1. 피고가 원고에 대하여 한 별지1 목록 기재 법인세 및 부가가치세 부과처분 중 각

‘정당세액’란 기재 금액을 초과하는 부분을 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용은 피고가 부담한다.

2015 사업연도 법인세의 정당세액이 000원1)인 것을 제외하고 주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 국내외 도로, 교량, 철도 등 사회기반시설을 건설하는 토목사업과 재건축·재개발아파트, 오피스텔 등을 건설하는 주택건설사업, 석유화학시설 및 발전소 등을 건설하는 플랜트사업 등을 영위하고 있는 법인이다.

나. 피고는, ① 원고가 2015, 2016 각 사업연도에 K 주식회사(이하 ‘주식회사’ 명칭은 생략하고 상호로만 특정한다) 등 4개 용역업체에 지급한 수주홍보용역비 000원 중 000원(2015 사업연도 000원, 2016 사업연도 000원, 이하 ‘이 사건 수주홍보비’라 한다)을 접대비로 보아 위 2015, 2016 각 사업연도 소득금액 계산상 손금불산입하고, 관련 매입세액을 위 각 사업연도 부가가치세 과세기간의 매출세액에서 공제하지 아니하였으며, ② 원고가 2013년 제2기부터 2018년 제1기까지의 부가가치세 과세기간 중 과세사업 및 면세사업에 공통으로 지출한 수주홍보용역비 000원(이하 ‘이 사건 쟁점 용역비’라 한다) 관련 매입세액 000원을 이 사건 부가가치세 과세기간 원고 전체의 과세사업 및 면세사업 비율이 아닌 원고의 ‘재건축·재개발 사업부’의 과세사업 및 면세사업 비율에 따라 공제대상 매입세액을 000으로 산정한 다음 000원을 매입세액으로 추가 공제2)함으로써 그 차액인 000원(이하‘이 사건 쟁점 부가가치세액’이라 한다)을 매입세액에서 공제하지 아니하고, ③ 원고가 ‘** 도시개발사업구역 복합단지개발 PF사업’을 수행하기 위해 설립한 프로젝트 회사인 AA개발(이하 ‘이 사건 PFV’라 한다)에 관련 건설출자확약서의 내용에 따라 2차례 자금보충의무를 이행하였고, 그로 인해 이 사건 PFV에 총 000원의 채권(이하 ‘이 사건 PFV 채권’이라 한다)을 보유하게 되었음에도 적정 이자를 수취하지 아니한 것에 부당행위계산 부인규정을 적용하여 2014, 2015, 2016 사업연도 동안의 이 사건 PFV 채권 관련 인정이자를 익금산입 하는 등 여러 과세사유를 이유로 하여, 2018. 10. 12. 원고에 대하여 2015 사업연도 법인세 000원 및 부가가치세를 경정·고지(이하 부가가치세 부과 부분을 ‘이 사건 종전 부가가치세 부과처분’이라 한다)하면서, 2014 사업연도 소득금액을 000원(인정이자 000원 증액) 증액경정(결손금 감액), 2016 사업연도 소득금액을 000원(인정이자 000원 증액) 증액경정(결손금 감액)하였다.

다. 또한 피고는 ① 원고가 1978. 8. 18. 공장 및 발전소 건설 등의 사업을 영위하기위해 NN에 설립한 DNL 관련하여, 2013 내지 2017 각 사업연도에 발생한 DNL의 수익을 원고의 각 사업연도 소득금액에 합산하면서 위 각 사업연도 동안 DNL이 나이지리아에 납부한 법인세와 부가가치세는 외국납부세액 손금산입 적용 요건을 충족하지 못하였다는 이유로 손금불산입하고, ② 원고가 RR 소유의 OO시 OO면 O리 소재 OOOOCC 골프장(이하 ‘이

