피고가 2020. 5. 22. 원고에게 한 2019년 귀속 양도소득세 18,439,870원 부과처분 및 2020. 8. 1. 원고에게 한 2020년 귀속 양도소득세 4,820,970원의 부과처분을 각 취소한다.

가. 원고는 2000. 7. 11. AA군을 상대로 한 토지교환가격 확인의 소(춘천지방법원 속초지원 00)에서 아래와 같은 내용의 강제조정결정을 받았다.

나. 원고는 2002. 5. 29. AA군과 사이에 위 강제조정결정 사항을 이행함에 있어, AA군이 원고에게 소유권이전하여야 할 위 BB리 토지 중 도로개설사업에 편입된 AA군 토성면 BB리 267-1 임야 141㎡(BB리 267 임야 817㎡에서 267-1 임야 141㎡,267-2 임야 7㎡가 분할되었다) 및 258-33 임야 448㎡(BB리 산81-5 임야 1,785㎡는 같은 리 258-32 임야 1,848㎡로 등록전환되었다가 258-32 임야 531㎡, 258-33 임야 307㎡, 258-34 임야 1,004㎡, 258-35 임야 6㎡로 분할되었다)에 대하여는 ‘현시점’에서 감정 평가하여 보상금을 지급받고, 나머지 5필지 토지(BB리 267, 267-2, 258-32, 258-34 및 258-35, 이하 ’이전대상토지‘라 한다)에 대하여는 소유권이전등기를 받기로 하는 내용의 ‘토지교환 및 보상이행약정’을 체결하고, 같은 날 이전대상토지에 관하여 매각대금을 94,927,500원으로 하여 ‘군유재산매매계약’을 체결하고 2002. 5. 31. 원고 앞으로 소유권이전등기를 마쳤다.

다. 원고 소유의 이전대상토지 중 일부가 2018년경 각 AA군이 시행하는 계획시설 개설공사(AA군 제00호 사업인정고시)에 편입됨에 따라, 위 BB리 258-32에서 분할된 258-46 임야 210㎡(이하 ‘이 사건 제1토지’라 한다)가 2019. 10. 24. 227,873,000원에, BB리 267에서 분할된 267-3 임야 116㎡(이하 ‘이 사건 제2토지’라 하고, 이 사건 제1토지와 합하여 ‘이 사건 각 토지’라 한다)가 2020. 2. 20. 110,142,000원에 각 수용되었다. 원고는 이 사건 각 토지의 양도소득세를 신고함에 있어 그 취득가액은 실지거래가액이 확인되지 않는다는 이유로 2019. 12. 19. 이 사건 제1토지의 경우 환산취득가액 84,497,114원으로 하여 양도소득세 17,281,710원을 신고납부하고, 2020. 4. 27. 이 사건 제2토지의 경우 환산취득가액 34,107,306원으로 하여 양도소득세 6,209,560원을 신고·납부하였다.

라. 피고는 이 사건 각 토지의 취득 당시 실지거래가액이 군유재산매매계약에 기재된 매각대금 94,927,500원에 의하여 별지1 취득가액 산정내역과 같이 확인된다며 이 사건 각 토지의 취득가액을 실지거래가액으로 하여야 한다는 이유로 원고에 대하여, 2020. 5. 22. 이 사건 제1토지의 취득가액을 10,818,242원으로 하여 2019년 귀속 양도소득세 18,439,870원(가산세 포함)을 경정·고지하였고, 2020. 8. 1. 이 사건 제2토지의 취득가액을 5,705,560원으로 하여 2020년 귀속 양도소득세 4,820,970원(가산세 포함)을 경정·고지하였다(이하 통틀어 ‘이 사건 처분’이라 한다).

