1. 질의내용 요약

가. 사실관계

○甲․乙․丙이 공동으로 토지․건물을 취득(취득가액: 토지20억원, 건물 5천만원)

 ＊ 甲의 지분율은 60%, 乙 및 丙의 지분율은 각 20%로 부동산임대업을 공동영위

○乙․丙의 지분(40%)을 감정평가하여 공익법인인 장학재단법인(丁)에 출연함(’06.7)

 ＊ 감정평가액 : 토지 92억원, 건물 4천만원(40% 지분해당금액임)

○甲의 지분율 60%, 장학재단법인(丁)의 지분율 40%로 하여 사업자등록증을 정정함. 甲과 장학재단법인(丁)은 토지․건물을 양도(’10.10)

나. 질의요지

1) 장학재단법인(丁) 및 甲이 상기 부동산을 처분함에 따른 장학재단법인(丁)처분손익을 산정함에 있어 취득가액 산정방법

2)장학재단법인(丁)이 고유목적사업준비금을 설정함에 있어 부동산임대업의 소득 이외 동 임대업에 사용한 자산의 처분소득도 고유목적사업준비금 설정대상에 포함되는지 여부

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세법령(법률, 시행령, 시행규칙) 등

□ 법인세법 제3조 【과세소득의 범위】

① 법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 이를 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호 및 제3호의 소득에 대하여만 이를 부과한다. (2008. 12. 26. 개정)

1. 각 사업연도의 소득 (1998. 12. 28. 개정)

2. 청산소득 (1998. 12. 28. 개정)

3. 제55조의 2 및 제95조의 2에 따른 토지등 양도소득 (2008. 12. 26. 신설)

③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다. (2008. 12. 26. 개정)

1. 제조업, 건설업, 도ㆍ소매 및 소비자용품수리업, 부동산ㆍ임대 및 사업서비스업 등 수익이 발생하는 사업으로서 대통령령이 정하는 것 (1998. 12. 28. 개정)

2. 「소득세법」 제16조 제1항에 따른 이자소득 (2008. 12. 26. 개정)

3. 「소득세법」 제17조 제1항에 따른 배당소득 (2008. 12. 26. 개정)

4. 주식ㆍ신주인수권 또는 출자지분의 양도로 인하여 생기는 수입 (1998. 12. 28. 개정)

5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입 (1998. 12. 28. 개정)

6. 「소득세법」 제94조 제1항 제2호 및 제4호에 따른 자산의 양도로 생기는 수입 (2009. 12. 31. 신설)

7. 제1호부터 제6호까지의 규정 외에 대가를 얻는 계속적 행위로 인하여 생기는 수입으로서 대통령령으로 정하는 것 (2009. 12. 31. 개정)

□ 법인세법 제29조 【고유목적사업준비금의 손금산입】

① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령이 정하는 단체에 한한다)이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업 또는 지정기부금(이하 이 조에서 “고유목적사업 등”이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액의 범위 안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다. (2006. 12. 30. 개정)

1. 「소득세법」 제16조 제1항 제1호부터 제10호까지의 이자소득의 금액 (2009. 12. 31. 개정)

2. 「소득세법」 제17조 제1항 제1호ㆍ제2호ㆍ제5호 및 제6호의 배당소득의 금액. 다만, 「상속세 및 증여세법」 제16조 또는 같은 법 제48조의 규정에 의하여 상속세 또는 증여세 과세가액에 산입되거나 증여세가 부과되는 주식 등으로부터 발생한 배당소득금액을 제외한다. (2008. 12. 26. 개정)

3. 특별법에 의하여 설립된 비영리내국법인이 당해 법률에 의한 복지사업으로서 그 회원 또는 조합원에게 대출한 융자금에서 발생한 이자금액 (1998. 12. 28. 개정)

4. 제1호 내지 제3호외의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50(「공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률」에 의하여 설립된 법인으로서 고유목적사업 등에 대한 지출액 중 100분의 50 이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인의 경우에는 100분의 80)을 곱하여 산출한 금액 (2006. 12. 30. 개정)

