1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

피고가 2018. xx. xx. 원고에게 한 2019 사업연도 법인세 x,xxx,xxx,xxx원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

가. 원고는 ○○ 제조 및 판매 등을 목적으로 하는 회사이다. 그리고 사단법인 B(이하 ‘B’라고만 한다)는 원고의 임․직원 등을 조합원으로하여 조합원의 생활안정 도모 및 직무능률 향상 등을 목적으로 설립되어 위 목적 달성을 위하여 기금조성사업 등을 수행하는 비영리법인이고, B 사내근로D은 B에 근무하는 직원의 생활안정과 복지증진을 목적으로 하여 근로복지기본법 제52조 제1항에 따라 설립된 법인(이하 ‘이 사건 D’이라고만 한다)이다. 또 C 주식회사(이하 ‘C’이라고 한다)는 사업시설관리 및 사업지원 서비스업을 영위하는 회사이다.

나. 원고는 2019. 12. 16. 이 사건 D에게 자기주식 xx,xxx주(가액 x,xxx,xxx,xxx원)를, C의 사내근로D에게 자기주식 xxx,xxx주(가액 xx,xxx,xxx,xxx원) 등 합계 xxx,xxx주(합산 가액 xx,xxx,xxx,xxx원)를 무상으로 출연하였다.

다. 원고는 2019 사업연도 법인세 신고를 하면서 위 각 출연이 구 조세특례제한법(2019. 12. 31. 법률 제16835호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조세특례제한법’이라고만한다) 제100조의32 제2항 제1호 다목 및 그 위임을 받은 구 조세특례제한법 시행령(2020. 2. 11. 대통령령 제30390호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조세특례제한법 시행령’이라고만 한다) 제100조의32 제14항 제2호의 ‘조세특례제한법 제8조의3 제1항 제1호에 따른 협력중소기업의 사내근로D에게 한 출연금’(이하 ‘이 사건 과세특례’내지 ‘이 사건 과세특례 조항’이라고 한다)에 해당한다고 보아 위 각 출연금에 100분의300을 곱한 금액을 기업소득에서 차감하여 미환류소득에 대한 법인세를 0원으로 신고하였다.

라. 국세청장은 2021. xx. xx.부터 2021. xx. xx.까지 ○○지방국세청에 대한 세원관리취약분야 실태점검 특정감사를 실시한 후 B와 C은 각 중소기업내지 협력중소기업에 해당하지 않는다는 등의 이유로 위 각 출연금이 이 사건 과세특례 적용대상에 해당하지 않는다고 보아 법인세 경정을 하도록 현지시정 조치를 하였다. 이에 피고는 2022. 11. xx. 원고의 2019 사업연도 미환류소득에 대한 법인세를 재계산하여 법인세 xx,xxx,xxx,xxx원(가산세 포함)의 부과처분을 하였고, 위 부과처분은 2022. 11. xx. 원고에게 도달하였다.

마. 원고는 이에 불복하여 2022. 12. xx. 조세심판청구를 하였고, 조세심판원은 2024. 1. xx. ‘원고가 이 사건 D에게 자기주식을 출연한 것은 이 사건 과세특례 적용대상에 해당하지 않으나, C의 사내근로D에게 자기주식을 출연한 것은이 사건 과세특례가 적용된다’고 보아 그 과세표준 및 세액을 경정하고 나머지 청구를 기각한다는 결정을 하였고, 위 결정은 2024. 1. xx. 원고에게 도달하였다.

바. 피고는 2024. 1. xx. 조세심판원의 위 결정에 따라 2022. 11. xx.자로 부과된 법인세 xx,xxx,xxx,xxx원을 x,xxx,xxx,xxx원으로 감액하는 경정처분을 하였다 1) (이하 감액 경정하고 남은 부분을 ‘이 사건 처분’이라고 하고, 이 사건의 쟁점으로 남은 부분인 이 사건 D에 대하여 출연한 자기주식 상당액을 ‘이 사건 출연금’이라고 한다).

