1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

피고가 원고에게 한 2021. xx. xx.자 2019년 제1기분 부가가치세 xxx,xxx,xxx원의 부과처분과 2021. xx. xx.자 2019 사업연도 x,xxx,xxx,xxx원의 소득금액변동통지처분을 각 취소한다.

1. 처분 경위

 가. 원고는 화장품 제조 및 판매업을 영위하는 법인으로, 2005. xx. xx. 강AA의 개인 사업자인 미◌◌(이하 ’미◌◌‘이라 한다)에서 출발하여 2011. xx. xx.경 동일 상호로 주식회사로 전환·설립되었다.

 나. 원고의 사내이사이자 각 xx.x%의 지분을 보유하고 있는 강BB, 강CC는 강AA의 자녀들로서, 강AA가 원고를 실질적으로 지배하고 있다.

 다. 2014. xx. xx.자로 작성된 ’다◌◌◌◌ 상표 양도, 양수 합의서(갑 제3호증)‘에 의하면, 원고는 소외 강AA와 사이에, 소외 강AA가 2009. xx.~xx.경 개발한 ’다◌◌◌◌’ 상표(이하 ‘이 사건 상표’라 한다)를 2009. xx.경부터 미◌◌이 사용하여 제품을 판매하였음을 쌍방 인정하고, 이 사건 상표를 부착한 제품의 매출이 x년 이상 계속 발생하고 x년간 매년 xx% 이상 신장되는 시점을 기준으로 원고와 강AA가 협의하여 상표권 사용료를 지급하되, 강AA가 상표 사용료 지급을 청구할 때에는 매년 이 사건 상표 사용 화장품 매출의 xx%를 초과할 수 없고, xx년 이내의 범위에서 일시금으로 사용료를 청구할 경우에는 추후 사용료 지급 청구권을 모두 포기하는 것으로 간주한다는 내용의 약정을 체결하였다(이하 ’이 사건 1차 약정‘이라 한다).

 라. 원고는 2014. xx. xx. 소외 김DD의 이 사건 상표권 등록 출원인 지위를 양수하였으나, 제3자의 이의신청으로 2017. xx. xx. 등록 취하서를 제출하였다.

 마. 원고는 2018. xx. xx. 이사회를 개최하여 2009. xx.부터의 이 사건 상표 사용료로 2017년까지의 매출 합계 xx,xxx,xxx,xxx원의 x.x%인 x,xxx,xxx,xxx원을 강AA에게 지급하되, 원고 소유의 ◌◌시 ◌◌읍 ◌◌리 ◌◌번지 xx,xxx㎡ 토지를 강AA가 운영하는 ◌◌법인◌◌ 주식회사에 지급하는 것으로 갈음하는 내용의 결의를 하고, 2018. xx. xx. ’상표권, 저작권 및 디자인권 사용료 지급 약정서‘를 체결하였다. 위 약정서에서는 이 사건 상표 사용료 x,xxx,xxx,xxx원 중 x,xxx,xxx,xxx원은 원고가 ◌◌법인◌◌ 주식회사에 매각하는 위 토지의 매각대금에서 현금으로 받게 되는 금액을 ◌◌법인◌◌ 주식회사가 강AA에게 직접 지급하고, 잔금 xxx,xxx,xxx원은 원고가 현금으로 강AA에게 지급하기로 약정하였다(을 제1호증, 이하 ’이 사건 2차 약정‘이라 한다).

 바. 원고와 강AA는 2019. xx. xx. 이 사건 상표를 포함한 지적재산권에 관하여 ’상표권, 저작권 및 디자인권 사용료 지급 약정서‘를 체결하였다(갑 제5호증, 이하 ’이 사건 3차 약정‘이라 한다). 이 사건 3차 약정의 주된 내용은 다음과 같다.

