1. 사실관계 및 질의요지
가. 사실관계
○질의법인은 영농조합법인으로 2004년 설립하여 사업을 영위하다가 2011.7월에 합자회사인 농업회사법인으로 조직변경하였으며
-조직변경 이후 1년 이내에 개인 중소기업과 통합할 예정
○ 개인 중소기업과 통합시 영농조합법인 설립부터는 7년이 경과한 것이나 조직변경 후로부터는 1년이 경과하지 않음
나. 질의요지
○영농조합법인이 합자회사인 농업회사법인으로 전환한 경우 중소기업 간의 통합에 대한 양도소득세의 이월과세 적용시 법인설립 기산일의 계산방법
2. 질의내용에 대한 자료
가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙)
○조세특례제한법 제31조 【중소기업 간의 통합에 대한 양도소득세의 이월과세 등】
① 대통령령으로 정하는 업종을 경영하는 중소기업 간의 통합으로 인하여 소멸되는 중소기업이 대통령령으로 정하는 사업용고정자산(이하 "사업용고정자산"이라 한다)을 통합에 의하여 설립된 법인 또는 통합 후 존속하는 법인(이하 이 조에서 "통합법인"이라 한다)에 2012년12월31일까지 양도하는 경우 그 사업용고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있다.
② 제1항의 적용대상이 되는 중소기업 간 통합의 범위 및 요건에 관하여는 대통령령으로 정한다.
○조세특례제한법 시행령 제28조 【중소기업간의 통합에 대한 양도소득세의 이월과세 등】
① 법 제31조제1항에서 "대통령령으로 정하는 업종을 경영하는 중소기업 간의 통합"이란 제29조제3항에 따른 소비성서비스업(소비성서비스업과 다른 사업을 겸영하고 있는 경우에는 부동산양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도의 소비성서비스업의 사업별수입금액이 가장 큰 경우에 한한다)을 제외한 사업을 영위하는 중소기업자(「중소기업기본법」에 의한 중소기업자를 말한다. 이하 이 조에서 같다)가 당해 기업의 사업장별로 그 사업에 관한 주된 자산을 모두 승계하여 사업의 동일성이 유지되는 것으로서 다음 각호의 요건을 갖춘 것을 말한다. 이 경우 설립 후 1년이 경과되지 아니한 법인이 출자자인 개인(「국세기본법」제39조제2항의 규정에 의한 과점주주에 한한다)의 사업을 승계하는 것은 이를 통합으로 보지 아니한다.
1. 통합으로 인하여 소멸되는 사업장의 중소기업자가 통합후 존속하는 법인 또는 통합으로 인하여 설립되는 법인의 주주 또는 출자자일 것
2. 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 중소기업자가 당해 통합으로 인하여 취득하는 주식 또는 지분의 가액이 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 순자산가액(통합일 현재의 시가로 평가한 자산의 합계액에서 충당금을 포함한 부채의 합계액을 공제한 금액을 말한다. 이하 같다)이상일 것
② 법 제31조제1항에서 "대통령령으로 정하는 사업용고정자산"이란 당해 사업에 직접 사용하는 유형자산 및 무형자산(1981년1월1일 이후에 취득한 부동산으로서 기획재정부령이 정하는 법인의 업무와 관련이 없는 부동산의 판정기준에 해당되는 자산을 제외한다)을 말한다.
○법인세법 제78조 【법인의 조직변경으로 인한 청산소득에 대한 과세특례】
내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 청산소득에 대한 법인세를 과세하지 아니한다.
1. ｢상법｣의 규정에 따라 조직변경하는 경우
2. 특별법에 따라 설립된 법인이 그 특별법의 개정이나 폐지로 인하여 ｢상법｣에 따른 회사로 조직변경하는 경우
3. 그 밖의 법률에 따라 내국법인이 조직변경하는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우
○법인세법 기본통칙 6-0…1 【법인의 조직을 변경한 경우의 사업연도】
상법·기타 법령의 규정에 의하여 그 조직을 변경한 경우에도 조직변경 전의 법인해산등기 또는 조직변경 후의 법인설립등기에 관계없이 당해 법인의 사업연도는 조직변경 전 사업연도가 계속되는 것으로 한다.
나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판)
특별법에 의하여 설립된 법인이 당해 특별법의 개정으로 인하여 ｢상법｣상의 합자회사 또는 합명회사로 조직변경하는 경우 청산소득에 대한 법인세는 과세하지 아니하는 것이며, 이 경우 조직변경 전의 법인해산등기 또는 조직변경 후의 법인설립등기에 관계없이 당해 법인의 사업연도는 조직변경 전 사업연도가 계속되는 것임
○ 서면2팀-1005, 2008.5.22.
상법ㆍ기타법령 등의 규정에 의하여 그 조직을 변경한 경우 당해 법인의 사업연도는 조직변경 전 사업연도가 계속 되는 것으로 보는 것이며, 법인설립신고 및 사업자등록은 기존 신고사항 중 변경된 사항에 대하여 정정신고를 하는 것임.
○ 서면2팀-1150, 2006.6.19.
귀 질의의 경우와 같이 상법ㆍ기타법령의 규정에 의하여 그 조직을 변경한 경우에도 조직변경 전의 법인해산등기에 또는 조직변경 후의 법인설립등기에 관계없이 당해 법인의 사업연도는 조직변경 전 사업연도가 계속 되는 것으로 보는 것이며, 법인설립신고 및 사업자등록은 기존 신고사항 중 변경된 사항에 대하여 정정신고를 하는 것임
(같은 뜻 법인세과-637 , 2009.5.28. ; 법인세과-353, 2009.3.26. ; 법인세과-491, 2006.4.24. 외 다수)
