1. 처분개요

가. 청구인은 1979.2.19. 설립된 a㈜(전 b㈜로 이하 “쟁점법인”이라 한다)의 공동대표이사로 2014.6.27. 취임한 이후 쟁점법인으로부터 두 차례[2014.10.22. 220,625주(127,681주 1주당 OOO원, 92,944주 1주당 OOO원), 2017.8.17. 250,061주(1주당 OOO원)]에 걸쳐 주식매수선택권(이하 “스톡옵션”이라 한다)을 부여받았다.

나. 쟁점법인의 주주였던 c 및 d 등은 2017.3.24. 쟁점법인의 주식을 1주당 OOO원을 적용한 금액으로 ㈜e에 양도하였고, ㈜e는 2020.2.6. 쟁점법인의 주식을 1주당 OOO원을 적용한 금액(2017.3.24. 1주당 OOO원을 적용한 금액과 함께 이하 “쟁점매매사례가액”이라 한다)으로 f㈜에 양도하였다.

다. 청구인은 쟁점법인의 주주와 같이 2017.3.24. 1차 스톡옵션을 행사하여 교부받은 220,625주를 ㈜e에 양도하고, 다시 2020.2.6. 2차 스톡옵션을 행사하여 교부받은 250,061주(2017.3.24. 교부받은 220,625주와 함께 “쟁점주식”이라 한다)를 f㈜에 양도하였으며, 쟁점주식의 시가를 쟁점매매사례가액으로 보아 계산한 행사차익(2017년 OOO원, 2020년 OOO원)을 근로소득금액에 합산하여 2017·2020년 귀속 종합소득세를 신고·납부하였다.

라. 이후 청구인은 2021.10.22. 경영권 프리미엄이 포함된 쟁점매매사례가액에서「상속세 및 증여세법」(이하 “상증세법”이라 한다) 제63조 제3항에 따른 최대주주 할증률을 차감한 금액을 쟁점주식의 시가로 보아 행사차익과 근로소득금액을 재계산하여 2017·2020년 귀속 종합소득세 합계 OOO원(2017년 OOO원, 2020년 OOO원)을 환급해 달라는 취지의 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2023.5.9. 이를 거부하였다.

마. 청구인은 이에 불복하여 2023.6.27. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

 (1) 스톡옵션 행사에 따른 쟁점주식의 시가는 쟁점매매사례가액에서 최대주주 할증률을 차감한 가액이다.

  (가) 경영권 프리미엄이 가산된 최대주주가 거래한 매매가액이 있는 경우 해당 매매가액에서 상증세법 상 최대주주 할증률을 차감한 가액을 쟁점주식의 시가로 보아야 한다.

   1) 국세청(서면2팀-1781, 2005.11.4.)에서는 당해 법인이 비상장지주회사로 전환하는 과정에서 현물출자를 받는 대가로 교부하는 신주의 시가를 계산할 때 상증세법 시행령 제49조 제1항 단서 및「비상장주식평가심의위원회의 설치 및 운영에 관한 규정」제22조 제1항 제1호의 규정에 의하여 평가기준일 전 2년 이내의 기간(평가기준일전 3월 이내의 기간을 제외) 중에 있는 매매가액을 시가로 볼 수 있는지 여부는 평가기준일로부터 매매계약일까지의 기간 중에 시간의 경과 및 주식발행회사의 경영상태 등의 변동여부, 가격변동의 여부 등을 감안하여 상증세법 시행령 제56조의2 제2항의 규정에 의한 평가심의위원회의 자문을 거쳐 사실 판단할 사항이며, ‘경영권프리미엄이 가산된 최대주주가 거래한 매매가액’이 위 절차에 따라 시가로 인정되는 경우 당해 법인이 현물출자 대가로 발행하는 신주의 시가는 ‘경영권프리미엄이 가산된 최대주주가 거래한 매매가액’에서 상증세법 제63조 제3항에 규정한 “최대주주 등”의 가산율을 차감한 금액을 시가로 보는 것이라고 답변하였다.

   2) 이러한 국세청의 해석은 경영권 프리미엄이 포함된 주식의 거래가격은 소속 임직원이 스톡옵션을 행사할 때의 시가로 볼 수 없으므로 상증세법 제63조 제3항에 규정된 최대주주 등 할증율을 차감한 금액을 시가로 보고 스톡옵션 행사에 따른 근로소득금액을 계산하라는 것이다.