사건 골프장’이라 한다)에 대한 조성공사를 완료하고 지급받지 못한 공사대금채권106,191,240,000원 및 (주)RR에 대한 PF대출원리금채권 000원 합계 000원의 채권(이하 ‘이 사건 미수 채권’이라 한다)을 2013. 4. 1. 원고의 100% 자회사인 (주)LL에 000원에 매각하여 (주)LL에 대하여 000원의 채권(이하 ‘이 사건 쟁점 채권’이라 한다)을 보유하게 되었음에도, 이 사건 쟁점 채권을 2014. 9. 26. 유창에 매각할 때까지 이자를 지급받지 아니하고 이 사건 쟁점 채권을 회수하지도 아니한 것은 특수관계자인 (주)LL에 대하여 이익을 분여한 것에 해당한다고 보아 부당행위계산 부인규정을 적용하여 이 사건 쟁점 채권 보유기간(2013. 4. 1. ~ 2014. 9. 26.) 동안의 인정이자 000원을 익금산입하고, 이 사건 쟁점 채권을 회수하지 아니한 것은 업무무관 가지급금을 지급한 것과 다를 바 없는 것으로 보고 이에 대한 지급이자 000을 손금불산입하여(이하 ‘이 사건 쟁점 법인세 처분사유’라 한다), 2019. 2. 1. 원고에 대하여 2015 사업연도4) 법인세 000원을 증액경정·고지하고(이하 당초 부과된 2018. 10. 12.자 2015 사업연도 법인세 000원 및 증액된 2019. 2. 1.자 2015 사업연도 법인세 000원의 합계 000원에 관한 법인세 부과처분을 ‘이 사건 종전 법인세 부과처분’이라 한다), 2016 사업연도 결손금 000을 감액하는 통지를 하였다.

라. 원고는 2019. 1. 8. 이 사건 수주홍보비와 이 사건 쟁점 용역비 관련 2015 사업연도 법인세 부과처분 및 이 사건 종전 부가가치세 부과처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였고, 2019. 1. 10. 이 사건 PFV 채권 관련 2016 사업연도 법인세 결손

금 000원의 증액경정청구를 하였다가 2019. 3. 11. 이에 대한 거부처분이 있자 2019. 6. 5. 위 경정청구 거부처분의 취소를 구하는 심판청구를 하였다. 이에 대하여 조세심판원은 2019. 12. 19. 이 사건 수주홍보비를 접대비로 본 부분에 대하여는 재조사를 하고, 나머지 심판청구는 기각하는 결정을 하였으며,

이에 따라 피고는 2020. 2. 18. 2015 사업연도 법인세 000원 및 2015년 제1기 내지 2016년 제2기 부가가치세 합계 000원에 대한 감액경정결정을 하고 이를 통지하였다(이하 이 사건 종전 부가가치세 부과처분 중 위와 같이 감액경정되고 남은 부가가치세액에 해당하는 별지1 ‘부과처분 목록’의 ‘부과처분’란 기재 각 부가가치세의 부과처분을 ‘이 사건 부가가치세 부과처분’이라 하고, 이 사건 쟁점 부가가치세액의 부과처분을 특정하여 지칭할 경우 ‘이 사건 쟁점 부가가치세 부과처분’이라 한다).

마. 원고는, ① 2019. 1. 9. 이 사건 PFV 채권 관련 법인세 부과처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였고, 조세심판원은 2020. 7. 16. 이 사건 PFV 채권 관련 인정이자를 계산하여 법인세를 부과하는 것은 부당하다는 이유로 위 인정이자를 차감하여 세액을 경정하라는 결정을 하였으며, ② 2019. 4. 1. 이 사건 쟁점 채권 및 DNL 관련 법인세 부과처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였고, 조세심판원은 2020. 8. 21. DNL 관련 법인세 부과처분을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다는 결정을 하였다.

바. 피고는 이에 따라 2020. 8. 3. 이 사건 PFV 채권 관련 법인세 000원에 대한 감액경정을 하고 이를 통지하였으며, DNL 관련 법인세 부분에 대한 재조사를 진행하여 2020. 10. 28. 원고에게 DNL 관련 2015 사업연도 법인세 000원을 감액경정하는 취지로 재조사결정을 통지하였다(이하 이 사건 종전 법인세 부과처분 중2020. 2. 18.자 법인세 감액경정, 2020. 8. 3.자 법인세 감액경정, 2020. 10. 28.자 법인세 감액경정 등에 따라 감액되고 남은 법인세액인 별지1 ‘부과처분 목록’의 ‘부과처분’란 기재 법인세의 부과처분을 ‘이 사건 법인세 부과처분’이라 하고, 이 사건 쟁점 법인세 처분사유에 관한 법인세 부과처분 부분을 특정하여 지칭할 경우 ‘이 사건 쟁점 법인세 부과처분’이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑1 내지 5, 19 내지 28, 30 내지 34호증, 을1 내지 9, 13 내지 18호증(가지번호 있는 것은 이를 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 쟁점 법인세 부과처분 및 이 사건 쟁점 부가가치세 부과처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 이 사건 쟁점 법인세 부과처분에 대하여

