[주 문]

OOO서장이 2021.7.21. 청구법인에게 한 2016년 제1기분 부가가치세 OOO원의 부과처분은 세금계산서미발급가산세 및 과소신고가산세를 부과하지 아니하는 것으로 하여 그 세액을 경정하고, 나머지 청구는 이를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구법인은 1999.2.1. 대한민국정부가 지분의 100%를 보유하여 「OOO국제공항공사법」에 따라 OOO국제공항을 효율적으로 건설ㆍ관리 및 운영하기 위하여 설립한 법인이다.

나. 청구법인은 2002.7.24. AAA 주식회사(이하 “AAA”라고 한다)에게 OOO국제공항 인근 토지 3,952,399㎡(이하 “쟁점골프장부지”라 한다)를 골프장(이하 “쟁점골프장”이라 한다) 설립을 위하여 2006년 7월경부터 2020.12.31.까지 임대하기로 실시협약을 체결하였고, 이후 2005년 제2기부터 2008년 제1기까지 부가가치세 신고 시, AAA가 쟁점골프장 건설을 위하여 지출한 총공사비 OOO원 중 공유수면매립비용 및 이에 대한 부가가치세를 합한 OOO원만을 쟁점골프장부지의 취득원가 및 선수임대료(부가가치세 과세표준)에 포함하였다.

다. 처분청은 AAA가 지출한 총공사비용 중 청구법인이 소유한 토지의 가치증대분도 선수임대료에 해당한다고 보고, AAA가 지출한 쟁점골프장 조성비용 중 감가상각자산인 건물ㆍ도로 등 구축물에 공여된 부분을 제외한 나머지 토지조성 직접비인 OOO원을 선수임대료로 보아, 쟁점골프장의 준공일(OOO코스 : 2005.7.8., OOO코스ㆍOOO코스 : 2005.9.1.)부터 2020.12.31.(임대종료일)까지 과세기간별(OOO코스 : 186개월, OOO코스ㆍOOO코스 : 184개월)로 안분계산하여 쟁점골프장 조성비용을 2005년 제2기부터 2008년 제1기까지 부가가치세 과세표준에 산입하여 2009.10.12. 청구법인에게 2008년 제1기 부가가치세 OOO원을 경정ㆍ고지하였다(이하 “당초과세처분”이라 한다).

청구법인은 이에 불복하여 2009.12.28. 심판청구를 제기하였으며, 우리원은 2013.4.24. 향후 제5활주로가 건설됨으로써 골프장으로 존치하지 아니할 부분에 투입된 쟁점골프장 조성비용은 선수임대료로 볼 수 없다고 보아 해당 비용을 부가가치세 과세표준에서 제외하여 2005년 제2기∼2008년 제1기 부가가치세 과세표준 및 세액을 경정하도록 결정하였다(조심 2010중322, 2013.4.24.).

라. 청구법인은 2020.12.31. AAA와의 쟁점골프장부지 임대가 종료된 후 새로운 사업자를 선정하여 제5활주로 예정지역인 쟁점골프장의 OOO코스ㆍOOO코스(이하 “쟁점부지”라 한다)를 포함한 쟁점골프장부지 전체를 재임대하였다.

마. OOO청장은 청구법인이 쟁점부지를 제3자에게 골프장으로 재임대하였으므로 AAA가 지출한 쟁점부지에 대한 쟁점골프장 조성비용(이하 “쟁점비용”이라 한다)은 선수임대료에 해당한다고 판단하여 쟁점비용을 청구법인의 부가가치세 과세표준에 산입해야 한다는 내용으로 과세자료를 통보하였고, 처분청은 이에 따라 2021.7.21. 2016년 제1기 부가가치세 OOO원(세금계산서미발급 가산세 OOO원, 과소신고가산세 OOO원 포함)을 경정․고지하였다.

바. 청구법인은 이에 불복하여 2021.10.6. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

 (1) 쟁점비용은 AAA의 비용으로 청구법인이 이를 임대용역의 대가로 수취한바 없고, 조세심판원도 쟁점부지에 투입된 조성비용은 선수임대료가 아니라고 한 사실 등에 비추어 쟁점비용을 선수임대료로 볼 수 없다.

