이 유
1. 사실관계 및 처분개요
가. 남북영농조합법인(대표이사 C, 이하 “청구법인”이라 한다)은 1999.3.9. 개업하여 현재 경기도 파주시에서 벼농사를 주업종으로 사업을 영위하고 있으며, 1998.9.28. D 외 7인*이 토지를 현물출자하여 설립되었다.
* E, F, G, H, C, I, J
나. K지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2025.5.8.부터 2025.9.2.까지 기간동안 청구법인의 2021, 2023 사업연도에 대한 주식변동조사를 실시한 결과,
청구법인이 2021년 말 기준 주식변동상황명세서상 주주 G의 보유지분 19,300주를 양수한 것으로 신고하였으나 G는 해당 거래에 대해 양도소득세 및 증권거래세를 신고한 내역이 없고, 2023년 말 기준 주식변동상황명세서상 주주 E의 보유지분 10,800주를 증여받고 108,000,000원(액면가 @10,000원)을 기타 잡이익으로 계상한 것을 확인하였다.
다. 조사청은 2021년 청구법인이 주주 G로부터 주식 19,300주(@75,103원)를 무상 이전 받아 발생한 자산수증이익 1,449,487,900원에 대한 법인세 377,743,870원과 2023년 청구법인이 주주 E으로부터 주식 10,800주(@67,522원)를 무상 이전받아 발생한 자산수증이익 729,561,600원에 대한 법인세 144,118,131원, 총 521,862,001원을 2025.9.15. 경정·고지하였다.
라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.12.12. 이 건 이의신청을 제기하였다.
2. 청구인 주장
(쟁점1) 청구법인 설립 당시 D의 지분을 제외한 모든 지분은 D이 명의신탁한 것이라는 청구주장의 당부
가. 청구법인 설립 당시 명의신탁한 D의 지분을 반환받는 과정에서 주주 1인이 총 출자액의 3분의 1을 초과할 수 없는 규정에 의거 일시적으로 청구법인에게 예치한 주식이다.
1) 청구법인 설립 당시에는 주주인 조합원의 구성 기준이 8명 이상의 영농에 종사하는 자로 구성되어야 하며 조합원 1인의 출자금이 총 출자금의 1/3지분을 초과해서는 아니되었고, 조합원 1인의 출자금이 총 출자금의 1/3지분을 초과하지 못하도록 정관 제 15조에 반영되어있다.
2) 청구법인 설립 당시 조합원 D 외 7명의 조합원은 D을 기준으로 C(남편, 27.5%), G(동생, 12.9%), E(시숙, 11.4%), J(시숙, 7.5%) I(J 아들, 7%), H(시숙 아들, 6.9%), F(C이 운영하는 회사의 직원, 6.8%)으로 구성되었다.
3) 1998년 청구법인에 현물출자하기 위하여 파주영농조합법인 소유 농지를 주주 8인이 매수자로 14억원에 매수계약을 하였고 당시 금융기관의 인터넷 뱅킹 송금제도 실행전이라 주주인 D가 매수자로서 매도자인 파주영농조합 대표이사인 L에게 현금과 수표를 지급하면서 영수증을 건네받았으며, 이러한 사실은 파주영농조합 대표이사인 L가 발행한 영수증으로 확인되고 당시 본 거래를 주선한 M이 제출한 확인서에서도 알 수 있다.
4) 청구법인 설립 당시 D의 금융기관 거래내역을 확인한 결과 파주영농조합법인 소유 농지소재지 지역 농협이 Y2K 때문에 2000년도 이전의 전산자료는 없다고 하여 기업은행 거래내역을 검토한바 D 계좌에서 1988.8.14. 계약금 2억원중 현금인출액 165백만원, 1998.8.27. 중도금 8억원 중 대출금액 4억원을 포함하여 토지 취득자금 마련을 위해 1,332백만원을 24회에 걸쳐 인출한 사실이 확인된다.
