1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

피고가 20xx. x. xx. 원고에게 한 201x 사업연도 법인세 10,462,220원(가산세 포함), 201x 사업연도 법인세 48,566,230원(가산세 포함), 201x 사업연도 법인세 45,383,650원(가산세 포함), 201x년 귀속 근로소득세(갑) 575,555,690원의 경정거부처분을 모두 취소한다.

가. 원고(변경 전 상호 주식회사 BB금속, 이하 상호 변경 전·후를 가리지 아니하고 ‘원고’라 한다)는 19xx. 2. 23. 설립되어 금속제품 제조 및 가공업, 목재제품 제조업 등을영위해온 법인이고, AAA은 원고의 대표이사이다. 원고의 발행주식 총수는 보통주식 10만 주(액면가액 1주당 만 원)로, AAA은 그 중 9만 5,000주를, AAA의 배우자가 나머지 5,000주를 각 보유하고 있다.

나. AAA은 아래 표 기재 발명(이하 그 순번별로 ‘제○ 발명’이라 하고 위 각 발명을 모두 가리켜 ‘이 사건 발명’이라 한다)에 관하여 제1 발명의 발명자, 출원인 및 제2발명의 발명자를 AAA, 제2 발명의 출원자를 AAA 및 원고로 하는 특허 출원·등록을 하였다(이하 그 순번별로 ‘제○ 특허’라 하고 위 각 특허를 모두 가리켜 ‘이 사건 특허’라 한다).

다. 원고는 OO국제특허법률사무소에 이 사건 특허권에 관한 가치평가를 의뢰하였는데, OO국제특허법률사무소는 201x. 11.경 제1 특허의 기술가치평가액을 10억 100만원, 제2 특허의 기술가치평가액을 13억 2,400만 원으로 각 평가하였다.

라. 원고는 201x. 11. 23. 이사회 결의를 거쳐 AAA으로부터 제1 특허 및 제2 특허중 AAA 명의의 1/2 지분을 합계 16억 6,300만 원(이하 ‘이 사건 대금’이라 한다)에 매입하여 이 사건 특허권을 원고의 무형자산으로 계상하였고, AAA으로부터 이 사건 대금에 대한 소득세를 원천징수하여 납부하였으며, 201x 내지 201x 사업연도에 걸쳐 이 사건 특허권에 대한 감가상각비를 손금산입하여 법인세 과세표준을 신고하였다.

마. 피고는, 이 사건 특허의 실질적인 소유자는 AAA이 아닌 원고인데도 원고가 제1 특허를 AAA 명의로, 제2 특허를 원고 및 AAA의 공동명의로 각 출원·등록한 후 다시 그 권리를 취득하는 거래 형식을 통하여 원고의 자금을 대표이사에게 부당하게 유출한 것으로 판단하여 20xx. x. 15. 원고에게 201x 내지 201x 사업연도 법인세의 수정신고를 권고하였고, 원고는 그 취지에 따라 20xx. x. 1. 이 사건 특허권에 대한 감상각비를 손금불산입하는 수정신고를 하여 추가된 법인세 합계 104,412,090원(= 201x사업연도 법인세 10,462,220원 + 201x 사업연도 법인세 48,566,230원 + 2019 사업연도 법인세 45,383,650원, 각 가산세 포함, 이하 같다) 및 AAA으로부터 기타소득으로 원천징수하였던 이 사건 대금을 상여의 소득처분으로 변경신고함에 따라 추가된 201x년 귀속 근로소득세(갑) 575,555,690원을 각 납부하였다.

바. 원고는 202x. 8. 3. 최초 신고가 정당하다고 주장하며 피고에게 위 마.항 기재 법인세 및 근로소득세 합계 679,967,780원(= 104,412,090원 + 575,555,690원)의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 피고는 202x. 9. 17. 위 경정청구를 거부하였다(이하‘이사건 처분’이라 한다).

사. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2020. 12. 17. 심판청구를 제기하였고, 조세심판원은 2021. 5. 11. 원고의 심판청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 4, 9, 10, 12, 14, 26호증(별도의 표시가 없으면가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 갑 제11호증의 27, 43, 44, 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고 주장의 요지

제1 발명은 AAA이 원고 자원의 이용 없이 직무와 무관하게 아이디어를 제공하여 발명한 것이고, 제2 발명은 AAA의 아이디어를 토대로 원고가 2015. 12. 1. 화학공학 전공자인 △△△ 연구원을 채용하여 개발하다가 △△△이 2016. 10. 31. 퇴사하자 AAA이 원고 직원의 관여 없이 나머지 개발 작업 및 특허·출원을 완료한 것으로서 AAA의 기여도를 감안하여 출원자를 원고 및 AAA의 공동명의로 하였는바, 제1 특허 및 제2 특허 중 AAA 명의 부분은 AAA 개인의 소유이고 이 사건 대금은 원고가 AAA으로부터 특허권을 양수한 후 지급한 적정한 대가에 해당하므로, 부당한 사외유출에 해당하지 않는다. 따라서 이와 다른 전제에 선 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

3. 관계 법령

별지 기재와 같다.

