주문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청구취지

피고는 원고에게 158,655,000원 및 이에 대한 이 사건 소장부본 송달 다음날부터 다

갚는 날까지 연 20%의 비율에 의한 금원을 지급하라.

이유

1. 기초사실

가. 이 사건 신고납부행위

원고는 원고의 대표이사였던 망 박AA이 2005. 5. 20. 사망함에 따라 망 박AA

소유의 서울 OO구 OO동 OO 대 3,173.1㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 사인증

여받은 후, 이 사건 토지에 대하여 AA감정평가법인과 BBB감정평가법인이 각각 평

가한 가액의 평균액인 12,628,938,000원[= (13,327,020,000원 + 11,930,856,000원) ÷ 2,이하 ‘이 사건 신고평가액’이라 한다]을 익금에 산입하여 2006. 3. 31. 2005 사업연도 법인세 2,397,643,554원을 신고하고 납부하였다(이하 ‘이 사건 신고납부행위’라 한다).

나. 역삼세무서장의 법인세 추가 부과처분 및 취소

1) 그러나 역삼세무서장은 이 사건 신고평가액이 이 사건 토지의 공시가격인

20,085,723,000원의 100분의 80에 미달한다는 사유로 구 상속세 및 증여세법 시행령

(2008. 2. 29. 대통령령 제20720호로 개정되기 전의 것) 제49조 제1항 제2호 단서에 따라 이를 시가로 인정하지 아니하고, CC감정평가법인과 DD감정평가법인에 다시 감

정을 의뢰하여 각각 평가한 가액의 평균액인 19,022,734,500원[= (19,133,793,000원 +18,911,676,000원) ÷ 2, 이하, ‘이 사건 재평가액’이라 한다]을 이 사건 토지의 가액으로 적용한 후, 이 사건 신고평가액과 이 사건 재평가액의 차액을 익금에 산입하여

1. 역삼세무서장이 2007. 8. 10. 원고에 대하여 한 법인세 1,973,172,990원의 부과처분을 법

인세 591,906,805원의 부과처분으로 변경한다.

2. 원고는 역삼세무서장이 제1항과 같이 2007. 8. 10.자 법인세 부과처분을 변경하는 즉시

이 사건 소를 취하하고, 역삼세무서장은 이에 동의한다.

2007. 8. 10. 원고에게 2005 사업연도 법인세 1,973,172,990원을 추가로 부과․고지하

였다(이하, ‘이 사건 추가 부과처분’이라 한다).

2) 이에 원고는 2009. 3. 20. 역삼세무서장을 상대로 서울행정법원 2009구합10789

호로 이 사건 추가 부과처분의 취소를 구하는 소(이하 ‘관련 행정사건’이라 한다)를 제

기하였으나, 위 법원은 2009. 11. 20. 이 사건 신고평가액이 아닌 이 사건 재평가액이

이 사건 토지의 취득 당시의 시가로 볼 수 있는 감정평가액에 해당한다는 이유로 원고

의 청구를 기각하는 판결을 선고하였다.

3) 이에 원고는 서울고등법원 2009누39744호로 항소하였고, 위 항소심 법원은 2010.

5. 10. 아래와 같은 내용의 조정권고안을 제시하였다.

4) 그 후 역삼세무서장은 2010. 7.경 이 사건 추가 부과처분을 직권으로 취소하고

원고가 납입한 추가 법인세를 모두 환급하였다.

5) 원고는 2011. 2. 8. 관련 행정사건의 소를 취하하였다.

다. 역삼세무서장의 법인세 과세예고통지 및 취소

1) 한편 역삼세무서장은 2010. 10. 29. 이 사건 토지의 가액을 공시가격인

20,085,723,000원으로 평가하여 이를 익금에 산입해 다시 원고에게 2005 사업연도 법

인세 2,980,052,000원을 부과하겠다는 내용의 과세예고통지(이하 ‘이 사건 과세예고통

지’라 한다)를 하였다.