  (가) 쟁점비용을 선수임대료로 보려면 토지임대용역 공급과 대가관계가 성립해야 하나(조심 2018소2752, 2018.12.20. 외 다수), ① 실시협약에서 토지 사용기간 종료 후에 사업시행자의 골프장 시설물 등에 대한 인계ㆍ철거의무를 병렬적으로 규정하고 ② 사업종료 시 사업시행자의 시설물 철거이행보증금 납부의무를 규정하고 있으며,

  국토해양부에서는 쟁점부지에 대하여 제5활주로를 건설하는 내용의 ‘OOO국제공항 육상비행장 변경’을 관보에 고시(OOO지방항공청고시 제2012-57호, 2012.6.11.)한 바 있으므로,

  청구법인 입장에서는 쟁점골프장이 조성된 후 임대용역의 대가로 쟁점비용을 수취한 것으로 평가하기 어렵고, 쟁점골프장 중 쟁점부지를 제외한 다른 부지(OOO코스)에 대하여 동일한 쟁점으로 다툰 OOO법원 2017.6.7. 선고 2015누45559 판결에서도 같은 이유로 쟁점골프장 조성비용을 선수임대료로 인정하고 있지 않다.

  (나) 쟁점비용의 선수임대료 해당여부는 실질과세의 원칙과 법률적 권리확정주의에 따라 실질적ㆍ법률적 해당자산의 소유여부와 그 자산에서 발생하는 수익 등 경제적 효익의 귀속주체 등을 종합적으로 고려하여 판단하여야 하며(조심 2019서1444, 2020.12.14. 참조),

  현재 청구법인은 AAA에 대한 쟁점골프장의 불법점유에 대한 ‘토지 반환 및 소유권 이전’소송을 진행중이고(OOO지방법원 2021카합10004), AAA는 청구법인에 대한 ‘협의의무 확인의 소송’을 진행하면서(OOO지방법원 2021거합51908) 지상물과 토지가치 상승분에 대한 보상이 필요하다는 주장을 제기하는 등 양 당사자간의 법적분쟁이 진행중이므로 청구법인이 확정적으로 선수임대료를 수취하였다고 단정할 수 없다.

  (다) 본 사안에 대한 조세심판원의 선결정례(조심 2010중322, 2013.4.24.)도 제5활주로 건설이 예정되어 골프장으로 존치하지 않을 부분에 투입된 쟁점골프장 조성비용은 선수임대료로 보지 않았을 뿐만 아니라, 제5활주로 건설지연으로 임대기간이 만료되어 청구법인이 쟁점골프장 시설물 등을 최종 이전받는 경우에도 쟁점비용을 선수임대료로 볼 것이 아니라 실시협약에 따른 쟁점골프장의 무상이전으로 보는 것이 합리적일 것이다(조심 2008중646, 2008.7.24. 등).

  국세청도 철도 민자역사를 점용한 사업자가 원상회복의무가 면제되어 해당 민자역사를 국가에 무상으로 귀속시키는 경우 경제적ㆍ실질적 대가관계가 없는 무상이전에 해당할 수 있다고 유권해석(국세청 서면-2018-법령해석부가-2693ㆍ2282, 2018.11.6.)을 한 점도 고려할 필요가 있다.

  (라) 앞서 AAA가 청구한 ‘협의의무 확인의 소송’(OOO지방법원 2021거합51908)에서 청구법인이 패소하여 쟁점골프장 조성비용을 AAA에 지급할 경우, 쟁점비용이 선수임대료라는 처분청 주장과 달리 청구법인이 쟁점골프장과 관련하여 AAA에 별도의 대가를 지급하는 결과가 초래되므로 쟁점비용을 쟁점부지에 대한 선수임대료로 볼 수 없다.

