법인은 성과급 지급률을 대표이사 등 임원들이 임의로 결정하는 것이 아니라 인사위원회에서 결정하고 있다.

  2014년과 2015년 상반기의 경우 성과급 관리규정상 지급규정에 부합하나 임원진의 특별한 경영성과가 보이지 않아 2014년과 2015년 상반기는 직원과 동일하게 규정에 맞게 지급하였고, 2015년 하반기의 경우 직원에게는 동기부여 및 사기진작 측면에서 성과급을 지급하고 임원들에게는 MBO 달성실패에 대한 책임을 물어 성과급 지급을 보류한바 있다.

  처분청은 임원의 의사결정만으로 수익을 창출할 수 없고 청구법인의 인사총무팀에서 작성한 성과급제도(안)를 근거로 회사 이익을 전사에 분배하기 위한 목적이라고 주장하나, 성과급제도(안)는 타 기업이 시행하고 있는 성과급 제도를 요약한 것일 뿐이고, 청구법인이 2012.2.8. 제정한 성과급 지급규정은 설립부터 시행되어 오던 인사고과 기준을 반영하여 마련한 것으로 오로지 이익을 기준으로 배분하는 이익배분제와는 차이가 있다.

  그리고 조사청은 목표시장 전환에 대한 대표이사 등의 공헌도가 과하다고 주장하나, 목표시장의 전환은 기업의 생존에 영향을 미치는 중요한 의사결정사항이라 할 수 있는바, 이는 대표이사를 포함한 임원이 결정하여야 할 사항이므로 전적으로 임원의 기여도에 해당된다고 판단된다.

  임원의 성과급 지급률은 MBO 성가평가에 설정된 목표이익 대비 실적 달성률에 따라 성과급 관리규정 제4조에 근거한 지급률을 기본 지급률로 산정하고, 그 사업연도의 시장상황과 경영환경의 변화, 개인별 성과에 따라 직원의 성과급 지급(안)을 작성한 후 목표 대비 200% 이상 초과하는 여러 성과가 나타날 경우 직원과 차등하여 산정하였다.

  대표이사의 지급률도 마찬가지로 경영실적 등이 목표 대피 200% 이상 초과하거나 여러 성과가 있었을 경우 임원의 차등지급한 배수 수준으로 설정하여 산정하였다.

  따라서 대표이사 및 임원은 직원과 달리 경영성과에 대한 책임과 의무가 과중한 역할을 수행하므로 그 공과에 대하여 차이를 둘 수밖에 없음을 전제로 성과급 관리규정을 제정하였고, 성과급을 지급한 시기는 큰 경영성과를 달성하였거나 경영상 특별한 의미가 있는 시기이며 그 지급배수도 성과급 지급한도 차등배수 수준에서 일관성 있게 지급된 것이다.

 (2) 쟁점금액은 「조세특례제한법」 제12조 제2항의 기술이전 및 기술취득 등에 대한 과세특례 대상이다.

 청구법인이 취득한 쟁점기술은 청구외법인이 자체 연구·개발한 기술비법으로 대부분 HD급 영상을 아날로그 방식으로 장거리 전송할 수 있는 기술로, HD급 영상전송방식은 현재 영상보안 시장의 주류에 해당되어 청구법인이 취득한 쟁점기술은 시기적으로 오래된 기술이 아닌 현재 영상보안 시장의 경향에 부합하는 기술이다.

「조세특례제한법」 제12조 제2항 및 같은 법 시행령 제11조 제3항에서 자체 연구․개발한 특허권, 실용신안권, 기술비법 또는 기술은 국내에서 자체 연구․개발한 과학기술분야에 속하는 기술비법이라고 규정하고 있다.

 예규(재조세22607-134 1992.5.8.)에서는 과학기술분야에 속하는 기술비법이라 함은 자연과학과 밀접한 관련이 있는 사회과학의 원리․성과 등을 이용하여 산업 개발․사회복지 증진과 관련된 기술비법을 말하는 것으로서 제품의 제조비법이 아닌 경우에도 기술비법의 범위에 포함될 수 있는 것이라고 해석하고 있다. 즉, 세액공제 대상이 되는 기술비법은 과학기술분야에 속하는 기술비법이면 되지 등록을 요건으로 하지 않는다.

 청구법인이 신제품(이미지센서)을 개발하기 위해서는 IP기술개발이 선행되어야 하는 것이고, 쟁점기술은 전자회로이론, 전자설계자동화툴, 반도체의 물리적 성질분석, 통계 및 수학이론, 통신 및 컴퓨터지식 등을 기반으로 개발 및 설계되는 것으로 청구법인이 청구외법인으로부터 매수한 쟁점기술은 과학기술분야에 속하는 기술비법에 해당한다고 판단된다.

 조사청이 「조세특례제한법」 제12조 제2항에서 규정하는 기술취득세액공제에 대하여 청구외법인이 자체개발한 것인지 등에 대한 내용을 확인할 수 없다는 것을 세액공제 적용 배제사유 중 하나로 주장하나, 2014.11.13. 청구법인과 청구외법인 간 체결한 자산양수도계약서에서 쟁점기술의 개발비용이 1,812백만원으로 기재되어 있고, 협상과정 중 제시한 기초자료에 의하면 쟁점기술의 개발기간이 8～36개월이며, 제품화 전 실리콘 테스트까지 완료된 것으로 기술되어 있는 등 청구외법인이 쟁점기술을 자체개발한 것임을 알 수 있다.

