주 문

이건 심사청구는 기각한다.

이 유

이 유

1. 처분내용

가. 청구법인은 2019.00.00. ** 소재에서 AN(이하 “AN”이라 한다)과 BN(AN의 아들이며, 이하 “BN”이라 한다)이 각각 50%씩 출자하여 산업플랜트, 철구조물, 선박구성품 제조를 주된 사업으로 설립되었으며, 2019.10.4. 설립 당시에는 AN을 대표이사로 선임하였다. 그리고 AN은 2019.12.2. 본인의 지분을 동생 CN에게 전부 양도하고 2019.00.00. 대표이사를 BN으로 변경하여, 현재까지 계속 사업중이다.

나. (유)ㅇㅇㅇ(이하 “DDD”라고 한다)는 AN이 대표로 있는 선박철구조물 제작업을 영위하는 법인으로 2006.5.1.부터 2019.10.4.까지 (유)DSN이라는 상호를 사용하였다.

다. CC지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2025.9.2.부터 2025.10.24.까지 청구법인에 대하여 2020～2024 사업연도 법인세 통합조사를 실시하고, 2025.11.6. 위기지역 창업기업에 대한 법인세 등의 부당감면 1,686백만원(이하 “쟁점감면금액”이라 한다) 및 과다경비 계상 등의 이유로 법인세 1,776백만원과 원천세 89백만원을 과세하겠다는 내용의 세무조사결과를 통지하였다.

라. 이에 청구법인은 쟁점감면금액은「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제99조의9(위기지역 창업기업에 대한 법인세 등의 감면)(이하 “쟁점감면조항”이라 한다)에 해당한다고 보아 2025.12.1. 과세전적부심사청구를 제기하여 2026.1.8. 불채택 결정을 받았다.

마. 처분청은 조사청의 세무조사결과에 따라 2026.1.23. 청구법인에 법인세 1,793백만원과 (근로소득)원천세 89백만원 부과처분하였다. 다만 이 건 심사청구는 법인세 1,686,782,257원에 한정한다.

사. 청구법인은 법인세 부분에 대하여 2026.2.3. 이 건 심사청구를 제기하였다.

2. 청구주장

가. 청구법인의 설립은 인적자원의 독립성 요건을 갖추었다.

 1) 인력 이동 및 중복률은 0%이다. 2019년 및 2021년 근로소득 지급명세서와 같이 DDD에서 청구법인으로 승계되거나 이동한 직원은 단 한 명도 없다. 즉 청구법인의 인적 구성은 DDD와의 연속성이 없는 완전한 신규고용이다. 청구법인의 직원 38명(2020년 기준) 전원은 위기지역 내에서 신규로 채용된 인력이다. 직원 승계가 없다는 것이 청구법인의 인적자원의 독립성을 증명하고 있다.

 2) 청구법인은 설립 당시(2019년) 8명에서 2020년말 기준 38명의 신규고용을 창출함으로써 위기지역 사업장 신설에 대한 감면 요건을 충족하였다. 이는 위기지역에 새로운 노동 수요를 창출한 원시적 고용에 해당한다.

 3) 청구법인은 자신의 계산과 명의로 급여를 지급하고 4대보험료를 납부하며 독립적인 고용 관계를 유지해 왔다. 관리의 주체가 DDD와 완전히 단절되어 있음은 실질적인 고용관계의 분리를 입증한다.

 4) 조사청이 인용한 심판례에서는 사업장이전의 요건으로 인적구성의 동일성을 요구하고 있으나, 청구법인과 DDD는 인적구성이 전혀 동일하지 않다. 또한 조심2024지1644(2025.8.22.) 결정에서는 청구외법인 출신 직원 2명을 포함하여 신규직원 62명을 채용한 경우도 실질적인 고용창출 효과가 있었던 것으로 인정하여 창업벤처중소기업 설립에 해당한다고 결정하였다. 이 건 청구법인은 DDD에서 이동한 직원이 단 한 명도 없는 점에서 위 결정례보다 인적 독립성이 더 충족된다.

나. 청구법인의 설립은 물적자원의 독립성 요건을 충족하였다.

 1) 종전의 사업장에서 사용하던 자산을 인수하거나 매입하여 같은 종류의 사업을 하는 경우에는 사업용자산의 총가액에서 차지하는 비율이 50% 미만이면 창업으로 본다고 규정하고 있다(조특법 제6조제10항 가목).

 2) 청구법인은 한국자산관리공사의 전자입찰을 통해 독자적인 공장건물(이하 “쟁점공매물건” 또는 “사업장”이라 한다)을 직접 낙찰받아 취득하였고, 청구법인이 DDD로부터 인수하거나 매입한 자산이 전혀 없으며 청구법인의 고정자산 또한 모두 제3자로부터 신규로 취득하였으므로 조특법 제6조(창업중소기업 등에 대한 세액감면) 제10항의 요건에도 부합한다.

 3) 설립 당시 청구법인은 대불산단3로 201에 소재하였고, DDD는 PPN LI 1703-3번지에 소재하여 물리적으로 완전히 분리된 별개의 사업장이었다.

 4) 또한, 취득세 비과세 확인서(YN군수 발행, 2020.1.6.)에서도 ‘창업중소기업이 창업일로 4년 내 취득 부동산’임을 인정하여 취득세 105백만원(75%)을 감면하였다. 따라서 동일한 사업 실체에 대해 지방세는 사업장 신설로 인정하는 반면 국세만 이를 부인하는 것은 과세 형평성에 어긋난다.

 5) 조사청은 청구법인의 설립이 물적자원의 독립성을 충족하지 않는다고 주장하나, 청구법인은 물적 자원을 승계한 사실이 없다. 더 나아가 조특법 제6조제10항에 의하면 종전 사업에 사용되던 자산가액이 사업용자산 총가액의 50% 미만인 경우 창업으로 보며, 이 건 청구법인은 DDD로부터 인수한 자산이 전혀 없으므로(비율 0%) 이 기준을 완전히 충족한다.

  또한, 취득세 비과세 확인서(YN군수 발행, 2020.1.6.)에서도 '창업중소기업이 창업일로 4년 내 취득 부동산'임을 인정하여 취득세 105백만원(75%)을 감면하였다

다. 청구법인은 설립 후 DDD의 업종과는 다른 고유한 사업영역을 가지고 있다.

 1) 청구법인과 DDD는 조선업이라는 대분류만 유사할 뿐, 선박도장 및 플랜트 매출은 DDD가 수행한 이력이 없으므로 청구법인만 수행할 수 있는 고유 사업영역에 해당한다.

 2) 청구법인은 설립 이후 선박도장 및 플랜트 매출 위주이고, DDD는 해당 분야의 매출이 없다.

