1. 질의요지 및 사실관계
□ 사실관계
○질의법인은 「지방의료원의 설립 및 운영에 관한 법률」, 「경상남도의료원 설립 및 운영조례」를 근거로 경상남도가 100% 출연하여 설립된 비영리 법인임
○질의법인은 2012.12. 당기순손실 ○○억원, 매년 주적된 적자 부채 ○○억원인 상태에서 2013.5월 폐업신고 및 직원해고 통보하였고
-2013.7. 해산등기를 한 상태임
○해산등기 후 청산과정에서 질의법인 보유부동산(사업용 및 비사업용)을 제3자에 매각하지 않고
-자산과 부채를 당초 출연기관인 경상남도에 귀속(부담부증여)시킬 예정
□ 질의요지
○해산등기후 청산하기 위하여 양도한 부동산 처분이익에 대하여 수익으로 보아 법인세를 납부하여야 하는지? 아니면 청산소득으로 보아야 하는지?
○부동산 양도에 따른 ‘토지 등 양도소득에 대한 법인세’ 납세의무가 있는 지 여부
2. 관련 법령
○법인세법 제3조 【과세소득의 범위】
① 법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호 및 제3호의 소득에 대하여만 법인세를 부과한다.
1. 각 사업연도의 소득
2. 청산소득(淸算所得)
3. 제55조의2 및 제95조의2에 따른 토지등 양도소득
③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다. <개정 2013.1.1>
1. 제조업, 건설업, 도매업·소매업, 소비자용품수리업, 부동산·임대 및 사업서비스업 등의 사업으로서 대통령령으로 정하는 것
2. 「소득세법」 제16조제1항에 따른 이자소득
3. 「소득세법」 제17조제1항에 따른 배당소득
4. 주식·신주인수권(新株引受權) 또는 출자지분(出資持分)의 양도로 인하여 생기는 수입
5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입
6. 「소득세법」 제94조제1항제2호 및 제4호에 따른 자산의 양도로 인하여 생기는 수입
7. 제1호부터 제6호까지의 규정 외에 대가(對價)를 얻는 계속적 행위로 인하여 생기는 수입으로서 대통령령으로 정하는 것
○법인세법 제55조의2 【토지등 양도소득에 대한 과세특례】
①내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의2에서 "토지등"이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.
1. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 부동산을 2012년 12월 31일까지 양도한 경우에는 그 양도소득에 100분의 10을 곱하여 산출한 세액
가. 「소득세법」 제104조의2제2항에 따른 지정지역에 있는 부동산으로서 제2호에 따른 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)
나. 「소득세법」 제104조의2제2항에 따른 지정지역에 있는 부동산으로서 제3호에 따른 비사업용 토지
다. 그 밖에 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있어 부동산가격의 안정을 위하여 필요한 경우에 대통령령으로 정하는 부동산
2.대통령령으로 정하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)을 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 30(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액
3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 30(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액
○ 법인세법 제79 조【해산에 의한 청산소득금액의 계산】
① 내국법인이 해산(합병 또는 분할에 의한 해산을 제외한다)한 경우 그 청산소득(이하 "해산에 의한 청산소득"이라 한다)의 금액은 그 법인의 해산에 의한 잔여재산의 가액에서 해산등기일 현재의 자본금 또는 출자금과 잉여금의 합계액(이하 "자기자본의 총액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다.
② 해산으로 인하여 청산중인 내국법인이 그 해산에 의한 잔여재산의 일부를 주주 등에게 분배한 후「상법」 제229조·제285조·제519조 또는 동법 제610조에 따라 사업을 계속하는 경우에는 그 해산등기일부터 계속등기일까지의 사이에 분배한 잔여재산의 분배액의 총합계액에서 해산등기일 현재의 자기자본의 총액을 공제한 금액을 그 법인의 해산에 의한 청산소득의 금액으로 한다.
③ 내국법인의 해산에 의한 청산소득의 금액을 계산할 때 그 청산기간에 「국세기본법」에 따라 환급되는 법인세액이 있는 경우 이에 상당하는 금액은 그 법인의 해산등기일 현재의 자기자본의 총액에 가산한다.
