1. 질의내용 요약
○ 사실관계
당 종중은 서울특별시 중구 ××지구에서 1967년에 건물을 취득하여 개인사업자로 부동산을 임대하던 중 1998.1.1부터 법인으로 전환하였으며 동 지구는 도시 및 주거환경정비지역내에 소재하고 있음.
○ 질의내용
당 종중의 해당 부동산이 재개발에 의하여 장부가액이 △△백만원, 양도금액이 ◯◯억원으로 수용되는 경우에 법인세 과세여부 및 세율
2. 질의내용에 대한 자료
가. 관련 조세법령(법, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)
○ 법인세법 제1조 【정 의】
2. “비영리내국법인”이라 함은 내국법인 중 다음 각목의 1에 해당하는 법인을 말한다. (1998. 12. 28 개정)
가. 민법 제32조의 규정에 의하여 설립된 법인 (1998. 12. 28 개정)
나. 사립학교법 기타 특별법에 의하여 설립된 법인으로서 민법 제32조에 규정된 목적과 유사한 목적을 가진 법인(대통령령이 정하는 조합법인 등이 아닌 법인으로서 그 주주ㆍ사원 또는 출자자에게 이익을 배당할 수 있는 법인을 제외한다) (1998. 12. 28 개정)
다. 국세기본법 제13조 제4항의 규정에 의한 법인으로 보는 법인격이 없는 단체(이하 “법인으로 보는 단체”라 한다) (1998. 12. 28 개정)
○ 법인세법 제3조 【과세소득의 범위】
① 법인세는 다음 각호의 소득에 대하여 이를 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호의 소득에 대하여만 이를 부과한다. (1998. 12. 28. 개정)
1. 각 사업연도의 소득 (1998. 12. 28. 개정)
2. 청산소득 (1998. 12. 28. 개정)
② 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.
5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입
○ 법인세법 시행령 제2조 【수익사업의 범위】
② 법 제3조 제2항 제5호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 당해 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항의 규정에 해당하는 수익사업을 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 당해 고정자산의 유지ㆍ관리 등을 위한 관람료ㆍ입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다.
○ 법인세법 부 칙 (1998. 12. 28 법률 제5581호) 제8조 【수익사업소득계산에 관한 특례】
② 제3조 제2항 제5호의 개정규정을 적용함에 있어서 1990년 12월 31일 이전에 취득한 토지 및 건물(부속시설물과 구축물을 포함한다)의 취득가액은 장부가액과 1991년 1월 1일 현재 「상속세 및 증여세법」 제60조 및 같은 법 제61조 제1항 내지 제3항의 가액으로 평가한 가액 중 큰 금액으로 할 수 있다. (2005. 12. 31. 개정)
○ 법인세법 부 칙 (2005. 12. 31. 법률 제7838호)
제1조 【시행일】
이 법은 2006년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제26조 및 법률 제5581호 법인세법개정법률 부칙 제8조 제2항의 개정규정은 공포한 날부터 시행하고, 제98조의 5의 개정규정은 2006년 7월 1일부터 시행하며, 제55조의 2의 개정규정은 2007년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 【일반적 적용례】
이 법은 이 법 시행 후 최초로 개시하는 사업연도분부터 적용한다.
