부산지방법원 제1행정부 판결

사 건 2023구합22611 법인세부과처분등취소

원 고 AA 주식회사

피 고 GG세무서장

변 론 종 결 2024. 7. 18.

판 결 선 고 2024. 11. 21.

주 문

1. 피고가 2021. 8. 9. 원고에 대하여 한, ① 2018 사업연도 결손금을 2,769,080,031원만큼 감액한 처분을, ② 2019 사업연도 법인세(가산세 포함) 736,644,110원의 부과처분 중 10,565,800원을 초과하는 부분을, ③ 2020 사업연도 법인세(가산세 포함) 169,883,390원의 부과처분 중 96,214,900원을 초과하는 부분을 모두 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 선박기자재 공급 거래 과정 및 원고의 선주들과의 수수료 지급 계약의 내용

(1) 조선(造船)에 필요한 주요 기자재는 선박의 성능과 내구성에 미치는 영향이 크다. 한편 조선사의 선박에 대한 하자담보책임은 그 기한이 선박 인도일로부터 1~2년 정도로 짧은 것이 대부분이다. 이에 조선사들은 조선에 필요한 주요 기자재에 대하여 제조사 범위를 특정하여 선주로 하여금 이를 선택하도록 하고, 선주가 승인하는 제조사의 제품을 공급받아 사용하는 것이 조선업계의 관행이다. (2) 위와 같은 관행 하에, 선박 기자재 제조사들은 조선사에 제품을 공급하기 위해 견적서를 송부하는 것과 별개로 선주와의 협의를 거쳐 선주에게 매출액의 일정 비율에 해당하는 수수료 지급, 예비 부품의 제공이나 보증 기간의 연장 등으로 구성되는 선주혜택내역(OBP, Owner's Benefit Package)을 선주에게 제시한다. 선주는 조선사로부터 전달받은 제품의 견적과 제조사로부터 받은 선주혜택내역을 토대로 최종적으로 구매할 제품을 결정하여 이를 조선사에 통보하고, 조선사는 선주가 결정한 제품의 제조사에 발주서를 발송하여 제조사와 제품공급계약을 체결한다. 위와 같이 공급사로 결정된 제조사는 선주에게 제시하였던 선주혜택내역을 내용으로 하여 선주와 선주혜택계약(OBA, Owner's Benefit Agreement)을 체결하고, 그 내용 중 하나로서 수수료를 지급한다.

(3) 원고는 보호피막 페인트, 유성수지 페인트 및 기타 부식방지재료 제조·판매 등을 영위하는 회사로서, 위와 같은 거래 구조 및 관행에 따라 제조사로서 원고가 제조·판매하는 페인트의 사용과 관련하여 선주들과 선주혜택계약을 체결하고, 그에 따른 수수료를 지급하여 왔다(선주혜택계약 중 위와 같은 수수료 지급에 관한 부분을 이하에서 ‘이 사건 수수료 약정’이라 하고, 이에 따라 지급하는 돈을 이하에서 ‘선주 수수료’라 함).

나. 선행 판결 선고 및 확정의 경위

(1) 원고는 선주 수수료를 관련 매출이 발생한 사업연도의 비용(미지급금)에 산입하고, 실제로 지급된 선주 수수료를 미지급금에서 차감하는 방식으로 회계처리를 하여 2010~2014년 법인세를 각 신고·납부하였다. PP지방국세청장은 선주 수수료를 판매부대비용이 아닌 접대비에 해당한다고 보아, 원고가 당해 과세기간에 실제로 지출한 선주 수수료 중 접대비 한도를 초과하지 않는 부분만을 손금산입하고 나머지는 손금불산입하여 원고에 법인세를 부과하도록 KK세무서장(원고 주소지를 관할하는 GG세무서가 2022. 4. KK세무서에서 분리·신설되었는바, 이하에서는 위 분리·신설 전 KK세무서장도 피고로 통칭한다)에게 통보하였다. 이에 따라 피고는 2016. 3. 21. 원고에 2010~2014 사업연도 각 법인세 및 이에 대한 가산세를 경정·부과하였다(이하 ‘종전 처분’이라 함). (2) 원고는 피고를 상대로 종전 처분의 취소를 구하는 소(이하 ‘종전 소송’이라 함)를 제기하였다. 종전 소송의 제1심은 선주 수수료가 원고의 주장처럼 접대비가 아닌 판매부대비용에 해당한다고 보았다. 다만 제1심은 그 귀속시기와 관련하여, 대상 선박이 건조되는 기간에 걸쳐 작업 진행률에 따라 매출원가 비율로 분할되어 각 과세기간에 비용으로 인식되어야 한다는 원고의 주장은 배척하고, 원고가 이 사건 수수료 약정에 따라 이를 지급하기로 약정한 날이 속한 과세연도에 일괄적으로 귀속된다는 취지로 판단하였다. 이에 따라 제1심은 2019. 5. 24. 종전 처분을 모두 취소하는 판결(부산지방법원 2018구합21409호)을 선고하였다. (3) 종전 소송의 항소심은 2020. 5. 15. 제1심과 동일한 판단을 전제로, 원고의 2010~2014 사업연도 귀속 법인세 및 가산세 정당세액을 산정하여, 종전 처분 중 이를 각 초과하는 부분을 모두 취소하는 판결(부산고등법원 2019누22057호)을 선고하였다. 이에 대하여 원고와 피고 모두 상고하였으나, 상고가 각 기각되어(대법원 2020. 9. 24. 선고 2020두40389 판결) 위 항소심 판결이 확정되었다(종전 소송의 제1심 및 항소심 판결을 이하에서 통틀어 ‘종전 소송 판결들’이라 함).