원고가 (주)LL에 이 사건 미수 채권을 양도하고 나아가 자금을 대여하기도 한 것은 이 사건 골프장과 관련한 위험을 자회사인 (주)LL 차원에서 관리하고 이 사건 골프장의 매각을 위해 매각 대상 자산의 부채 선정 및 평가에 대한 논의를 단순화하여 이 사건 골프장 시공 사업에서 발생한 부실채권을 조기에 회수하고자 하는 일련의 사업상 목적에 따라 이루어진 것으로서 경제적 합리성이 존재하고, 무자력인 (주)LL로부터 이 사건 쟁점 채권에 대한 이자를 지급받거나 이 사건 쟁점 채권을 회수하는 것이 오히려 이 사건 골프장 매각을 통하여 이 사건 쟁점 채권을 회수하려는 목적에 배치되는 것인바, 원고가 (주)LL로부터 이 사건 쟁점 채권의 회수를 지연하고 이자를 지급받지 아니한 것에는 사회통념이나 상관행상 합리적 사유가 있으므로 법인세법상 부당행위계산부인규정이 적용될 수 없고, 이 사건 쟁점 채권이 법인세법 제28조에서 규정한 업무무관 가지급금에 해당한다고 할 수도 없다.

2) 이 사건 쟁점 부가가치세 부과처분에 대하여

가) 과세사업과 면세사업에 공통되는 매입세액(이하 ‘공통매입세액’이라 한다)의 안분계산은 원칙적으로 사업장 단위로 적용함이 타당한바, 이 사건 쟁점 용역비는 그 특성상 원고의 본점 사업장(본사)에 귀속되는 비용이고, 과세사업과 면세사업에 관련된 이 사건 쟁점 용역비는 그 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액에 해당하므로, 이 사건 쟁점 용역비는 원고의 본사 전체의 총 공급가액5)에 대한 면세공급가액의 비율에 따라 안분되어야 한다.

나) 피고는 원고의 ‘재건축·재개발 사업부’의 과세사업 및 면세사업의 비율에 따라 이 사건 쟁점 용역비가 안분되어야 함을 전제로 이 사건 부가가치세 부과처분을 하였으나, 원고가 내부적으로 구분하여 관리하는 ‘조직’이나 ‘부서’에 불과한 ‘재건축·재개발 사업부’는 과세사업 및 면세사업의 비율 산정의 기준이 될 수 없다.

다) 피고가 재건축·재개발 사업부의 과세사업 및 면세사업의 비율을 기준으로 이 사건 쟁점 용역비를 안분함에 있어서도, 재건축·재개발 사업장별로 과세사업 및 면세사업 비율의 산정기준을 달리 책정하였고, 이 사건 쟁점 용역비와 무관한 재건축·재개발 사업의 공급가액을 포함하거나 100% 과세사업이었던 재건축·재개발 사업을 합리적 이유 없이 안분비율 산정 대상에서 제외하였으며, 일부 재건축·재개발 사업의6) 경우 사업시행인가 고시 당시의 과세면적(일반주택) 및 면세면적(국민주택) 비율에 따라 안분비율을 산정하면서 100% 과세사업인 상가시설에 해당하는 면적은 제외하였을 뿐만 아니라 사업시행인가 이후에 변경된 과세사업 및 면세사업의 면적을 반영하지 아니하였는바, 이 사건 부가가치세 부과처분의 기준이 된 재건축·재개발 사업부의 과세사업 및 면세사업의 비율은 정확하게 산정되지도 아니하였다.

나. 관계 법령

별지2 기재와 같다.

다. 인정사실

앞서 든 증거들에 갑35 내지 54호증, 을10, 11, 19호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면, 아래와 같은 사실이 인정된다.

1) 이 사건 미수 채권 및 이 사건 쟁점 채권 관련

가) 원고는 2008. 4.경 (주)RR와 사이에 이 사건 골프장을 조성하는 공사계약을 체결하여 2011. 10. 17.경 준공하였으나, (주)RR로부터 공사대금 106,191,240,000원(이하 ‘이 사건 미지급 공사대금’이라 한다)을 지급받지 못하였다.

나) 한편 (주)RR는 이 사건 골프장 부지의 취득 및 사업시행을 목적으로 이 사건 골프장 부지에 대하여 K신탁과 부동산담보신탁계약(이하 ‘이 사건 신탁계약이라 한다)을 체결하였는데, 금융기관으로부터 지급받은 PF 대출원리금을 담보하기 위하여 은행을 1순위 우선수익자로, 이 사건 미지급 공사대금 채무를 담보하기 위하여 원고를 2순위 우선수익자로 지정하였다.

