[사건번호] 조심2026중1503 (2026.08.18)

[세 목] 상속 [결정유형] 취소

---------------------------------------------------------------------------------

[제 목] 이 건 상속세 부과처분이 「국세기본법」 제18조 제3항에

따른 소급과세금지 원칙에 반하는지 여부

[결정요지] 피상속인이 상속개시일 전 5년 이내에 특정 영리법인에게

재산을 증여한 경우 그에 대한 증여세액 공제액을 산정함에

있어 상증세법 제45조의5에 따른 지배주주등의 증여의제이

익을 특별히 고려하지 않고 특정 영리법인에 대한 증여재산

가액 전체를 기준으로 증여 당시 증여세 산출세액 상당액을

산정하여 증여세액 공제액으로 인정하여 온 해석(국세청 서

일 46014-10775, 02.6.7., 국세청 재산세과-224, 12.6.11. 등)

또는 국세행정의 관행이 있었고, 그것이 불특정한 일반납세

자에게 정당한 것으로 이의 없이 받아들여져 청구인이 그와

같은 해석 또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니었다고

볼 수 있음

[관련법령] 국기법 제18조, 상증세법 제13조, 제28조, 제45조의5

[참조결정] 조심2023서9999

[따른결정]

---------------------------------------------------------------------------------

[주 문]

OO세무서장이 2025.11.27. 청구인에게 한 2024.1.18. 상속분 상속세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구인은 2024.1.18. 사망한 故 AAA(이하 “피상속인”이라 한다)의

자녀로, 주식회사 BBB(이하 “쟁점법인”이라 한다)의 대표이사이자 지분

100%를 보유한 주주이다.

나. 한편 피상속인은 상속개시일 전 5년 이내인 2022.4.26. ∼ 2024.1.2. 기

간 동안 아래 <표1>과 같이 총 3차례에 걸쳐 쟁점법인에게 서울특별시

강동구 OOO 소재 토지의 지분 75% 및 해당 토지 지상의 건물(토지와

건물을 합하여, 이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 각각 증여(이하 순서대로

“증여①”, “증여②”, “증여③”이라 하고, 일괄하여 “쟁점증여”라 한다)하

였고, 이에 따라 쟁점법인은 「법인세법」 제15조 제1항․제3항 및 같은

법 시행령 제11조 제5호에 따라 아래 <표2>와 같이 관련 법인세를 각

신고․납부하는 한편, 청구인은 「상속세 및 증여세법」(이하 “상증세

법”이라 한다) 제45조의5에 따라 아래 <표3>과 같이 2022.4.26. 증여분

외 2건의 증여세 합계 OOO원을 각 신고․납부하였다.

<표1> 피상속인의 쟁점법인에 대한 증여 내역

(단위 : %, 원)

◯◯◯

<표2> 쟁점법인의 쟁점증여 관련 법인세 신고․납부 내역

(단위 : 원)

◯◯◯

<표3> 청구인의 쟁점증여 관련 증여세 신고․납부 내역

(단위 : 원)

◯◯◯

다. 청구인은 피상속인이 2024.1.18. 사망하여 상속이 개시됨에 따라 쟁

점부동산을 상증세법 제13조 제1항 제2호에 따른 사전증여재산으로 보

아, 2024.7.23. 아래 <표4>와 같이 쟁점법인의 자산수증이익으로서 쟁점

부동산의 총 가액 합계 OOO원을 상속재산가액에 합산하고, 그에 대한

증여세 산출세액 상당액을 OOO원으로 산정하여 상속세에서 공제되어야

할 증여세액 공제액으로 반영(총 증여세액 공제액은 <표5>와 같다)하는

등 하여, 2024.1.18. 상속분 상속세 OOO원을 신고․납부하였다.

<표4> 쟁점부동산 증여 관련 증여세액 공제액 산출내역

(단위 : 원)

◯◯◯

<표5> 상속세 신고 당시 총 증여세액 공제액 산출내역

(단위 : 원)

◯◯◯

라. 중부지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2025.8.19. ∼ 2025.10.27.

