[주 문]

심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구인은 2022.8.23. 경기도 부천시 원미구 OOO 대지 1,330.14㎡(이하 “쟁점토지”라 한다) 및 그 지상 건물 4,342.42㎡(1984.1.21. 신축한 A 본관으로, 이하 “쟁점건물”이라 한다)과 같은 곳 104 외 4필지 1,722.7㎡(이하 “쟁점외토지”라 한다) 및 그 지상 건물 5,063.32㎡(1998.8.26. 신축한 A 신관으로, 이하 “쟁점외건물”이라 하며, 위 쟁점토지·쟁점외토지 및 쟁점건물과 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)를 주식회사 OOO(이하 “매수법인”이라 한다)에 OOO원에 양도한 후, 양도가액은 실지거래가액, 토지분 취득가액은 환산가액, 건물분 취득가액은 실지거래가액(장부가액으로, 쟁점건물 OOO원, 쟁점외건물 OOO원)을 적용하여 2022.10.31. 2022년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고․납부하였다.

나. OO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2023년 1월 청구인의 양도소득세 신고내용을 검토한 결과, 청구인이 신고한 쟁점건물의 취득가액이 객관적 자료에 의하여 입증되지 않는다 하여 이를 부인하고 취득가액을 OOO원(환산취득가액OOO원에서 감가상각누계액 OOO원을 차감)으로 하여 양도소득세를 부과하도록 처분청에 과세자료를 통보하였고, 처분청은 이에 따라 2023.4.4. 청구인에게 2022년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2023.6.30. 이의신청을 거쳐 2023.11.3. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

 (1) 청구인은 1972.6.19. 쟁점토지를 취득한 후 그 지상에 1984.1.21. 쟁점건물(지하 1층〜지상 7층, 본관)을 신축하여 1984.4.1. A을 개원하였고, 1972.6.19.부터 1998.6.9.까지 5회에 걸쳐 쟁점외토지를 취득한 후 그 지상에 1998.8.26. 쟁점외건물(신관)을 신축하였는바, 쟁점부동산 양도시까지 약 38년 5개월 동안 의료취약지역에서 27개 과를 갖춘 병원을 운영하며 지역사회에 큰 공헌을 해 왔다.

 (2) 탈세목적이 아닌 순수하게 정보를 제공하기 위해 장기간에 걸쳐 작성된 장부는 신뢰성이 있으므로 장부가액을 취득가액으로 인정하여야 한다.

  (가) 과세요건의 입증책임은 원칙적으로 과세관청이 이를 증명하여야 하고, 반드시 취득과 관련된 증빙서류에 의하지 않더라도 장부의 기재를 실지취득가액이라고 볼 수 있는 상당한 사정이 증명된 때에는 장부가액은 실지취득가액으로 인정되어야 한다(서울행정법원 2013.12.6. 선고 2013구단52172 판결 참조).

  또한,「소득세법」제160조 및 같은 법 시행령 제208조는 원칙적으로 사업자는 소득금액을 계산할 때 모든 거래사실이 객관적으로 파악될 수 있도록 복식부기에 따라 장부에 기록․관리하여야 한다고 규정하고 있고, 2011년 과세기간부터 도입된 성실신고확인서 제출 제도는 수입금액이 업종별로 일정규모 이상인 개인사업자는 종합소득세 신고시 세무사 등이 장부기장 내용의 정확성 여부를 확인하여 작성한 성실신고확인서를 제출하도록 의무를 부여하면서, 미제출한 사업자에게는 가산세를 부과하고, 성실신고확인을 제대로 하지 못한 사실이 밝혀지면 성실신고확인 세무대리인에게 징계책임 등이 있다. 또한,「국세기본법」제81조의3은 납세자가 성실하며 납세자가 제출한 신고서 등이 진실한 것으로 추정하여야 한다고 규정하고 있고, ‘납세자권리헌장’은 “납세자는 신고 등의 협력의무를 이행하지 않았거나 구체적인 조세탈루 혐의가 없는 한 성실하다고 추정된다.”고 되어 있다.

