주 문
OOO세무서장이 2019.5.29. 및 2019.12.5. 청구법인에게 한 법인세2013사업연도분 OOO환급을 구하는 경정청구에 대한 거부처분은 이를 취소한다.
이 유
1. 처분개요
가. 청구법인은 1987.7.1. 설립되었고, 본점 소재지는 OOO자유형·대형 단조품을 제조하던 업체이고, 제강업을 추가로 영위하고자 2013년부터 2016년까지 약 OOO관련 시설에 투자하여 건축물 66,408㎡ 규모의 제강공장(이하 “쟁점제강공장”이라 한다)을 2016.8.22. 준공한 후 잉곳* 및 라운드블룸**을 생산하고 있다.
*잉곳 : 금속 또는 합금을 녹여 주형에 흘려넣어 굳힌 주괴
**라운드블룸 : 강괴를 압연시켜 단조조직을 파괴하여 원형 단면으로 만든 긴 강재
나. 청구법인은 쟁점제강공장 중 고철을 주원료로 잉곳 및 라운드블룸을 제조·가공·보관하는데 사용되는 장치·장비·시설(이하 “쟁점자산①”이라 한다)을「자원의 절약과 재활용촉진에 관한 법률」(이하 “자원재활용촉진법”이라 한다)에 따른 자원재활용시설에 해당하는 것으로 보고 이에 대한 투자금액과「대기환경보전법」상 대기오염방지시설인 집진설비 및 집진설비동(이하 “쟁점자산②”라 한다)의 취득가액을 구성하는 공통비용 배부액과 관련하여 당초 고용창출투자세액공제를 적용하였던 투자금액 중 OOO대하여「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제25조의3에 따른 환경보전시설투자세액공제(2013사업연도 투자금액의 10%,2014·2015사업연도 투자금액의 3%)로 변경하여 적용하고, 쟁점자산①·②를 취득하는데 지출한 투자금액 중 당초 투자 관련 세액공제를 적용하지 아니하였던 OOO추가한 총 OOO대하여 환경보전시설투자세액공제를 적용하여 청구법인이 기납부한 법인세 중 2019.3.29. 2013사업연도분 OOO환급을 구하는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2019.5.29. 및 2019.12.5. 이에 대하여 각각 거부처분을 하였다.
다. 청구법인은 2019.8.26. 이의신청을 거쳐 2020.1.8. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
가. 청구인 주장
(1) 쟁점자산①은 자원재활용촉진법상 자원재활용시설에 해당하므로 이에 대하여 환경보전시설투자세액공제가 적용되어야 한다.
(가) 조특법 시행규칙 [별표 8의5]에「폐기물관리법」에 의한 폐기물처리시설ㆍ폐기물감량화시설과 별도로 ‘자원재활용촉진법’에 의한 ‘재활용시설’이 환경보전시설 투자세액공제 대상으로 열거되어 있고, 자원재활용촉진법 제2조 제10호 및 같은 법 시행규칙 제3조 제3호 및 제4호에 ‘재활용시설’이란 재활용제품을 제조ㆍ가공ㆍ보관하는 데 사용되는 장치ㆍ장비ㆍ시설 및 재활용제품의 제조에 필요한 전처리 장치ㆍ장비ㆍ설비로 규정되어 있으며, 자원재활용촉진법 제2조 제9호 및 같은 법 시행규칙 제2조 별표1에 ‘재활용제품’이란 재활용가능자원(폐금속류 등)을 주원료로 하여 제조한 제품으로, 같은 법 제2조 제2호에 ‘재활용가능자원’이란 버려진 후 수거된 물건 중 재생이용할 수 있는 것으로, 같은 법 제2조 제7호에 ‘재생이용’이란 재활용가능자원을 원료물질로 다시 사용하는 것으로 규정되어 있다. 자원재활용촉진법 시행령 제32조 및 재활용지정사업자의 재활용지침(고시)에 재활용가능자원을 효율적으로 이용하기 위하여 특히 필요한 업종으로서 제강업을 재활용지정사업자 관련 업종으로 정하고, 제강업의 철스크랩(고철)이 재활용가능자원에 해당한다고 명시되어 있다.
처분청이 직접 질의하여 회신받은 환경부 공문(자원재활용과-1772, 2019.5.29.)에 폐금속류(고철)를 주원료로 재활용제품을 제조하는 시설은 자원재활용촉진법 시행규칙 제3조 제3호 및 제4호에 따른 ‘재활용시설’에 해당한다고 유권해석한 내용이 나타나고, 청구법인이 기획재정부 질의하여 회신받은 유권해석(조특과-644, 2019.10.23.)에 의하면 자원재활용촉진법에 따른 재활용시설에 해당하는 경우 조특법에 따른 환경보전시설투자세액공제가 적용된다고 유권해석되어 있다.따라서 재활용지정사업자에 해당하는 제강업자인 청구법인이 사용하는 고철은 재활용가능자원에 해당하고, 재활용가능자원인 고철을 주원료로 하여 제조한 제품인 잉곳 및 라운드블룸은 재활용제품에 해당하며, 재활용제품인 잉곳 및 라운드블룸을 제조ㆍ가공ㆍ보관하는 데 사용되는 장치ㆍ장비ㆍ시설인 쟁점자산①은자원재활용촉진법에 의한 재활용시설에 해당하므로 쟁점자산①에 대한 투자금액에 대하여 환경보전시설투자세액공제가 적용되어야 한다.
(나) 처분청은 당초 답변시에는 청구법인이 주원료로 사용하는 고철(이하 “쟁점고철”이라 한다)을「폐기물관리법」상의 폐기물에 해당하는 것으로 보고, 쟁점자산①이「폐기물관리법」에 따른 인·허가를 받지 않았으므로 조특법상 환경보전시설투자세액공제 대상에 해당하지 않는다는 의견을 제시하였고, 청구법인은 쟁점고철이「폐기물관리법」상의 폐기물에 해당함을 전제로 하는 처분청의 의견은 다음과 같은 이유로 타당하지 않다고 항변하였다.
쟁점고철은 선별ㆍ압축ㆍ감용ㆍ절단하는 방법으로 재활용이 완료된 고철이므로「폐기물관리법」제46조에 따른 관리대상에 해당하지 않는 폐고철이다. 환경부 공문(자원재활용과-1772, 2019.5.29.)을 보면 폐금속류를 재활용기준(「폐기물관리법 시행규칙」별표 5의3)을 준수하여 재활용이 완료된 경우 폐기물로 관리하지 않으므로 이를 공급받아 주원료로 사용하는 경우「폐기물관리법」상의 허가사항이 아니며, 재활용된 고철이 재활용지정사업자인 제강업의 원료로 사용되는 경우 재활용가능자원에 해당한다고 유권해석한 내용이 나타난다.
환경부(자원재활용과)는 2011.8.8.자 보도자료(제목 : 제철·제강 우리가 폐기물처리업체냐)에 의하여 적정한 재활용과정(수거, 선별 후 압축·절단 등)을 거친 고철을 원료로 사용하는 제철·제강업의 경우는 「폐기물관리법」에 따른 신고대상에 해당하지 아니한다고 밝힌바 있고, 쟁점고철이 폐기물에 해당된다고 본 근거로 처분청이 제시한 종전 판례(대법원 2001.6.1. 선고 2001도70 판결)는 그 다음 해에 대법원이 폐기물이 완제품 생산을 위한 원료 물질로 바뀐 경우「폐기물관리법」상의 폐기물에 해당하지 않는다고 판결(대법원 2002.12.26. 선고 2002도3116 판결)하면서 상기 종전 판례를 변경함을 명확히 판시하였다. 그리고, 쟁점고철은「폐기물관리법」상의 폐기물이 아니므로 이에 대한 환경부 환경통계포털 등에서 조회되지 않는 것은 당연한 것이다.