 3) 청구법인과 DDD의 매출거래처 중 매출액 1억원 이상의 중복 거래처는 단 2곳에 불과하며, 그 외 거래처는 청구법인이 독자적으로 개척한 신규 거래처이다. 또한 DDD는 선박도장과 플랜트 사업을 위한 설비가 없다.

라. 조사청은 사업장 신설에 대하여 조특법상 규정 의미를 잘못 해석하고 있다.

 1) 조특법 제99조의9와 같은 법 제6조제10항의 관계

  조특법 제99조의9 제7항은 '창업의 범위'에 한하여 같은 법 제6조제10항을 준용하도록 규정하고 있으며, '사업장 신설'에 대하여는 해당 준용 조항을 두고 있지 않다. 이는 입법자가 창업과 사업장 신설을 구별하여 각각 다른 기준을 적용하고자 한 것이다. 이는 입법자가 창업과 사업장 신설을 구별하여 각각 다른 기준을 적용하고자 한 명백한 표현이다. 따라서 조사청이 사업장 신설에 제6조제10항의 창업배제사유를 적용하는 것은 법문에 없는 제한을 적용하는 것으로 조세법률주의에 위배된다.

 2) 사업장 신설의 판단기준

  조특법 제3조의 규정에 따라 사업장 신설 여부는 법인세법 및 부가가치세법상 사업장 규정에 따라 판단한다. 조세법률주의 원칙상 과세요건이나 조세감면의 적용과 배제는 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고, 확장해석이나 유추해석은 허용되지 않는바, 청구법인은 아래와 같은 세 가지 기준을 모두 충족하므로 조특법상 사업장 신설에 해당한다.

 3) 입법 목적에의 부합

  위기지역 내 사업장 신설 감면제도(조특법 제99조의9)의 입법목적은 위기지역의 고용 창출과 경제 활성화이다. 청구법인은 2019～2020년 사이 위기지역에서 38명의 신규 고용을 창출하고 독립적인 자본을 투자하였는바, 이는 해당 제도의 입법 목적에 완전히 부합하는 것이다.

 청구법인이 입주한 국가산업대불(외국인)단지의 공장가동률은 2020년 월별로 45%-55%이다.(2020.12월 국가산업단지 단지별 가동률 현황 참고)

마. 청구주장 요약

바. 본 건과 유사 심판결정례의 비교

사. 조사청 주장에 대한 청구법인의 항변

 1) DDD 회사 소개서에서 청구법인을 DDD 제2공장으로 표시하고, 플랜트 및 산업용 가열로 사업의 매출처가 중복된다는 이유로 DDD의 사업이 청구법인으로 확장·이전된 것이라는 주장에 대하여

  가) 회사소개서는 영업상 과장된 표현이 포함된 홍보물일 뿐이며, 마케팅 문구(2공장)가 법적 실체를 대신할 수 없으며, 실제 계약과 책임의 귀속주체는 명확히 구분되어 있다. 매출처가 1억 이상 중복된 곳은 단 2곳에 불과하여 이를 근거로 DDD와 청구법인을 하나의 회사로 보는 것은 부당하다.

  나) 청구법인의 대표 BN은 2016.1월부터 계열회사인 개발 제주지사에서 근무하여 관련 경력을 쌓은 뒤 2019.12월부터 청구법인의 대표이사로 근무하고 있으며, 공장현장에서 업무 수행에 필요한 위해 굴착기 운전기능사, 지게차운전기능사 자격증(BN의 국가기술자격증 참조) 등을 취득하여 현장인력이 부족할 때는 굴착기와 지게차로 현장업무를 하고 있고, 중고해상크레인이 주로 일본에서 매물이 나와 일본출장도 당일 출장, 2박3일 출장업무도 하고 있다. 청구법인의 공장부지 취득시 취득세 비과세확인서, 사업계획서, 공장취득을 위한 은행대출 및 법인신설 등에서도 BN이 직접 작성하고 도장을 날인하였다.

 2) AN이 일부문서를 결재하고 DDD의 관리직원 7명이 청구법인으로 이동한 것은 청구법인이 DDD의 주요 인적자원을 승계한 것이며, 이는 협력업체 보고서에서 확인 가능하다고 주장하나,

  7명의 DDD 관리직원이 이동했다는 것은 전혀 사실이 아니다. 일부 관리직원이 업무를 도와준 사실은 있으나, 이는 설립 초기 셋업지원에 불과하다. 청구법인은 설립 이후 신규 인력을 대거 채용하여 독자적인 생산 조직을 구축하였다. 그리고 조사청이 근거로 제시한 ‘협력업체 보고서’의 실질을 살펴보면, 청구법인을 ‘사업경력이 짧은 신설 법인’으로 명확히 인지하고 있으며, 공장 또한 기존 DDD와 물리적으로 분리되어 운영되고 있음을 확인해 주고 있다.

 3) 조사청은 청구법인의 설치경위‧인적구성 등을 종합적으로 고려하여 청구법인 설립을 기존사업장의 이전으로 판단한 것이라고 주장하나,

  조사청은 의견서에서 청구법인과 DDD를 별개의 독립된 권리 주체임을 인정하고 있다. 조사과정에서 청구법인과 DDD를 독립된 법인으로 보아 과다공동경비를 부인하였고, 두 법인의 임대차계약을 통한 비용처리는 인정하였다. 이는 사업장 이전론과 모순되는 처분임을 방증한다.

  가) 조사청은 한편으로 청구법인의 설립이 DDD의 사업장 이전이라고 주장하면서, 다른 한편으로 청구법인 임직원 8명의 인건비 80,108,198원을 두 법인의 매출액 비율로 '안분'하여 손금불산입 처분을 하였다.

  나) 인건비를 '안분'하기 위해서는 다음의 전제가 필요하다

  ⅰ) 청구법인과 DDD는 각각 독립된 별개의 법인이고, ⅱ) 두 법인은 각각 독립된 사업영역과 매출을 가지며, ⅲ) 청구법인의 사업장은 DDD와 구별되는 독립된 사업장으로 존재한다. 즉, 인건비 안분 처분 자체가 '청구법인 = 독립된 사업장 신설'임을 조사청 스스로 인정한 것이다.

  다) 아래 비교표에서 보듯이, 사업장 이전론과 인건비 안분론은 양립할 수 없는 모순된 주장이다.