  청구인은 「소득세법」제160조에 따라 비치․기록된 장부 뿐만 아니라 기업회계기준을 준용하여 작성한 재무상태표․손익계산서와 그 부속서류, 합계잔액시산표 및 조정계산서를 매년 종합소득세 신고시 제출하고 있는 복식부기의무자로서, 2011년부터 성실신고확인대상 사업자이기도 하다. 법령상 사업자가 장부를 보관해야 하는 의무기간이 5년이고, 청구인의 장부를 기장하였던 세무사 사무실이 변경되었으며, 쟁점토지는 약 50년 전, 쟁점건물은 약 38년 5개월 전에 취득하였기에 비록 취득 당시 계약서 등은 보관하고 있지 아니하나, 1984년부터 확인되는 감가상각명세서, 1995년부터 확인되는 재무상태표, 2011년부터 확인되는 계정별원장에서 쟁점건물의 장부가액이 확인되므로 이를 취득가액으로 인정하여야 한다.

 「소득세법 시행령」제176조의2 제1항은 양도 또는 취득 당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부․매매계약서․영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우나, 장부․매매계약서․영수증 기타 증빙서류의 내용이 매매사례가액, 감정평가법인등이 평가한 감정가액 등에 비추어 거짓임이 명백한 경우에 매매사례가액, 감정가액 또는 환산취득가액을 순차적으로 적용한다고 열거되어 있는데, 청구인은 약 38년 동안 순수하게 재무상태와 경영성과 등의 정보제공이라는 장부 본연의 목적을 위해 장부를 작성하여 종합소득세를 신고해 왔으므로 장부가액을 실지취득가액으로 인정하여야 한다.

  (나) 조세심판원의 선결정례를 보면, 조세심판원은 “납세자가 종합소득세 신고시 첨부한 결산서상 취득가액 및 감가상각비는 납세의무자로서 세법상 성실하게 작성하였음을 전제로 하므로 명백한 근거 없이 부인할 수 없고, 장부상 취득가액이 실지취득가액이 아니라는 객관적인 증빙자료를 제시하지 못하고 있으며, 장부상 취득가액이 확인되는 점 등을 근거로 장부가액을 취득가액으로 본 과세관청의 처분이 잘못이 없다”는 취지로 결정(조심 2019중2708, 2020.4.8., 조심 2012중635, 2012.6.29. 등)하고, “건물을 신축․취득한 후 양도할 때까지 사업용 자산으로 사용하면서 신․증축 후 25년여가 경과하여 비록 취득 당시 신․증축 비용에 관한 증빙서류를 제출하지 못하고 있으나, 재무제표 등으로 보아 건물에 대하여 매년 감가상각을 해 온 것으로 볼 수 있는 점, 사업을 영위하면서 국세청 전산조회가 가능한 1992년부터 2010년 현재까지 복식부기의 방법으로 종합소득세를 신고하여 온 점, 건물의 감가상각비 계상이 적정하다고 과세관청도 인정하고 있는 점, 2002년～2010년 귀속 재무제표 및 감가상각명세서 상의 건물을 다른 감가상각자산과 구분하여 감가상각해 왔으며 대차대조표상의 건물가액과 유형자산 감가상각비명세서상 쟁점건물을 포함한 자산의 기말잔액이 일치하고 있는 점, (중략) 신․증축 한지 25년여가 경과된 건물에 대하여 신․증축 비용과 관련된 증빙을 납세자에게 요구하는 것은 사회통념상 무리라고 보이는 점 등에 비추어 장부에 계상한 가액을 실지 취득가액으로 인정”하는 결정(조심 2012중3462, 2012.11.28.)을 한 바 있다.

  또한, 법원은 종합소득세 신고시 제출한 대차대조표, 잔액합계시산표 등에 기재된 양도부동산의 자산가액은 실지거래가액을 반영하여 작성된 것으로 봄이 상당하므로 환산가액을 부인하고 실지거래가액에 의하여 취득가액을 산정한 과세관청의 처분이 적법하다고 판결(부산지방법원 2011.11.11. 선고 2011구합2980 판결)하거나 원고가 취득가액이 불분명한 것으로 보아 환산취득가액을 취득가액으로 하여 양도소득세를 신고하였음에도 불구하고 임대소득에 대한 소득세 신고 시에 계상된 장부가액이 존재하고 이를 부정할 만한 근거자료를 제출한 없다는 이유로 과세관청이 장부상 가액을 실거래가액으로 처분한 것이 적법하다고 판결(대구지방법원 2014.9.5. 선고 2013구합950 판결)한 바 있다.