(다) 처분청은 청구법인이 위와 같이 항변하자 당초 입장을 변경하여 쟁점고철이 폐기물이 아니라 재활용가능자원에 해당한다는 청구주장을 인정하면서도 자원재활용촉진법상의 폐금속류는「폐기물관리법」적용대상(「폐기물관리법 시행규칙」별표4 폐기물의 종류별 세부분류를 인용함)이라는 전제하에서 쟁점고철이 폐금속류(폐기물)가 아니므로 투자세액공제를 적용할 수 없다는 새로운 의견을 제시하였다. 이는 자원재활용시설의 주원료가 폐기물에 해당하는 폐금속류가 아닌 이상 환경보전시설투자세액공제를 적용할 수 없다는 것이다.
그러나,「폐기물관리법 시행규칙」별표4 폐기물의 종류별 세부분류는「폐기물관리법」자체의 목적 달성을 위하여 폐기물 종류별로 관리 번호를 부여하기 위한 규정이고, 폐기물 분류체계 및 분류방법 설명서(국립환경과학원 발간, 139쪽)에 의하면「폐기물관리법 시행규칙」별표4에서 규정한 폐금속류는 모든 폐금속류를 말하는 것이 아니라 ‘폐금속류 중에서 폐기물에 해당하는 것’만을 한정하여 의미하는 것이라고 설명되어 있으며, 자원재활용촉진법은 쟁점고철과 같이 ‘폐기물이 아닌 폐금속류’를 포함하여 자원 재활용에 관하여 규정하고 있다.
처분청은「폐기물관리법」제2조 제7호의 재활용(폐기물을 재생이용할 수 있는 상태로 만드는 것)과 자원재활용촉진법 제2조 제7호의 재생이용(재활용가능자원을 원료물질로 다시 사용하는 것)의 내용을 이해하지 못하여 위와 같은 의견을 추가한 것으로 보이는데,「폐기물관리법」의 ‘재활용’은 폐기물을 대상으로 재생이용할 수 있는 상태까지 만드는 선행 활동이고, 이후에 재생이용할 수 있는 상태로 만들어진 것(재활용이 완료되어 폐기물이 아님)을 원료물질로 다시 사용하는 것이 ‘재생이용’인바, 이에 관한 자원재활용촉진법은 폐기물만을 대상으로 규정하고 있지 않다.
청구법인은 재활용된 폐고철을 원료물질로 다시 사용하고 있으므로 ‘자원재활용촉진법’상 ‘재생이용’에 해당함을 주장하고 있음에도 처분청은 이와 무관한「폐기물관리법」상의 ‘재활용’에 해당하지 않는 이상, 환경보전시설투자세액공제를 적용할 수 없다는 동문서답을 하고 있다. 만일 처분청의 의견을 따를 경우, 조특법 시행규칙 [별표 8의5]에서 「폐기물관리법」에 따른 ‘폐기물처리시설’ 뿐만 아니라 ‘자원재활용촉진법’에 따른 ‘재활용시설’을 투자세액공제 대상 환경보전시설로 별도로 규정한 법문이 형해화된다. 이해를 돕기 위해 처분청이 위와 같이 당초 입장을 변경하면서 제시한 그림을 활용하여 청구주장을 요약하면 다음과 같다.
위 그림에 표기한 바와 같은 처분청의 새로운 의견은 쟁점고철이 폐기물이 아니라는 것이어서 쟁점고철이 폐기물임을 전제로 하는 당초 의견과 정반대이고, 처분청의 새로운 의견은 재활용지정사업자(제강업)의 제품을 ‘재활용제품’으로 명시하고 있는「자원재활용촉진법」제23조 제2항 및 관련 고시, 폐기물로 관리되지 않는 고철(=재활용된 고철)이 제강업의 원료로 사용되는 경우 자원재활용촉진법 제23조에 따라 이는 재활용가능자원에 해당하고, 이를 주원료로 제조한 제품은 재활용제품이며, 재활용제품을 제조하는 시설은 재활용시설에 해당한다는 내용의 자원재활용촉진법을 관장하는 주무부처인 환경부의 유권해석(자원재활용과-1772, 2019.5.29.)과 배치되는 것이다.
(라) 자원재활용촉진법에 따른 재활용가능자원의 운반장비는 환경보전시설투자세액공제 대상에 해당한다. 자원재활용촉진법 시행규칙 제3조 제1호에서 재활용가능자원의 수집ㆍ운반ㆍ보관을 위하여 특별히 제조 또는 설치되어 사용되는 수집ㆍ운반 장비 또는 보관시설은 자원재활용촉진법에 따른 재활용시설로 규정하고 있고, 자원재활용촉진법에 따른「공공재활용 기반시설 설치·운영지침」에서 재활용가능자원의 수거 및 운반과 선별된 재활용품의 운반에 적합한 형태·특성 등을 갖춘 운송차량을 자원재활용촉진법에 따른 재활용기반시설에 포함하고 있으며, 청구법인의 경우 각 공정별(옥외고철장에서의 핸들링, 생산동으로의 운반, 제조설비에 투입) 용도에 특화되거나 적합한 형태의 52.3톤 용량의 Mobile Handing M/C 포크레인, 45톤 지게차, 5톤 Charging Car, 스키드로드를 취득하고 옥외고철장, 제강 전기로 설비 등 쟁점제강공장 내에서 재활용시설 전용으로 사용하고 있는바, 상기 운반장비는 자원재활용촉진법에 따른 재활용시설에 해당하므로 환경보전시설투자세액공제 대상자산에 해당한다.
(마) 그리고, 처분청은 쟁점제강공장의 공사비용과 철근 매입액을 옥외고철장에 임의로 배부하였다는 의견도 제시하였으나, 쟁점제강공장 신축시 여러 개의 건물·구축물에 대하여 공사비용과 철근 매입액이 공통으로 발생한 것으로 공사비용은 건물·구축물 공사비의 ‘계약금액’ 비율로 안분하였고, 철근 매입액은 건물·구축물의 도면상 ‘철근 중량’ 비율로 안분한 것이므로 이를 임의배분으로 볼 수 없으며, 처분청의 의견은 실제로 옥외고철장은 존재하나 그 장부가액은 OOO으로 공통 공사비용을 임의배분하라는 것이어서 수용할 수 없다.
(바) 처분청은 청구법인이 쟁점자산① 중 전기아크로(용융)를「폐기물관리법」에 따른 재활용시설로 2016.7.25. 승인 신청을 하였으나 관할 환경청이 승인하지 않았기 때문에 쟁점자산①은 자원재활용촉진법상 자원재활용시설에 해당하지 아니하는 것으로 보아야 한다는 의견도 제시하였으나, 그 신청서상 신청사유(신청서 1.1)에서 용융된 제강슬래그를 급냉시켜 슬래그볼로 제조하는 기술임을 밝히고 있고, 폐기물 재활용시설의 설치 및 장비확보 계획(신청서 4.1)을 보면 신청 시설에 전기아크로(용융)는 없으며, Atomizer, Tundish, FPC 등의 슬래그 처리시설 뿐이고, 처리대상 폐기물의 종류(신청서 2-2) 및 재활용방법(신청서 3-1)을 보면 재활용대상이 고철이 아니라 폐기물인 ‘슬래그’임을 알 수 있다. 또한, 전기아크로의 취득가액은 OOO으로 거액의 설비인 반면, 투자예상 총액(신청서 4-2)이 OOO불과하고,「폐기물관리법」상 재활용시설은 설치 전 사전승인 제도인데 쟁점자산①의 설치가 2013년에 시작되었는바, 위 신청일자를 보더라도 재활용시설로 신청한 대상이 전기아크로(용융)가 아니라는 것을 알 수 있다.