다) 그 후 (주)RR는 2011. 12. 29. 은행에 대한 PF 대출금을 상환하기 위하여 캐피탈과 대출계약을 체결하였고, 증권이 캐피탈의 PF 대출금채권을 양수함에 따라 이 사건 신탁계약상의 1순위 우선수익자가 증권으로 변경되었으며, (주)RR가 위 PF 대출금을 변제하지 못하게 되자 원고는 2012. 7. 2. 위 PF 대출원리금 000원을 변제하고 증권으로부터 1순위 우선수익권 등 일체의 권리를 승계하였다.

라) (주)RR는 2012. 12. 28. SS종합 등 5개 협동조합(이하 ‘농협’이라 한다)과 사이에 대출계약을 체결하고 이 사건 신탁계약상 1순위 우선수익자를 농협으로 하고, 원고는 2순위 우선수익자(PF 대출금채권) 및 3순위 우선수익자(이 사건 미지급 공사대금)로 변경되었다.

마) 원고는 2013. 3. 20. 자본금 000원을 투자하여 원고가 100% 지분을 보유하고 있는 (주)LL을 설립하였고, 2013. 4. 1. (주)LL과 사이에 이 사건 미수 채권7) 및 그에 수반하는 담보 등을 총 000원에 양도하는 내용의 채권양수도계약(이하 ‘이 사건 채권양수도계약’이라 한다)을 체결하였으며, 같은 날 이 사건 신탁계약상의 1순위 우선수익자인 농협에 대한 대출금채무를 변제하기 위해 (주)LL에게 000원(이하 ‘이 사건 대여금’이라 한다)을 상환기일 2014. 3. 31., 이자율 연 4.24%로 정하여 대여하였다.

바) 2013. 4. 1. 기준시점으로 하여 이루어진 이 사건 미수 채권에 대한 감정평가결과에 의하면, 이 사건 미수 채권의 가치는 000원 또는 000원 상당인 것으로 평가되었다.

사) (주)LL은 이 사건 대여금을 통해 농협에 대한 대출금채무를 상환하여 1순위 우선수익자의 지위를 확보한 후 2013. 4. 16. (주)RR로부터 이 사건 골프장 부지 및 건물 등에 대한 소유권을 이전받고, 2013. 5.경부터 이 사건 골프장 운영을 시작하였다.

아) 원고는 2013. 11. 7. YY와 사이에, 원고가 보유하고 있는 (주)LL의 기명식 보통주 150만 주(액면금 5,000원, 지분율 100%) 및 이 사건 쟁점 채권과 이 사건 대여금 채권 등을 000 원에 양도하기로 하는 내용의 ‘주식 및 채권양수도계약’(이하 ‘이 사건 주식 등 양수도계약’이라 한다)을 체결하고, YY으로부터 2014. 9. 26.까지 이 사건 주식 등 양수도계약에 따른 양도대금을 모두 수령하였다.

자) 원고는 이 사건 대여금 채권에 대한 인정이자를 익금산입하고 이에 대한 지급이자는 손금불산입하여 법인세 신고를 하였으나, 이 사건 쟁점 채권에 대하여는 별도로 인정이자를 익금산입하거나 이에 대한 지급이자를 손금불산입하지는 아니하였다.

2) 이 사건 쟁점 용역비 관련

가) 원고는 주택사업본부, 토목사업본부, 플랜트사업본부, 건축사업본부 등의 사업본부를 운영하고 있는데, 주택사업본부는 주로 재건축·재개발 아파트, 일반아파트, 오피스텔 등의 건설 사업을, 토목사업본부는 국내외 도로, 교량, 철도, 지하철 등 사회기반시설 공사 사업을, 플랜트사업본부는 석유화학 플랜트, 발전 플랜트 등 발전소 건설사업을, 건축사업본부는 업무시설, 상업시설, 호텔 등의 건설 사업을 각 영위하고 있다.

나) 원고는 2015. 4.경 K과 사이에 ‘**3구역 주택재건축정비사업’의 수주를 위하여 수주홍보기획업무 일체를 용역대금 27억 7,440만 원8)에 위임하기로 하는 ‘업무용역계약’을 체결하는 등 2013년부터 2018년까지 사이에 재건축·재개발 사업을 수주하기 위하여 여러 홍보용역업체와 업무용역계약을 체결하고 이 사건 쟁점 용역비를 지출

하였다.

다) 원고는 2013년 제2기부터 2018년 제1기 부가가치세 과세기간(이하 ‘이 사건 부가가치세 과세기간’이라 한다) 동안 이 사건 쟁점 용역비를 원고 본사에서 수행하는 전체 건설용역의 총 공급가액 중 과세공급가액 및 면세공급가액 비율에 따라 안분하여 면세사업에 귀속되는 부분9)을 매입세액 불공제하여 부가가치세를 신고·납부하였다.