5) 청구법인 설립 당시에는 조합원의 구성이 친인척으로 명의를 빌리는 것에 반감 없이 서로가 호의를 가지고 있었으나 시간이 흐르면서 주변 지인 등의 조언과 친인척간의 갈등으로 인해 D가 명의신탁자이고 D 외 7인은 명의신탁에 의한 명의수탁자들임을 확인하는 주식양도양수 계약서*를 소급하여 1998.8.10. 날짜로 작성하였다.
* 청구법인은 조사청 주장대로 주식양도양수 계약서가 1998.8.10. 날짜에 작성된 것이 아닌 사후에 작성된 것은 인정하나 명의신탁 내용은 사실이라고 주장하며, 1998.9.28. 법인설립 전에 작성한 이유에 대하여 특별한 이유는 없다고 함
6) 청구법인은 벼농사 등 경작물의 생산과 판매가 정상적으로 이루어지지 아니하여 계속되는 적자에 운영난을 겪었고 일부 농지를 양도하면서까지 운영을 하였지만 양도에 대한 법인세를 납부하지 못하는 과정에서 제2차 납세의무자 지정으로 명의신탁 조합원인 수탁자들의 재산상 불이익으로 2021년도에 G 지분과 2023년도에 E 지분을 명의신탁 해지하여 명의신탁자 D에게 이전하려고 하였으나 조합원 1인의 출자금이 전체 출자금의 1/3지분을 초과하지 못한다는 규정에 의거 청구법인이 자기주식을 무상 취득하는 형식으로 명의를 변경한 것일 뿐이며,
또한 조합원 각자의 증여 의사에 따른 것이 아닌 명의신탁해지 요구에 의한 것이므로 증여 및 수증이 아닌 일시적 예치 목적이고, 청구법인이 자기 주식 취득으로 인한 자산으로만 회계처리하면서 명의신탁자인 D의 권리를 채무로 인식하지 못하였으므로 회계처리 수정이 필요하다.
(쟁점2) 비상장주식 평가시 부채에 가산할 퇴직금추계액에는 급여를 지급하지 못한 기간도 재직연수에 포함해야 한다는 청구주장의 당부
나. 청구법인의 비상장주식 평가시 부채에 가산할 퇴직금추계액에는 급여를 지급하지 못한 기간도 재직연수에 포함하여 산정해야 한다.
1) 벼농사 등 농업을 주업으로 하는 청구법인은 계속되는 적자로 대표이사인 D의 근로에 대하여 빈번하게 무급여처리를 하였지만 일부 농지의 양도 등 수익 발생시에는 급여를 지급하였는바, 비록 자금사정이 곤란한 시기에는 급여를 지급하지는 못하였지만 대표이사로 재직하면서 대표이사로서의 업무인 경영과 관리를 수행한 사실에 근거하여 퇴직금추계액계산시 급여의 지급사실에 상관없이 근무기간을 재직연수에 포함되는 것으로 회계처리하였고,
2) 1999.3.1.부터 2025.8.31.까지의 기간을 재직연수로 하여 퇴직금 934,080,990원을 산정한 후 제세금을 공제한 790,137,740원을 지급한 것은 적정하므로 비상장주식 평가시 부채에 가산할 퇴직금추계액에는 근로 제공에 대한 무급여 기간도 재직연수에 포함되어야 한다.
3. 처분청 의견
(쟁점1) 청구법인 설립 당시 D의 지분을 제외한 모든 지분은 D이 명의신탁한 것이라는 청구주장의 당부
가. 청구법인 설립 당시 주주 D의 지분을 제외한 모든 지분은 명의신탁으로 볼 수 없다.
1) 청구법인 주주 D이 명의신탁 증빙으로 제출한 주식 양도·양수 계약서는 사후에 작성된 허위 계약서다.
가) 조사청은 청구법인의 현물출자 토지에 대한 등기사항일부증명서, 매매계약서를 검토한바 D이 단독으로 현물출자한 것이 아닌 D 외 7인이 공동으로 현물출자한 것임을 확인하였고,
나) 청구법인 설립요건 충족을 위하여 타인의 명의를 빌린 것이라는 D의 진술에 대해 본인의 주장을 입증할만한 증빙자료 제출을 요구하여 이에 대해 1998년 명의수탁자인 G 등과 작성한 주식 양도·양수 계약서를 제출하였으나,
다) 청구법인이 제출한 주식양도양수 계약서의 진위여부를 파악하기 위하여 조사청이 ’25.8.18. 서울지방국세청 과학조사담당관 앞으로 문서 감정 신청을 의뢰한 결과 다음과 같이 해당 주식 양도·양수 계약서는 허위 또는 사후 작성된 문서로 확인되었다.