 (3) 처분청은 통상 장부에 취득가액을 높게 계상하는 것이 유리함에도 불구하고 쟁점건물의 감가상각비명세서상 기초 장부가액(OOO원)이 건물 신축 당시 기준시가(OOO원) 보다 낮으므로 장부의 신뢰성이 부족하다는 의견이나, 대체로 주택인 경우에는 시가 대비 기준시가 비율이 어느 정도 예측이 가능하나 토지나 근린생활시설 등은 주택 등과 달리 개별성이 매우 강하여 상대적으로 객관성이 결여되는 등의 기준시가제도의 한계로 인해 다른 가액이 없는 경우 보충적 방법으로만 사용하도록 법령에서 규정하고 있는 현실을 고려할 때, 반드시 장부가액이 기준시가보다 높아야 되는 것은 아니고 비록 기준시가보다 낮더라도 실제에 기초하여 계상되어야 하므로, 장부가액이 기준시가 대비 8%(OOO원) 정도 낮다는 이유로 신빙성이 부족하다고 보는 것은 타당하지 아니하다.

 (4) 2000년부터 상속세와 증여세를 제외한 양도소득세를 비롯한 나머지 모든 세목에 대해서 신고․납부제도로 전환되면서 이를 뒷받침하기 위해 거래사실이 객관적으로 파악될 수 있도록 복식부기에 따라 장부에 기록․관리하여야 한다고 의무를 부여하고 있는 상황에서 장부가액을 부인하고 38년 5개월 전에 신축한 쟁점건물의 취득가액 증빙 만을 요구하는 것은 위 조세심판원 선결정례(조심 2019중2708, 2020.4.8.) 입장과 같이 사회통념상 무리이다

  청구인은 쟁점건물에서 병원을 운영하면서 조사청과 QQ지방국세청으로부터 5차례 강도 높은 세무조사를 받았는데, 과다경비 적출 및 특수관계자간 거래에 대한 과세 외에 쟁점건물의 취득가액 오류 등이 지적된 사실이 없었고, 특히 조사청에서 1999〜2000년 귀속분 조사시 쟁점외건물과 관련하여 OOO원을 환급해 준 사실이 있으므로 이를 통해 청구인이 작성한 장부가 진실된 것임을 알 수 있다.

 (5) 처분청은 장부가액이 실지거래가액이라고 입증할 만한 증빙서류가 없다는 의견이나, 감가상각비명세서는 1984년부터, 재무상태표는 1995년부터, 계정별 원장은 2011년부터 확인됨에도 입증할 수 있는 증빙서류가 없다는 점은 수긍할 수 없다.

  국세청 전산은 1995년부터 구축되었고, 1980년대는 상당수의 국민들이 현재와 같이 증빙을 보관하여야 한다는 인식이 부족했던 것이 현실인데, 납세자에게 납세협력의무를 지키기 위하여 38년간 직접적인 증빙을 보관할 것을 요구하는 것은 무리이다.

 (6) 처분청은 필요경비로 산입한 구축물, 기계장치, 시설장치(기타)도 증가액과 기말장부가액이 일치하지 않는 것으로 보이고, 소급하여 작성이 가능하므로 신뢰할 수 없다는 의견이나, 2015년부터 2021년까지 감가상각비명세서상 미상각잔액과 재무상태표상 건물의 장부가액이 일치하고, 소급 작성하였다는 주장에 대한 입증책임은 처분청에 있다.

 (7) 처분청은 장부상 쟁점건물(본관)과 쟁점외건물(신관)이 구분기재되어 있지 않고, 위 건물도 토지와 같이 환산가액을 취득가액으로 하여야 한다는 의견이나, 감가상각비명세서상 쟁점외건물은 ‘신관건물’이라고 구분하여 기장하였고, 조사청이 쟁점외건물에 대한 장부가액은 인정하였다는 것은 곧 장부상 구분기장되었음을 시인한 것이다. 양도소득세는 양도 물건별로 양도차익을 산정하는 것이 원칙이므로 반드시 동일한 방법으로 신고해야 하는 것은 아니며, 청구인의 경우 토지를 모두 4차례에 걸쳐서 시차를 두고 매입하였으나, 계정별 원장상 토지가 각 필지별로 구분되어 있지 아니하여 「소득세법」제100조 제2항에 따라 가액 구분이 불분명한 것으로 보아 부득이 환산취득가액을 적용한 것이다.

