주 문

1. 제1심판결을 다음과 같이 변경한다.

가. 피고가 2019. 12. 3. 원고에게 한 2018년 귀속 양도소득세 234,266,519원의 부과

처분 중 184,808,537원을 초과하는 부분을 취소한다.

나. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

2. 소송총비용 중 1/2은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청구취지 및 항소취지

제1심판결을 취소한다. 피고가 2019. 12. 3.¹⁾ 원고에게 한 2018년 귀속 양도소득세

234,266,519원²⁾의 부과처분 중 150,000,000원을 초과하는 부분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2000. 1. 18. 00 00구 00동 000-00 대 000.0㎡ 및 그 지상 건물(이하 건물과 대지를 통틀어 ‘이 사건 부동산’이라 하고, 건물만을 지칭할 때는 ‘이 사건 건물’이라 한다)을 매수하였다. 원고는 2018. 10. 2. 김BB과 박CC에게 이 사건 부동산을 4,970,000,000원에 매도하였다(이하 ‘이 사건 양도’라 한다).

나. 원고는 2018. 12. 28. 이 사건 양도에 관하여 이 사건 부동산의 취득가액은 소득세법 제97조 제1항 제1호 나목에 따른 환산취득가액인 1,656,729,850원으로, 기타 필요경비를 32,573,939원으로 하여 2018년 귀속 양도소득세 928,074,686원을 신고․납부하였다.

다. 피고는 2019. 9. 6.부터 2019. 10. 11.까지 원고에 대한 세무조사를 실시하여 이사건 부동산의 취득가액을 1,017,642,898원으로 확인하고, 기타 필요경비는 인정하지않았다. 피고는 2019. 12. 3. 원고에게 2018년 귀속 양도소득세 234,266,519원(가산세 36,798,217원 포함)을 추가로 부과․고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2020. 2. 28. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2021. 3. 11. 원고의 청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 7호증, 을 제1, 2, 3호증, 변론 전체의 취지

2. 원고 주장의 요지

원고는 이 사건 부동산을 취득한 후 이 사건 건물에 리모델링 공사를 하면서 엘리베이터와 냉난방시스템을 설치하였는데, 그 설치공사비는 1억 5천만 원을 상회한다. 원고가 지출한 공사비는 자본적 지출액으로서 양도소득세 과세표준 계산 시 필요경비로 인정되어야 한다. 따라서 이 사건 처분 중 1억 5천만 원을 초과하는 부분은 취소되어야한다.

3. 관계 법령

별지 1과 같다.

4. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 관련 법리

과세처분의 적법성에 대한 증명책임은 과세관청에게 있으므로 과세소득확정의 기초가 되는 필요경비도 원칙적으로 과세관청이 그 증명책임을 부담하나, 필요경비의 공제는 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 필요경비의 기초가 되는 사실관계는 대부분 납세의무자의 지배영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 증명이 곤란한 경우가 있으므로 그 증명의 곤란이나 당사자 사이의 형평을 고려하여 납세의무자로 하여금 증명케 하는 것이 합리적인 경우에는 증명의 필요를 납세의무자에게 돌려야 한다. 다만 경험칙상 필요경비의 발생이 명백한 경우에 있어서는 납세의무자의 증명이 없거나 불충실하다 하여 필요경비를 영(0)으로 보는 것은 경험칙에 반하므로, 과세관청이실지조사가 불가능한 경우에 시행하는 추계조사의 방법에 의하여 산정이 가능한 범위내에서는 과세관청이 그 금액을 증명하여야 하고 납세의무자가 이보다 많은 필요경비를 주장하는 경우에는 납세의무자에게 그 증명의 필요가 돌아간다(대법원 1992. 7. 28.선고 91누10909 판결 참고).

나. 엘리베이터와 냉난방시스템의 설치 여부 및 시기

앞서 든 증거에 갑 제2, 3, 6호증 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사실 및 사정을 종합하면, 원고는 2006. 10. 2. 무렵 이 사건 건물에 엘리베이터를 설치하고, 2011. 9. 1. 무렵 이 사건 건물에 냉난방시스템을 설치하였다고 봄이 타당하다.

1) 이 사건 건물에 관한 일반건축물대장에는 2006. 10. 2. 승강기승용 1대가 추가되었다는 취지로 기재되어 있다. 이 사건 건물 내부를 촬영한 사진(갑 제2호증)에 따르면 이 사건 건물에는 엘리베이터 1대가 설치되어 있다. 원고는 이 사건 건물의 소유자로서 2006. 10. 2. 무렵 이 사건 건물에 엘리베이터를 설치하였다고 봄이 타당하다.