2) 청구법인은 설립시 조합원 구성 인원 문제로 총 8인을 발기인으로 법인설립 하였다고 주장하나 관련법령은 조합원 5인을 충족할 것을 요건으로 하기 때문에 8인이 출자할 이유가 없고, 조합원 1인이 총 출자액 1/3 이상 출자할 수 없을 뿐 조합원 전원이 출자해야하는 요건은 존재하지 않으므로 청구법인의 주장은 타당성이 없다.
가)「농어촌발전특별조치법」제6조【영농조합법인의 육성】및 동법 시행령 제11조【조합법인에의 출자】에 따르면 영농조합법인을 설립하고자 할 때에는 5인 이상의 농민이 공동으로 정관을 작성하고 조합원 1인의 출자액은 총 출자액의 1/3을 초과할 수 없다고 규정하고 있다.
나) 청구법인은 상기 법령 및 시행령에 따라 청구법인 설립시 주주인 조합원의 구성 기준이 8인 이상이 되어야 하며 조합원 1인이 총 출자금의 1/3 지분을 초과할 수 없었으며 추후 조합원 요건이 8인에서 5인으로 변경되었다고 주장하나 청구법인의 주장이 설득력이 없는 이유는,
첫째, 상기 법령은 1990.4.7.자로 시행되어 청구법인 설립 시점인 1999년에는 조합원 5인 이상의 요건을 적용받았을 것이므로 만약 청구법인의 주주 D이 조합원 구성 요건을 위하여 명의신탁을 한 것이라면 D 및 D 외 4인 명의를 빌려 총 5인으로 조합원 구성을 하였을 것이다.
둘째, 상기 시행령의 출자 요건은 1인이 총 출자액의 1/3을 초과할 수 없는 것으로 규정되어 있을 뿐 D 외 7인 모두가 출자하여야 하는 규정은 존재하지 않는다.
다) 따라서 D 등 총 8인의 조합원으로 청구법인을 설립한 것은 상기 법령을 충족시키기 위해 명의신탁한 것으로 보기 어렵고, 당초 청구법인이 신고한 내용대로 현물출자하여 청구법인을 설립한 것으로 보는 것이 더 합당하다.
3) 청구법인 대표자 변경 내역을 보면 D 외 7인이 실제 출자자임을 확인할 수 있다.
청구법인의 대표는 권점현 → E → G → D → C으로 변경된 것으로 확인되었고, 청구법인 개업 시점부터 D 외 7인이 청구법인에 현물출자하여 실질적으로 청구법인을 운영해 온 것이므로 청구법인의 출자지분 전체가 D의 명의신탁이라는 주장은 타당성이 없다.
4) 청구법인이 제출한 현물출자 확인서는 양도인인 파주영농조합법인의 관계인이 아닌 자가 작성한 것이며 출자금의 자금원천 또한 현금출금 내역으로 사용처가 불분명하므로 명의신탁의 증빙으로 볼 수 없다.
가) 조사청은 청구법인에 D이 실제 현물출자한 것과 관련한 증빙자료를 조사기간에 수차례 요청하였으나 일절 제출된 바 없고, 조사 종료 후에야 D이 청구법인 설립 시 현물출자한 토지의 자금원천에 대한 증빙으로 1998년 D의 계좌거래내역을 제출하였다.
나) 조사청은 D이 제출한 상기 증빙내역을 검토한바 첫째, 파주영농조합법인의 확인서를 제출한 M은 청구법인의 현물출자 토지의 당초 소유자로 현물출자 토지의 매매는 M → 파주영농조합법인 → D 외 7인(현물출자자) → 청구법인 순이며,
M은 파주영농조합법인에 토지를 매도한 자일 뿐이며 파주영농조합법인의 대표, 임원, 직원으로 근무한 이력이 없고 현물출자한 토지의 매매는 파주영농조합법인의 대표 L*와 하였으므로 M이 작성한 확인서는 신뢰할 수 없다.