   3) 따라서 스톡옵션에 따른 주식의 시가를 산정함에 있어 대주주간의 매매사례가액에 경영권 프리미엄이 포함되어 있는 경우에는 국세청 해석(서면2팀-1781, 2005.11.4.)사례와 같이 ‘경영권프리미엄이 가산된 최대주주가 거래한 매매가액’에서 상증세법 제63조 제3항에 규정한 “최대주주 등”의 가산율을 차감한 금액을 시가로 보아야 하므로, 청구인의 스톡옵션 행사에 따른 쟁점주식의 시가는 쟁점매매사례가액에서 상증세법 제63조 제3항에 따른 최대주주 등 할증율을 차감한 금액으로 보아야 한다.

  (나) 2021년「법인세법 시행령」개정 시 주권상장법인 발행주식 거래에 경영권 이전이 수반된 경우 최종시세가액에 100분의 20을 가산하라고 규정하고 있으므로 경영권 이전이 수반된 비상장법인의 발행주식의 경우에는 해당 거래가액(매매사례가액)에서 최대주주 할증률을 차감하여 시가를 산정하는 것을 고려해 볼 수 있다.

   1) 2021.2.17.「법인세법 시행령」제89조 개정 시 주권상장법인이 발행한 주식을 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」제8조의2 제2항에 따른 거래소 최종시세가액(거래소 휴장 중에 거래한 경우에는 그 거래일의 직전 최종시세가액)으로 하며, 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 사실상 경영권의 이전이 수반되는 경우에는 상증세법 제63조 제3항을 준용하여 그 가액의 100분의 20을 가산하도록 하는 규정을 신설하였다.

   2) 이는 상장법인이 발행한 주식의 경우에도 경영권 이전이 수반되는 경우 최종시세가액은 경영권 프리미엄을 반영하지 못한 일반적인 시가이므로 그 가액에 20%를 할증하여 가산하라는 취지로 바꾸어 생각하면 경영권 이전이 수반된 비상장법인의 주식거래의 경우 동 거래가액은 일반적인 시가에 해당하지 않으므로 오히려 해당 매매사례가액에서 20% 할증을 차감하여야 한다.

   3) 한편 시장성이 적은 비상장주식의 경우에도 그에 대한 매매사실이 있는 경우에는 해당 거래가액을 시가로 보아 주식의 가액을 평가하여야 하고, 상증세법 제63조 및 같은 법 시행령 제54에서 규정한 보충적 평가방법에 의하여 평가해서는 안되므로, 매매사례가액이 있다면 매매사례가액을 상증세법 상 보충적 평가방법에 우선하여 적용하여야 한다.

   4) 여러 행정법원 및 조세심판원에서도 법인이 스톡옵션 행사에 따른 주식의 시가를 상증세법상 보충적 평가액을 적용하여 시가와 행사가격 차이를 근로소득금액으로 신고한 것에 대해 과세관청이 주식의 시가를 매매사례가액과 행사가격 차이로 근로소득금액을 재산정하여 과세한 것에 대하여, 행사기준일 이후 매매사례가액이더라도 실제 매매사실이 있는 경우 매매사례가액을 시가로 보고 적용하여야 한다고 판단하였으므로, 쟁점매매사례가액을 기준으로 최대주주 할증률을 차감하여 쟁점주식의 시가를 산정하여야 한다.

 (2) 쟁점매매사례가액은 일반적이고 정상적인 방법으로 이루어지지 않아 객관적 교환가치를 적정하게 반영하고 있지 않으므로 시가가 없는 것으로 보고 상증세법상 보충적 평가액을 스톡옵션 행사에 따른 쟁점주식의 시가로 보아야 한다.

  (가) 근로소득으로 과세하는 스톡옵션의 행사이익을 산정함에 있어 스톡옵션 행사 당시 주식의 시가는「법인세법 시행령」제89조 제1항에 따른 매매사례가액과 상증세법 제63조 상 보충적 평가액을 순차적으로 적용한 가액을 말하므로 시장성이 적은 비상장주식에 대해서도 매매사실이 있는 경우에는 그 매매사례가액을 상증세법상 보충적 평가액보다 우선 적용할 수 있다.

  (나) 다만 매매사례가액이 시가로 인정되기 위해서는 해당 거래가 일반적이고 정상적인 방법으로 이루어져 양도일 당시의 객관적 교환가치를 적정하게 반영하고 있다는 사실이 인정되는 경우를 전제로 하여야 하고, 경영권과 함께 양도하는 주식의 거래가액을 주식만을 양도하는 경우의 정상적·객관적 교환가치를 반영하는 시가로 인정할 수 없다는 것이 법원의 일관된 입장이므로(대법원 2015.11.26. 선고 2014두0335 판결 등), 쟁점매매사례가액의 경우 대주주간 거래로서 경영권 프리미엄이 포함되어 있어 청구인의 스톡옵션 행사에 따른 이익을 산정함에 있어서는 매매사례가액이 없는 것으로 보아 쟁점법인의 주식에 대해 상증세법 상 보충적으로 평가한 금액을 쟁점주식의 시가로 적용하는 것이 타당하다.