 4) 조사청은 최초 공장매매계약 취소와 부친 AN의 주식 명의신탁은 법인세를 부당하게 감면받기 위한 것이라고 주장하나,

  한국자산관리공사에 공매 진행 중인 목적물이었으므로 공장매매계약이 취소된 것이다. 이를 조세회피 목적과 결부시키는 것으로 추측된다. 그러나 청구법인 대표 BN은 신규대출을 목적으로 (유)중공업을 설립하고 공매대금을 완납하였다. 주식명의신탁 문제는 상증세법과 관련된 것이므로, 조특법 제99조의9 제1항의 사업장 신설과는 무관한 것이다.

 5) 조사청은 청구법인의「지방세특례제한법」상 창업감면을 받은 사실이 조특법상 사업장 신설의 근거가 될 수 없다고 주장하나,

  가) 청구법인은 YN군청으로부터「지방세특례제한법」창업중소기업임을 인정받아 취득세 및 재산세를 감면받았다. 지방세와 국세의 창업인정기준이 실질적으로 동일함에도 불구하고 조사청은 지방세 감면과 배치되는 과세처분을 하는 것은 행정의 일관성을 상실한 것이다.

  나) 창업은 사업장 신설을 당연히 전제로 하는바, 지방세법상 창업으로 인정된 법인설립은 당연히 조세특례제한법상으로도 사업장 신설에 해당한다고 보아야 한다.

 6) 조사청은「AN은 HD(주), HD호(주)(구, 중공업)의 협력업체로 선박임가공 용역 등을 약 29년간 제공했다고 주장하고, HD(주)는 HD포(주)로부터 선박 부품 제조 등을 도급받고, 청구법인은 HD(주)가 도급받은 선박 부품 등에 관한 도장용역을 HD(주)에 제공하고 있다」고 주장하나,

  AN은 HD(주)와 거래한 적이 없다. 청구법인이 HD(주)출신의 ***를 채용하여 계약한 것이다.

  청구법인은 HD호(주)에서 도급받고, 청구법인은 HD(주)에서도 각각 도급받은 것이다. HD호(주)와 HD(주)는 하도급관계가 아니다.

 7) 조사청은 AN의 사업 이력 및 운영 중인 업체들의 세금계산서 발급 내역에 비추어 보면, 청구법인이 DDD와 동일한 사업목적을 영위하는 청구법인 설립 후 선박부품 제조 및 도장 관련 계약을 수주할 수 있었던 가장 큰 이유는 상호, 기존 법인의 거래처, 주요 인적 자원을 공유했기 때문이라고 주장하나,

  청구법인이 SUS(Stainless Use Steel)를 이용하여 제작 및 조립과 도장을 할 수 있는 시설을 갖춘 곳은 당시 대불산업단지내에서는 청구법인이 유일하게 보유하고 있었기 때문에 가능했다. 호 및 인 대기업의 거래는 공장실사를 수주능력으로 평가한 것이지 인적자원이나 기존의 거래처만으로는 수주할 수 없다.

 8) 조사청은 DDD는 조선업 불황으로 2019년 사업부문 확장을 목적으로 케이글로벌 출신 홍길동 사장을 영입하고, 국내외 정유‧화학 공장에 공급하는 산업용 가열로 제작사업과 발전 플랜트 사업분야로 사업부문을 확장했다는 사실은 언론보도를 통해서도 확인된다. 즉 플랜트 매출이 DDD에 없다는 청구법인의 주장은 사실과 다르다는 조사청의 주장에 대하여

  지역신문기사의 내용은 열히터제작과 플랜트 및 선박도장 매출을 구분하지 않는 홍보용기사이다. 청구법인은 열히터와 플랜트 및 선박도장을 구분하여 관리한다. DDD는 플랜트, 선박도장 매출이 전혀 없다(DDD 연도별 매출세부내역 참고). 실제 사업과 매출의 귀속은 청구법인이다.

 9) 조사청이 청구법인의 2020년 세금계산서 합계표를 확인한바, 선박도장 관련 매출은 확인되지 않으며, 2021～2024년 세금계산서 합계표 품목명을 살펴보면 도장과 관련한 청구법인의 용역은 선박제작이나 산업용가열로 및 플랜트 제작시 부수적으로 함께 이루어지고 있는 것으로 확인된다고 주장하나,

  청구법인은 2020년부터 단일 선박도장 매출이 발생하였다. 세금계산서 품목명은 간편 기재만 허용되므로 선박도장 매출의 구체적인 내역은 청구법인의 연도별 매출세부내역으로 구분해서 확인해야 한다.

3. 조사청 의견

 가. 조특법 제99조의9 ‘위기지역창업기업에 대한 법인세 등의 감면’을 적용하기 위해서는 사업장의 설치 경위, 거래현황, DDD의 회사소개서, 2020년 사업계획서 등을 종합적으로 고려하여야 한다. 이 사건에서 청구법인과 DDD는 사업장이 같고, 전자세금계산서 발급IP 주소가 동일하므로 사업장 신설로 볼 수 없다.

 1) 조특법 제99조의9에서 위기지역창업기업에 대한 법인세 등의 감면을 적용하기 위해서는 ‘사업장 신설’을 요건을 하고 있다.

 2) 청구법인은 DDD와는 전혀 다른 공매물건의 소재지에서 2019.10.4. 설립되었으므로 사업장 신설에 해당하는 신설법인이라고 주장하나, 다음과 같은 사유로 물적자원의 독립성 요건을 충족하지 아니하여 사업장 신설로 볼 수 없다.

  가) 청구법인과 DDD간의 공장임대차계약서 뒷면에 기재된 계약일자는 2020.4.6.임에도 불구하고 AN은 DDD의 사업장 소재지를 2020.4.10.부터 임차할 신설법인의 사업장 소재지로 이미 기재하고 있다.

  나) 청구법인과 DDD의 사장이었던 ‘홍길동’이 2020.1.20. 작성한 DDD 회사소개서에 청구법인의 공장 및 기계장치 등 사진을 게재하면서 청구법인을 DDD의 제2공장으로 표시하고 있다.

 그리고 청구법인과 DDD는 ‘발전 플랜트 및 산업용 가열 제조’라는 사업목적과 주요 매출처가 일치하고, ‘홍길동’은 두 법인의 2019년 매출실적 및 수주 현황을 합쳐 2020년 사업계획보고서를 작성하기도 했다.

  다) 게다가 상법상 상호는 영업상의 본인을 나타내기 위하여 사용하는 명칭으로서 영업의 동일성을 영속적으로 표시하고 대외적으로 그 신용을 유지하는 실익이 있는데 DDD와 동일한 영업을 하는 청구법인이 중요한 대외적 표시인 ‘DSN’의 상호를 승계한 것은 기존 법인인 DDD의 영업을 이전받았다고 볼 수 있는 근거이다.