 주식회사 OOO의 감정평가서에서 특허등록 및 출원 중인 기술 및 쟁점기술들이 사용된 제품의 매출이 현재까지 본격적으로 발생하지 않았다고 기술하여 쟁점기술은 외부에 공개된 적이 없고 청구외법인이 직접 연구개발한 과학기술분야 기술비법 해당된다고 보아야 한다.

 청구법인이 취득한 쟁점기술은 필수적인 기본 설계자산으로 권리자산인 특허권과 구별되고, 각각 그 내용이 다른 것이나 각 기술은 모두 보안용 영상시스템과 관련되어 있으며 기술적 효과가 모두 차량용 블랙박스 등의 제품과 연관되어 있어 상호 관련성이 있다고 소명한 것일뿐, 조사청의 주장대로 쟁점기술이 청구외법인이 등록한 특허기술에 이미 반영된 기술에 해당된다고 본다면, 청구법인 입장에서 특허권만 취득하면 되지 쟁점기술을 취득할 이유가 없는 것이다.

 청구법인이 취득한 쟁점기술은 권리자산인 특허권과 독립적으로 거래되는 기술로서 청구법인이 취득한 특허권을 활용하기 위해서는 반드시 쟁점기술을 취득하거나 사용료를 지불하고 임차하여야 하는 필수적인 설계자산이고, 일부 기술비법이 제품화(IP-03 : 2012년 3월 제품화, IP-10 : 2013년 8월 제품화) 되었으나, 취득당시 본격적인 매출은 이루어지지 않았으며, 제품양산 여부는 기술취득 세액공제의 요건에 해당하지 않는다.

 조사청이 제시한 예규(법인46012-200, 2000.1.20.)는 이미 공개된 타인의 기술비법을 개량하여 발전시킨 경우에 대한 것으로서 기술취득단계가 아닌 기술이전단계에 대한 해석으로 보인다.

 따라서,「조세특례제한법」 제12조 제2항 및 같은 법 시행령 제11조 제3항의 취지상 기술비법은 등록을 요건으로 하지 않고, 청구외법인이 직접 연구개발한 과학기술분야 기술비법이므로 쟁점기술은 세액공제 대상이 되는 것이고, 쟁점기술이 유사기술에 해당하여 특례를 중복 적용받은 것으로 보아 과세특례를 배제한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점상여금은 손금불산입 대상이다.

  (가) 청구법인은 2012.2.8. 성과급 관리규정이 제정되기 이전부터 현재까지 모든 임직원에 적용되던 묵시적인 인사고과 기준에 따라 성과급을 지급하였으므로 쟁점①상여금이 손금산입대상이라고 주장하나, 묵시적인 인사고과 기준은 세법에서 정한 임원 상여금 지급규정에 해당하지 않는다.

  청구법인이 제시한 인사위원회규정(A-08), 인사고과규정(A-09), 인사노무관련규정(A-05)을 보면, 성과급 지급기준 및 산출방법 등이 구체적으로 명시되어 있지 않고, 인사위원회의 구성원은 임원으로서 임원들이 종업원을 평가하기 위한 제도일 뿐이며, 묵시적인 인사고과시스템이라는 것은 세법에서 정한 임원상여금 규정에 해당하지 않고, 정관 또는 주주총회 등에서 임원 상여금에 대하여 인사위원회에 위임한 적도 없다.

  대법원 판례(대법원 2013.7.12. 선고 2013두4842 판결) 등에서는 임원 상여금에 대한 구체적인 지급기준 없이 주주총회에서 정한 임원 보수한도 내에서 지급한 상여금은 손금으로 인정하지 않고 있는바, 청구주장처럼 묵시적인 지급기준이 있고, 이에 따라 임원의 성과급에 일반 직원의 지급률인 208%를 훨씬 초과하는 4,762%의 지급률을 임의로 적용할 수 있다고 한다면, 법인의 의사결정에 영향력 있는 임원들이 자의적 결정으로 이익을 분여해갈 수 있어 이는 「법인세법 시행령」 제43조 제2항에서 급여지급기준을 초과하는 임원 상여금을 손금불산입 하도록 하는 취지를 부인하는 것이므로 쟁점①상여금은 손금불산입 대상으로 보아야 한다.

  이는 사실상 객관적인 기준에 의하여 지급된 상여금이라도 정관이나 주주총회·이사회의 결의에 의하여 결정된 상여금 지급규정 등에 근거하지 아니하고 지급된 임원상여금은 손금산입할 수 없다고 판단한 조세심판원의 선례정례(국심 1999서2678. 2000.6.20.) 등에서도 확인할 수 있다.