  (다) 또한 청구인이 스톡옵션의 행사로 취득한 쟁점주식은 쟁점법인이 신주로 발행한 주식일 뿐 최대주주로서 보유하고 있던 주식이 아니므로 경영권이 포함되어 있다고 볼 수 없다. 이는 청구인이 스톡옵션의 행사로 쟁점법인의 주식을 취득한 후 쟁점법인의 기존 주주에 대한 실제 거래가액이 존재하더라도 그 실제 거래가액에 경영권 이전대가가 포함된 경우에는 해당 거래가액을 스톡옵션 행사를 통해 경영권 없이 주식만을 취득하는 청구인의 근로소득금액 또는 양도소득금액을 산정함에 있어 고려해야 할 매매사례가액이 아님을 의미하므로 결국 청구인의 입장에서 매매사례가액이 존재하지 않는 쟁점주식에 대해서는 상증세법 상 보충적 평가액(1주당 2017년 OOO원, 2020년 OOO원)을 기준으로 스톡옵션의 행사이익과 취득가액을 산정하여야 한다.

 (3) 청구인의 항변내용은 다음과 같다.

  (가) 쟁점법인의 주식거래는 경영권이전을 수반으로 하는 주식거래이므로 해당 거래가액에 경영권 프리미엄이 포함되어 있고, 이는 경영권 프리미엄이 제외된 시가와는 차이가 있어 곧바로 스톡옵션 행사 당시의 시가로 볼 수는 없다.

  (나) 경영권 프리미엄의 가치는 본래 구체화되기 어렵고 이를 보완하기 위해 상증세법에서 최대주주 할증률 계산방식을 도입한 점, 헌법재판소에서도 최대주주 할증률 계산방식을 경영권 프리미엄의 정당한 계산방법으로 보고 있는 점(헌재 2017헌바260, 2019.11.28.), 국세청에서도 최대주주가 아닌 자의 거래 시가를 계산할 때 시가로 인정되는 최대주주의 매매사례가액에서 최대주주 할증률을 차감한 금액으로 보도록 회신한 점(서면2팀-1781, 2005.11.4.)으로 볼 때 쟁점매매사례가액에서 최대주주 할증률만큼 차감한 금액이 스톡옵션 행사에 따른 쟁점주식의 시가로 인정되어야 한다.

  (다) 최대주주의 매매사례가액에서 최대주주 할증률을 차감한 금액을 시가로 인정할 수 없다면, 시가가 불분명한 경우에 해당하는 것이므로 상증세법 상 비상장주식의 보충적 평가방법에 근거한 상증세법 상 평가금액을 시가로 인정하여야 한다.

나. 처분청 의견

 (1) 청구인은 경영권과 함께 양도하는 주식거래는 경영권 프리미엄이 포함되어 있어 쟁점매매사례가액은 일반적인 시가로 볼 수 없다 주장하나, 다음과 같이 청구인의 주장은 타당하지 않다.

  (가) 청구인은 쟁점법인의 주식거래에는 경영권 프리미엄이 포함되어 있음을 주장하나, 제출한 주식양도 계약서 및 주식평가 자료에는 프리미엄에 대한 구체적인 산정근거나 평가금액을 제출하지 않았고, 주식평가 시 경영권 프리미엄에 대한 별도의 분리가 어려워 해당 평가자료를 제출할 수 없다고 하였다.

  (나) 또한 쟁점법인의 2017년 주식거래는 특수관계가 없는 기존주주인 d 등의 다수의 특수목적회사 및 개인인 g·h와 ㈜e 간의 거래로 매매대금 및 거래조건 등을 합리적으로 협의하여 결정한 것으로 정상적인 거래에 해당한다.

  (다)「법인세법 시행령」제89조에서 특수관계인이 아닌 제3자간의 일반적인 거래된 가격을 시가로 보고 있으나 해당 주식거래가 특수관계가 없는 거래임에도 불구하고 정상적인 거래로 볼 수 없다고 하여 일반적인 시가에 볼 수 없다는 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다.

  (라) 또한 시가라 함은 정상적인 거래에 의하여 형성된 객관적 교환가격을 말하는 것으로 증권거래소에 상장되지 아니한 비상장주식이라 하더라도 그와 같은 교환가치가 적정하게 반영된 정상적인 거래의 실례가 있으면 그 가격을 시가로 보아 주식의 가액을 평가하여야 하는 것이고, 어떠한 거래가 일반적이고 정상적인 것인지 여부는 ① 당사자들이 각기 경제적 이익의 극대화를 추구하는 대등한 관계에 있는지, ② 당사자들이 거래와 관련된 사실에 관하여 합리적인 지식이 있으며 강요에 의하지 아니하고 자유로운 상태에서 거래를 하였는지 등의 제반 사정을 종합적으로 검토하여 결정하여야 할 것이다(대법원 2007.1.11. 선고 2006두17055 판결 등, 같은 뜻임).