* 파주영농조합법인 대표 L은 2010.12.18. 사망함
다) 둘째, 청구법인은 D 계좌의 현금인출액 165,000,000원 및 대출금 400,000,000원과 토지취득 자금마련을 위한 인출액(24회, 1,332백만원)으로 청구법인의 현물출자 토지의 취득 자금원천이 소명된 것이라 주장하나,
D의 계좌거래내역을 살펴보면 1998.8.14. 65,000,000원 및 1998.8.27. 400,000,000원 총 465,000,000원의 현금 또는 수표출금 내역이 존재하나 해당 출금액이 청구법인의 현물출자 토지의 취득자금으로 사용되었는지 확인할 수 없으며, 설령 465,000,000원이 청구법인의 현물출자 토지 취득가액 중 일부로 사용되었다 하더라도 토지 총 취득가인 1,400,000,000원 중 935,000,000원에 대한 자금원천이 불분명하다.
오히려 D의 현금 또는 수표출금액 465,000,000원은 토지 총 취득가인 1,400,000,000원 중 주주명부상 D의 출자지분 28%에 해당하는 392,000,000원과 C 출자지분 20%에 해당하는 280,000,000원으로 취득자금 총 672,000,000원의 일부 금액일 가능성이 높다.
만약 실제 D이 나머지 7인에 대한 출자지분(72%)을 명의신탁한 것이라면 추후 명의수탁자들의 본인들 명의라는 주장에 대비하여 토지 대금을 D의 계좌에서 현금인출하여 지급할 것이 아니라 명의수탁자의 계좌로 입금하여 명의신탁에 대한 증빙을 남겨놓는 것이 합리적이므로 청구법인의 주장은 타당성이 없다.
라) 셋째, 청구법인은 2021년 G의 출자지분 19,300주 및 2023년 E의 출자지분 10,800주를 증여 받은 것에 대해 세무조사가 시작되자 조합법인의 출자지분은 권리의 이전이나 그 행사에 등기·등록·명의개서 등을 요하는 재산이 아니므로 명의신탁 증여의제 과세대상 재산에 해당하지 않는 점을 이용하여(대법원2009두13979, 2009.11.26.) 특정법인과의 거래를 통한 이익의 증여의제에 따른 증여세를 회피하기 위해 D 1인의 명의신탁을 주장하고 있는 것으로 판단된다.
따라서 청구법인은 현물출자와 관련하여 확인서 및 D의 계좌거래내역을 증빙자료로 제시하였으나 상기 현물출자 토지의 거래당사자가 아닌 제3자가 작성하여준 확인서는 증빙으로써 효력이 없을 뿐만 아니라 D의 계좌 출금내역 또한 청구법인의 현물출자 토지 취득가액으로 사용되었다는 객관적인 입증자료가 아니며 조합법인의 출자지분이 명의신탁 증여의제 과세대상에 해당하지 않는 것을 이용한 점 등을 고려할 때,
D이 실질적으로 청구법인에 현물출자 하였다는 청구법인의 주장은 신뢰할 수 없다.
5) 청구법인은 명의신탁주식 실제 소유자 확인제도가 존재함에도 환원신고 한 사실이 없다.
청구법인 주주 D이 E 등 7인에게 명의신탁한 것이 사실이라면 ‘명의신탁주식 실제 소유자 확인제도’를 통하여 다소 증빙서류가 미비하더라도 복잡한 세무 검증절차를 거치지 않고 명의신탁주식의 환원이 가능하였을 것이나, 청구법인에 대한 조사가 시작된 이후 D이 E 등 7인에게 본인의 지분을 명의신탁하였다고 주장하는 것은 조사 이후 조세 회피를 위한 것으로 판단된다.
6) 주주명부에 주주로 등재되어 있는 자는 그 회사의 주주로 추정되며 이를 번복하기 위해서는 그 주주권을 부인하는 측에 증명책임이 있다.