2) 원고가 사용하는 은행 계좌(749-910208-07307)의 거래내역(갑 제6호증)에는 2010. 12. 3. 냉난방기설치 2,000만 원, 2010. 12. 8. 안과냉난방기설치 1,500만 원, 2011. 6. 28. 진준호방배시스템 1,500만 원, 2011. 9. 1. 방배병원 에어콘설(치) 500만원이 각각 기재되어 있다. 이 사건 건물 내부를 촬영한 사진에 따르면 이 사건 건물의 개별 방실마다 천장형 냉난방시스템을 설치하는 공사가 이루어졌음을 알 수 있다. 여기에 이 사건 건물이 서울 서초구 방배동에 소재하고 이 사건 건물에는 병원이 입점하여 운영되고 있었다는 점을 고려하면, 앞서 본 송금 내역은 원고가 이 사건 건물에 냉난방시스템을 설치하면서 공사업자에게 그 대금을 지급한 것으로 봄이 자연스럽다. 원고가 냉난방시스템을 설치한 구체적인 일자를 특정하기는 어려우나, 원고의 송금 내역에 비추어 보았을 때 원고는 최종 송금일자인 2011. 9. 1.경 공사업자에게 공사대금 중 일부 또는 잔금을 지급하였을 것으로 보이므로, 원고는 2011. 9. 1. 무렵 이 사건 건물에 냉난방시스템을 설치하였다고 봄이 타당하다.

다. 필요경비의 공제 여부 및 그 금액

1) 구 소득세법(2018. 12. 31. 법률 제16104호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제97조 제1항 제2호는 자본적 지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것은 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비로 규정하고 있고, 구 소득세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29523호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제163조 제3항 제1호, 제67조 제2항 제2호는 ‘자본적 지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것’의 하

나로 엘리베이터 또는 냉난방장치의 설치를 들고 있다. 앞서 본 듯이 원고는 2006. 10. 2. 무렵 이 사건 건물에 엘리베이터를 설치하고, 2011. 9. 1. 무렵 이 사건 건물에 냉난방시스템을 설치하였으므로, 원고가 엘리베이터와 냉난방시스템을 설치하면서 지출한 비용은 자본적 지출액으로서 양도가액에서 공제할 필요경비에 해당한다.

2) 제1심법원의 감정인 최DD에 대한 감정촉탁결과에 따르면, 감정인 최DD는 2006. 10. 2. 기준 엘리베이터 설치공사비용을 63,885,000원(부가가치세 별도)으로 산정하고, 2010. 12. 3. 기준 냉난방시스템 설치공사비용을 77,915,000원(부가가치세 별도)으로 산정하였다. 앞서 본 듯이 원고가 이 사건 건물에 냉난방시스템을 설치한 시기는 2011. 9. 1. 무렵이므로, 감정인 최DD가 감정한 냉난방시스템 설치공사비용이 실제 비용에 부합한다고 보기 어려운 측면은 있다. 그런데 감정인 최DD는 2014년 기준 냉난방시스템 설치공사비용을 82,816,000원으로 산정하고, 이에 연 2%의 물가상승률을반영하여 2010. 12. 3.을 기준으로 한 비용 77,915,800원을 산정하였으므로[2010. 12. 3. 기준 비용 = 2014년 기준 비용 ÷ (1 + 0.02)기간], 냉난방시스템 설치공사비용에 관한 감정가는 실제 냉난방시스템이 설치된 2011. 9. 1. 무렵을 기준으로 한 감정가보다 적게 산정된 것이다. 감정인 최DD가 2010. 12. 3.을 기준으로 공사비용을 산정한 것은 원고 스스로가 감정신청을 하면서 ‘2010. 12. 3. 기준 냉난방시스템 설치공사비’를 감정하여 달라고 요청하였기 때문이므로, 냉난방시스템의 설치공사비용은 감정가를 그대로 반영하여 산정하기로 한다.

3) 따라서 원고에 대한 양도소득세 산정 시 반영하여야 할 필요경비는 141,800,000원(= 엘리베이터 설치공사비용 63,885,000원 + 냉난방시스템 설치공사비용 77,915,000원)이다[원고는 2010. 12. 3.부터 2011. 9. 1.까지 설치공사비용에 관한 부가가치세를 별도로 신고하지 않았고, 원고 스스로도 엘리베이터와 냉난방시스템을 설치하면서 공사업자에게 공사비를 현금으로 지급하였다고 주장하고 있으므로(소장 3면), 부가가치세는 별도로 공제하지 않는다].

