1. 처분개요

가. 청구법인은 1993.5.23. 설립되어 협잡물 제진기 등을 제조ㆍ판매하는 법인으로 대표이사 AAA이 발행주식의 75%(3,450,000주)를 보유하고 있고, AAA의 아들 BBB이 직원으로 근무하고 있다.

나. 청구법인은 2016.8.30. 「발명진흥법」에 따른 직무발명보상규정(이하 “이 건 직무발명보상규정”이라 한다)을 제정한 후, 2016〜2017사업연도에 AAA 명의의 “협잡물 제진기 디자인권”(아래 <표1>, 이하 “쟁점디자인권”이라 한다)을 OOO원에, BBB 명의의 “협잡물 누출방지 로터리 제진기 외 3건의 특허권”(아래 <표1>, 이하 “쟁점특허권”이라 하고, 쟁점디자인권과 합하여 “쟁점특허권등”이라 한다)을 OOO원(AAA에게 지급한 OOO원과 합하여 이하 “쟁점금액”이라 한다)에 취득한 후, 2016〜2018사업연도 법인세 신고시 쟁점특허권등을 결산서상 무형자산으로 계상한 다음 2016∼2018사업연도에 쟁점특허권등에 대한 감가상각비 OOO원(이하 “이 건 감각상각비”라 한다)을 손금산입하여 법인세 합계 OOO원을 신고ㆍ납부하였다.

<표1> 쟁점특허권등 내역

OOO

다. 처분청은 2020.8.18.부터 2020.10.16.까지 청구법인에 대한 법인통합조사(이하 “이 건 세무조사”라 한다)를 실시한 결과, AAA 및 BBB이 쟁점특허권등에 관한 창작 및 발명을 하지 않았음에도 AAA 및 BBB으로부터 이를 취득하는 방식으로 청구법인의 자금을 부당하게 사외유출한 것으로 보아 청구법인이 자산에 계상한 쟁점특허권등의 가액 OOO원을 무형자산 취득금액 손금산입(△유보) 및 법인자금 부당 유출금액 익금산입 후 AAA 및 BBB에 대한 상여로 소득처분하고, 2020.12.4. 이 건 감가상각비를 손금불산입(유보)하여 청구법인에게 2016∼2018사업연도 법인세 합계 OOO원을 아래 <표2>와 같이 경정ㆍ고지하는 한편, 2020.12.10. 청구법인에게 2016년 귀속 상여처분액 OOO원 및 2017년 귀속 상여처분액 OOO원의 소득금액변동통지를 하였다.

<표2> 이 건 감각상각비의 손금불산입 내역 및 법인세 고지내역

OOO

라. 청구법인은 이에 불복하여 2021.2.9. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) (주위적 청구) 쟁점디자인권 및 쟁점특허권은 AAA 및 BBB의 창작 및 발명에 따라 정당하게 등록하였다가 청구법인이 이 건 직무발명보상규정에 따라 직무발명심의위원회의 의결을 거쳐 쟁점금액을 지급하고 승계ㆍ취득한 것임에도 처분청이 AAA 및 BBB의 창작ㆍ발명사실을부인하여 법인세를 부과하고, AAA 및 BBB에 대한 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지를 한 것은 부당하다.

(가) 청구법인은 상하수도 폐수처리기의 제조ㆍ판매업을 영위하는 법인으로 기술력이 중시되는 댐 설비 등 관급공사를 수주하고 있어서 창업 초기부터 기술력 확보를 위해 꾸준히 발명과 특허등록을 해오고 있었는데(1999년부터 이 건 직무발명보상규정이 제정ㆍ시행되기 이전까지 AAA, BBB, CCC 등 임직원 10명이 발명한 40건의 기술 및 디자인을 특허청에 등록하였음), 관급공사 수주 경쟁이 격화되고, 독자적인 기술력 확보에 목을 맬 수밖에 없는 상황에서 임직원의 기술개발 의욕을 고취하기 위하여 이 건 직무발명보상규정을 제정하게 되었다.

(나) 청구법인은 2016.8.30. 주주총회를 개최하여 이 건 직무발명보상규정의 제정을 결의하고, 종업원 위원을 선출하기 위하여 「발명진흥법 시행령」제7조의3에 따라 2016.8.31. 전체 임직원(19명)에게 공지한 후 직접ㆍ비밀ㆍ무기명투표를 실시하였으며, 2016.9.27. 이 건 직무발명보상규정을 전체 임직원에게 문서로 개별통지하고 회사 게시판 등에 전체 공지도 하였는바, 이 건 직무발명보상규정에 있어서 절차를 위반한 사실은 전혀 없었다.

  (다) 처분청은 이 건 직무발명보상규정 제정시 14명의 직원에게만 동의를 받았으므로 절차적 위법이 있었고, 쟁점특허권등을 감정평가한 DDD 주식회사(대표이사 EEE․FFF, 이하 “OOO감정평가법인”이라 한다) 대표이사 FFF(공인회계사)이 직무발명심의위원회 위원으로 참석하였기 때문에 위 위원회의 결정에 하자가 있다는 의견이나, 「발명진흥법」제15조에 따르면 보상규정을 제정하는 경우 임직원과 협의하면 될 뿐 동의서를 따로 받을 필요는 없고, 같은 법 제17조 제2항은 필요한 경우 직무발명심의위원회에 관련 분야의 전문가를 자문위원으로 위촉할 수 있다고 규정하고 있다.