4. 이 사건 처분의 적법 여부에 관한 판단

가. 관련 규정 및 법리

1) 발명진흥법 제2조 제2호는 직무발명에 관하여 ‘종업원, 법인의 임원 또는 공무원(이하 “종업원등”이라 한다)이 그 직무에 관하여 발명한 것이 성질상 사용자·법인 또는 국가나 지방자치단체의 업무 범위에 속하고 그 발명을 하게 된 행위가 종업원등의 현재 또는 과거의 직무에 속하는 발명을 말한다.’고 규정하고 있고, 같은 조 제3호는 개인발명가에 관하여 ‘직무발명 외의 발명을 한 자를 말한다.’고 규정하고 있다.

2) 과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 행정소송에 있어서 과세처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 관하여는 원칙적으로 과세관청이 그 입증책임을 부담하나, 경험칙상 이례에 속하는 특별한 사정의 존재는 납세의무자에게 그 입증책임 내지는 입증의 필요가 돌아가고(대법원 1990. 2. 13. 선고 89누2851 판결 등 참조), 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건사실이 추정되는 사실이 밝혀지면, 상대방이 문제로 된 당해 사실이 경험칙 적용의 대상적격이 되지 못하는 사정을 입증하지 않는 한, 당해 과세처분을 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수는 없다(대법원 2002. 11. 13. 선고 2002두6392 판결 등 참조).

나. 판단

앞서 든 증거들 및 갑 제6 내지 8, 10, 15, 16, 27호증, 을 제3호증의 각 기재를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사실 및 사정들을 앞서 본 법리에 비추어 보면, 원고 제출의 증거들만으로는 AAA 개인이 원고 자원의 이용 없이 또는 직무와 무관하게 이 사건 발명을 한 것이라고 보기 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없으므로, 이 사건 처분이 근거과세 원칙을 위반한 것으로서 위법하다고 할 수 없다. 따라서 원고의 주장은 받아들이지 않는다.

1) 원고는 도로 및 교량용 안전난간, 바닥재로 사용되는 목재블록 등 건설자재를 제조·판매하여 온 법인이다. 그런데 제1 발명은 도로 및 교량 등에 설치되는 각도조절이 용이한 난간에 관한 것으로서 기존의 난간은 연결부위가 외부로 드러나 있어 유지 보수가 용이하지 않고 각도조절을 유연하게 할 수 없는 문제점이 있어 이를 해결하기 위해 발명된 것으로 보인다. 또한 제2 발명은 압출기 생산방식으로 제조하는 친환경 우드바닥재에 관한 것으로서 기존의 프레스 생산방식으로 제조되는 바닥재는 우드칩 사이의 밀도가 낮아 수분이 쉽게 침투하고 박리·부패되는 문제점이 있어 이를 해결하기 위해 발명된 것으로 보인다. 사정이 이와 같다면 이 사건 발명은 원고가 영위하는 주된 사업내용인 난간 및 바닥재의 제조공정 등을 개선하기 위한 것으로서 원고의 사업과 직접적인 관련이 있는 내용에 해당한다.

2) 원고는 2014. 10. 기업부설연구소를 설치하여 2015년 9명, 2016년 6명, 2017년 4명, 2018년 5명, 2019년 7명의 연구개발 인력을 각 고용하였고, 연구개발비로 2015년401,626,000원, 2014년 301,341,000원, 2017년 257,772,000원, 2018년 241,758,000원, 2019년 328,977,000원을 각 지출하였다. 또한 원고는 2006. 8. 4.부터 현재까지 난간, 가설인도, 바닥재 등 원고 생산의 건설자재와 관련하여 총 42개의 특허를 출원·등록하였는데, 그 중 상당수는 명칭과 연구 시기 및 내용 등에 비추어 볼 때 이 사건 발명과 서로 관련이 있을 것으로 판단된다. 위와 같은 사정들에다가 이 사건 발명이 원고의 사업과 직접적인 관련이 있는 내용으로서 기업부설연구소가 설치된 이후에 특허 출원된 점, 원고가 제2 발명과 관련하여 원고 소속 연구원 △△△이 실험을 진행하였다고 자인하는 연구기간(2015. 12. 5.부터 2016. 10. 31.까지)이 전체 연구기간(2015. 12. 5.부터 2016. 12. 초순경까지)에서 차지하는 비중, 제2 발명이 속한 기술 분야(화학공학)는 뒤에서 보는 바와 같이 AAA이 전공하거나 경력을 쌓아온 기술 분야(토목공학)와 무관한 점 등을 더하여 살펴보면, 제1 발명이 원고 소속 연구인력 및 시설 등 원고의 자원과 무관하다거나 제2 발명에 대한 AAA의 기여도가 공동출원자로서의 지위를 인정하여야 할 정도에 이르렀다고 보기 어렵고, 오히려 이 사건 발명은 원고가 그동안 내부적으로 축적된 기술을 이용하여 기업부설연구소의 측량, 검증, 실험 등 연구과정을 거쳐 발명된 것으로 봄이 타당하다.

