가. 청구인은 2017.2.14. 및 2017.4.4. OOO호(이하 “쟁점①아파트”이라 한다)와 OOO호(이하 “쟁점②아파트”이라 한다)를 각 양도하고 2017.4.30. 및 2017.6.30. 아래와 같이 양도소득세 예정신고를 하였으며,

 2017.6.13. OOO 토지 및 건축물(이하 “쟁점상가”라 하고, 쟁점①아파트･쟁점②아파트 및 쟁점상가를 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)이 강제경매를 통해 OOO원에 매각되었으나 양도소득세를 신고ㆍ납부하지 아니하였다.

나. 처분청은 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시한 결과, 청구인이 양도소득세 신고 당시 쟁점①아파트 및 쟁점②아파트의 자본적 지출액으로 신고한 OOO원을 부인하고, 쟁점②아파트의 취득가액은 검인계약서상의 OOO원으로, 양도소득세가 미신고된 쟁점상가의 취득가액은 쟁점상가의 장부가액인 OOO원으로 하여 2018.7.1. 청구인에게 아래와 같이 2017년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정･고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2018.9.28. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

 (1) 쟁점부동산에 인테리어 공사비용 등의 자본적 지출이 실제 있었음에도 해당 비용을 양도소득세 필요경비에서 부인하고 양도소득세를 과세한 처분은 부당하다

  (가) 쟁점①아파트의 경우, 2008년에 쟁점①아파트를 구입하면서 2008.1.11.～2008.4.30. 인테리어, 내부창호, 주방가구 및 전기 공사 등을 실시하여 주식회사 OOO(이하 “OOO”이라 한다)에게 OOO원을 수표 및 현금으로 지급하였고, 2010년 7월～2010년 10월 가설, 내부창호, 주방가구 및 전기 등의 공사를 실시하여 OOO원을 전액 수표로 지급하여 총 2차례의 공사로 약 OOO원(이하 “쟁점①아파트공사비”라 한다)의 자본적 지출이 있었다.

  (나) 쟁점②아파트의 경우, 2003년에 OOO 주식회사로부터 쟁점②아파트를 분양가액 OOO원에 분양받아 2005.5.3.～2005.8.30. 인테리어공사를 실시하여 OOO에게 OOO원을 수표로 지급하였고, 2008.7.15.～2008.8.25. 인테리어공사를 실시하여 OOO원을 지급하여 총 2차례의 공사로 약 OOO원(이하 “쟁점②아파트공사비”라 한다)의 자본적 지출이 있었다.

  (다) 쟁점상가의 경우, 2007년에 쟁점상가건물을 신축하면서 OOO원의 건물 신축공사와 OOO원의 신축 내부 인테리어 및 방송 설비 공사 등 약 OOO원(이하 “쟁점상가공사비”라 하고, 쟁점①아파트공사비･쟁점②아파트공사비 및 쟁점상가공사비를 모두 합한 금액 OOO원을 “쟁점공사비”라 한다)의 자본적 지출이 있었다.

  (라) 위 쟁점부동산의 리모델링 공사업자인 OOO 대표 OOO에게 쟁점공사비로 수표 및 현금을 지급한 사실들이 제출된 OOO이 작성한 확인서, OOO이 과거 사용한 공사수첩 및 수표지급내역 등에서 확인된다.

   처분청의 이 건 양도소득세 조사당시에는 제출 하지 못한 공사업자 OOO이 사용한 수첩은 2005년부터 작성된 것으로 쟁점부동산 공사 관련 일정, OOO이 공사대금을 현금 및 수표 등으로 받았다는 날짜 등이 기재되어 있으며, OOO은 추가 확인서를 통해 공사수첩이 본인이 작성한 것이고 필체 확인여부가 필요하다면 전문기관의 친필 검증에 적극적으로 응할 것임을 확인하고 있다.