(라) 청구법인은 평가의 객관성과 공정성을 확보하기 위하여 직무발명과 관련한 최고의결기관인 직무발명심의위원회를 통하여 쟁점디자인 창작 및 쟁점특허 발명이 직무발명에 해당하는지 여부, 승계 여부, 보상액 산정 등의 모든 사항을 결정하였는데, 구체적으로 외부 평가기관인 OOO감정평가법인에 쟁점특허권등의 가치평가를 의뢰하였고, 직무발명심의위원회는 충분한 토의를 거쳐 AAA 및 BBB의 기여도를 반영하여 쟁점금액을 결정하였는바, AAA의 주도 하에 쟁점금액 지급절차가 이루어졌다는 처분청 의견은 근거가 없는 것이다.

(마) 처분청은 쟁점특허권 등을 발명 및 창작한 자는 청구법인 부설 기술연구소 직원들이라는 의견이나, 기술연구소 직원의 평균 재직기간이 2년 4개월에 불과한 사정에 비추어 보면 이는 타당하지 않은 것이고, 오히려 기술연구소는 주로 국가연구과제를 수행(참여계획서 작성, 설문조사 참여, 연구성과결과보고서 작성 등)하거나, 인증서 등록(조달우수제품지정서, 성능인증, 방재신기술지정증서 등), 계약현장 참여(현장답사, 현장 수질분석ㆍ채취, 수질 검사 의뢰, 전시회 참여) 등의 업무를 하였을 뿐이다.

(바) 청구법인 대표이사 AAA은 창업주로서 1993년 OOO 수처리기계 분야 운영위원이 된 후 현재까지 이사로 재직 중이고, 2004년부터 2019년까지 OOO기계공업협동조합 이사장으로 재직 중이며, 수처리기계 분야의 독보적인 기술력을 가지고 1999년부터 2016년까지 10건의 산업재산권(특허권 7건, 디자인권 2건, 실용신안권 1건)을 발명하였는바, 쟁점디자인권을 창작할 충분한 능력을 가지고 있고, 이를 바탕으로 2004년 자신이 직접 발명하였던 특허인 “로타리식 제진기”를 모티브로 하여 쟁점디자인을 창작한 것이다.

 또한 처분청은 AAA이 기존 디자인권OOO의 존속기간 만료로 쟁점디자인권을 새로이 등록한 것이라는 의견이나, 이는 기존 디자인권을 다시 출원ㆍ등록할 수 없도록 규정하고 있는 「디자인보호법」제33조에 배치되는 의견으로서 부당하다 하겠다.

(사) BBB의 경우 2010년 청구법인에 입사하여 기술영업부에서 현장 경험을 쌓으면서 전국 각지의 제진기와 관련한 불편사항을 청취하고 기존 제품을 발전시킬 수 있는 자신의 아이디어를 더하여 연구메모를 하였고, 가업 승계를 위하여 입사 초기부터 밤낮을 가리지 않고 발명 활동을 해오면서 2015년부터는 OOO 석사과정에 입학하여 폐수처리기와 관련한 연구 활동도 병행하고 있는바, 2014년부터 2017년까지 6건의 기술에 대하여 특허를 받았고, 이러한 노하우를 바탕으로 쟁점특허를 발명한 것이다.

(아) 대법원은 「발명진흥법」에서 정하는 요건에 따라 산정된 직무발명보상금이라면 특별한 사정이 없는 한 세법상 정당한 직무발명보상으로 인정된다(대법원 2013.6.27. 선고 2013두2655 판결)고 판시하였고, 국세청도 법인이 발명자인 대표이사로부터 특허권을 승계하고 당해 특허로 인한 초과이익률을 반영하여 계산한 가액을 지급한 경우 경제적 합리성이 있는 거래(심사법인2009-2, 2009.5.8.)라고 인정하고 있으므로 이 건에 대하여 「법인세법」제52조의 부당행위계산부인 규정을 적용한 것은 부당하다.

(자) 처분청은 쟁점특허권등이 청구법인의 초과수익에 기여한 바가 없고, 이 건 이외 임직원에게 직무발명보상금을 지급한 사례가 없다는 의견이나, 「발명진흥법」은 직무발명보상제도를 적용함에 있어서 초과수익력의 발생 여부에 관한 요건을 두고 있지 않고, 이 건 직무발명보상규정은 2016년에 제정ㆍ시행되었으므로 그 이전 발명에 대해 보상금을 지급하는 것이 불가능하였던 것이다.

(2) (예비적 청구) 청구법인 대표이사인 AAA은 구 「소득세법」(2016.12.20. 법률 제14389호로 개정되기 전의 것) 제12조 제5호 라목에서 규정하는 종업원에 포함되고, 청구법인이 AAA으로부터 쟁점디자인권을 「발명진흥법」에 따라 정당하게 승계하고 지급한 보상금은 비과세 기타소득에 해당하므로 이를 상여로 소득처분한 것은 위법․부당하다.