다. 이 사건 각 처분의 경위

(1) 원고는 이 사건 수수료 약정에 따른 선주 수수료로서 미지급금으로 회계처리가 되었으나 선주가 선박을 인도받고도 5년 넘게 원고에 지급을 구하지 않는 것(이하 ‘이 사건 쟁점 수수료’라 함)에 관하여 상법 제64조에 따른 소멸시효가 완성된 것으로 보고, 이를 환입하는 내용으로 아래와 같은 회계처리(이하 ‘이 사건 회계처리’라 함)를 하였다.

(2) 원고는 이 사건 회계처리로 위와 같이 발생한 각 이익(이하 ‘이 사건 각 이익’이라 함)을 익금불산입함(이하 ‘이 사건 세무조정’이라 함)을 전제로 2018 및 2019 각 사업연도 귀속 법인세를 신고·납부하였다.

(3) PP지방국세청장은 2021. 4. 28.부터 2021. 6. 29.까지 원고에 대한 세무조사(이하 ‘이 사건 세무조사’라 함)를 실시하였다. PP지방국세청장은 이 사건 세무조사 결과 이 사건 쟁점 수수료가 이 사건 수수료 약정에 따라 원고가 이를 지급하기로 약정한 날이 속한 과세연도(2009~2014 사업연도)에 귀속되는 손금에 해당하고, 그 환입에 따른 이 사건 각 이익은 익금에 해당한다고 판단하였다. PP지방국세청장은 이에 따라 이 사건 세무조정을 부인하여 이 사건 각 이익 상당을 과세표준에 포함하여야 한다는 취지로 피고에게 과세자료를 통보하였다.

(4) 피고는 2021. 8. 9. 원고에 대하여 아래와 같이 2018~2020 사업연도 각 법인세 및 가산세를 각 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 각 과세처분’이라 함).

(5) 이 사건 각 과세처분과 관련하여 이 사건 세무조정과 달리 이 사건 각 이익을 각 사업연도 과세표준에 산입함을 전제로 내려진 것에 해당하는 부분은, ① 2018 사업연도 결손금을 2,814,834,223원만큼 감액한 부분(다만 피고는 이와 함께 이 사건과 무관한 익금 45,754,192원을 적출하여 과세표준은 총 2,769,080,031원이 감액되었다), ② 2019 사업연도 법인세(가산세 포함) 736,644,110원 중 10,565,800원을 초과하는 부분 및 ③ 2020 사업연도 법인세(가산세 포함) 169,883,390원 중 96,214,900원을 초과하는 부분(위 ① 내지 ③을 이하에서 통틀어서 ‘이 사건 각 처분’이라 함)이다.

라. 전심절차 경유 등

(1) 원고는 이 사건 각 처분에 불복하여 2021. 10. 29. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 2023. 4. 11. 이를 기각하는 결정이 내려졌다.

(2) 이 사건 관련 법령은 [별지] 기재와 같다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑제1호증, 갑제2호증, 을제1호증, 을제2호증, 을제4호증, 을제5호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함, 이하 같음)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고 주장의 요지

이 사건 각 처분은 아래와 같은 이유에서 위법하므로, 모두 취소되어야 한다.