(사) 더욱이, 처분청은 쟁점고철이 폐기물에 해당하지 아니함을 인정하면서도 쟁점자산①이「폐기물관리법」에 따른 폐기물 재활용시설로서 승인대상에 해당하는 것으로 보아야 할 것이나, 그 승인을 받지 않았기 때문에 환경보전시설투자세액공제 대상에 해당하지 않는 것으로 보아야 한다는 모순된 의견을 제시하고 있다. 처분청은 쟁점고철에 대한 판단을 변경(폐기물임 → 폐기물에 해당하지 아니함은 인정)하여 새로운 의견(쟁점고철이 폐기물이 아닌 재활용가능자원임은 인정되나, 이는 폐금속류에 해당하지 않으므로 당초 처분은 정당함)을 제시한 사실이 처분청의 당초 답변서(8쪽)와 청구법인의 항변에 대한 2차 답변서(2쪽)로 확인된다. 처분청은 위와 같이 답변이 변경된 이유가 청구법인이 경정청구시에는 쟁점고철이 폐기물에 해당한다고 주장하였다가, 심판청구시에는 쟁점고철이 폐기물에 해당하지 않는다고 주장을 변경하였기 때문이라는 의견이나, 청구법인의 2019.4.1.자 경정청구서와 처분청에 2019.5.9. 제출한 관련 보충설명자료 등에 의하여 청구법인은 일관되게 쟁점고철은 자원재활용촉진법상 재활용가능자원임을 주장하여 온 사실이 확인된다. 처분청의 답변은 일관성이 없고, 앞서한 답변과 뒤의 답변이 서로 모순되며, 이 건에서 쟁점이 되는 법령인 자원재활용촉진법을 관장하는 소관부처인 환경부의 해석 및 입장과도 배치되는 타당성이 없는 의견이다.
(2) 「대기환경보전법」상 대기오염방지시설인 집진설비 및 집진설비동의 취득가액을 구성하는 공통비용 배부액에 상당하는 투자금액에 대하여 환경보전시설투자세액공제가 적용되어야 한다.
(가) 투자세액공제 적용대상인 투자금액 범위는 조세심판원 선결정례(조심 2015부502, 2015.12.23. 등 참조) 및 관련 유권해석(국세청 서면-2015-법인-139, 2015.10.1., 서이46012-10656, 2002.3.28. 등 참조)에 따라 자산의 취득을 위하여 지출한 원재료비·노무비·수수료·공과금(취득세 및 등록세 포함)·설치비 기타 부대비용 중「법인세법 시행령」제72조 제2항에 따라 취득가액으로 계상되는 금액이므로 지출된 공통비용 중 합리적 안분기준에 따라 대기오염방지시설로 배부된 금액은 자산의취득원가로서 투자세액공제대상이다.
(나) 투자세액공제 대상자산에서 건축물을 제외하도록 명시적으로 규정하고 있는 범용목적의 고용창출투자세액공제와 달리, 특정목적에 사용되는 시설투자에 대하여 혜택을 주는 환경보전시설투자세액공제, 에너지절약시설투자세액공제, 의약품품질개설투자세액공제 등 특정시설에 대한 투자세액공제는 그 대상자산의 범위에서 건축물을 제외하도록 하는 별도의 규정이 없어 관련 다음과 같은 해석례에 의하면 해당 목적에 전용으로 사용되는 경우 그 적용대상의 범위에 건축물을 포함하고 있다.
(다) 특정시설투자세액공제 적용시 건축물의 포함 여부에 대한 기존 심판사례와 유권해석을 살펴보면, 특정시설(환경보전시설, 에너지절약시설, 의약품품질관리개선시설)에 전용으로 사용되는 건축물은 세액공제 대상에 해당한다고 해석(서면2팀-1562, 2005.9.27., 서면2팀-558, 2006.3.31., 서면인터넷방문상담2팀-1415, 2006.7.27., 법규법인 2011-466, 2011.12.8.)하였으며, 조세심판원(조심 2010중189, 2010.5.31.)도 해당 설비가 설치되어 있는 건축물을 포함하여 에너지절약시설 투자세액공제 대상이라 판단한바 있다. 따라서 재활용가능자원을 수집·운반·보관하여 재활용제품의 제조·가공·보관을 위하여 전용으로 사용되는 건축물은 환경보전시설투자세액공제의 대상자산에 해당한다.
(라) 자산의 완공 전까지 발생된 직·간접 비용은 ‘건설중인자산’으로 계상한 후 완공 시점에 자산의 취득원가로 대체(직접비) 및 배부(간접 공통비)하고 상업 가동 후에 감가상각을 통해 손금처리되는 것인바, 건설기간 중 발생된 건설비를 제조원가로 손금에 산입하라는 처분청의 의견은 기업회계기준에 위배되고, 법적 근거도 없는 의견이다.
(마) 청구법인은 공통비용을 합리적 안분기준에 따라 설비별 투자금액 비율(노무비), 계약금액 비율(집진기 pile 공사비), 도면상 철근 공급 비율(철근 자재비), 견적 비율(검정용역비)로 ‘집진설비’에 배부하였고, 계약금액 비율(건축공사비), 도면상 철근공급 비율(철근 자재비), 연면적 비율(임시동력설치공사, 감리용역, 설계용역 등)로 ‘집진설비동’에 배부하였으며, 취득세(농특세)를 직접비로 대체한 것은 기업회계기준에 따른 것임에도 공통비용을 임의로 배부한 것으로 보아야 한다는 처분청의 의견은 타당하지 않고, 합리적인 대안을 제시한 바도 없다.
나. 처분청 의견
(1) 쟁점자산①은「폐기물관리법」에 따라 허가를 받은 자원재활용시설에 해당하지 않으므로 이에 대하여 환경보전시설투자세액공제를 적용할 수 없다.
(가) 자원재활용촉진법 제3조(다른법률과의 관계)에 자원의 절약, 폐기물의 발생억제 및 재활용에 관하여 이 법에 규정되지 아니한 사항은「폐기물관리법」을 적용하도록 규정되어 있고,「폐기물관리법」제2조 제8호에 폐기물처리시설이란 폐기물의 중간처분시설, 최종처분시설 및 재활용시설로서 대통령령으로 정하는 시설을 말한다고 규정되어 있으며, 자원재활용촉진법 시행규칙 제3조(재활용시설) 제2호 내지 제4호에 따른 장치·장비·설비는「폐기물관리법」에서 규정하는 폐기물 재활용시설과 동일한 개념이자 폐기물처리시설의 한 종류로서 환경부장관의 승인을 받아야 하는 시설로 보는 것이 타당하다.
「폐기물관리법 시행규칙」별표4에 따른 폐기물의 종류별 세부분류에 의하면 고철은 폐금속류의 한 종류로서 사업장 폐기물에 해당하고, 대법원 2001.6.1. 선고 2001도70 판결서상 사업장에서 폐기된 물질이 재활용 원료로 공급된다고 해서 폐기물로서의 성질을 상실한다거나 사업장 폐기물 배출자의 신고의무가 없어진다고 볼 것이 아니라고 판시되어 있다.
환경부가 자원재활용촉진법에 따른 자원재활용시설이 자원재활용촉진법이 아니라「폐기물관리법」제25조에 따른 허가사항임을 명시하여 회신하였으나, 청구법인은「폐기물관리법」을 배제한 채 쟁점자산①이 자원재활용촉진법에 따른 자원재활용시설이므로 허가를 요하지 않는다는 자의적인 주장을 하고 있다.
청구법인은 제강슬래그의 재활용과 관련하여 Slag Atomizing Plant와 쟁점자산① 중 고철의 재활용과 관련하여 전기아크로(용융)를 재활용시설로서 2016.7.25. 그 설치에 대한 승인을 신청하였으나, 관할 환경청은 슬래그처리시설에 대해서만 승인하였고, 전기아크로(용융)에 대해서는 폐기물 재활용시설로 승인을 하지 않은 것으로 회신하였다.
「건축법」제2조 제2항 및 같은 법 시행령 별표1 용도별 건축물의 종류에서 ‘22.자원순환 관련 시설’로서 ‘폐기물 재활용시설’을 별도로 구분하여 명시하고 있으나, 청구법인은 2016.10.21. 쟁점제강공장 취득세 신고시 그 시설물로서 신고한 항목이 수처리설비, 집진설비, 배관설비밖에 없는바, 재활용시설로 취득세를 신고하지 아니한 쟁점자산①을 재활용시설에 해당하는 것으로 보기 어려우며, 폐기물 재활용업체의 자료를 공개하고 있는 환경부 OOO청구법인의 현황은 확인되지 않는다.