주주명부의 주주 명의가 신탁된 것이고 그 명의차용인으로서 실질상의 주주가 따로 있음을 주장하려면 그러한 명의신탁관계를 주장하는 측에서 명의차용사실을 증명하여야 한다(대법원2007다27755, 2007.9.6.).
(쟁점2) 비상장주식 평가시 부채에 가산할 퇴직금 추계액에는 급여를 지급하지 못한 기간도 재직연수에 포함해야 한다는 청구주장의 당부
나. D이 청구법인에서 1999년부터 근로하였다는 사실이 확인되지 않으므로 대표로 취임한 2013년부터 퇴직금 추계액을 산정한 당초 처분은 정당하다.
1) 청구법인의 대표 D은 ’09년 사업개시한 ㈜N(제조업, 섬유)의 대표를 겸직하였으며 D은 청구법인 및 ㈜N로부터 급여를 지급받았다.
가) D은 2009년∼2023년까지 ㈜N로부터 2022년∼2024년까지 청구법인으로부터 급여를 지급 받은 내역이 존재하며(p.58 <표6>) 청구법인 설립 당시부터 D이 실질적으로 업무를 총괄하였고 법인 수익이 발생하지 않아 2021년까지 약 22년간 급여를 지급하지 못하였다고 주장한다.
그러나 청구법인이 상기 주장의 증빙으로 제출한 1999년, 2009년, 2014년, 2022년, 2023년 이사회 의사록은 조사기간에 수차례 요청하였으나 제출하지 못하였고 조사종결 후에서야 제출된 자료이며 원본이 아닌 사본으로 당시 작성된 것인지에 대한 진위 여부를 확인할 수 없고,
D이 ㈜N로부터 대부분의 급여를 지급 받은 것은 ㈜N의 실질적 업무를 총괄한 것을 증명할 뿐 청구법인에서의 근로 사실 근거 자료로 볼 수 없다.
2) 청구법인은 2021년∼2024년까지 경기도 파주시 O 외 26필지를 양도 후 양도대금 5,369백만원이 발생하였으며 청구법인이 동 기간에 D에게 대여한 금액은 약 1,389백만원인 것으로 확인된다.
가) 청구법인은 2021년∼2024년 동안 발생한 토지 양도대금으로 D에게 미지급 급여 및 퇴직금을 정산할 수 있었으나 2025. 9월부터 2025. 11월까지 790,137,740원을 D의 퇴직금 명목으로 이체한 자료를 첨부하였고,
이는 세무조사가 시작된 이후 D의 퇴직금 명목으로 이체한 기록을 남겨 퇴직금 추계액을 인정받기 위한 증빙자료를 만든 것으로 추정되며 퇴직금 명목으로 이체한 금액은 청구법인이 과거 D과 수차례 자금 거래를 한 사실로 보아 대여금 명목일 가능성도 존재하여 청구법인의 주장은 신뢰할 수 없다.
3) 결론적으로 조사청은 D이 1999년부터 청구법인에서 근로하였단 사실을 확인할 순 없지만, 퇴직금 산정시 무급여기간을 근속연수에 포함할 수 있다(법인46012-1807, 2000.8.23.)는 예규에 따라 D이 청구법인 대표로 취임한 시점인 2013년부터 퇴직금 추계액을 계산하는 것이 합리적이라고 판단하여 이를 비상장주식 평가시 부채 가산액에 반영하였다.
4. 심리 및 판단
가. 쟁점
1) 청구법인 설립 당시 D의 지분을 제외한 모든 지분은 D이 명의신탁한 것이라는 청구주장의 당부
2) 비상장주식 평가시 부채에 가산할 퇴직금추계액에는 급여를 지급하지 못한 기간도 재직연수에 포함해야 한다는 청구주장의 당부
나. 관련법령
1) 국세기본법 제14조【실질과세】
① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.
② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.
③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.
2) 법인세법 제15조【익금의 범위】
① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산(純資産)을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 이익 또는 수입[이하 "수익"(收益)이라 한다]의 금액으로 한다.
② 다음 각 호의 금액은 익금으로 본다.
