주 문

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지

제1심판결을 취소한다. 피고가 2021. 2. 5. 원고에게 한 2019년 귀속 양도소득세 1,072,450,258원(가산세 포함) 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 제1심판결의 인용 등

이 법원이 이 사건에 관하여 설시할 이유는, 다음 2항과 같이 원고가 이 법원에서 강조하거나 새롭게 한 주장을 추가 판단하는 것 외에는 제1심판결의 이유 부분(그 별지 ‘관계 법령’ 부분은 포함하되, ‘3. 결론’ 부분은 제외) 기재와 같으므로[원고의 이 법원에서의 주장 역시 제1심에서의 그것과 크게 다르지 아니한바, 원고가 당심에 추가로 제출한 증거(갑 제10호증)를 보태어 보더라도 제1심의 사실인정 및 판단을 뒤집기 부족하다], 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다.

2. 추가 판단

가. 원고 주장 요지

원고는 구 소득세법 제95조 제2항 단서, 구 소득세법 시행령 제159조의3에 따르면 1세대 1주택의 보유에 해당하여 장기보유특별공제 대상이고, 구 소득세법 시행령 제155조에 따라 1세대 1주택으로 보는 주택도 장기보유특별공제 대상이 되는 1세대 1주택에 포함되므로, 구 소득세법 시행령 제155조에 따라 1세대 1주택으로 의제된 이 사건 주택은 장기보유특별공제 대상에 해당한다.

나. 판단

앞서 본 구 소득세법 제95조 제2항의 문언과 체계에 비추어, 구 소득세법 제95조 제2항 표 외의 부분 본문(이하 ‘표 외의 부분’ 표시를 생략한다)은 장기보유특별공제 대상이 되는 자산을 ‘제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)’으로 한정하고 있고, 같은 항 단서에서 규정한 ‘자산’은 위 본문에서 규정한 장기보유특별공제 대상에 해당하는 자산을 의미한다고 보아야 할 것이므로, 구 소득세법 제104조 제7항 각 호에 해당하여 구 소득세법 제95조 제2항 본문 첫 번째 괄호 안 규정에 따라 장기보유특별공제 대상에서 제외된 자산인 경우에는 같은 항 단서가 적용될 여지가 없다고 봄이 타당하다. 따라서 이 사건 주택이 구 소득세법 시행령 제155조에 따라 1세대 1주택으로 보는 주택에 해당한다고 하더라도, 구 소득세법 제104조 제7항 제3호에 따른 자산에 해당하는 이상, 이 사건 주택의 양도에는 장기보유특별공제가 적용되지 않는다. 원고가 주장하는 바와 같이 이 사건 주택이 장기보유특별공제 대상에 해당하는지 여부를 판단함에 있어서 구 소득세법 제95조 제2항 단서가 같은 항 본문보다 우선하여 적용되어야 한다고 볼 만한 아무런 법적 근거도 찾아볼 수 없다. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 위 주장은 받아들일 수 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.