[주 문]

OOO서장이 2018.6.25. 청구법인에게 한 2013사업연도 법인세 OOO원의 부과처분은 구 사옥의 장부가액 중 OOO원을 손금에 산입하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구법인은 OOO 일대에 자신의 건물(이하 “구 사옥”이라 한다)을, 청구법인의 계열회사들[(주)AAA, (주)BBB, (주)CCC 및 (주)DDD, 이하 이를 통틀어 “계열회사들”이라 한다]도 그 주변에 건축물을 소유하고 있었다. 청구법인은 자신을 시행자로 하여 2012년 10월경 구 사옥과 계열회사들이 소유한 건축물을 철거하고 그 대상토지에 새로운 건물(이하 “신 사옥”이라 한다) 등을 신축하는 「도시 및 주거환경정비법」(이하 “도시정비법”이라 한다) 상 도시환경정비사업의 사업시행계획(‘OOO주변 제1구역 도시환경정비사업 사업시행계획’ 이하 “쟁점정비사업”이라 한다)을 수립하였고, OOO장은 2013.2.28. 쟁점정비사업의 사업시행인가를 고시하였으며, 2013년 8월경 쟁점정비사업의 관리처분계획을 인가하였다.

  이후 2013년 11월경 구 사옥은 철거되었고 2013.12.5. 이에 대한 멸실등기가 경료되었으며, 청구법인은 구 사옥이 철거될 당시 장부가액인 OOO원(이하 “쟁점손상차손”이라 한다)을 철거된 때가 속하는 회계연도에 손금(손상차손)으로 계상하였다.

나. OOO청장(이하 “조사관서”라 한다)은 2017.9.7.～11.27. 청구법인에 대한 세무조사를 실시하여, ‘「법인세법」에서 도시정비법에 의한 환지처분으로 발생하는 소득은 자산의 양도에 해당하지 않는 것으로 규정하고 있어 청구법인이 신사옥을 분양받은 경우 그 처분손익을 인식할 수 없으므로 청구법인이 구 사옥에 대한 손상차손으로 계상한 금액 중 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 손금불산입하여야 한다’는 등의 세무조사 내용을 처분청에 통보하였고, 이에 따라 처분청은 쟁점금액 등을 손금불산입하여 2018.6.25. 2013사업연도 법인세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2018.9.14. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

 (1) 처분청은 청구법인 등이 소유하였던 구 사옥 등을 사업시행자에게 제공하였다가 쟁점정비사업에 따라 새로이 조성된 신 사옥을 분양받은 것이므로 구 사옥과 관련한 쟁점손상차손은 손금에 산입되지 아니하고 신 사옥의 취득가액에 가산되어야 한다고 보았으나, 도시정비법 제2조 제8호와 같은 조 제9호에서 각 규정하는 사업시행자와 토지등소유자(이하 각 “사업시행자”와 “토지등소유자”라 한다)의 지위를 겸하고 있는 청구법인이 소유하였던 구 사옥은 ‘환지’의 대상이 아니므로 환지처분과 관련한 「법인세법」등 규정이 적용될 여지가 없다.

 「소득세법 시행령」제152조 제1항에서 ‘환지처분’을 사업시행자가 종전의 토지 또는 건축물 대신에 그 구역 내의 다른 토지 또는 건축물로 바꾸어 주는 것이라고 정의하고 있음에 비추어, 환지처분과 관련한 「소득세법」제88조 등이 적용되기 위해서는 청구법인이 구 사옥을 제3자에게 이전(양도)하고 그 대가로 신 사옥을 이전받는 ‘환지(교환)’가 이루어졌어야 하나, 청구법인은 구 사옥을 소유한 토지등소유자의 지위와 신 사옥을 신축하는 사업시행자의 지위를 겸하고 있어, 구 사옥은 청구법인이 소유하다가 이를 철거한 것일 뿐 구 사옥이 제3자에게 이전(양도)된 것이 아니고, 신 사옥도 청구법인이 스스로의 비용을 들여 신축한 것이므로 신 사옥을 구 사옥 대신에 이전받은 것이라고 볼 수 없음이 명백하다.

  처분청은 이 건 과세처분의 근거법령으로 「법인세법」제55조의2와 같은 법 시행령 제92조의2를 들고 있으나, 동 규정은 일반적인 자산의 양도소득이 아닌 ‘비사업용 토지나 주택 등의 양도’에 대한 과세특례를 규정한 것이므로, 제3자에게 사실상 유상으로 이전(양도)된 사실이 없는 사업용 건물인 구 사옥의 ‘손상차손’에 대한 손금산입여부를 다투는 이 건에서 적용될 여지가 없고, 그 내용 역시 ‘환지처분으로 발생하는 소득’에 대한 특례규정이므로 ‘손상차손’에 대한 손금불산입 여부를 다투는 이 건에서 근거 규정으로 적용될 수 없는 것이다.

  따라서, ‘환지처분’ 자체가 이루어지지 않은 구 사옥에 대하여는 「소득세법」제88조 및 「법인세법」제55조의2 등이 적용될 여지가 없고, 건물 철거시 철거된 건물 장부가액의 세무처리에 관한 일반적인 규정의 내용에 따라 쟁점손상차손이 수익적 지출 또는 자본적 지출 중 어디에 해당하는지 판단하여야 하는 것이다.

 (2) 법인세법 기본통칙 23-31…1 제1호는 토지만을 사용할 목적으로 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하거나, 자기소유 토지 상에 있는 임차인의 건축물을 취득하여 철거한 경우 철거한 건축물의 취득가액과 철거비용은 당해 토지에 대한 자본적 지출로 한다고 규정하면서 법인세법 기본통칙 23-31…2 제5호는 같은 법 기본통칙 23-31…1 제1호 이외의 사유로서 기존 건축물을 철거하는 경우 기존건축물의 장부가액과 철거비용은 수익적 지출로 한다고 제시하고 있다. 상기 기본통칙과 관련하여 국세청은 ‘기업회계기준 해석 중 소득조절 목적이 없는 일부 사항을 기본통칙으로 수용한다’는 취지에서 종전 기본통칙과 달리 건물 장부가액과 철거비용 전액을 철거시점에 손금으로 인정하도록 하였다는 점을 개정이유에서 밝힌 바 있다.