  처분청은 이에 대하여 쟁점외건물은 장부가액 대비 세금계산서 발행내역이 75% 정도 확인되어 납세자 입장에서 인정해 주었을 뿐 쟁점외건물의 장부가액을 인정한 것이 계정별 원장에 구분하여 기장되었다는 점을 시인한 것은 아니라는 의견이나, 이러한 의견은 처분청의 과도한 재량에 의해 과세 유무가 결정되는 것이어서 국민의 예측가능성과 법정안정성을 내용을 하는 조세법률주의에 반한다. 쟁점건물과 쟁점외건물의 차이는 취득시기와 국세청 전산망의 DB구축에 따른 전산조회여부 밖에 없는데, 이로 인하여 신축건물(쟁점외건물)의 장부가액은 인정하면서 쟁점건물의 장부가액은 인정하지 않겠다는 것은 형평에 반하므로 부당하다.

나. 처분청 의견

 (1) 실지취득가액에 대한 입증 없이 감가상각비명세서, 재무상태표, 계정별 원장만으로는 장부가액을 취득가액으로 보기 어렵다.

  (가) 장부를 기장한 경우에도 취득에 대한 제증빙 서류 등에 의하여 확인되는 경우에 한하여 장부가액이 실지거래가액으로 인정되는데(서면인터넷방문상담5팀-766, 2007.3.7. 참조), 이는 「소득세법」제97조 제1항에서 실지거래가액, 매매사례가액, 감정가액 또는 환산취득가액만 규정하고 있을 뿐 장부가액은 「소득세법」상 취득가액으로 인정하고 있지 않기 때문으로, 장부가액을 실지거래가액으로 인정하려면 증빙서류를 통해 실지거래가액임이 인정되어야 한다.

  또한, 대법원 판례(2010.8.19. 선고 2010두7949 판결)에 따르면, “납세의무자가 비치 기장한 장부에 자산 가액이 기재되어 있다 하더라도 그 기재가 자산의 실지취득가액을 확정시키는 효과가 있다고 볼 수 없음은 물론 그 기재를 실지취득가액으로 추정하여야 한다고 볼 수는 없으므로, 감가상각비명세서 등 장부상에 기재된 가액이 있다고 하더라도 그 취득가액에 관하여 제반 증빙서류 등에 의하여 확인되는 경우에 한하여 장부상 가액을 실지취득가액으로 인정할 수 있고, 그와 같은 실지거래가액에 대한 입증책임은 원고에게 있으며, 원고가 제출한 감가상각비명세서의 기재가액만으로는 그 실지취득가액에 대한 입증이 있다고 할 수 없고, 양도소득세 확정신고기한 이후에 제출된 건물계정보조장부나 신축자금 거래선별 지급내역서를 보태어 보더라도 위 감가상각비명세서에 기재된 가액을 해당 건물의 실지취득가액으로 인정하기 어렵다”는 취지로 판결한 바 있다.

  청구인은 자신이 성실신고대상자와 복식부기의무자인 점을 주장하며 재무상태표와 계정별 원장, 감가상각비명세서를 제시하였을 뿐, 동 가액이 실지거래가액임을 인정할 수 있는 증빙자료를 제출하지 못하고 있다.

  청구인은「소득세법 시행령」제176조의2를 근거로 장부가 없거나 매매사례가액 등에 비추어 거짓임이 명백한 경우에 해당하는 경우가 아니라고 주장하나, 감가상각비명세서와 재무상태표, 계정별원장 밖에 없기 때문에 장부․매매계약서․영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비한 경우에 해당하고, 장부가액이 실지거래가액이라는 주장의 입증책임은 청구인에게 있다.

  청구인은 장부가액을 실지취득가액으로 인정한 조세심판원 선결정례 등을 제시하였으나, 이는 당해 사건에 영향을 미치고, 청구인이 신고한 장부가액을 실지취득가액으로 볼 수 있는지 여부는 사실관계에 따라 개별적으로 판단해야 한다.

