1. 질의내용 요약

가. 사실관계

○질의법인은 1999.8.5.에 설립하여 아래와 같이 벤처기업으로 확인받았음

 ①2001.7.23.(2003.7.22.까지 유효)

 ②2006.11.22.(2007.11.21.까지 유효)

 ③2011.4월

 -법인설립 이후 5년째인 2004년부터 과세소득이 발생하였으나 세액감면신청을 하지 않았음

 -질의법인은 게임개발회사로 창립 이래로 현재까지 업종변경 없이 벤처기업의 요건을 계속 유지하고 있음

나. 질의요지

○위의 경우 경정청구 기한 내인 2008~2010 사업연도에 창업벤처기업 세액감면에 대한 경정청구가 가능한 지 여부

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세법령(법률,시행령,시행규칙)

○조세특례제한법 제6조 【창업중소기업 등에 대한 세액감면】(1999.12.28. 법률 제6045호로 개정되기 전의 것)

②벤처기업육성에관한특별조치법 제2조제1항의 규정에 의한 벤처기업 중 대통령령이 정하는 기업으로서 창업후 2년이내에 동법 제25조의 규정에 의하여 벤처기업으로 확인받은 기업(이하 "창업벤처중소기업"이라 한다)의 경우에는 그 확인받은 날 이후 최초로 소득이 발생한 과세년도와 그 다음 과세년도 개시일부터 5년 이내에 종료하는 과세년도까지 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 제1항의 규정을 적용받는 경우를 제외한다.<신설 1999.8.31>

③창업중소기업과 창업벤처중소기업의 범위는 제조업, 광업, 부가통신업, 연구 및 개발업, 방송업(종합유선방송법에 의한 종합유선방송국 및 프로그램공급업과 방송프로그램제작업에 한한다. 이하 같다), 대통령령이 정하는 엔지니어링사업(이하 "엔지니어링사업"이라 한다), 대통령령이 정하는 정보처리 및 컴퓨터운용관련업(이하 "정보처리 및 컴퓨터운용관련업"이라 한다)과 대통령령이 정하는 물류산업(이하 "물류산업"이라 한다)을 영위하는 중소기업으로 한다.<개정 1999.8.31>

○ 조세특례제한법 시행령 제5조 【창업중소기업 등에 대한 세액감면】(2000.12.29. 대통령령 17034호로 개정되기 전의 것)

④법 제6조제2항에서 "대통령령이 정하는 기업"이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 기업을 말한다.<개정 1999.10.30>

1. 벤처기업육성에관한특별조치법 제2조제1항제1호·제3호 및 제4호의 규정에 의한 중소기업

2.기술 및 인력개발을 위하여 지출하는 비용중 재정경제부령이 정하는 비용(이하 이 조에서 "연구개발비"라 한다)이 당해 과세연도의 수입금액의 100분의 5이상인 중소기업

나. 유사사례 (판례, 심판례, 심사례, 예규)

○ 법규법인2010-95, 2010.04.07.

「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제25조에 따라 벤처기업으로 확인받은 기업이 「조세특례제한법」 제6조제2항에 따른 세액감면을 적용받는 감면기간 중에 벤처기업확인서의 유효기간이 만료되어 해당 사업연도 종료일 현재 벤처기업에 해당하지 않는 경우에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도부터 창업벤처중소기업에 대한 세액감면을 적용받을 수 없는 것입니다.

○ 서면2팀-1160, 2006.06.20.

내국법인이 조세특례제한법 제6조 규정을 적용함에 있어 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제25조의 규정에 의하여 벤처기업으로 확인 받은 기업(이하 “벤처기업”이라 함)이 같은 법 제6조 제2항의 창업벤처중소기업에 대한 세액감면을 적용받는 감면기간 중에 벤처기업확인서의 유효기간이 만료되어 벤처기업에 해당하지 않는 경우에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도부터 같은 법에 의한 세액감면을 적용받을 수 없는 것입니다.

○ 서이46012-11723, 2003.10.01.

벤처기업육성에 관한 특별조치법 제25조의 규정에 의하여 벤처기업으로 확인받은 기업이 조세특례제한법 제6조 제2항의 규정에 의한 세액감면을 적용받는 감면기간 중에 벤처기업확인서의 유효기간이 만료되어 벤처기업에 해당하지 않는 경우에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도부터 같은법에 의한 세액감면을 적용받을 수 없는 것이나,

잔존감면기간 중에 벤처기업확인서를 재발급받은 경우에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도부터 잔존감면기간동안 창업벤처중소기업에 대한 세액감면을 적용받을 수 있는 것으로,

이 경우 잔존감면기간은 당해 사업에서 최초로 소득이 발생한 날이 속하는 사업연도부터 기산하여 적용하는 것입니다.

○ 국심2006중3453, 2007.03.30.

청구법인이 2002사업연도가 종료되기 전인 2002.12.5. ○○○에게 벤처기업 갱신신청을 하여 2003.1.17.벤처기업임을 통보받았다는 점에서 청구법인이 벤처기업 갱신신청을 늦게함에 따라 발생된 절차적 문제로 벤처기업의 요건을 갖추지 못함에 따라 발생된 실체적 문제는 아니었으며, ○○○이 2003.1.17. 이후 심리일 현재까지 벤처기업임을 확인하고 있다는 점에서 청구법인에 대한 벤처기업 확인은 2002사업연도 종료일 현재 취소되지 아니하고 계속 유지된 것으로 보아야 할 것이다. 또한, 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제25조의 2에서는 벤처기업유효기간에 대한 기간만료 사유를 벤처기업 확인의 취소사유로 규정하고 있지 않으며, 조세특례제한법 제6조 제2항에서도 창업벤처기업이 감면기간 중에 벤처기업의 확인이 취소된 경우에 한해 그 취소일이 속하는 과세연도부터 법인세 감면을 적용하지 아니한다고 규정하고 있으므로 처분청이 2002사업연도 종료일 현재 벤처기업 확인이 취소되지 아니한 청구법인에게 벤처기업에 해당되지 않는다 하여 법인세 감면세액을 추징한 처분은 잘못이라고 판단된다.

○ 조심2008서4180, 2009.06.23.

청구인이 동일한 특허로 2003.11.3. 과 2006.6.3.에「벤처기업육성에 관한 특별조치법」제25조의 규정에 의하여 ○○지방중소기업청장으로부터 벤처기업임을 확인받은 사실과 단지 갱신신청이 지연되었다는 청구주장 및 2005사업연도를 제외한 2003사업연도부터 2007사업연도까지 창업벤처기업으로 법인세액을 감면받은 사실 등을 감안할 때, 청구인에 대한 벤처기업 확인은 2005사업연도 종료일 현재 취소되지 아니하고 계속 유지된 것으로 보아야 할 것이다.

또한,「벤처기업육성에 관한 특별조치법」제25조의2에서는 벤처기업 유효기간에 대한 기간만료 사유를 벤처기업 확인의 취소사유로 규정하고 있지 않으며,「조세특례제한법」제6조 제2항에서도 창업벤처기업이 감면기간 중에 벤처기업의 확인이 취소된 경우에 한해 그 취소일이 속하는 과세연도부터 법인세 감면을 적용하지 아니한다고 규정하고 있음을 볼 때 처분청이 2005사업연도 종료일 현재 청구인이 벤처기업에 해당되지 않는다 하여 법인세 감면세액을 추징한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다(국심2006중3453, 2007.3.30., 같은 뜻임).