라. 피고의 주장에 대한 판단

피고는 ① 원고가 엘리베이터와 냉난방시스템 설치에 지출한 비용을 증빙할 수 있는 객관적인 증명서류를 제출하지 않았으므로 그 설치비용이 필요경비로서 양도가액에서 공제될 수 없고, ② 원고의 감정신청에 따라 산출된 공사비용 감정가는 신뢰할 수 없으며, ③ 양도가액에서 공제할 자본적 지출액에 관하여 감정평가액을 인정한다는 소득세법 및 관련 법령상 근거 규정이 없음에도 감정가에 기초하여 필요경비를 인정한다면 조세법률주의 원칙에 위반된다는 취지로 주장한다. 그러나 피고의 주장은 다음과 같은 이유로 받아들이기 어렵다.

1) 과세처분의 적법성에 대한 증명책임은 과세관청에게 있으므로 과세소득확정의 기초가 되는 필요경비도 원칙적으로 과세관청이 증명책임을 부담한다. 필요경비의 공제에 관하여는 증명의 곤란이나 당사자 사이의 형평을 고려하여 납세의무자가 증명책임을 부담하는 경우도 있지만, 앞서 가.항에서 본 듯이 경험칙상 필요경비의 발생이 명백한 경우에도 필요경비를 영(0)으로 보는 것은 경험칙에 반하므로, 과세관청으로서는 실지조사가 불가능한 경우에 시행하는 추계조사의 방법에 의하여서라도 산정이 가능한 범위에서는 그 금액을 증명할 필요가 있다. 따라서 실지조사에 따라 필요경비의 구체적 금액을 산정하기 어려운 경우에는 감정결과에 따라 금액을 산정하는 것도 허용된다고 봄이 타당하고(대법원 2010. 2. 11. 선고 2007두15384 판결 참조), 이처럼 보는 것이 실질과세 및 공평의 원칙에 부합한다.

2) 구 소득세법 시행령 제163조 제3항은 “법 제97조 제1항 제2호에서 ‘자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것’이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2 제2항에 따른 증명서류를 수취․보관하거나 실제 지출사실이 금융거래 증명서류에 의하여 확인되는 경우를 말한다.”라고 규정하면서 자본적 지출액에 관하여 추계조사의 방법을 규정하고 있지 않다. 그런데 소득세의 과세표준과 세액은 실지조사의 방법에 의하여 밝혀진 실액에 의하여 결정하는 것이 원칙이므로, 구 소득세법 제163조 제3항은 자본적 지출액을 객관적으로 증빙할 수 있는 서류에 의하여 인정하여야 한다는 원칙을 재확인한 것으로 이해할 수 있고, 이 사건과 같이 구체적인 자본적 지출액을 산정하는 것이 실질적으로 불가능한 경우에까지 추계조사 방법을 허용하지 않는 취지라고 단정하기는 어렵다.

3) 구 소득세법은 사업소득금액 또는 기타소득금액의 필요경비의 지출에 대한 증명서류를 확정신고기간 종료일부터 5년간 보관하여야 한다고 규정하면서도(제160조의2 제1항), 양도소득금액의 필요경비의 지출에 대한 증명서류를 보관할 의무는 규정하고 있지 않다. 나아가 이 사건의 경우 원고는 2006년경 및 2011년경 엘리베이터와 냉난방시스템을 설치하고 그로부터 5년이 지난 2018. 10. 2. 이 사건 부동산을 매도하였으므로, 원고가 엘리베이터와 냉난방시스템 설치공사비용의 지출에 대한 증명서류를 보관하지 않고 있는 것을 원고의 탓으로 돌리기는 어렵다.

4) 앞서 본 감정인 최DD의 설치공사비용에 관한 감정가가 엘리베이터와 냉난방시스템의 설치공사에 지출한 실제 비용이 아님은 명백하지만, 필요경비의 구체적 금액을 확인할 수 없는 경우에는 합리적인 방법에 따라 실제 비용에 최대한 근사한 금액을 산정할 필요가 있다. 그런데 구 소득세법 시행령 제176조의2 제3항은 양도가액 또는 취득가액의 실지거래가액을 확인할 수 없어 추계결정 또는 경정하는 경우에는 ① 매매사례가액, ② 감정가액, ③ 환산취득가액, ④ 기준시가의 순으로 가액을 산정할 수 있다고 규정하고 있으므로, 감정에 의한 가액 산정도 합리적인 방법으로 볼 수 있다. 특히 이 사건 건물과 유사한 규모의 건물에서 이루어지는 엘리베이터와 냉난방시스템의 설치공사에 관한 사례가액을 확인하기는 어려워 보이므로, 원고가 실제로 지출한 공사비용을 확인할 수 없는 이 사건의 경우에는 감정가액을 설치공사비용으로 보는 것이 원고가 지출한 실제 비용에 최대한 근사한 가액을 산정하기 위한 합리적인 방법이다.