따라서 쟁점자산①은「폐기물관리법」에 따라 허가를 받은 폐기물 재활용시설이 아니고, 폐기물을 재활용한 사실도 확인되지 않으므로 이를 자원재활용촉진법에 따른 재활용시설로 볼 수 없는바, 이에 대하여 환경보전시설투자세액공제를 적용해야 한다는 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다.
(나) 청구법인의 항변내용에 대한 처분청의 추가 의견은 다음과 같다. 자원재활용촉진법상 재활용제품이란 그 시행규칙 별표1에 폐금속류 등에 해당하는 재활용가능자원을 주원료로 하여 제조한 제품이라고 규정되어 있고, 위 폐금속류는「폐기물관리법 시행규칙」별표4에 따른 폐기물(사업장일반폐기물)에 해당되어야 하는바, 재활용가능자원을 주원료로 하여 제조한 제품이라고 하여 모두 재활용제품에 해당하는 것으로 볼 수 없고,「폐기물관리법」상 폐기물에 해당하는 재활용가능자원이어야 한다.
청구법인의 주장과 같이 폐기물이 아닌 재활용된 고철을 주원료로 하여 제품을 제조하는 경우, 이러한 쟁점고철은 폐금속류에 해당하지 아니하는 재활용가능자원으로 보는 것이 타당하므로 이를 주원료로 하는 재활용시설인 쟁점자산①은 환경보전시설투자세액공제 대상에 해당하지 않는다.
쟁점자산① 관련 계정과목 중 ‘차량운반구’는 일반적인 제조 공장에서도 볼 수 있는 지게차 등으로서 자원재활용촉진법 시행규칙 제3조 제1호의 재활용가능자원의 운반을 위하여 특별히 제조 또는 설치되어 사용된 장비로 보기 어렵고, 청구법인이 계상한 옥외고철장의 취득가액은 쟁점제강공장 공사비용과 철근 매입액을 임의로 배부한 금액이므로 재활용가능자원의 보관시설에 대한 투자금액으로 인정할 수 없다.
(다) 청구법인은 처분청이 쟁점①과 관련한 의견에 일관성이 없다고 주장하나, 쟁점①과 관련하여 처분청이 당초 입장과 반대로 의견을 변경하거나 새로운 의견을 제시한 것이 아니라 청구법인이 경정청구시 쟁점고철이 폐기물에 해당한다고 주장하였다가 심판청구시에는 쟁점고철이 폐기물에 해당하지 아니함을 전제로 주장하여 그에 따라 추가적으로 검토하여 답변을 한 것이다. 청구법인이 경정청구시 쟁점고철이 폐기물에 해당한다고 주장하였다가 폐금속류를 주원료로 사용하여 재활용제품을 제조하는 시설은「폐기물관리법」에 따른 허가가 요구되는 까닭에 청구법인이 심판청구시 쟁점고철이 폐기물에 해당하지 아니하므로「폐기물관리법」과 관련이 없고, 자원재활용촉진법에 따른 재활용시설인 쟁점자산①은「폐기물관리법」에 따라 허가를 받을 사항은 아닌 것으로 주장을 변경하여 처분청은 이에 대하여 추가적으로 답변을 한 것인바, 처분청이 당초 입장을 변경하거나 새로운 의견을 제시한 것이 아니다.
(2) 대기오염방지시설인 쟁점자산②에 청구법인이 배부한 공통비용에 대하여 환경보전시설투자세액공제를 적용할 수 없다.
(가) 청구법인이 쟁점제강공장 신축시 지출한 전체 토목·건축·소방 공사비용과 철근 매입액, 기자재 용역 검사비용 등과 관련한 공통비용을 임의로 안분하여 쟁점자산②에 해당하는 건물 및 구축물의 취득가액으로 계상하였고, 청구법인이 집진설비의 제작 및 설치비용인 OOO이미 대기오염방지시설에 대한 환경보전시설투자세액공제를 적용하여 법인세 신고를 하였으므로 쟁점제강공장의 전체 공사와 관련한 공통비용을 집진설비의 공사비용에 배부할 이유가 없다.
(나) 또한, 청구법인이 쟁점자산②의 취득가액으로 배부한 공통비용 중 쟁점제강공장 직원의 인건비, 유럽출장비 등은 노무비에 해당하고, 철근 매입액은 원재료비에 해당하는바, 노무비와 원재료비는 기업회계기준에 따라 제조원가(당기 비용)에 산입하여야 할 것이지 쟁점자산②의 취득가액으로 배부할 그 취득과 관련한 공통비용에 해당하지 않으므로 이에 대하여 환경보전시설투자세액공제를 적용할 수 없다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁 점
① 잉곳 및 라운드블룸을 제조·가공·보관하는데 사용되는 장치·장비·시설인 쟁점자산①이 자원재활용촉진법상 자원재활용시설에 해당하므로 환경보전시설투자세액공제 대상자산에 해당한다는 청구주장의 당부
② 대기환경보전법상 대기오염방지시설(집진설비 및 집진설비동)인 쟁점자산②의 취득가액을 구성하는 공통비용 배부액에 대하여 환경보전시설투자세액공제를 적용하여야 한다는 청구주장의 당부
나. 관련 법령
(1) 조세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12173호로 개정되기 전의 것)
제25조의3【환경보전시설 투자에 대한 세액공제】① 내국인이 대통령령으로 정하는 환경보전시설에 2013년 12월 31일까지 투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자는 제외한다)하는 경우에는 그 투자금액의 100분의 10에 상당하는 금액을 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 세액공제의 방법은 제11조를 준용한다.
(2) 조세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12173호로 개정된 것)
제25조의3【환경보전시설 투자에 대한 세액공제】① 내국인이 대통령령으로 정하는 환경보전시설에 2016년 12월 31일까지 투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자는 제외한다)하는 경우에는 그 투자금액의 100분의 3(대통령령으로 정하는 중견기업의 경우에는 100분의 5, 중소기업의 경우에는 100분의 10)에 상당하는 금액을 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 세액공제의 방법은 제11조를 준용한다.
(3) 조세특례제한법 시행령
제22조의3【환경보전설비의 범위 등】① 법 제25조의3 제1항 전단에서 "대통령령으로 정하는 환경보전시설"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 시설을 말한다.
1.「대기환경보전법」에 따른 대기오염방지시설 및 무공해·저공해자동차 연료공급시설,「소음·진동관리법」에 따른 소음·진동방지시설 및 방음·방진시설,「가축분뇨의 관리 및 이용에 관한 법률」에 따른 처리시설과「하수도법 시행령」에 따른 오수처리시설,「수질 및 수생태계 보전에 관한 법률」에 따른 수질오염방지시설,「폐기물관리법」에 따른 폐기물처리시설 및 폐기물 감량화시설,「건설폐기물의 재활용촉진에 관한 법률」에 따른 건설폐기물 처리시설,「자원의 절약과 재활용촉진에 관한 법률」에 따른 재활용시설,「해양환경관리법」에 따른 해양오염방제업의 선박·장비·자재 및「석유 및 석유대체연료 사업법」에 따른 석유정제시설 중 탈황시설로서 기획재정부령으로 정하는 것
(4) 조세특례제한법 시행규칙
제13조의3【환경보전시설의 범위】① 영 제22조의3 제1항 제1호에서 "기획재정부령으로 정하는 것"이란 별표 8의5의 환경보전시설을 말한다.