기간 동안 피상속인에 대한 상속세 세무조사를 실시한 결과, 기획재정부

(현 재정경제부로, 이하 “기획재정부”라 한다)가 이 건 상속개시일

(2024.1.18.) 이후인 2025.6.9. ‘특정 피상속인(상증세법 제45조의5에 따라

특정법인의 지배주주의 특수관계인에 해당)이 특정법인에게 재산을 무상

으로 제공하여 지배주주등에게 증여세가 과세된 경우, 상증세법 제13조

제1항에 따라 상속세 과세가액에 가산하는 금액은 지배주주등의 증여의

제이익과 특정법인의 자산수증이익에서 지배주주등의 증여의제이익을

차감한 금액을 합산한 금액이고, 상증세법 제28조 제1항에 따라 상속세

산출세액에서 공제하는 금액은 지배주주등의 증여의제이익에 대한 증여

당시의 증여세 산출세액과 특정법인의 자산수증이익에서 지배주주등의

증여의제이익을 차감한 금액에 대한 증여 당시의 증여세 산출세액 상당

액을 합산한 금액이다’는 내용의 유권해석(재산세제과-490로, 이하 “쟁점

유권해석”이라 한다)을 하자, 이에 따라 총 증여세액 공제액을 아래 <표

6>․<표7>과 같이 청구인에 대한 전체 증여 관련 증여 당시 증여세 산

출세액 상당액 OOO원과 쟁점법인의 쟁점증여 관련 자산수증이익에서

청구인의 증여의제이익을 차감한 금액에 대한 증여 당시 증여세 산출세

액 OOO원의 합계액 OOO원으로 산정한 후, 청구인이 OOO원을 과다공

제하였다고 보아 이를 총 증여세액 공제액에서 차감하는 등 하여,

2025.11.27. 청구인에게 2024.1.18. 상속분 상속세 OOO원을 결정․고지하

였다.

<표6> 청구인에 대한 전체 증여 관련 증여세 산출세액 상당액 산출 내

역

(단위 : 원)

◯◯◯

* 쟁점증여와 무관하게 상속재산가액에 합산되는 청구인에 대한 사전증여분임

<표7> 쟁점법인의 자산수증이익에서 지배주주등의 증여의제이익을 차

감한 금액에 대한 증여 당시의 증여세 산출세액 산출 내역

(단위 : 원)

◯◯◯

마. 청구인은 이에 불복하여 2026.1.29. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 그간 계속․반복적 해석으로 관행이 된 국세청의 종전 해

석에 따라 쟁점증여에 대한 증여세액 공제액을 계산하여 상속세를 신

고․납부하였는데, 처분청은 이 건 상속세 법정결정기한마저 경과한 시

점에 생산된 기획재정부의 새로운 쟁점유권해석에 따라 증여세액 공제

액을 재산정하여 과세처분을 하였는바, 이는 「국세기본법」 제18조 제3

항에 따른 소급과세금지원칙에 반하는 위법한 처분이다.

(1) 청구인은 아주 오랫동안 반복되어 국세행정의 관행이 된 국세청의

해석에 따라 상속세를 신고․납부하였다.

(가) 상증세법령에는 이 건과 같이, 상증세법 제45조의5에 따라 특정

법인에게 증여한 부동산과 관련하여 그 최대주주 등에게 증여세가 부과

되었으나, 증여자가 증여일부터 5년 이내 사망하는 경우에 대한 구체적

인 사전증여재산가액 가산 및 증여세액 공제액 산정 방법에 대한 규정

이 없다.

(나) 이러한 상황에서 국세청은 1997년부터 아래 <표8>과 같이 아주

오랫동안 ‘피상속인이 상속개시전 5년 이내 영리법인에게 재산을 증여한

경우 그 영리법인이 증여받은 이익은 상증세법 제13조에 따라 상속재산

가액에 가산하고 해당 증여재산에 대한 증여세 산출세액 상당액을 상속

세 산출세액에서 공제한다’는 내용의 해석을 계속․반복적으로 행함으로

써, 공적 견해표명을 하였다.