마. 소결론

따라서 이 사건 부동산에 대한 양도소득세는 앞서 본 공사비 141,800,000원을 필요경비에 반영함으로써 별지 2 표의 ‘정당한 세액’란과 같이 계산하여야 한다. 이에 따라 산출한 정당한 양도소득세액(가산세액 포함)은 별지 2 표의 ‘정당한 세액’ 중 ‘차감고지세액’란에 기재된 것처럼 184,808,537원이므로, 이 사건 처분 중 이를 초과하는 부분은 위법하다.

5. 결론

그렇다면 원고의 청구는 앞서 인정한 범위 내에서 이유 있으므로 인용하여야 하고 나머지 청구는 이유 없으므로 기각하여야 하는데, 제1심판결은 이와 결론을 달리하여 부당하다. 원고의 항소를 일부 받아들여 제1심판결을 변경하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

별지 1

관계 법령

▣ 구 소득세법(2018. 12. 31. 법률 제16104호로 개정되기 전의 것)

제94조(양도소득의 범위)

① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 토지[「공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률」에 따라 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득

제95조(양도소득금액)

① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

⑤ 양도소득금액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제96조(양도가액)

① 제94조 제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자간에 실지거래가액에 따른다.

제97조(양도소득의 필요경비 계산)

① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액. 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한하여 나목의 금액을 적용한다.

가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액

나. 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것

제114조(양도소득세과세표준과 세액의 결정‧경정 및 통지)

① 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제105조에 따라 예정신고를 하여야 할 자 또는 제110조에 따라 확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 경우에는 해당 거주자의 양도소득과세표준과 세액을 결정한다.

⑦ 제4항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액·매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다.

■ 구 소득세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29523호로 개정되기 전의 것)

제67조(즉시상각의 의제)

② 제1항에서 "자본적 지출"이라 함은 사업자가 소유하는 감가상각자산의 내용연수를 연장시키거나 당해 자산의 가치를 현실적으로 증가시키기 위하여 지출한 수선비를 말하며, 다음 각호의 1에 규정하는 것에 대한 지출을 포함하는 것으로 한다.

1. 본래의 용도를 변경하기 위한 개조

2. 엘리베이터 또는 냉난방장치의 설치

3. 빌딩 등의 피난시설 등의 설치

4. 재해 등으로 인하여 건물ㆍ기계ㆍ설비 등이 멸실 또는 훼손되어 당해 자산의 본래 용도로의 이용가치가 없는 것의 복구

5. 기타 개량ㆍ확장ㆍ증설 등 제1호 내지 제4호와 유사한 성질의 것

제89조(자산의 취득가액등)

① 법 제39조 제2항의 규정에 의한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액에 따른다.

1. 타인으로부터 매입한 자산은 매입가액에 취득세ㆍ등록면허세 기타 부대비용을 가산한 금액

2. 자기가 행한 제조ㆍ생산 또는 건설등에 의하여 취득한 자산은 원재료비ㆍ노무비ㆍ운임ㆍ하역비ㆍ보험료ㆍ수수료ㆍ공과금(취득세와 등록면허세를 포함한다)ㆍ설치비 기타 부대비용의 합계액

3. 제1호 및 제2호의 자산으로서 그 취득가액이 불분명한 자산과 제1호 및 제2호의 자산외의 자산은 해당 자산의 취득 당시의 기획재정부령이 정하는 시가에 취득세ㆍ등록면허세 기타 부대비용을 가산한 금액

제163조(양도자산의 필요경비)

① 법 제97조 제1항 제1호 가목에 따른 취득에 든 실지거래가액은 다음 각 호의 금액을 합한 것으로 한다.

1. 제89조 제1항을 준용하여 계산한 취득원가에 상당하는 가액(제89조 제2항 제1호에 따른 현재가치할인차금과 「부가가치세법」 제10조 제1항 및 제6항에 따라 납부하였거나 납부할 부가가치세를 포함하되 부당행위계산에 의한 시가초과액을 제외한다)

③ 법 제97조 제1항 제2호에서 "자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2 제2항에 따른 증명서류를 수취·보관하거나 실제 지출사실이 금융거래 증명서류에 의하여 확인되는 경우를 말한다.

1. 제67조 제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액

끝.