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1. 질의내용 요약

가. 사실관계

- 질의법인은 의료업을 영위하는 법인으로 고유목적사업준비금을 손금에 산입하여 의료발전회계로 구분 경리하고 있음

- 병원개원 초기에 비하여 외래 및 입원환자의 수요가 지속적으로 증가함에 따라 기존에 의사실 및 회의실로 사용하던 공간을 환자들의 입원실로 변경할 계획임

나. 질의요지

- 의료발전회계로 구분 경리하는 의료법인이 입원환자의 수요에 따라 회의실 등으로 사용하던 공간을 입원실로 변경하는 공사를 하는 경우 고유목적사업준비금의 사용으로 처리할 수 있는지 여부

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙)

○ 법인세법 제29조 【고유목적사업준비금의 손금산입】

① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령이 정하는 단체에 한한다)이 각 사업년도에 그 법인의 고유목적사업 또는 지정기부금(이하 이 조에서 "고유목적사업등"이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액의 범위안에서 당해 사업년도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다.

1. 「소득세법」 제16조제1항제1호부터 제10호까지의 이자소득의 금액

2. 「소득세법」 제17조제1항제1호ㆍ제2호ㆍ제5호 및 제6호의 배당소득의 금액. 다만, 「상속세 및 증여세법」 제16조 또는 같은 법 제48조의 규정에 의하여 상속세 또는 증여세 과세가액에 산입되거나 증여세가 부과되는 주식등으로부터 발생한 배당소득금액을 제외한다.

3. 특별법에 의하여 설립된 비영리내국법인이 당해 법률에 의한 복지사업으로서 그 회원 또는 조합원에게 대출한 융자금에서 발생한 이자금액

4. 제1호 내지 제3호외의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50(「공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률」에 의하여 설립된 법인으로서 고유목적사업등에 대한 지출액중 100분의 50 이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인의 경우에는 100분의 80)을 곱하여 산출한 금액

② 비영리내국법인이 제1항의 규정에 의하여 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 고유목적사업등에 지출하는 경우에는 그 금액을 먼저 계상한 사업년도의 고유목적사업준비금으로부터 순차로 상계하여야 한다. 이 경우 직전 사업연도종료일 현재의 고유목적사업준비금의 잔액을 초과하여 당해 사업년도의 고유목적사업등에 지출한 금액이 있는 경우 그 금액은 이를 당해 사업년도에 계상할 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 보아 제1항의 규정을 적용한다.

③ 제1항의 규정에 의하여 손금에 산입한 고유목적사업준비금의 잔액이 있는 비영리내국법인이 다음 각호의 1에 해당하게 된 경우 그 잔액은 당해 사유가 발생한 날이 속하는 사업년도의 소득금액계산에 있어서 이를 익금에 산입한다. <개정 2006.12.30 부칙>

1. 해산한 때

2. 고유목적사업을 전부 폐지한 때

3. 법인으로 보는 단체가 「국세기본법」 제13조제3항의 규정에 의하여 승인취소되거나 거주자로 변경된 때

4. 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 사업년도의 종료일이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업등에 사용하지 아니한 때(5년내 사용하지 아니한 잔액에 한한다)

(이하생략)

○ 법인세법 시행령 제56조 【고유목적사업준비금의 손금산입】

⑥법 제29조제1항 내지 제3항의 규정을 적용함에 있어서 다음 각호의 금액은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 본다.

1. 비영리내국법인이 당해 고유목적사업의 수행에 직접 소요되는 고정자산 취득비용 및 인건비 등 필요경비로 사용하는 금액

2. 특별법에 의하여 설립된 법인(당해 법인에 설치되어 운영되는 기금중 「국세기본법」 제13조의 규정에 의하여 법인으로 보는 단체를 포함한다)으로서 건강보험ㆍ연금관리ㆍ공제사업 및 제2조제1항제8호에서 규정된 사업을 영위하는 비영리내국법인이 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 법령에 의하여 기금 또는 준비금으로 적립한 금액

3. 의료업을 영위하는 비영리내국법인(이하 이 조에서 "의료법인"이라 한다)이 의료기기 등 기획재정부령이 정하는 고정자산을 취득하기 위하여 지출하는 금액

(중 략)

⑩제6항제3호의 규정을 적용받고자 하는 의료법인은 손금으로 계상한 고유목적사업준비금상당액을 기획재정부령이 정하는 의료발전회계로 구분하여 경리하여야 한다. <신설 2000.12.29 부칙, 2008.2.29 부칙>

○ 법인세법 시행규칙 제29조 의2 【의료기기 등의 범위】

①영 제56조제6항제3호에서 "의료기기 등 기획재정부령이 정하는 고정자산"이라 함은 다음 각 호의 자산을 말한다.