위 구 「소득세법」 규정에 의하면 「발명진흥법」 제15조에 따라 사용자로부터 받는 보상금은 비과세 기타소득이고, 상기 종업원에는 「발명진흥법」의 취지 및 「소득세법」의 체계를 볼 때 임원이 포함되는 것이 당연하고, 국세청(서면인터넷방문상담1팀-820, 2006.6.20.)은 종업원(임원 포함)이 「발명진흥법」에 의한 직무발명을 하고 이에 대하여 관련법에 의해 산업재산권 등록을 한 이후 사용자 등으로 하여금 승계하게 하거나 전용실시권을 설정하고 사용자로부터 지급받는 직무발명보상금은 「소득세법」 제12조 제5호 라목의 규정에 의한 비과세 기타소득에 해당한다고 보고 있다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인이 부설 기술연구소를 통하여 쟁점디자인창작 및 쟁점특허발명을 한 사실이 인정되는 반면, AAA 및 BBB이 창작 및 발명에 실질적으로 기여하였다고 볼만한 구체적인 증빙이 없고, 청구법인의 직무발명보상규정에 따라 보상금을 지급한 사례는 AAA 및 BBB에게 쟁점금액을 지급한 이 건이 유일한 점 등을 보면, 청구법인이 쟁점특허권등 매입거래를 통해 AAA 및 BBB에게 법인의 자금을 부당하게 사외유출한 것으로 보아 이 건 감가상각비를 손금불산입하여 법인세를 부과하고 쟁점금액을 AAA 및 BBB에 대한 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지한 것은 정당하다.

(가) 청구법인은 지방자치단체 및 국가기관에 제진기를 제조ㆍ판매하는 회사로 이러한 제진기를 공급하기 위해서는 특허등록 및 개발, 성능인증, 조달청 우수제품 지정 등의 과정을 거쳐야 하므로 연구개발활동이 필수인바, 청구법인은 1998년경부터 부속 기술연구소를 설립하고 매년 4∼6명의 연구개발 인력을 고용하여 제진기 등에 관한 특허를 출원ㆍ등록한 결과 현재 보유하고 있는 산업재산권이 40여개에 달하며, 위 연구소의 연구원 4〜6명에 대하여 법인세 신고시 연구․인력개발비 세액공제를 받아 왔다.

또한 청구법인의 주간업무보고 현황, 로터리제진기 판매내역, 성능인증 공장심사 평가와 관련한 서류 등에 기재된 내용, 청구법인이 과학기술정보통신부장관에게 제출한 2016사업연도 연구개발활동조사표상 2017년 개발계획으로 ‘협잡물의 저부통과를 방지한 구조의 로터리 제진기 개발’이 기재되어 있는 사실 등을 보면 청구법인이 설립 당시부터 제진기에 관한 연구개발을 계속해 왔음을 알 수 있다.

  (나) 대법원은 발명자라 함은 단순히 어떠한 문제를 해결하기 위하여 기술적 수단을 착상하고 이를 반복하여 실현하는 방법을 만든 자라고 할 것이고, 단순히 발명에 대한 기본적인 과제와 아이디어만을 제공하였거나, 연구자를 일반적으로 관리하였거나, 자금ㆍ설비 등을 제공하여 발명의 완성을 후원ㆍ위탁하였을 뿐인 정도에 그친 자는 이에 해당한다고 할 수 없다고 판시(대법원 2014.11.13. 선고 2011다77313 판결 참조)하였고, 특허 출원시 발명자로 기재되어 있다고 하더라도 실제 발명자로 추정되는 것은 아니므로, 직무발명 보상을 받을 수 있는 발명자는 특허출원서 발명자란의 기재 여부와 관계없이 실체적 객관적으로 정하여져야 하고, 발명자에 해당한다는 점에 대한 증명책임은 이를 주장하는 자에게 있다(서울중앙지방법원 2014.9.18. 선고 2013가합535238 판결 참조).

(다) AAA은 이 건 조사당시 ‘수처리기계와 관련하여 전공이 아니어서 세세한 건 잘 모르고, 비슷한 업종을 하는 사람들의 모임에서 디자인권을 활용해 직무발명보상금을 준다는 얘기를 들었다’는 취지로 진술하였고, BBB은 쟁점특허권과 관련한 학위나 근무경력이 전무한 사실 등으로 보아 이들이 쟁점디자인창작 및 쟁점특허발명의 기술적 과제를 해결하기 위하여 구체적으로 어떠한 착상을 새롭게 제시ㆍ부가ㆍ보완한 것인지, 발명의 목적 및 효과를 달성하기 위하여 어떠한 수단과 방법을 제공하고 구체적인 조언ㆍ지도를 한 것인지 확인하기 어려울 뿐만 아니라, AAA은 동생 GGG(15%) 및 배우자 HHH(10%) 등 특수관계인과 함께 청구법인 발행주식의 75%를 보유한 대표이사로서 자신의 주도하에 쟁점특허권등의 발명자를 AAA 및 BBB으로 하여 출원․등록받은 후 쟁점금액을 직무발명보상금 명목으로 지급한 것으로 보인다.

(라) 더욱이 청구법인은 보유하고 있는 산업재산권이 40여개이고, 이 건 직무발명보상규정을 제정하였음에도 불구하고 AAA 및 BBB에게 쟁점금액을 지급한 것 외에는 임직원에게 직무발명보상금을 지급한 사실이 전혀 없는 것을 보면, AAA과 BBB에게 쟁점금액을 지급한 것은 직무발명보상제도를 악용하여 청구법인의 자금을 부당하게 유출한 것이라 하겠다.