  관련 유권해석(국세청 부가가치세과-1029, 2014.12.30.)도 토지 등의 불법점유에 따른 사용대가로 지급받는 금전이 부당이득반환 또는 손해배상의 성격을 갖는 경우 부가가치세 과세대상이 아니라는 입장이므로, 향후 분쟁종결 시 금전 등을 지급받더라도 부당이득반환이나 손해배상에 해당할 여지도 있는 점도 고려해야 한다.

 (2) 납세자가 예측이 어려운 장래의 사정변경을 이유로 조세채권채무관계에 소급적 효력을 미치지 않고, 동일 과세기간에 대한 재처분이 아니라는 이유만으로 이미 조세심판원이 취소한 과세처분의 과세논리로 다른 과세기간에 대한 처분을 하는 것은 부당하다.

  (가) 「국세기본법」 제80조ㆍ제81조 등 규정의 취지에 비추어 동일사항에 관하여 특별한 사유 없이 이를 번복하고 다시 종전의 처분을 되풀이할 수 없다는 것이 법원의 일관된 입장(대법원 2019.1.31. 선고 2017두75873 판결, 대법원 2016.10.27. 선고 2016두42999 판결 등 다수)이며, 재결청을 적극적으로 기망하는 등 사술을 쓴 경우에 비로소 불복 당시 결정사항을 번복할 수 있으므로,

  이 건이 동일한 과세처분에 대한 조세심판원의 선결정례(조심 2010중322, 2013.4.24.)와 비록 과세기간이 다르다고 하여도, ① 과거 심판결정 당시 활주로가 건설될 예정인 점은 거짓이 없고, ② 현재 분쟁 등으로 실제 건설이 이행될 수 없는 상황이므로 청구법인이 과거 심판결정에 대하여 조세심판원을 기망한 사실도 없는바 과거 조세심판원의 결정과 다르게 처분청이 부가가치세를 부과한 것은 부당한 것이다.

  (나) 세법이 정한 과세요건을 충족하여 성립된 납세의무는 원칙적으로 변경될 수 없는 것이며, 납세의무 성립 후의 사정변경은 조세채권채무관계에 소급적 효력이 없다는 법원의 입장(OOO법원 2012.4.20. 선고 2011구합34900 판결)에 비추어 보더라도, 2020년 기준 지장물ㆍ구축물 등이 철거되지 못하고 제3자에게 임대된 사실이 2015년에 성립된 청구법인의 납세의무에 소급해서 영향을 미치지 않는다고 보는 것이 합리적이다.

  (다) 최근 대법원도 당초 종합부동산세 합산배제 대상이었으나 사후에 합산배제 요건을 갖추지 못한 경우에도, 이러한 상황에 대하여 별도의 추징규정이 없다면 합산배제되었던 주택을 다시 합산하여 감면받았던 종합부동산세를 사후에 다시 부과할 수 없다는 원심판결을 확정하였던바(대법원 2020.10.15. 선고 2020두41405 판결 참조),

  이 건의 경우에도 명문화된 사후관리 규정 등이 없어 사후에 지장물, 구축물 등이 미철거된 이유로 부가가치세를 과세할 수 없으며, 단지 사정변경만을 이유로 과거 과세기간에 대한 과세처분을 하는 것은 불합리하다.

  (라) 쟁점부지를 제외한 쟁점골프장부지에 대한 대법원 2022.1.27. 선고 2017두51983 판결은 이 건 심판청구 사건과 아래 <표1>과 같이 차이가 있으며, 대법원에서 선수임대료로 판단한 지역은 공항개발과 관련한 어떠한 계획도 없으나 쟁점부지는 제5활주로를 건설할 계획이므로 사실관계가 다르므로 대법원 판례를 그대로 인용할 수 없다.

<표1> 대법원 판례사건과 이 건 심판청구사건의 차이점

OOO

나. 처분청 의견

 현재 AAA와 청구법인 사이에 소송이 진행 중이므로 청구법인이 쟁점비용에 대한 보상을 할 수 있다는 점을 고려하면 쟁점비용을 선수임대료로 추단할 수 없다는 주장은 다음과 같은 문제가 있다.