  일반기업회계기준 제10장(유형자산) 제10.13 문단도 “건물을 신축하기 위하여 사용 중인 기존 건물을 철거하는 경우 그 건물의 장부금액은 제거하여 처분손실로 반영”한다고 정하고 있고, 이는 「국세기본법」제20조의 ‘기업회계 존중의 원칙’에 따라 「법인세법」에도 적용되어야 할 것이다.

  “다른 사업을 위하여 사업용으로 사용하던 기존 건물을 철거하였다면 그 다른 사업의 사업용 자산인지 재고자산인지 여부를 불문하고 기존 건물의 장부가액은 필요경비에 산입하는 것이 합리적이고, 수익비용대응원칙에도 부합한다”고 본 조세심판원선결정(국심2007서5290, 2008.7.3.)과 “내국법인이 자기소유 토지 위에 신축하여 직접 사용하던 기존건물을 철거하는 경우 기존 건물의 장부가액 및 철거비용은 수익적 지출에 해당하는 것”이라고 본 국세청 예규(법인세과-508, 2013.9.25. 등)에 비추어, 청구법인이 소유하면서 사업에 사용하여 오다가 쟁점정비사업에 따라 철거된 기존 구 사옥은 신 사옥을 신축할 목적으로 철거된 것이므로, 그 장부가액은 수익적 지출로서 철거 당시 사업연도의 손금에 산입되어야 할 것이다.

 (3) 또한 「법인세법」은 ‘자기가 건설한 자산의 취득가액’을 ① 원재료비·노무비·운임·하역비·보험료·수수료·공과금(취등록세포함), 설치비 기타 부대비용의 합계액에 ② 자본적 지출액을 더한 금액으로 정하고 있고, 자본적 지출이란 「법인세법 시행령」제31조 제2항에 따라 법인이 소유하는 자산의 내용연수를 연장시키거나 당해 자산의 가치를 현실적으로 증가시키기 위하여 지출한 비용을 의미한다.

  청구법인은 쟁점정비사업의 사업시행자로서 지출한 신 사옥의 신축비용(①의 금액) 약 OOO 원을 신 사옥의 취득가액으로 계상하였는데, 처분청은 구 사옥의 장부가액 약 OOO 원을 신 사옥의 취득가액에 가산하여야 한다는 의견이나, 구 사옥 장부가액은 신 사옥의 내용연수를 연장시키거나 신 사옥의 가치를 현실적으로 증가시키기 위하여 지출한 비용이 아님은 명백하여 자본적 지출에 해당하지 아니하므로 처분청의 의견에 따르게 되면 「법인세법」에서 정한 ‘취득가액’ 보다 신 사옥의 취득가액이 과다 계상되는 문제가 발생하게 된다.

 (4) 청구법인과 달리 계열회사들이 쟁점정비사업과 관련하여 기존 사옥의 장부가액을 손금산입하지 아니한 것으로 법인세를 수정신고․납부한 사실은 있으나, 이는 청구법인은 ‘토지등소유자’와 ‘사업시행자’의 지위를 동시에 가지면서 ‘사업시행자’의 지위에서 구 사옥을 철거하고 자신의 부담으로 신 사옥을 신축한 반면, 계열회사들은 단지 토지등소유자의 지위에서 구 사옥의 철거를 위임하였고 신 사옥 신축을 위한 비용도 전혀 들이지 않았기 때문이다.

  이에 계열회사들의 경우, 자신들이 소유하였던 구 건축물의 철거를 사업시행자에게 위임하였고 청구법인이 이를 철거한 후 구 건축물에 상응하는 신 사옥의 일부를 받아 환지의 대상으로 볼 여지도 있으나, 청구법인은 사업시행자의 지위에서 구 사옥을 철거하고 자신의 비용으로 신 사옥을 신축하고 원시취득하여 그 역할이 전혀 다르므로 이러한 양자의 세무처리가 일치되어야 한다고 볼 근거가 없다.

  오히려 청구법인과 같이 자신의 부담으로 도시정비법상 절차에 따라 구 사옥을 철거하고 신 사옥을 신축한 사안과 도시정비법상 절차를 거치지 않고 법인이 자기 소유인 구 건물을 철거하고 신 건물을 신축한 사안은 그 경제적 실질이 동일함에도 그러한 절차가 도시정비법에 의해 이루어졌다고 이를 달리 볼 이유가 없고 그와 관련한 회계․세무처리는 동일하게 이루어지는 것이 타당하며, 이러한 청구법인이 자신이 소유하였던 구 건축물의 철거를 위임하였다가 신 사옥 신축 비용을 부담하지 않은채 신 사옥만을 취득한 계열회사들과 동일하게 회계․세무처리하여야 한다는 처분청의 의견은 부당하다.

  도시정비법은 정비사업 대상 부지에 관한 다수의 이해관계인들의 이해관계를 조정하기 위한 절차규정을 두어 정비사업의 원활한 진행을 도모하기 위한 목적에서 제정된 것으로서, 사업시행자 등은 관계관청 및 지자체의 승인을 받아 정비사업을 진행하여야 하며, 그 외에 도시정비법에서 정한 절차와 법령상 제한을 준수하여야 하는바, 이러한 도시정비법상 정비사업의 진행은 오히려 장려되어야 할 것임에도 도시정비법상 정비사업의 사업시행자를 세무상 불리하게 취급한다면 도시정비법상 정비사업의 진행을 가로막게 된다는 점에서도 차별하여 취급할 근거는 없다.