1) 국세기본법에 규정된 심판절차에서 원처분을 취소 또는 변경하는 결정이 있으면 특단의 사정이 없는 한 그 결정의 효력에 의하여 원처분은 당연히 취소 또는 변경된다고 할 것이나, 심판청구에 대한 결정이 양도가액과 취득가액을 국세심판소장이 인정하는 금액으로 하여 원처분을 경정한다고 선언함에 그치고 경정한 처분의 내용을 명시하지 않고 있는 경우에는 그 결정만으로는 원처분의 변경범위가 명확치 아니하므로 이로써 원처분이 당연히 변경되었다고 보기 어렵고, 원처분청이 국세심판소장의 경정결정 취지에 따라 과세표준과 세액의 경정결정을 하여 이를 원고에게 통지한 때에 비로소 원처분 변경의 효력이 발생한다(대법원 1982. 7. 27. 선고 82누91 판결 참조).

[인정 근거]

다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 4호증, 을 제1 내지 4호증(각 가지번호 있는 것은 가지번

호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고 주장의 요지

가. 이 사건 과세특례 조항은, 기업소득이 투자, 임금 등으로 지출됨으로써 가계소득에 환류 되도록 유도하고자 하는 조항으로, B 소속 근로자들의 복지를 위해 기업소득을 출연한 이 사건 출연금은 위 입법취지에 정확히 부합한다. 구 조세특례제한법 제8조의3 제1항 제1호, 구 조세특례제한법 시행령 제7조의2 제2항은 ‘협력중소기업’이 무엇인지 정의하며 ‘중소기업’이라는 용어를 사용하고 있으나, 이 사건 과세특례 조항의 입법취지 및 관련 법령의 원용 방식에 비추어볼 때 ‘B’가 설립한 이 사건 D에 대한 이 사건 출연금도 이 사건 과세특례 적용대상에 당연히 포함된다고 보아야 한다. 그럼에도 불구하고 피고가 이와 달리 이 사건 출연금을 과세특례 적용대상에 해당하지 않는다고 본 것은 위법하다.

나. 또 피고는, ① B가 원고와 법인세법 시행령 제2조 제5항이 정한 특수관계인에 해당하고, ② 이 사건 D이 B와 특수관계인에 해당하므로, ③ 원고는 ‘특수관계인’인 B를 ‘통하여’ 이 사건 기금법인에 지배적인 영향력을 행사하고 있고, 따라서 원고와 이 사건 D은 특수관계에 있다고 보아 구 조세특례제한법 시행령 제100조의32 제14항 단서에 따라 이 사건 과세특례 조항의 적용을 배제하였다. 그러나 이것은 위법하다.

즉 대법원은 구 지방세기본법(2016. 12. 27. 법률 제14474호로 개정 전의 것) 제2조 제34호의 ‘특수관계인’과 관련하여 본인이 그 특수관계에 있는 자를 ‘통하여’ 어떤 법인에 지배적인 영향력을 행사하였다고 보기 위해서는 본인이 그 대주주이자 대표이사를 좌지우지할 수 있다고 볼 만한 사정이 있어야 하고, 그렇지 않은 이상 본인과 그 법인사이의 특수관계를 인정할 수 없다고 보아 왔다. 이러한 대법원 판례의 법리는 구 지방세기본법 규정과 그 문구와 구조가 동일한 법인세법 시행령 제2조 제5항의 해석에 있어서도 그대로 적용되어야 한다.

그러므로 이 사건에서도 법인세법 시행령 제2조 제5항 제4호, 제5호가 정한 특수관계인이 되기 위해서는 원고가 그와 일정한 관계에 있는 B의 의사결정을 좌우함으로써 원고가 직접 이 사건 D에 대해 지배적인 영향력을 행사하는 것과 동일하게 볼 수 있을 정도가 되어야 한다. 그런데 원고가 임직원을 ‘통하여’ B에 대해 지배적인 영향력을 행사하고 있다고 볼 추가적인 입증이 없으므로, B는 원고에 대한 관계에서 법인세법 시행령 제2조 제5항 제4호의 ‘특수관계인’에 해당한다고 볼 수 없다. 또 원고가 B를 ‘통하여’ 이 사건 D에게 지배적인 영향력을 행사하고 있다고 볼 추가적인 입증도 없으므로, 이 사건 D은 원고에 대한 관계에서 법인세법 시행령 제2조 제5항 제5호의 ‘특수관계인’도 아니다.

3. 관련 법령

별지 기재와 같다.

4. 이 사건 처분의 적법여부

가. 관련 법리

조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합한다(대법원 2003. 1. 24. 선고 2002두9537 판결, 대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 등 참조).