 사. 원고는 2019. xx. xx. 강AA의 개인사업자인 하◌◌◌으로부터 사용료 x,xxx,xxx,xxx원 상당의 세금계산서를 수취한 후 이를 2019년 제1기분 부가가치세 매입세액으로 공제하여 신고하였다(이하 ’이 사건 세금계산서‘라 한다).

 아. ◌◌지방국세청장은 이 사건 세금계산서는 ㉠ 부가가치세법상 용역의 공급시기 규정에 위배되고, ㉡ 사용료의 산정근거가 분명하지 않으며, ㉢ 개인이 출원하기 전에 존재하지 않는 무형자산에 대한 사용료를 지급하게 되는 모순이 있는 등 적법한 세금 계산서로 볼 수 없다는 의견으로 피고에게 처분을 지시하였고, 이에 피고는 이 사건 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제하여 2021. xx. xx. 원고에게 2019년 제2기 부가가치세 xxx,xxx,xxx원을 경정·고지하고, 이 사건 세금계산서의 공급대가 x,xxx,xxx,xxx원을 강AA에 대한 2019년 귀속 상여로 소득처분하여 2021. xx. xx. 원고에게 소득금액변동통지를 하였다(이하 부가가치세 경정처분 및 소득금액변동통지를 통틀어 ’이 사건 각 처분‘이라 한다).

 자. 원고는 이 사건 각 처분에 불복하여 심판청구를 하였으나, 이 사건 소송 중인 2022. xx. xx. 기각결정을 받았다.

[인정근거] 갑 제1 내지 6, 8, 9호증의 각 기재, 을 제1 내지 7호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장

 가. 이 사건 상표권이 등록·출원되지 않았다는 점만으로 거래의 대상이 되는 재화에 해당하지 않는다고 볼 수는 없고, 원고는 이 사건 상표를 부착하여 판매한 제품으로 상당한 매출을 올렸으므로, 그 대가를 지급하기 위한 이 사건 3차 약정 및 이 사건 세금계산서는 가공거래 및 허위의 세금계산서가 아니다. 따라서 이 사건 3차 약정이 가 공거래임을 전제로 한 이 사건 각 처분은 위법하다.

 나. 이 사건 3차 약정은 ’사용료‘라는 그 표현에도 불구하고 일시금을 지급하고 원고에게 상표권을 확정적으로 귀속시키는 것을 내용으로 하므로, 그 실질은 ’재화의 양도‘에 해당한다. 그런데 이 사건 3차 약정은 강AA가 개발한 상표에 관한 일체의 권리를 원고에게 양도하되, 계약에서 정한 매출 조건이 성취되면 대가를 지급하고 이를 양도 하기로 한 것이므로 부가가치세법 제15조 제2항 및 같은 법 시행령 제28조 제2항에 따라 ’조건이 성취된 때‘를 공급시기로 보아야 한다. 설령 이 사건 3차 약정을 ’권리 등 재화를 사용하게 하는 것‘으로서 용역의 공급이라고 보더라도, 부가가치세법 제16조 제2항의 ’조건부로 용역을 공급하는 경우‘로서 같은 법 시행령 제29조 제2항 제1호의 ’역무의 제공이 완료되는 때 또는 대가를 받기로 한 때를 공급시기로 볼 수 없는 경우‘에 해당하여 ’역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때‘를 용역의 공급시기로 보거나, 같은 법 시행령 제29조 제1항 제4호의 ’공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우‘로서 ’대가를 받기로 한 때‘를 용역의 공급시기로 보아야 한다. 따라서 이 사건 세금계산서는 부가가치세법상 재화 및 용역의 공급시기에 관한 규정에 위배되지 않는다.

3. 판단

 가. 관련 법리

    일반적으로 세금부과처분취소소송에 있어서 과세요건 사실에 관한 입증책임은 과세권자에게 있다 할 것이나 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건 사실이 추정되는 사실이 밝혀지면 상대방이 문제로 된 당해 사실이 경험칙 적용의 대상 적격이 되지 못하는 사정을 입증하지 않는 한 당해 과세처분을 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수는 없다(대법원 2004. 4. 27. 선고 2003두14284 판결).