④ 내국법인의 해산에 의한 청산소득의 금액을 계산할 때 해산등기일 현재 당해 내국법인에 대통령령이 정하는 이월결손금이 있는 경우에는 그 이월결손금은 그날 현재의 그 법인의 자기자본의 총액에서 그에 상당하는 금액과 상계하여야 한다. 다만, 상계하는 이월결손금의 금액은 자기자본의 총액중 잉여금의 금액을 초과하지 못하며, 초과하는 이월결손금이 있는 경우에는 이를 없는 것으로 본다.
⑤ 제4항에 따라 청산소득 금액을 계산할 때 해산등기일 전 2년 이내에 자본금 또는 출자금에 전입한 잉여금이 있는 경우에는 해당 금액을 자본금 또는 출자금에 전입하지 아니한 것으로 보아 같은 항을 적용한다.
⑥내국법인의 해산에 의한 청산소득의 금액을 계산할 때 그 청산기간중에 생기는 각 사업연도의 소득금액이 있는 경우에는 이를 그 법인의 해당 각 사업연도의 소득금액에 산입한다.
○ 법인세법 시행규칙 제61조【 해산에 의한 청산소득금액의 계산 】
법인이 해산등기일 현재의 자산을 청산기간중에 처분한 금액(환가를 위한 재고자산의 처분액을 포함한다)은 이를 청산소득에 포함한다. 다만, 청산기간중에 해산전의 사업을 계속하여 영위하는 경우 당해사업에서 발생한 사업수입이나 임대수입, 공·사채 및 예금의 이자수입 등은 그러하지 아니하다.
○ 법인세법 기본통칙 3-0…2【해산한 비영리내국법인의 납세의무】
비영리내국법인이 해산한 경우에도 그 청산기간 중 수익사업에서 생긴 소득에 대하여 법인세를 납부할 의무가 있다. (2001.11.1.개정)
3. 관련 사례
○ 대법원2007두733, 2007.04.12.
학교용지 매각은 수익사업일환으로 취득하였으나 부득이 해산 전 매각이 불가하여 해산 후 환가절차의일환으로 매각하였으므로 청산소득에 해당함
의료업을 영위하는 비영리법인이 해산등기 후 잔여재산을 청산하는 과정에서 자산과 부채를 다른 비영리내국법인에 출연함으로써 발생하는 양도소득은 청산소득에 해당하는 것이나, 비영리내국법인은 ｢법인세법｣ 제3조제1항에 따라 청산소득에 대한 법인세 납세의무가 없는 것임
다만, 비영리내국법인의 경우에도 같은 법 제55조의 2 제1항에서 규정하는 부동산 양도에 대하여는 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 납부하여야 하는 것임
○ 법인46012-1479, 1993.05.22.
법인이 청산하기 위하여 소유토지를 양도하는 경우 그 양도차익에 대하여는 청산소득에 대한 법인세외 특별부가세의 납세의무가 있음
내국법인이 해산등기 후 청산하는 과정에서 보유 부동산을 처분하여 발생한 소득은 청산소득에 해당하는 것임. 다만, 비영리내국법인은 청산소득에 대한 납세의무가 없는 것이나,「법인세법」제55조의 2 제1항에서 규정하는 부동산 양도에 대하여는 같은항 각호에 의해 계산한 "토지 등 양도소득에 대한 법인세"를 납부하여야 하는 것임
○ 재경부재산 46014-95, 2000.04.04법인세과-1573, 2008.07.15
【질의】
정신요양시설을 운영하던 사회복지법인이 동 사회복지법인을 해산하면서 사회복지사업법 제27조 제1항의 규정에 의하여 자산과 부채를 포함한 잔여재산을 다른 의료법인에 출연하는 경우 당해 부담부증여에 대하여 특별부가세가 과세되는지 여부에 대해 질의함.
<갑설> 사실상 유상으로 이전된 것으로 보아 특별부가세가 과세됨
(이유) 법인세법 제99조 제2항에서 특별부가세가 과세되는 "양도"라 함은 토지 등이 사실상 유상으로 이전되는 것으로 규정하고 있으며 소득세법 제88조 제1항에서도 부담부증여에 의한 증여가액 중 수증자가 인수하는 채무액에 상당하는 부분은 그 자산이 사실상 유상으로 이전된 것으로 규정하고 있는바, 비영리법인의 해산시 잔여재산의 인계에 따라 함께 인수되는 채무에 대하여도 동일하게 적용하는 것이 타당함.