  (마) 한편, 「발명진흥법」에 따라 직무발명보상금을 지급하는데 있어서 절차적 하자가 있는 경우 이에 따른 직무발명보상금은 정당한 보상금으로 볼 수 없는바, 청구법인이 이 건 직무발명보상규정 제정 후 직원 19명에 공지하였다는 근거로 제시한 ‘직무발명보상제 규정 및 세칙 동의서’에 14명만이 서명 또는 날인한 것으로 나타나고, 보상율 산정에 대한 근거서류가 확인되지 아니하며, OOO감정평가법인으로부터 쟁점특허권등의 감정평가액을 받은 후 OOO감정평가법인의 대표이사이자 공인회계사인 FFF이 위원으로 참석한 직무발명보상심의위원회에서 이를 그대로 수용한 점 등으로 보아 쟁점금액은 「발명진흥법」제15조에서 규정하고 있는 정당한 보상에 해당한다고 볼 수 없다.

(2) AAA과 BBB이 쟁점특허권등의 발명자가 아니라고 보는 이상 청구법인이 쟁점금액을 「발명진흥법」에 의한 직무발명보상금에 해당함을 전제로 하여 「소득세법」 제12조 제5호 라목의 비과세 기타소득에 해당한다는 청구주장은 근거가 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① (주위적 청구) 청구법인이 대표이사 등으로부터 쟁점특허권등을 취득한 거래를 부당행위계산 부인하여 과세한 처분의 당부

② (예비적 청구) 쟁점금액이 「소득세법」상 비과세 기타소득에 해당한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다.

  (가) 청구법인은 1993.5.23. 설립된 비상장법인으로 2020사업연도 기준매출액은 OOO원, 영업이익은 OOO원이고, 2021년 7월 기준 종업원 수는 16명이며, 주주구성은 아래 <표3>과 같다.

<표3> 청구법인의 주주구성 현황

OOO

(나) 청구법인이 2016.8.30. 제정ㆍ시행한 이 건 직무발명보상규정 및 산정기준세칙의 주요 내용은 아래와 같다.

OOO

 (다) 쟁점특허권등의 출원 및 등록내용은 아래 <표4>와 같고, AAA 및 BBB이 개인명의로 출원․등록하였다가 청구법인에게 권리를 이전한 것으로 나타난다.

<표4> 쟁점특허권등 출원․등록, 권리이전 내역

OOO

(라) 청구법인은 2016.12.2. 및 2017.11.7. 직무발명심의위원회를 개최하여 쟁점특허권등이 직무발명에 해당한다고 보고 이를 승계하기로 하는 한편, 위 직무발명심의위원회는 청구법인이 OOO감정평가법인으로부터 받은 감정평가액(쟁점디자인권 OOO원, 쟁점특허권 OOO원)을 기준으로 2016.12.27. AAA에 대하여 아래 <표5>와 같이 쟁점디자인권 감정평가액의 70%인 OOO원을, 2017.12.26. BBB에 대하여 아래 <표6>과 같이 쟁점특허권 감정평가액의 99%인 OOO원을 직무발명보상금으로 지급하기로 의결하였다.

<표5> 쟁점디자인권(AAA) 보상금 산정내역

OOO

<표6> 쟁점특허권(BBB) 보상금 산정내역

OOO

(마) 청구법인은 쟁점디자인권의 가액을 OOO원으로, 쟁점특허권의 가액을 OOO원으로 하여 무형자산으로 계상하고, 2016〜2018사업연도에 쟁점특허권등에 대한 감가상각비를 손금산입하여 법인세를 신고ㆍ납부하였다.

(2) 청구법인이 제시한 심리자료는 아래와 같다.

  (가) AAA 및 BBB이 쟁점디자인창작 및 쟁점특허발명을 하였다는 근거자료로 제출한 연구노트의 내용은 아래와 같다.

<그림1> AAA의 연구노트

OOO

<그림2> BBB의 연구노트

OOO

 (나) 청구법인은 아래 <표7>과 같이 부설 기술연구소 직원들의 평균 재직기간이 2년 4개월에 불과하여 위 직원들이 쟁점디자인 창작 및 쟁점특허 발명을 할 여건이 되지 않는다고 주장한다.

<표7> 청구법인 부설 기술연구소 소속 직원 재직기간

OOO

(3) 처분청이 제출한 심리자료는 다음과 같다.

  (가) 처분청이 이 건 조사 당시 AAA 및 BBB에 대하여 실시한 문답내용은 아래와 같다.

OOO

  (나) 처분청은 청구법인 부설 기술연구소장 III이 사실상 제진기의 개발을 주도하였다는 의견에 대한 증빙으로 ‘협잡물의 저부통과를 방지한 구조의 로터리 제진기’의 성능인증 제품 규격서(작성자 III), 청구법인이 OOO청장에게 보낸 2016.2.22.자 “OOO빗물펌프장 제진기의 계약 이행 협조”에 관한 공문(담당 CCC, 상무 III), OOO원장으로부터 회신받은 2017.7.26.자 “협잡물의 저부 통과를 방지한 구조의 로터리 제진기” 시험성적서(청구법인이 2017.4.18. 의뢰), 기술이전 관련 OOO대학교 JJJ 교수 연구실 KKK이 2015.9.9.자로 III 상무에게 보낸 이메일 등을 제출하였다.