  따라서, 청구법인이 도시정비법상 사업시행자로서 구 사옥을 철거하고 신 사옥을 신축한 것은, 일반적인 건물 철거 및 신축과 그 형식과 실질에 있어 다르지 않으므로, 당연히 구 사옥의 장부가액을 수익적 지출로 보아 철거 당시의 손금에 산입하여야 한다.

나. 처분청 의견

 (1) 청구법인은 도시정비법 제8조 제3항의 토지등소유자 시행방식에 따른 도시환경정비사업인 쟁점정비사업에 참여하여 그 토지등소유자와 사업시행자의 지위를 동시에 보유하였다는 사정을 들어 구 사옥의 철거행위를 단순히 일반적인 건물철거 및 신축행위와 동일하게 취급하여 구 사옥의 장부가액인 쟁점손상차손을 신 사옥의 취득을 위한 수익적 지출로 보아 철거시점의 손금으로 인정되어야 한다고 주장하나, 아래와 같은 사정에 비추어 이를 받아들이기 어렵다.

  (가) 청구법인이 구 사옥을 제3자에게 이전하고 그 대가로 신 사옥을 이전받는 거래만이 환지에 해당할 뿐 청구법인 스스로 비용을 들여 신 사옥을 신축한 것은 신 사옥을 구 사옥 대신에 이전받은 것으로 볼 수 없다고 주장하나,

  환지는 사업시행자가 토지를 매입하지 아니하고 목적에 맞게 변경하여 원소유주에게 돌려주는 행위로 도시개발사업 등의 시행에 따라 자산의 형태 등에 변경은 있으나 신구의 소유권이 계속되어 그 권리범위 안에서는 양도의 개념이 성립하지 않아, 「소득세법」제88조 제1호는 환지처분을 양도로 보고 있지 아니한데, 도시정비법에 따르면 정비사업의 시행에 따라 완공된 대지 등을 분양받을 자는 이전고시일 다음날에 그 대지 등에 대한 소유권을 취득하고 종전 토지 등에 설정된 제한물권 등의 권리는 소유권을 이전받은 대지 등에 그대로 존속하며 이에 따라 토지등소유자가 분양받는 대지 등은 「도시개발법」에 따른 환지에 해당하므로, 도시정비법에 따른 정비사업에 자신의 토지 등을 제공한 토지등소유자가 정비사업의 시행에 따라 완공된 토지 등을 분양받은 것은 「도시개발법」에 따른 환지와 같고, 「법인세법」상 양도는 「소득세법」상 양도의 개념에 따르므로 양도의 개념에서 제외되는 환지는 「법인세법 시행령」제19조 제2호의 ‘양도한 자산의 양도 당시 장부가액’에 포섭될 수 없다.

  이 건 구 사옥 철거와 신 사옥 신축은 도시정비법에 따른 도시환경정비사업의 시행으로 이루어졌고 관련 절차․효과 모두 도시정비법에 근거한 것으로 그 법률효과 역시 도시정비법의 정의·효과 규정에 기초할 수밖에 없으므로 그 법률관계에 부여되는 법률효과도 이를 전제하여야 함에도, 청구법인은 도시정비사업의 사업시행자로서 구 사옥을 철거하고 신 사옥을 철거한 것과 일반적인 건물을 철거·신축한 것은 그 실질이 다르지 않으므로 세법적으로 같은 법률효과가 적용되어야 한다고 주장하나, 도시정비법상 사업시행자(정비사업·신 건물의 건축․사업비용의 마련․지출)와 토지등소유자(철거·신축에 관여없이 종전 토지 등의 평가액에 상응하는 환지 또는 현금청산)의 지위와 역할이 명확히 구분되는 것을 전제로 그 시행절차가 규정되고 권리·의무가 발생되고 있으므로 그에 대한 법률관계도 도시정비법의 개념을 전제할 수밖에 없는바, 도시정비법에 따른 구 건물의 철거, 신 건물의 신축·분양의 주체는 사업시행자이고 분양받는 주체는 토지등소유자로 명확히 구분되고, 청구법인은 토지등소유자의 지위에서 환지에 따라 신 사옥을 분양받은 것임에도 청구법인이 사업시행자의 지위를 겸하고 있다하여 도시정비법과 환지의 본질을 훼손할 수 없다.

  (나) 「법인세법」제55조의2 ‘토지등양도소득에 대한 과세특례’ 규정, 같은 법 시행령 제92조의2, 「소득세법」제88조 ‘양도의 정의’ 규정 및 같은 법 시행령 제152조 등에서 토지 및 건물의 일반적인 거래행위를 통한 소득에 관한 과세방법 등을 규정하면서 도시정비법 등 관련 법률에 따른 환지처분으로 지목 또는 지번이 변경되는 경우에 관하여 별도 항목으로 구분하고 일반적인 거래와 차별화하여 규정하고 있다.

  이는 도시정비법에 의한 관리처분계획의 인가 및 이에 따른 이전고시 등의 절차를 거쳐 신축건물 등을 분양하는 경우 그 토지의 지목이나 지번이 변경되더라도 신축건물 등에 관한 권리는 종전 건물 등에 관한 권리가 동일성을 유지하면서 교환·변경되는 환지처분의 특수성을 반영함과 동시에 환지처분 일련의 과정 속에서 발생하는 다수 이해당사자들의 각종 법률행위에 관한 세무사항을 일괄적으로 처리할 수 있도록 유사한 일반적 거래행위와 별도로 규정, 정비사업 진행과정 중 개별적인 세무상 사항들이 발생하지 않도록 하여 정비사업진행의 효율성을 제고하기 위함이다.