  청구법인은 설립연도부터 묵시적인 인사고과기준에 따라 상여금을 지급하였고, 임직원이 이에 대하여 인지하였으므로 이는 정당한 성과급 지급규정에 해당하여 임원 상여금을 손금산입하여야 한다고 주장하나, 인사고과기준에 따라 직원을 평가하였다 하더라도 2012.2.8. 이전에는 성과급 관리규정이 존재하지 아니하였고, 그 이후에도 임원 상여금의 한도만을 정하였을 뿐, 구체적인 지급률 및 지급기준이 존재하지 않는다.

  인사위원회의 결정은 사전적 지급규정과는 아무런 관련이 없고, 단지 지급당시의 내부결정에 불과하며, 대법원 판례(2012.9.27. 선고 2012두12617 판결 등)에 의하면 이는 지급규정 자체가 없는 것이라 할 수 있는 것이다.

  그리고 성과급 관리규정이 제정되기 이전부터 적용하고 있던 관련 규정이 있었고 단지 기존의 평가방법을 명문화한 것뿐이라면, 성과급 관리규정을 제정할 당시 인사․총무팀의 직원이 담당한 성과급 규정정비 등의 업무는 인사고과 평가내역에 기재될 이유가 없었을 것이다.

  (나) 청구법인은 대표이사 및 임원의 수익창출 및 이익극대화에 공헌한 바가 매우 크고 청구법인이 대표이사를 포함한 임원에게 지급한 쟁점②상여금은 그 공헌도를 고려하였을 때 과도하지 않으므로 이익처분에 의한 상여금이 아니라고 주장하나, 청구법인은 Fabless업체로서 기술개발 등이 전제되지 않는다면 임원의 의사결정만으로 수익을 창출할 수 없는바, 청구주장은 타당하지 않다.

  인사․총무팀에서 작성한 성과급 제도(안)는 Profit Sharing(이익분배제) 운영계획이라는 제목으로 회사 이익을 전사에 분배하기 위한 것이 목적임을 명확히 제시하였고, 제정된 성과급 지급규정에는 당기 순이익의 15% 이내에서 지급하며, 개인의 실적보다는 회사의 영업목표달성률에 따라 상반기에는 균등하게 지급하고, 하반기에는 균등률에 개인의 평가에 대하여 약간의 가감만을 할 뿐이어서, 개인의 성과에 대한 보상 성격이 아닌 법인의 영업성과를 분배하는 성격의 성과급임을 알 수 있다.

  성과급 관리규정을 제정할 당시 인사총무팀의 수행업무 및 성과급 제도(안), 인사․총무팀 직원의 문답서 등에 따르면, 신설된 성과급 제도가 이익분배성격의 성과급임을 확인하고 있음에도 청구법인은 세금을 회피할 목적으로 이를 모두 부인하고 있다.

  성과배분 상여금이란 청구법인이 제정한 성과급 규정과 유사한 방식의 성과급 제도로, 경영성과에 따라 초과달성이윤의 일정부분을 근로자에게 추가로 배분하는 것이고, 이익의 처분에 의한 상여금은 원칙적으로 손금에 해당되지 않음에도 성과급제도의 활성화를 통한 노사관계 안정 및 생산성 향상을 도모하기 위하여 임원이 아닌 근로자에게 지급한 배분금을 손금으로 인정해주기 위한 혜택에 해당한다 할 것인데, 청구법인은 이러한 취지를 오인하여 임원에 대한 상여금(쟁점②상여금)까지도 손금으로 처리한 것이다.

  이렇게 제정한 성과급 관리규정을 보면, 성과급 평가시점 및 평가지표는 정하였으나, 직원은 연봉 200%, 대표이사를 제외한 임원은 연봉 500% 한도 내에서 성과급을 지급하도록 하였고, 대표이사는 주주총회에서 결의된 보수한도 내에서 지급한다고 규정하여 이는 사실상 임원 상여금의 구체적인 지급기준이 아닌 상한만을 정한 것에 불과하며, 일반직원과 임원 간의 한도액 차등에 관하여는 아무런 설명이 없다.

  관련 판례(대법원 2012.9.27. 선고 2012두12617 판결 등)에서 성과급 지급기준이 명확하지 아니한 성과상여금은 손금에 해당하지 아니한다는 견해를 반영하여 일반직원 대비 임원의 상여금이 고액인 사유에 대한 아무런 기준이나 평가방법이 정해지지 아니하였기에 쟁점②상여금을 손금불산입한 것이다.

  청구법인은 이에 대하여 대표이사가 휴대폰용 이미지센서에서 보안용 이미지센서로 목표시장을 변경함으로써 매출신장에 기여한 바가 크고 거래업체의 변경 및 자금운영 등에 대한 공헌도가 크므로 쟁점②상여금이 과다하지 않다고 주장하나, 근로자의 50% 이상이 연구원으로 재직하고 있는 업체로 매년 꾸준한 기술개발로 특허등록을 하고 있고, 이러한 기술을 바탕으로 성장하고 있는 청구법인은 목표시장을 변경하려 해도 기술개발이 선행되지 않는다면 불가능한 것임에도, 시장전환에 따른 공헌도가 마치 대표이사를 포함한 임원에게만 과도하게 있는 것으로 주장하며 객관적으로 측정하기 어려운 성과를 전적으로 임원의 성과로 하여 직원 성과급 지급률의 10배까지도 임원에게 지급하는 것은 납득하기 어렵다.