  라) 청구법인은 종전의 사업장에서 사용하던 자산을 인수하거나 매입하여 같은 종류의 사업을 하는 경우에는 사업용자산의 총가액에서 차지하는 비율이 50% 미만이면 창업으로 본다고 규정하고 있으므로 조특법 제6조 제10항의 요건에도 부합한다고 주장하나,

  청구법인의 사업장 소재지 낙찰 당시 전 사업자인 “와이 중공업 주식회사”는 공장사업을 중단한 상태였지만, 청구법인의 사업장 소재지는 2006년부터 선박제조 및 플랜트 제조를 해왔던 사업장으로 ‘종전의 사업에 사용되던 자산을 인수한 경우(조특법 제6조제10항제1호)’에 해당하므로 조특법 제6조제10항의 요건에 부합하지 않는다.

  청구법인은 DDD로부터 인수하거나 매입한 자산이 전혀 없고, 청구법인의 고정자산을 전 사업자인 ‘와이중공업 주식회사’로부터 취득하였으므로 조특법 제6조제10항의 요건에 부합한다고 주장하지만 이러한 주장은 타당하지 않다(대법원2011두11549 참조).

  마) 또한 YN군에서 취득세 및 재산세를 감면해 준 사실이 지방세는 사업장 신설을 인정했다는 근거가 될 수는 없다.

  AN은 본인 소유의 청구법인 주식 100%를 수차례 명의신탁하는 방법으로 청구법인의 설립 경위 및 실체 등을 과세관청 뿐만 아니라 ZNN공단 역시 청구법인의 실체를 파악하기 어렵게 은폐했다. 청구법인의 주식 50%를 외국투자기업으로 위장하여 외국투자기업에 제공되는 토지임대료 75% 감면을 ZNN공단으로부터 받기도 했다.

  청구법인의 주장에 따르면, YN군의 지방세 감면이 사업장 신설을 인정하는 근거가 된다는 논리는, ZNN공단이 토지 임대료를 75% 감면한 사실이 청구법인 주식 50%의 외국투자기업 소유를 인정했다는 논리와 동일하게 되는 모순이 있다.

  청구법인이 YN군에 취득세 및 재산세를 신고하였으나, 신고내용대로 감면되었다고 할지라도 조사를 통하여 사실관계가 밝혀질 경우 국세와 마찬가지로 지방세도 부과제척기간 내에는 납세자가 신고한 세액을 바로잡는 것이 언제든지 가능한 것이므로 청구법인이 신고한 내용대로 YN군이 지방세를 감면했다는 점이 ‘사업장 신설’의 근거가 될 수는 없다.

  청구법인이 BN이 작성했다고 제출한 공업용가열로 사업계획서는 YN군청에 지방세 감면을 위해 청구법인 명의로 제출한 서류에 불과하다. 청구법인은 동일한 서류를 조사청에 제출한 사실이 있다.

  BN 명의로 YN군청에 제출되었다는 이유로 BN이 산업용가열로 및 플랜트제작과 관련한 기술과 경력이 충분하다는 근거는 될 수 없다. BN은 산업용 가열로 및 플랜트 제작뿐만 아니라 선박제조와 관련한 기술 및 경력도 전무하다.

  청구법인은 산업용가열로 및 플랜트제작 관련하여 전문가 홍길동을 사장으로 영입했고, 이후 홍길동 사장의 이직으로 산업용가열로 및 플랜트제작 수주가 어려워지자 이후 선박 부품 및 기계제조와 관련 부문만 주력으로 운영하면서 현재는 전문가 LEEN이 사장으로 영입되어 있다(청구법인 사옥 게시판 사진 참조).

  바) 청구법인은 물적자원의 독립성에 대한 근거로 대표이사 BN 명의의 유한회사 중공업을 설립 후 낙찰받은 건물(청구법인 사업장)을 담보로 신용협동조합에서 대출받아 낙찰대금이 납부됐다는 점을 언급하고 있다. 그러나, BN이 유한회사 중공업을 대출 목적으로 설립했다고 할지라도, AN 소유의 청구법인 명의 사업장 건물(12번지 건물, 제1동, 제2동, 제3동)이 물상담보로 제공된 사실은 건물등기 2020.1.6. 근저당권설정내역으로 확인된다. 즉, 중공업은 대출 명의만 청구법인에 대여한 것으로 실제 차주는 청구법인이다. 청구법인은 2021.4.26. 유한회사 중공업 명의의 근저당권설정계약을 인수했고, 대출목적으로 설립된 유한회사 중공업은 2021.5.31.로 자진 폐업했다.

  게다가 BN이 설립한 유한회사 중공업은 낙찰대금 명목으로 신용협동조합에서 대출받은 부채를 2021.3.27. 법인세 신고시 재무제표에 부채로 계상한 사실도 없고, 원금상환이나 이자비용을 부담한 사실도 없다. 즉, 중공업은 차주 명의만 대여한 것이다(중공업 입출금거래내역 참조).

  BN은 유한회사 중공업의 명목상 대표이사로 낙찰대금과 관련하여 본인 명의의 자산을 담보로 제공하는 등의 어떠한 위험이나 책임을 부담한 사실이 전혀 없다. 즉, 청구법인 사업장 건물 낙찰대금은 청구법인 명의의 건물을 담보로 대출받아 납부된 것이다.

나. 청구법인은 DDD의 직원을 승계하지 않고 별도로 신규채용하였다고 주장하나, AN의 사업 이력 및 거래처 현황 등을 고려하면 DDD의 주요 인적 자원 등을 공유하였으므로 인적자원의 독립성 요건을 충족하지 못하였다.

 1) AN은 1996년부터 (주)산업 등을 운영하면서, ‘HD(주)’, ‘HD호(주)(구, HL중공업)’의 협력업체로 선박임가공 용역 등을 약 29년간 제공해 왔고, 선박임가공 등을 주 사업으로 8개 업체를 운영하였으며 청구법인 설립 당시 플랜트 제조 및 선박 관련 제조 업체 DDD, (유)남도, ㈜산업 현재 4개 업체 (지점포함)를 운영 중이다.

 2) AN의 사업 이력 및 운영중인 업체들의 세금계산서 발급 내역에 비추어 보면, 청구법인이 DDD와 동일한 사업목적을 영위하는 신규 법인(청구법인) 설립 후 선박부품 제조 및 도장 관련 계약을 수주할 수 있었던 가장 큰 이유는 상호, 기존 법인의 거래처, 주요 인적 자원을 공유했기 때문이다.

 3) 신규직원을 채용하고 새로운 매출처를 창출하는 것은 반드시 법인을 설립하는 경우에만 발생하는 것이 아니고, 기존 법인이 사업을 확장하여 기존 사업장을 이전하는 경우에도 동일하게 발생한다.