  그럼에도 청구법인과 같이 ‘토지등소유자’와 ‘사업시행자’의 지위를 동시에 가지고 있다는 이유로 관리처분계획에 따른 일련의 환지처분 과정 중 특정 시점의 법률행위만을 별도로 구분하여 그와 유사한 일반적인 법률행위시의 개별적인 세무처리를 임의 대입시켜 적용한다면 정비사업의 진행과정 중 발생하는 다수의 이해관계인간 세무사항에 대한 처리가 상이하게 될 수 있으므로 도시정비법 등에 따른 환지처분에 관하여 별도의 규정을 두어 일괄적으로 처리하도록 한 제도의 취지에 반하게 된다.

  (다) 쟁점정비사업에서 청구법인 이외의 토지등소유자인 계열회사등은 환지처분에 의한 구 사옥건물 철거시 그 장부가액의 손금산입이 불가능한 사정을 파악하고 이미 손금산입하였던 구 사옥 장부가액을 손금불산입하는 법인세 수정신고 및 납부를 하였다.

  청구법인의 세무처리를 비교하여야 할 자는 사업시행자의 지위를 겸하고 있지 않는 토지등소유자이지 법률관계의 본질이 상이한 ‘도시정비사업과 무관하게 자신의 구 사옥을 철거하고 신 사옥을 신축한 사업자’가 아니라 할 것이고, 토지등소유자인 계열회사들은 청구법인과 달리 구 건물 장부가액을 손금불산입하고 수정신고하였음에도 청구법인만은 사업시행자 지위를 겸한다는 이유로 손금산입대상이라고 주장하고 있으나, 구 사옥의 철거, 신 사옥 신축은 정비사업에 따라 시행된 것으로 청구법인이 사업시행자의 지위에서 철거․신축을 주재하였다 하더라도, 토지등소유자인 청구법인은 계열회사와 마찬가지로 구 사옥 등을 쟁점정비사업에 제공하고 신 사옥 등을 받은 것에 불과함에도 청구주장은 사업시행자․토지등소유자 지위의 공존․독립성을 부인하는 것이고, 세법적용에 있어 다른 토지등소유자와 불합리한 차이를 발생시키게 될 것이다.

 (2) 청구법인은 쟁점정비사업의 사업시행계획을 수립․제출하였고 OOO청장은 그 사업시행계획을 받아들여 청구법인을 사업시행자로 한 쟁점정비사업의 사업시행인가를 고시한 사실이 있다.

  대법원 판결(2013.6.13. 선고 2011두19994 판결)은 “구 도시정비법 에 따라 토지등소유자들이 그 사업을 위한 조합을 따로 설립하지 아니하고 직접 도시환경정비사업을 시행하고자 하는 경우에는 사업시행계획서에 정관 등과 관련 서류를 첨부하여 시장에게 제출하고 사업시행인가를 받아야 하고, 이러한 절차를 거쳐 사업시행인가를 받은 토지등소유자들은 관할 행정청의 감독 아래 정비구역 안에서 구 도시정비법상의 도시환경정비사업을 시행하는 목적 범위 내에서 법령이 정하는 바에 따라 일정한 행정작용을 행하는 행정주체로서의 지위를 가지며, 그에 따라 토지등소유자들이 직접 시행하는 도시환경정비사업에서 토지등소유자에 대한 사업시행인가처분은 단순히 사업시행계획에 대한 보충행위로서의 성질을 가지는 것이 아니라 구 도시정비법상 정비사업을 시행할 수 있는 권한을 가지는 행정주체로서의 지위를 부여하는 일종의 설권적 처분의 성격을 가진다.”고 판시한 바 있다.

  이에 비추어 청구법인은 사업시행인가처분 이후부터 쟁점정비사업을 시행하는 목적 범위 내에서 도시정비법이 정하는 바에 따라 일정한 행정작용을 하는 행정주체로서의 지위를 부여받은 것이므로, 쟁점 정비사업 시행과정의 일환으로 정비구역 내 구 사옥을 철거하는 행위는 도시정비법상 정비사업 시행권한을 가지는 행정주체로서 행하는 일련의 사업시행절차 중 하나에 해당하는 것으로 단순히 일반적인 건물 소유권자가 해당 건물을 철거하는 단편적인 행위와 동등하게 볼 수 없는 것이고, 사업시행·관리처분계획 인가 이후 정비구역 내의 건축물 철거는 소유권자가 임의로 실행할 수 있는 것이 아니라 사업시행자가 관련 행정부처의 인가를 득한 관리처분계획에 따라 반드시 그 내용대로 진행하여야 하는 것이므로 이를 일반적인 건물 소유권자의 자유의사에 따른 철거행위와 동일선상에서 볼 수 없다.

  따라서, 청구법인과 같이 구 사옥의 소유권자이자 구 사옥이 속한 정비구역의 사업시행자로서 지위를 동시에 보유하는 경우, 사업시행 과정 중 하나의 절차로서 이루어진 구 사옥의 철거행위는 일반적인 건물 철거와 그 내용 및 성격이 상이하여 동일하게 볼 수 없으므로 일반적인 건물 철거·신축과 경제적 실질이 다르지 않다는 청구주장은 타당하지 아니한다.

 (3) 도시정비법은 정비사업 대상 부지에 관한 다수의 이해관계인들의 이해관계를 조정하기 위한 절차규정을 두어 정비사업의 원활한 진행을 도모하기 위한 목적에서 제정된 것이며, 세법도 이러한 입법취지에 부합할 수 있도록 환지처분과 관련된 법률행위를 그와 유사한 법률행위와 구분하여 별도로 규정함으로써 제도적으로 뒷받침하고 있다. 청구법인도 같은 법령에서 정한 절차에 따라 사업을 진행하면서 다수의 이해관계인들이 얽힌 정비사업을 보다 원활하게 운영할 수 있는 법·제도적 지위를 획득함으로써 사업의 편의성을 제고하였고 기존 토지 외에 국공유지를 편입시켜 신 사옥을 신축하는 등의 큰 효익을 얻었다.

