주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2021. 8. 6. 원고에 대하여 한 2016년 제2기분 부가가치세 2,480,000원 및 이에 대한 가산세 1,366,108원, 2017년 제2기분 부가가치세 26,716,365원 및 이에 대한 가산세 11,791,266원, 2018년 제1기분 부가가치세 3,072,700원 및 이에 대한 가산세1,189,287원, 2018년 제2기분 부가가치세 24,759,130원 및 이에 대한 가산세 8,216,316원, 2019년 제1기분 부가가치세 34,966,000원 및 이에 대한 가산세 9,991,534원, 2019년 제2기분 부가가치세 26,285,800원 및 이에 대한 가산세 6,282,306원, 2020년 제1기분 부가가치세 1,400,000원 및 이에 대한 가산세 270,900원, 2020년 제2기분 부가가치세 29,802,600원 및 이에 대한 가산세 4,410,784원의 부과처분을 모두 취소한다

이 유

1. 처분의 경위 등

가. 원고는 2001. 8. 13. 유기산 처리제 제조판매업 등을 목적으로 설립된 법인으로,김을 양식하는 어민들에게 김 양식용 활성처리제인 유기산과 영양물질 등을 제조하여판매하고 있다.

나. 원고는 2016년경부터 2020년경까지 판매한 유기산(제품명: ○○트라이크)과 영양물질(제품명: ○○노리)에 관하여 영세율을 적용한 세금계산서를 교부하고 다음과 같이 부가가치세 신고를 하였다.

다. 피고는, 원고가 ‘농ㆍ축산ㆍ임ㆍ어업용 기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율 및 면세 적용 등에 관한 특례규정(2021. 2. 17. 대통령령 제31459호로 개정되어 같은 날 시행된 것, 이하 ‘이 사건 특례규정’이라 한다)‘ 시행 전에는 위 영양물질이 영세율이 적용되는 어업용 기자재에 해당하지 않음에도 영세율을 적용하여 부가가치세를 착오 신고하였다는 이유로 2021. 8. 6. 원고에 대하여 다음과 같이 부가가치세를 경정ㆍ고지하는 처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다

라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2021. 11. 8. 심사청구를 하였고, 국세청장은2022. 2. 16. 원고의 심사청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증(가지번호 있는 경우 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장 요지

가. ‘김 양식어장 산처리제(활성처리제) 사용기준’ 고시(이하 ‘이 사건 고시’라 한다)의 제ㆍ개정 경과에 비추어 보면, 김 양식어장에서 잡조제거 등의 목적으로 사용하는 유기산 등의 물질을 당초 ‘산처리제’라고 부르다가 부정적인 어감을 없애기 위해 ‘활성처리제(유기산, 영양물질 등)’로 명칭만 변경하였고, 이 사건 특례규정도 2021. 2.경 이를 반영하여 영세율이 적용되는 어업용 기자재 중 ‘김 양식용 유기산’을 ‘김 양식어장활성처리제’로 용어만 변경하였다. 따라서 ‘김 양식어장 활성처리제’에 유기산뿐만 아니라 영양물질도 포함되어 있으므로, 영양물질 또한 영세율이 적용되는 어업용 기자재에 해당한다. 그리고 원고가 생산하는 ○○트라이크와 ○○노리는 구성 성분 함량에 다소 차

이가 있으나 두 제품 모두 유기산에 영양물질을 혼합하여 생산하고, 산업분류번호도‘석탄화학제 화합 및 기초유기화학물질 제조업(20119)’으로 동일하다는 점에서 별개의제품이 아닌 하나의 제품이고, 원고는 유기산이 함유되어 있다는 사실을 강조할 때는 ○○트라이크를, 수소이온농도(pH)를 강조할 때는 ○○노리를 상품명으로 사용하였을뿐이다.

따라서 이 사건 처분에는 영양물질도 활성처리제의 한 종류로서 영세율이 적용되는 어업용 기자재에 해당함에도 이를 과세대상으로 오해한 위법이 있다.