<표8> 국세청의 종전 유권해석

재삼 46014-2456, 1997.10.16. 재삼 46014-191, 1999.1.26.

서일 46014-10775, 2002.6.7. 서면인터넷방문4팀-378, 2005.3.14.

서면인터넷방문4팀-662, 2005.4.29. 재산세과-525, 2011.11.7.

재산세과-224, 2012.6.11. 상속증여세과-544, 2013.9.3.

(다) 특히 국세청은 서일 46014-10775(2002.6.7.)를 통해 ‘피상속인이

특정법인에게 재산 증여 후 5년 이내 사망 시 그 가액을 상속재산에 가

산하고 증여세 산출세액 상당액을 상속세 산출세액에서 공제하며, 특정

법인의 최대주주등이 납부했거나 납부할 증여세액은 공제하지 않는다’고

해석하였고, 상속증여세과-544,(2013.9.3.)를 통해서는 ‘상속개시일 전 5년

이내 피상속인이 상속인이 아닌 영리법인에게 증여한 재산을 상속재산

에 가산하는 경우 증여 당시의 그 증여재산에 대한 증여세 산출세액 상

당액을 상속세 산출세액에서 공제하는 것이다’는 내용의 해석을 하였다.

(라) 이와 같이 국세청은 기획재정부가 2025.6.9. 쟁점유권해석을 하

기 전까지 아주 오랜 기간 계속․반복적으로 위와 같은 해석을 통해 공

적 견해표명을 하였고, 이는 불특정 다수인 일반 납세자에게 정당한 것

으로 이의 없이 받아들여져 납세자가 이와 같은 해석을 신뢰하는 것이

무리가 아니라고 인정될 정도의 관행으로 정립된 것이다.

(마) 위와 같은 종전의 해석에 의하면 쟁점증여에 대한 증여세액 공

제액은 아래 <표9>와 같이 OOO원이 되는데, 청구인은 해당 금액을 쟁

점증여 관련 증여세액 공제액으로 하여 상속세를 기신고하였다.

<표9> 종전 해석에 따른 쟁점증여 관련 증여세액 공제액 산출 내역

◯◯◯

즉, 피상속인도 위와 같은 해석을 신뢰하여 쟁점법인에게 쟁점부동

산을 증여하여 왔고, 청구인은 상속개시일 이후 국세청의 종전의 해석을

신뢰하여 쟁점부동산을 사전증여재산으로 하여 그 가액을 상속재산가액

에 합산하고 증여세 산출세액 상당액을 계산하여 증여세액 공제액으로

반영하여 상속세를 정상적으로 신고․납부하였다.

(바) 그러나 조사청은 이미 그 납세의무가 성립되어 신고․납부까지

이루어진 세금에 대하여 상속세 법정결정기한마저 경과한 시점에 발령

된 기획재정부의 쟁점유권해석을 근거로 이 건 과세처분을 하였는바, 이

는 국세청의 해석과 관행을 신뢰하여 그간 증여를 하고 그에 따라 정상

적으로 증여세 및 상속세를 신고․납부한 납세자의 재산권을 부당하게

침해한 것으로서 법적 안정성과 예측가능성을 저해한 것이다.

(2) 이 건 과세처분은 「국세기본법」 제18조 제3항에 따른 소급과세

금지 원칙에 반하는 위법한 처분이다.

(가) 「국세기본법」 제18조 제2항은 ‘국세를 납부할 의무가 성립한

소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법

에 따라 소급하여 과세하지 않는다’고 규정하고 있고, 같은 조 제3항은

‘세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진

후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며,

새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다’고 규정하

고 있다.

(나) 대법원도 일반적으로 납세자에게 받아들여진 세법의 해석 또는

국세행정의 관행이란 비록 잘못된 해석 또는 관행이라도 특정 납세자가

아닌 불특정한 일반납세자에게 정당한 것으로 이의 없이 받아들여져 납

세자가 그와 같은 해석 또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인

정될 정도에 이른 것을 말한다고 판시(대법원 2010.4.15. 선 고 2007 두

19294 판결)한 바 있다.