  (마) 자본적 지출액이라 함은 고정자산의 내용연수를 연장 시키거나 그 가치를 현실적으로 증가시키는데 소요되는 비용을 말하는 것으로 건물을 구입 후 건물전체의 용도를 변경하거나 대수선 공사를 하는 경우에는 양도자산의 개량을 위한 지출비용으로 보아 필요경비에 산입하는바OOO, 쟁점①･②아파트는 기둥만 빼고 전면 대수선을 통해 재개조한 것으로 사실상 신축과 동일한 상황이며, 더욱이 쟁점①아파트의 경우 동일 층 같은 평수는 약 OOO원에 양도되었지만 해당 아파트는 OOO원에 매각되는 등 매입 후 전면 대수선 행위가 그 가치를 현실적으로 증가시키는 결과를 반증하는 것이라 할 것이다.

 (2) 쟁점②아파트 분양 당시 시행사의 요구로 모든 세대가 다운계약을 체결함에 따라 OOO원을 취득가액으로 하여 취득세 등을 신고하였으나, 사실상 쟁점②아파트의 분양가액은 OOO원임이 분양계약서 및 당시 수표로 분양대금을 지급한 내역에 의하여 확인되므로 실제 지급된 OOO원을 취득가액으로 하여야 한다.

 (3) 쟁점②아파트의 경우 1세대 1주택 적용대상임에도 이를 반영하지 아니한 채 양도소득세가 과세되었다.

 청구인과 가족은 쟁점②아파트 양도 당시 주민등록상 가정부인 OOO의 세대에 전입되어 있음에 따라 OOO의 소유주택과 더불어 1세대 2주택자인 것으로 보이나, 실제로 OOO호에서 독립생계를 유지하고 있는 별도세대였는바, 이는 청구인의 며느리 ‘OOO’ 명의로 계약한 부동산월세계약서OOO, 경비원 확인서 및 가정부 OOO의 확인서 등에서 알 수 있다.

나. 처분청 의견

 (1) 쟁점부동산에 쟁점공사비가 실제로 지출되었는지에 대한 증명책임은 납세의무자인 청구인에게 있다.

  (가) 대법원은 ‘과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 행정소송에서 과세처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 대한 입증책임은 원칙적으로 과세관청에 있으므로 과세소득확정의 기초가 되는 필요경비도 원칙적으로 과세관청이 입증책임을 부담하나, 필요경비의 공제는 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 필요경비의 기초가 되는 사실관계는 대부분 납세의무자의 지배영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 입증이 곤란한 경우가 있으므로, 그 입증의 곤란이나 당사자 사이의 형평을 고려하여 납세의무자로 하여금 입증케 하는 것이 합리적인 경우에는 납세의무자가 주장하는 필요경비의 존재 사실에 관한 증명책임은 납세의무자에게 있다고 보는 것이 상당하다’고 판시OOO하였고, 조세심판원도 ‘양도소득세 필요경비의 존재 사실에 관한 증명책임이 있는 청구인이 쟁점모텔의 인테리어 공사비를 실제 지급하였으므로 이를 필요경비로 인정해야 한다고 주장하나, 청구인이 세금계산서를 수수한 사실이 없고 청구인의 장부상에 동 공사비가 사업용 자산이나 비용으로 계상되어 있지 않은 점, 공사대금 중 계약금을 수표로 인출하여 지급했다고 하나 금융증빙이 불분명하여 청구인이 제시하고 있는 증빙만으로는 지급사실이 객관적으로 확인되지 않는 점, 쟁점모텔의 인테리어공사에 대해 공사업체가 확인서를 작성해 주었으나 부가가치세 등을 신고한 사실이 없어 실지공사에 대한 확인서인지를 신뢰하기 어려운 점 등에 비추어 청구주장을 받아들일 수 없다’고 결정OOO하였다.

 따라서 청구인이 거래당사자로서 쟁점①･②아파트를 취득하여 인테리어 공사 등의 자본적 지출을 하였고 쟁점상가의 경우 임대사업을 영위하면서 장부를 기장하는 등 그러한 비용이 지출되었다는 점에 대하여는 그에 관한 장부기장과 증빙 등 일체의 자료를 제시하기가 용이한 청구인이 이를 입증하여야 한다.

  (나) 청구인이 제출한 증빙자료는 증명력이 결여되어 있다.