2) 이에 원고는 이 사건 과세예고통지에 대하여 역삼세무서장을 상대로 과세전적

부심사를 청구하였고, 역삼세무서장은 ‘원고의 의뢰로 감정평가법인 EE감정원(이하 ’

EE감정원‘이라 한다)이 2010. 5. 31. 작성한 감정평가서(갑 제5호증의 2)상의 이 사건

토지에 대한 감정가액(감정평가조건에 따른 것)411,994,318,000원(이하 ’이 사건 제3

차 평가액‘이라 한다)이 토지이용에 대한 제약 요인을 반영하고 있는 등 이 사건 토지

의 수증 당시 시가를 가장 객관적이고 합리적인 방법으로 평가한 것으로 봄이 상당하

고, 다만 국세기본법 제22조의2 제1항에 의하면 경정으로 인하여 증액된 세액만 다툴

수 있는 것이므로 원고가 당초 신고한 이 사건 신고평가액보다 저가 평가된 이 사건

되어져서는 아니되는 것으로 보고 있고, 역삼세무서장이 사인증여받은 토지의 익금산입액을 계산함에 있어 법인세법상 시가를 적용하여야 함에도 불구하고 상속세 및 증여세법 제60조 및 동법시행령 제49조 제1항 제2호를 적용하여 시가에 대한 오해와 관련법을 잘못 적용한 사실이 있다’라고 하였다.」

3) 위와 같은 과세예고통지의 배경과 관련하여, 이 사건 과세전적부심사결정서(갑 제6호증)의 내용에 비추어 보면, 역삼세무서장은 이 사건 신고평가액의 경우 관련 행정사건 제1심 판결에서 언급한 사유들로 인하여 이 사건 토지의 적정한 시가로 볼 수 없고, 이 사건 재평가액의 경우에도 관련 행정사건 항소심 조정권고의 배경으로 거론된 사유들로 인하여 역시 이 사건 토지의 적정한 시가로 볼 수 없어, 결국 감정평가법인이 감정한 가액으로는 시가가 불분명한 경우에 해당한다고 보아 구 법인세법시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21302호로 개정되기 전의 것) 제89조 제2항 제2호에 따라 개별공시지가를 이 사건 토지의 시가로 평가한 것으로 보인다.

4) 위 감정평가서에는 이 사건 토지의 감정가액이 ‘감정평가조건에 따른 평가가격 11,994,318,000원’과 ‘일단의 OO호텔 부지로서의 평가가격 19,070,331,000원’의 2개로 구별되어 있다.제3차 평가액을 이 사건 토지의 시가로 할 수는 없다’는 이유로, 2010. 12. 20. 이 사건 과세예고통지를 취소하고 이 사건 신고평가액을 이 사건 토지의 시가로 하여 2005사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 경정하는 내용의 결정을 하였다(이하 ’이 사건 과세전적부심사결정‘이라 한다).

라. 국민권익위원회의 합의권고

원고는 2013. 1. 15. 국민권익위원회에 ‘관련 행정사건 항소심과 이 사건 과세전적

부심사결정에서 이 사건 제3차 평가액을 이 사건 토지의 적절한 시가로 보았으므로,

이 사건 신고평가액과의 차액인 634,620,000원을 자산수증익에서 감액하여 과다납부한 법인세 158,655,000원을 환급하여 달라’는 내용의 고충민원을 신청하였고, 국민권익위원회는 2013. 1. 29. 원고의 위 고충민원을 받아들여 역삼세무서장에게 이 사건 제3차평가액을 자산수증익으로 하여 원고에 대한 법인세 과세표준과 세액을 경정하는 것이타당하다는 취지의 합의권고를 하였다.

그러나 역삼세무서장은 2013. 2. 19. 국민권익위원회에 국세기본법 제45조의2 제1

항에 따라 경정청구기한이 도과하여 원고의 청구를 받아들일 수 없다는 취지의 회신을

하였다.

마. 관계 법령

별지 기재와 같다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 8호증, 을 제1 내지 9호증의 각 기재(각 가지

번호 포함), 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장 및 판단

가. 원고의 주장

원고는 AA감정평가법인 및 BBB감정평가법인의 감정평가액을 기초로 이 사건

신고평가액을 이 사건 토지의 시가로 보아 이 사건 신고납부행위를 하였다. 그러나 AA감정평가법인의 감정결과는 가장 기초적인 비교표준지 선정이 잘못되었고 개별요인

을 누락하였으며, 관련 행정사건 항소심 및 이 사건 과세전적부심사결정에서 적절한

시가로 판단한 이 사건 제3차 평가액보다 약 14억 원이나 높게 시가를 평가하는 등 중대한 위법이 있고, 이로 인하여 이 사건 신고납부행위에 중대하고 명백한 하자가 존재하여 이 사건 신고납부행위는 무효이다. 따라서 피고는 원고에게 이 사건 신고평가액과 이 사건 제3차 평가액의 차액인 634,620,000원을 과세표준으로 하여 산정한 법인세158,655,000원을 부당이득으로 반환할 의무가 있다.