  그럼에도 청구법인은 도시정비법상 절차에 따라 구건물을 철거하고 신축건물을 분양취득하는 경우와 일반적인 건물 철거․신축의 경우가 경제적 실질이 동일하므로 세무상 다르게 처리해서는 안된다고 주장하는 것은 도시정비법에 따른 개발사업 진행으로 인한 효익만을 누리고 세무상으로 일반적인 건물 철거․신축의 경우와 동일하게 인정받고자 하는 모순적인 태도라 할 것이다.

  청구법인은 이 건 과세처분이 「법인세법」상 근거없이 이루어진 불합리한 처분으로 표현하고 있으나 도시정비법 등으로 철거된 구 사옥의 장부가액과 일반적으로 철거된 건물의 장부가액에 대해 세법적용이 달라 발생하는 차이는 영구적 손금불산입이 아닌 기간귀속의 차이에 불과하고, 도시정비법의 적용이 아니라면 청구법인이 구 사옥 철거, 신 사옥 신축을 수월하게 인가받고 안정적으로 사업을 진행하기 어려웠을 것임에도 도시정비법 적용에 따른 효익은 누리면서 그에 따른 법률효과를 부인하는 것은 모순이고, 청구법인이 사업시행자의 지위를 겸하고 있다고 하여 환지의 법률관계를 부인하여 세법상 적용차이를 발생시킬 수 없다고 할 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

  청구법인이 도시정비법상 사업시행자이자 토지등소유자의 지위에서 구 사옥 등을 철거하고 신 사옥을 건축하여 분양 받은 경우, 구 사옥의 세무상 장부가액이 그 철거된 때가 속하는 사업연도의 손금에 해당하는지 여부

나. 관련 법령 등 : <별지> 참조

다. 사실관계 및 판단

 (1) 쟁점정비사업과 관련하여 작성된 ‘OOO주변 제1구역 도시환경정비사업 사업시행계획서(안)’ 등에 따르면, 청구법인은 쟁점정비사업의 ‘사업시행자’이고, 그 주된 내용은 사업대상토지(OOO)에 소재하였던 구 사옥과 기존 건축물을 철거하고 지상 22층 지하 6층의 신 사옥을 건축하는 것이다. 청구법인 이외에도 계열회사들은 쟁점정비사업 사업대상토지 내에 건축물과 토지를 소유하고 있어 쟁점정비사업에 참여하였고, 청구법인과 계열회사들은 쟁점정비사업에 있어 ‘토지등소유자’에 해당하고, 그 중 청구법인은 동시에 ‘사업시행자’의 지위에서 쟁점정비사업을 시행하였는바, 쟁점정비사업의 종류와 명칭 등은 아래 <표1>과 같다.

<표1> 쟁점정비사업의 종류․명칭 및 시행기간

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 (2) 청구법인과 계열회사들은 청구법인에게 쟁점정비사업에 따른 신 사옥과 그 부지에 대한 분양신청서를 제출하였고 OOO청장이 2013년 8월경 쟁점정비사업의 관리처분계획을 인가하였는데, 쟁점정비사업의 분양대상별 종전토지 등 평가액 및 분양기준가액의 지분비율은 아래 <표2>와 같다.

<표2> 쟁점정비사업의 종전토지 등 평가액과 분양기준가액 등

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  쟁점정비사업에 따라 2013년 11월경 청구법인과 계열회사들이 소유하였던 구 사옥 등은 철거되었고, 2013.12.5. 그 멸실등기가 경료되었다.

 (3) 구 사옥의 철거와 신 사옥의 신축 등에 대한 청구법인의 회계처리를 요약하면 아래 <표3>과 같다.

<표3> 청구법인의 신 사옥과 구 사옥에 대한 회계처리 요약

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  청구법인은 구 사옥이 철거될 당시 그 장부가액인 쟁점손상차손을 철거된 때가 속하는 사업연도에 손금으로 계상하였으나, 구 사옥의 철거에 소요된 철거비에 대하여는 자산(건설중인자산)으로 회계처리하고 별도의 세무조정을 하지 아니하였다.

 (4) 청구법인은 쟁점정비사업의 사업비 OOO원을 모두 부담하였고, 신 사옥의 분양가액은 ‘종전 토지의 평가액과 사업비 부담액 등’을 고려한 것이라고 주장하면서, 그 분양가액 산정내역을 아래 <표4>와 같이 제시하였다.

<표4> 청구법인의 신 사옥 분양가액 산정내역

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 (5) 쟁점정비사업에 따라 환지처분을 받은 ㈜AAA과 ㈜CCC도 쟁점정비사업의 구 사옥건물의 철거 당시 장부가액 상당액을 손상차손으로 계상하고 이를 손금으로 인식하였다가, 2016.10.4. 이를 손금불산입하여 법인세를 수정신고하면서 각 OOO원과 OOO원을 납부하였다.

 (6) 청구법인은 신축건물을 위해 기존건물을 철거하는 경우에 대하여, 한국회계기준원 회계기준위원회는 ‘그 장부금액을 처분손실으로 반영하여 회계처리’하도록 정하고 있다고 주장하면서 일반기업회계기준 중 ‘제10장 유형자산’을 제시한바, 그 내용은 아래 <표5>와 같다.

<표5> 일반기업회계기준 제10장 중 관련내용

  한편 국세청은 2001년 11월 종전 법인세법 기본통칙 23-31…1 ‘고정자산에 대한 자본적 지출의 범위’ 중 4호를 아래와 같이 삭제하였는데, 국세청의 ‘법인세법 기본통칙 주요개정내용 해설’ (2001.11.1. 개정분)에는 그 개정이유가 아래 <표6>과 같이 기재되어 있다.