1. 병원 건물 및 부속토지

2. 「의료기기법」에 따른 의료기기

3. 「보건의료기본법」에 따른 보건의료정보의 관리를 위한 정보시스템 설비

②영 제56조제10항에서 "기획재정부령이 정하는 의료발전회계"라 함은 고유목적사업준비금의 적립 및 지출에 관하여 다른 회계와 구분하여 독립적으로 경리하는 회계를 말한다.

○ 법인세법 기본통칙 기본통칙 29-56…6 【 의료발전회계의 처리방법 】

① 의료법인이 의료기기 등 규칙 제29조의2에서 규정하는 고정자산을 취득하기 위하여 지출하는 금액은 당해 법인의 선택에 따라 고유목적사업준비금을 사용한 것으로 경리할 수 있다.(2003.05.10 신설)

② 제1항의 규정에 따라 지출하는 금액은 영 제56조 제9항의 규정에 따라 의료발전회계로 구분경리하여야 하며, 이에 대한 세무상 처리방법은 아래와 같다.(2003.05.10 신설)

○ 법인세법 기본통칙 23-26…7 【 개축하는 건축물 등에 대한 감가상각 】

기존 건축물에 대한 개량, 확장, 증설 등에 해당하는 자본적 지출액은 기존 건축물의 내용연수를 적용하여 감가상각한다. 다만, 기존 건축물의 수선이 「건축법 시행령」 제2조에서 규정하는 신축, 개축, 재축에 해당하는 경우에는 기존 건축물의 장부가액과 철거비용은 당기비용으로 처리하고 그외 새로이 지출한 금액은 신규 취득자산의 장부가액으로 보아 새로이 내용연수를 적용하여 감가상각한다. <단서개정 2008.07.25>

○ 지방세법 제104조 【정의】

취득세에서 사용하는 용어의 의의는 다음 각호와 같다.

8. 취득 : 매매, 교환, 상속, 증여, 기부, 법인에 대한 현물출자, 건축, 개수, 공유수면의 매립, 간척에 의한 토지의 조성등과 기타 이와 유사한 취득으로서 원시취득, 승계취득 또는 유상무상을 불문한 일체의 취득을 말한다.

9. 건축 : 「건축법」 제2조제1항제8호의 규정에 의한 건축을 말한다.

10. 개수 : 「건축법」 제2조제1항제9호의 규정에 의한 대수선과 건축물에 부수되는 시설물중 대통령령이 정하는 시설물의 1종 이상을 설치하거나 수선하는 것을 말한다.

○ 건축법 제2조 【정의】

① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

8. "건축"이란 건축물을 신축ㆍ증축ㆍ개축ㆍ재축(재축)하거나 건축물을 이전하는 것을 말한다.

9. "대수선"이란 건축물의 기둥, 보, 내력벽, 주계단 등의 구조나 외부 형태를 수선ㆍ변경하거나 증설하는 것으로서 대통령령으로 정하는 것을 말한다.

○ 건축법 시행령 제2조 【정의】

이 영에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. "신축"이란 건축물이 없는 대지(기존 건축물이 철거되거나 멸실된 대지를 포함한다)에 새로 건축물을 축조(축조)하는 것[부속건축물만 있는 대지에 새로 주된 건축물을 축조하는 것을 포함하되, 개축(개축) 또는 재축(재축)하는 것은 제외한다]을 말한다.

2. "증축"이란 기존 건축물이 있는 대지에서 건축물의 건축면적, 연면적, 층수 또는 높이를 늘리는 것을 말한다.

3. "개축"이란 기존 건축물의 전부 또는 일부[내력벽ㆍ기둥ㆍ보ㆍ지붕틀(제16호에 따른 한옥의 경우에는 지붕틀의 범위에서 서까래는 제외한다) 중 셋 이상이 포함되는 경우를 말한다]를 철거하고 그 대지에 종전과 같은 규모의 범위에서 건축물을 다시 축조하는 것을 말한다.

4. "재축"이란 건축물이 천재지변이나 그 밖의 재해(재해)로 멸실된 경우 그 대지에 종전과 같은 규모의 범위에서 다시 축조하는 것을 말한다.

○ 건축법 시행령 제3조 의2 【대수선의 범위】

법 제2조제1항제9호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 증축ㆍ개축 또는 재축에 해당하지 아니하는 것을 말한다. <개정 2010.2.18 부칙>

1. 내력벽을 증설 또는 해체하거나 그 벽면적을 30제곱미터 이상 수선 또는 변경하는 것

2. 기둥을 증설 또는 해체하거나 세 개 이상 수선 또는 변경하는 것

3. 보를 증설 또는 해체하거나 세 개 이상 수선 또는 변경하는 것

4. 지붕틀(한옥의 경우에는 지붕틀의 범위에서 서까래는 제외한다)을 증설 또는 해체하거나 세 개 이상 수선 또는 변경하는 것

5. 방화벽 또는 방화구획을 위한 바닥 또는 벽을 증설 또는 해체하거나 수선 또는 변경하는 것

6. 주계단ㆍ피난계단 또는 특별피난계단을 증설 또는 해체하거나 수선 또는 변경하는 것

7. 미관지구에서 건축물의 외부형태(담장을 포함한다)를 변경하는 것

8. 다가구주택의 가구 간 경계벽 또는 다세대주택의 세대 간 경계벽을 증설 또는 해체하거나 수선 또는 변경하는 것

나. 관련예규(예규, 해석사례, 심사, 심판)