나. 설령, 김 양식어장 활성처리제 중 유기산만 영세율이 적용되는 어업용 기자재에 해당하고, 영양물질은 영세율 적용대상이 아니라고 하더라도, 원고는 이 사건 고시의제ㆍ개정 과정에서 영양물질을 주성분으로 하는 활성처리제도 영세율이 적용되는 어업용 기자재로 판단하고 세금계산서를 발행하는 등 부가가치세 신고의무를 이행하여, 영양물질에 대한 부가가치세 납부의무를 이행하지 않은 데 정당한 사유가 있다고 할 것이므로, 이 사건 처분 중 가산세 부분은 취소되어야 한다.

3. 관련 법령

별지 기재와 같다.

4. 판단

가. 이 사건 고시의 제ㆍ개정 경과

1) ‘김 양식어장 산처리제 사용기준(수산청 고시 제94-16호)’은 1994. 9. 5. 김 양식어장에서 해적생물구제와 병해방제용으로 사용하는 산처리제의 적정사용 기준 등에 대한 필요한 사항을 정하여 어장환경을 보호하고 김의 품질향상을 도모할 목적으로 제정되었다.

2) 1997. 9. 2. 해양수산부고시 제1997-78호로 개정된 고시는 “산처리제란 김 양식어장에서 잡조제거 등의 목적으로 사용되는 유기산을 주성분으로 하는 물질을 말한다.”라고 정의하고(제2조 제1호), 산처리제의 유기산 허용함유량을 20% 이상으로 규정하였다(제3조 제3항).

3) 2008. 6. 25. 농림수산식품부고시 제2008-31호로 개정된 ‘김 양식어장 활성처리제 사용기준’은 ‘산처리제’를 ‘활성처리제’로 용어를 변경하고(제2조 제1호), 활성처리제의 유기산 허용함유량을 20% 이상에서 15% 이상으로 변경하였다.

4) 2010. 10. 29. 농립수산식품부 고시 제2010-107호로 개정된 고시는 “활성처리제라 함은 김 양식어장에서 잡조제거 등의 목적으로 사용되는 유기산 또는 산성전해수를 주성분으로 하는 물질을 말한다.”라고 규정하여(제2조 제1호) 활성처리제의 주성분물질을 추가하였다.

5) 2014. 3. 11. 해양수산부고시 제2014-23호로 개정된 고시는 “활성처리제라 함은 김 양식어장에서 잡조제거, 병해방제, 성장촉진용으로 사용되는 유기산, 산성전해수 또는 영양물질을 주성분으로 하는 물질을 말한다.”라고 규정하여(제2조 제1호) 활성처리제의 용도 및 주성분 물질을 추가하고, “영양물질이란 김의 성장촉진을 위하여 김양식어장에서 사용하는 물질을 말한다.”라고 규정하였으며(제2조 제3호), 영양물질을 주성분으로 하는 활성처리제의 성분 허용함유량은 수소이온농도(pH)가 pH 5.8 이상pH 8.5 이하일 것으로 규정하였다(제4조 제1항 제3호).

6) 2017. 3. 6. 해양수산부고시 제2017-37호로 개정된 고시는 “활성처리제란 김양식어장에서 잡조제거, 병해방제, 성장촉진용으로 사용되는 유기산, 산성전해수, 영양물질 또는 고염수 중 어느 하나를 주성분으로 하는 물질을 말한다.”라고 규정하여(제2조 제1호) 활성처리제의 주성분 물질을 추가하고, 유기산을 주성분으로 하는 활성처리제의 유기산 허용함유량을 15% 이상에서 10% 이상으로 변경하였다.

나. 이 사건 특례규정의 제ㆍ개정 경과

1) 조세감면규제법 제73조 제4호 및 제5호에서 위임된 사항과 그 시행에 관하여 필요한 사항을 정함을 목적으로 1989. 2. 21. 대통령령 제12626호로‘농ㆍ어업용기자재에 대한 부가가치세 영세율 적용에 관한 특례규정’이, 위 특례규정에서 위임된 사항과 그 시행에 관하여 필요한 사항을 정할 목적으로 1989. 2. 23. 재무부령 제1778호로 ‘농ㆍ어업용기자재에 대한 부가가치세 영세율 적용에 관한 특례규정 시행규칙’이 각 제정되었다.