 (1) 청구법인이 체결한 실시협약에 따르면, 제5활주로 예정부지 임대기간의 종료와 동시에 건설된 시설의 소유권은 국가 또는 청구법인에 귀속되며 시설물을 철거해야 할 경우 토지 사용기간 6개월 이내에 모든 시설을 철거하는 것으로 약정되어 있으나 임대기간 종료시점(2020.12.31.) 이전 공개입찰을 통해 후속사업자로 주식회사 BBB(이하 “BBB”라 한다)가 선정되었으며,

 이는 쟁점부지는 골프장으로 계속 사용하지 않고 철거할 것임을 주장한 청구법인의 주장을 받아들여 조세심판원(조심 2010중322, 2013.4.24.)이 선수임대료에 해당하지 않는 것으로 과세처분을 취소하였던 결정의 전제가 된 사실관계와 상반된다.

 (2) 청구법인이 2009.10.12. 쟁점부지 관련 과세처분에 대한 불복청구 당시 쟁점골프장을 철거할 것으로 주장했던 것과는 달리 청구법인은 쟁점골프장의 시설물을 인수하여 쟁점골프장을 임대하는 사업을 계속 영위하였고,

 AAA와 임대기간이 종료(2020.12.31.)되기 전 공개입찰을 통해 새로운 임차인을 선정하여 계속 쟁점골프장을 운영하고 있으므로 쟁점비용은 AAA가 부담하는 비용이 아닌 청구법인의 선수임대료로 보는 것이 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

  쟁점토지에 대한 골프장조성비용이 선수임대료에 해당하는지 여부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

 (1) 청구법인은 2002.7.24. AAA와 OOO국제공항 제5활주로 예정지역 민간투자개발사업과 관련하여 실시협약을 체결하였고, 2005.6.3. 이 실시협약을 변경하였으며, 변경된 실시협약의 내용을 살펴보면 다음과 같다.

  (가) 실시협약 제8조에 따르면, 쟁점골프장부지의 소유권은 국가 또는 청구법인으로 하고(제1항), AAA가 쟁점골프장 내 건설하는 시설은 AAA의 명의로 소유권 이전등기를 하고 제3자에게 이전등기를 할 수 없게(제3항) 되어 있다.

  (나) 실시협약 제9조에 따르면, 토지사용기간(쟁점골프장부지 임대기간)은 AAA의 지정일로부터 2020.12.31.까지로 규정하고, 정부나 청구법인의 계획변경 등으로 토지사용기간이 단축될 경우 AAA의 투자비 보전은 그간 투자된 사업비, 감가상각 및 시설물의 잔존가치를 고려하여 상호 협의하여 정하도록 되어 있다.

  (다) 실시협약 제10조에 따르면, 쟁점골프장 시설의 소유권은 토지사용기간이 종료됨과 동시에 국가 또는 청구법인에 귀속되고, AAA는 토지사용기간 종료 1개월 전까지 소유권 이전을 포함한 귀속절차를 이행해야하나 시설을 철거할 경우 토지사용기간 종료 후 6개월 이내에 철거하도록 되어 있으며(제1항),

  시설물인계를 위한 소유권 이전절차는 AAA가 이행하되 관련 제비용(등록 및 취득세 등)은 청구법인이 부담하나, 철거할 경우 해당비용은 AAA가 부담하고(제2항), 시설의 인계 및 철거에 대한 세부절차 및 계획은 청구법인이 AAA와 토지사용기간 만료 2년 이전에 협의를 개시해야 하며(제3항), AAA는 시설의 인계 또는 철거 시 「민법」 제283조 및 제285조에 의한 지상물매수청구권을 주장할 수 없다(제4항)고 되어 있다.

  (라) 실시협약 제12조에 따르면, 매해 토지사용료(쟁점골프장부지의 임대료)는 실시협약에 별도 규정된 최소보장액을 당해연도의 12월 20일까지 청구법인에 지급하고(제1항), 결산 후 AAA의 매출액에 영업요율(9.11%)을 곱하여 계산한 금액이 최소보장액을 초과한 경우 그 차액을 차년도 4월 10일까지 토지사용료로 추가 납부하도록 하고 있다(제2항).