    한편 법인세법 제19조 제1항, 제20조 제1호에 의하면 이익처분에 의하여 손비로 계상한 금액을 원칙적으로 손금에 산입하지 않도록 하고 있고, 제26조 제1호는 인건비 중 대통령령이 정하는 바에 따라 과다하거나 부당하다고 인정되는 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 않도록 규정하고 있으며, 그 위임에 따라 법인세법 시행령 제43조 제1항은 ‘법인이 그 임원 또는 사용인에게 이익처분에 의하여 지급하는 상여금은 이를 손금에 산입하지 아니한다’고 규정하고 있다.

    법인이 해당 법인의 영업과 관련하여 임원 또는 직원이 발명, 고안, 창작한 특허권, 디자인권 기타 지적재산권을 취득하면서 해당 임원 또는 직원에게 지급하는 대가는 법인의 사업수행을 위하여 지출하는 비용으로서 원칙적으로 손금산입의 대상이 된다. 하지만 앞서 본 규정들의 문언과 법인의 소득을 부당하게 감소시키는 것을 방지하기 위한 구 법인세법 제26조, 구 법인세법 시행령 제43조의 입법 취지 등에 비추어 보면, 법인이 지배주주인 임원(그와 특수관계에 있는 임원을 포함한다)에게 대가를 지급 하였더라도, 그 대가가 법인의 영업이익에서 차지하는 비중과 규모, 해당 지적재산권의 가치평가의 적절성, 영업이익 변동과의 연관성, 다른 주주들에 대한 배당금 지급 여부, 법인의 소득을 부당하게 감소시키려는 주관적 의도 등 제반 사정을 종합적으로 고려할 때, 해당 대가가 임원 또는 직원의 직무집행에 대한 정상적인 대가라기보다는 주로 법인에 유보된 이익을 분여하기 위하여 대외적으로 대가의 형식을 취한 것에 불과하다면, 이는 이익처분으로서 손금불산입 대상이 되는 상여금과 실질이 동일하므로 구 법인세법 시행령 제43조에 따라 손금에 산입할 수 없다고 보아야 한다.

    또한 증명의 어려움이나 공평의 관념 등에 비추어, 위와 같은 사정이 상당한 정도로 증명된 경우에는 대가 전체를 손금불산입의 대상으로 보아야 하고, 대가에 해당 지적재산권 가치의 일부 포함되어 있어 그 부분이 손금산입의 대상이 된다는 점은 대가 산정 경위나 구성내역 등에 관한 구체적인 자료를 제출하기 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다(대법원 2017. 9. 21. 선고 2015두60884 판결 등 참조).

 나. 소득금액변동통지의 적법여부

    앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들을 고려하면, 원고가 강AA로부터 이 사건 상표권을 포함한 상표권들을 양수하면서 대가로 지급한 돈은 실질에 있어 원고에게 유보된 이익을 특별히 분여한 이익처분으로서 손금불산입 대상이 되는 상여금과 동일한 성질의 것으로 보이고, 원고가 제출한 증거들만으로는 이 사건 상표권이 정당한 양도가액으로 양도되었다는 점을 인정하기 어려우므로, 이 사건 소득금액변동통지 처분은 적법하다.

    ① 원고의 전신인 개인사업자 미◌◌은 강AA가 실질적으로 설립·운영하던 사업체이고(갑 제4호증 이사회 회의록 1면 참조), 원고 역시 강AA가 자녀인 강BB, 강CC를 통해 xx%의 지분을 보유하면서 실질적으로 지배하는 특수 관계에 있다.