2) 위 특례규정 시행규칙은 1999. 9. 15. 재정경제부령 제105호로 일부개정 되면서 [별표 2] 영세율이 적용되는 어업용 기자재에 “30. 김 양식용 유기산”을 처음으로 포함하였다.

3) 위 특례규정 시행규칙에 있던 [별표 2] 영세율이 적용되는 어업용 기자재는 위 특례규정이 2001. 12. 31. 대통령령 제17465호로 전부 개정되면서 내용 변동 없이[별표 4] 영세율이 적용되는 어업용 기자재(제3조 제6항 관련)로 신설ㆍ이동되었다.

4) 2021. 2. 17. 대통령령 제31459호로 이 사건 특례규정이 일부 개정되면서 [별표 4] 영세율이 적용되는 어업용 기자재(제3조 제7항 관련) 중 “30. 김 양식용 유기산”이 “30. 김 양식어장 활성처리제”로 변경되었다.

다. 구체적 판단

1) 영양물질이 영세율이 적용되는 어업용 기자재에 해당하는지 여부

가) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 납세자에게 유리하다고 하여 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추 해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 등 참조).

나) 앞서 본 증거들과 갑 제7, 9호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사실 및 사정들을 종합하여 보면, 영양물질은 이 사건 특례규정 시행 이전에 영세율이 적용되는 어업용 기자재에 해당한다고 보기 어려우므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이유 없다.

○ 구 조세특례제한법(2021. 12. 28. 법률 제18634호로 개정되기 전의 것) 제105조제1항 제6호, 이 사건 특례규정 제3조 제7항 [별표 4]는 일부 어업용 기자재에 영세율을 적용할 수 있도록 함으로써 어민의 비용부담을 완화하기 위한 것이므로 조세 공평의 원칙상 엄격하게 해석되어야 하는데, 이 사건 특례규정이 시행된 2021. 2. 17. 이전에는 ‘30. 김 양식용 유기산’만을 그 적용대상으로 규정하고 있었고, 이 사건 특례규정의 시행으로 인하여 비로소 ‘30. 김 양식어장 활성처리제’로 그 범위가 확대되었다.

○ 이 사건 특례규정의 개정이유 ‘마. 부가가치세 영세율 적용 대상 어업용 기자재의 범위 확대(별표 4 제30호)’항에는 ‘어민의 영어비용 절감을 위하여 부가가치세 영세율 적용 대상을 원재료인 김 양식용 유기산에서 어민이 직접 공급받아 사용하는 완제품인 김 양식어장 활성처리제로 변경함’이라고 기재되어 있다. 따라서 이 사건 특례규정이 단순히 ‘김 양식용 유기산’을 ‘김 양식어장 활성처리제’로 용어만 변경하였다고 보기 어렵다.

○ 이 사건 고시의 제ㆍ개정 경과에 따르면, 당초 잡조제거, 병해방제용으로 사용되는 유기산을 주성분으로 하는 물질인 산처리제가 2008. 6.경 단순히 활성처리제로 용어만 변경되었다가 2014. 3경 성장촉진용으로 사용되는 영양물질을 주성분으로 하는 물질도 활성처리제에 포함되기 시작하였다. 유기산을 주성분으로 하는 활성처리제와 영양물질을 주성분으로 하는 활성처리제는 용도 및 성분 허용함유량이 다르므로, 영양물질을 주성분으로 하는 활성처리제가 영세율 적용 대상인 ‘김 양식용 유기산’에 해당한다고 볼 수 없다.

2) ○○트라이크와 ○○노리가 유기산과 영양물질이 모두 함유된 사실상 하나의 제품인지 여부

가) 갑 제7, 9호증의 각 기재 또는 영상에 의하면, ○○트라이크는 유기산을 주성분으로 하는 활성처리제로서 유기산이 10% 이상 함유되어 있고, 염소이온, 황산이온, 질산이온의 합계 함량은 8% 이상 9.5% 이하 함유된 제품인 사실, ○○노리는 ‘김을 검게 하고 윤기가 나며, 부드럽고 견고하여 성장과 수확을 증진시키는 영양제’로서 수소이온농도(pH)가 pH 5.8 이상 pH 8.5 이하를 충족하고, 유기산(구연산) 1.51%, 황산이온 2.9%, 염소이온 7.71%가 각 함유된 제품인 사실은 인정된다.