 4) 또한 청구법인은 AN과 일부 임원이 청구법인의 문서 결재나 법인업무를 수행한 것은 청구법인에 대한 경영지원 수준의 차원이라고 주장하나, 2021년 청구법인의 조직도에는 AN을 대표이사로 기재하고 있으며, 청구법인 설립 이후 현재까지 결재 문서에서 확인되는 최종결재권자는 AN이다.

 5) 위에서 확인되는 바와 같이 청구법인은 새로운 제품이나 서비스를 생산‧판매하기 위한 기업 조직을 새로 만들고 실질적인 사업 활동을 시작하기 위한 신규 투자 및 활동을 위해 설립된 것이 아니라, 기존 사업장(DDD)을 이전할 목적으로 청구법인은 DDD의 주요 인적자원을 승계하고 규모 확장을 위해 신규 직원을 채용한 것이다.

 6) 청구법인의 거래처가 작성한 협력업체 보고서를 통해서도 주요 인적 자원의 승계가 이루어졌음이 확인되는바, 결국 청구법인이 주장하는 고용창출 효과는 청구법인이 신규 설립되지 않았다고 하더라도 DDD가 기존 사업장의 이전을 통한 규모 확장으로 동일한 고용창출 효과가 발생하므로 청구법인의 설립으로 인해 ‘원시적인 고용창출 효과’가 발생했다고 볼 수는 없다.

다. 청구법인의 선박제조, 선박도장, 플랜트제조 매출을 구분하면 도장과 플랜트 매출은 DDD에게는 없으므로 청구법인이 새로운 매출처를 창출하여 경영하고 있다고 주장하나 DDD가 조선업 불황 타개를 위해 산업용 가열로와 발전플랜트 제작 사업분야로 사업부문을 확장했다는 것은 명백하며, 선박도장 매출 역시 새로운 매출처를 독자적으로 창출한 것으로는 볼 수 없다.

 1) DDD는 조선업 불황으로 2019년 사업부문 확장을 목적으로 케이글로벌 출신 홍길동 사장을 영입하고, 국내외 정유‧화학 공장에 공급하는 산업용 가열로 제작사업과 발전 플랜트 사업분야로 사업부문을 확장했다는 사실은 언론보도를 통해서도 확인된다. 즉 플랜트 매출이 DDD에 없다는 청구법인의 주장은 사실과 다르다.

 2) 조사청이 청구법인의 2020년 세금계산서 합계표를 확인한바, 선박도장 관련 매출은 확인되지 않으며, 2021～2024년 세금계산서 합계표 품목명을 살펴보면 도장과 관련한 청구법인의 용역은 선박제작이나 산업용가열로 및 플랜트 제작시 부수적으로 함께 이루어지고 있는 것으로 확인된다.

 3) 결국 AN은 청구법인 사업장 소재지를 낙찰받으면서 도장공장이 있는 공장으로 규모를 확장하여 기존 사업장을 이전하는 효과를 누리는 동시에, 최종적으로는 청구법인 설립을 통해 법인세까지 감면받고자 한 것으로 볼 수 있다.

 4) 청구법인은 DDD의 매출이 청구법인 설립 이후에도 종전과 유사한 수준으로 발생하고 있다고 주장하지만 산업용가열로 및 플랜트 제조는 2019년에 수준한 물량이 2021년도까지 기성이 이어진 것이다. DDD의 2019〜2021년 매출세금계산서에 따르면 ‘주식회사 KH’의 경우 2019〜2021년 총 17차 기성금이 지급된 사실을 알 수 있다.

  2020년 산업용 가열로 및 플랜트 제조 관련한 매출처가 청구법인에 승계된 이후 2020～2021년 산업용 가열로 및 플랜트 제조 관련 매출이 청구법인과 DDD에서 동시에 발생한 까닭은, 위에서 언급한 바와 같이 2019년에 DDD가 수주한 물량의 기성(旣成)이 2021년도까지 이어진 것일 뿐이다.

  산업용가열로 및 플랜트 제조관련 매출처 승계 이후 DDD에서 발생한 선박제조 관련 매출은 2021〜2024년 매출세금계산서에 따르면, 차량매각 등 소액 매출을 제외하면 특수관계법인 유한회사 두남해양개발, 청구법인으로부터 도급 용역 매출이다.

라. 청구법인은 주요매출처인 HD 등을 DDD가 직접 도급 받은 사실이 없으므로 청구법인의 신규 거래처는 DDD로부터 거래처를 승계받은 사실이 없다고 주장하나, 청구법인이 도장공사를 수주할 수 있었던 것은 AN과 DDD의 업력(業歷)으로 인해 협력업체의 지위를 사실상 승계받았기 때문이다.

 1) 청구법인과 DDD의 매출 세금계산서 합계표에 의하면, 청구법인은 HD호(주)가 HD(주)로부터 도급받은 선박 부품 제조 등과 관련하여 HD(주)에 도장용역을 제공하고 있다.

 2) AN이 운영중인 업체들과 HD호㈜의 협력업체 관계를 고려하면, HD호(주)는 HD(주)로부터 선박 부품 제조 등을 도급받고, 청구법인은 HD호(주)가 도급받은 선박 부품 등에 관한 도장용역을 HD(주)에 제공하고 있다.

 3) 신규 설립된 청구법인이 수월하게 HD(주)의 협력업체가 되었다는 점은 이례적이다. 창업 후 현재까지 운영된 기업의 업력은 신용과 보증을 의미하는데 DDD나 AN이 HD호㈜의 협력업체가 아니었다면, 업력이 없는 청구법인이 용이하게 HD(주)의 협력업체로 선정된다는 것은 일반적이지 않다.

마. 2019년 DDD가 플랜트제조 및 가열로 공사분야로 사업을 확장한 후 2020년부터 신규 설립한 청구법인으로 발전 플랜트 제조 및 산업용 가열로 공사분야를 이전한 것은 중요한 경영상 선택에 따른 것이 아니라 단지 법인세를 부당하게 감면받기 위한 목적에서 비롯된 것이다.

 1) 현재 DDD는 2021년 상반기 이후 플랜트제조 및 가열로 공사 매출이 전혀 없고, 2024년에는 특수관계법인인 청구법인과의 매출외에는 매출도 전혀 발생하지 않고 있다.

 2) DDD는 2021년부터 매출이 대폭 감소하다가 현재는 법인 등기는 살아 있지만 2024년에 이르러서는 AN만 직원으로 지급명세서가 제출되는 등, 현재는 법인 소속 직원도 없이 사실상 운영되고 있지 않으며, 청구법인의 직원들이 DDD와 관련한 업무를 관리하고 있다.