라) 이에 반해 피고는 이 사건 부가가치세 과세기간 동안 원고가 수행한 재건축·재개발 사업을 서울 지역 및 서울 이외 지역으로 나누어, 서울지역의 경우 사업시행인가 고시에 따른 과세면적과 면세면적의 비율을,10) 서울 이외지역의 경우 재건축·재개발 사업부의 해당 과세기간 과세공급가액과 면세공급가액의 비율을 각 적용하여 이 사건 부가가치세 과세기간 동안의 과세 및 면세비율을 산정한 후 공통매입세액인 이 사건 쟁점 용역비를 안분하였다.

마) 이 사건 부가가치세 과세기간 동안 원고의 조직 개편 내용 중 이 사건과 관련된 부분은 아래와 같다.

라. 판단

1) 관련 법령의 내용 및 관련 법리

가) 관련 법령의 내용

(1) 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제28조 제1항은 ‘다음 각 호의 차입금의 이자는 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.’고 하면서 제4호 나목으로 ‘제52조 제1항에 따른 특수관계인에게 해당 법인의 업무와 관련 없이 지급한 가지급금 등으로서 대통령령으로 정하는 자산을 취득하거나 보유하고 있는 내국법인이 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액’을 규정하고 있고, 그 위임에 따른 구 법인세법 시행령(2016. 2. 12. 대통령령 제26981호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제53조 제1항은 ‘법 제28조 제1항 제4호 나목에서 대통령령으로 정하는 것이란 명칭 여하에 불구하고 당해 법인의 업무와 관련이 없는 자금의 대여액을 말한다.’고 규정하고 있으며, 같은 조 제2항으로 ‘대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액’을 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말하는 것으로 규정하고 있다.

그리고 구 법인세법 제52조 제1항은 ‘납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 ’부당행위계산‘이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.’고 규정하고 있고, 같은 조 제2항으로 ‘제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율·이자율·임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 ’시가‘라 한다)을 기준으로 한다.’고 규정하면서, 제4항으로 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정하도록 하고 있다. 그 위임에 따른 구 법인세법 시행령 제88조 제1항은 ‘법 제52조 제1항에서 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.’고 하면서, ‘금전, 그 밖의 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율·요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우’(제6호)를 규정하고 있고, 구 법인세법 시행령 제89조 제3항에 서는 제88조 제1항 제6호에 따른 금전의 대여 또는 차용의 경우에는 기획재정부령으로 정하는 가중평균차입이자율을 시가로 하되, 각 호의 사유11)가 있는 경우에는 기획재정부령으로 정하는 당좌대출이자율을 시가로 하도록 규정하고 있다.

(2) 구 부가가치세법(2019. 12. 31. 법률 제16845호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제39조 제1항은 ‘제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.’고 하면서 ‘면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액’(제7 호)을 규정하고 있고, 같은 법 제40조에서 사업자가 과세사업과 면세사업 등을 겸영하는 경우에 과세사업과 면세사업등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 ‘공통매입세액’이라 한다)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분하여 계산한다.‘고 규정하고 있다. 그 위임에 따른 구 부가가치세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29535호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제81조 제1항은 ’법 제40조에 따라 과세사업과 면세사업 등을 겸영하는 경우로서 공통매입세액이 있는 경우 면세사업 등에 관련된 매입세액은 인원 수 등에 따르는 등 기획재정부령으로 정하는 경우를 제외하고 다음 계산식에 따라 안분하여 계산한다.‘고 규정하고 있다.

그리고 구 부가가치세법 제81조 제4항으로 ’제1항을 적용할 때 해당 과세기간 중 과세사업과 면세사업 등의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 해당 과세기간에 대한 안분 계산은 다음 각 호의 순서에 따른다. 다만, 건물 또는 구축물을 신축하거나 취득하여 과세사업과 면세사업 등에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.‘고 규정하면서, ’총매입가액(공통매입가액은 제외한다)에 대한 면세사업 등에 관련된 매입가액의 비율‘(제1호), ’총예정공급가액에 대한 면세사업 등에 관련된 예정공급가액의 비율‘(제2호),’총예정사용면적에 대한 면세사업 등에 관련된 예정사용면적의 비율‘(제3호) 등을 규정하고 있다.