 (2) 쟁점건물은 건축물대장상 1984.1.21. 신축한 것으로 확인되는데, 감가상각비명세서상 기초 장부가액(OOO원)은 신축 당시 기준시가(OOO원) 보다 낮다. 복식부기의무자로서 건물 취득가액은 감가상각비로 경비 계상할 수 있으므로 장부에 취득가액을 높게 계상하는 것이 유리함에도 장부에 기준시가보다 낮은 금액을 계상하였다는 것은 장부가액의 신빙성이 부족하다는 반증이다.

  청구인은 근린생활시설 등은 개별성이 강하여 기준시가가 상대적으로 객관성이 결여되는 등 기준시가 제도에 한계가 있다고 주장하나, 토지나 근린생활시설 또한 국토부 위임 아래 한국부동산원에서 제반 절차를 거쳐 조사․의견수렴으로 통해 고시하고 있으므로 명확한 근거 없이 기준시가 제도를 부정하는 것은 타당하지 아니하고, 처분청은 단순히 기준시가 대비 장부가액이 낮아 장부가액을 부정한 것이 아니라 장부가액이 실지거래가액이라는 증빙서류가 전혀 없어 환산가액을 취득가액으로 적용한 것이다.

 (3) 청구인이 신고 당시 제출한 감가상각비명세서 및 재무상태표, 계정별원장을 보면, 감가상각비명세서는 1984년부터 확인되고, 재무상태표는 1995년, 계정별원장은 2011년부터 확인되는데, 건축물 및 구축물, 기계장치의 기말장부가액이 달라 신빙성이 없고, 최근 몇 년간 장부가액이 서로 일치한다는 것만 입증할 뿐, 신축연도부터 양도연도까지 정확하게 기말 장부가액이 일치하는지는 확인되지 아니한다. 비단, 쟁점건물 뿐만 아니라 필요경비로 산입한 구축물, 기계장치, 시설장치(기타)도 증가액과 기말장부가액이 일치하지 않는 것으로 보이며, 청구인이 제출한 서류들은 소급하여 작성이 가능하므로 신뢰하기 어렵다.

 (4) 이 건 이의신청심리시 조사청이 건물과 토지가 취득시기가 유사함에도 불구하고 건물분은 장부가액, 토지분은 환산취득가액으로 신고한 부분에 대해 의문을 제기하자, 청구인은 계정별 원장상 토지가 각 필지별로 구분되어 있지 않아 가액 구분이 불분명하여 부득이 환산가액을 적용하고, 건물은 구분가능하다고 하였는데, 청구인이 신고 당시 제출한 계정별 원장을 보면, 신관과 본관이 구분되어 있지 아니하고, 감가상각비명세서도 건물은 구분되어 있지 아니하며, 그렇다면, 토지 뿐만 아니라 건물도 환산취득가액으로 해야 할 것이다.

  청구인은 양도소득세 신고시 계정별 원장, 감감상각비명세서, 재무상태표를 제출하여 실지거래가액으로 인정해 달라고 하였을 뿐, 장부가액이 실지거래가액이 맞다는 주장을 입증하려는 노력을 하지 아니하였다. 처분청이 쟁점외건물의 장부가액을 취득가액으로 인정한 이유는 국세청 전산망에 1988년부터 양도일까지 신․증축 비용과 관련하여 장부가액 대비 75% 상당의 세금계산서가 발행된 사실을 확인하여 납세자의 입장을 고려하여 인정해 주었을 뿐, 이를 이유로 처분청이 쟁점건물과 쟁점외건물이 장부상 구분 기장되어 있음을 시인하였다고 볼 수 없다.

  청구인은 토지가 필지별로 구분되어 있지 아니하여 부득이하게 환산취득가액을 적용하였다고 주장하나, 계정별 원장상 토지가 필지별로 구분되어 있지 않더라도 청구인의 주장대로라면 토지 4필지도 취득시기만 다를 뿐 장부가액을 실지거래가액으로 보아 각 토지별 취득 당시 기준시가로 안분계산하였더라면 장부가액을 실지취득가액으로 보아야 한다는 청구인의 주장이 더 설득력이 있었을 것으로 보인다.청구인은 과거 계정별원장을 모두 분실하였기에 토지 거래가액을 정확하게 확인할 수 없다는 반론을 펼칠 수 있겠으나, 그렇다면 계정별 원장은 토지 뿐만 아니라 건물분도 분실한 것으로 적용할 수 있을 것이다. 결국 청구인은 본인에게 유리하게 토지는 환산가액으로, 건물은 장부가액으로 양도소득세를 계산한 것에 불과하다.

