1. 제1심판결 중 피고 패소 부분을 취소하고, 그 취소 부분에 해당하는 원고의 소를 각하한다.

2. 원고의 항소를 기각한다.

3. 소송총비용 중 제1심에서 생긴 부분에 대하여는 그 중 4/5는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담하고, 항소제기 이후에 생긴 부분에 대하여는 각자 부담한다.

1. 청구취지

피고가 2019. 5. 2. 원고에게 한 2014년 제1기 부가가치세 12,976,000원, 2014년 제2기 부가가치세 22,450,240원의 경정처분을 각 취소한다.

2. 항소취지

가. 원고

제1심판결 중 원고 패소 부분을 취소한다. 피고가 2019. 5. 2. 원고에게 한 2014년 제1기 부가가치세 12,976,000원의 경정처분 중 5,776,000원, 2014년 제2기 부가가치세 22,450,240원의 경정처분을 각 취소한다.

나. 피고

제1심판결 중 피고 패소 부분을 취소하고, 그 취소 부분에 해당하는 원고의 청구를 기각한다.

1. 처분의 경위 및 당사자 주장의 요지

이 법원이 이 부분에 적을 이유는 제1심판결문 2면 5행부터 9면 13행까지(“1. 처분의 경위” 및 “2. 당사자들 주장”) 부분 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 별지1을 포함하여 이를 그대로 인용한다.

2. 당심 변론종결 후 직권취소 된 부분의 취소를 구하는 부분에 대한 소의 적법 여부

가. 관련 법리

행정처분이 취소되면 그 처분은 효력을 상실하여 더 이상 존재하지 않고, 존재하지 않는 행정처분을 대상으로 한 취소소송은 소의 이익이 없어 부적법하다(대법원 2012. 12. 13. 선고 2012두18202 판결 등 참조).

나. 구체적 판단

직권으로 살피건대, 피고가 당심 변론종결일 이후인 2024. 8. 13. 2014년 제1기 처분 중 5,776,000원을 초과하는 부분을 직권으로 취소한 사실은 기록상 명백하므로, 위와 같이 직권취소 된 부분에 대한 취소를 구하는 소는 이미 그 효력이 소멸되어 존재하지 않는 처분의 취소를 구하는 것으로서 소의 이익이 없어 부적법하다.

3. 이 사건 각 처분 중 직권취소 된 부분을 제외한 나머지 부분의 적법 여부

이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 이유는, 아래와 같이 제1심판결문의 해당 부분을 고치거나 추가하는 것 외에는 제1심판결문 9면 15행부터 20면 3행까지 부분 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 별지2를 포함하여 이를 그대로 인용한다.

[고치거나 추가하는 부분]

○ 15면 3행의 “뿐이다.” 다음에 아래 부분을 추가한다.

「바) 원고는, 원고의 금융거래내역(갑 제6호증), 원고의 경리업무를 담당했던 B의 사실확인서(갑 제8호증), 원고와 C의 이메일 내역(갑 제9호증)에 의하면 C, 원고, D 사이에 음식물처리기가 실제 공급된 사실을 확인할 수 있다고 주장한다. 그러나 ① 앞서 본 바와 같이 E의 진술 및 원고의 일부 주장 내용에 의하더라도 C, 원고, D 사이의 거래는 D가 원고를 통해 C에게 음식물처리기 매수자금 또는 생산자금을 대여한 것으로 보이고, 원고가 C에게 1,155,000,00원을 송금한 금융거래내역(갑 제6호증)은 그에 부합하는 증거로 보일 뿐인 점, ② B는 원고의 경리직원으로 근무하였던 자로서 객관적인 진술을 할 위치에 있다고 보기 어렵고, B의 진술은 E의 피고 및 수사기관 등에서의 진술과도 모순되어 그 진술에 신빙성이 있다고 보기 어려운 점, ③ 원고와 C 사이의 이메일 내역(갑 제9호증)도 C의 제품을 홈쇼핑을 통해 판매할 예정이라는 내용일 뿐인 점 등을 고려하면, 위 각 증거가 C, 원고, D 사이에 실제 재화 공급이 있었다는 사실을 인정할 만한 자료라고 보기 어렵다.」

○ 15면 4행부터 17면 18행까지 부분을 삭제한다.

○ 17면 19행의 “마.”를 “라.”로, 18면 15행의 “바.”를 “마.”로, 19행 6행의 “사.”를 “바.”로 각 고친다.

○ 19면 7행부터 20면 3행까지 부분을 아래와 같이 고친다.

「2014년 제1기 매입․매출세금계산서(별지1 제1, 3항 기재 세금계산서) 및 2014년 제2기 매입․매출세금계산서(별지1 제2, 4항 기재 세금계산서)는 가공거래에 기초한 것이라고 판단되므로, 2014년 제1기 처분 중 직권 취소된 부분을 제외한 나머지 처분 및 2014년 제2기 처분¹⁾은 적법하다.」

4. 결론

그렇다면 이 사건 소 중 피고 패소 부분(2014년 제1기 처분 중 5,776,000원을 초과하는 부분의 취소를 구하는 부분)은 부적법하여 이를 각하하여야 하고, 원고의 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 한다. 제1심판결 중 피고 패소부분은 이와 결론을 달리하여 부당하므로, 이를 취소하고 그 취소부분에 해당하는 원고의 소를 각하하며, 제1심판결 중 나머지 부분은 이와 결론이 같아 정당하므로 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각한다. 한편, 제1심판결 중 피고 패소 부분에 해당하는 원고의 소는 피고가 그 처분을 취소함으로 인하여 소가 각하된 경우인 점(행정소송법 제32조) 등을 감안하여, 이 사건 전체 소송총비용 중 제1심에서 생긴 부분은 제1심 판단을 그대로 유지하고, 항소제기 이후에 생긴 부분은 각자 부담함이 상당하므로 주문과 같이 판결한다.

구 부가가치세법 제60조 제3항 제1호 및 제2호는 사업자가 재화 또는 용역을 공급하거나 공급받지 아니하고 세금계산서를 교부하거나 교부받은 경우 그 공급가액에 대하여 100분의 2에 상당하는 금액을 세금계산서불성실가산세로 부과하도록 규정하고 있다. 이는 사업자로 하여금 재화나 용역의 공급 없이 세금계산서를 발행 또는 수취하지 않도록 할 의무를 부과하고, 사업자가 정당한 사유 없이 이에 위배하여 재화나 용역의 공급 없이 세금계산서를 수수할 경우에는 행정상 제재로 세금계산서불성실가산세를 부과하도록 한 것이다(대법원 2016. 11. 10. 선고 2016두31920 판결 등 참조).

이와 같은 규정 문언과 입법 취지에 비추어 보면, 구 부가가치세법 제60조 제3항의 가산세는 가공세금계산서를 발급하거나 발급받을 때 그 납세의무가 성립하므로, 원고가 사후적으로 별지1 제2항 순번 2번 기재 세금계산서를 취소하는 의미의 세금계산서를 발급받았더라도 이미 성립한 가산세 납부의무가 소급적으로 소멸한다고 볼 수 없다. 따라서 피고가 2014년 제2기 처분을 하면서 원고에게 구 부가가치세법 제60조 제3항에 따라 세금계산서불성실 가산세 16,691,697원[= 834,584,865원(= 398,722,920원 + 435,861,945원) × 2%]을 부과한 것은 적법하다