    ② 이 사건 2, 3차 약정은 이 사건 상표권의 사용료(양수대금)를 원고의 약 x년 동안의 매출 합계 xx,xxx,xxx,xxx원의 x.x%인 x,xxx,xxx,xxx원으로 정하였는데, 이 사건 상표권이 실제로 xx억 이상의 가치를 가진다는 점을 뒷받침할만한 객관적인 자료가 존재하지 않고, 원고가 이를 바탕으로 이 사건 상표권의 가치를 객관적으로 평가하여 양수대금을 산정하였다는 등의 사정도 존재하지 않는다. 특히, 원고는 2014. xx. xx. 이 사건 상표권의 등록 출원인의 지위를 양수하였으나 이 사건 상표는 출원 당시 외국의 수요자에게 특정인의 상품을 표시한 것이라고 인식되어 있던 선사용 상표들과 동일·유사한 상표라는 이유로 무효라는 취지의 판결(특허법원 2017. xx. xx. 2016허xxxx판결, 대법원 2017. x. xx. 2017후xxxx 판결)을 받고 2017. xx. xx. 출원을 취하하였는데, 유사한 선사용상표가 존재하여 상표권 등록이 불가능하고 향후 사용과정에서 법적 분쟁이 발생할 여지가 있는 상표권이 xx억 원 이상의 가치를 가진다는 것은 선뜻 납득하기 어렵다.

    ③ 이 사건 각 약정의 내용은 원고가 설립되기 이전인 미◌◌이 사용하던 2009. xx.경부터의 사용료도 모두 원고가 지급한다는 것인데, 미◌◌은 강AA가 실질적으로 운영하던 개인사업체였음에도 원고가 설립되기 이전의 미◌◌의 사용료까지 모두 지급 한다는 것은 거래관행상 납득하기 어렵다.

    ④ 이 사건 2, 3차 약정은 양수목적물인 지적재산권의 등록이 무효가 되거나 사용이 불가능하게 되더라도 사용료의 반환을 구하거나 계약을 해제할 수 없는 등 원고에게 일방적으로 불리한 내용으로 작성되어 있다.

    ⑤ 원고는 2018. xx. xx. 이사회 결의를 통해 이 사건 상표권의 사용료 x,xxx,xxx,xxx원의 지급에 갈음하여 원고 소유의 ◌◌시 ◌◌읍 ◌◌리 ◌◌번지 xx,xxx㎡ 토지를 강AA가 운영하는 ◌◌법인◌◌ 주식회사에 이전한다고 결의하고, 이 사건 2차 약정에서 ◌◌법인◌◌ 주식회사가 원고에게 지급할 토지 매매대금 중 x,xxx,xxx,xxx원을 강AA에게 직접 지급하고 나머지는 원고가 현금으로 지급한다고 약정하였다가, 이 사건 3차 약정에서는 x억 원은 강AA의 원고에 대한 단기차입금과 상계하고, ◌◌법인◌◌ 주식회사로부터 받을 토지 매매대금 중 x,xxx,xxx,xxx원을 강AA에게 직접 지급하도록 하는 방법으로 대금을 지급하고, 나머지 xx,xxx,xxx원을 현금으로 지급하는 것으로 약정하였다. 이와 같은 약정 내용에 비추어보면 원고의 자산을 강AA가 운영하는 다른 법인을 통하여 강AA에게 현금으로 유출할 목적으로 이 사건 각 약정을 체결한 것이 아닌지 의심된다.

    ⑥ 원고는 2014. xx. xx. 이 사건 1차 약정을 체결하였다고 주장하였으나, 이 사건 1차 약정서에 기재된 원고의 주소는 2015. xx. xx. 이후의 주소이므로 2014. xx. xx. 무렵에 위와 같은 합의가 실제로 존재하였는지도 확인하기 어렵다.