  목표시장전환 등에 대한 공헌율이 영업이익에 얼마만큼 공헌을 했는지 임원과 직원의 기여도를 객관적으로 측정할 수 없는 상황에서 직원 지급률은 연봉의 200% 한도, 임원의 경우 연봉의 500% 한도, 대표이사의 경우 지급률에 대한 한도 없이 주주총회에서 결의된 보수한도 내에서 지급하도록 규정한 것은 대표이사의 지급률을 정하지 않은 것과 동일하다.

시장전환, 업체선정 및 자금집행 등의 의사결정은 임원의 고유 업무로서 이미 직위나 연봉에 그 역할에 대한 보상이 적절히 반영이 되는 것이고, 임원의 공헌도가 높다 할지라도 직원의 최고지급률과 같은 비율의 상여금을 지급하여도 연봉의 차이에 따라 수령하는 금액에도 차이가 있어 성과에 따른 적절한 보상이 이루어질 수 있는 것이다.

  성과급 지급규정상 MBO목표 달성률이 200% 이상일 경우 최고 400%의 성과급 지급률이 적용될 수 있으나, 400%를 초과하는 지급률에 대한 지급근거는 여전히 존재하지 아니한다.

  따라서 구체적인 지급률 없이 직원 지급률을 초과하여 지급한 쟁점②상여금은 손금불산입 대상이다.

 (2) 쟁점기술은 기술이전 및 기술취득 등에 대한 과세특례 대상에 해당하지 않는다.

 청구외법인은 2013년 법인세 신고시 무형자산으로 OOO원을 계상하였고, 2014년 청구법인에게 특허권 및 쟁점기술을 OOO원에 매각한 후 무형자산 처분이익 OOO원을 신고하였으며, 아래 <표5>와 같이 청구외법인의 대표이사를 포함한 근로자 8명 중 6명은 2014년 11월 청구법인에 입사하였다.

 청구외법인은 폐업 전까지 연구 및 인력개발비 세액공제를 신청한바 없고, 이월세액공제를 계상한 바 없어 청구법인은 청구외법인의 기술을 취득하는 방식으로 세액공제를 신청하였다.

 청구법인이 특허권 외에 세액공제를 신청한 쟁점기술 11건은 청구외법인이 등록한 특허기술에 이미 반영된 기술로서, 청구법인은 청구외법인으로부터 동시에 매입한 특허권과 쟁점기술에 대하여 「조세특례제한법」 제12조에 따른 기술취득 과세특례를 신청하였는바, 이는 유사기술에 대하여 중복하여 과세특례를 받은 것이다.

 조사청은 쟁점기술의 과세특례에 대한 해명을 요청하였고 청구법인이 2016.3.10. 제출한 소명서를 보면, 각각의 기술들이 상호 관련성이 있고, 특허출원시 이러한 쟁점기술을 응용하여 특허를 출원한 것으로 소명하였다.

 청구법인이 2014.11.13. 청구외법인으로부터 매입한 쟁점기술은 청구외법인이 직접 개발한 배타적 권리로서 과학기술분야에 속하는 기술비법에 해당하므로 과세특례 대상이라고 주장하나, 청구외법인이 쟁점기술을 청구외법인이 직접 개발하였는지가 논점이 아니고, 조사청은 청구법인이 청구외법인으로부터 쟁점기술과 동시에 취득한 특허권이 아래 <표6>에서 보는 바와 같이 서로 유사기술에 해당하여 중복특례에 해당하는 것으로 보아 쟁점기술에 대한 과세특례를 배제한 것이다.

 청구법인은 특허등록 및 출원 중인 기술과 쟁점기술간 유사성이 있다면 굳이 2가지를 따로 취득하지 않았을 것이라며 두 가지 기술이 상호 독립적이니 과세특례 또한 각각 이루어져야 한다는 주장이나, 특허권 및 쟁점기술을 각각 취득한 사실은 기업활동 상의 필요로 인한 것이고 중복 과세특례의 문제와는 별개의 사안으로서, 특허권은 영상신호 수신장치, DVR시스템 및 영상감지시스템에 대한 권리이며, 쟁점기술은 반도체 관련 이미지 센서를 위한 것으로 각각 기술의 사용범위, 목적 및 기능 등이 다른 것이고 청구법인의 생산활동 상의 필요에 의하여 2가지 기술을 따로 취득한 것이다.

 기술취득에 대한 세액공제의 취지는 개발된 신기술이 사장되는 것을 방지하고 기술발전을 도모하기 위한 것으로서, 특허권 및 특허권에 버금가는 기술이어야 하는바, 이미 공개된 타인의 기술비법을 개량하여 발전시킨 경우와 국내에서 당해 기술비법을 이용하여 생산한 제품과 동종의 제품이 다른 방법으로 생산되는 경우 기술비법으로 볼 수 없는 것(법인46012-200, 2000.1.20. 등)이므로 청구법인이 동시에 취득한 특허권과 쟁점기술은 상호 응용 및 연관된 기술에 해당하므로 쟁점기술에 대하여 과세특례를 배제한 처분은 정당하다.