 3) AN이 신규 설립한 청구법인은 법적·경영적 측면에서도 DDD가 감수하였던 위험과 책임을 부담한 사실이 없고, 청구법인이 플랜트 제조 등으로 업종을 확장한 것은 경영상의 결정이 아니라 조세를 회피하기 위한 목적으로 보는 것이 타당하다.

 4) 게다가 AN은 법인세를 감면받을 목적으로 본인 소유의 청구법인 주식 100%를 수차례 명의신탁하는 방법으로 청구법인의 설립 경위 및 실체 등을 과세관청이 파악하기 어렵게 은폐하기도 하였다.

 5) 결과적으로 위에서 살펴본 바와 같이 AN의 이러한 일련의 행위는 청구법인 설립은「사업장 신설」이 아닌 사실상「사업확장에 따른 기존 사업장의 이전」과 다를 바 없음을 보여주는 것이다.

4.심리 및 판단

가.쟁점

  청구법인은 DDD와는 달리 다른 사업장에서 설립되었고 직원 신규 채용 등을 하였으므로 청구법인의 설립을「조세특례제한법」제99조의9(위기지역 창업기업에 대한 법인세 등의 감면)에 따른 사업장 신설로 보아야 한다는 청구주장의 당부

나.관련 법령

 1) 조세특례제한법 제99조의9【위기지역 창업기업에 대한 법인세 등의 감면】(2020.3.23. 법률 제17073호로 개정된 것)

  ① 위기지역에 2025년 12월 31일까지 제6조제3항 각 호에 따른 업종(이하 이 조에서 "감면대상사업"이라 한다)으로 창업하거나 사업장을 신설(기존 사업장을 이전하는 경우는 제외하며, 위기지역으로 지정 또는 선포된 기간에 창업하거나 사업장을 신설하는 경우로 한정한다)하는 기업에 대해서는 제2항부터 제8항까지의 규정에 따라 법인세 또는 소득세를 감면한다.

  ⑦ 제1항의 규정을 적용할 때 창업의 범위에 관하여는 제6조 제10항을 준용한다.

1-2) 조세특례제한법 제6조【창업중소기업 등에 대한 세액감면】

  ⑩ 제1항부터 제9항까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우는 창업으로 보지 아니한다.

   1. 합병ㆍ분할ㆍ현물출자 또는 사업의 양수를 통하여 종전의 사업을 승계하거나 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수 또는 매입하여 같은 종류의 사업을 하는 경우. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

    가. 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수하거나 매입하여 같은 종류의 사업을 하는 경우 그 자산가액의 합계가 사업 개시 당시 토지ㆍ건물 및 기계장치 등 대통령령으로 정하는 사업용자산의 총가액에서 차지하는 비율이 100분의 50 미만으로서 대통령령으로 정하는 비율 이하인 경우

    나. 사업의 일부를 분리하여 해당 기업의 임직원이 사업을 개시하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건에 해당하는 경우

   2. 거주자가 하던 사업을 법인으로 전환하여 새로운 법인을 설립하는 경우

   3. 폐업 후 사업을 다시 개시하여 폐업 전의 사업과 같은 종류의 사업을 하는 경우

   4. 사업을 확장하거나 다른 업종을 추가하는 경우 등 새로운 사업을 최초로 개시하는 것으로 보기 곤란한 경우

 2) 조세특례제한법 제3조【조세특례의 제한】

 ① 이 법, 「국세기본법」 및 조약과 다음 각호의 법률에 따르지 아니하고는 조세특례를 정할 수 없다.

   2. 「법인세법」

   4. 「부가가치세법」

 2-2) 법인세법 제9조 【납세지】

 ① 내국법인의 법인세 납세지는 그 법인의 등기부에 따른 본점이나 주사무소의 소재지(국내에 본점 또는 주사무소가 있지 아니하는 경우에는 사업을 실질적으로 관리하는 장소의 소재지)로 한다. 다만, 법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령으로 정하는 장소로 한다.

 2-3) 부가가치세법 제6조 【납세지】

 ① 사업자의 부가가치세 납세지는 각 사업장의 소재지로 한다.

 ② 제1항에 따른 사업장은 사업자가 사업을 하기 위하여 거래의 전부 또는 일부를 하는 고정된 장소로 하며, 사업장의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 2-4) 부가가치세법 시행령 제8조【사업장】

 ① 법 제6조 제2항에 따른 사업장의 범위는 다음 호와 같다.

   1. 광업: 광업사무소의 소재지.

   2. 제조업: 최종제품을 완성하는 장소.

 2-5) 부가가치세법 제8조【사업자등록】

 ① 사업자는 사업장마다 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업 개시일부터 20일 이내에 사업장 관할 세무서장에게 사업자등록을 신청하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 시작하려는 자는 사업 개시일 이전이라도 사업자등록을 신청할 수 있다.

다. 사실관계

 1) 기본 사항

  가) 법인세 등 경정내역

  조사청은 청구법인에 대하여 청구법인의 설립을 사업 확장으로 판단하여 위기지역 창업기업에 대한 법인세 감면을 부인하여 2026.1.20. 법인세 총 1,776백만원(2020년 18백만원, 2021년 67백만원, 2022년 2백만원, 2023년 54백만원 2024년 1,633백만원)을 부과한 사실이 확인된다.

  나) 청구법인과 DDD의 신고현황

 * 조특법§99의9 ☞ 산업 위기지역에 창업, 사업장을 신설할 경우 소득발생 사업연도부터 5년 간 법인세 100% 감면, 이후 2년 50% 감면

**YN군 SSN은 조선업의 장기 불황으로 인해 2018.5.29.부터 2023.5.28.까지 산업위기대응특별지역으로 지정됨

 * DDD의 주주 현황(AN 54.54%, 최*숙(배우자) 45.45%)

 2) 청구법인의 설립 경위

  가) DDD의 대표이사 AN은 1996.4.1. ‘YN군 1700번지’의 HD호(주)(구, HL중공업)에서 ‘DSN산업’이라는 상호의 개인사업자로 선박임가공업을 개업하였다.　이후 AN은 2001.1.1. ‘유한회사 DSN산업’으로 법인전환 후 HD호(주) 내에서 선박임가공업을 계속 운영해 오며, 2006.5.1.부터는 상호를 ‘유한회사 DSN’으로 변경하여 2019.10.4.까지 약 20년간 사용하였다.

  나) 2007.2.7. ‘ YN군 PPN LI 1702-8번지’로 이전하고, 2009.10.26.부터 2020.12.6.까지 ‘ YN군 PPN LI 1703-3번지’에서 사업을 영위해 왔다.