(다) 처분청은 BBB이 2016년에 업무용차량으로 45,100km를 주행한 사실로 보아 BBB이 실제 기술연구개발을 할 수 없었던 상황이었다는 의견을 제시하면서 청구법인의 업무용승용차 운행기록부를 아래 <표8>과 같이 제출하였다.

<표8> 청구법인의 업무용승용차 운행기록

OOO

(라) 청구법인은 1998.6.24. 사내 기술연구소를 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」제14조의2 제1항의 기업부설연구소로 인정받고, 「조세특례제한법」제10조 제1항에 따라 연구ㆍ인력개발비 세액공제(2016사업연도 OOO원, 2017사업연도 OOO원)를 받았다.

  (마) 청구법인이 OOO에 제출한 2016년 연구개발활동조사표에 따르면, 아래 <표9>와 같이 연구개발인력은 6명이고, “협잡물의 저부통과를 방지한 구조의 로타리 제진기” 등이 2017사업연도 연구개발과제로 기재되어 있다.

<표9> 청구법인 2016년 연구개발활동조사표

OOO

(4) 한국특허정보원 특허정보검색서비스(www.kipris.or.kr) 자료에 의하면, 청구법인이 등록권리자인 특허권 등 출원ㆍ등록 내역은 아래 <표10>과 같고, 청구법인은 AAA과 BBB이 개인명의로 출원․등록받은 쟁점특허권등[의장권 1건(연번 45), 특허권 4건(연번 47〜50)]을 AAA으로부터 2017.2.27.에, BBB으로부터 2018.1.12.에 이전받아 청구법인 명의로 권리이전 등록하였다.

<표10> 특허권 등 출원(등록) 내역

OOO

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 본다.

  (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점특허 및 디자인은 대표이사 및 직원 BBB이 자신의 업무상 경험을 바탕으로 개발한 것으로서 외부 감정평가법인의 평가를 받아 산정한 가액에 따라 쟁점특허권등을 취득하였으므로 이를 법인자금을 부당하게 유출시킨 거래로 본 것은 부당하다고 주장하나, 발명자(공동발명자를 포함한다)에 해당한다고 하기 위해서는 단순히 발명에 대한 기본적인 과제와 아이디어만을 제공하였거나 연구자를 일반적으로 관리하고 연구자의 지시로 데이터의 정리와 실험만을 한 경우 또는 자금·설비 등을 제공하여 발명의 완성을 후원·위탁하였을 뿐인 정도 등에 그치지 않고, 발명의 기술적 과제를 해결하기 위한 구체적인 착상을 새롭게 제시·부가·보완하거나, 실험 등을 통하여 새로운 착상을 구체화하거나, 발명의 목적 및 효과를 달성하기 위한 구체적인 수단과 방법의 제공 또는 구체적인 조언·지도를 통하여 발명을 가능하게 한 경우 등과 같이 기술적 사상의 창작행위에 실질적으로 기여하기에 이르러야 한다(대법원 2012.12.27. 선고 2011다67705ㆍ67712 판결).

 이 건의 경우 청구법인은 협잡물 제진기를 제조ㆍ판매하는 법인으로 1998년부터 부설 기술연구소를 운영하면서 연구인력을 통하여 제진기에 관한 연구개발을 하여 왔고, 대표이사 AAA이 청구법인을 사실상 지배하는 위치에 있는 상황에서 쟁점디자인권의 개발에 참여하였다 하더라도 이는 회사 경영에 노하우 등 아이디어를 제공할 수 있는 지위에서 본연의 업무를 수행한 것으로 볼 수 있는 점, 대표이사 AAA이 제출한 연구노트는 단순 입체외형도가 전부이고, 대표이사의 자녀인 직원 BBB이 제출한 2015년경 작성된 연구노트에 기재되어 있는 “수질기준 4등급 초과 저수지 물색”, “하천에서 발생되는 비점오염”, “논이나 밭에 농약 등을 살포하여 하천으로 유출되는 상태”, “전자 공여체, 전자 수용체” 등의 내용은 쟁점특허권과 관련이 없는 내용으로 보이고, 이 건 조사 당시 직원 BBB은 쟁점특허권 출원 이전에 다른 특허를 개발한 적은 없다고 진술한 점 등에 비추어 쟁점특허권등이 대표이사 AAA 및 직원 BBB의 직접적인 행위로 창작 또는 발명된 사실이 객관적인 자료에 의하여 입증되었다고 보기 어려운 점, 이 건 직무발명보상규정은 2016.8.30. 제정되었고, 위 규정 부칙 제2조에 따라 위 규정 제정 이전에 등록된 특허권 등에 대해서도 소급하여 적용되는데도 불구하고 쟁점특허권등 이외 청구법인이 출원․등록하고 있는 어떠한 산업재산권에 대해서도 발명자인 임직원에게 보상금을 지급한 사실은 나타나지 아니하는 점, 대표이사 AAA은 청구법인 발행주식의 75%를 보유하고 있는 대주주이자 창립자이고, 청구법인의 영업이익이 OOO원(2014년 : OOO원, 2015년 : OOO원, 2016년 : OOO원, 2020년 : OOO원)에 불과한데도 쟁점특허권등에 대한 보상금 명목으로 대표이사 AAA과 대표이사의 자녀인 BBB에게 OOO원이 넘는 금액을 지급한 것은 사회통념상 과다한 것으로 보이는 점 등을 종합하여 고려하면, 처분청이 쟁점특허권등 매입거래를 부당행위계산부인하여 법인세를 부과하고, 대표이사 AAA 및 직원 BBB에게 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 쟁점디자인 창작 및 쟁점특허 발명은 AAA 및 BBB이 아닌 청구법인 부설 기술연구소 소속 직원들이 한 것으로 보는 이상, 쟁점금액이 직무발명보상금으로서 「소득세법」 제12조 제5호 라목의 비과세소득에 해당한다는 청구법인 주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령