<표6> 법인세법 기본통칙 23-31…1의 개정이유

 (7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 「법인세법」제55조의2 제1항은 ‘토지등 양도소득에 대한 법인세’를 규정하면서 같은 조 제4항 제3호 및 같은 법 시행령 제92조의2 제4항 제1호에서는 ‘도시정비법에 따른 환지처분에 따라 발생하는 소득’에 대하여는 ‘토지등 양도소득에 대한 법인세’를 과세하지 아니하는 것으로 규정하고 있고, 위 규정에 근거하여 처분청은 쟁점정비사업의 토지등소유자인 청구법인이 구 사옥을 철거하고 신 사옥을 신축한 것은 환지처분에 해당하고 이러한 환지처분으로부터 발생하는 소득은 자산의 양도에 해당하지 않아 그와 관련한 처분손익을 인식할 수 없으므로 쟁점금액을 손금불산입하여야 한다는 의견이다.

  (가) 그러나 「법인세법」제55조의2는 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 산정을 위한 ‘익금과 손금의 계산’과 관련한 것이 아니라 ‘주택이나 비사업용 토지 등’에 대하여 각 사업연도 소득에 대한 법인세에 더하여 과세되는 ‘토지등 양도소득에 대한 법인세’에 대한 규정인 점, 위 법인세법령의 내용 역시 ‘환지처분에 따라 발생하는 소득’을 토지등 양도소득에 대한 법인세 과세대상에서 제외한다는 내용에 불과할 뿐 각 사업연도 소득의 산정에까지 확대하여 적용하는 것으로 볼 수는 없는 점, 더욱이 쟁점손상차손의 원인이 된 구 사옥의 경우 그로부터 처분손익이 발생하였다고 하더라도 위 규정의 적용대상인 주택이나 비사업용 토지 등에도 해당하지 아니하는 점, 「소득세법」제88조 제1호는 ‘양도’에 대하여 ‘자산에 대한 등기 또는 등록과 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등을 통하여 그 자산을 유상으로 사실상 이전하는 것’으로 규정하면서 같은 호 가목 및 같은 법 시행령 제152조 제1항은 ‘도시정비법에 따른 환지처분’의 경우 그러한 ‘양도’의 범위에 해당하지 않는 것으로 규정하고 있으나 「법인세법」은 달리 ‘각 사업연도 소득’의 계산과 관련하여 환지처분이 양도에 해당하는지 여부를 정하고 있지 아니하는 점 등에 비추어 위 「법인세법」제55조의2에 근거하여 쟁점손상차손이 손금불산입 대상이라는 처분청의 의견은 타당한 것으로 보기 어렵다.

  (나) 이 건에서 청구법인 등이 소유하였던 구 사옥이 철거·멸실되었고, 청구법인은 구 사옥이 멸실되더라도 쟁점정비사업을 통하여 그에 상응하는 ‘신 사옥을 취득할 권리’를 취득한다고 하나 통상적인 정비사업과 달리 쟁점정비사업은 토지등소유자와 사업시행자가 청구법인으로 그러한 신 사옥의 신축에 소요된 비용 역시 청구법인이 모두 부담하므로 구 사옥의 멸실에 따라 「법인세법」제19조 제1항에 따른 ‘법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용’이 있었다고 보이는 반면 달리 다른 「법인세법」규정에 따른 손금불산입대상에 해당한다고 보이지는 아니한다.

  (다) 법인의 감가상각비 한도액 산정과 관련한 「법인세법 시행령」제31조 제2항은 법인이 소유하는 감가상각자산의 내용연수를 연장시키거나 당해 자산의 가치를 현실적으로 증가시키기 위하여 지출한 자본적 지출의 경우 이를 감가상각비로 계상한 것으로 보도록 한 반면, 같은 조 제7항은 “시설의 개체 또는 기술의 낙후로 인하여 생산설비의 일부를 폐기한 경우”에는 해당 자산의 장부가액에서 1천원을 공제한 금액을 폐기일이 속하는 사업연도의 손금에 산입할 수 있도록 하고 있고, 같은 법 시행규칙 제17조는 이러한 자본적 지출이 아닌 수익적 지출에 대하여는 그 지출된 당해 사업연도의 손금으로 보도록 규정하고 있는바, 이와 관련하여 법인세법 기본통칙 23-31…2는 ‘토지만을 사용할 목적으로 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하는 등’ 이외의 사유로서 기존 건축물을 철거하는 경우 기존 건축물의 장부가액과 철거비용은 수익적 지출로 보도록 해석하고 있고 이 건 쟁점정비사업에 따라 구 사옥을 철거한 것이 ‘토지만을 사용할 목적으로 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하는 등’에 해당한다고 보기는 어렵다고 할 것이며, 오히려 위 「법인세법 시행령」제31조 제7항에 따른 금액으로서 손금산입대상으로 볼 수 있는 측면이 있다.

  (라) 또한 「법인세법」제43조는 “각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 그 법인이 익금과 손금의 귀속사업연도와 자산ㆍ부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정·타당하다고 인정되는 기업회계기준을 적용하거나 관행(慣行)을 계속 적용하여 온 경우에는 이 법 및 「조세특례제한법」에서 달리 규정하고 있는 경우를 제외하고는 그 기업회계기준 또는 관행에 따른다.”고 규정하고 있는바, 일반기업회계기준 제10장 10.13.는 위 기본통칙과 동일하게 “건물을 신축하기 위하여 사용중인 기존 건물을 철거하는 경우 그 건물의 장부금액을 제거하여 처분손실을 반영하고, 철거비용은 전액 당기비용으로 처리한다”고 정하고 있고 쟁점손상차손에 대한 청구법인의 회계처리 역시 이에 따른 것으로 보인다.

  (마) 더욱이 청구법인이 도시정비법상 도시환경정비사업을 통해 구 사옥을 철거하고 신 사옥을 신축한 경우와 일반적인 건축법 등 규정에 따라 그러한 행위를 한 경우를 비교해 보면, 일부 행정적 절차 등에 있어 차이가 있을 수 있으나 청구법인이 자신의 부담으로 구 사옥을 철거하고 신 사옥을 신축한 사실에는 변함이 없고, 비록 청구법인이 도시정비법상 도시환경정비사업을 통해 사업의 편의성을 얻고 국공유지의 편입이 이루어졌다고 하나 이는 도시정비법이 예정하고 있는 제도의 취지에 따른 것일 뿐 청구법인이 그러한 제도를 이용하였다고 하여 경제적 효과가 동일한 사안에 대하여 「법인세법」상 달리 취급하기는 곤란하다고 판단된다.