  (마) 따라서 경영권 프리미엄이 수반되는 대량의 주식을 거래하는 경우에도 그것이 일반적이고 정상적인 방법에 의하여 이루어지고 그 주식의 약정가격이 당시의 객관적인 교환가치를 적정하게 반영하고 있다면 이를 그 주식의 시가로 볼 수 있다(대법원 2011.7.28. 선고 2008두21614 판결 등 참조).

  (바) 소액주주인 g과 h도 2017년 쟁점법인의 경영권 이전과 관련한 주식거래 시 동일한 평가금액[g 162,160주(1주당 OOO원), h 161,161주(1주당 OOO원)]으로 2017년 귀속 양도소득세를 신고하였다.

  (사) 따라서 쟁점법인의 경영권 이전을 수반으로 하는 주식거래라 하더라도 매도·매수자간의 해당 주식거래는 특수관계가 없는 거래이고, 일반적이고 정상적이지 않다고 볼 수 없으므로 쟁점매매사례가액을 스톡옵션의 행사에 따른 쟁점주식의 시가로 보아야 한다.

 (2) 쟁점매매사례가액에서 상증세법 제63조 제3항에 따른 최대주주 할증률을 차감한 금액을 스톡옵션의 행사에 따른 쟁점주식의 시가로 볼 수 없다.

  (가) 주식할증평가제도의 취지는 최대주주 등이 보유하는 주식 등은 그 가치를 더하여 해당 회사의 경영권 내지 지배권을 행사할 수 있는 특수한 가치, 이른바 ‘경영권 프리미엄’을 지니고 있으므로 회사의 지배권이 정당한 조세부과를 받지 아니하고 낮은 액수의 세금만을 부담한 채 이전되는 것을 방지하기 위하여 적정한 과세를 위한 공정한 평가방법을 두고자 함이 이 법률조항의 입법취지이다. 즉 최대주주의 주식거래는 그 가치를 높게 평가하는 점을 반영하라는 것으로 일반적 거래금액에 최대주주 할증률을 가산한 가액을 시가로 본 것이지 그 가산액을 경영권 프리미엄으로 보는 것이 아니다.

  (나) 기업의 경영권 이동이 수반되는 거래에는 통상 경영권 프리미엄이 산정되어 주식의 매도인에게 지불된다. 경영권 프리미엄은 회사마다 달라질 수 있고 주식의 가치평가가 고도로 주관적인 것과 마찬가지로 당사자들 간의 협상에 의해 결정되는 가변적인 성질의 액수이다. 경영권 프리미엄의 가치는 통상 회사의 현재 및 미래 가치, 경영권 획득으로 인한 파급효과, 경영권 확보에 필요한 주식을 공개시장에서 매수할 경우의 필요비용 등을 고려하여 결정되는 것이지만 궁극적으로는 거래 상대방과의 교섭조건, 교섭능력 등에 따라 구체화 될 수밖에 없는 것이다(대법원 2009.10.29. 선고 2008도11036 판결 참조).

  (다) 청구인은 쟁점법인의 주식거래에는 프리미엄이 포함되어 있음을 주장하나, 제출한 주식양도 계약서 및 주식평가 자료에는 프리미엄에 대한 평가내역이 확인되지 않고, 경영권 프리미엄은 주식평가 시 별도로 분리가 어려워 평가자료를 제출할 수 없다고 하였다.

  (라) 구체화되어야 하는 프리미엄 가치를 법령 및 법적인 근거도 없이 매매사례가액에서 최대주주 할증률만큼을 경영권 프리미엄으로 보고 그 할증률만큼을 차감하는 계산방식으로 스톡옵션 행사에 따른 쟁점주식의 시가로 볼 수 없다.

 (3) 상증세법상 보충적 평가액은 시가가 불분명한 경우에 제한적으로 한하여 적용되는 평가방법이다.

  (가)「법인세법 시행령」제89조 제2항은 시가가 불분명한 경우, 감정평가 법인 등이 평가한 가액과 상증세법 상 보충적 평가액을 순차적으로 적용하도록 규정하고 있는데 앞서 살펴본 바와 같이 쟁점주식의 거래는 매매사례가액도 있고 특수관계인간의 거래에 해당하지도 않는다.