 이에 대하여 청구법인은 기술취득단계가 아닌 기술이전단계의 해석이라고 주장하나, 이는 단지 청구법인의 견해일 뿐 이에 대한 근거를 제시하지 못하고 있고, 개발된 기술의 거래 활성화를 통하여 기술이 사장되는 것을 방지하고자 하는 이 법의 취지에 따라 기술취득과 기술이전시 적용하여야 하는 기술비법의 해석을 달리할 이유는 없는 것이다.

 만약, 청구주장처럼 처분청이 쟁점기술의 가치를 인정하지 않은 것이라면 가공의 거래로 보아 취득자산 및 원가를 부인하는 처분을 하였을 것이다.

 또한 국세청의 질의회신(서면인터넷방문상담2팀-1933, 2005.11.28.) 에 따르면, 출원 중에 있는 특허권·실용신안권 등은 「조세특례제한법」 제12조 제1항 제3호에 규정된 기술이전소득 등에 대한 세액감면을 적용받을 수 없는 것인바, 이는 스스로 개발한 고도의 기술을 유지 발전시키고자 하는 목적을 가진 이 법률을 이용하여 고도의 기술 또는 신기술임이 명확하지 않은 출원 중인 기술 등을 통하여 세액감면이 남용되는 것을 방지하기 위함이다.

 관련 판례(울산지방법원 2007.11.7. 선고 2007구합1686 판결)에서 「조세특례제한법」 제12조에 대하여 내국인이 스스로 연구, 개발한 것으로서 과학기술분야에 속하는 기술의 거래를 활성화하여 기술의 사장을 방지하고 신기술의 사업화를 촉진하기 위한 의도로 제정된 것이라고 하여 신기술 촉진목적의 입법의도를 판시하였다.

 따라서 청구주장처럼 스스로 개발한 기술이라 하여 기술 취득에 대한 세액감면을 무조건 인정해야 한다면, 약간의 응용만으로도 사용할 수 있는 기술을 사인 간 양도․양수 계약을 체결하여 무분별하게 세금을 탈루하는데 이용할 수 있을 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

 ① 성과급 관리규정이 제정(2012.2.8.)되기 전에 임원들에게 지급한 쟁점①상여금을 손금불산입하여 과세한 처분의 당부

 ② 성과급 관리규정의 제정 이후 임원들에게 지급한 상여금의 지급률이 명확하지 않은 것으로 보아 직원의 최고지급률을 초과하는 부분(쟁점②상여금)을 손금불산입하여 과세한 처분의 당부

 ③ 쟁점기술이 「조세특례제한법」 제12조에서 규정한 기술이전 및 기술취득에 대한 과세특례 적용대상인지 여부

나. 관련법령

 (1) 법인세법 제19조[손금의 범위] ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비(損費)의 금액으로 한다.

 ② 제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

 ④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 제20조[자본거래 등으로 인한 손비의 손금불산입] 다음 각 호의 손비는 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

 1. 잉여금의 처분을 손비로 계상[결산을 확정할 때 손비로 계상(計上)하는 것을 말한다. 이하 같다]한 금액. 다만, 대통령령으로 정하는 성과급은 제외한다.

 제26조[과다경비 등의 손금불산입] 다음 각 호의 손비 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 과다하거나 부당하다고 인정하는 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

 1. 인건비

 (2) 법인세법 시행령 제20조[성과급 등의 범위] ① 법 제20조 제1호 단서에서 "대통령령으로 정하는 성과급"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

 4. 내국법인이 근로자[다음 각 목의 어느 하나의 직무에 종사하는 자(이하 "임원"이라 한다)는 제외한다]와 성과산정지표 및 그 목표, 성과의 측정 및 배분방법 등에 대하여 사전에 서면으로 약정하고 이에 따라 그 근로자에게 지급하는 성과배분상여금

  가. 법인의 회장, 사장, 부사장, 이사장, 대표이사, 전무이사 및 상무이사 등 이사회의 구성원 전원과 청산인

  나. 합명회사, 합자회사 및 유한회사의 업무집행사원 또는 이사

  다. 유한책임회사의 업무집행자

  라. 감사

  마. 그 밖에 가목부터 라목까지의 규정에 준하는 직무에 종사하는 자

 제43조[상여금 등의 손금불산입] ① 법인이 그 임원 또는 사용인에게 이익처분에 의하여 지급하는 상여금(제20조 제1항 각 호의 1에 해당하는 성과급을 제외한다)은 이를 손금에 산입하지 아니한다. 이 경우 합명회사 또는 합자회사의 노무출자사원에게 지급하는 보수는 이익처분에 의한 상여로 본다.

 ② 법인이 임원에게 지급하는 상여금중 정관·주주총회·사원총회 또는 이사회의 결의에 의하여 결정된 급여지급기준에 의하여 지급하는 금액을 초과하여 지급한 경우 그 초과금액은 이를 손금에 산입하지 아니한다.

 ③ 법인이 지배주주등(특수관계에 있는 자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)인 임원 또는 사용인에게 정당한 사유없이 동일직위에 있는 지배주주등 외의 임원 또는 사용인에게 지급하는 금액을 초과하여 보수를 지급한 경우 그 초과금액은 이를 손금에 산입하지 아니한다.