나) 관련 법리

(1) 법인세법 제52조에 정한 부당행위계산 부인이란 법인이 특수관계에 있는 자와의 거래에 있어 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 구 법인세법시행령 제88조 제1항 각 호에 열거된 여러 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 하는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도로서, 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로 인하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것이고, 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인 지의 여부에 따라 판단하되, 비특수관계자 간의 거래가격, 거래 당시의 특별한 사정 등 도 고려하여야 한다(대법원 2007. 12. 13. 선고 2005두14257 판결 등 참조). 그리고 구 법인세법 제28조 제1항 제4호 나목이 규정한 ‘해당 법인의 업무와 관련 없이 지급한 가지급금 등’에는 순수한 의미의 대여금은 물론 채권의 성질상 대여금에 준하는 것도 포함되고, 그와 같은 금원이 업무와 관련 없이 지급된 이상 적정한 이자율에 의한 이자를 받았다고 하더라도 그에 해당하며, 이때 업무와 관련이 있는지 여부는 당해 법인의 목적사업이나 영업내용 등을 기준으로 객관적으로 판단하여야 한다(대법원 2009. 4.23. 선고 2006두19037 판결 등 참조).

(2) 사업자가 여러 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우 면세사업에 관련된

매입세액은 원칙적으로 실지 귀속을 구분하여 계산하여야 하고, 실지 귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액을 안분 계산할 때에는 여러 사업 중 공통매입세액에 관련되는 과세사업과 면세사업을 가려내어 그 부분만의 해당 과세기간의 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 계산하여야 한다(대법원 2009. 5. 14. 선고 2007두4896판결 등 참조). 다만 이처럼 공급가액의 비율에 따라 공통매입세액을 안분하는 것은 그 공통매입세액이 발생한 사업 부분과 공급가액이 발생한 사업 부분 사이에 관련성이 있을 경우에 한하고, 그 각 사업 부분이 서로 분리·독립되어 있다면 공급가액을 기준으로 공통매입세액을 안분할 것은 아니다. 이 경우 위 각 사업 부분이 서로 관련된 것인지 여부는 공통매입세액의 발생사유인 재화 등을 공급받은 경위와 목적, 사업운영의 형태, 공통매입세액과 공급가액이 발생한 사업장의 장소적 연관성, 업종의 특성 등 관련 사정을 종합적으로 고려하여 판단할 것이다(대법원 2017. 1. 25. 선고 2016두51788 판결등 참조).

(3) 한편 조세부과처분의 취소소송에서 과세요건사실에 관한 증명책임은 과세

관청에게 있으므로, 과세관청이 구체적인 소송과정에서 과세요건사실을 직접 증명하거나 경험칙에 비추어 과세요건사실이 추정되는 사실을 밝히지 못하면 당해 과세처분은 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이 된다(대법원 2013. 3. 28. 선고 2010두20805 판결 참조).

2) 구체적 판단

가) 이 사건 쟁점 법인세 부과처분에 대한 판단

위 인정사실 및 앞서 든 증거들을 종합하여 알 수 있는 아래와 같은 사정들을 위 관련 법령 및 법리에 비추어 살펴보면, 피고가 제출한 증거들만으로는 원고가 (주)LL로부터 이 사건 쟁점 채권을 회수하지 아니하고 그에 대한 이자를 지급받지 아니한 것이 경제적 합리성을 무시한 부당행위계산 부인대상에 해당한다거나, 원고의 업무와 무관하게 지급된 것에 해당한다고 단정하기 어렵다. 원고의 이 부분 주장은 이유있다.

(1) (주)LL이 2013. 4. 16. 이 사건 골프장 부지 및 건물 등에 대한 소유권을 취득하고 2013. 5.경부터 이 사건 골프장 운영을 시작한 이후에도, 원고가 직접 이 사건골프장 운영을 위한 인력을 고용 내지 파견하거나 이 사건 골프장 운영 결과 발생한 손실을12) 부담한 적이 없는 점, 오히려 (주)LL이 이 사건 골프장 운영을 시작한 직후부터 유창과 사이에 이 사건 골프장 매각을 위한 협상을 시작하였고 (주)LL을 통해 이 사건 골프장을 인수한 후 불과 7개월 가량 경과한 시점에 이 사건 주식 등 양수도계약을 체결하여 이 사건 골프장을 양도한 점, 원고가 (주)LL을 설립하여 이 사건 골프장을 인수하기 이전에 작성된 내부 기안문(갑42호증)이나 이 사건 주식 등 양수도계약을 체결하기에 앞서 작성된 내부 기안문(갑45호증)에 의하더라도 원고는 이 사건 골프장을 인수하는 것에 그치는 것이 아니라 재매각 절차를 병행 추진한 것으로 보이는 점등에 비추어 보면, 원고는 (주)LL을 통해 이 사건 골프장을 인수하는 것에 그치는 것이 아니라 이를 재매각함으로써 이 사건 미수 채권 등을 조기에 회수하는 데에 그 목적이 있었던 것으로 보인다.