  (나) 따라서 시가를 산정하기 어려운 경우에 제한적으로만 적용되는 상증세법상 보충적 평가액방법으로 쟁점주식의 시가를 적용할 이유는 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

  ① 스톡옵션 행사에 따른 쟁점주식의 시가는 쟁점매매사례가액에서 상증세법 제63조 제3항에 따른 최대주주 할증률을 적용한 금액을 차감한 금액으로 보아야 한다는 청구주장의 당부

  ② 쟁점주식의 시가를 상증세법 상 보충적 평가액으로 보아야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 등

 (1) 소득세법(2016.12.20. 법률 제14389호로 개정된 것)

  제20조(근로소득) ① 근로소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 근로를 제공함으로써 받는 봉급·급료·보수·세비·임금·상여·수당과 이와 유사한 성질의 급여

2. 법인의 주주총회·사원총회 또는 이에 준하는 의결기관의 결의에 따라 상여로 받는 소득

3.「법인세법」에 따라 상여로 처분된 금액

4. 퇴직함으로써 받는 소득으로서 퇴직소득에 속하지 아니하는 소득

5. 종업원등 또는 대학의 교직원이 지급받는 직무발명보상금(제21조 제1항 제22호의2에 따른 직무발명보상금은 제외한다)

  제24조(총수입금액의 계산) ① 거주자의 각 소득에 대한 총수입금액(총급여액과 총연금액을 포함한다. 이하 같다)은 해당 과세기간에 수입하였거나 수입할 금액의 합계액으로 한다.

② 제1항의 경우 금전 외의 것을 수입할 때에는 그 수입금액을 그 거래 당시의 가액에 의하여 계산한다.

 (2) 소득세법 시행령(2017.2.3. 대통령령 제27829호로 개정된 것)

  제38조(근로소득의 범위) ① 법 제20조에 따른 근로소득에는 다음 각 호의 소득이 포함되는 것으로 한다.

17. 법인의 임원 또는 종업원이 당해 법인 또는 당해 법인과「법인세법 시행령」제87조의 규정에 의한 특수관계에 있는 법인(이하 이 호에서 "당해 법인등"이라 한다)으로부터 부여받은 주식매수선택권을 당해 법인등에서 근무하는 기간중 행사함으로써 얻은 이익(주식매수선택권 행사 당시의 시가와 실제 매수가액과의 차액을 말하며, 주식에는 신주인수권을 포함한다)

  제51조(총수입금액의 계산) ⑤ 법 제24조 제2항을 적용함에 있어서 금전외의 것에 대한 수입금액의 계산은 다음 각호에 의한다.

5. 제1호 내지 제4호외의 경우에는 기획재정부령이 정하는 시가

 (3) 소득세법 시행규칙(2017.2.10. 기획재정부령 제604호로 개정된 것)

  제22조의2(근로소득의 범위) 영 제51조 제5항 제5호에서 "기획재정부령이 정하는 시가"라 함은「법인세법 시행령」제89조를 준용하여 계산한 금액으로 한다.

 (4) 상속세 및 증여세법(2019.12.31. 법률 제16846호로 개정된 것)

  제60조(평가의 원칙 등) ② 제1항에 따른 시가는 불특정 다수인 사이에 자유롭게 거래가 이루어지는 경우에 통상적으로 성립된다고 인정되는 가액으로 하고 수용가격·공매가격 및 감정가격 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 시가로 인정되는 것을 포함한다.

③ 제1항을 적용할 때 시가를 산정하기 어려운 경우에는 해당 재산의 종류, 규모, 거래 상황 등을 고려하여 제61조부터 제65조까지에 규정된 방법으로 평가한 가액을 시가로 본다.

  제63조(유가증권 등의 평가) ① 유가증권 등의 평가는 다음 각 호의 어느 하나에서 정하는 방법으로 한다.

1. 주식등의 평가

 나. 가목 외의 주식등은 해당 법인의 자산 및 수익 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한다.

③ 제1항 제1호, 제2항 및 제60조 제2항을 적용할 때 대통령령으로 정하는 최대주주 또는 최대출자자 및 그의 특수관계인에 해당하는 주주등(이하 이 항에서 "최대주주등"이라 한다)의 주식등(대통령령으로 정하는 중소기업 및 평가기준일이 속하는 사업연도 전 3년 이내의 사업연도부터 계속하여「법인세법」제14조 제2항에 따른 결손금이 있는 법인의 주식등 등 대통령령으로 정하는 주식등은 제외한다)에 대해서는 제1항 제1호 및 제2항에 따라 평가한 가액 또는 제60조 제2항에 따라 인정되는 가액에 그 가액의 100분의 20을 가산한다. 이 경우 최대주주등이 보유하는 주식등의 계산방법은 대통령령으로 정한다.