  (마) 실시협약 제25조에 따르면, AAA는 본 사업을 종료할 때 시설물의 철거이행을 보증하기 위하여 사업운영기간 종료 3개월 전까지 보증금을 납부하여야 하며(제1항), AAA가 철거의무를 이행하면 청구법인은 이행을 완료한 때로부터 60일 이내에 보증금을 AAA에게 반환해야 한다(제3항).

  (바) 실시협약의 ‘[붙임2] 토지사용료(연간 최소보장액)’에 따르면, AAA는 2006년부터 2020년까지 청구법인에게 지급하는 토지사용료의 최소보장액이 규정되어 있으며, 총액은 OOO원(부가가치세 제외)으로 되어 있다.

 (2) 당초과세처분에 대한 청구법인의 심판청구에 대하여 우리원의 선결정례(조심 2010중322, 2013.4.24.)는 아래 <표2>와 같이, 쟁점골프장 부지 중 제5활주로의 건설이 예정되어 있어서 AAA로부터 청구법인이 반환받더라도 골프장으로 이용되지 못하는 부분(쟁점부지)의 경우 쟁점골프장 조성비용을 선수임대료로 보지 않고 이 부분에 대하여 청구주장을 받아들여 일부인용결정을 한 것으로 나타난다.

<표2> 당초과세처분에 대한 심판결정서 내용

OOO

 (3) 위 (2)의 우리원 심판청구 결정(조심 2010중322, 2013.4.24.)에서 쟁점골프장부지 중 쟁점부지를 제외한 나머지 부지에 대한 쟁점골프장 조성비용에 대하여 청구가 기각됨에 따라 청구법인은 행정소송을 제기하였고 대법원은 2022.1.27. 아래 <표3>과 같이 처분청이 쟁점골프장 조성비용을 선수임대료로 보고 법인세 및 부가가치세를 과세한 처분은 정당하다는 취지로 사건을 일부파기하여 OOO법원으로 환송하였다.

<표3> 대법원 2022.1.27. 선고 2017두51983 판결

OOO

 (4) 처분청이 제출한 2020.9.29. 청구법인의 보도자료에 따르면, 청구법인은 2020.9.3. 쟁점골프장을 운영할 사업시행자 선정을 위한 입찰공고를 진행하였고, 입찰결과 제시한 영업요율이 가장 높은 BBB를 낙찰예정자로 선정하였으며, 임대기간은 제5활주로 예정지인 쟁점부지는 3년, 그 외 부지는 10년으로 하되, 쟁점부지는 1년 단위로, 쟁점부지 외 부지는 5년 단위로 계약연장이 가능하도록 되어있다.

 (5) OOO항공청은 2012.6.11. 쟁점부지를 제5활주로 예정부지로 지정하고 해당 내용을 관보에 고시하였다(OOO항공청고시 제2012-57호, ‘OOO국제공항 육상비행장 변경’).

 (6) 청구법인은 2020.6.29. 국토교통부에 OOO국제공항 제5활주로 착공시점에 대한 질의를 하였고, 국토교통부는 아래 <표4>와 같이 제5활주로 착공시점에 대하여 명확한 답변을 하지 않고 회신(국토교통부 공항정책과-2128, 2020.7.15.)하였다.

<표4> 국토교통부 회신문

OOO

 (7) 제5활주로 건설과 관련하여 국토교통부의 공항개발종합계획(제6차), OOO국제공항 건설기본계획 변경고시(4단계 사업) 및 보도자료는 아래 <표5>와 같고, 이에 따르면 2017.11.9. 국토교통부고시 제2017-735호에 따라 2017년∼2023년 기간 동안 시행되는 OOO국제공항 4단계 건설사업의 종료 시까지 제5활주로를 건설하지 않는 것이 확정되었음을 확인할 수 있다.

<표5> 제5활주로 관련 국토교통부 건설계획ㆍ고시 및 보도자료

OOO

 (8) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 다음과 같이 살펴본다.