 (1) 국세기본법(2015.12.15. 법률 제13552호로 개정된 것)

 제14조【실질과세】② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

(2) 법인세법(2015.12.15. 법률 제13555호로 개정된 것)

 제19조【손금의 범위】① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비(損費)의 금액으로 한다.

② 제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

③ 「조세특례제한법」 제100조의18 제1항에 따라 배분받은 결손금은 제1항의 손금으로 본다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제41조【자산의 취득가액】① 내국법인이 매입ㆍ제작ㆍ교환 및 증여 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

1. 타인으로부터 매입한 자산(대통령령으로 정하는 금융자산은 제외한다)은 매입가액에 부대비용을 더한 금액

2. 자기가 제조ㆍ생산 또는 건설하거나 그 밖에 이에 준하는 방법으로 취득한 자산은 제작원가(製作原價)에 부대비용을 더한 금액

3. 제1호와 제2호 외의 자산은 취득 당시의 대통령령으로 정하는 금액

② 제1항에 따른 매입가액 및 부대비용의 범위 등 자산의 취득가액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제52조【부당행위계산의 부인】① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 “특수관계인”이라 한다)과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 “시가”라 한다)을 기준으로 한다.

제67조【소득 처분】제60조에 따라 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조에 따라 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정할 때 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)ㆍ배당ㆍ기타사외유출(其他社外流出)ㆍ사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.

(3) 법인세법 시행령(2016.2.12. 대통령령 제26981호로 개정된 것)

 제88조【부당행위계산의 유형 등】① 법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 자산을 시가보다 높은 가액으로 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산을 과대상각한 경우

3. 자산을 무상 또는 시가보다 낮은 가액으로 양도 또는 현물출자한 경우. 다만, 제20조 제1항 제3호 각 목 외의 부분에 해당하는 주식매수선택권등의 행사 또는 지급에 따라 주식을 양도하는 경우는 제외한다.

9. 그 밖에 제1호 내지 제7호, 제7호의2, 제8호 및 제8호의2에 준하는 행위 또는 계산 및 그 외에 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우

② 제1항의 규정은 그 행위당시를 기준으로 하여 당해 법인과 특수관계인 간의 거래(특수관계인 외의 자를 통하여 이루어진 거래를 포함한다)에 대하여 이를 적용한다. 다만, 제1항 제8호 가목의 규정을 적용함에 있어서 특수관계인인 법인의 판정은 합병등기일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도의 개시일(그 개시일이 서로 다른 법인이 합병한 경우에는 먼저 개시한 날을 말한다)부터 합병등기일까지의 기간에 의한다.

제106조【소득처분】① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액(법 제27조의2 제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것

나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여

 (4) 소득세법

제12조(2015.12.15. 법률 제13558호로 일부개정된 것)【비과세소득】다음 각 호의 소득에 대하여는 소득세를 과세하지 아니한다.

5. 기타소득 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 소득

 라. 「발명진흥법」 제2조 제2호에 따른 직무발명으로 받는 다음의 보상금

1) 종업원이 「발명진흥법」 제15조에 따라 사용자로부터 받는 보상금

제12조(2016.12.20. 법률 제14389호로 일부개정된 것)【비과세소득】 다음 각 호의 소득에 대해서는 소득세를 과세하지 아니한다.

3. 근로소득과 퇴직소득 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 소득

 어. 「발명진흥법」 제2조 제2호에 따른 직무발명으로 받는 다음의 보상금(이하 "직무발명보상금"이라 한다)으로서 대통령령으로 정하는 금액

  1) 「발명진흥법」 제2조 제2호에 따른 종업원등(이하 이 조, 제20조 및 제21조에서 "종업원등"이라 한다)이 같은 호에 따른 사용자등으로부터 받는 보상금

제20조【근로소득】① 근로소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

5. 종업원등 또는 대학의 교직원이 지급받는 직무발명보상금(제21조제1항 제22호의2에 따른 직무발명보상금은 제외한다)

제21조【기타소득】① 기타소득은 이자소득ㆍ배당소득ㆍ사업소득ㆍ근로소득ㆍ연금소득ㆍ퇴직소득 및 양도소득 외의 소득으로서 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

7. 광업권ㆍ어업권ㆍ산업재산권ㆍ산업정보, 산업상 비밀, 상표권ㆍ영업권(대통령령으로 정하는 점포 임차권을 포함한다), 토사석(土砂石)의 채취허가에 따른 권리, 지하수의 개발ㆍ이용권, 그 밖에 이와 유사한 자산이나 권리를 양도하거나 대여하고 그 대가로 받는 금품

22의2. 종업원등 또는 대학의 교직원이 퇴직한 후에 지급받는 직무발명보상금

 부 칙 <법률 제14389호, 2016.12.20.>

제1조【시행일】이 법은 2017년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제97조의2 제2항의 개정규정은 2017년 7월 1일부터 시행하고, 제81조 제1항 및 제3항, 제105조 제1항 제2호 및 제3장 제11절(제118조의9부터 제118조의18까지)의 개정규정은 2018년 1월 1일부터 시행한다.