 (5) 상속세 및 증여세법(2019.12.31. 법률 제16846호로 개정되기 전의 것)

  제63조(유가증권 등의 평가) ③ 제1항 제1호, 제2항 및 제60조 제2항을 적용할 때 대통령령으로 정하는 최대주주 또는 최대출자자 및 그의 특수관계인에 해당하는 주주등(이하 이 항에서 "최대주주등"이라 한다)의 주식등(평가기준일이 속하는 사업연도 전 3년 이내의 사업연도부터 계속하여「법인세법」제14조 제2항에 따른 결손금이 있는 법인의 주식등 대통령령으로 정하는 주식등은 제외한다)에 대해서는 제1항 제1호 및 제2항에 따라 평가한 가액 또는 제60조 제2항에 따라 인정되는 가액에 그 가액의 100분의 20(대통령령으로 정하는 중소기업의 경우에는 100분의 10으로 한다)을 가산하되, 최대주주등이 해당 법인의 의결권 있는 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하여 보유하는 경우에는 100분의 30(대통령령으로 정하는 중소기업의 경우에는 100분의 15로 한다)을 가산한다. 이 경우 최대주주등이 보유하는 주식등의 계산방법은 대통령령으로 정한다.

 (6) 상속세 및 증여세법 시행령(2017.2.7. 대통령령 제27835호로 개정된 것)

  제2조의2(특수관계인의 범위) ① 법 제2조 제10호에서 "본인과 친족관계, 경제적 연관관계 또는 경영지배관계 등 대통령령으로 정하는 관계에 있는 자"란 본인과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다.

1.「국세기본법 시행령」제1조의2 제1항 제1호부터 제4호까지의 어느 하나에 해당하는 자(이하 "친족"이라 한다) 및 직계비속의 배우자의 2촌 이내의 혈족과 그 배우자

2. 사용인(출자에 의하여 지배하고 있는 법인의 사용인을 포함한다. 이하 같다)이나 사용인 외의 자로서 본인의 재산으로 생계를 유지하는 자

  제49조(평가의 원칙등) ① 법 제60조 제2항에서 "수용가격·공매가격 및 감정가격 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 시가로 인정되는 것"이란 평가기준일 전후 6개월(증여재산의 경우에는 3개월로 한다. 이하 이 항에서 "평가기간"이라 한다)이내의 기간 중 매매·감정·수용·경매(「민사집행법」에 따른 경매를 말한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 공매(이하 이 조에서 "매매등"이라 한다)가 있는 경우에 다음 각 호의 어느 하나에 따라 확인되는 가액을 말한다. (단서 생략)

1. 해당 재산에 대한 매매사실이 있는 경우에는 그 거래가액. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

 가. 특수관계인과의 거래 등으로 그 거래가액이 객관적으로 부당하다고 인정되는 경우

  제54조(비상장주식등의 평가) ① 법 제63조 제1항 제1호 나목에 따른 주식등(이하 이 조에서 "비상장주식등"이라 한다)은 1주당 다음의 계산식에 따라 평가한 가액(이하 "순손익가치"라 한다)과 1주당 순자산가치를 각각 3과 2의 비율[부동산과다보유법인(「소득세법」제94조 제1항 제4호 다목에 해당하는 법인을 말한다)의 경우에는 1주당 순손익가치와 순자산가치의 비율을 각각 2와 3으로 한다]로 가중평균한 가액으로 한다. 다만, 그 가중평균한 가액이 1주당 순자산가치에 100분의 80을 곱한 금액 보다 낮은 경우에는 1주당 순자산가치에 100분의

80을 곱한 금액을 비상장주식등의 가액으로 한다.

 (7) 법인세법(2016.12.20. 법률 제14386호로 개정된 것)

  제52조(부당행위계산의 부인) ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 "특수관계인"이라 한다)과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율·이자율·임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 "시가"라 한다)을 기준으로 한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정(算定) 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 (8) 법인세법 시행령(2021.2.17. 대통령령 제31443호로 개정된 것)

  제89조(시가의 범위 등) ① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 따른다. 다만, 주권상장법인이 발행한 주식을 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」제8조의2 제2항에 따른 거래소(이하 "거래소"라 한다) 최종시세가액(거래소 휴장 중에 거래한 경우에는 그 거래일의 직전 최종시세가액)으로 하며, 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 사실상 경영권의 이전이 수반되는 경우에는「상속세 및 증여세법」제63조 제3항을 준용하여 그 가액의 100분의 20을 가산한다.

1.「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」제8조의2 제4항 제1호에 따른 증권시장 외에서 거래하는 방법

2. 대량매매 등 기획재정부령으로 정하는 방법

② 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다.

1.「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 따른 감정평가법인등이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등 및 가상자산은 제외한다.