가. 주위적 주장

이 사건 각 이익은 회계상으로만 비용으로 인식된 이 사건 쟁점 수수료를 회계상 환입하기 위한 것이다. 이 사건 쟁점 수수료는 세무상으로는 손금으로 인식된 바 없으므로, 그 환입을 위한 세무상 익금 역시 상정할 수 없다. 그럼에도 불구하고 이 사건 각 처분은 이 사건 각 이익이 세무상 익금으로 인정됨을 전제로 내려졌다.

나. 제1예비적 주장

 종전 소송 판결들에 비추어, 이 사건 수수료 약정에 따른 선주 수수료 채무는 선주가 원고에 그 지급을 청구할 때에 비로소 세무상 손금으로 확정된다. 따라서 설령 이 사건 쟁점 수수료가 세무상 손금으로 인식되었는지 여부와 무관하게 그 환입에 따른 이익이 익금으로 산입될 수 있다 하더라도, 이 사건 쟁점 수수료에 관하여 선주들의 지급 청구가 없었던 이상 이에 대한 손금 산입을 할 수 없고, 이를 전제로 한 손금의 환입, 즉 익금 또한 인정될 수 없다.

다. 제2예비적 주장

설령 이 사건 수수료 약정에 따른 선주 수수료 채무가 선주의 지급 청구 없이도 선박 건조일 또는 인도일로부터 60일이 지나면 손금으로 확정되어 그로부터 5년이 지나 소멸시효가 완성되면 그 환입에 따른 익금이 인정된다 하여도, 이 사건 쟁점 수수료에 관한 각 지급 채무의 소멸시효 완성일은 대상 선박의 건조일 또는 인도일에 따라 다르다. 따라서 이 사건 각 이익 역시 이를 이루는 각 채무의 소멸시효 완성일 당시의 사업연도별로 익금으로 귀속되어야 하고, 이를 전제로 법인세 및 가산세 부과가 이루어졌어야 한다. 그럼에도 불구하고 피고는 이 사건 각 이익이 일괄적으로 2018 및 2019 사업연도에 귀속됨을 전제로 이 사건 각 처분을 하였다.

3. 판단

가. 주위적 주장 및 제1예비적 주장에 관하여

이 사건 각 이익은 이 사건 쟁점 수수료 지급 채무의 소멸시효 완성에 따른 것으로서, 법인세법 제15조 제1항 및 법인세법 시행령 제11조 제6호에 따른 수익의 정의에 부합한다. 한편 종전 소송 판결들에서도 판시된 바와 같이, 원고가 이 사건 수수료 약정에 따라 선주에게 선주 수수료를 지급하기로 약정하는 때에 그 지급 의무는 확정적으로 발생한다고 봄이 타당하다. 그런데 앞서 든 증거들에 의하면, 원고가 이 사건 수수료 약정을 통하여 선주가 조선사로부터 신조한 선박을 인수한 날로부터 60일 이내에 선주 수수료를 지급하기로 약정한 사실이 인정된다. 따라서 이 사건 쟁점 수수료와 관련해서도 위와 같은 이행기 내지 조건이 도래 또는 성취되면 원고의 지급 의무는 확정적으로 발생하고, 원고는 종전에 회계상 비용으로 인식하였으나 세무상 손금에 산입하지 않았던 해당 선주 수수료를 위 이행기 도래 또는 조건 성취 시점에 해당하는 사업연도의 세무상 손금으로 산입하였어야 한다고 봄이 타당하다. 나아가 원고가 이 사건 쟁점 수수료에 관하여 위와 같이 그 이행기 도래 또는 조건 성취 시점에 손금 산입을 하지 아니한 채 그 지급 채무의 소멸시효가 완성되었다 하더라도, 그에 따른 채무 소멸로 인하여 생기는 부채의 감소액이 수익에 해당하지 않는다고 볼 법령상 근거를 찾을 수 없다. 제1예비적 주장과 같이 이 사건 수수료 약정에 따른 선주 수수료 지급 채무가 선박 건조 내지 인도 완료에 더하여 선주의 이에 대한 지급 청구가 이루어져야 비로소 그 지급 의무가 발생한다고 볼 아무런 근거도 찾을 수 없다. 이는 종전 소송 판결들이 선주들이 원고에 선주 수수료 지급 청구를 하여 정상적으로 지급이 이루어진 사안에 관한 것이었다는 점을 감안하여도 마찬가지이다. 오히려 이 사건 세무조사 과정에서 작성된 확인서(을제1호증)에도 원고가 선주 수수료를 지급하기로 약정한 날은 선주의 신조선박 인수 후 60일 이내였음이 명기되어 있고, 원고가 선주의 지급 청구가 없었던 이 사건 쟁점 수수료와 관련하여 소멸시효 완성을 전제로 이 사건 회계처리를 한 점을 보더라도 원고의 위 주장은 받아들일 수 없다고 볼 것이다. 또한 원고는 피고가 종전 소송 판결들 선고 후 이른바 현금주의에 따라 실제 선주 수수료가 지급된 시점을 기준으로 손금 산입 등을 통한 과세처분을 하여 왔다고 주장하기도 한다. 그러나 이러한 사정을 인정할 근거 또한 확인되지 않을뿐더러, 설령 위와 같은 과세처분이 이루어졌다거나 그로 인하여 원고가 손금 산입 시점에 관하여 오인하게 되었다 하더라도, 그로 인하여 선주 수수료 지급 의무가 확정적으로 발생하는 시기와 그에 따라 이를 손금으로 산입하여야 하는 시기 및 그 환입에 관한 익금 산입 인정 여부에 관한 판단이 달라질 수는 없다. 결국 이 사건 쟁점 수수료와 관련하여, 선주들의 지급 청구가 없었더라도 원고는 이 사건 수수료 약정에 따른 조건이 성취된 때 혹은 이행기가 도래한 때에 이를 세무상 손금으로 산입하였어야 하고, 이러한 조정을 거쳤는지 여부와 무관하게 이 사건 쟁점 수수료 지급 채무의 소멸시효가 완성된 이상 그로 인해 발생한 이 사건 각 이익은 당해 사업연도의 익금에 산입되어야 한다고 봄이 타당하다. 원고의 주위적 주장 및 제1예비적 주장은 이에 반하는 것으로서 모두 받아들일 수 없다.