(2) 2011. 12. 31. 기준 (주)RR에게는 약 000원 상당의 당기순손실이 발생하였고 2012 사업연도에도 00억 상당의 당기순손실이 발생하였는바, 원고가 (주)RR로부터 이 사건 미수 채권을 변제받는 것은 사실상 불가능하였던 것으로 보인다.

이에 원고는 (주)RR의 자산인 이 사건 골프장을 인수하여 정상적으로 골프장 영업을 영위함과 동시에 재매각을 통해 채권을 회수하되, 우발채무 리스크를 자회사 단계에서 단절하기 위해 (주)LL을 설립하고, 이 사건 미수 채권에 대한 감정평가 결과에 따라 이 사건 미수 채권을 000원에 양도한 점에다가, 원고와 독립된 별도의 자회사를 설립하여 이 사건 골프장을 인수한 후 재매각하는 것이 매각 대상 자산·부채를 단순화할 수 있고 인적 조직의 승계 역시 효율적으로 이루어질 수 있는 점 등을 고려하면, (주)LL의 설립을 통한 이 사건 골프장 인수 과정이 부자연스럽고 불합리하여 경제적합리성을 결여하였다고 보기 어렵다.

(3) 원고가 (주)LL을 통해 이 사건 골프장을 인수한 후 다시 매각하여 이 사건 미수 채권 및 이 사건 대여금 채권 등을 조기에 회수하는 것이 주된 목적이었던 이상, (주)LL의 재무 상태가 악화되지 않고 이 사건 골프장의 자산 가치가 하락하지 않도록 유지하는 것이 중요하다. 그런데 원고가 (주)LL로부터 이 사건 쟁점 채권을 회수하거나 그에 대한 이자를 지급받을 경우 (주)LL로서는 다시 자금을 차입하거나 이 사건 골프장을 담보로 한 대출을 실행할 수밖에 없었던 것으로 보이는바, 이는 원고의 위와 같은 사업상 목적에 부합하지 아니하는 것으로 원고가 (주)LL로부터 이 사건 쟁점채권을 회수하거나 그에 대한 이자를 지급받는 것이 반드시 경제적 합리성이 있는 행위라고 단정하기 어렵다.

(4) 나아가 YY은 (주)LL이 이 사건 골프장을 인수하기 이전에도 (주)RR로부터 이 사건 골프장을 인수하고자 하였고, (주)LL이 이 사건 골프장을 인수하고 얼마지나지 않은 2013. 8.경 원고에게 이 사건 골프장을 000억 원에 인수하겠다는 제안을 하였으며, 원고는 YY과의 협의를 통해 2013. 10.경 이 사건 골프장을 이 사건 쟁점 채권 약00억 원, 이 사건 대여금 채권 00억 원, (주)LL 자본금 75억 원의 합계인 000억 원에 매도하기로 합의하였는바, 이에 비추어 보면 원고로서는 단기간 내에 이 사건 쟁점 채권을 회수할 것을 예견할 수 있었으므로, 이 사건 골프장 자산 가치의 하락등 위험을 감수하면까지 (주)LL로부터 이 사건 쟁점 채권을 회수하거나 그에 대한 이자를 지급받아야 할 합리적 이유도 찾기 어렵다.

(5) 원고는 위와 같은 일련의 과정을 통해 이 사건 골프장을 인수한 후 약 7개월 만에 이 사건 주식 등 양수도계약을 체결함으로써 (주)LL에 대한 투자금(이 사건 쟁점 채권, 이 사건 대여금 및 자본금) 상당을 모두 회수하기도 하였다.13)(6) 원고가 이 사건 쟁점 채권을 (주)LL에게 양도하여 이 사건 골프장을 인수하고 이 사건 대여금으로 이 사건 신탁계약상 1순위 우선수익자(농협)에 대한 대출금 채무를 변제토록 한 것은 이 사건 골프장의 원활한 매각을 통해 원고의 주된 사업과 관련된 이 사건 미지급 공사대금 등을 회수하기 위한 것으로 보이고, 나아가 앞서 본 바와 같이 원고에게는 이 사건 쟁점 채권을 회수하지 아니할 정당한 사유도 존재하고 있었던 점 등을 더하여 살펴보면, 이 사건 쟁점 채권을 회수하지 아니한 것이 원고의 업무와 관련이 없다거나 업무 관련 없이 가지급금을 지급한 것과 동일하다고 보기 어렵다.