(다) 앞 서 살펴 본 바와 같이 피상속인이 일반 납세자에게 정당한 것

으로 이의 없이 받아들여진 국세청의 종전 해석들을 신뢰하여 쟁점법인

에게 쟁점부동산을 증여하여 납세의무가 성립하였고, 청구인이 이와 관

련하여 증여세 및 상속세를 신고․납부하였음에도 상속세 법정결정기한

도 지 난 후에 나온 쟁점유권해석을 근거로 증여세액 공제액을 재산정하

여 상속세를 부과한 이 건 과세처분은 「국세기본법」 제18조 제3항에

따른 소급과세금지 원칙에 반하여 위법하다.

나. 처분청 의견

(1) 피상속인이 쟁점법인과의 거래를 통해 청구인에게 이익을 증여한

행위와 쟁점법인에게 쟁점증여를 한 행위는 세법상 별개의 증여 행위에

해당한다.

(가) 상증세법 제28조 제1항은 증여세액 공제액에 대하여 상속재산에

가산한 증여재산 각각에 대한 증여세 산출세액을 상속세 산출세액에서

공제하도록 규정하고 있고, 같은 조 제2항은 공제할 증여세액 공제액 한

도 또한 증여재산별로 계산하도록 규정하고 있다.

(나) 피상속인이 쟁점법인(특정법인)에게 쟁점부동산을 증여한 행위

와 쟁점법인(특정법인)과의 거래를 통해 청구인에게 이익을 증여한 행위

는 각각 세법상 과세근거 규정과 수증인을 달 리하는 별개의 증여행위에

해당한다.

(다) 따라서 기획재정부의 쟁점유권해석에 따라 각각의 증여 행위에

대하여 증여세액 공제액을 재계산하여 상속세를 부과한 이 건 처분은

적법하다.

(2) 이 건 과세처분은 「국세기본법」 상 소급과세금지의 원칙에 반하

지 않는다.

(가) 대법원은 「국세기본법」 제18조 제3항에 따른 소급과세금지 원

칙과 관련하여, 과세관청에 의한 과세처분이 일반적으로 납세자에게 받

아들여진 세법의 해석 또는 국세행정의 관행을 변 경하여 행하여 졌 다는

사정 만 으로는 적용될 수 없고, 납세자가 세법의 해석 또는 국세행정의

관행을 신뢰한 나 머 지 이로 인하여 어 떠 한 행위나 계산을 하였어야 하

며 나아가 과세처분의 결과 납세자에게 조세부 담 등의 경제적 불이익이

발생한 경우에 한하여 적용될 수 있다고 판시하였다(대법원 1995.7.28.

선 고 94 누 3629 판결).

(나) 청구인은 상속세 법정결정기한이 지 난 후에 공시된 기획재정부

의 새로운 쟁점유권해석에 따라 이 건 과세처분을 한 것은 「국세기본

법」상 소급과세 금지원칙에 반한다고 주장하나, ‘청구인이 국세청의 종

전 해석을 신뢰하였기 때 문에 쟁점법인으로 하여금 쟁점부동산을 취득

하게 한 것인바, 쟁점유권해석이 생성될 줄 알았 다면 쟁점법인은 쟁점부

동산을 취득하지 않 았 을 것’이라거나, ‘원래대로라면 쟁점법인이 쟁점부

동산을 취득해도 청구인에게 과세되지 않 았 을 것이나, 쟁점유권해석의

생산으로 청구인에게 과세가 이루어 졌 다’는 등의 사정은 존 재하지 않으

므 로, 이 건의 경우 「국세기본법」상 소급과세금지 원칙이 적용되기 위

한 ‘청구인이 세법의 해석 또는 국세행정의 관행을 신뢰한 나 머 지 특정

행위를 하였을 것’이라는 요건과 ‘과세처분의 결과 청구인에게 새로운

처분사유에 근거한 조세부 담 등 경제적 불이익이 발생하였을 것’이라는

요건이 충족 되지 않 았 다.