□ 법인세법 시행령 제72조 【자산의 취득가액 등】

① 법 제41조 제1항 및 제2항에 따른 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다. (2009. 2. 4. 개정)

1. 타인으로부터 매입한 자산 : 매입가액에 취득세ㆍ등록세 기타 부대비용을 가산한 금액 (1998. 12. 31. 개정)

2. 자기가 제조ㆍ생산ㆍ건설 기타 이에 준하는 방법에 의하여 취득한 자산 : 원재료비ㆍ노무비ㆍ운임ㆍ하역비ㆍ보험료ㆍ수수료ㆍ공과금(취득세와 등록세를 포함한다)ㆍ설치비 기타 부대비용의 합계액 (1998. 12. 31. 개정)

3. 합병ㆍ분할 또는 현물출자에 따라 취득한 자산: 법 제44조 제2항ㆍ제46조 제2항ㆍ제47조 제1항 또는 제47조의 2 제1항의 요건을 갖추거나 법 제44조 제3항에 해당하는 경우에는 피합병법인등 또는 피출자법인의 장부가액. 다만, 그 요건을 갖추지 못한 경우에는 해당 자산의 시가로 한다. (2010. 6. 8. 개정)

4. 현물출자, 물적분할에 따라 취득한 주식등: 법 제47조 제1항 또는 제47조의 2 제1항의 요건을 갖춘 경우에는 출자법인이 현물출자한 자산의 장부가액 또는 분할법인이 양도한 자산의 장부가액. 다만, 그 요건을 갖추지 못한 경우에는 해당 주식등의 시가로 한다. (2010. 6. 8. 개정)

4의 2. 채무의 출자전환에 따라 취득한 주식등: 취득 당시의 시가. 다만, 제15조 제4항 각 호의 요건을 갖춘 채무의 출자전환으로 취득한 주식등은 출자전환된 채권(법 제19조의 2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 채권은 제외한다)의 장부가액으로 한다. (2010. 6. 8. 신설)

5. 합병 또는 분할(물적분할은 제외한다)에 따라 취득한 주식등: 종전의 장부가액에 법 제16조 제1항 제5호 또는 제6호의 금액 및 제11조 제9호의 금액을 더한 금액에서 법 제16조 제1항 제5호에 따른 합병대가 또는 같은 항 제6호에 따른 분할대가 중 금전이나 그 밖의 재산가액의 합계액을 뺀 금액 (2010. 6. 8. 개정)

6. 그 밖의 방법으로 취득한 자산 : 취득당시의 시가 (2009. 2. 4. 개정)

□ 법인세법 시행규칙 제76조 【비영리법인의 구분경리】

① 비영리법인이 법 제113조 제1항의 규정에 의하여 구분경리하는 경우 수익사업과 기타의 사업에 공통되는 자산과 부채는 이를 수익사업에 속하는 것으로 한다. (1999. 5. 24. 개정)

② 비영리법인이 구분경리를 하는 경우에는 수익사업의 자산의 합계액에서 부채(충당금을 포함한다)의 합계액을 공제한 금액을 수익사업의 자본금으로 한다. (1999. 5. 24. 개정)

③ 비영리법인이 기타의 사업에 속하는 자산을 수익사업에 지출 또는 전입한 경우 그 자산가액은 자본의 원입으로 경리한다. 이 경우 자산가액은 시가에 의한다. (1999. 5. 24. 개정)

□ 법인세법 기본통칙 113-156…2 【비영리내국법인의 자본원입시의 시가】

규칙 제76조 제3항에 규정된 시가가 불분명한 경우의 시가는 영 제89조 제2항의 규정을 준용하여 평가한 가액에 의한다. (2001. 11. 1. 개정)

□ 법인세법 시행령 제89조 【시가의 범위 등】

① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계자 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다. (2009. 2. 4. 개정)

② 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 시가가 불분명한 경우에는 다음 각호의 규정을 순차로 적용하여 계산한 금액에 의한다. (1998. 12. 31. 개정)

1. 「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식 등을 제외한다. (2005. 2. 19. 개정)