   1) 청구인은 쟁점부동산에 실제로 자본적 지출액이 있었다고 주장하면서 심판청구 이후 견적서, 인테리어 공사업체 OOO의 대표 OOO이 2018.4.30. 작성한 거래확인서, 청구인 명의 금융계좌에서 자금이 출금된 사실만을 나타내는 거래명세서를 제출하였는데, 견적서ㆍ거래확인서는 사후에 임의 작성이 가능한 것이고 공사업체는 이에 대한 부가가치세ㆍ법인세 등을 신고한 사실 등이 없으므로 실지공사에 대한 확인서인지를 신뢰할 수 없다.

   2) 청구인이 제출한 견적서의 경우, 쟁점①아파트의 1차 공사 견적서(2008.2.20)와 2차 공사 견적서(2010.6.29)를 비교해 보면 가설공사ㆍ서재 및 안방공사ㆍ거실공사ㆍ다이닝실 공사ㆍ현관공사의 상세명세서상 품목, 규격, 단위, 수량, 금액이 동일함에도 소계부분에서만 1차 공사대금이 2차 공사대금의 2배로 기재되어 있고 더 나아가 1차 공사 견적서의 품목별 금액을 더한 실제 합계도 잘못 기재되어 있는 등 제출된 견적서를 신뢰할 수 없다.

   3) 청구인은 거래은행인 OOO에서 수표를 출금하였는데, OOO에 요청하여 출금된 수표가 공사업체에게 지급되었다는 사실을 증명할 수표자료를 제출할 수 있음(처분청은 수표번호를 알더라도 5년이 도과하여 금융기관에서 수표자료를 받을 수 없음)에도 2017년도에 양도소득세 신고 시 쟁점부동산에 자본적 지출을 하였다고 신고하였을 뿐 지금까지 실제로 청구인이 출금한 수표가 공사업체에 지급되었다는 사실을 증명할 수표자료는 일체 제출하지 않고 있다.

   4) 청구인은 쟁점상가를 신축하면서 추가로 공사비용 OOO원이 발생하여 실제 공사업체에 지급되었다고 주장하나, 제출된 견적서, 공사업체 대표의 거래확인서로는 공사비용이 실제로 지급되었다는 사실이 증명되지 않을 뿐만 아니라 청구인이 쟁점상가를 사업용 자산으로 사용하면서 OOO원을 장부에 기장하여 종합소득세를 신고해 온 점 등을 종합하여 볼 때 청구인의 장부에 계상된 가액을 쟁점상가의 취득가액으로 본 이 건 처분은 정당하다.

  (다) 설령, 청구주장대로 쟁점부동산에 인테리어 공사비용을 실제로 지출하였다고 하더라도 인테리어 공사비용은 자본적 지출액이라고 볼 수 없다.

   1) 「소득세법」 제97조 및 같은 법 시행령 제163조에서 규정한 양도자산의 필요경비로 보는 자본적 지출액은 자산의 내용연수를 연장시키거나 당해 자산의 가치를 현실적으로 증가시키기 위하여 지출한 비용을 말한다.

   2) 쟁점①･②아파트는 우리나라에서 손에 꼽히는 고급빌라로, 분양 당시 최고급 마감재로 인테리어를 한 것으로 유명한데, 해당아파트 공사비는 청구인의 기호에 따른 지출에 불과할 뿐 자산의 내용연수를 연장시키거나 당해 자산의 가치를 현실적으로 증가시키기 위하여 지출한 비용에 해당하지 않는다.

 (2) 매매당사자들이 작성하여 시장, 군수 등의 검인을 받은 검인계약서는 특별한 사정이 없는 한 당사자 사이의 매매계약 내용대로 작성되었다고 추정되고, 그 계약서가 실지와 달리 작성되었다는 점은 주장자가 입증해야 하는 것OOO이므로 쟁점②아파트의 검인계약서가 실지와 달리 작성되었다는 입증은 청구인이 해야 한다.