  (가) 청구법인은 AAA의 비용인 쟁점비용을 청구법인이 임대용역의 대가로 수취한바 없고, 임대기간이 경과하였음에도 AAA가 불법으로 점유 중으로 청구법인은 쟁점골프장을 재임대하여 사용․수익한 사실도 없으며, AAA와 소송결과에 따라 제5활주로 공사가 개시될 때까지 청구법인이 쟁점골프장을 소유할 수 없을 가능성도 있으므로 쟁점비용은 선수임대료가 아니라고 주장하는데,

  (나) 「법인세법」제40조 제1항이 채택한 권리확정주의는 소득의 원인이 되는 권리의 확정시기와 소득실현시기의 사이에 시간적 간격이 있는 경우, 권리가 확정적으로 발생한 때에 그 소득이 있는 것으로 보고 해당 과세기간의 소득을 산정하는 방식으로 불확실한 소득에 대해 장래 실현될 것임을 전제로 미리 과세하는 것을 허용하는 것이고(대법원 2004.11.25. 선고 2003두14802 판결 등 참조), 권리의 확정적 발생에 따라 납세의무가 성립하여도 후발적 사유로 그 소득이 실현되지 않았다면 당초 성립한 납세의무는 전제를 상실하여 조세를 부과할 수 없는 것이며, 이러한 해석은 후발적 경정청구 제도를 둔 「국세기본법」의 입법취지에도 부합하므로(대법원 2013.12.26. 선고 2011두1245 판결 참조), 후발적 경정청구의 대상으로서 용역 또는 재화를 공급하여 그 대가를 수취할 권리가 확정적으로 발생한 때를 공급시기로 판단하는 「부가가치세법」에도 동일한 기준이 적용된다 할 것이어서,

  AAA가 쟁점골프장을 조성하기 위해 부담한 자본적 지출은 쟁점골프장부지의 가치를 향상시키는 것으로 실시협약에 따른 임대기간이 종료되면 청구법인이 쟁점골프장을 소유하게 되어 자본적 지출에 상당하는 이익을 얻을 것이므로, 쟁점골프장조성이 완료된 때 쟁점비용은 청구법인의 소득으로 확정되었다고 볼 것이어서 쟁점비용은 선수임대료로 AAA가 쟁점골프장을 운영하는 각 과세기간의 법인세 및 부가가치세 과세표준에 선수임대료로 산입하여야 하나,

  쟁점골프장조성이 완료된 당시에는 쟁점골프장부지는 제5활주로 부지에 편입되어 실시협약에 따른 임대기간이 종료되어도 청구법인은 쟁점골프장을 철거해야 하므로 그 소득이 실현되지 않을 것으로 예상되어 우리원은 쟁점비용에 따른 선수임대료를 법인세 및 부가가치세 과세표준에서 제외하도록 결정하였다(조심 2010중322, 2013.4.24. 참조).

  (다) 따라서, 소득이 실현될 것으로 사정이 변경되었다면 권리가 확정된 시기에 납세의무가 성립된 해당 소득에 대한 과세가 가능한 것이므로, 2017.11.9. ‘OOO국제공항건설 기본계획변경 고시(국토교통부 고시 제2017-735호)’ 및 2021.9.24. ‘제6차 공항개발 종합계획(국토교통부 고시 제2021-111호)’ 등에 따라 제5활주로 건설이 2025년 후로 연기됨에 따라 실시협약상 임대기간이 종료되는 2020년 말에 청구법인이 철거 없이 쟁점골프장을 소유할 것이 확정되어 쟁점골프장부지에 대한 선수임대료 소득이 실현될 것이 확실시됨에 따라 부가가치세를 과세할 수 있게 되었고,

  AAA가 쟁점골프장을 계속 점유하면서 청구법인을 상대로 쟁점골프장 양도를 거부하고 있다고 하여도 이는 AAA가 실시협약상 의무불이행에 따른 책임을 부담하면 될 뿐 청구법인이 쟁점골프장 소유권을 취득하는 실시협약의 내용을 부인할 수는 없다고 보이며,

  청구법인은 쟁점골프장을 제3자와 재임대하는 계약을 체결하였고, 재임대계약상 쟁점비용을 지출하여 조성된 쟁점골프장을 재임대하므로 임대료에는 쟁점골프장 조성에 대한 대가도 포함된 것으로 보이는바 쟁점비용을 쟁점골프장부지에 대한 선수임대료로 보아 부가가치세를 부과한 것은 정당한 것으로 보인다.