1. 특수관계인인 개인으로부터 Q을 제52조제2항에 따른 시가보다 낮은 가액으로 매입하는 경우 시가와 그 매입가액의 차액에 상당하는 금액
③ 수익의 범위 및 구분 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
3) 법인세법 시행령 제11조【수익의 범위】
법 제15조제1항에 따른 이익 또는 수입[이하 "수익"(收益)이라 한다]은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호의 것을 포함한다.
5. 무상으로 받은 자산의 가액
4) 상속세 및 증여세법 시행령 제63조【Q 등의 평가】
① Q 등의 평가는 다음 각 호의 어느 하나에서 정하는 방법으로 한다.
1. 주식등의 평가
가.「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 증권시장으로서 대통령령으로 정하는 증권시장에서 거래되는 주권상장법인의 주식등 중 대통령령으로 정하는 주식 등(이하 이 호에서 "상장주식"이라 한다)은 평가기준일(평가기준일이 공휴일 등 대통령령으로 정하는 매매가 없는 날인 경우에는 그 전일을 기준으로 한다) 이전ㆍ이후 각 2개월 동안 공표된 매일의「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따라 거래소허가를 받은 거래소(이하 "거래소"라 한다) 최종 시세가액(거래실적 유무를 따지지 아니한다)의 평균액(평균액을 계산할 때 평가기준일 이전ㆍ이후 각 2개월 동안에 증자ㆍ합병 등의 사유가 발생하여 그 평균액으로 하는 것이 부적당한 경우에는 평가기준일 이전ㆍ이후 각 2개월의 기간 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 기간의 평균액으로 한다). 다만, 제38조에 따라 합병으로 인한 이익을 계산할 때 합병(분할합병을 포함한다)으로 소멸하거나 흡수되는 법인 또는 신설되거나 존속하는 법인이 보유한 상장주식의 시가는 평가기준일 현재의 거래소 최종 시세가액으로 한다.
나. 가목 외의 주식등은 해당 법인의 자산 및 수익 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한다.
5) 상속세 및 증여세법 시행규칙 제17조의2【순자산가액의 계산방법】
영 제55조 제2항에 따라 무형고정자산ㆍ준비금ㆍ충당금등 기타 자산 및 부채를 평가할 때 해당 법인의 자산 또는 부채에 차감하거나 가산하는 방법은 다음 각 호의 구분에 따른다.
3. 다음 각목의 가액은 이를 각각 부채에 가산하여 계산할 것
다. 평가기준일 현재 재직하는 임원 또는 사용인 전원이 퇴직할 경우에 퇴직급여로 지급되어야 할 금액의 추계액
6) 소득세법 제22조【퇴직소득】
① 퇴직소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.
1. 공적연금 관련법에 따라 받는 일시금
2. 사용자 부담금을 기초로 하여 현실적인 퇴직을 원인으로 지급받는 소득
3. 그 밖에 제1호 및 제2호와 유사한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득
② 제1항 제1호에 따른 퇴직소득은 2002년 1월 1일 이후에 납입된 연금 기여금 및 사용자 부담금을 기초로 하거나 2002년 1월 1일 이후 근로의 제공을 기초로 하여 받은 일시금으로 한다.
③ 퇴직소득금액은 제1항 각 호에 따른 소득의 금액의 합계액(비과세소득의 금액은 제외한다)으로 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 임원의 퇴직소득금액(제1항제1호의 금액은 제외하며, 2011년 12월 31일에 퇴직하였다고 가정할 때 지급받을 대통령령으로 정하는 퇴직소득금액이 있는 경우에는 그 금액을 뺀 금액을 말한다)이 다음 계산식에 따라 계산한 금액을 초과하는 경우에는 제1항에도 불구하고 그 초과하는 금액은 근로소득으로 본다.
④ 제3항 단서와 그 계산식을 적용할 때 근무기간과 총급여는 다음 각 호의 방법으로 산정한다.
1. 근무기간: 개월 수로 계산한다. 이 경우 1개월 미만의 기간이 있는 경우에는 이를 1개월로 본다.
2. 총급여: 봉급ㆍ상여 등 제20조제1항제1호 및 제2호에 따른 근로소득(제12조에 따른 비과세소득은 제외한다)을 합산한다.