 청구인은 조사 당시 쟁점②아파트의 취득가액을 증명할 자료를 제출하지 아니하여 관할 구청으로부터 검인계약서를 받아 취득가액을 검인계약서상 분양가액인 OOO원으로 결정하였는바, 아래와 같이 쟁점②아파트의 유사 매매사례가액을 확인한 결과, 취득 당시 면적과 기준시가가 동일한 아파트OOO의 취득가액OOO은 청구인이 주장하는 분양가액 OOO원이 아닌 검인계약서의 분양가액 OOO원과 유사함을 알 수 있다.

 검인계약서가 실제 계약서와 다르다는 사실에 관한 증명책임이 있는 청구인은 심판청구 이후 쟁점②아파트에 대한 분양계약서만을 제출하였을 뿐, 계약금ㆍ중도금ㆍ잔금을 OOO주식회사에 실제로 지급하였다는 객관적인 증거자료를 제출하지 못하고 있으므로 청구주장은 이유 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

 ① 쟁점부동산에 지출한 쟁점공사비OOO를 양도차익 계산 시 필요경비로 공제할 수 있는지 여부

 ② 쟁점②아파트의 취득가액을 분양계약서상의 분양가액으로 하여야 한다는 청구주장의 당부

 ③ 쟁점②아파트에 대하여 1세대 1주택 비과세를 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

 (1) 소득세법

 제89조(비과세 양도소득) ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

 가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

 나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택

 제97조(양도소득의 필요경비 계산) ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액

 가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것

② 제1항에 따른 양도소득의 필요경비는 다음 각 호에 따라 계산한다.

1. 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우의 필요경비는 다음 각 목의 금액에 제1항 제2호 및 제3호의 금액을 더한 금액으로 한다.

 가. 제1항 제1호 가목 본문에 따르는 경우에는 해당 실지거래가액

2. 그 밖의 경우의 필요경비는 제1항 제1호 가목 단서, 같은 호 나목(제1호 나목이 적용되는 경우는 제외한다), 제7항(제1호 다목이 적용되는 경우는 제외한다) 또는 제114조 제7항(제1호 나목이 적용되는 경우는 제외한다)의 금액에 자산별로 대통령령으로 정하는 금액을 더한 금액.(이하 생략)

⑤ 취득에 든 실지거래가액의 범위 등 필요경비의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 (2) 소득세법 시행령(2018.2.13. 대통령령 28637호로 개정되기 전의 것)

 제154조(1세대 1주택의 범위) ① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 제2항에 따른 조정지역에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 아니하며 제4호 및 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 아니한다.

 제163조(양도자산의 필요경비) ③ 법 제97조 제1항 제2호에서 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것 이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2 제2항에 따른 증명서류를 수취ㆍ보관한 경우를 말한다.

1. 제67조 제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액

3. 양도자산의 용도변경ㆍ개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용

4. 제1호 내지 제3호, 제3호의2 및 제3호의3에 준하는 비용으로서 기획재정부령이 정하는 것

다. 사실관계 및 판단

 (1) 쟁점부동산에 대한 취득 및 양도 등의 경위는 다음과 같다.

  (가) 청구인은 쟁점①아파트를 2008.6.27. 분양가액 OOO원에 신규분양으로 취득하여 2017.2.14. OOO에게 OOO원에 양도하였는바, 등기사항전부증명서에 의하면 2009.2.23.～2011.2.25. 기간 동안 전세권자 OOO으로부터 전세금 OOO원에 대한 전세권이 설정되어 있었던 것으로 나타난다.

  (나) 청구인은 2003.6.27. OOO 주식회사(이하 “OOO”라 한다)로부터 쟁점②아파트를 신규분양으로 취득(2003.3.5. 계약일)하고 2017.4.4. OOO에게 OOO원에 양도하였는바, 검인계약서에는 취득가액이 OOO원으로 기재되어 있지만 추후 제출된 분양계약서(2003.5.10. 계약, 도장 날인)에 의하면 총공급금액이 OOO으로 기재되어 있고, 등기사항전부증명서에 의하면 2003.3.5. 매매를 원인으로 2003.7.10. 청구인 앞으로 소유권이전등기되어, 같은 날 채권최고액을 OOO원으로 하여 OOO조합으로부터 근저당권설정등기가 경료되어 있는 것으로 확인된다.