나. 신고납세방식의 조세의 경우 신고행위의 하자와 당연무효에 관한 법리

이 사건 법인세와 같은 신고납부방식의 조세의 경우에는 원칙적으로 납세의무자가

스스로 과세표준과 세액을 정하여 신고하는 행위에 의하여 납세의무가 구체적으로 확

정된다. 따라서 그와 같이 확정된 납세의무를 이행함에 따라 국가나 지방자치단체가

납부된 세액을 보유하는 것은 납세의무자의 신고행위가 중대하고 명백한 하자로 인하

여 당연무효로 되지 아니하는 한 부당이득이 된다고 할 수 없다. 이때 신고행위의 하

자가 중대하고 명백하여 당연무효에 해당하는지 여부는 신고행위의 근거가 되는 법규

의 목적, 의미, 기능 및 하자 있는 신고행위에 대한 법적 구제수단 등을 목적론적으로

고찰함과 동시에 신고행위에 이르게 된 구체적 사정을 개별적으로 파악하여 합리적으

로 판단하여야 한다(대법원 2009. 4. 23. 선고 2006다81257 판결 등 참조).

다. 판단

위와 같은 법리에 비추어 살피건대, 기초사실 및 기초사실에서 언급한 증거들에

의하여 인정되는 아래와 같은 사정에 비추어 보면, 원고가 제출한 증거들만으로 이 사

건 신고행위에 중대하고 명백한 하자가 있다고 보기 어렵고 달리 이를 인정할 만한 증

거가 없다. 따라서 원고의 위 주장은 이유 없다.

1) 이 사건 토지의 취득 당시 시가에 대하여 5개 감정평가법인의 감정결과가 모두

상이하고 이에 대한 법원이나 과세관청의 판단도 일관되지 않는 점 등에 비추어, 반드

시 이 사건 제3차 평가액이 이 사건 토지의 취득 당시 시가를 가장 적절히 평가한 것

이라고 단정하기는 어렵다(원고는 관련 행정사건 항소심의 조정권고가 이 사건 제3차

평가액에 기초한 것이라고 주장하나, 앞서 본 바와 같이 관련 행정사건 항소심의 조정

권고는 2010. 5. 10.에 이루어졌고, EE감정원의 감정평가서는 그 이후인 2010. 5. 31.에 작성된 것인 점, EE감정원에 대한 감정의뢰도 관련 행정사건 항소심 재판과정에

서 이루어진 것이 아니라 원고가 사적으로 한 것으로 보이는 점 등에 비추어, 원고가

제출한 증거들만으로 관련 행정사건 항소심의 조정권고가 이 사건 제3차 평가액에 기

초하여 이루어진 것이라고 보기는 어렵다).

2) 설령 원고의 주장과 같이 이 사건 제3차 평가액이 이 사건 토지의 취득 당시

시가를 가장 적절히 평가한 것이고 이에 따라 이 사건 신고납부행위에 중대한 하자가

있다고 하더라도, ① 앞서 본 바와 같이 이 사건 토지의 취득 당시 시가에 대한 감정

평가법인의 감정결과가 서로 상이하고 이에 대한 법원이나 과세관청의 판단도 일관되

지 않는 점, ② 원고는 스스로 이 사건 신고평가액에 기초하여 이 사건 신고납부행위

를 하였고, 이후 이 사건 신고납부행위에 대해서는 다투지 않은 채 이 사건 추가 부과

처분에 대해서만 다투다가 이 사건 신고납부행위 이후 4년이 경과하여 EE감정원이

작성한 감정평가서를 확인하고서야 이 사건 신고납부행위의 효력을 다투고 있는 점,

③ AA감정평가법인의 감정결과에 비교표준지 선정이나 개별요인 평가가 누락되는 등

위법이 있다거나 이 사건 제3차 평가액이 적정하다는 등의 사정은 이 사건 토지와 관

련된 사실관계의 자료를 정확히 조사한 이후에야 비로소 밝혀진 것인 점 등에 비추어

보면, 그와 같은 하자를 객관적으로 명백한 하자로 보기는 어렵다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결

한다.