[별표 8의5]
구 분 | 적 용 범 위 |
1. 대기오염 및 악취방지시설 | 가.「대기환경보전법」에 의한 대기오염방지시설, 휘발성유기화합물질 및 비산먼지로 인한 대기오염을 방지하기 위한 시설 |
4. 건설폐기물처리시설ㆍ폐기물처리시설ㆍ폐기물감량화시설 및 재활용시설 | 「건설폐기물의 재활용촉진에 관한 법률」에 의한 건설폐기물처리시설ㆍ「폐기물관리법」에 의한 폐기물처리시설ㆍ폐기물감량화시설 및 「자원의 절약과 재활용촉진에 관한 법률」에 의한 재활용시설 |
제2조【정의】이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
2. “재활용가능자원”이란 사용되었거나 사용되지 아니하고 버려진 후 수거(收去)된 물건과 부산물(副産物) 중 재사용ㆍ재생이용할 수 있는 것[회수할 수 있는 에너지와 폐열(廢熱)을 포함하되, 방사성물질과 방사성물질로 오염된 물질은 제외한다]을 말한다.
5. "재활용"이란 「폐기물관리법」 제2조 제7호에 따른 재활용을 말한다.
7. “재생이용”이란 재활용가능자원의 전부 또는 일부를 원료물질(原料物質)로 다시 사용하거나 다시 사용할 수 있도록 하는 것을 말한다.
9. "재활용제품"이란 재활용가능자원을 이용하여 만든 제품으로서 환경부령으로 정하는 제품을 말한다.
10. "재활용시설"이란 재활용가능자원이나 재활용제품을 제조, 가공, 조립, 정비, 수집, 운반, 보관하는 데에 사용되는 장치ㆍ장비ㆍ설비 등으로서 환경부령으로 정하는 것을 말한다.
제3조【다른 법률과의 관계】자원의 절약, 폐기물의 발생억제 및 재활용에 관하여 이 법에 규정되지 아니한 사항은 「폐기물관리법」을 적용한다.
제23조【재활용지정사업자의 준수 사항】① 재활용가능자원을 효율적으로 이용하기 위하여 특히 필요한 업종으로서 대통령령으로 정하는 업종에 종사하는 사업자(이하 "재활용지정사업자"라 한다)는 환경부장관과 주무부장관이 대통령령으로 정하는 기본방침과 절차에 따라 통합하여 고시하는 지침을 지켜야 한다.
② 제1항에 따른 지침에는 다음 각 호의 사항이 포함되어야 한다.
1. 재활용제품의 종류별 재활용가능자원(부산물은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)의 이용 목표와 재활용의 촉진에 관한 사항
제32조【재활용지정사업자의 관련 업종】법 제23조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 업종"이란 다음 각 호의 업종을 말한다.
3. 제철 및 제강업
제2조【재활용제품】법 제2조 제9호에서 “환경부령으로 정하는 제품”이란 별표 1과 같다.
[별표 1]
재활용제품(제2조 관련)
1. 다음 각 목에 해당하는 재활용가능자원을 주원료로 하여 제조한 제품
가. 폐금속류
제3조【재활용시설】법 제2조 제10호에서 “환경부령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 장치ㆍ장비ㆍ설비 등을 말한다.
1. 재활용가능자원의 수집ㆍ운반ㆍ보관을 위하여 특별히 제조 또는 설치되어 사용되는 수집ㆍ운반 장비 또는 보관시설
2. 재활용가능자원의 효율적인 운반 또는 가공을 위한 압축시설, 파쇄시설, 용융시설(溶融施設) 등의 중간가공시설
3. 재활용제품을 제조ㆍ가공ㆍ보관하는 데 사용되는 장치ㆍ장비ㆍ시설
4. 재활용제품의 제조에 필요한 전처리(前處理) 장치ㆍ장비ㆍ설비
6.「폐기물관리법」 제25조 제5항 제2호의 폐기물 중간처리업 및 같은 항 제4호의 폐기물 종합처리업의 허가를 받은 자와 같은 법 제46조에 따른 폐기물 재활용 신고자가 폐기물의 재활용에 사용하는 시설 및 장비
※ 재활용지정사업자의 재활용 지침(고시)
제2조【적용대상 재활용지정사업자 및 재활용가능자원】① 이 고시는 법 제23조 제1항의 규정에 의한 재활용지정사업자를 대상으로 하며, 자원재활용업종별 재활용촉진대상인 재활용가능자원은 다음 각 호와 같다.
1. 종이제조업 : 폐지
2. 유리용기제조업 : 폐유리용기
3. 제철 및 제강업 : 철스크랩(폐철캔류를 포함한다)
(8) 폐기물관리법
제2조【정의】이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. “폐기물”이란 쓰레기, 연소재(燃燒滓), 오니(汚泥), 폐유(廢油), 폐산(廢酸), 폐알칼리 및 동물의 사체(死體) 등으로서 사람의 생활이나 사업활동에 필요하지 아니하게 된 물질을 말한다.
7. “재활용”이란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 활동을 말한다.
가. 폐기물을 재사용ㆍ재생이용하거나 재사용ㆍ재생이용할 수 있는 상태로 만드는 활동
8. “폐기물처리시설”이란 폐기물의 중간처분시설, 최종처분시설 및 재활용시설로서 대통령령으로 정하는 시설을 말한다.
9. “폐기물감량화시설”이란 생산 공정에서 발생하는 폐기물의 양을 줄이고, 사업장 내 재활용을 통하여 폐기물 배출을 최소화하는 시설로서 대통령령으로 정하는 시설을 말한다.
제29조【폐기물처리시설의 설치】① 폐기물처리시설은 환경부령으로 정하는 기준에 맞게 설치하되, 환경부령으로 정하는 규모 미만의 폐기물 소각 시설을 설치ㆍ운영하여서는 아니 된다.
② 제25조 제3항에 따른 폐기물처리업의 허가를 받았거나 받으려는 자 외의 자가 폐기물처리시설을 설치하려면 환경부장관의 승인을 받아야 한다. 다만, 제1호의 폐기물처리시설을 설치하는 경우는 제외하며, 제2호의 폐기물처리시설을 설치하려면 환경부장관에게 신고하여야 한다.
1. 학교ㆍ연구기관 등 환경부령으로 정하는 자가 환경부령으로 정하는 바에 따라 시험ㆍ연구목적으로 설치ㆍ 운영하는 폐기물처리시설
2. 환경부령으로 정하는 규모의 폐기물처리시설
④ 폐기물처리시설을 설치하는 자는 그 설치공사를 끝낸 후 그 시설의 사용을 시작하려면 다음 각 호의 구분에 따라 해당 행정기관의 장에게 신고하여야 한다.
1. 폐기물처리업자가 설치한 폐기물처리시설의 경우 : 제25조 제3항에 따른 허가관청
2. 제1호 외의 폐기물처리시설의 경우 : 제29조 제2항에 따른 승인관청 또는 신고관청
제46조【폐기물처리 신고】① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 환경부령으로 정하는 기준에 따른 시설·장비를 갖추어 시·도지사에게 신고하여야 한다.
1. 동·식물성 잔재물 등의 폐기물을 자신의 농경지에 퇴비로 사용하는 등의 방법으로 재활용하는 자로서 환경부령으로 정하는 자
2. 폐지, 고철 등 환경부령으로 정하는 폐기물을 수집·운반하거나 환경부령이 정하는 방법으로 재활용하는 자로서 사업장 규모 등이 환경부령으로 정하는 기준에 해당하는 자
3. 폐타이어, 폐가전제품 등 환경부령으로 정하는 폐기물을 수집·우반하는 자
(9) 폐기물관리법 시행령
제5조【폐기물처리시설】법 제2조 제8호에 따른 폐기물처리시설은 별표 3과 같다.
[별표 3]
폐기물처리시설의 종류(제5조 관련)
3. 재활용시설
가. 기계적 재활용시설
1) 압축ㆍ압출ㆍ성형ㆍ주조시설(동력 10마력 이상인 시설로 한정한다)
2) 파쇄ㆍ분쇄ㆍ탈피시설(동력 20마력 이상인 시설로 한정한다)
3) 절단시설(동력 10마력 이상인 시설로 한정한다)
4) 용융ㆍ용해시설(동력 10마력 이상인 시설로 한정한다)
(10) 폐기물관리법 시행규칙
제39조【폐기물처리시설의 설치 승인 등】① 법 제29조 제2항에 따라 폐기물처리시설을 설치하려는 자는 별지 제23호 서실의 폐기물 처분시설 또는 재활용시설 설치승인신청서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 그 시설의 소재지를 관할하는 시ㆍ도지사나 지방환경관서의 장에게 제출하여야 한다.