 (5) 복식부기 의무자로서 장부기장을 했다고 하여 도급계약서, 금융증빙, 부가가치세 신고자료, 세금계산서 등을 검증하지 아니하고, 장부가액을 무조건 실지거래가액으로 인정한다면, 장부가액은 실지취득가액이라는 명제가 성립될 것이고, 「소득세법」상 열거되지 않은 장부가액을 실지취득가액으로 인정해 달라는 다른 복식부기 의무자들의 요구에 응하여야 하는 불합리한 상황이 발생할 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

 청구인이 신고한 쟁점건물의 취득가액(장부가액)을 부인하고 환산취득가액으로 양도소득세를 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

 (1) 소득세법(2021.12.8. 법률 제18578호로 개정된 것)

  제70조의2(성실신고확인서 제출) ① 성실한 납세를 위하여 필요하다고 인정되어 수입금액이 업종별로 대통령령으로 정하는 일정 규모 이상의 사업자(이하 “성실신고확인대상사업자”라 한다)는 제70조에 따른 종합소득과세표준 확정신고를 할 때에 같은 조 제4항 각 호의 서류에 더하여 제160조 및 제161조에 따라 비치ㆍ기록된 장부와 증명서류에 의하여 계산한 사업소득금액의 적정성을 세무사 등 대통령령으로 정하는 자가 대통령령으로 정하는 바에 따라 확인하고 작성한 확인서(이하 “성실신고확인서”라 한다)를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

  제97조(양도소득의 필요경비 계산) ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액(「지적재조사에 관한 특별법」 제18조에 따른 경계의 확정으로 지적공부상의 면적이 증가되어 같은 법 제20조에 따라 징수한 조정금은 제외한다). 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한정하여 나목의 금액을 적용한다.

 가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액

 나. 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산취득가액을 순차적으로 적용한 금액

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것

  제114조(양도소득과세표준과 세액의 결정ㆍ경정 및 통지) ⑦ 제4항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산취득가액 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다.

  제160조(장부의 비치ㆍ기록) ① 사업자(국내사업장이 있거나 제119조 제3호에 따른 소득이 있는 비거주자를 포함한다. 이하 같다)는 소득금액을 계산할 수 있도록 증명서류 등을 갖춰 놓고 그 사업에 관한 모든 거래 사실이 객관적으로 파악될 수 있도록 복식부기에 따라 장부에 기록ㆍ관리하여야 한다.

② 업종ㆍ규모 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 업종별 일정 규모 미만의 사업자가 대통령령으로 정하는 간편장부(이하 “간편장부”라 한다)를 갖춰 놓고 그 사업에 관한 거래 사실을 성실히 기재한 경우에는 제1항에 따른 장부를 비치ㆍ기록한 것으로 본다.

 (2) 소득세법 시행령(2022.8.2. 대통령령 제32830호로 개정된 것)

  제163조(양도자산의 필요경비) ⑫ 법 제97조 제1항 제1호 나목에서 “대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산취득가액”이란 제176조의2 제2항부터 제4항까지의 규정에 따른 가액을 말한다.

  제176조의2(추계결정 및 경정) ① 법 제114조 제7항에서 “대통령령으로 정하는 사유”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우

2. 장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류의 내용이 매매사례가액, 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 따른 감정평가법인등(이하 이 조에서 “감정평가법인등”이라 한다)이 평가한 감정가액 등에 비추어 거짓임이 명백한 경우

다. 사실관계 및 판단

 (1) 청구인의 양도소득세 신고 및 처분청의 경정내역은 아래 <표1>과 같다.

<표1> 양도소득세 신고 및 경정내역

 (2) 청구인이 이 건 양도소득세 신고 시 제출한 양도소득금액계산명세서의 주요내용은 아래 <표2>와 같다.

<표2> 청구인 신고 양도소득금액계산명세서

 (3) 청구인이 쟁점건물과 쟁점외건물에 대하여 제출한 취득가액 및 필요경비계산 상세명세서와 2021년 감가상각비명세서 중 주요내용은 아래 <표3>과 같다.