○ 법인세법 시행령 제11조 【수익의 범위】
법 제15조 제1항의 규정에 의한 수익은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다. (1998. 12. 31. 개정)
2. 자산(자기주식을 포함한다)의 양도금액 (1998. 12. 31. 개정)
○ 법인세법 제19조 【손비의 범위】
법 제19조 제1항의 규정에 의한 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다. (1998. 12. 31. 개정)
2. 양도한 자산의 양도당시의 장부가액 (1998. 12. 31. 개정)
○ 법인세법 제60조 【과세표준 등의 신고】
① 납세의무있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일부터 3월 이내에 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다. (1998. 12. 28 개정)
○ 법인세법 제55조 【세 율】
① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세는 제13조의 규정에 의한 과세표준에 다음의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “산출세액”이라 하며, 제55조의 2의 규정에 의한 토지 등 양도소득에 대한 법인세액이 있는 경우에는 이를 합한 금액으로 한다)을 그 세액으로 한다. (2003. 12. 30. 개정)
- 과세표준 1억원 이하인 경우 세율은 과세표준의 100분의 13
- 과세표준 1억원 초과인 경우 세율은 1천300만원＋1억원을 초과하는 금액 의 100분의 25
나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판)
○ 서면2팀-2252, 2006.11.06
수익사업을 영위하는 비영리법인이 「법인세법」 제3조 제2항 제5호 및 구 「법인세법」 부칙(1998.12.28. 법률 제5581호) 제8조 제2항의 본문 단서규정에 의거 1990.12.31. 이전에 취득한 수익사업용이 아닌 토지 및 건물을 양도하는 경우 취득가액은 장부가액과 1991.1.1. 현재 「상속세 및 증여세법」 제60조 및 같은법 제61조 제1항 내지 제3항의 가액으로 평가한 가액 중 큰 금액으로 할 수 있는 것임.
○ 서면2팀-1664, 2006.08.30
수익사업을 영위하는 비영리내국법인이 2005.12.31. 이후에 부동산을 양도하는 경우로서 1990.12.31. 이전에 취득한 토지의 취득가액은 장부가액과 1991.1.1. 현재 상속세 및 증여세법 제60조 및 같은 법 제61조 제1항 내지 제3항의 가액으로 평가한 가액 중 큰 금액으로 할 수 있으며, 토지의 공시지가는 평가기준일 현재 고시된 가액으로 하는 것이며, 이 경우 법인세 과세표준 등의 신고는 법인세법 제60조의 규정에 의하는 것임.
수익사업을 영위하는 비영리내국법인이 토지 등을 양도한 경우에는 법인세법 부칙(1998.12.28. 법률 제5581호) 제8조［수익사업소득계산에 관한 특례］ 제2항 규정에 의거 제3조 제2항 제5호의 개정규정(2005.12.31. 법률 제7838호)을 적용함에 있어 1990.12.31. 이전에 취득한 토지 및 건물(부속시설물과 구축물을 포함한다)의 취득가액은 장부가액과 1991.1.1. 현재 상속세 및 증여세법 제60조 및 같은법 제61조 제1항 내지 제3항의 가액으로 평가한 가액 중 큰 금액으로 할 수 있는 것임.
○ 서면2팀-720, 2006.05.02
수익사업을 영위하는 비영리법인이 법인세법 제3조 제2항 제5호 및 구 법인세법 부칙(1998.12.28. 법률 제5581호) 제8조 제2항의 본문 단서규정에 의거 1990.12.31. 이전에 취득한 토지 및 건물을 2005사업연도에 양도한 경우 수익사업용이 아닌 것의 취득가액은 장부가액과 1991.1.1. 현재 상속세 및 증여세법 제60조 및 같은법 제61조 제1항 내지 제3항의 가액으로 평가한 가액 중 큰 금액으로 할 수 있는 것이나, 취득가액이 불분명하여 확인할 수 없는 경우에 해당하는지 여부는 소관세무서장이 사실조사한 후 판단할 사항임.
비영리내국법인이 고정자산(고유목적사업에 직접 고정자산으로서 법인세법시행령 제2조 제2항의 규정에 의한 경우 제외)의 처분으로 인하여 생기는 수입은 법인세법 제3조 제2항의 규정에 의하여 수익사업에서 생기는 소득으로 보는 것이며,
당해 양도한 자산의 양도금액은 같은법 시행령 제11조 제2호의 규정에 의한 수익에 해당하고, 동 양도한 자산의 양도당시의 장부가액은 같은법시행령 제19조 제2호의 규정에 의한 손비에 해당하는 것임.