제66조【폐기물처리 신고대상】④ 법 제46조 제1항 제2호에서 “환경부령으로 정하는 방법”이란 선별·압축·감용·절단 또는 탈피(폐전선만 해당한다)하는 방법을 말한다.
[별표 4] 폐기물의 종류별 세부분류(제4조의2 제1항 관련)
2. 사업장일반폐기물의 세부분류 및 분류번호
51-29 폐금속류
51-29-01 고철
51-29-02 비철금속
51-29-03 폐금속캔류(「자원의 절약과 재활용촉진에 관한 법률 시행령」제18조 제1호에 해당하는 것을 말한다)
51-29-04 폐금속용기류(폐금속캔류는 제외한다)
51-29-99 그 밖의 폐금속류
[별표 5의3] 폐기물의 재활용 기준(제14조의3 제1항 관련)
2. 유형별 재활용 세부기준
나. 재생이용할 수 있는 상태로 만들거나 재생이용하는 유형
1) R-3 유형의 재활용 기준
다) R-3-3 유형의 재활용 기준
폐지ㆍ고철 또는 폐포장재(「자원의 절약과 재활용촉진에 관한 법률 시행령」 제18조에 따른 재활용의무 대상인 종이팩, 유리병, 금속캔, 합성수지 재질의 포장재 및 1회용 봉투ㆍ쇼핑백만 해당한다)를 선별ㆍ압축ㆍ감용(減容)ㆍ절단하는 경우에는 다음의 기준을 준수해야 한다.
(3) 폐지 또는 고철을 종이ㆍ판지, 포장용 완충재, 금속 또는 금속제품 등을 제조하는 업체에 공급하는 경우에는 (2)에 따라 폐유 등을 담았던 용기 등을 제거하고, 「산업표준화법」 제12조제1항에 따른 한국산업표준(이하 "한국산업표준"이라 한다)에 따른 시험방법 또는 국제적으로 통용되는 시험방법에 따른 시험 결과 다음의 이물질(폐지 또는 고철 외의 물질로서 원료로 적합하지 않아 사용이 불가능한 물질을 말하며, 수분은 제외한다) 함량 기준을 준수하여야 한다. 이 경우 해당 기준에 대한 시험 성적서를 폐지 또는 고철을 공급받는 업체에 제출해야 한다.
(가) 고철을 금속 또는 금속제품을 제조하는 업체에 공급하는 경우 : 무게기준으로 2퍼센트(2018년 12월 31일까지는 3퍼센트) 이하
(11) 법인세법 시행령
제72조【자산의 취득가액 등】② 법 제41조 제1항 및 제2항에 따른 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.
2. 자기가 제조ㆍ생산ㆍ건설 기타 이에 준하는 방법에 의하여 취득한 자산 : 원재료비ㆍ노무비ㆍ운임ㆍ하역비ㆍ보험료ㆍ수수료ㆍ공과금(취득세와 등록세를 포함한다)ㆍ설치비 기타 부대비용의 합계액
(12) 대기환경보전법
제2조【정의】이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
12. "대기오염방지시설"이란 대기오염물질배출시설로부터 나오는 대기오염물질을 연소조절에 의한 방법 등으로 없애거나 줄이는 시설로서 환경부령으로 정하는 것을 말한다.
(13) 대기환경보전법 시행규칙
제6조【대기오염방지시설】법 제2조 제12호에 따른 대기오염방지시설(이하 "방지시설"이라 한다)은 별표 4와 같다.
[별표 4] 대기오염방지시설
5. 여과집진시설
다. 사실관계 및 판단
(1) 폐고철의 거래흐름 및 청구법인의 쟁점제강공장(쟁점자산①)에서 쟁점고철을 주원료로 사용하는 과정 등을 도식화하면 다음과 같다.
(2) 청구법인은 쟁점제강공장의 건축공사를 2013년에 착공하여 2016.8.22. 준공(총 공사비 약 OOO)하였으며, 쟁점고철을 주원료로 하여 쟁점자산①의 전기로, 정련로, 주조설비 등을 이용하여 잉곳 및 라운드블룸 제품을 생산하고 있다.
(3) 청구법인이 쟁점고철을 주원료로 사용하여 잉곳 및 라운드블룸을 제조ㆍ가공ㆍ보관하기 위하여 사용하는 장치·장비·시설인 쟁점자산①과 관련한 투자(취득가액 계상)내역은 아래 <표1>과 같다.
<표1> 청구법인의 쟁점자산① 관련 투자(취득가액 계상)내역
(단위 : 원)
(4) 청구법인이 쟁점제강공장의 건축과 관련하여「대기환경보전법」에 따라 설치한 대기오염방지시설인 쟁점자산②의 취득가액으로 계상한 상세내역서를 제출하였고, 이를 집진설비와 집진설비동으로 구분한 투자내역은 아래 <표2>와 같다.
<표2> 청구법인의 쟁점자산② 관련 투자(취득가액 계상)내역
(단위 : 원)
(5) 청구법인은 쟁점제강공장에서 쟁점고철(폐고철)을 주원료로 투입하고 쟁점자산①의 전기로 및 진공정련 등의 장치·장비·시설을 이용하여 잉곳(대형 주괴) 및 라운드블룸(대형 원형 강재)을 제조하고 있고, 이와 관련된 다수의 현장사진을 제출하였다.
(6) 청구법인은 쟁점제강공장 중 대기오염방지시설인 집진설비동(쟁점자산②)을 촬영한 현장사진 등도 제출하였다.
(7) 청구법인은 재활용 기준(이물질 함량 3% 이하)을 준수한 고철을 주원료로 사용한다는 증빙으로 ‘철스크랩 검수보고서’를 제출하였다.
(8) OOO지방국세청장이 질의하여 환경부로부터 회신받은 공문(환경부 자원재활용과-1772, 2019.5.29.)의 내용은 다음과 같다.
(9) 청구법인이 2016.7.25. 신청한 폐기물 재활용시설 설치승인 신청서의 주요 내용은 다음과 같고, 이는 쟁점고철을 주원료로 하여 쟁점자산①을 이용하여 잉곳 및 라운드블룸을 생산하는 공정에서 발생된 폐기물인 슬래그를 처리하는 Atomizer, Tundish, FPC 시설에 대한 것으로서 쟁점자산①과 별개인 부산물 처리시설이다.
(10) 청구법인이 쟁점제강공장의 대기오염방지시설인 집진설비와 집진설비동에 대하여 위 <표2>와 같이 계상한 취득가액에 포함된 공통비용의 배부기준 및 금액 등은 아래 <표3> 및 <표4>와 같다.
<표3> 집진설비
(단위 : 백만원)
(가) 처분청은 청구법인이 주식회사 OOO2014.2.19. 집진설비 제작 및 설치공사 도급계약을 체결하여 2016.8.20.까지의 기간 동안 집진설비의 납품, 설계 및 설치시공, 각종 시험 및 시운전, 노임 등을 포함한 공사비용으로 OOO지급한 사실이 확인되므로 집진설비는 위와 같이 공통비용을 배부할 대상이 아니라는 의견을 추가하였다.
(나) 청구법인과 주식회사 OOO간의 2014.2.19.자 위 집진설비 제작 및 설치공사 도급계약서의 ‘ANNEX.A 집진설비 제작, 설치공사 시방서’ 중 2.1 공급범위의 1)에 청구법인이 공급하는 부분에 대한 계약내용이 있고, 그 하위 항목에 A) 설치, 시운전에 필요한 전역 및 용수, B) 설비 공급자가 공급한 수전반 VCB에 22.9KV의 공급, C) Anchor Bolt류 및 Embedded를 제외한 기계기초, D) 소음방지 장치를 제외한 일반건물 공사라고 되어 있으며, 청구법인은 이에 따라 관련 건물공사 뿐만 아니라 기계기초에 해당하는 집진기 파이프랙 기초공사 등을 직접 시공하였으므로 위와 같은 공통비용을 배부가 불필요하다는 처분청의 의견은 타당하지 아니하다고 주장하고 있고, 그 근거로 집진설비와 집진설비동 관련 철골 등 자재매입, 집진설비의 기계기초공사(파이프랙 기초 pile 공사), 집진설비동의 파이프랙 지붕 및 벽체 판넬공사, 집진설비동의 전기·통신·소방공사 관련 내역서 및 공사원가(직접비, 간접비)명세서 등을 제출하였다.