○ 법인세과-644, 2009.05.29

조세특례제한법 제74조제1항제3호에 해당하는 법인이 고유목적사업준비금을 사용하여 취득한 의료기기에 대한 감가상각비를 각 사업연도의 소득금액 계산시 손금으로 계상하고 동 감가상각비 상당액을 의료발전준비금의 환입으로 익금에 산입한 금액은 수익사업에서 발생한 소득으로 보아 당해 소득을 같은 법 같은 조 제1항에 따라 고유목적사업준비금으로 손금산입 할 수 있는 것임

○ 서이46012-10698, 2002.04.01

의료업을 영위하는 비영리내국법인의 “건설가계정”으로 계상된 금액 중 2001.1.1이후 개시하는 사업연도에 법인세법시행규칙 제29조의2 제1항 제1호에 규정된 병원건물의 신축비로 지출된 금액은 같은법시행령 제56조 제6항 제3호 규정에 의하여 고유목적사업에 사용한 금액으로 보는 것임

○ 서면2팀-2215, 2004.11.02

[ 질 의 ]

의료업을 영위하는 비영리법인이 환자를 위한 재활치료요법장 및 운동장으로 사용할 목적으로 병원에 인접한 토지를 매입한 경우에도 그 취득비용은 고유목적사업준비금 사용기준으로 보는지 여부

[ 회 신 ]

의료업을 영위하는 비영리내국법인이 환자 치료용 건물과 그 부속토지를 취득하기 위하여 지출한 금액은 법인세법시행규칙 제29조의 2 제1항 제1호의 규정에 의하여 이를 고유목적사업준비금에서 지출한 금액으로 보는 것이나, 귀 질의의 토지가 환자 치료용 건물의 부속토지인지 여부는 사실 판단할 사항임(법인세과-644, 2002.2.28)

○ 서면2팀-526, 2008.03.25

의료법인이 취득한 병원건물내 진료실을 건강검진센터 및 영안실로 용도변경을 위해 지출한 공사비용은 「법인세법 시행령」 제56조 제6항 제3호에 의해 같은 법 시행규칙 제29조의 2 제1항 각 호의 고정자산 취득을 위하여 지출한 금액에 해당되지 않는 것임

○ 서면2팀-898, 2004.04.27

[ 질 의 ]

의료법에 의한 의료법인이 신축건물을 임차하여 병원을 이전함에 있어서, 임차한 건물내에 인테리어시설 및 환자의 편의를 위한 기타시설(휴계실 등)공사를 당 법인이 지출하는 경우 그 지출금액이 고유목적사업준비금의 사용기준인 의료법인의 의료기기 등의 취득을 위하여 지출한 금액의 범위에 포함되는지 여부

[ 회 신 ]

의료업을 영위하는 비영리내국법인이 “의료기기 등 법인세법시행규칙 제29조의 2의 규정에 의한 고정자산”을 취득하기 위하여 지출하는 금액은 고유목적사업준비금에서 지출한 금액으로 보는 것이나, 동 규정에 의한 자산 외의 자산을 취득하기 위하여 지출하는 금액은 그러하지 아니하는 것임

○ 법인세과-498, 2009.04.24

고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 의료업을 영위하는 비영리내국법인이 병원 건물 및 부속토지를 취득하기 위하여 지출하는 금액은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 보는 것이나,

병원 건물 신축(증축)용 토지 및 주차장용 토지를 취득하기 위해 지출하는 금액은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 보지 않는 것이며, 병원 건물의 건축공사에 착공하기 위해 병원회계로 당해 토지를 전입하는 때에는 그 전입하는 시점에서 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 보는 것임

○ 서면2팀-721, 2005.05.26

고유목적사업에 사용할 목적으로 건물을 임차하고 지급한 임차보증금은 고정자산의 성격으로 임대차 계약기간 만료 시 다시 고유목적사업준비금에 환입 되는 것이므로, 그 지출금액은「법인세법」제29조 제2항 및 같은법 시행령 제56조 제6항의 규정에 의한 ‘고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액’으로 보는 것임

○ 법인46012-187, 2002.03.29

의료업을 영위하는 비영리내국법인의 ″건설가계정″으로 계상된 금액 중 2001.1.1이후 개시하는 사업연도에 법인세법시행규칙 제29조의 2 제1항 제1호에 규정된 병원건물의 신축비로 지출된 금액은 같은법시행령 제56조 제6항 제3호 규정에 의하여 고유목적사업에 사용한 금액으로 보는 것임