나. 제2예비적 주장에 관하여

(1) 관련 법리

법인세법 제40조 제1항은 “내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.”라고 정함으로써 현실적으로 소득이 없더라도 그 원인이 되는 권리가 확정적으로 발생한 때에는 그 소득이 실현된 것으로 보고 과세소득을 계산하는 이른바 권리확정주의를 채택하고 있다. 이는 납세자의 과세소득을 획일적으로 파악하여 법적 안정성을 도모하고 과세의 공평을 기함과 동시에 납세자의 자의를 배제하기 위한 것이다. 법인세법 제40조 제2항의 위임에 의하여 법인세법 시행령 제68조 내지 제71조는 거래의 유형 내지 대금의 지급 방법 등에 따라 익금과 손금의 구체적인 귀속시기를 개별적으로 규정하고 있다. 한편 법인세법 제43조는 “내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 당해 법인이 익금과 손금의 귀속사업연도와 자산·부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정·타당하다고 인정되는 기업회계의 기준을 적용하거나 관행을 계속적으로 적용하여 온 경우에는 이 법 및 조세특례제한법에서 달리 규정하고 있는 경우를 제외하고는 당해 기업회계의 기준 또는 관행에 따른다.”라고 규정하고 있다. 이와 같이 법인세법 제40조는 제1항, 제2항 등에서 권리의무확정주의를 선언하고, 거래유형 등에 따라 익금과 손금의 구체적인 귀속시기를 규정하고 있다. 그러나 이러한 거래유형 등에 따른 세법상의 손익귀속에 관한 규정은 현대사회의 다양한 모든 거래유형을 예측하여 그 자체로서 완결적으로 손익의 귀속을 정한 것이라고 할 수 없으므로, 위 규정들만으로 손익의 귀속을 정하기 어려운 경우에는 법인세법의 권리의무확정주의에 반하지 아니하는 한, 법인세법 제43조에서 정한 것처럼 일반적으로 공정·타당한 회계관행으로 받아들여지는 기업회계기준에 따라 손익의 귀속을 정할 수 있다고 해석함이 타당하며, 이러한 해석이 국세기본법 제20조의 취지에도 부합한다[대법원 1992. 10. 23. 선고 92누2936, 2943(병합) 판결 등 참조].