 ⑦ 제3항에서 "지배주주등"이란 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 1 이상의 주식 또는 출자지분을 소유한 주주등으로서 그와 특수관계에 있는 자와의 소유 주식 또는 출자지분의 합계가 해당 법인의 주주등 중 가장 많은 경우의 해당 주주등(이하 "지배주주등"이라 한다)을 말한다.

 (3) 조세특례제한법(2015.12.15. 법률 제13560호로 개정되기 전의 것) 제12조[기술이전 및 기술취득 등에 대한 과세특례] ① 중소기업이 특허권, 실용신안권, 대통령령으로 정하는 기술비법 또는 대통령령으로 정하는 기술(이하 이 조에서 "특허권등"이라 한다)을 2015년 12월 31일까지 내국인에게 이전(대통령령으로 정하는 특수관계인에게 이전한 경우는 제외한다)함으로써 발생하는 소득에 대하여는 해당 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.

 ② 중소기업이 특허권등을 설정등록, 보유 및 연구·개발한 내국인으로부터 2015년 12월 31일까지 특허권등을 취득(대통령령으로 정하는 특수관계인으로부터 취득한 경우는 제외한다)한 경우에는 취득금액의 100분의 7에 상당하는 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 공제받을 수 있는 금액은 해당 과세연도의 소득세 또는 법인세의 100분의 10을 한도로 한다.

 (4) 조세특례제한법 시행령(2015.2.3. 대통령령 제26070호로 개정되기 전의 것) 제11조[기술비법의 범위 등] ② 법 제12조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 기술비법"이란 내국인이 스스로 연구ㆍ개발한 것으로서 과학기술분야에 속하는 기술비법(공업소유권, 「해외건설 촉진법」에 의한 해외건설용역 및 「엔지니어링산업 진흥법」에 의한 엔지니어링활동을 제외한다)을 말한다.

 ③ 법 제12조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 기술"이란 「기술의 이전 및 사업화 촉진에 관한 법률」 제2조 제1호에 따른 기술로서 다음 각 호의 어느 하나의 기관을 통하여 취득하는 것을 말한다.

 1. 「산업기술혁신 촉진법」 제38조에 따른 한국산업기술진흥원

 2. 「기술의 이전 및 사업화 촉진에 관한 법률」 제10조의 규정에 따른 기술거래기관

다. 사실관계 및 판단

 (1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 나타난 주요 사실관계는 다음과 같다.

  (가) 처분청이 쟁점상여금을 손금불산입하여 대표이사 및 임원들에 대한 상여처분을 한 내역은 아래 <표7>과 같다.

  (나) 청구법인이 2012.2.8. 성과급 관리규정을 제정되기 전 지급한 상여금 지급내역은 아래 <표8>․<표9>․<표10>과 같다.

  (다) 청구법인이 성과급 관리규정이 제정된 이후 지급한 성과급 지급내역은 아래 <표11>․<표12>․<표13>․<표14>과 같다.

  (라) 청구법인의 정관 제42조에는 이사 및 감사의 보수는 주주총회의 결의로 정한다고 되어 있다.

  (마) 청구법인의 인사위원회규정(A-08, 2000.12.1. 시행)에서 인사위원회(위원장 : 대표이사, 위원 : 상근하는 이사)에서 인사고과 결과에 대한 적정여부 심의 및 결정 등의 기능을 수행하는 것으로 되어 있고(제4조), 인사고과규정(A-09, 2000.12.1. 시행)에서 인사고과는 능력고과와 업적고과의 두 가지로, 능력고과는 다시 자기관찰 및 지도관찰표와 능력고과표로 구성하여 운영한다고 되어 있으며(제2조), 능력고과와 업적고과의 취지, 대상 및 평가기준 등을 규정하고 있다.

  (바) 청구법인의 급여규정(A-11, 2000.12.1. 시행)을 보면, 상여금은 회사의 영업실적에 따라 직원에게 상여금을 지급할 수 있고, 상여금의 지급률과 그 기준 및 시기는 사장이 정하는 바에 의해 설날과 추석명절에 각각 한 달 급여의 50%, 연중휴가시 25%를 지급하는 것을 원칙으로 하나, 회사의 사정에 따라 변경될 수 있다고 규정(제21조)하고 있다.

  (사) 인사노무관련 규정(A-05, 2004.11.1. 시행, 2011.7.1. 적용)을 보면, 임원의 보수는 기본금, 상여금 및 복리후생비로 구분하고(제36조), 회사는 임원에 대하여 상여금을 지급할 수 있으며(제38조), 임원의 보수총액은 주주총회에서 승인된 한도를 초과할 수 없다(제35조)고 되어 있다.

  (아) 취업규칙(2004.5.1. 제정)을 보면, 회사는 경영실적 및 영업성과 및 개인의 공헌도를 고려하여 성과급을 지급할 수 있고(제116조), 성과급의 지급률과 기준 및 시기는 대표이사가 정한다고(제117조) 기재되어 있다.

  (자) 청구법인이 2012.2.8. 제정한 성과급 관리규정의 주요내용은 아래 <표15>와 같다.