  (다) 청구인은 2006.9.29. OOO과 함께 쟁점상가의 대지 및 구건물(263.49㎡)을 취득(각 1/2 지분)하고, 2007.6.15. OOO으로부터 나머지 1/2 지분을 취득OOO하였으며, 임대업을 영위하기 위해 2007.12.11. 위 취득부지에 상가를 신축(지하1층, 지상3층 건물 602.72㎡)하고, 2007.12.18. 소유권보존등기를 경료하였으며, 2017.6.13.OOO원에 양도(경매)하였다.

 (2) 청구인이 쟁점부동산에 대하여 자본적지출(쟁점① 관련)이 있었다고 주장하며 심판청구 이후 제출한,

  (가) 쟁점①아파트에 대한 공사비 견적 등의 자료는 다음과 같다.

   1) 작성일자가 2008.2.20.로 기재되어 있는 공사비 견적서

   2) 작성일자가 2010.6.29.로 기재되어 있는 공사비 견적서

   3) 위 두 공사견적서 내역 중 서재 및 안방 공사의 견적서 내역( 품목, 금액 등이 동일하나 소계부분만 다름) 비교

   4) 인테리어 공사업체 OOO의 대표자 OOO이 2018.4.30. 작성한 확인서

   5) 청구인 명의 계좌에서 2005.8.10.～2010.4.12. 수표 등을 출금하였다는 출금OOO내역과 그 예금거래실적증명서(출금된 수표가 공사업체에게 지급되었다고 볼 만한 사실을 증명할 수표자료는 제출되지 않음)

   6) 쟁점①아파트OOO와 같은 층 OOO호의 2008년 양도 당시의 양도가액OOO이 확인되는 등기사항전부증명서

  (나) 쟁점②아파트에 대한 공사비 견적 등의 자료는 다음과 같다.

   1) 작성일자가 2005.4.10.로 기재되어 있는 공사비 견적서

    2) 작성일자가 2008.6.10. 기재되어 있는 공사비 견적서

   3) 공사업체 OOO의 대표 OOO이 2018.4.30. 작성한 거래확인서

   4) 청구인 명의 계좌에서 수표를 출금한 거래내역명세서

  (다) 쟁점상가에 대한 공사비 견적 등의 자료는 다음과 같다.

   1) 작성일자가 2007년 3월로 기재되어 있는 공사비 견적서

   2) 작성일자가 2007.4.1.로 기재되어 있는 공사비 견적서

   3) 청구인의 표준대차대조표(임대업) 등에 의하면 2006년 12월말 유형자산으로 토지 OOO원, 건물 OOO 계상(신축 전)되어 있고, 2007년 12월말 토지 OOO원, 건물 OOO원 계상OOO된 것으로 나타난다.

  (라) 한편, 청구인은 인테리어공사와 관련하여, 위 제출된 자료 외에 쟁점부동산에 대한 견적비용을 정리한 표와 그에 대응하는 자기앞수표 사본, OOO이 발행한 입금표, 자기앞수표거래증명서, OOO의 영수증, OOO이 사용하였다는 메모수첩 사본(OOO 소유 수첩이라는 내용은 확인되지 아니하고, 쟁점공사와 관련되어 중도금 등을 수령하였다는 내용 등이 기재되어 있음) 및 각종 확인서[OOO의 대표 OOO이 2018.4.30. 작성한 확인서(쟁점부동산에 대한 인테리어 공사명, 공사금액, 공사기간, 공사개요 등을 확인하는 내용), 청구인이 2018.4.30. 작성한 확인서] 등을 추가로 제출하였으나, 쟁점부동산 공사 관련 전ㆍ후 사진, 공사계약서 및 쟁점공사비 지출 관련 수표가 공사업체에 지급되었다는 사실을 증명하는 수표이서자에 대한 수표자료 등은 제출하지 아니하였다.

 (3) 청구인이 쟁점②아파트에 대하여는 1세대 1주택 비과세를 적용하여야 한다고 주장하며 제출한 확인서 및 월세계약서 등은 아래와 같다.

