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1. 질의내용 요약

○사실관계

내국법인 갑(당사)은 정유회사로서 원유를 외국으로부터 수입하여 국내에서 정제한 후 생산된 석유류 제품을 국내 대리점이나 주유소에 판매하거나 수출하는 사업을 영위함

위 사업과 관련하여 당사에 물류비용이 발생하는 바, 당사는 유조차등 운송차량이나 선박을 직접 보유하고 있지 아니하여 특수관계자가 아닌 타인에게 운송을 전부 위탁하고 있음

당사 물류비용을 발생유형별로 나눠보면 다음과 같음

가 원유 수송비

 원유수송비는 당사가 원유를 수입하면서 제3자 물류업체인 내국법인 또는 외국법인에게 지급한 원유선 운임임. 여기서 기상악화, 부도사용정체 등으로 인해 하역작업이 지연되어 당사가 운송업체에 추가로 지급한 체선료도 포함됨. 동 체선료 지급액에는 지급일이 속하는 사업연도에 발생분 이외에 과거사업연도에 발생하였지만 현재 지급하는 금액되 포함됨

나. 제품 수송비

 제품수송비는 1)수출관련 수출선 운임과 2)국내판매관련 수송비로 구분되며 구체적인 항목은 아래와 같음

   ① 제3자 수송 운임 : 수출 및 국내판매

      제품수송과 관련하여 제3자 물류업체에게 운송을 위탁하여 유조선, 유조화차(철도), 유조차 등을 통해 제품을 운송하고 지급하는 운임임. 한편 하역지연관련 당사가 추가로 지급한 체선료도 포함됨

   ② 고객직접수송 운임 : 국내판매

    당사가 직접 물류업체에 운송을 위탁하지 않고 고객과의 사전약정하에 고객이 직접 물류업체와 계약하여 제품을 수송한 후 당사가 고객에게 수송비를 지급하는 금액임

   ③ 이관 수송비 : 국내판매

    당사의 공장에서 각 저유소까지 유조차, 유조화차(철도), 유조선, 송유관 등을 통하여 수송하는 비용을 말함. 제품은 저유소로 운송후 평군 약2～3일간 저장되다가 고객의 주문시 판매됨.

   ④ 소송 부대비 : 수출 및 국내판매

      1)유조선을 통한 수송시 항만청에 납부하는 화물료 2) 물량 확인을 위한 외주업체의 검정비용 3)수송차량의 저장탱크 세척비 등이 있음

○ 질의요지

1) 조특법 제104조의14 제1항에서 규정하고 있는 제3자 물류비용은 신규위탁분만 해당되는지 아니면 기존의 제3자 위탁분도 해당되는지 여부

2)당사의 다음 비용이 세액공제 대상에 포함되는 물류비용에 해당하는 지 여부

  (1) 원유수입 및 제품수출시 외국해운회사에 지급하는 운임

  (2) 하역작업의 차질 들으로 용선기간 연장에 따라 지급하는 체선료

  (3) 고객이 직접 지급한 수송 운임을 당사가 사후에 고객에게 지급하는 금액

  (4) 이관 수송비 (5) 수송 부대비(화물료, 검정료, 저장탱크 세척료)

3) 저유소 물류시설에대한 감가상각비가 자가물류비용에 해당되어 각 사업연도에 지출한 물류비용 산정시 포함시켜야 하는지 여부

4) 물류비용의 세액공제를 비용이 발생한 시점으로 적용하는 지 혹은 지출한 시점에 적용하는지 여부

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙)

○ 조세특례제한법 제46조의 4 【자가물류시설의 양도차익에 대한 법인세 과세특례】

 ② 제1항의 규정을 적용받은 내국법인이 자가물류시설의 양도일 이후 3년 이내에 해당 사업을 폐지하거나 해산한 경우 또는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 요건을 충족하지 못한 경우에는 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액계산의 경우 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 익금에 산입하여야 한다. 이 경우 익금에 산입할 금액에 대하여는 제33조 제3항 후단의 규정을 준용한다. (2006. 12. 30. 신설)

1. 자가물류시설을 양도한 후 대통령령이 정하는 기간 동안 각 사업연도에 지출한 물류비용 중 「법인세법」 제52조 제1항의 규정에 따른 특수관계자 외의 자에게 지출한 물류비용(이하 이 조 및 제104조의 14에서 “제3자물류비용”이라 한다)이 100분의 70 이상일 것 (2007. 12. 31. 개정)

○ 조세특례제한법 제104조의 14 【제3자물류비용에 대한 세액공제】

① 제조업을 영위하는 내국인이 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 2010년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 각 과세연도에 지출한 물류비용 중 제3자물류비용이 직전 과세연도에 지출한 제3자물류비용을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 1천분의 25(2009년 12월 31일 이전에 납세의무가 성립하는 과세기간 분까지는 100분의 3)에 상당하는 금액을 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다. 다만, 공제받는 금액이 해당 과세연도의 소득세 또는 법인세의 100분의 10을 초과하는 경우에는 100분의 10을 한도로 한다. (2008. 12. 26. 개정)