(2) 이 사건 쟁점 수수료 지급 채무의 소멸시효 완성일 및 이에 관한 기업회계기준 피고의 주장과 달리, 이 사건 회계처리와 관련하여 작성된 원고 내부 문서(을제2호증)에 따르더라도 이 사건 쟁점 수수료를 구성하는 각 선주 수수료 지급 채무는 그 발생일이 다른 것으로 확인된다. 이에 비추어 보면, 위 각 선주 수수료 지급 채무는 그 이행기 또는 조건, 즉 그 관련 선박이 건조되어 선주에게 인도되는 시점 또한 서로 달랐을 것임을 미루어 알 수 있다. 따라서 위 각 채무의 소멸시효 기산일과 완성일 역시 서로 다르다고 보아야 할 것이다.

원고가 따르는 기업회계기준상, 소멸시효 완성에 따른 채무 소멸에 의한 이익에 관하여 이 사건 회계처리와 같이 각 채무의 소멸시효 완성일과 무관하게 이를 일괄하여 회계처리를 하도록 되어 있다거나, 그러한 회계처리가 합리적이라거나 불가피하다고 볼 만한 사정을 찾을 수 없다. 결국 이 사건 회계처리에도 불구하고, 이 사건 각 이익은 이 사건 쟁점 수수료와 관련한 각 수수료 지급 채무의 소멸시효 완성일에 따라 소멸시효 완성일 당시의 사업연도별로 익금에 산입하는 것이 앞서 본 관련 법리에 비추어 타당하다고 판단된다. 그럼에도 불구하고 원고는 위 각 지급 채무의 소멸에 따라 발생한 이 사건 각 이익을 일괄적으로 부기하는 방식으로 이 사건 회계처리를 하였고, 피고는 이를 근거로 이 사건 각 처분을 하였다. 피고의 주장처럼 원고가 내부적 결정에 따라 이 사건 회계처리를 하였고 이에 대한 회계감사에서도 적정하다는 평가가 내려졌다는 점만으로 이 사건 각 처분이 적법하다고 볼 경우, 가산세 산정이나 부과제척기간 도과 여부 등에서 납세자에게 부당한 결과가 발생할 여지가 있다. 결국 이 사건 각 처분은 위법하다고 볼 수밖에 없고, 이와 관련한 원고의 제2예비적 주장은 타당하다.

다. 소결 – 취소의 범위

이 사건 쟁점 수수료에 관하여 이를 이루는 각 지급 채무의 소멸시효 완성일을 개별적으로 판단하지 않고 이루어진 이 사건 각 처분은 위법하므로 취소되어야 한다. 취소의 범위에 관하여 살피건대, 당사자가 사실심 변론종결 시까지 객관적인 과세표준과 세액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출하지 아니하여 적법하게 부과될 정당한 세액을 산출할 수 없는 경우에는 과세처분 전부를 취소할 수밖에 없고, 그 경우 법원이 직권에 의하여 적극적으로 납세의무자에게 귀속될 세액을 찾아내어 부과될 정당한 세액을 계산할 의무까지 지는 것은 아니다(대법원 2020. 6. 25. 선고 2017두72935 판결 등 참조). 이 사건에서 원고와 피고가 이 사건 변론종결일까지 제출한 자료만으로는 위와 같이 이 사건 쟁점 수수료 지급 채무의 소멸시효 완성일을 개별적으로 따져 그에 따른 익금의 귀속시기를 판단하고 이를 토대로 해당 과세기간의 정당한 법인세 및 가산세의 구체적인 세액을 산출할 수 없다. 그러므로 이 사건 각 처분 전부를 취소할 수밖에 없다. 또한 앞서 본 것처럼 피고는 이 사건 각 과세처분을 함에 있어 이 사건 세무조정을 부인함에 따라 원고의 2018 사업연도 결손금을 2,814,834,223원만큼 감액하였으나, 이와 더불어 이 사건과 무관한 익금 적출로 위 사업연도 과세표준은 총 2,769,080,031원만이 감액되었다. 이러한 처분의 경위와 내용 및 결손금 감액경정의 처분성을 인정하는 근거와 필요성(대법원 2020. 7. 9. 선고 2017두63788 판결 등 참조) 등에 비추어, 이 사건 각 처분 중 2018 사업연도 결손금 감액과 관련하여 취소의 대상이 되는 처분의 금액은 2,769,080,031원이라 볼 것이다.

4. 결론

따라서 원고의 청구는 이유 있으므로 모두 인용하여, 주문과 같이 판결한다.