마. 원고가 이에 불복하여 2020. 6. 25. 및 2020. 9. 22. 조세심판원에 각 심판청구를 하였으나, 2021. 5. 25. 심판청구가 모두 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 18호증, 을 제1, 2호증(가지번호가 있는 경우, 각 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재 및 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

이 사건 각 토지의 취득원인은 매매가 아닌 교환으로서 AA군과 작성한 군유재산 매매계약서 기재된 매각대금 94,927,500원은 실제 지급된 적이 없고, 위 금액은 위 강제조정결정에 앞서 1998년 5월경과 1997년 5월경을 각 가격시점으로 하여 감정평가법인들이 감정한 금액을 산술 평균한 금액에 불과하고, 2002. 5. 29. 군유재산매매계약서 작성 당시 시가감정이 없었다. 위 금액은 이전대상토지의 2002년도 개별공시지가 합계액 178,285,800원보다 현저히 적은 금액이고, 위 봉토리 토지 중 2002년경 도로에 편입되어 시가감정을 한 토지의 보상금을 이 사건 각 토지 면적으로 환산하여 계산한 337,018,640원보다도 적은 금액이므로 실지매매대금이 아니다. 따라서 피고가 이 사건 처분 당시 위 94,927,500원을 근거로 계산한 금액은 이 사건 각 토지의 실지거래가액으로 볼 수 없고, 이 사건 각 토지의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 해당하므로 이 사건 각 토지의 취득가액은 환산가액으로 산정하여야 한다.

나. 관계 법령

별지2 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 관계법리

구 소득세법(2020. 6. 9. 법률 제17339호로 개정되기 전의 것) 제97조 제1항 제1호, 제114조 제7항, 소득세법 시행령 제176조의2 제1항, 제3항1)에 의하면, 토지의 양도차익을 계산할 때 취득가액을 그 자산의 취득에 든 실지거래가액으로 하되, 취득 당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부ㆍ매매계약서, 영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비되어 증명서류로 토지 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액 또는 기준시가를 순차로 적용하여 산정한 가액에 의한다고 규정하고 있다. 여기서 실지거래가액이란 객관적인 교환가치를 반영하는 일반적인 시가가 아니라 실지의 거래대금 자체 또는 거래 당시 급부의 대가로 실지 약정된 금액을 의미하고(대법원 2011. 2. 10. 선고 2009두19465 판결, 대법원 2015. 10. 15. 선고 2011두24286 판결 등 참조), 거래가 교환인 경우에는 교환대상 목적물에 대한 시가 감정을 하여 그 감정가액의 차액에 대한 정산절차를 수반하는 등으로 목적물의 금전 가치를 표준으로 하는 가치적 교환의 경우에는 실지거래가액을 확인할 수 있다고 할 것이다(대법원 1999. 11. 26. 선고 98두1984 판결, 2012. 2. 9. 선고 2010두27592 판결 등 참조).

2) 인정사실

가) 원고는 1998. 7. 31. AA군과 사이에 원고 소유의 위 상리 토지와 AA군 소유의 위 BB리 토지를 상호 교환하기로 약정하였고, 2000. 7. 11. AA군을 상대로 한 민사소송에서 1998. 5. 20.과 1997. 5. 19.을 각 가격시점으로 하여 감정평가법인들이 감정한 금액을 산술 평균하여, 원고 소유의 위 상리 토지를 136,292,000원으로, AA군 소유의 위 BB리 토지를 111,979,000원으로 평가하여 각 교환을 원인으로 하여 상대방에게 소유권이전등기를 경료하여 주기로 하되, AA군은 원고에게 위 BB리 토지에 관하여 소유권이전등기를 경료하고 그 차액 24,313,000원을 지급하되, 위 BB리 토지에 관하여 소유권이전이 되지 않을 경우 111,979,000원을 지급한다는 내용의 강제조정결정이 있었다.