(다) 즉, 청구인은 처분청이 새로운 세법 해석을 적용하였다고 만 주

장할 뿐 , 국세행정의 관행을 신뢰하여 어 떠 한 행위나 계산을 하였고 그

에 따라 경제적 불이익이 발생한 점에 대한 입 증을 하지 못하고 있는데,

조세심판원 및 서울행정법원은 새로운 세법 해석을 적용하여 증여세 부

과처분이 이루어진 사안에서 ‘증여세 신고기한 이후에 공시된 세법 해석

에 따라 과세처분이 이루어 졌 으 므 로 납세자들에게 증여세 납부의무의

해 태 를 탓 할 수 없는 정당한 사유가 있다고는 인정되나 증여세(본세)를

부과한 것은 적법’하고(조심 2023서9999, 2024.7.23.), ‘국세청의 유권해석

은 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적 견해의 표명이 아니다’라고 판

단(서울행정법원 2025.8.29. 선 고 2024구합85137 판결)하였다.

(라) 한편, 청구인이 피상속인의 상속세 세무조사를 법정결정기한 이

후에 받기를 희 망하여 이 건 과세처분이 지 연 되었는바, 이를 고려하 더 라

도 쟁점유권해석을 적용하여 이 건 과세처분을 한 것에 어 떠 한 잘못이

있다고 보기 어 렵 다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

이 건 상속세 부과처분이 「국세기본법」 제18조 제3항에 따른 소급

과세금지원칙에 반하는지 여부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법

제18조 [ 세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지 ] ② 국세를 납부할 의무

(세법에 징 수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징 수하

여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래

에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니

한다.

③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들

여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로

보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.

제21조 [ 납세의무의 성립시기 ] ① 국세를 납부할 의무는 이 법 및 세법

에서 정하는 과세요건이 충족 되면 성립한다.

2. 상속세 : 상속이 개시되는 때

3. 증여세 : 증여에 의하여 재산을 취득하는 때

(2) 법인세법

제15조 [ 익금의 범 위 ] ① 익금은 자본 또는 출자의 납 입 및 이 법에서

규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산( 純資産 )을 증가시 키 는 거래

로 인하여 발생하는 이익 또는 수 입[ 이하 “수익”( 收益 )이라 한다 ] 의 금액

으로 한다.

③ 수익의 범 위 및 구분 등에 필 요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(3) 법인세법 시행령

제11조 [ 수익의 범 위 ] 법 제15조 제1항에 따른 이익 또는 수 입[ 이하 “수

익”( 收益 )이라 한다 ] 은 법 및 이 영에서 달 리 정하는 것을 제외하고는

다음 각 호의 것을 포 함한다.

5. 무상으로 받은 자산의 가액

(4) 상증세법

제13조 [ 상속세 과세가액 ] ① 상속세 과세가액은 상속재산의 가액에서

제14조에 따른 것을 뺀 후 다음 각 호의 재산가액을 가산한 금액으로

한다. 이 경우 제14조에 따른 금액이 상속재산의 가액을 초 과하는 경우

그 초 과액은 없는 것으로 본다.

2. 상속개시일 전 5년 이내에 피상속인이 상속인이 아닌 자에게 증여한

재산가액

제28조 [ 증여세액 공제 ] ① 제13조에 따라 상속재산에 가산한 증여재산

에 대한 증여세액(증여 당시의 그 증여재산에 대한 증여세산출세액을 말

한다)은 상속세산출세액에서 공제한다. 다 만 , 상속세 과세가액에 가산하

는 증여재산에 대하여 「국세기본법」 제26조의2 제4항 또는 제5항에

따른 기간의 만료 로 인하여 증여세가 부과되지 아니하는 경우와 상속세

과세가액이 5 억 원 이하인 경우에는 그러하지 아니하다.