3) 발명자가 되기 위해서는 단순히 발명에 대한 기본적인 과제와 아이디어만을 제공하였거나, 연구자를 일반적으로 관리하였거나, 연구자의 지시로 데이터의 정리와 실험만을 하였거나 또는 자금·설비 등을 제공하여 발명의 완성을 후원·위탁하였을 뿐인 정도 등에 그치지 않고, 발명의 기술적 과제를 해결하기 위한 구체적인 착상을 새롭게 제시·부가·보완한 자, 실험 등을 통하여 새로운 착상을 구체화한 자, 발명의 목적 및 효과를 달성하기 위한 구체적인 수단과 방법의 제공 또는 구체적인 조언·지도를 통하여 발명을 가능하게 한 자 등과 같이 기술적 사상의 창작행위에 실질적으로 기여하기에 이르러야 하는데[대법원 2014. 11. 13. 선고 2011다77313, 77320(병합) 판결 등 참조], AAA이 OO국제특허법률사무소와 지식재산권 획득을 위한 계약을 체결하고 특허 출원·등록 관련 절차를 진행하였다는 것 외에 AAA이 어떠한 방법으로 이 사건 발명에 기여하였는지 확인할 수 있는 연구일지, 관련 실험·개발 과정 등 객관적인 자료가 전혀 제출되지 아니하였다[이에 대하여 원고는 이 법원에 ‘제1 발명은 AAA 개인의 아이디어로부터 시작된 것이고 원고 직원이 이에 관여하지 않았다.’는 취지의 OO국제특허법률사무소 소속 변리사 황창옥 작성의 2020. 11. 5.자 확인서(갑 제13호증)를제출하였으나, 위 확인서의 작성 시기 및 경위 등에 비추어 이를 그대로 믿기 어렵다].

4) 대한민국 특허청 심사관은 2016. 3. 3. 제1 발명의 특허출원과 관련하여 AAA에게 진보성이 인정되지 아니한다는 취지의 거절이유 통지를 하였으나, 이에 대하여 AAA은 청구항 일부를 보정하면서 위 거절이유에 대하여 ‘제1 발명 중 마감캡 및 연결부에서 구현된 기술은 비교대상발명에서 제시되지 않은 부분으로서 그 형상 및 기능에 비추어 볼 때 통상의 기술자가 용이하게 발명할 수 있는 기술이 아니고 단순한 설계변경을 통하여 발명될 수 없는 발명이다.’라는 취지의 의견을 밝혔고(을 제3호증 참조), 위 보정이 받아들여져 2016. 8. 4. 제1 발명에 관한 특허등록이 이루어졌다. 사정이 그러하다면, 제1 발명은 단순한 설계변경 또는 구상만으로는 발명이 어렵고, 마감캡 및 연결부 등 부품에 선행발명과 구별되는 제1 발명의 특징적인 기술이 실제로 구현되고 있는지, 그 각각의 기능이 어떠한지 여부를 비롯하여 발명의 대상이 된 안전난간의 제작가능성, 성능, 안전성 등을 검증하기 위하여 시제품의 제작 및 다양한 실험이 필요하며, 그 과정에서 상당한 전문 장비 및 비용이 소용될 것으로 보이는바, AAA 개인이 이를 모두 고안하고 현실화시키는 것은 어려운 것으로 판단된다.

5) 원고는 대표이사 AAA의 직무가 경영 총괄 및 영업에 한정되어 있으므로 이 사건 발명과 밀접한 관련이 없고, 영업을 주요 직무로 하는 대표이사에게 제조방법의 문제점을 찾아내거나 개선점을 찾아 발명하도록 하는 것은 영업활동의 특성상 객관적으로 기대할 수 없는 일이므로, 이 사건 발명은 AAA의 현재 또는 과거의 직무에 속하는 발명이라고 볼 수 없다고 주장한다. 그러나 AAA은 19xx. 2. 23. 원고를 설립한 이래 현재까지 원고의 대표이사로 재직하고 있고, 원고와 그의 배우자가 원고의 발행 주식을 전부 소유하고 있으며, 원고가 공공기관을 수요기관으로 하는 조달청의 입찰에 본격적으로 참여하기 시작하자 OO대학교 OO대학 OO공학과 석사과정에 진학하여 201x. x. xx. ‘도로교량에서 비점오염원 저감장치의 개발과 효율 분석’이라는 제목의 졸업논문으로 석사 학위를 취득하고 201x. x. x. 토목 초급 건설기술경력증을 취득하였는바, 위와 같은 AAA의 경력 및 원고에 대한 지배관계, 이 사건 발명이 원고의 주된 사업 분야인 난간 및 바닥재의 제조공정에 관한 것인 점 등을 고려해보면, AAA은 원고의 대표이사의 지위에서 업무의 일부로서 이 사건 발명에 기여한 것으로 봄이 상당하다.

5. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.