  다) 2019.10.4. AN은 자신이 운영하던 ‘유한회사 DSN’의 상호를 ‘유한회사 DDD(舊,DSN)’로 변경등기하였다.

  라) 같은 날인 2019.10.4. AN은 ‘ YN PPN SSN3로 201’에 본인 50%(18,000주,@10,000원), 자녀 BN이 50%(18,000주,@10,000원)를 출자하여 상호를 ‘유한회사 DSN’으로 하는 신규법인(청구법인)을 설립하고 대표이사에 취임하였다.

  마) 이후 2019.12.2. AN은 출자주식 50%(18,000주)를 동생 CN에게 액면가액(@10,000원)으로 전부 양도했고, 일주일 뒤 2019.12.10. 자녀 BN이 대표이사에 취임하였다.

3) 조사청이 제시하는 증빙자료 검토

<인적자원의 독립성 주장에 대하여>

  가) AN의 사업 이력 및 AN이 운영중인 업체들을 통해 청구법인이 DDD와 동일한 업종을 영위하는 청구법인을 신규 설립한 후 매출을 발생시킬 수 있었던 이유는 상호, DDD의 거래처, 주요 인적 자원을 공유하였기 때문에 가능하다고 주장하고 있으며 AN의 사업이력은 다음과 같다. 일부 사업이력은 비교적 단기간에 폐업이 이루어진 것으로 확인된다.

  나) 조사청은 DDD와 청구법인의 조직도에서 대표이사, 사장, 상무, 부장, 차장 등 중요 직위 7명의 인원이 청구법인으로 이동하는 등 청구법인은 DDD에서 주요 인적자원을 승계하고 규모 확장을 위한 신규 직원을 채용한 것이라고 주장하면서 청구법인의 회사소개서인 아래의 조직도를 제출하였다.

  다) 2021년 청구법인의 ‘조직도’에 AN을 대표이사로 기재하고 있으며, 청구법인 설립 이후 일부 결재 문서에서 확인되는 대표이사는 AN이며 청구법인 계약서나 지출결의서의 서명란에서 확인된다.

  라) 조사청은 주요 인적 자원의 승계가 이루어진 근거서류로써 아래와 같은 협력업체 보고서를 제출하였는바, ⅰ) 공단지역에 위치하고, 기존공장과 신규 공장이 근접해 있고, ⅱ) 제작 부분별 구분되어 관리되며, 공장규모가 2만평 이상이며, 대형 크레인이 구비되어, 대형 히터 제작에 적합 및 공장내 완전 조립이 용이하다는 내용 등으로 보고한 것으로 확인된다.

<물적자원의 독립성 주장에 대하여>

  가) 조사청은 청구법인의 사업장 신설 주장에 대하여 공장임대차계약서 상 기재된 계약일자는 2020.4.6.임에도 불구하고 AN은 DDD의 사업장 소재지를 청구법인의 사업장 소재지로 기재하고 있으므로 사업장 신설이 아니라 확장이라고 하면서 그 근거로 공장임대차 계약서 사본을 제시하고 있다. 청구법인과 DDD는 공장임대차계약에 의하여 월 33백만원에 임대하고 있는 것으로 확인된다.

  나) 조사청이 확인한 자료에 의하면 청구법인과 DDD의 전자세금계산서 발급의 IP주소가 118.40.134.22.로 같으며 랜카드고유번호, CPU고유번호 등도 동일하다고 주장하면서 아래와 같은 자료를 제출하였고, 청구법인의 대표 BN이 청구법인과 DDD의 세금계산서 발행을 함께 하였다고 주장하고 있다.

  다) 조사청은 청구법인과 DDD의 사장이었던 홍길동이 2020.1.20. 작성한 DDD 회사 소개서에 청구법인의 공장 및 기계장치 등 사진을 게재하면서 청구법인을 DDD의 제2공장으로 표시한 자료를 제출하였다. 이에 대하여 청구법인은 영업용 회사소개서의 다소 과장된 표현이라고 주장하고 있다.

 라) 그리고 청구법인과 DDD는 발전 플랜트 및 산업용 가열로 사업의 매출처가 일부 일치하고 청구법인과 DDD의 2019년 매출실적 및 수주 현황을 합쳐 2020년 회사 소개서인 사업계획보고서를 작성하였고, 그 중 수주 현황을 다음과 같이 확인된다.

<새로운 매출처를 창출하였다는 주장에 대하여>

  가) 청구법인은 플랜트 매출과 열히터가 구분된 매출세부내역에서 플랜트 매출은 청구법인의 고유 사업영역에 해당하고 지역신문기사는 홍보기사라고 주장하나, 조사청은 아래 언론보도 내용을 근거로 새로운 매출처를 창출한 것이 아니라 DDD가 조선업 불황으로 2019년 사업부문 확장을 목적으로 홍길동 사장을 영입하고 국내외 정유‧화학 공장에 공급하는 산업용 가열로 제작사업과 발전 플랜트 사업분야로 사업부분을 확장한 것이라고 주장하고 있다.

  나) 조사청이 청구법인의 2020년 세금계산서 합계표를 확인한 바, 청구법인이 주장하는 선박도장 관련 매출은 확인되지 않는다고 주장하면서 그 근거로 세금계산서 품목명을 아래와 같이 제시하고 있다.

  다) 조사청이 청구법인의 세금계산서 합계표 품목명을 확인한바, 도장과 관련한 청구법인의 용역은 선박제작과 함께 이루어지고 있거나, 산업용 가열로 및 플랜트 제작시 함께 이루어지고 있다고 세금계산서의 품목기재 내용을 근거로 주장하고 있으며 그 내용은 다음과 같이 확인된다.

 라) 조사청은 AN과 HD호(주)의 협력관계에 비추어 청구법인이 HD미포조선(주)의 도장공사를 수주할 수 있었던 것 역시 AN의 영향으로 기인하였다고 주장하면서, 그 근거로 청구법인과 DDD의 매출 세금계산서 합계표를 제시하여, 청구법인은 HD호(주)가 HD(주)로부터 도급받은 선박 부품 제조 등과 관련하여 HD(주)에 도장용역을 제공하고 있는 바, 청구법인은 2021년 하반기부터 선박 제조 등 관련 매출액은 총매출액 중 2021년 60%, 2022년 71%, 2023년 98%, 2024년 96%로 확인되며, 청구법인이 구분한 업종별 매출 구분에 따르더라도 선박제조 매출은 2021년 41%, 2022년 69%, 2023년 75%, 2024년 77%를 차지하고 있다고 주장하고 있다.