제2조【일반적 적용례】① 이 법은 이 법 시행 이후 발생하는 소득분부터 적용한다.

② 이 법 중 양도소득에 관한 개정규정은 이 법 시행 이후 양도하는 자산으로부터 발생하는 소득분부터 적용한다.

(5) 소득세법 시행령(2017.2.3. 대통령령 제27829호로 일부개정된 것)

 제17조의3【비과세되는 직무발명보상금의 범위】법 제12조 제3호 어목 1)·2) 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 금액"이란 연 300만원 이하의 금액을 말한다.

부 칙 <대통령령 제27829호, 2017.2.3.>

 제2조【일반적 적용례】① 이 영은 이 영 시행일이 속하는 과세기간에 발생하는 소득분부터 적용한다.

(6) 특허법

 제2조【정의】이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “발명”이란 자연법칙을 이용한 기술적 사상의 창작으로서 고도(高度)한 것을 말한다.

 제33조【특허를 받을 수 있는 자】① 발명을 한 사람 또는 그 승계인은 이 법에서 정하는 바에 따라 특허를 받을 수 있는 권리를 가진다. 다만, 특허청 직원 및 특허심판원 직원은 상속이나 유증(遺贈)의 경우를 제외하고는 재직 중 특허를 받을 수 없다.

② 2명 이상이 공동으로 발명한 경우에는 특허를 받을 수 있는 권리를 공유한다.

(7) 발명진흥법(2015.5.18. 법률 제13309호로 개정된 것)

제2조【정의】이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “발명”이란 「특허법」ㆍ「실용신안법」 또는 「디자인보호법」에 따라 보호 대상이 되는 발명, 고안 및 창작을 말한다.

2. “직무발명”이란 종업원, 법인의 임원 또는 공무원(이하 “종업원등”이라 한다)이 그 직무에 관하여 발명한 것이 성질상 사용자ㆍ법인 또는 국가나 지방자치단체(이하 “사용자등”이라 한다)의 업무 범위에 속하고 그 발명을 하게 된 행위가 종업원등의 현재 또는 과거의 직무에 속하는 발명을 말한다.

3. “개인발명가”란 직무발명 외의 발명을 한 자를 말한다.

제10조【직무발명】① 직무발명에 대하여 종업원등이 특허, 실용신안등록, 디자인등록(이하 “특허등”이라 한다)을 받았거나 특허등을 받을 수 있는 권리를 승계한 자가 특허등을 받으면 사용자등은 그 특허권, 실용신안권, 디자인권(이하 “특허권등”이라 한다)에 대하여 통상실시권(通常實施權)을 가진다. 다만, 사용자등이 「중소기업기본법」 제2조에 따른 중소기업이 아닌 기업인 경우 종업원등과의 협의를 거쳐 미리 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 계약 또는 근무규정을 체결 또는 작성하지 아니한 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 종업원등의 직무발명에 대하여 사용자등에게 특허등을 받을 수 있는 권리나 특허권등을 승계시키는 계약 또는 근무규정

2. 종업원등의 직무발명에 대하여 사용자등을 위하여 전용실시권을 설정하도록 하는 계약 또는 근무규정

제12조【직무발명 완성사실의 통지】종업원등이 직무발명을 완성한 경우에는 지체 없이 그 사실을 사용자등에게 문서로 알려야 한다. 2명 이상의 종업원등이 공동으로 직무발명을 완성한 경우에는 공동으로 알려야 한다.

제13조【승계 여부의 통지】① 제12조에 따라 통지를 받은 사용자등(국가나 지방자치단체는 제외한다)은 대통령령으로 정하는 기간에 그 발명에 대한 권리의 승계 여부를 종업원등에게 문서로 알려야 한다. 다만, 미리 사용자등에게 특허등을 받을 수 있는 권리나 특허권등을 승계시키거나 사용자등을 위하여 전용실시권을 설정하도록 하는 계약이나 근무규정이 없는 경우에는 사용자등이 종업원등의 의사와 다르게 그 발명에 대한 권리의 승계를 주장할 수 없다.

제15조【직무발명에 대한 보상】① 종업원등은 직무발명에 대하여 특허등을 받을 수 있는 권리나 특허권등을 계약이나 근무규정에 따라 사용자등에게 승계하게 하거나 전용실시권을 설정한 경우에는 정당한 보상을 받을 권리를 가진다.

② 사용자등은 제1항에 따른 보상에 대하여 보상형태와 보상액을 결정하기 위한 기준, 지급방법 등이 명시된 보상규정을 작성하고 종업원등에게 문서로 알려야 한다.

③ 사용자등은 제2항에 따른 보상규정의 작성 또는 변경에 관하여 종업원등과 협의하여야 한다. 다만, 보상규정을 종업원등에게 불리하게 변경하는 경우에는 해당 계약 또는 규정의 적용을 받는 종업원등의 과반수의 동의를 받아야 한다.