⑥ 퇴직소득의 범위 및 계산방법과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
7) 농어촌발전특별조치법 제6조【영농조합법인의 육성】[시행 1990.4.7.] [제4228호, 1990.4.7.]
⑤ 영농조합법인을 설립하고자 할 때에는 5인 이상의 농민이 공동으로 정관을 작성하고, 기타 설립에 필요한 행위를 하여야 한다.
⑦ 영농조합법인의 설립·출자·사업·정관기재사항·해산 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
8) 농어촌발전특별조치법 시행령 제11조【조합법인에의 출자】[시행 1990.8.8.] [제13063호, 1990.8.8.]
조합법인의 조합원은 농지ㆍ기타의 현물에 한하여 출자할 수 있으며, 조합원 1인의 출자액은 총출자액의 3분의 1을 초과할 수 없다. 다만, 조합법인의 경영합리화를 위하여 필요한 경우에는 농지를 출자한 조합원에 한하여 현금으로도 출자할 수 있다.
다. 사실관계
1) 국세청 대내포털시스템에서 확인되는 내용은 다음과 같다.
가) 청구법인의 사업자등록 기본사항은 다음과 같다.
(표 생략)
나) 조사청이 청구법인에게 경정 고지한 법인세 내역은 다음과 같다.
(표 생략)
다) 청구법인의 등기사항일부증명서는 다음과 같다.
(그림 생략)
라) 2023 사업연도 말 기준 주식변동상황명세서상 주주 E의 보유지분 10,800주를 증여받고 108,000,000원(액면가 @10,000원)을 기타 잡이익으로 계상한 내역은 다음과 같다.
(그림 생략)
마) 청구법인의 현물출자 토지대장 및 토지등기사항전부증명서는 다음과 같다.
(그림 생략)
2) 청구법인이 제출한 자료는 다음과 같다.
가) 청구법인이 제출한 정관은 다음과 같다.
(그림 생략)
나) 청구법인이 제출한 설립 당시 주주명부 및 토지 출자 현황은 다음과 같다.
(그림 생략)
다) 청구법인이 제출한 파주영농조합과의 토지매매계약서, 영수증, 확인서는 다음과 같다.
(그림 생략)
라) 청구법인이 제출한 토지 취득자금 관련 D 계좌내역은 다음과 같다.
(그림 생략)
마) 청구법인이 제출한 D이 명의신탁자임을 명시하는 주식양도양수 계약서는 다음과 같다.
(그림 생략)
바) 청구법인이 제출한 D의 퇴직금 산정서 및 재직증명서는 다음과 같다.
(그림 생략)
사) 청구법인이 제출한 D의 퇴직금 산정서 및 재직증명서는 다음과 같다.
(그림 생략)
3) 조사청이 제출한 자료는 다음과 같다.
가) 조사청이 제출한 청구법인 현물출자는 다음과 같다.
(표 생략)
나) 조사청이 제출한 청구법인 주주변동내역은 다음과 같다.
(그림 생략)
다) 조사청이 제출한 Q지방국세청의 자료는는 다음과 같다.
(그림 생략)
라) 조사청이 제출한 청구법인 대표자 변경내역은 다음과 같다.
(표 생략)
마) 조사청이 정리하여 제출한 D 계좌거래내역 다음과 같다.
(그림 생략)
바) 조사청이 제출한 D의 급여 내역은 다음과 같다.
(표 생략)
사) 조사청이 제출한 청구법인의 토지 양도대금 내역은 다음과 같다.
(표 생략)
아) 조사청이 제출한 청구법인과 D의 자금거래 내역은 다음과 같다.
(표 생략)
자) 조사청이 제출한 청구법인 비상장주식 평가 내역은 다음과 같다.
(표 생략)
라. 판단
(쟁점1) 청구법인 설립 당시 D의 지분을 제외한 모든 지분은 D이 명의신탁한 것이라는 청구주장의 당부
청구법인은 설립 당시 명의신탁한 D의 지분을 반환받는 과정에서 주주 1인이 총 출자액의 3분의 1을 초과할 수 없는 규정에 의거 일시적으로 청구법인에게 예치한 주식이며 자산수증이익이 아니라고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다.