<표3> 청구인이 제출한 취득가액 및 필요경비계산 명세서 등

 (4) 청구인은 위 <표3>의 차액 OOO원과 관련하여, 쟁점건물의 의제취득일 현재의 취득가액 계산상 착오가 있었다며 아래 <표4>와 같이 이 건 이의신청 심리과정에서 소명한바 있다.

<표4> 쟁점건물의 취득가액 수정

 (5) 국세청의 전산자료에 의하면, 청구인의 종합소득세 신고서는 1992년 귀속분부터 확인되는데, 1992년부터 2022년까지 계속하여 복식부기의 방법으로 종합소득세를 신고한 것으로 확인된다. 또한, 청구인은 1995년부터 2021년까지의 표준재무제표 증명서(재무상태표와 손익계산서)를 제출하였다.

 (6) 조사청의 이 건 양도소득세 신고내용에 대한 검토조서에 의하면, 조사청은 쟁점외건물은 재무상태표상 장부가액, 계정별 원장 및 세금계산서 합계표를 확인하여 적정한 것으로 판단한데 반해, 쟁점건물은 신축 당시 계약서 및 세금계산서 등 증빙서류가 존재하지 아니하고, 장부가액이 일정하지 아니하여 신빙성이 없는 것으로 판단되며, 기초 장부가액은 취득 당시 기준시가보다 낮는 등 실지 취득가액으로 인정할 수 없어 환산취득가액(OOO원)에서 감가상각비(OOO원)을 차감하여 OOO원으로 경정한다고 기재되어 있다.

 (7) 청구인은 감가상각비명세서는 2015년부터 2021년까지(그 이전의 자산가액은 2015년 명세서에 기재된 자산별 취득시기를 고려하여 작성), 재무상태표는 1995년부터 2021년까지, 계정별 원장은 2012년부터 2021년까지의 자료를 제출하였는바, 조사청이 이를 정리한 내역은 아래 <표5>와 같다.

<표5> 감가상각비명세서 등

 (8) 청구인이 제출한 증빙자료의 주요내용은 다음과 같다.

  (가) 청구인이 제출한 양도계약서를 보면, 청구인은 2022.7.29. 매수법인에게 쟁점부동산을 OOO원에 양도하는 계약을 체결한 것으로 나타난다.

  (나) 청구인이 제출한 2021.12.31. 현재 건물감가상각비명세서를 일부 발췌하면 아래 <표6>과 같다.

<표6> 금액 일부 발췌

 (9) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

  실지거래가액으로 양도차익을 계산하는 경우로서 납세의무자가 작성, 비치하고 있는 장부에 자산가액이 기재되어 있다 하더라도 그 기재가 자산의 실지취득가액을 확정시키는 효과가 있다고 볼 수 없음은 물론 그 기재를 실지취득가액으로 추정하여야 한다거나 그 기재자체가 납세의무자를 기속하는 효과가 있어 납세의무자는 그 기재에 반한주장을 할 수 없다고 볼 수 없으므로 그 장부가액이 취득에 관한 제반 증빙서류 등에 의하여 확인되는 경우에 한하여 장부가액을 실지 취득가액으로 인정하는 것이 타당하다 할 것이다(대법원 1988.2.9. 선고 87누536 판결 등 참조).

  청구인은 종합소득세 신고서에 첨부된 대차대조표 등에 의하여 확인되는 장부가액을 쟁점부동산의 취득가액으로 인정하여야 한다고 주장하나, 쟁점건물이 1984년에 신축된 것으로 확인되는 반면, 1994년 이전의 장부가액을 확인할 수 없어 청구인이 종합소득세 신고시 제출한 재무제표상의 장부가액을 쟁점건물의 실지취득가액으로 인정하기 어렵고, 청구인은 장부가액이 실지거래가액인지 여부를 확인할 수 있는 공사계약서, 세금계산서 등의 증빙을 제시하지 못하고 있으며, 위와 같이 쟁점건물의 취득 당시 실지거래가액이 확인되지 아니하고, 매매사례가액이나 감정가액 역시 확인되지 아니하는 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점건물의 취득가액을 환산가액으로 하여 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

  이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.