대 전 고 등 법 원

제 1 행 정 부

판 결

사 건 2025누389 법인세부과처분취소

원 고 A

피 고 B세무서장

변 론 종 결 2026. 1. 15.

판 결 선 고 2026. 2. 5.

주 문

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지 및 항소취지

제1심판결을 취소한다. 피고가 2022. 11. 3. 원고에게 한 2019 사업연도 법인세 2,939,237,474원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 제1심판결의 인용

원고의 항소이유는 제1심에서의 주장과 크게 다르지 아니하고, 원고의 주장을 제1심 및 당심에서 제출된 증거들과 함께 다시 살펴보아도 제1심의 사실인정과 판단은 정당하다.

이에 이 법원이 이 사건에 관하여 설시할 이유는, 아래와 같이 일부 고치거나 추가하는 외에는 제1심판결의 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 약어 및 별지를 포함하여 이를 그대로 인용한다.

【고치거나 추가하는 부분】

◯ 제1심판결 제4면 밑에서 제5행 “법인세법 시행령”을 “구 법인세법 시행령(2020. 2. 11. 대통령령 제32396호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)”로 고친다.

◯ 제1심판결 제5면 각 “법인세법”을 각 “구 법인세법”으로 고친다.

◯ 제1심판결 제7면 제1행의 “제7조의2는”을 “제7조의2 제2항은”으로 고친다.

◯ 제1심판결 제7면 제4행의 “것)”을 “것, 이하 ‘구 상생협력법’이라고만 한다)”로 고친다.

◯ 제1심판결 제7면 밑에서 제5행과 제6행 사이에 다음 내용을 추가한다.

『나) 이에 대하여 원고는 구 중소기업기본법 제2조 제4항이 “중소기업시책별 특성에 따라 특히 필요하다고 인정하면 중소기업협동조합법이나 그 밖의 법률에서 정하는 바에 따라 중소기업협동조합이나 그 밖의 법인ㆍ단체 등을 중소기업자로 할 수 있다.”고 정하고 있는데, 구 조세특례제한법 제30조 제1항에서 ‘중소기업기본법 제2조에 따른 중소기업(비영리기업을 포함한다)’고 명시하고 있으므로, 구 조세특례제한법에서의 중소기업에는 비영리기업도 포함되는 것이라고 주장하기도 한다. 그러나 구 중소기업기본법 제2조 제4항의 의미는 다른 법령에서 시책별 특성에 따라 필요하다고 인정하는 때에는 그 법령이 정하는 한도에서 비영리법인ㆍ단체 등을 중소기업으로 간주할 수 있다는 것에 불과하지 일반론적으로 중소기업자의 범위를 확장시킬 수 있다는 의미는 아니다. 따라서 구 조세특례제한법 제30조 제1항에서 비영리법인을 ‘중소기업기본법 제2조에 따른 중소기업’에 포함시키고 있더라도, 이는 구 조세특례제한법 제30조 제1항이 적용되는 영역에 한하여 그와 같이 볼 수 있다는 것일 뿐, ‘중소기업기본법 제2조에 따른 중소기업’의 범위에 항상 비영리법인이 포함되어야 한다는 것은 아니다. 오히려 구 조세특례제한법 제30조 제1항에서 명시적으로 비영리법인을 포함시킨 점이, 그와 같은 규정이 없는 이 사건 과세특례 조항이나 구 조세특례제한법 시행령 제7조의2 제2항 등에서는 중소기업에 비영리법인을 포함시키지 않는 것이 입법자의 의도였음을 방증한다.

다) 원고는, 구 조세특례제한법 제5조 제1항 및 그 위임을 받은 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항이 중소기업의 요건에 관하여 정하면서 비영리법인을 제외하고 있지 아니하므로, 특별한 사정이 없는 한 구 조세특례제한법 해석에 있어 중소기업에서 비영리법인을 제외할 것이 아닌데, 구 조세특례제한법 시행령 제7조의2 제2항 제1호의 경우에는 구 상생협력법 제2조 제6호, 제1호 및 구 중소기업법 제2조 제1항의 규정 해석상 비영리법인이 포함되지 않는다고 하더라도, 구 조세특례제한법 시행령 제7조의2 제2항 제4호의 경우에는 그와 같은 제한을 두고 있지 아니하므로 해당 조항의 중소기업은 비영리법인을 포함하는 것으로 해석하여야 한다고 주장한다.