나) 이 사건 쟁점 부가가치세 부과처분에 대한 판단

위 인정사실 및 앞서 든 증거들을 종합하여 알 수 있는 아래와 같은 사정들을 위 관련 법령 및 법리에 비추어 살펴보면, 피고가 제출한 증거들만으로는 이 사건 쟁점 안분비율이 정당하게 산정된 비율에 해당한다고 단정하기 어렵다. 원고의 이 부분 주장도 이유 있다.

(1) 이 사건 쟁점 부가가치세 부과처분은 원고의 조직 내에 재건축·재개발 사업부분이 원고의 나머지 사업부분과 구분되는 별개의 사업부분임을 전제로 하나, 원고의 조직 내에는 ‘재건축·재개발 사업부’가 명확하게 별도로 존재한다고 보기도 어렵고, 내부적인 조직도 계속하여 개편되어 왔으며, 조직 개편이 이루어질 때마다 사업본부가 분할되거나 통폐합되기도 하여 동일한 과세기간 중에도 사업본부의 개수나 조직구조가 달랐던 점, 부가가치세법상 사업 구분은 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류를 따르도록 되어 있고(부가가치세법 시행령 제4조 제1항), 한국표준산업분류상 종합 건설업은 건물 건설업, 토목 건설업으로 구분되고, 건물 건설업 중 주거용 건물 건설업도 단독 주택 건설업, 아파트 건설업, 기타 공동 주택 건설업으로 구분될 뿐 재건축·재개발 관련 건설업을 별도의 사업으로 분류하고 있지 않은 점 등을 고려하면, 재건축·재개발사업부분이 원고의 나머지 사업부분과 객관적이고 명확하게 구분되는 독립성을 지닌다고 보기 어렵다.

(2) 원고의 사업장 중 ‘재건축·재개발 사업부분’의 이 사건 부가가치세 과세기

간 중 각 해당 과세기간의 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 따라 이 사건 쟁점 용역비를 안분할 수 있다고 하더라도, 산정의 기준이 되는 총공급가액은 공통매입세액과 인과관계가 있는 사업의 총공급가액으로 한정되어야 한다고 봄이 상당한데, 피고가 이 사건 쟁점 안분비율을 산정함에 있어 이 사건 쟁점 용역비와 상당한 인과관계에 있는 재건축·재개발 사업 부분의 총공급가액만을 기준으로 산정한 것임을 인정할만한 자료가 부족하다.

(3) 이 사건 쟁점 용역비 지출에 따른 결과물들은 원고의 아파트 브랜드 자체에 대한 홍보, 원고의 건설 역량 등 원고 전체에 대한 홍보 내용도 담고 있는 점, 원고는 용역제공 업체들로부터 재건축·재개발이 아닌 일반 도급·개발 사업 부분과 관련된 신규 건축 사업 동향이나 시장조사 정보 등도 제공받아 부서 간에 그와 같은 정보들이 공유되기도 한 점 등을 고려하면, 이 사건 쟁점 용역비가 오로지 원고의 재건축·재개발사업 부분에 국한되어 지출된 것으로 단정할 수 없다.

(4) 원고가 수행한 재건축·재개발 사업 중 해당 정비구역 내에 주택과 근린생활시설을 포함하여 시공이 이루어진 정비사업이 존재할 뿐만 아니라, 재건축·재개발 사업에 있어 해당 정비구역에 건립될 건축물 전부(근린생활시설 및 부대시설 등 포함)를 시공하는 것이 일반적인 점을 더하여 살펴보면, 이 사건 쟁점 안분비율을 산정함에 있어 근린생활시설과 관련된 공급가액이나 공급면적을 제외할 합리적 이유를 찾기도 어렵다.

라. 소결

따라서 이 사건 법인세 부과처분 중 이 사건 쟁점 법인세 부과처분 부분은 위법하므로 별지1 ‘부과처분 목록’의 ‘정당세액’란 기재 법인세 부분을 초과하는 부분은 취소되어야 하고(당사자 사이에 다툼이 없는 사실 또는 변론 전체의 취지에 의하면, 이 사건 쟁점 법인세 처분사유가 위법하여 취소되는 경우 감액되어야 하는 2015 사업연도 법인세액은 000원임이 인정되므로, 위 금액에 한정하여 이 사건 쟁점 법인세 부과처분을 취소하기로 한다), 이 사건 부가가치세 부과처분 중 이 사건 쟁점 부가가치세 부과처분 부분도 위법하므로 별지1 ‘부과처분 목록’의 ‘정당세액’란 기재 각 부가가치세부분을 초과하는 부분 역시 취소되어야 한다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있으므로 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.