나. 구체적 판단

앞서 든 증거 및 갑 제5호증, 을 제5, 7호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사실 내지 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 출연금은 이 사건 과세특례 조항이 정한 ‘협력중소기업의 사내근로D에게 한 출연금’에 해당하지 않고, 그 밖에 이 사건 과세특례 대상에 해당하지도 않으므로, 이 사건 처분은 적법하다. 원고의 주장은 받아들이지 않는다(이 사건 출연금이 구 조세특례제한법 시행령 제100조의32 제14항 본문에서 정한 이 사건 과세특례 대상에 해당하지 않아 이 사건 과세처분이 적법한 이상, 과세특례 대상에 해당하는 경우를 전제로 하는 원고의 특수관계인에 대한 주장은 더 나아가 판단하지 않는다).

가) 이 사건 과세특례 조항인 구 조세특례제한법 시행령 제100조의32는 ‘구 조세특례제한법 제8조의3 제1항 제1호에 따른 협력중소기업의 사내근로D에 출연하는 경우 그 출연금’을 과세특례로 규정하고 있고, 구 조세특례제한법 제8조의3 제1항 제1호는 ‘대․중소기업 상생협력 촉진에 관한 법률 제2조 제6호에 따른 수탁기업 등 대통령령으로 정하는 중소기업’을 ‘협력중소기업’이라고 칭하고 있으며, 그 위임을 받은 구 조세특례제한법 시행령 제7조의2는 제1호부터 제4호까지 중 어느 하나에 해당하는 중소기업이 협력중소기업에 해당한다고 규정하였다. 그 중 제1호가 원용하고 있는 조항인 구 대․중소기업 상생협력 촉진에 관한 법률(2020. 2. 11. 법률 제16996호로 개정되기 전의 것) 제2조 제6호, 제4호는 물품 등의 제조 등을 위탁받은 중소기업을 ‘수탁기업’으로 정의하고 있고, 같은 조 제1호는 ‘중소기업’이란 중소기업기본법 제2조에 따른 중소기업을 말한다고 규정하고 있다. 구 중소기업기본법(2019. 12. 10. 법률 제16815호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 중소기업기본법’이라고만 한다) 제2조 제1항은 각 호 중 어느 하나에 해당하는 기업 또는 조합 등을 ‘중소기업’으로 정의하며 구체적으로는,일정한 요건을 갖추고 영리를 목적으로 사업을 하는 기업(제1호), 일정한 요건의 사회적기업, 협동조합, 소비자생활협동조합(제2, 3, 4호)을 규정하고 있다.

즉, 이 사건 과세특례 조항이 말하는 ‘협력중소기업의 사내근로D’은 구 중소기업기본법 제2조 제1항의 ‘중소기업’ 개념을 전제하고 있고, 그에 따라 ‘중소기업’에 해당하려면 최소한 영리법인, 사회적기업, 협동조합, 소비자생활협동조합 중 하나에 해당되어야 한다.

그런데 B는 비영리법인이므로 앞서 본 중소기업에 해당하지 않고, 그밖에 사회적기업, 협동조합, 소비자생활협동조합에 해당하지 않음도 명백하다.

나) 나아가 이 사건 과세특례 조항의 입법취지는 ‘대․중소기업 간 상생협력을 위하여 지출된 금액’에 과세특례를 적용함으로써 대․중소기업 간 상생협력 촉진에 관한 법률의 입법목적, 즉 대기업과 중소기업 간 상생협력 관계를 공고히 하며, 대기업과 중소기업의 경쟁력을 높이고, 대기업과 중소기업의 양극화를 해소하여 동반성장을 달성함을 촉진하려는 것에 있다. 관련 법령을 합목적적으로 해석한다 하더라도 ‘중소기업과의 상생’이라는 요건은 이 사건 과세특례 조항의 가장 핵심적인 요소로서 이를 배제하는 해석은 허용될 수 없다. 이러한 사정을 앞서 본 조세법률주의에 관한 법리에 비추어 볼 때, 원고가 주장하는 사정만으로는 “‘중소기업이 아닌 비영리법인’의 사내근로D에 대한 출연”에 대해서도 이 사건 과세특례 조항을 유추적용해야 한다고 할 수 없다.

5. 결론

따라서 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.