<표4> 집진설비동
(단위 : 백만원)
(11) OOO2015.4.27. 청구법인에게 발급한 대기배출시설설치허가증에 의하면, 제강공정 관련 전기아크로, 정련로, 주형장입시설, 절단시설, 내화물 수리장, 고체입자상물질 저장시설에 대하여 총 처리용량이 분당 42,050㎥인 여과집진시설(오염물질배출 방지시설)을 설치한 것으로 나타나고, 이와 별개로 폐기물인 슬래그 재활용을 위한 고압공기분사시설(Atomizer)에 대하여 처리용량이 분당 2,400㎥인 세정집진시설(FPC)을 설치한 것으로 나타난다.
(12) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.
(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 처분청은 이물질 선별이 완료된 쟁점고철은「폐기물관리법」상의 폐기물에 해당하는 폐금속류가 아니므로 청구법인이 쟁점고철을 주원료로 하여 만드는 제강제품인 잉곳, 라운드블룸은 재활용제품에 해당하지 않는바, 이를 제조·가공·보관하는데 사용되는 장치·장비·시설인 쟁점자산①은 자원재활용촉진법상의 재활용시설에 해당하지 않는 것으로 보아 환경보전시설투자세액공제의 적용을 배제하여야 한다는 입장이나, 이는 다음과 같은 이유로 타당하지 않다.
1) 조특법 제25조의3 제1항 및 같은 법 시행령 제22조의3 제1항, 조특법 시행규칙 제13조의3 제1항과 [별표 8의5]는「폐기물관리법」에 의한 폐기물처리시설ㆍ폐기물감량화시설과 별도로 ‘자원재활용촉진법’에 의한 ‘재활용시설’을 환경보전시설투자세액공제 대상으로 규정하고 있다.
2) 자원재활용촉진법 제2조 제10호 및 같은 법 시행규칙 제3조 제3호 및 제4호에 ‘재활용시설’이란 재활용제품을 제조ㆍ가공ㆍ보관하는 데 사용되는 장치ㆍ장비ㆍ시설 및 재활용제품의 제조에 필요한 전처리 장치ㆍ장비ㆍ설비로 규정되어 있고, 자원재활용촉진법 제2조 제9호 및 같은 법 시행규칙 제2조 [별표1]에 ‘재활용제품’이란 재활용가능자원(폐금속류 등)을 주원료로 하여 제조한 제품으로, 같은 법 제2조 제2호에 ‘재활용가능자원’이란 버려진 후 수거된 물건 중 재생이용할 수 있는 것으로, 같은 법 제2조 제7호에 ‘재생이용’이란 재활용가능자원을 원료물질로 다시 사용하는 것으로 규정되어 있으며, 자원재활용촉진법 시행령 제32조 및 재활용지정사업자의 재활용지침(고시)에 제강업을 재활용지정사업자 관련 업종으로 정하고, 제강업의 철스크랩(고철)이 재활용가능자원에 해당한다고 명시되어 있다.
3) OOO지방국세청장이 이 건 쟁점①에 대하여「폐기물관리법」 및 자원재활용촉진법을 관장하는 소관부처인 환경부에 질의하여 회신받은 유권해석(환경부 자원재활용과-1772, 2019.5.29.)의 주요 내용은 다음과 같고, 이는 청구주장과 동일한 반면, 처분청의 의견과는 배치된다.
가) 폐금속류(고철)를 주원료로 재활용제품을 제조하는 시설은 자원재활용촉진법 시행규칙 제3조 제3호 및 제4호에 따른 ‘재활용시설’에 해당한다.
나) 폐기물인 폐금속류(고철)를 폐기물재활용업체에서「폐기물관리법 시행규칙」[별표 5의3] 제2호 나목 1) 다)에서 정한 재활용기준[고철을 금속 또는 금속제품을 제조하는 업체에 공급하는 경우 : 무게기준으로 2퍼센트(2018.12.31.까지는 3퍼센트) 이하]을 준수하여 재활용이 완료된 경우 폐기물로 관리하지 않으므로, 이를 공급받아 제품의 주원료로 사용하고자 하는 경우 재활용허가를 받지 않아도 된다.
다)「폐기물관리법」에서는 폐기물을 같은 법 시행규칙 [별표 5의3]에서 정하는 재활용기준을 준수하여 재활용된 물질은 제품 또는 제품의 원료로 보고 있으나, 재활용된 고철이 자원재활용촉진법 제23조에 따라 재활용지정사업자인 제철 및 제강업의 제품의 원료로 사용되어지는 경우 재활용가능자원으로 정하고 있으며, 이는 재활용가능자원의 재활용을 촉진하기 위한 취지이다(「폐기물관리법」제46조에 따르면 재활용된 고철이란 고철수집상이 선별·압축·감용·절단한 고철을 말함).
4) 처분청은 주원료인 폐금속류가 폐기물에 해당하지 않는 이상 환경보전시설투자세액공제의 적용을 일절 배제하여야 한다는 의견이나, 「폐기물관리법 시행규칙」[별표4]에서 규정한 폐금속류는 모든 폐금속류를 말하는 것이 아니라 ‘폐금속류 중에서 폐기물에 해당하는 것’만을 의미하는 것으로 한정하여 규정되어 있고, 자원재활용촉진법은 쟁점고철과 같이 ‘폐기물이 아닌 폐금속류’를 포함하여 자원의 재활용에 관하여 규정하고 있는바, 위와 같은 처분청의 의견을 따를 경우 조특법 시행령 제22조의3 제1항 제1호에서「폐기물관리법」에 따른 ‘폐기물처리시설’과 별도로 자원재활용촉진법에 따른 ‘재활용시설’을 투자세액공제대상 환경보전시설로 명시한 법문이 형해화되어 조세법률주의에 어긋나고, 재활용된 폐기물의 재생이용을 촉진하고자 폐기물이 아닌 폐금속류(재활용가능자원)을 주원료로 재활용제품을 제조·가공·보관하는 재활용시설에 대한 투자를 지원하는 입법취지도 몰각될 것으로 보인다.
5) 처분청은 당초 쟁점고철이「폐기물관리법」상의 폐기물에 해당하는 것으로 보아 청구법인이 쟁점자산①에 대하여「폐기물관리법」에 따른 인·허가를 받지 않았으므로 조특법상 환경보전시설투자세액공제 적용대상에 해당하지 않는다는 의견을 제시하였으나, 처분청도 청구법인은 폐기물재활용사업자로부터 선별·압축·감용·절단이 완료된 쟁점고철을 매입하여 이를 주원료로 재생이용하여 제강업을 영위하는 자원재활용지정사업자인바, 쟁점고철이「폐기물관리법」에 따른 관리대상인 폐기물에 해당하지 않는다는 점에 대하여는 다툴 여지가 없다고 보아 이는 인정하는 입장으로 선회한 것으로 보이고, 청구법인은「폐기물관리법」에 따른 폐기물처리시설이 아니라 자원재활용촉진법상의 재활용시설에 대하여 환경보전시설투자세액공제의 적용을 구하고 있는바, 이와 상반된 전제에 선 처분청의 의견에 관하여는 더 나아가 살펴볼 필요가 없어 보인다.