② 제1항에 따라 공제할 증여세액은 상속세산출세액에 상속재산(제13조

에 따라 상속재산에 가산하는 증여재산을 포 함한다. 이하 이 항에서 같

다)의 과세표준에 대하여 가산한 증여재산의 과세표준이 차지하는 비 율

을 곱 하여 계산한 금액을 한도로 한다. 이 경우 그 증여재산의 수증자가

상속인이거나 수유자이면 그 상속인이나 수유자 각자가 납부할 상속세

액에 그 상속인 또는 수유자가 받 았 거나 받을 상속재산에 대하여 대통

령령으로 정하는 바에 따라 계산한 과세표준에 대하여 가산한 증여재산

의 과세표준이 차지하는 비 율 을 곱 하여 계산한 금액을 한도로 각자가

납부할 상속세액에서 공제한다.

제45조의5 [ 특정법인과의 거래를 통한 이익의 증여 의제 ] ① 지배주주등

의 주식보유비 율 이 100분의 30 이상인 법인(이하 이 조 및 제68조에서

“특정법인”이라 한다)이 지배주주 및 그 특수관계인과 다음 각 호에 따

른 거래를 하는 경우에는 거래한 날 을 증여일로 하여 그 특정법인의 이

익에 특정법인의 지배주주등의 주식보유비 율 을 곱 하여 계산한 금액을

그 특정법인의 지배주주등이 증여받은 것으로 본다.

1. 재산 또는 용역을 무상으로 제공받는 것

② 제1항에 따른 증여세액이 지배주주등이 직접 증여받은 경우의 증여

세 상당액에서 특정법인이 부 담 한 법인세 상당액을 차감한 금액을 초 과

하는 경우 그 초 과액은 없는 것으로 본다.

제67조 [ 상속세 과세표준신고 ] ① 제3조의2에 따라 상속세 납부의무가

있는 상속인 또는 수유자는 상속개시일이 속하는 달 의 말일부터 6개 월

이내에 제13조와 제25조 제1항에 따른 상속세의 과세가액 및 과세표준

을 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서장에게 신고하여

야 한다.

제68조 [ 증여세 과세표준신고 ] ① 제4조의2에 따라 증여세 납부의무가

있는 자는 증여받은 날 이 속하는 달 의 말일부터 3개 월 이내에 제47조와

제55조 제1항에 따른 증여세의 과세가액 및 과세표준을 대통령령으로

정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다. 다 만 , 제

41조의3과 제41조의5에 따른 비상장주식의 상장 또는 법인의 합 병 등에

따른 증여세 과세표준 정산 신고기한은 정산기준일이 속하는 달 의 말일

부터 3개 월 이 되는 날 로 하며, 제45조의3 및 제45조의5에 따른 증여세

과세표준 신고기한은 수 혜 법인 또는 특정법인의 「법인세법」 제60조

제1항에 따른 과세표준의 신고기한이 속하는 달 의 말일부터 3개 월 이 되

는 날 로 한다.

제76조 [ 결정 경정 ] ① 세무서장등은 제67조나 제68조에 따른 신고에

ㆍ

의하여 과세표준과 세액을 결정한다. 다 만 , 신고를 하지 아니하였거나

그 신고한 과세표준이나 세액에 탈 루( 脫漏 ) 또는 오 류 가 있는 경우에는

그 과세표준과 세액을 조사하여 결정한다.

③ 세무서장등은 제1항에 따른 신고를 받은 날 부터 대통령령으로 정하

는 기간(이하 “법정결정기한”이라 한다) 이내에 과세표준과 세액을 결정

하여야 한다. 다 만 , 상속재산 또는 증여재산의 조사, 가액의 평 가 등에

장기간이 걸리는 등 부득이한 사유가 있어 그 기간 이내에 결정할 수

없는 경우에는 그 사유를 상속인 수유자 또는 수증자에게 알 려야 한다.

ㆍ

(5) 상증세법 시행령

제78조 [ 결정 경정 ] ① 법 제76조 제3항의 규정에 의한 법정결정기한은

ㆍ

다음 각호의 1에 의한다.

1. 상속세 법 제67조의 규정에 의한 상속세과세표준 신고기한부터 9개

월

2. 증여세 법 제68조의 규정에 의한 증여세과세표준 신고기한부터 6개

월

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구이유서, 처분청 답변 서 및 국세청 통합전산망( NTIS ) 자 료 등

의 이 건 심리자 료 에 의하면, 다음과 같은 사실이 확 인된다.