 다. 부가가치세부과처분의 적법여부

   1) 이 사건 세금계산서가 공급시기에 관한 규정에 반하여 작성된 것인지 여부

     앞서 인정한 사실에 의하면, 이 사건 2, 3차 약정은 제목이 ‘상표권, 저작권 및 디자인권 사용료 지급 약정서’이고 ‘2009. xx.부터 2017.까지의 이 사건 상표권의 사용료를 지급하기 위해 체결하였다’는 취지로 기재되어 있으며, 강AA에게 지급할 대가를 ‘사용료’라고 표현하고 있기는 하다. 그러나 위 약정 제4조에서 ‘사용료를 완납 받은 후에는 강AA가 원고에게 향후 사용료를 청구할 수 없다’고 규정하고 있는 점, 제5조 제1, 2항에서 ‘과거 사용료 지급을 완납한 후에는 각 지적재산권 및 강AA가 출원 중인 지적재산권의 출원인 지위를 원고에게 양도한다’고 규정하고 있는 점, 제6조에서 ‘각 지적재산권 및 그 지위 양도 등이 무효, 취소가 되어 등록이 유효하지 않게 되는 경우에도 본 계약에 따른 갑과 을의 권리, 의무 관계에는 아무런 영향을 미치지 못한다.’고 규정하고 있는 점, 이 사건 3차 약정은 이 사건 1차 약정을 기초로 구체적인 대금을 정하기 위하여 체결되었는데 이 사건 1차 약정은 그 제목이 ‘다◌◌◌◌ 상표 양도 양수 합의서’인 점 등을 종합하면, 거래의 실질은 강AA가 가진 상표권을 원고에게 완전히 이전하는 것으로서 ‘재화의 공급’에 해당한다고 봄이 상당하다.

     그런데 앞서 본 바와 같이 이 사건 각 약정은 ‘이 사건 상표를 부착한 제품의 매출이 x년 이상 계속 발생하고 x년간 매년 xx% 이상 신장되는 시점을 기준으로 원고와 강AA가 협의하여 상표권 사용료를 지급’하는 것으로서, 매출에 관한 조건이 달성되지 않을 경우 대금 지급 및 이에 따른 상표권 양도가 이루어지지 않게 된다. 따라서 이 사건 상표권 양도는 조건부인 이 사건 1차 약정에 기한 합의 및 조건이 달성된 후 이 사건 2차 약정에 따른 대금 확정으로 인하여 양도된 것이므로, 조건부 재화의 공급으로서 부가가치세법 제15조 제2항 및 같은 법 시행령 제28조 제2항에 따라 조건이 성취된 2018. xx. xx.을 공급시기로 봄이 상당하다. 따라서 이 사건 세금계산서는 공급시기 이후 발급받은 세금계산서에 해당한다(원고는 이 사건 3차 약정이 최종적인 약정이므로 이 사건 3차 약정에 의하여 조건이 성취되었다는 취지로 주장하나, 매출조건성취 및 대금 확정, 상표권 양도와 관련한 합의는 이미 이 사건 2차 약정 시 이루어졌고, 이 사건 3차 약정은 다만 구체적인 대금지급방법을 달리 규정한 것으로 보이므로 이 사건 3차 약정으로 비로소 조건이 성취되었다는 원고의 주장은 이유 없다).

   2) 이 사건 세금계산서가 거래의 실질과 일치하지 아니하는지 여부

     앞서 살펴 본 바와 같이 이 사건 각 약정은 실질에 있어 원고에게 유보된 이익을 강AA에게 분배하기 위하여 체결된 것으로 보이고, 이 사건 3차 약정이 강AA가 운영하는 하◌◌◌으로부터 정당한 상표권의 대가를 지급하고 이 사건 상표권을 양수한 거래라고 보기 어렵다. 따라서 이 사건 세금계산서는 사실과 다르게 기재된 세금계산서로서 부가가치세법 제39조 제1항 제2호에 따른 매입세액 불공제 대상이라고 봄이 상당하므로, 이 사건 세금계산서의 매입세액을 공제하지 아니한 이 사건 부가가치세 경정처분은 적법하다.

 라. 소결론

   따라서 이 사건 각 처분은 모두 적법하다.

4. 결 론

 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각한다.