6) 한편, 처분청은 쟁점제강공장 중 쟁점자산①에 해당하는 위 <표1>과 같은 건물, 구축물, 기계장치 및 운반구 중 구축물에 속하는 쟁점제강공장 내의 옥외고철장에 대하여는 건물·구축물에 대한 공통비용에 해당하는 공사비용과 철근 매입액을 배부하지 않아야 한다는 의견도 제시하였으나, 그러할 경우 그 장부상 취득가액이 OOO수렴하게 되어 회계 및 세무상 적정하다고 볼 수 없고, 청구법인이 공통비용에 해당하는 공사비용은 각 건물·구축물 공사비의 ‘계약금액’ 비율로 안분하고, 철근 매입액은 각 건물·구축물의 도면상 ‘철근 중량’ 비율로 안분한 것을 합리적이지 아니한 것으로 보기 어려운 반면, 처분청은 이를 임의배분으로 보아야 한다는 의견을 제시할 뿐 아무런 배부기준도 제시하지 않고 있다.
7) 또한, 처분청은 쟁점자산① 중 운반구는 자원재활용촉진법에 따른 재활용제품을 제조·가공·보관하는데 사용되는 장치·장비·시설에 해당하는 것으로 볼 수 없다는 의견이나, 자원재활용촉진법 시행규칙 제3조 제1호는 재활용가능자원의 수집·운반·보관을 위하여 특별히 제조 또는 설치되어 사용되는 수집·운반 장비는 자원재활용촉진법에 따른 재활용시설로 규정하고 있고, 자원재활용촉진법에 따른「공공재활용 기반시설 설치·운영지침」에 따르면 재활용가능자원의 수거 및 운반과 선별된 재활용품의 운반에 적합한 형태·특성 등을 갖춘 운송차량을 자원재활용촉진법에 따른 재활용기반시설에 포함하고 있으며, 청구법인의 경우 자원재활용을 위한 각 공정별 용도에 특화되도록 개조하거나 적합한 형태를 갖춘 운반구를 취득하여 옥외고철장, 제강 전기로 설비 등 쟁점제강공장 내에서 재활용시설 전용으로 사용하고 있는바, 동 운반구는 자원재활용촉진법에 따른 재활용시설에 해당하는 수집·운반 장비로 봄이 합리적이라 할 것이다.
8) 위의 사항 등을 종합할 때, 제강업자로서 재활용지정사업자인 청구법인이 사용하는 재활용된 쟁점고철은 자원재활용촉진법상 재활용가능자원에 해당하고, 이를 주원료로 하여 제조한 제품인 잉곳 및 라운드블룸은 재활용제품에 해당하며, 재활용제품인 잉곳 및 라운드블룸을 제조·가공·보관하는데 사용되는 장치·장비·시설에 해당하는 쟁점자산①은 자원재활용촉진법에 의한 재활용시설에 해당하므로 이에 대한 청구법인의 투자금액에 대하여 조특법상 환경보전시설투자세액공제가 적용되어야 한다고 판단된다.
(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 처분청은「대기환경보전법」상 대기오염방지시설인 집진설비 및 집진설비동의 취득가액을 구성하는 공통비용 배부액에 상당하는 투자금액에 대하여 조특법상 환경보전시설투자세액공제의 적용을 배제하여야 한다는 입장이나, 이는 다음과 같은 이유로 타당하지 않다.
1) OOO2015.4.27. 청구법인에게 발급한 대기배출시설설치허가증에 의하면, 제강공정 관련 전기아크로, 정련로, 주형장입시설, 절단시설, 내화물 수리장, 고체입자상물질 저장시설에 대하여 총 처리용량이 분당 42,050㎥인 여과집진시설 등 대기오염물질배출방지시설인 집진설비를 쟁점제강공장에 설치한 사실이 확인되고, 청구법인은 그 집진설비와 집진설비동 관련 철골 등 자재매입, 집진설비의 기계기초공사(파이프랙 기초 pile 공사), 집진설비동의 파이프랙 지붕 및 벽체 판넬공사, 집진설비동의 전기·통신·소방공사 관련 내역서 및 공사원가(직접비, 간접비)명세서 등을 제출하였다.
2) 청구법인은 쟁점제강공장의 건축공사와 관련한 공통비용 중 집진설비 및 집진설비동에 대하여 설비별 투자금액 비율(노무비), 계약금액 비율(집진기 pile 공사비), 도면상 철근 공급 비율(철근 자재비), 견적 비율(검정용역비)로 ‘집진설비’에 배부하였고, 계약금액 비율(건축공사비), 도면상 철근공급 비율(철근 자재비), 연면적 비율(임시동력설치공사, 감리용역, 설계용역 등)로 ‘집진설비동’에 배부하였으며, 직접비 및 부대비용에 위 공통비용 배부액을 포함하여 그 취득가액을 계상하였고, 처분청은 청구법인이 위 공통비용을 임의로 배부한 것으로 보아야 한다는 의견이나, 다른 합리적인 공통비용 배부기준을 제시한 바 없다.
3) 처분청은 청구법인이 주식회사 OOO집진설비 제작 및 설치공사 도급계약을 체결하여 OOO지급하였으므로 집진설비 및 집진설비동은 공통비용을 배부할 대상자산이 아니라는 의견을 추가하였으나, 청구법인과 주식회사 OOO간의 2014.2.19.자 위 집진설비 제작 및 설치공사 도급계약서의 ‘ANNEX.A 집진설비 제작, 설치공사 시방서’ 중 2.1 공급범위의 1)에 Anchor Bolt류 및 Embedded를 제외한 기계기초 등을 청구법인이 시공하기로 한 약정한 사실이 확인되고, 이에 따라 청구법인이 집진설비의 기계기초 등에 해당하는 부분과 집진설비동에 대하여 직접 공사를 하였으므로 이에 대하여 공사 관련 공통비용을 배부하지 않아야 한다는 처분청의 의견은 타당하다고 보기 어렵다.
4) 처분청은 집진설비 및 집진설비동의 건설기간 중 발생된 제강공장의 공사 관련 노무비 및 철근 매입비를 제강공장에서 생산하는 재활용제품의 ‘제조원가’에 해당하는 것으로 보아 위 설비 관련 투자에 해당하지 않는 것으로 보아야 한다는 의견도 제시하였으나, 쟁점제강공장의 건설기간 중 발생된 공사 관련 직·간접비는 건설중인 자산으로 계상한 후 완공 시점에 각 자산에 대한 직·간접 투자금액을 ‘취득가액’으로 계상하여야 하는 것이다.
5) 투자세액공제 대상자산에서 건축물을 제외하도록 명시적으로 규정하고 있는 범용목적의 고용창출투자세액공제와 달리, 특정목적에 사용되는 시설투자에 대하여 조세혜택을 부여하는 환경보전시설투자세액공제, 에너지절약시설투자세액공제, 의약품품질개설투자세액공제 등 특정시설에 대한 투자세액공제는 그 대상자산의 범위에서 건축물을 제외하도록 하는 별도의 규정을 두고 있지 않으므로 국세청장도 위와 같은 특정시설에 전용으로 사용되는 법 소정 건축물은 투자세액공제 대상에 해당한다고 해석(국세청 서면2팀-1562, 2005.9.27., 서면2팀-558, 2006.3.31., 서면인터넷방문상담2팀-1415, 2006.7.27., 법규법인 2011-466, 2011.12.8. 등 참조)하고 있고, 그 투자세액공제 적용의 기초가 되는 투자금액 범위는 해당 자산의 취득을 위하여 지출한 원재료비·노무비·수수료·공과금(취득세 및 등록세 포함)·설치비 기타 부대비용 중「법인세법 시행령」제72조 제2항에 따라 ‘취득가액’으로 계상되는 금액에 의하여야 하는 것이다(조심 2015부502, 2015.12.23., 국세청 서면-2015-법인-139, 2015.10.1., 서이 46012-10656, 2002.3.28. 등 참조).
6) 위의 사항 등을 종합할 때, 「대기환경보전법」상 대기오염방지시설인 집진설비와 집진설비동의 취득가액을 구성하는 공통비용 배부액을 포함한 투자금액에 대하여 조특법상 환경보전시설투자세액공제가 적용됨이 타당한 것으로 판단된다.
4. 결 론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