1. 각 과세연도에 지출한 제3자물류비용이 각 과세연도에 지출한 물류비용의 100분의 50 이상일 것 (2007. 12. 31. 신설)

2. 해당 과세연도에 지출한 물류비용 중 제3자물류비용이 차지하는 비율이 직전 과세연도보다 낮아지지 아니할 것 (2007. 12. 31. 신설)

② 제1항을 최초로 적용하는 경우에는 해당 과세연도에 지출한 물류비 중 제3자물류비용이 100분의 50을 초과하면 그 초과금액의 1천분의 25(2009년 12월 31일 이전에 납세의무가 성립하는 과세기간 분까지는 100분의 3)에 상당하는 금액을 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다. 다만, 공제받는 금액이 해당 과세연도의 소득세 또는 법인세의 100분의 10을 초과하는 경우에는 100분의 10을 한도로 한다. (2008. 12. 26. 개정)

③ 제1항을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다. (2007. 12. 31. 신설)

○ 조세특례제한법 시행령 제104조의 14 【제3자물류비용에 대한 세액공제신청 등】

법 제104조의 14 제1항 및 제2항에 따라 소득세 또는 법인세를 공제받으려는 자는 과세표준신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 세액공제신청서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. (2008. 2. 29. 직제개정 ; 기획재정부와 그 소속기관 직제 부칙)

○ 조세특례제한법 시행령 제43조의 4 【자가물류시설의 양도차익에 대한 법인세 과세특례】

⑥ 법 제46조의 4 제1항 및 제2항을 적용하는 경우 물류비용은 제1호 및 제2호에 따른 물류비용의 합계액으로 한다. (2007. 2. 28. 신설)

1. 물자가 조달처로부터 운송되어 물자의 보관창고에 입고, 관리되어 생산공정 또는 공장에 투입되기 직전까지의 물류활동에 따른 물류비용 (2007. 2. 28. 신설)

2. 판매가 확정되어 물자의 이동이 개시되는 시점부터 소비자에게 인도 또는 반품되거나 재사용 또는 폐기까지의 물류활동에 따른 비용으로서 기획재정부령이 정하는 물류비용 (2008. 2. 29. 직제개정 ; 기획재정부와 그 소속기관 직제 부칙)

⑦ 법 제46조의 4 제1항을 적용받으려는 내국법인은 자가물류시설의 양도일이 속하는 사업연도의 과세표준신고와 함께 기획재정부령이 정하는 양도차익명세 및 분할익금산입조정명세서를 납세지관할세무서장에게 제출하여야 한다. (2008. 2. 29. 직제개정 ; 기획재정부와 그 소속기관 직제 부칙)

○ 조세특례제한법 시행규칙 제19조의 2 【물류비용의 범위 등】

② 영 제43조의 4 제6항 제2호에서 “기획재정부령이 정하는 물류비용”이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 비용을 말한다. (2008. 4. 29. 직제개정)

1. 생산되거나 매입한 물자(포장ㆍ수송용 용기, 자재 등을 포함한다. 이하 이 항에서 같다)를 판매창고에 보관하여 소비자에게 인도할 때까지의 물류활동에 따른 비용 (2007. 3. 30. 신설)

2. 소비자에게 판매(위탁판매를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)한 물자가 판매계약의 취소 등으로 인하여 소비자로부터 판매자에게 물자가 반품될 때까지의 물류활동에 따른 비용 (2007. 3. 30. 신설)

3. 소비자로부터 재활용 가능한 물자를 회수하여 다시 사용이 가능하도록 할 때까지의 물류활동에 따른 비용 (2007. 3. 30. 신설)

4. 소비자로부터 파손 또는 진부화된 물자를 회수하여 폐기할 때까지의 물류활동에 따른 비용 (2007. 3. 30. 신설)

나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판)

○ 법인세과 - 83, 2009.01.08

질의1) 기 질의회신사례 (법인세과-2047,2008.08.19.)를 참고하기 바랍니다.

* 법인세과-2047(2008.08.19.) : 귀 질의의 경우「조세특례제한법」제104조의14에서 규정하는“제3자 물류비용” 해당여부 판정시 당해 비용의 지급 대상은「법인세법」제1조제1호에서 규정하는 “내국법인” 여부에 불구하고 적용하는 것이며, 훈증용역만을 전문적으로 제공하는 회사에 지급하는 훈증비용은 “제3자 물류비용”에는 해당하지 아니하는 것임.

질의2)「조세특례제한법」제104조의14제2항의 규정을 참고하기 바랍니다.

질의3) 2007.12.31.이전부터 제3자물류비용을 지출한 법인의 경우에도 2008.01.01.이후 지출한 제3자물류비용에 대하여「조세특례제한법」제104조의14의 규정을 적용(제1항요건 충족시 제2항적용)할 수 있는 것입니다.

질의4) 제조업에 사용되는 원재료 또는 부품(이하 '원재료 등'이라 함)을 매입함에 있어,「조세특례제한법」제104조의14에서 규정하는 제3자물류비용을 지출하고 동 금액을 원재료 등의 취득가액에 가산한 경우에도, 동 금액은 지출한 날이 속하는 사업연도의 제3자물류비용에 해당 하는 것입니다.