 4) 청구법인이 제시하는 증빙자료 검토

<인적자원의 독립성 주장에 대하여>

  가) 청구법인은 BN의 경력 등을 감안하면 DDD와는 별도로 독자적으로 청구법인을 운영할 수 있는 행위능력과 영업능력이 있다고 주장하면서 BN의 경력사항과 BN이 한국자산관리공사에 공장입찰서를 작성 및 제출하고 신용협동조합에서 시설자금 2,490백만원을 대출받아 공장을 취득하였고, 직접 작성한 공업용 가열로 사업계획서(사업계획서 참고) 등을 제출하였다.

  나) 청구법인은 2019년부터 2021년 직원 명부를 제출하였으며, 중복된 인원은 없으며, 연도별 인원 현황은 다음과 같이 확인된다.

<물적자원의 독립성 주장에 대하여>

  가) 청구법인 설립 당시 청구법인과 DDD의 사업장 소재지가 상이함이 확인된다.

  나) 청구법인 대표이사 BN은 쟁점공매물건(단층건물 총면적 3,191평)에 대하여 2019.12.2. 입찰서를 제출하고 매매계약을 진행한 사실이 아래 증빙에서 확인된다.

  다) 취득세 감면확인서

  청구법인은 2020.1.6. 쟁점공매물건을 취득하면서 YN군수에게 취득세를 납부하면서 75%의 감면세율을 적용받았으며, 감면사유는 “「지방세특례제한법」제58조의3 제1항제1호(취득세 75%) 수도권과밀억제권역외 창업중소기업이 창업일로부터 4년 내 취득 부동산”으로 산출세액 140백만원 중 감면세액 105백만원으로 확인된다.

  라) 쟁점공매물건에 대한 낙찰금액 조달 내역

  청구법인 대표이사 BN은 쟁점공매물건을 입찰하기 위하여 2020.1.1. 유한회사 중공업(산업플랜트제조업 등)을 설립하여 위 법인 명의로 쟁점공매물건을 담보로 시설자금용도, 이자율 4.5%, 대출일자(2020.1.6.), 대출금액 2,490백만원을 신용협동조합에서 대출받은 사실이 확인된다(금융거래확인서 참고).

  마) 청구법인은 DDD의 매출이 청구법인 설립 이후에도 종전과 유사한 수준으로 발생하고 있다는 사실은 청구법인 설립 이후에도 DDD의 사업이 존속하고 있음을 증명한다고 주장하면서 2018년부터 2023년까지의 매출현황을 아래 표와 같이 제출하였으며 아래 표와 같이 청구법인 설립 이후에도 DDD의 매출은 여전히 발생하고 있는 것으로 확인된다.

 5) 조특법 제99조의9 ‘위기지역 내 창업기업 세액감면’ 신설내용(2018년)

  가) 개정취지: 위기지역 창업지원

  나) 개정내용

  다) 적용시기 및 적용례

  2018.1.1. 이후 지정 또는 선포된 위기지역의 지정일 또는 선포일이 속하는 과세연도의 과세표준을 2019.1.1. 이후 신고하는 경우부터 적용한다.

라. 판단

 1) 관련 법령

  조특법 제99조의9(위기지역 창업기업에 대한 법인세 등의 감면)은 위기지역에 2025년 12월 31일까지 제6조제3항 각 호에 따른 업종(이하 이 조에서 "감면대상사업"이라 한다)으로 창업하거나 사업장을 신설(기존 사업장을 이전하는 경우는 제외하며, 위기지역으로 지정 또는 선포된 기간에 창업하거나 사업장을 신설하는 경우로 한정한다)하는 기업에 대해서는 제2항부터 제8항까지의 규정에 따라 법인세 또는 소득세를 감면한다고 규정하고 있다.

 2) 관련 법령과 다음과 같은 사정을 종합해 보면, 청구법인이 독립적으로 사업장을 신설한 것으로 일응 보여지기는 하나, DDD의 사업장을 이전한 것으로도 볼 여지가 있어 청구법인의 설립이 감면요건을 갖추었는지에 대하여 추가적인 확인이 필요하므로 재조사를 하여 그에 따라 결정함이 타당해 보인다.

  ① 위기지역 창업기업에 대한 법인세 감면조항의 입법취지는 감면대상사업으로 창업하거나 사업장을 신설하는 기업에 대하여 법인세 또는 소득세를 감면한다는 것으로서 기존 사업장을 이전하는 경우는 감면대상에 해당하지 않는 것이고, 이는 실질적으로 위기지역 내 고용을 창출하고, 투자를 유치하여 지역경제를 활성화하는 데에 그 취지가 있다고 할 것이다.

  ② 이에 청구법인의 설립에 따른 위기지역 창업기업에 대한 감면여부는 인적․물적 독립성의 형식적 요건 충족 외에 사실상의 효과도 고려하여 감면대상 해당 여부를 판단하여야 할 것으로 보이는바 청구법인의 모든 직원은 신규로 채용되었고, 설립 당시 청구법인의 사업장 소재지와 DDD의 사업장 소재지가 다른 곳이었으며, 청구법인이 DDD의 자산을 인수한 사실이 없는 점 등을 고려하면 청구법인은 위기지역에 사업장을 신설한 것으로서 법인세 감면대상으로 볼 수도 있을 것이나,

  ③ 다만, 지역신문에 DDD가 청구법인이 고유 사업영역이라고 주장하는 플랜트 산업분야로 진출하였다는 홍보기사가 게재된 것이 확인되고, 청구법인과 DDD의 세금계산서 발급IP 주소가 동일하며, DDD의 대표가 청구법인의 내부문서에 최종결재자로 확인될 뿐만 아니라, 청구법인 설립 후 1년만에 DDD가 청구법인 소재지로 이전한 점 등을 고려하면 청구법인이 독립적으로 사업장을 신설하였다기보다는 DDD의 사업장을 이전한 것이라고 볼 여지도 충분히 있어 보인다.

 3) 따라서 청구법인의 설립과 관련하여 ⅰ) 실질적 고용창출여부, ⅱ) 투자금의 규모․원천, ⅲ) 독자적 매출처 발굴, ⅳ) ‘DSN’이라는 상호 사용 연유를, DDD의 사업장 이전과 관련해서는 ⅴ) DDD의 대표이사가 왜 청구법인의 내부문서에 결재하였는지, ⅵ) DDD의 사업장을 청구법인의 사업장으로 이전하게 된 경위 등을 재조사하여 조특법 제99조의9에서 규정하는 감면대상에 해당하는지 여부를 판단하여야 할 것으로 보인다.

5. 결론

 이 건 심사청구는 청구주장이 일부 이유 있으므로 ｢국세기본법｣ 제65조제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.