「농어촌발전특별조치법」제6조 제5항에서 영농조합법인을 설립하고자 할 때에는 5인 이상의 농민이 공동으로 정관을 작성하고, 기타 설립에 필요한 행위를 하여야 한다고 규정하고 있으며, 동법 시행령 제11조에서는 조합법인의 조합원은 농지ㆍ기타의 현물에 한하여 출자할 수 있으며, 조합원 1인의 출자액은 총출자액의 3분의 1을 초과할 수 없다고 규정하고 있다.
주주명부에 주주로 등재되어 있는 자는 일응 그 회사의 주주로 추정되며 이를 번복하기 위해서는 그 주주권을 부인하는 측에 증명책임이 있으므로, 주주명부의 주주 명의가 신탁된 것이고 그 명의차용인으로서 실질상의 주주가 따로 있음을 주장하려면 그러한 명의신탁관계를 주장하는 측에서 명의차용사실을 증명하여야 한다(대법원2007다27755, 2007.9.6. 참조).
이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, ①「농어촌발전특별조치법」제6조 제5항 및 동법 시행령 제11조에 따르면 조합원 5인을 충족할 것을 요건으로 하기 때문에 8인이 출자할 이유가 없고, 조합원 1인이 총 출자액의 1/3 이상을 출자할 수 없을 뿐 조합원 전원이 출자해야하는 요건은 존재하지 않는 점, ② 청구법인이 제출한 파주영농조합법인과의 토지 거래 확인서는 양도인인 파주영농조합법인의 관계인이 아닌 자가 작성한 것이며 출자금의 자금원천 또한 현금출금 내역으로 사용처가 불분명하므로 명의신탁의 증빙으로 볼 수 없는 점, ③ 청구법인은 명의신탁주식 실제 소유자 확인제도가 존재함에도 환원신고 한 사실이 없는 점, ④ 청구법인이 명의신탁 증빙으로 제출한 주식양도양수 계약서는 사후에 작성된 허위 계약서인 점 등으로 보아
처분청이 청구법인에게 증여된 주식을 자산수증이익으로 보아 2025.9.15. 2021 사업연도 법인세 377,743,870원 및 2023 사업연도 법인세 144,118,131원을 고지한 것은 잘못이 없는 것으로 판단된다.
(쟁점2) 비상장주식 평가시 부채에 가산할 퇴직금추계액에는 급여를 지급하지 못한 기간도 재직연수에 포함해야 한다는 청구주장의 당부
청구법인은 비상장주식 평가시 부채에 가산할 퇴직금 추계액에는 급여를 지급하지 못한 기간도 재직연수에 포함하여 산정해야 한다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다.
법인이 법인세법 시행령 제44조 제2항 제4호의 규정에 의하여 임원에 대한 퇴직금을 중간정산하여 지급함에 있어서 당해 임원의 근무기간 중 급여를 받지 아니하고 근무한 기간이 있는 경우 동 퇴직금 산정시 그 무급여기간을 근속연수에 포함할 수 있다(법인46012-1807, 2000.8.23. 참조).
한편 주주총회의 결의를 거친 임원퇴직금 지급규정이 없이는 이사에 대한 퇴직급여 지급의무가 구체적으로 발생하였다고 볼 수 없으므로 그 퇴직급여 추계액을 부채에 가산할 수 없다(서울고등법원2012누30044, 2013.5.15. 참조).
이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, D은 1999년부터 청구법인에서 근로하였다는 사실이 확인되지 않고, 청구법인이 제출한 1999년, 2009년, 2014년, 2022년, 2023년 이사회 의사록은 원본이 아닌 사본으로 제출되어 당시 작성된 것인지에 대한 진위 여부를 확인할 수 없는 점 등으로 보아,
처분청이 D의 재직연수를 청구법인의 대표로 취임한 시점인 2013년부터 근로기간으로 하여 비상장주식 평가시 부채에 가산할 퇴직금 추계액을 계산한 것은 적정하다고 판단된다.
5. 결론
이 건 이의신청은 심의결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제66조 제6항 및 같은 법 제65조 제1항 제2호 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