(가) 이 건 관련 일련의 경과를 정리하면, 아래 <표10>과 같다.

<표10> 이 건 관련 경과

◯◯◯

(나) 기획재정부의 쟁점유권해석(2025.6.9.)은 아래 <표11>과 같다.

<표11> 쟁점유권해석의 내용

답변 내용

상속개시일 5년 전 이내에 피상속인(「상속세 및 증여세법」 제45조의5에

따른 특정법인의 지배주주의 특수관계인에 해당한다)이 특정법인에게 재산을

무상으로 제공하여 지배주주등에게 증여세가 과세된 경우, 같은 법 제13조 제

1항에 따라 상속세 과세가액에 가산하는 금액은 ① ‘지배주주등의 증여의제이

익’과 ② ‘특정법인의 자산수증이익에서 지배주주등의 증여의제이익을 차감한

금액’을 합산한 금액이며, 법 제28조 제1항에 따라 상속세 산출세액에서 공제

하는 금액은 ① ‘지배주주등의 증여의제이익에 대한 증여 당시의 증여세 산출

세액’과 ② ‘특정법인의 자산수증이익에서 지배주주등의 증여의제이익을 차감

한 금액에 대한 증여 당시의 증여세 산출세액 상당액’을 합산한 금액 입 니다.

상세내용

1. 사실관계

○ 2020년 1 월 부( 父 )가 소유한 부동산(증여재산가액 5 억 원)을 아들( 子 )이

100% 지분을 가진 흑 자 영리법인(A, 특정법인)에 증여함

- 2021년 6 월 상증세법 § 45의5에 따른 증여의제이익 3.5 억 원 발생하여 증여세

산출세액 1.7 억 원 증가(재차 증여재산가액 합산으로 50% 세 율 적용)

○ 2022년 9 월 부( 父 ) 사망

2. 질 의내용

상속개시일 전 5년 이내에 피상속인이 특정법인에 부동산을 증여하여 「상

속세 및 증여세법」 제45조의5에 따라 특정법인의 지배주주(상속인)에게 증여

의제이익에 대한 증여세가 과세된 경우로서 같은 법 제13조 제1항 제2호에

따라 상속세 과세가액에 해당 부동산가액을 가산한 경우, 같은 법 제28조에

따른 증여세액공제 계산방법

(다) 결의서상 이 건 과세처분의 세부내용 및 조사청의 세무조사 종

결보고서의 주요 내용은 각각 아래 ＜ 표12>․<표13>과 같다.

<표12> 결의서상 이 건 과세처분의 세부 내용

(단위 : 원, %)

◯◯◯

<표13> 조사청의 이 건 세무조사 종결보고서의 주요 내용

◯◯◯

(라) 처분청은 청구인이 상속세 법정결정기한 이후에 상속세 세무조

사를 받기를 희 망함에 따라 그 절 차가 지 연 되었다고 설 명하면서, 아래

<그 림 >과 같은 자 료 를 제출하였다.

<그 림 > 청구인의 이 건 상속세 결정지 연 통지서

◯◯◯

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살 피건대, 처분청은

쟁점법인에 대한 쟁점증여와 상증세법 제45조의5에 따른 청구인에 대한

증여 의제는 별개의 것이 므 로 증여세액 공제액도 각각 산정하는 것이

타 당하고, 이 건의 경우 소급과세금지 원칙의 적용 요건을 충족 하지 못

하였으며, 법정결정기한 이후에 생산된 쟁점유권해석이 적용된 것은 청

구인의 상속세 결정지 연 신청에 의한 것인바, 결국 이 건 과세처분은 적

법하다는 의견이나, 「국세기본법」 제18조 제3항은 ‘세법의 해석이나

국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석

이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보고, 새로운 해석이

나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 않는다’고 규정하고 있고, 이 때

‘일반적으로 납세자에게 받아들여진 세법의 해석 또는 국세행정의 관행’