   따라서 청구법인이 구 사옥을 철거하면서 당시 구 사옥의 장부가액인 쟁점손상차손 중 OOO원은 그 철거가 완료된 날이 속하는 사업연도에 귀속되는 손금이라고 할 것임에도 불구하고 처분청이 그 귀속 사업연도를 이와는 달리함으로써 이를 손금불산입하여 청구법인에게 법인세를 과세한 당초 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

  이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령 등

(1) 법인세법

제19조(손금의 범위) ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용[이하 "손비"(損費)라 한다]의 금액으로 한다.

② 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

③ 「조세특례제한법」제100조의18 제1항에 따라 배분받은 결손금은 손금으로 본다.

④ 손비의 범위 및 구분 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제41조 (자산의 취득가액) ① 내국법인이 매입ㆍ제작ㆍ교환 및 증여 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

 1. 타인으로부터 매입한 자산(대통령령으로 정하는 금융자산은 제외한다)은 매입가액에 부대비용을 더한 금액

 2. 자기가 제조ㆍ생산 또는 건설하거나 그 밖에 이에 준하는 방법으로 취득한 자산은 제작원가(製作原價)에 부대비용을 더한 금액

제43조(기업회계기준과 관행의 적용) 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 그 법인이 익금과 손금의 귀속사업연도와 자산ㆍ부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정되는 기업회계기준을 적용하거나 관행(慣行)을 계속 적용하여 온 경우에는 이 법 및 「조세특례제한법」에서 달리 규정하고 있는 경우를 제외하고는 그 기업회계기준 또는 관행에 따른다.

제55조의2 (토지등 양도소득에 대한 과세특례) ① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의2에서 "토지등"이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.

④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지등 양도소득에 대하여는 제1항을 적용하지 아니한다. 다만, 미등기 토지 등에 대한 토지 등 양도소득에 대하여는 그러하지 아니하다.

 1. 파산선고에 의한 토지등의 처분으로 인하여 발생하는 소득

 2. 법인이 직접 경작하던 농지로서 대통령령으로 정하는 경우에 해당하는 농지의 교환 또는 분할ㆍ통합으로 인하여 발생하는 소득

 3. 「도시 및 주거환경정비법」이나 그 밖의 법률에 따른 환지(換地) 처분 등 대통령령으로 정하는 사유로 발생하는 소득

(2) 법인세법 시행령

제19조 (손비의 범위) 법 제19조 제1항에 따른 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

 2. 양도한 자산의 양도당시의 장부가액

제31조 (즉시상각의 의제) ① 법인이 감가상각자산을 취득하기 위하여 지출한 금액과 감가상각자산에 대한 자본적 지출에 해당하는 금액을 손금으로 계상한 경우에는 이를 감가상각한 것으로 보아 상각범위액을 계산한다.

② 제1항에서 "자본적 지출"이라 함은 법인이 소유하는 감가상각자산의 내용연수를 연장시키거나 당해 자산의 가치를 현실적으로 증가시키기 위하여 지출한 수선비를 말하며, 다음 각호의 1에 해당하는 것에 대한 지출을 포함하는 것으로 한다.

 1. 본래의 용도를 변경하기 위한 개조

 2. 엘리베이터 또는 냉난방장치의 설치

 3. 빌딩 등에 있어서 피난시설 등의 설치

 4. 재해 등으로 인하여 멸실 또는 훼손되어 본래의 용도에 이용할 가치가 없는 건축물·기계·설비 등의 복구

 5. 기타 개량·확장·증설 등 제1호 내지 제4호와 유사한 성질의 것

⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 자산의 장부가액에서 1천원을 공제한 금액을 폐기일이 속하는 사업연도의 손금에 산입할 수 있다.

 1. 시설의 개체 또는 기술의 낙후로 인하여 생산설비의 일부를 폐기한 경우

 2. 사업의 폐지 또는 사업장의 이전으로 임대차계약에 따라 임차한 사업장의 원상회복을 위하여 시설물을 철거하는 경우

제92조의2 (토지등 양도소득에 대한 과세특례) ④ 법 제55조의2 제4항 제3호에서 "대통령령으로 정하는 사유로 발생하는 소득"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득을 말한다.

 1. 「도시개발법」그 밖의 법률에 의한 환지처분으로 지목 또는 지번이 변경되거나 체비지로 충당됨으로써 발생하는 소득. 이 경우 환지처분 및 체비지는 「소득세법 시행령」제152조의 규정에 의한 것으로 한다.

(3) 법인세법 시행규칙

제17조 (수익적 지출의 범위) 다음 각호의 지출은 영 제31조 제2항의 규정에 의한 자본적 지출에 해당하지 아니하는 것으로 한다.

 1. 건물 또는 벽의 도장

 2. 파손된 유리나 기와의 대체

 3. 기계의 소모된 부속품 또는 벨트의 대체

 4. 자동차 타이어의 대체

 5. 재해를 입은 자산에 대한 외장의 복구ㆍ도장 및 유리의 삽입

 6. 기타 조업가능한 상태의 유지 등 제1호 내지 제5호와 유사한 것

※ 참고 법인세법 기본통칙

23-31…1 (고정자산에 대한 자본적 지출의 범위) 영 제31조 제2항 제5호에 규정하는 자본적 지출에는 다음 각호의 예에 따라 처리하는 것을 포함한다.