<을설> 비영리법인이 해산시 국가ㆍ지방자치단체 또는 다른 비영리법인에 잔여재산과 같이 포괄적으로 인수되는 부채는 특별부가세과세대상이 아님.
(이유) 비영리법인은 해산시 잔여재산을 국가ㆍ지방자치단체 또는 다른 비영리법인에 재출연하여야 하는바, 당해 비영리법인의 소멸에 따라 모든 자산과 부채 등 권리와 의무가 포괄적으로 승계되는 것으로 일반적인 부담부증여에 의한 자산의 유상이전과는 달리 적용하는 것이 합리적임.
【회신】
귀청 질의의 경우 "갑설"이 타당함.
○서면2팀-640, 2007.04.12.
비영리법인이 자산양도소득에 대해 특례규정에 따라 양도소득세를 준용하여 계산한 경우로서, 소득세법상 중과규정(비사업용 토지 등)이 적용된 경우에는 법인세법상 ‘토지 등 양도소득 과세특례’가 적용되지 아니함
○ 서면2팀-334, 2007.02.23.
내국법인이 각 사업연도소득이 없는 경우로서 청산절차에 따라 잔여재산 중 「법인세법」 제55조의2 제1항의 규정에 의하여 토지 및 건물을 양도한 경우에는 같은 조 같은 항 각호에 의하여 계산한 세액을 토지 등 양도소득에 대한 법인세로 하여 「법인세법」제13조의 규정에 의한 과세표준에 같은 법 제55조의 규정에 의한 세율을 적용하여 계산한 법인세액을 추가하여 납부하여야 하는 것임
○ 서면2팀-202, 2005.01.31.
비영리법인이 청산절차를 진행하면서 해산등기일 익일부터 잔여재산가액을 확정하기 위하여 해산등기일 현재의 고정자산을 처분한 경우, 당해 소득금액은 법인세법 제79조 제1항에 규정된 청산소득에 해당되는 것임
○ 법인46012-114, 1996.01.15.
비영리법인을 해산하는 때에는 청산소득에 대한 법인세 납세의무는 없는 것이나, 출자조합원에게 부동산을 현물출자로 배분하는 경우에는 당해 부동산의 양도차익에 대하여 법인세법 제1조 제5항 및 제59조의2의 규정에 의하여 특별부가세 납세의무가 있는 것임
○ 법인46012-922, 2000.04.10
사회복지법인이 동 사회복지법인을 해산하면서 자산과 부채를 포함한 잔여재산을 다른 비영리법인에 출연함에 있어서 부담부증여에 의하여 증여자의 채무를 수증자가 인수하는 경우에는 증여가액 중 그 채무액에 상당하는 부분은 그 자산이 유상으로 사실상 이전된 것으로 보아 특별부가세가 과세되는 것임
○ 법인22601-803, 1989.03.06
의료법인의 해산 내용이 불분명하나 보건사회부장관의 허가를 얻어 의료법인이 해산하면서 토지 등의 자산과 부채를 장부가액으로 학교법인에 인계함에 있어 인계하는 부채액이 자산의 가액을 초과하는 금액은 자산의 양도차익에 해당하는 것이며 자산을 포괄양도하는 경우의 특별부가세 과세표준계산에 있어 자산별 양도가액 계산은 법인세법 기본통칙 7-2-12...59의 2에 의하여 계산함
○서울고법2005누21967, 2007.09.20.
청산절차 중의 손해배상채권의 확정이나 손해배상금의 변제공탁이 잔여재산의 분배를 위한 청산절차에 따른 환가에 해당한다고 볼 수는 없으므로 쟁점 손해배상금은 그 판결확정 당시 사업연도의 소득금액이라 할 것
○ 법인46012-816, 2000.03.29.
법인이 해산등기일 이후 청산기간 중에 해산전의 사업을 계속하여 영위하는 경우 해당사업에서 발생하는 사업수입이나 예금 등의 이자는 법인세법 제14조에 따른 각사업연도의 소득으로 과세되는 것으로 청산소득금액을 계산함에 있어서는 그 법인의 해산에 의한 잔여자산의 가액에 포함하지 아니함
○ 법규과-3385, 2006.08.21.
정비사업조합이 해산에 의한 청산절차를 이행하기 전에 체비지․보류지 및 보류건축시설 등을 매각함에 따라 발생하는 매매차익은 각 사업연도 소득에 해당하는 것임