2.「상속세 및 증여세법」제38조·제39조·제39조의2·제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정을 준용하여 평가한 가액. 이 경우「상속세 및 증여세법」제63조 제1항 제1호나목 및 같은 법 시행령 제54조에 따라 비상장주식을 평가할 때 해당 비상장주식을 발행한 법인이 보유한 주식(주권상장법인이 발행한 주식으로 한정한다)의 평가금액은 평가기준일의 거래소 최종시세가액으로 하며,「상속세 및 증여세법」제63조 제2항 제1호·제2호 및 같은 법 시행령 제57조 제1항·제2항을 준용할 때 "직전 6개월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3개월로 한다)"은 각각 "직전 6개월"로 본다.

 (9) 법인세법 시행령(2021.2.17. 대통령령 제31443호로 개정되기 전의 것)

  제89조(시가의 범위 등) ① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다.

다. 사실관계 및 판단

 (1) 쟁점법인의 연도별 주주현황 및 주주변동내역은 다음과 같다.

  (가) 쟁점법인은 1979.3.13. c와 i(프랑스 및 일본)가 합작·설립한 가스제조·판매업을 영위한 법인으로 청구인은 쟁점법인에서 2014.6.27.부터 2020.2.6.까지 공동으로 대표이사로 재직하였다.

  (나) 청구인은 쟁점법인으로부터 2차례[2014.10.22. 220,625주(127,681주 1주당 OOO원, 92,944주 1주당 OOO원), 2017.8.17. 250,061주(1주당 OOO원)]에 걸쳐 스톡옵션을 부여받았고 2017.3.24., 2020.2.6. 이를 모두 행사하였다.

  (다) 청구인이 스톡옵션 부여받고 행사할 당시의 쟁점법인의 연도별 주주현황 및 변동내역은 아래 <표1>과 같다.

<표1> 쟁점법인의 2015∼2020년 주주 현황

                                                         (단위 : 천주, %)

 (2) 스톡옵션 부여 시 쟁점법인의 주식변동현황은 다음과 같다.

  (가) c는 2014.8.29. d 등에 지분 60%를 양도하였고, 이후 쟁점법인은 2014.10.22. 청구인외 11명에게 스톡옵션(청구인 220,625주 포함 총 292,032주)을 부여하였는데, 이후 청구인외 10명은 2017.3.23. 스톡옵션을 행사하였고, 2017.3.24. 쟁점법인의 최대주주인 c(40%)와 d 등(60%)은 주식 전체를 사모펀드 OOO가 설립한 ㈜e에 양도하였다.

  (나) 쟁점법인은 2017.8.17. 청구인에게만 스톡옵션 250,061주를 부여하였고, 2020.2.6. ㈜e는 OOO가 설립한 f㈜에 주식전체를 양도하였으며, 이를 요약하면 아래 <표2>와 같다.

<표2> 일자별 스톡옵션 부여·행사 현황

                                                               (단위 : 주)

 (3) 청구인이 제출한 쟁점법인의 주식평가 계산내역 등은 다음과 같다.

  (가) ㈜e는 2017.3.24. 쟁점법인의 기존주주로부터 쟁점법인의 주식 전액을 1주당 OOO원에 매수하여 쟁점법인의 100% 주주가 되었고, 주식거래 시 매매당사자인 d측과 사모펀드 OOO간의 주식 주당평가내역은 아래 <표3>과 같다.

<표3> 주식거래(2017.3.24.) 평가내역

                                                           (단위 : 백만원)

  (나) f㈜는 2020.2.6. ㈜e로부터 쟁점법인의 주식 전액을 1주당 OOO원에 매수하여 쟁점법인의 100% 주주가 되었고, 주식거래 시 매매당사자인 f㈜와 ㈜e간의 주식 주당평가내역은 아래 <표4>와 같다.

<표4> 주식거래(2020.2.6.) 평가내역

                                                           (단위 : 백만원)

 (4) 청구인과 쟁점법인의 다른 주주들의 주식양도 신고내역은 다음과 같다.

  (가) 청구인이 스톡옵션을 행사함에 따라 2017·2020년 귀속 근로소득금액으로 신고한 금액은 아래 <표5>와 같다.

<표5> 청구인이 신고한 근로소득금액

                                                           (단위 : 주, 원)

  (나) 2017.3.24. 주식거래 시 d 등 외국투자기업 외 국내 거주자인 h와 g은 보유한 주식 324,332주를 1주당 OOO원에 위 <표3>의 평가금액과 동일하게 신고한 것으로 나타난다.

  (다) 2020.2.6. 주식거래 시 ㈜e가 제출한 유가증권 양도소득지급명세서에 신고된 1주당 주식 양도가액은 OOO원으로 위 <표4>의 평가금액과 동일한 것으로 나타난다.