 1. 토지만을 사용할 목적으로 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하거나, 자기소유의 토지상에 있는 임차인의 건축물을 취득하여 철거한 경우 철거한 건축물의 취득가액과 철거비용은 당해 토지에 대한 자본적 지출로 한다.

23-31…2 (고정자산에 대한 수익적 지출의 범위) 규칙 제17조 제6호에 규정하는 수익적지출에는 다음 각호의 예에 따라 처리하는 것을 포함한다.

 5. 23-31…1 제1호 이외의 사유로서 기존 건축물을 철거하는 경우 기존 건축물의 장부가액과 철거비용은 수익적 지출로 한다.

(4) 소득세법

제88조 (정의) 이 장에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

 1. “양도”란 자산에 대한 등기 또는 등록과 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등을 통하여 그 자산을 유상(有償)으로 사실상 이전하는 것을 말한다. 이 경우 대통령령으로 정하는 부담부증여(負擔附贈與)의 채무액에 해당하는 부분은 양도로 보며, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에는 양도로 보지 아니한다.

  가. 「도시개발법」이나 그 밖의 법률에 따른 환지처분으로 지목 또는 지번이 변경되거나 보류지(保留地)로 충당되는 경우

(5) 소득세법 시행령

제152조 (환지등의 정의) ① 법 제88조 제1호 가목에서 환지처분이란 「도시개발법」에 따른 도시개발사업, 「농어촌정비법」에 따른 농업생산기반 정비사업, 그 밖의 법률에 따라 사업시행자가 사업완료후에 사업구역 내의 토지 소유자 또는 관계인에게 종전의 토지 또는 건축물 대신에 그 구역 내의 다른 토지 또는 사업시행자에게 처분할 권한이 있는 건축물의 일부와 그 건축물이 있는 토지의 공유지분으로 바꾸어주는 것(사업시행에 따라 분할·합병 또는 교환하는 것을 포함한다)을 말한다.

(6) 국세기본법

제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득,수익,재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득,수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

제20조 (기업회계의 존중) 세무공무원이 국세의 과세표준을 조사ㆍ결정할 때에는 해당 납세의무자가 계속하여 적용하고 있는 기업회계의 기준 또는 관행으로서 일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정되는 것은 존중하여야 한다. 다만, 세법에 특별한 규정이 있는 것은 그러하지 아니하다.

(7) 도시 및 주거환경정비법

제2조 (정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

 1. “정비구역”이란 정비사업을 계획적으로 시행하기 위하여 제16조에 따라 지정·고시된 구역을 말한다.

 2. “정비사업”이란 이 법에서 정한 절차에 따라 도시기능을 회복 하기 위하여 정비구역에서 정비기반시설을 정비하거나 주택 등 건축물을 개량 또는 건설하는 다음 각 목의 사업을 말한다.

  가. 주거환경개선사업: 도시저소득 주민이 집단거주하는 지역으로서 정비기반시설이 극히 열악하고 노후·불량건축물이 과도하게 밀집한 지역의 주거환경을 개선하거나 단독주택 및 다세대 주택이 밀집한 지역에서 정비기반시설과 공동이용시설 확충을 통하여 주거환경을 보전·정비·개량하기 위한 사업

  나. 재개발사업: 정비기반시설이 열악하고 노후·불량건축물이 밀집한 지역에서 주거환경을 개선하거나 상업지역·공업지역 등에서 도시기능의 회복 및 상권활성화 등을 위하여 도시환경을 개선하기 위한 사업

  다. 재건축사업: 정비기반시설은 양호하나 노후·불량건축물에 해당하는 공동주택이 밀집한 지역에서 주거환경을 개선하기 위한 사업

 8. “사업시행자”란 정비사업을 시행하는 자를 말한다.

 9. “토지등소유자”란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다. 다만, 제27조 제1항에 따라 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제8조 제7항에 따른 신탁업자(이하 "신탁업자"라 한다)가 사업시행자로 지정된 경우 토지등소유자가 정비사업을 목적으로 신탁업자에게 신탁한 토지 또는 건축물에 대하여는 위탁자를 토지등소유자로 본다.

  가. 주거환경개선사업 및 재개발사업의 경우에는 정비구역에 위치한 토지 또는 건축물의 소유자 또는 그 지상권자

  나. 재건축사업의 경우에는 정비구역에 위치한 건축물 및 그 부속토지의 소유자

제6조 (정비사업의 시행방법) ④ 도시환경정비사업은 정비구역안에서 제48조의 규정에 의하여 인가받은 관리처분계획에 따라 건축물을 건설하여 공급하는 방법 또는 제43조 제2항의 규정에 의하여 환지로 공급하는 방법에 의한다.

제8조 (주택재개발사업 등의 시행자) ③ 도시환경정비사업은 조합 또는 토지등소유자가 시행하거나, 조합 또는 토지등소유자가 조합원 또는 토지등소유자의 과반수의 동의를 얻어 시장ㆍ군수, 주택공사등, 건설업자, 등록사업자 또는 대통령령이 정하는 요건을 갖춘 자와 공동으로 이를 시행할 수 있다.

제55조 (대지 및 건축물에 대한 권리의 확정) ① 대지 또는 건축물을 분양받을 자에게 제54조 제2항의 규정에 의하여 소유권을 이전한 경우 종전의 토지 또는 건축물에 설정된 지상권·전세권·저당권·임차권·가등기담보권·가압류 등 등기된 권리 및 주택임대차보호법 제3조 제1항의 요건을 갖춘 임차권은 소유권을 이전받은 대지 또는 건축물에 설정된 것으로 본다.

② 제1항의 규정에 의하여 취득하는 대지 또는 건축물중 토지등소유자에게 분양하는 대지 또는 건축물은 「도시개발법」제40조의 규정에 의하여 행하여진 환지로 보며, 제48조 제3항의 규정에 의한 보류지와 일반에게 분양하는 대지 또는 건축물은 「도시개발법」제34조의 규정에 의한 보류지 또는 체비지로 본다.