④ 사용자등은 제1항에 따른 보상을 받을 종업원등에게 제2항에 따른 보상규정에 따라 결정된 보상액 등 보상의 구체적 사항을 문서로 알려야 한다.

⑤ 사용자등이 제3항에 따라 협의하여야 하거나 동의를 받아야 하는 종업원등의 범위, 절차 등 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

⑥ 사용자등이 제2항부터 제4항까지의 규정에 따라 종업원등에게 보상한 경우에는 정당한 보상을 한 것으로 본다. 다만, 그 보상액이 직무발명에 의하여 사용자등이 얻을 이익과 그 발명의 완성에 사용자등과 종업원등이 공헌한 정도를 고려하지 아니한 경우에는 그러하지 아니하다.

제17조【직무발명심의위원회의 운영 등】① 사용자등은 종업원등의 직무발명에 관한 다음 각 호의 사항을 심의하기 위하여 직무발명심의위원회(이하 “심의위원회”라 한다)를 설치ㆍ운영할 수 있다.

1. 직무발명에 관한 규정의 작성ㆍ변경 및 운용에 관한 사항

2. 직무발명에 대한 권리 및 보상 등에 관한 종업원등과 사용자등의 이견 조정에 관한 사항

3. 그 밖에 직무발명과 관련하여 필요한 사항

② 심의위원회는 사용자등과 종업원등(법인의 임원은 제외한다)을 각각 대표하는 같은 수의 위원으로 구성하되, 필요한 경우에는 관련 분야의 전문가를 자문위원으로 위촉할 수 있다.

③ 그 밖에 심의위원회의 구성 및 운영에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제19조【비밀유지의 의무】① 종업원등은 사용자등이 직무발명을 출원할 때까지 그 발명의 내용에 관한 비밀을 유지하여야 한다. 다만, 사용자등이 승계하지 아니하기로 확정된 경우에는 그러하지 아니하다.

(8) 발명진흥법 시행령(2015.11.18. 대통령령 제26647호로 개정된 것)

 제7조의2【협의하거나 동의를 받아야 하는 종업원등의 범위 등】① 사용자ㆍ법인 또는 국가나 지방자치단체(이하 “사용자등”이라 한다)가 법 제15조 제3항에 따라 협의하거나 동의를 받아야 하는 종업원, 법인의임원 또는 공무원(이하 “종업원등”이라 한다)의 범위는 다음 각 호의 구분에 따른다.

1. 협의 : 새로 작성하거나 변경하려는 보상규정의 적용을 받게 되는 종업원등(변경 전부터 적용 받고 있는 종업원등을 포함한다)의 과반수

2. 동의 : 불리하게 변경하려는 보상규정의 적용을 받고 있는 종업원등의 과반수

② 사용자등은 새로 작성하거나 변경하는 보상규정(불리하게 변경하는 보상규정을 포함한다)을 적용하려는 날의 15일 전까지 보상형태와 보상액을 결정하기 위한 기준 및 지급방법 등에 관하여 종업원등에게 알려야 한다.

제7조의3【직무발명심의위원회의 구성】① 법 제17조 제2항에 따라 직무발명심의위원회(이하 “심의위원회”라 한다)를 구성하는 경우 사용자등을 대표하는 위원(이하 “사용자위원”이라 한다)과 종업원등(법인의 임원은 제외한다. 이하 이 항에서 같다)을 대표하는 위원(이하 “종업원위원”이라 한다)은 다음 각 호의 요건을 충족하여야 한다.

1. 사용자위원 : 사용자 또는 법인의 대표자와 사용자 또는 법인의 대표자가 위촉하는 사람일 것

2. 종업원위원 : 종업원등이 직접ㆍ비밀ㆍ무기명투표로 선출한 사람일 것

② 법 제17조 제2항 및 제18조 제3항 후단에 따른 자문위원은 사용자위원과 종업원위원이 합의하여 위촉한 사람으로 한다.

③ 법 제18조 제3항에 따른 심의위원회의 사용자위원과 종업원위원의 수는 각각 3명 이상으로 하여야 한다. 다만, 상시 근무하는 종업원의 수가 30명 미만인 경우에는 각각 1명 이상으로 할 수 있다.

④ 심의위원회에 위원장을 두며, 위원장은 사용자위원과 종업원위원 중에서 호선(互選)한다. 이 경우 사용자위원과 종업원위원 각각 1명을 공동위원장으로 할 수 있다.

제7조의4【직무발명심의위원회의 운영】① 위원장은 심의위원회의 회의를 소집하여 그 의장이 되며, 회의 개최 15일 전에 회의 일시, 장소 및 의제 등을 각 위원에게 통보하고 심의 관련 자료를 제공하여야 한다.

② 위원장은 필요하다고 인정하는 경우 위원이 아닌 사람을 심의위원회에 참석하게 하여 의견을 들을 수 있다. 다만, 종업원등이 법 제18조 제1항에 따라 심의를 요구한 경우에는 그 종업원등의 의견을 들어야 한다.

③ 심의위원회의 회의는 사용자위원과 종업원위원의 각 과반수의 출석으로 개의(開議)하고, 출석위원(법 제17조 제2항 및 제18조 제3항 후단에 따른 자문위원은 제외한다) 과반수의 찬성으로 의결한다.