  (차) 청구법인은 임원을 대상으로 매년 1월에 연봉제 근로계약을 하였고, 쟁점상여금은 연봉과 별도로 지급되었으며, 주주총회 및 이사회 의사록의 주요내용은 아래 <표16>과 같다.

  (카) 청구법인의 연도별 당기순이익과 상여금 지급금액을 비교하면 아래 <표17>과 같다.

  (타) 국세청 전산망에서 조회되는 청구법인의 주주현황은 아래 <표18>과 같다.

  (파) 청구법인이 제출한 성과목표 관련 내부문서를 보면, 연도별 당기순이익 목표설정액 및 실적은 아래 <표19>과 같고, 목표는 관리부서에서 매년 말에 다음 연도의 목표를 설정하여 관리부문 이사에게 제출하며, 대표이사가 승인하는 형식으로 되어 있으나, 목표치 설정 기준 등에 대한 구체적인 언급은 없다.

 (2) 처분청의 과세근거 및 관련 증빙은 다음과 같다.

  (가) 청구법인의 인사․총무팀에서 작성한 Profit Sharing(이익분배제) 운영계획(2011년 5월)을 보면, 이익분배에 관한 기준이 없고, 인사고과 관련 평가의 객관성 및 실제활용도 부족(명확한 배분율 준수부족 및 고과에 대한 활용미흡)의 문제점을 해소할 수 있는 Profit Sharing제도를 신설할 필요가 있어 제도를 만들게 되었으며, 회사의 순이익 목표달성도에 따라 지급여부 결정(매년 연말 임원회의시 결정)하고, 전 임직원에 대해 매년 1회 지급하는 방식으로 운영할 것이라고 기재되어 있다.

  (나) 청구법인 인사․총무팀장의 문답서(2016.3.2.)에 의하면, 2012.2.8. 이사회 결의로 상여금에 대한 구체적인 규정이 마련되어 시행되었고, 2012년 성과급 규정 제정 전에는 사규에 성과급을 지급할 수 있다고 되어 있어서 그에 따라 지급하였으며, 그 구체적인 산출방법이 명문화되어 있지는 않았으나 내부적으로 적용방법이 있었고, 성과급 관리규정을 마련하기 위해 사전에 개인성과와 연동한 Profit Sharing(이익분배제) 운영계획(안)을 2011년 5월에 마련한바 있으며, 이는 회사가 흑자가 나면서 이익을 직원들에게 분배해주고자 만든 규정으로 성과급을 통해 매출신장을 하고자하는 의도가 있었고, 성과급 관리규정 제정 전과 후에 운영면에서 크게 달라진 점은 없으며, 성과급 지급은 이사회 결의 없이 내부기안으로 결정하였다고 진술한 것으로 되어 있다.

  (다) 조사청의 쟁점기술 과세특례 해명요청에 대해 청구법인이 제출한 소명서(2016.3.10.)를 보면, 특허 등의 지식재산권으로 등록된 부분과 관련한 전체 반도체칩을 제조하기 위해 일부분에 대한 반도체집적회로 배치설계를 개발한 경우, 쟁점기술(쟁점기술의 내용은 <표20> 참고)은 그 일부분의 반도체집적회로 배치설계를 의미하는 것으로 쟁점기술과 특허권은 차량용 블랙박스나 CCTV 등 보안용 영상감시시스템과 관련되는 기술에 해당되며, 본 기술들은 각각의 기술이 모두 보안용 영상감시시스템 시장과 관련되어 상호관련성이 있다고 보고되고 있고, 청구외법인은 그 기술들은 최초로 연구개발한 후 특허를 출원하여 특허권을 취득하였으므로 그 특허를 얻기 위한 쟁점기술은 당연히 청구외법인이 습득․체화한 기술이라고 기재되어 있다.

 (3) 청구법인의 주장 및 관련 증빙은 다음과 같다.

  (가) OOO에서 발간한 청구법인에 대한 투자설명서(2015년 5월)를 보면, 청구법인은 2014년 보안용 이미지센서 시장점유율 1위이고, 차량용 이미지센서 시장점유율은 4위라고 기재되어 있으며, 청구법인의 시장점유율 추이는 아래 <표21>과 같다.

  (나) 주식회사 OOO 감정평가법인의 감정평가서(2014.11.12.)를 보면, 청구외법인의 특허등록 및 출원 중인 기술 및 쟁점기술에 대한 평가내역은 아래 <표22>와 같고, 특허등록 및 출원 중인 기술의 주요내용은 <표23>과 같다.

  (다) 청구법인과 청구외법인 간 체결한 자산양수도 계약서(2014.11.13.) 및 거래가액 확정조서를 보면, 6개의 특허등록 및 출원 중인 기술과 11개의 쟁점기술에 대한 양수도대금은 OOO원(부가가치세 별도)이고, 특허권 및 쟁점기술의 양도가액은 아래 <표24>와 같다.