나) 이에 AA군은 2000. 9. 5. 위 BB리 토지를 111,979,000원으로, 위 상리 토지를 136,292,000원으로 각 가치를 확정한 다음, 그 차액인 24,313,000원을 원고에게 지급하고 원고로부터 위 상리 토지에 관하여 교환을 원인으로 소유권이전등기를 경료받았고, 2002. 5. 29. 원고와 사이에 ‘토지교환 및 보상이행 약정’을 통하여 교환대상인 위 BB리 토지 중 도로에 추가로 편입되는 BB리 267-1 및 258-33에 대하여는 보상금을 ‘현시점’에서 감정평가하여 지급하고, 이전대상토지는 소유권이전등기를 경료하되 보상금 지급과 이전등기가 경료된 시점에서 위 강제조정결정 사항의 이행이 완료된 것으로 한다고 약정함과 동시에 같은 날 원고와 사이에 이전대상토지를 매각대금 94,927,500원에 원고에게 매각한다는 취지의 ‘군유재산매매계약’을 체결하였다.

다) 이에 따라 이전대상토지에 관하여 2002. 5. 31. 원고 앞으로 소유권이전등기가 마쳐졌고, 원고는 94,927,500원을 취득가액으로 등록세신고를 마쳤으며, 그 무렵 위 도로에 편입된 BB리 267-1 및 258-33에 대하여 보상금 68,103,000원을 수령하였다.

라) 한편, AA군은 군유재산매매계약상의 매각대금 94,927,500원의 산정기준 및 근거에 대하여, 위 감정평가법인들에서 위 BB리 토지를 감정평가한 금액을 산술평균한 금액으로 강제조정결정에서 결정된 금액 중 도로에 편입된 BB리 267-1, 258-33 토지의 가격을 제외한 것이라고 답변하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 18호증, 을 제1, 2호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지

3) 구체적 판단

위 인정사실 및 앞서 거시한 증거에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음의 각 사정, 즉 ① 이 사건 각 토지의 취득원인은 AA군과 사이의 강제조정결정을 이행하기 위한 ‘토지교환 및 보상이행 약정’ 및 ‘군유재산매매계약’에 따른 것으로 교환이 그 취득원인이라고 봄이 상당한 점, ② 군유재산매매계약서에 이전대상토지의 매각대금을 94,927,500원이라고 구체적으로 기재하였고, 이를 전제로 원고가 등록세 등을 신고납부한 것으로 보아 당사자들은 이전대상토지의 금전적 가치를 94,927,500원으로 합의하였던 것으로 보이는 점, ③ 그런데 위 금액은 강제조정결정 당시 시가감정에 기하여 교환대상토지들의 금전적 가치를 표준으로 하여 그 차액에 대해 금전의 보충지급 등 정산절차까지 수반하여 산정된 금액을 전제로 한 것인 점, ④ 군유재산매매계약과 같은 날 체결된 ‘토지교환 및 보상이행 약정’에 의하면, 교환대상토지인 BB리 토지 중 도로에 편입된 토지의 보상금은 ‘현시점’에서 새롭게 감정하여 정하기로 약정한 반면 이 사건 각 토지를 포함한 이전대상토지에 대하여는 기존 강제조정결정에서 정한 감정평가금액의 가치를 그대로 인정하여 산정하였던 점, ⑤ 여기에 양도소득세 산정에 있어 실지거래가액은 거래 당시 급부의 대가로 당사자 사이에 실지 약정된 금액인 것이지 객관적인 시가를 의미하는 것이 아니므로, 약정한 금액이 양도대상 목적물의 일반적인 시가보다 현저히 낮은 금액이라거나 이후 시가 상승이 있어 시가를 제대로 반영하지 못한다 하여 달리 볼 것은 아닌 점 등 제반 사정을 종합하여 보면, 군유재산매매계약상의 매각대금은 이전대상토지 교환과 관련하여 목적물의 금전적 가치를 표준으로 산정한 금액이라 할 것이므로, 이를 전제로 이 사건 각 토지의 취득 당시 실지거래가액을 별지1 취득가액 산정내역과 같이 확인할 수 있으므로, 취득가액을 실지거래가액으로 한 이 사건 처분에는 위법이 없다.

3. 결론

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.