○ 법규과-369, 2009.3.30

질의1) 조세특례제한법 제104조의14를 적용하는 경우 물류비용의 범위는 같은 법 시행령 제43조의4 제6항 및 같은 법 시행규칙 제19조의2 제2항에 따른 물류비용을 말하는 것입니다.

질의2) 조세특례제한법 제104조의14를 적용함에 있어서 “제3자 물류비용”은 같은 법 제46조의4 제2항 제1호에 따라 법인세법 제52조 제1항에 따른 특수관계외의 자에게 지출한 물류비용“을 말하는 것입니다

질의3) 조세특례제한법 제104조의14 제1항의 “각 과세연도에 지출한 물류비용”에는 해당 내국인의 물류시설에 대한 감가상각비를 포함하여 적용

○ 법인세과-2047, 2008.08.19

조세특례제한법 제104조의14에서 규정하는 “제3자 물류비용” 해당여부 판정 시 당해 비용의 지급 대상은 ｢법인세법｣ 제1조 제1호에서 규정하는 “내국법인” 여부에 불구하고 적용하는 것이며, 훈증용역만을 전문적으로 제공하는 회사에 지급하는 훈증비용은 “제3자 물류비용”에는 해당하지 아니하는 것임

○ 법인세과-551, 2009.2.10

｢조세특례제한법｣ 제104조의 14 규정을 적용함에 있어 물류비용은 같은 법 제46조의4제2항제1호 및 같은 법 시행령 제43조의4제6항 각 호의 비용을 말하는 것으로

          귀 질의의 경우 물류비용은 판매가 확정되어 물자의 이동이 개시되는 시점 부터 소비자에게 인도 또는 반품되거나 재사용 또는 폐기까지의 물류활동에 따른 비용을 말하는 것입니다.

○ 법인세과-3763, 2008.12.02

조세특례제한법 제104조의 14 규정 적용시 제품의 이동과 보관을 용이하게 하기 위하여 실시하는 포장비용만이 물류비용에 해당되고, 그 외의 포장비용은 물류비용에 포함되지 아니하는 것으로서

 귀 질의에서의 포장외주비가 제3자 물류비용에 해당되는지 여부는 운송되는 제품의 보호를 주목적으로 하는 것인지 아니면 제품의 판매를 주목적으로 하는지 여부에 따라 사실판단 하는 것임

○ 법인세과 - 477, 2009.04.23

조세특례제한법 제104조의14에서 규정하는 물류비용 은 같은 법 시행령 제43조의4 제6항 및 같은 법 시행규칙 제19조의2 제2항에서 규정하는 물류비용을 말하는 것이고, 같은 법 제104조의14 제1항에서 각 과세연도에 지출한 물류비용 에는 물류시설에 대하여 당해 법인이 계상한 감가상각비를 포함하며, 같은 법 제104조의14 제2항의 초과금액 은 당해 과세연도에 지출한 전체 물류비용의 100분의 50을 초과하는 제3자 물류비용을 의미하는 것임

○ 법인세과 - 476, 2009.04.23

조세특례제한법 제104조의14 제2항에 의한 세액공제 방식은 제1항의 요건을 충족한 경우에 한하여 적용받을 수 있는 것이며, 동 규정을 적용함에 있어서 물류비용은 같은 법 시행령 제43조의4 제6항 및 같은 법 시행규칙 제19조의2 제2항에서 규정하는 물류비용을 의미하는 것으로 같은 법 시행령 제5조 제8항에서 규정한 물류산업을 영위하는 자(특수관계자 제외)에게 지출한 비용을 적용대상으로 하는 것임

○ 법인세과 - 746, 2009.06.30

조세특례제한법 제104조의14를 적용하는 경우 물류비용의 범위는 같은 법 시행령 제43조의4 제6항 및 같은 법 시행규칙 제19조의2 제2항에 따른 물류비용을 말하는 것이며, 이때 물류비용에는 기업물류비 산정지침 (국토해양부 고시) 제7조 제1항 제2호 규정의 사내물류비는 제외되는 것입니다.

  따라서 귀 질의의 ⓐ운반비(수송비) 및 ⓓ판매수수료(물류수수료)는 물류비용에 해당되지 않는 것이며, 물류센타의 임차료와 자가물류센타에 대한 감가상각비는 물류비용에 해당되는 것입니다.

○ 법인세과 - 430, 2009.04.09

 제3자물류비용에 대한 세액공제를 최초로 적용받고자 하는 경우에는 조세특례제한법 제104조의14 제1항의 요건 충족시 제2항에 따라 세액공제를 적용받을 수 있는 것입니다.

조세특례제한법 제104조의14를 적용함에 있어서 “제3자 물류비용”은 같은 법 제46조의4 제2항 제1호에 따라 법인세법 제52조 제1항에 따른 특수관계외의 자에게 지출한 물류비용“을 말하는 것이며, ”물류비용“의 범위는 같은 법 시행령 제43조의4 제6항 및 같은 법 시행규칙 제19조의2 제2항에 따른 물류비용을 말하는 것입니다.