나) 그러나 위 인정사실만으로는 ○○트라이크(유기산)가 이 사건 고시에서 정한 영양물질을 주성분으로 하는 활성처리제의 성분 허용함유량 요건(수소이온농도가pH 5.8 이상 pH 8.5 이하일 것)을 충족하였다거나 ○○노리(영양물질)가 이 사건 고시에서 정한 유기산을 주성분으로 하는 활성처리제의 성분 허용함유량 요건(유기산 10%이상 함유할 것, 염소이온, 황산이온, 질산이온의 합계 함량은 8% 이상 9.5% 이하 일 것, 황산이온, 질산이온은 각 2% 이하일 것)을 충족하였다는 점을 인정하기 어렵고, 달리 이를 인정할 증거가 없으므로, 위 두 제품은 용도와 주성분이 구분되는 별개의 제품이라고 봄이 타당하다.

3) 부가가치세 납부의무를 이행하지 않은 데 정당한 사유가 있는지 여부가) 국세기본법 제48조 제1항은 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있다. 이에 따라 가산세를 면할 정당한 사유가 있는지가 문제될 때에는 가산세 부과의 근거가 되는 개별 법령 규정의 취지를 충분히 고려하면서, 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다거나 의무의 이행을 기대하는 것이 무리라고 할 만한 사정이 있어 납세의무자가 의무이행을 다하지 못한 것을 탓할 수 없는 경우에 해당하는지 여부에 따라 판단하여야 한다(대법원2016. 10. 13. 선고 2014두39760 판결 참조). 그리고 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고․납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의․과실은 고려하지 아니하는 것이고, 법령의 부지 또는 오인은 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없다(대법원 2002. 4. 12. 선고 2000두5944 판결 참조).

나) 앞서 본 증거들과 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 원고가 주장하는 사정만으로는 원고에게 납세의무 불이행에 대한 정당한 사유가 있다고 인정할 수 없으므로, 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

○ 관련 법령의 문언, 이 사건 고시의 제ㆍ개정 경과나 이 사건 특례규정의 제ㆍ개정 경과에 비추어 보면, 영양물질을 주성분으로 하는 활성처리제는 당초 영세율이 적용되는 어업용 기자재에 포함되지 않았으나 이 사건 특례규정의 시행으로 인하여 비로소 영세율 적용 대상에 포함되었다.

○ 원고는 이 사건 고시가 여러 차례 개정되면서 활성처리제 종류가 점차 증가하였음에도 새롭게 추가된 활성처리제(영양물질)가 영세율이 적용되는 어업용 기자재에 해당하는지 여부에 관하여 과세관청에 문의하는 등 조치를 취하지 않았고, 만연히 모든 활성처리제가 영세율이 적용되는 어업용 기자재인 ‘김 양식용 유기산’에 해당한다고 오인하였던 것으로 보인다.

○ 피고가 원용하는 대법원 판결(대법원 2018. 11. 29. 선고 2016두53180 판결)의 주된 쟁점은 본세 납부의무가 인정되지 않을 때 가산세 납부의무만을 따로 인정할 수 있는지 여부인데, 가산세 부과의 근거가 되는 법률 규정에서 본세의 세액이 유효하게확정된 것을 전제로 납세의무자가 법정기한까지 과세표준과 세액을 제대로 신고하거나

납부하지 않은 것을 요건으로 하는 무신고ㆍ과소신고ㆍ납부불성실 가산세 등은 신고ㆍ납부할 본세의 납부의무가 인정되지 않는 경우에 이를 따로 부과할 수 없다는 사례로서, 앞서 본 바와 같이 본세 납부의무가 인정되는 이 사건에 원용하기에 적절하지 않다.

5. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.