  (라) 다만, 제5활주로 건설공사가 2020년 후로 연기될 것이 2017.11.9. ‘OOO국제공항건설 기본계획변경 고시(국토교통부 고시 제2017-735호)’에 의하여 처음 확정되어 공표되었으므로 이 건 과세처분에 대한 법정신고기한인 2016.7.25.에는 실시협약에 따른 임대기간 종료일인 2020년 말에 쟁점골프장이 철거되지 않고 청구법인에게 소유권이 이전될 것이라고 예상할 수 없었으므로,

과거 우리원의 심판청구에 대한 결정(조심 2010중322, 2013.4.24.)이 있었던 점 등에 비추어 청구법인이 이 건 과세처분과 관련하여 세금계산서를 발급하지 않고 부가가치세를 과소신고한 의무이행의 해태를 탓할 수 없는 사유가 인정되어, 국세를 미납한 기간이익에 대한 이자보상의 성격이 있는 납부불성실가산세를 제외한 세금계산서미발급가산세 및 과소신고가산세는 면제하는 것이 타당하다고 판단되는바, 세금계산서미발급가산세 및 과소신고가산세를 부과한 부분을 제외한 나머지 부분에 대한 이 건 과세처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 ｢국세기본법｣ 제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령

 (1) 부가가치세법

 제4조(과세대상) 부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 과세한다.

1. 사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급

 제11조(용역의 공급) ① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것

 제16조(용역의 공급시기) ① 용역이 공급되는 시기는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때로 한다.

1. 역무의 제공이 완료되는 때

2. 시설물, 권리 등 재화가 사용되는 때

② 제1항에도 불구하고 할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기는 대통령령으로 정한다.

 제29조(과세표준) ⑩ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산 임대용역을 공급하는 경우의 공급가액은 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다.

1. 사업자가 부동산 임대용역을 공급하고 전세금 또는 임대보증금을 받는 경우

2. 과세되는 부동산 임대용역과 면세되는 주택 임대용역을 함께 공급하여 그 임대구분과 임대료 등의 구분이 불분명한 경우

3. 사업자가 둘 이상의 과세기간에 걸쳐 부동산 임대용역을 공급하고 그 대가를 선불 또는 후불로 받는 경우

 (2) 부가가치세법 시행령

 제29조(할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기) ② 법 제16조 제2항에 따른 용역의 공급시기는 다음 각 호의 구분에 따른다.

2. 사업자가 부동산 임대용역을 공급하는 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우: 예정신고기간 또는 과세기간의 종료일

 가. 법 제29조 제10항 제1호에 따른 경우

 나. 법 제29조 제10항 제3호에 따른 경우

 (3) 법인세법

  제40조(손익의 귀속사업연도) ① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

 (4) 법인세법 시행령

 제71조(임대료 등 기타 손익의 귀속사업연도) ①법 제40조 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 자산의 임대로 인한 익금과 손금의 귀속사업연도는 다음 각 호의 날이 속하는 사업연도로 한다. 다만, 결산을 확정함에 있어서 이미 경과한 기간에 대응하는 임대료상당액과 이에 대응하는 비용을 당해 사업연도의 수익과 손비로 계상한 경우 및 임대료 지급기간이 1년을 초과하는 경우 이미 경과한 기간에 대응하는 임대료 상당액과 비용은 이를 각각 당해 사업연도의 익금과 손금으로 한다.

1. 계약 등에 의하여 임대료의 지급일이 정하여진 경우에는 그 지급일

2. 계약 등에 의하여 임대료의 지급일이 정하여지지 아니한 경우에는 그 지급을 받은 날