  (가) OOO가 2018.6.25. 작성한 확인서

  (나) OOO와 OOO이 2016.1.26. 작성한 아파트 월세계약서

 (4) 처분청의 국세통합전산망 등에 의하면, 쟁점①･②아파트 인테리어 공사와 관련하여 OOO은 해당 공사 관련 세금계산서를 발행하였거나 부가가치세를 신고한 사실이 없고, 쟁점상가 신축과 관련하여 청구인은 OOO로부터 2007년 제1기에 공급가액 OOO원, 2007년 제2기에 공급가액 OOO원 합계 OOO원의 세금계산서를 수취하였으며, 부가가치세 신고 시 고정자산 매입으로 매입세액공제를 받아 부가가치세액을 환급받은 것으로 확인된다.

 (5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여,

  (가) 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다.

   제출된 견적서에 따르면 쟁점부동산의 인테리어 공사는 시차를 두고 여러 번에 걸쳐 이루어졌음에도 각 견적서의 형식, 단가, 품목 및 금액 기재내용 등이 대부분 유사하고 특히 쟁점①아파트의 두 견적서 내용 중 일부는 품목 및 금액이 동일한 점, 쟁점공사비 지출증빙으로 수표사본 등이 제출되기는 하였으나, 해당 수표가 쟁점공사에 사용되었다고 볼만한 자료 등이 제시되지 아니한 점, 쟁점①아파트의 경우, 2009.2.23.～2011.2.25. 임대차계약(전세권설정 등기)이 이루어진 것으로 보이는데 임대차기간 중에 대수선으로 볼만한 공사가 있었다고 보기도 어려운 점, 쟁점상가의 경우, 견적서에 의하면 2007년 상반기에 공사가 이루어진 것으로 보이는데 2007년 12월말 쟁점상가의 장부가액에 견적서상의 견적금액이 포함되어 있지 아니한 점, 더욱이 견적서상의 공사내용상 자본적 지출로 보기 어려운 주방가구 및 위생기구 설치 공사 등이 상당부분 포함되어 있는 점, 이 건 양도소득세 과세 이후에 제출된 각종 확인서, OOO의 대표가 사용하였다는 메모수첩 등은 신뢰하기 어려운 자료에 해당하고 이 외에 쟁점공사비가 자본적 지출에 해당된다고 볼만한 객관적인 자료가 제시되지 아니한 점 등에 비추어 쟁점공사비는 자본적지출에 해당하므로 쟁점부동산의 양도소득세 필요경비로 인정하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

  (나) 다음으로, 쟁점②와 쟁점③에 대하여 살펴본다.

   쟁점②아파트의 분양가액을 OOO원으로 하여 계약체결한 분양계약서가 제출된 점, 등기사항전부증명서에 의하면 쟁점②아파트에 대하여 청구인 앞으로 소유권이전등기를 하면서 채권최고액 OOO원의 근저당권이 설정된 것으로 확인되는데, 일반적으로 아파트에 대한 채권최고액 금액이 시가의 70～80%인 점을 감안할 때 쟁점②아파트의 취득가액은 OOO원이라는 청구주장에 신빙성이 있어 보이는 점, 청구인은 독립적인 1세대 1주택자임에도 이 건 세무조사 당시 경황이 없어 관련 자료를 제출하지 못하였다고 주장하고 있고 처분청도 이에 대해서는 구체적인 검토가 이루어지지 아니한 것으로 보이는 점 등에 비추어 쟁점②아파트의 취득가액 및 청구인이 쟁점②아파트 양도 당시 1주택자에 해당되는지에 대한 조사의 필요성이 있다 할 것이다.

  따라서 쟁점②아파트의 분양계약서, 분양금액에 대한 입금거래내역 등 취득가액을 확인할 수 있는 자료와 청구인이 쟁점②아파트 양도 당시 「소득세법」제89조 제1항에 따른 1세대 1주택 비과세 대상에 해당되는지 여부 등을 재조사하여 그 결과에 따라 쟁점②아파트에 대한 양도소득세의 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.