 (5) 쟁점①에 대한 과세기준자문 신청 결과 기획재정부는 2023.6.14. 아래 <표6>과 같이 답변한 것으로 나타난다.

<표6> 과세기준자문 신청 결과

 (6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 이 건에 대하여 살펴본다.

  (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점매매사례가액에는 경영권 프리미엄이 포함되어 있으므로 쟁점매매사례가액에서 최대주주 할증률만큼 차감한 금액을 쟁점주식의 시가로 보아야 한다고 주장하나,

  최대주주 등의 주식은 경영권과 관계가 있고 소액주주가 소유하는 주식에 비하여 양도성 등에 차이가 있어 거래현실상 일반적으로 그 가치가 높게 평가되는 점을 반영하고자 상증세법 제63조 제3항에서는 최대주주 등의 주식에 대하여 할증평가를 하도록 규정하고 있고, 이러한 할증평가는 현실적으로 경영권 이전의 결과가 발생하는지에 따라 그 주식의 평가가 달라진다는 취지를 규정한 것이 아닌 점(대법원 2018.2.8. 선고 2017두48451 판결 등 참조),

  쟁점법인의 주주였던 c 및 d 등과 ㈜e가 2017.3.24., 2020.2.6. 쟁점법인의 주식을 양도한 것과 관련하여 경영권 프리미엄에 대한 별도의 평가서류나 계산내역이 확인되지 않는 등 경영권의 프리미엄의 존재여부를 확인할 수 없을 뿐만 아니라 해당 프리미엄의 가액이 확정되지 않아 경영권 프리미엄의 가액을 시가에 반영하기 어려운 점, 경영권 프리미엄에 상당하는 금액이 최대주주 할증평가 규정에 의해 산출된 금액이라는 것에 대한 준용 근거가 없는 점, 상증세법 제60조 제2항 및 같은 법 시행령 제49조 제1항,「소득세법 시행령」제167조 제5항에서 시가는 불특정다수인 사이에 자유롭게 거래가 이루어지는 경우에 통상적으로 성립된다고 인정되는 가액으로 하되, 평가기간(양도일 전후 3개월) 이내의 기간 중 매매사실이 있는 경우 그 거래가액을 시가로 인정하고 특수관계인과의 거래 등으로 그 가액이 객관적으로 부당하다고 인정되는 경우에는 제외하도록 규정하고 있는바, 이 건 쟁점주식의 시가 평가와 관련하여 2017.3.24. 매매거래는 청구인 이외에 h와 g이 쟁점법인의 주식을 양도하고 양도가액을 쟁점매매사례가액으로 신고한 사실이 있을 뿐만 아니라, 각각의 평가기간 이내의 기간 중에 쟁점주식의 매매사실이 존재하고 그 거래가액이 ‘특수관계인과의 거래 등으로 객관적으로 부당하다고 인정되는 경우’에 해당한다고 볼 근거가 없는 점 등에 비추어, 쟁점주식의 시가를 쟁점매매사례가액으로 보아 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

  (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점매매사례가액이 객관적 교환가치를 반영한 가격이 아니어서 시가에 해당하지 않으므로 상증세법상 보충적평가액을 쟁점주식의 시가로 보아야 한다고 주장하나,

 「법인세법」제52조 및 같은 법 시행령 제89조에서는 시가란 제3자간에 ‘일반적으로 거래된 가격’이라고 규정하고 있을 뿐, 객관적 교환가치를 반영할 것을 규정하고 있지 아니하고,「법인세법」상 시가가 반드시 그 재산의 적정한 교환가치를 반영한다고 볼 수 없으며, 특히 비상장주식은 시가와 적정한 교환가치 사이에 큰 괴리가 있을 가능성이 있고, 시가가 적정한 교환가치를 제대로 반영하지 못할 수도 있는 점(조심 2018광3734, 2019.9.23. 합동회의 같은 뜻),「법인세법 시행령」제89조 제1항 및 제2항에 따르면「법인세법」제52조에 따른 부당행위계산 부인을 적용할 때「법인세법」상 시가(제3자간에 일반적으로 거래된 가격)가 불분명한 경우에 한하여 상증세법상 보충적평가액을 그 시가로 볼 수 있는 것이나, 쟁점①에서 쟁점매매사례가액을 쟁점주식의 객관적인 교환가치를 반영한 시가로 판단한 점, 청구인이 주장하는 상증세법상 보충적평가액[쟁점주식 1주당 OOO원(2017년), OOO원(2020년)]은 쟁점매매사례가액[쟁점주식 1주당 OOO원(2017년), OOO원(2020년)]의 47%(2017년), 20%(2020년) 수준으로 현저하게 낮아 이를 쟁점주식의 적정한 시가로 보기 어려운 점 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.