그러나 구 조세특례제한법 시행령 제7조의2 제2항 제4호는 ‘구 조세특례제한법 제8조의3 제1항에 따른 내국법인’이 협력이 필요하다고 인정하는 중소기업을 협력중소기업으로 정하고 있는데, 구 조세특례제한법 제8조의3 제1항의 내국법인이란 ‘구 상생협력법 제2조 제3호에 따른 상생협력을 위하여 출연을 하는 내국법인’임이 그 문언상 명백하고(원고는 구 조세특례제한법 제8조의3 제1항 제1호에서 협력중소기업을 구 상생협력법 제2조 제6호에 따른 수탁기업 ‘등’이라고 정하고 있으므로 협력중소기업이 반드시 구 상생협력법을 전제로 하는 것이 아니라고 주장하나, 이는 제1항 본문의 문언에 반하는 해석이다), 이는 구 조세특례제한법 제8조의3과 그 위임을 받은 구 조세특례제한법 시행령 제7조의2가 구 상생협력법의 취지를 달성하기 위한 수단으로 입법된 것으로 보인다는 점에도 부합한다. 그런데 구 상생협력법 제2조 제3호에 따른 상생협력은 ‘구 중소기업기본법 제2조에 따른 중소기업’들 사이 또는 그러한 중소기업과 대기업 사이의 관계를 전제하는 것이므로, 결국 구 조세특례제한법 제7조의2 제2항 제4호의 중소기업은 ‘구 상생협력법 제2조 제3호가 정한 상생협력 관계에 있는 중소기업기본법 제2조에 따른 중소기업’을 의미한다고 해석하여야 한다. 따라서 사단법인 공제회가 구 중소기업기본법 제2조에 따른 중소기업에 해당하지 않는 이상, 원고가 사단법인 공제회에 출연하였다고 하더라도 사단법인 공제회와의 관계에 있어서는 구 조세특례제한법 제8조의3 제1항에 따른 내국법인에 해당한다고 할 수 없고, 그렇다면 원고와 사단법인 공제회가 어떠한 협력관계에 있다고 하더라도 구 조세특례제한법 시행령 제7조의2 제2항 제4호의 요건을 갖추었다고 볼 수 없다. 이에 대하여 원고는 그와 같이 해석할 경우 구 조세특례제한법 제7조의2 제2항 제1호가 정한 ‘구 상생협력법 제2조 제6호에 따른 수탁기업’이 구 조세특례제한법 시행령 제7조의2 제2항 제4호에 모두 포섭되므로, 별도로 구 조세특례제한법 제7조의 제2항 제1호 규정을 둔 의미가 없어지게 된다고 주장하나, 구 조세특례제한법 제7조의 제2항 제1호 규정은 모법인 구 조세특례제한법 제8조의3 제1항 제1호가 직접 동일한 내용을 명시적으로 예시하고 있으므로 이를 그대로 시행령에서 열거한 규정으로 보이고, 제4호는 구 상생협력법이 적용됨을 전제로 수탁관계라는 정형화된 거래 형태를 넘은 폭넓고 유연한 형태의 협력 관계를 포괄하기 위한 규정으로 보이므로, 이를 원고의 주장과 같이 구 상생협력법에 따른 상생협력 관계의 요건을 갖추지 못한 경우에까지 협력중소기업에 포섭시키고자 하는 규정이라고 해석할 수는 없다(원고의 주장과 같이 해석하더라도 구 조세특례제한법 시행령 제7조의2 제2항 제4호의 적용 범위가 더 넓어질 뿐이므로 구 조세특례제한법 시행령 제7조의2 제2항 제1호가 제4호에 모두 포섭가능하다는 점은 마찬가지이다).』

◯ 제1심판결 제7면 밑에서 제5행의 “나)”를 “라)”로 고친다. ◯ 제1심판결 제8면 제5행 “없다.” 뒤에 다음 내용을 추가한다. 『(원고는 대기업의 소득이 협력중소기업 소속 근로자들의 소득으로 흘러들어 가는것을 유도하기 위한 미환류소득 과세제도의 취지나 비영리법인 역시 영리법인과 마찬가지로 대기업과 상생협력 관계를 공고히 할 필요가 있다는 점을 고려하면, 사업활동을 하면서 근로자들을 고용하고 있는 이상 비영리법인도 위와 같은 협력중소기업에 포함될 수 있다고 주장한다. 그러나 이 사건 과세특례 조항에서의 상생협력이란 구 상생협력법 제2조 제3호, 제1호에 따른 구 중소기업기본법 제2조가 정한 중소기업을 전제로 하고 있음은 앞서 본 바와 같고, 원고 주장과 같은 필요성이나 취지만으로 문언을 넘어서는 해석은 허용될 수 없는 것이다)』

2. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하여야 한다. 이와 결론을 같이하는 제1심판결은 정당하므로 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.