이란 비록 잘못된 해석 또는 관행이라도 특정 납세자가 아닌 불특정한

일반 납세자에게 정당한 것으로 이의 없이 받아들여져 납세자가 그와

같은 해석 또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에

이른 것을 말하는 것인 한편, 이와 관련하여 신의칙 등의 관행이 성립되

었다고 하려면 장기간에 걸쳐 어 떤 사항에 대하여 과세하지 아니하였다

는 객 관적 사실이 존 재할 뿐만 아니라 과세관청 자신이 그 사항에 대하

여 과세할 수 있음을 알 면서도 어 떤 특별한 사정에 의하여 과세하지 않

는다는 의사가 있고 이와 같은 의사가 대외적으로 명시적 또는 묵 시적

으로 표시될 것임을 요한다고 할 것(대법원 2010.4.15. 선 고 2007 두 19294

판결, 같은 뜻 임)인 점, 그 런 데 과세당국은 1997년부터 2013년까지 ‘피상

속인이 상속개시일 전 5년 이내에 영리법인에게 재산을 증여한 경우, 상

증세법 제13조에 따라 그 증여재산가액을 상속세 과세가액에 가산하고

당해 증여재산에 대한 증여 당시 증여세 산출세액 상당액을 같은 법 제

28조에 따라 공제한다’는 내용의 유권해석을 계속․반복적으로 생산하면

서 ‘구 상증세법 제41조에 따라 특정법인에게 증여한 재산에 대하여 당

해 특정법인의 최대주주등에게 증여세가 과세되는 경우로서 피상속인이

증여일부터 5년 이내에 사망한 경우에는 특정법인의 최대주주등인 상속

인에게 증여의제된 가액을 다시 상속세 과세가액에 가산하지 않는다’는

취지의 해석(국세청 서일 46014-10775, 2002.6.7.) 등을 하였고, 이에 따

라 기획재정부가 쟁점유권해석을 하기 전까지는 납세자가 청구인의 상

속세 신고내용과 같이, 특정 영리법인에 대한 증여재산가액 전부를 상속

세 과세가액에 합산하고 그 증여재산에 대한 증여 당시 증여세 산출세

액 상당액을 증여세액 공제액으로 반영한 경우 이를 그대로 인정하여

온 것으로 나 타 나는 반면, 이러한 그간의 증여세액 공제액 산정방식이

달 리 상증세법령에 반하는 위법한 것이라고 보기는 어려운 점, 그 렇 다면

피상속인이 상속개시일 전 5년 이내에 특정 영리법인에게 재산을 증여

한 경우 그에 대한 증여세액 공제액을 산정함에 있어 상증세법 제45조

의5에 따른 지배주주등의 증여의제이익을 특별히 고려하지 않고 특정

영리법인에 대한 증여재산가액 전체를 기준으로 증여 당시 증여세 산출

세액 상당액을 산정하여 증여세액 공제액으로 인정하여 온 해석 또는

국세행정의 관행이 있었고, 그것이 불특정한 일반납세자에게 정당한 것

으로 이의 없이 받아들여져 청구인이 그와 같은 해석 또는 관행을 신뢰

하는 것이 무리가 아니었다고 볼 수 있는 점, 한편, 기획재정부의 쟁점

유권해석이 이 건의 증여세 및 상속세 납세의무성립일 이후인 2025.6.9.

이루어 졌 고 달 리 적용례가 명시되어 있지 않은 상황에서 과세당국 또한

‘새로운 세법 해석이 종전의 해석과 상이한 경우에는 새로운 해석이 있

는 날 이후에 납세의무가 성립하는 분부터 새로운 해석을 적용한다’는

입 장( 징 세-1104, 2014.8.27.)인 것으로 나 타 나는바, 청구인에게 불리한 내

용의 쟁점유권해석을 이미 납세의무가 성립된 이 건에 대해서까지 적용

하는 것은 불합리하다고 보이고, 청구인의 상속세 결정지 연 신청 여부가

이에 영 향 을 준다고 보기 어려운 점 등에 비 추 어, 처분청이 쟁점유권해

석에 따라 증여세액 공제액을 재산정하여 청구인에게 상속세를 부과한

것은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으 므 로 「국세기본

법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.