2. 「상속세 및 증여세법」 제38조 내지 제39조의 2 및 동법 제61조 내지 제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액. 이 경우 「상속세 및 증여세법」 제63조 제2항 제1호 및 동법시행령 제57조 제1항ㆍ제2항의 규정을 준용함에 있어서 “직전 6월(증여세가 부과되는 주식 등의 경우에는 3월로 한다)”은 이를 각각 “직전 6월”로 본다. (2005. 2. 19. 개정)

나. 유사사례 (판례, 심판례, 심사례, 예규)

○ 서면2팀-1734(2007.09.21)

귀 질의 1)의 경우, 수익사업을 영위한 사실관계가 불분명하여 명확한 회신에 어려움이 있으나, 비영리법인이 고정자산처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(「법인세법 시행령」 제2조 제1항의 수익사업을 제외)에 직접 사용한 것을 제외한 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입은 같은 법 제3조 제2항에 의한 수익사업에 해당되고, 동 출연(증여)받은 자산의 취득가액은 같은 법 시행령 제72조 제1항 제5호에 의한 취득당시의 시가로 하는 것임.

○ 법인-3316(2008.11.07)

비영리내국법인이 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에서 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산을 처분하는 경우, 당해 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입에 대해서는 법인세가 과세되지 않는 것이나, 그 외의 고정자산 처분으로 인하여 생기는 수입(이하 ‘동금액’이라 함)에 대해서는 법인세가 과세되는 것임.

아울러 동금액에 대해서는 법인세법 제29조 규정에 의하여 소득금액의 50％까지 「고유목적사업준비금」을 손금으로 계상한 경우 당해 사업연도 소득금액 계산에 있어서 이를 손금으로 산입할 수 있으며, 손금으로 계상한 「고유목적사업준비금」에 대해서는 5년 이내에 고유목적사업에 사용하여야 하는 것임.

○ 서면2팀-1034(2007.05.29)

【질의】

(사실관계 및 질의요지)

고등교육법에 의한 대학교등을 운영하는 비영리법인이 출연받은 토지를 수익사업(임대)에 사용하고 처분함.

비영리법인이 출연받은 토지를 고유목적사업에 사용하지 않고 처분할 경우 당해 소득에 대한 법인세법 제29조에 의한 고유목적준비금의 손금산입 여부

【회신】

귀 질의의 경우, 「법인세법」 제3조 제2항 제5호의 고정자산처분으로 인해 생기는 소득에 대한 같은법 제29조의 고유목적사업준비금 손금산입 여부는 기존 회신사례(재법인46012-151, 2003.9.19.)를 참고하기 바람.

○ 재법인46012-151(2003.09.19.)

귀 질의의 경우, 비영리내국법인이 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용하지 아니한 토지를 처분하는 경우 정당한 사유여부에 불구하고 당해 토지의 처분으로 인하여 생기는 수입에 대해서는 법인세가 과세되는 것임. 다만, 동 금액에 대해서는 법인세법 제29조의 규정에 의하여 소득금액의 50％까지 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 당해 사업연도의 소득금액 계산에 있어서 이를 손금에 산입이 가능하나 손금으로 계상한 고유목적사업준비금에 대해서는 5년 이내에 고유목적사업에 사용하도록 하고 있음.

○ 법인세과-357(2010.04.09)

「법인세법」 제3조 제3항 제1호에서 규정하는 수익사업을 영위하는 비영리내국법인이 임대사업에 직접 사용하던 고정자산의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 같은 법 제62조의2에 따른 ‘비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례’를 적용하지 아니하고, 같은 법 제60조에 따른 각 사업연도의 소득에 대한 법인세 과세표준 및 세액을 신고하여야 하는 것임

○ 서이46012-11084(2002.05.24)

비영리 내국법인이 금전 외 수익사업용 자산을 특수관계 없는 다른 비영리 내국법인에게 출연하는 경우에는 그 자산의 시가와 장부가액과의 차액을 각 사업연도의 익금으로 하는 것이며 그 비영리 내국법인에 출연하는 자산의 가액을 기부금품으로 보아 법인세법 제24조의 규정을 적용하는 것이나, 비수익사업용 자산에 대하여는 그러하지 아니하는 것임.