  (라) 연구원 황OOO의 의견서(2016.11.4.)를 보면, 황OOO은 2014.11.13. 청구법인에 입사하여 연구소 설계 7팀장으로 근무하고 있고 청구법인에 입사하기 전 청구외법인에서 연구소장으로 반도체 설계 지적자산을 연구․개발하였으며, 청구외법인이 매각한 반도체 설계 지적자산은 보안카메라 등과 같은 영상보안용 CCTV제품에 특화되어 설계된 기술로서 청구외법인의 연구원이 짧게는 1년, 길게는 2년 정도에 걸쳐 모두 독자적으로 개발한 기술이고, 이 기술을 이용한 신제품을 현재 판매 중에 있다고 기재되어 있다.

  (마) 청구법인이 제출한 자료에 의하면, 2012～2015년 기간 동안 청구법인의 목표 및 실적이익, 임직원 및 대표이사에 지급한 성과급 지급률 등은 아래 <표25>와 같다.

  (바) 2011～2013년 기간 동안의 인사위원회 의사록을 보면, 매년 성과급 지급금액을 안건에 상정하여 의결한 것으로 되어 있고, 그 밖에 청구주장에 대한 입증자료로 청구법인은 관련 신문기사, 청구법인과 OOO 간 체결된공급계약서(2009.2.10.) 및 청구법인의 현금흐름표 등을 제출하였다.

 (4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여,

  (가) 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다.

  청구법인의 급여규정(2000.12.1. 시행)을 보면, 상여금 지급률과 그 기준 및 시기는 사장이 정하는 바에 의하여 설날과 추석 명절에 각각 한 달 급여의 50%, 연중 휴가시 25%를 지급하는 것을 원칙으로 하나, 회사의 사정에 따라 변경될 수 있다고 되어 있고, 인사노무 관련 규정(2004.11.1. 시행)에서 회사는 임원에 대하여 상여금을 지급할 수 있고 보수총액은 주주총회에서 승인된 한도를 초과할 수 없다고 되어 있는 등 성과급 관리규정이 제정(2012.2.8.)되기 전에도 상여금을 지급하는 규정이 전혀 없었다고 보기는 어려운 점, 임원의 성과 달성을 위한 노력이 전혀 없었다고 할 수는 없는 상황에서 직원들에게 지급한 상여금은 전액 손금으로 인정한 반면, 대표이사 및 임원들에게 지급한 상여금은 전액 부인하여 형평성에 위배되는 점 등에 비추어 직원들에게 지급한 상여금의 평균지급률을 초과하지 아니한 부분은 손금으로 인정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

  (나) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다.

  처분청은 구체적인 지급률이 없이 직원에 대한 성과급의 최고지급률을 초과하여 지급한 쟁점②상여금은 손금불산입 대상이라는 의견이나, 임원의 보수는 법인의 경영실적, 재무현황, 지위 및 담당업무 등을 종합적으로 고려하여 자유롭게 정할 수 있는 것(조심 2010부2005, 2010.12.21., 같은 뜻임)이므로 특별한 사정이 없는 한 법인이 주주총회ㆍ사원총회 또는 이사회의 결의에 의하여 결정된 급여지급기준에 의하여 지급하는 상여금은 이를 손금으로 인정할 수 있다 할 것인바,

  청구법인의 성과급 관리규정을 보면 기본원칙에서 그 한도(직원은 연봉의 200% 내, 대표이사를 제외한 임원은 500% 내, 대표이사는 주주총회에서 결의된 보수한도 내)를 정하고 있고 MBO달성률에 따라 지급률을 정하도록 되어 있으며 임원의 경우 MBO달성률과 개인별 성과를 감안하여 대표이사가 결정하도록 하여 매년 청구법인 및 개인의 성과를 근거로 지급기준을 정한 점, 청구법인은 주주총회에서 이사의 보수한도를 정하였고 쟁점②상여금은 인사위원회에서 그 지급금액을 결정하였으며 이는 성과급 관리규정에서 규정한 한도액의 범위 내인 점, 청구법인은 2012년에는 목표이익 대비 실적이 약 316%(목표이익 OOO원)이 높음에도 그렇게 하지 않는 등 청구법인이 성과급 관리기준을 일관되게 적용한 것으로 보이는 점, 청구법인은 대표이사 및 임원들에게 직원보다 높은 성과급을 지급하여야 하는 특별한 상황을 어느 정도 입증한 것으로 인정되는 점 등에 비추어 쟁점②상여금을 손금불산입하여 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

  (다) 마지막으로, 쟁점③에 대하여 살펴본다.

  처분청은 특허기술과 쟁점기술은 유사하여 상호 관련성이 있어서 후자는 「조세특례제한법」제12조에 따른 과세특례를 적용받을 수 없다는 의견이나, 청구법인은 6개의 특허 등록 및 출원 중인 기술과는 별개로 쟁점기술을 청구외법인으로부터 OOO원(쟁점금액)에 매수한 점, 「조세특례제한법」제12조에 따르면 기술이 제품으로 생산되었는지 여부가 세액공제의 요건이라 하기는 어렵고 특허권과 기술비법은 각각 세액공제를 적용할 수 있는 것으로 해석되어 특허 등록 및 출원 중인 기술과 쟁점기술이 단순히 내용적으로 관련성이 있다고 보아 세액공제를 부인하기는 어려운 점 등에 비추어 쟁점금액에 대하여 세액공제를 배제한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

  이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.